[Balitbanghut] Badan Penelitian dan Pengembangan Kehutanan. 2006. Budidaya gaharu dan rekayasa produksinya [Leaflet]. Bogor (ID): Pusat Penelitian dan Pengembangan Hutan dan Konservasi Alam.
[Ditjen PHKA] Direktorat Jenderal Perlindungan Hutan dan Konservasi Alam. 2005. Peran management authority dalam ekspor gaharu Indonesia. Peluang dan Tantangan Pengembangan Gaharu di Indonesia. Prosiding Seminar Nasional Gaharu; 2005 Desember 1-2; Bogor, Indonesia. Bogor (ID): SEAMEO-BIOTROP.
Alimuddin, Octavera A, Arifin OZ, Sumantadinata K. 2008. Karakterisasi
promoter β-Actin Ikan N ila (Oreochormis niloticus). Jurnal Akuakultur Indonesia 7(2):115-127.
21 Apriani L. 2008. Seleksi bakteri penghasil enzim kitinolitik serta penguraian beberapa variasi suhu dan pH untuk produksi enzim. [Skripsi]. Depok (ID): Universitas Indonesia.
Anam K. 2009. DNA Rekombinasi. Bogor : Bioteknologi, Sekolah Pascasarjana, Institut Pertanian Bogor.
Anam K. 2010. Isolasi dan Pemetaan DNA Plasmid. Bogor : Bioteknologi, Sekolah Pascasarjana, Institut Pertanian Bogor.
Ausubel FM, Brent R, Kingston RE, Moore DD, Seidman JG, Smith JA, Sturhl K, Albright LM, Coen DM, Varki A, Jamsen K. 1995. Current Protocols in Molecular Biology. 2nd ed. Massachusetts (US): John Wiley & Sons. Inc. Ausubel FM, Brent R, Kingston RE, Moore DD, Seidman JG, Smith JA, Sturhl K.
1998. Current Protocol in Molecular Biology 1. Canada (US): John Wiley & Sons Inc.
Bettelheim FA, Landesberg J. 1984. Laboratory Experiments for General, Organic, and Biochemistry. 4th Ed. New Jersey (US): John Wiley and Sons Inc.
Brooker RJ. 2005. Genetics : Analysis and Principles. Boston (US): McGraw Hill Companies, Inc.
Brown TA. 1991. Pengantar Kloning Gen. Yogyakarta (ID): Yayasan Essential Mediaca.
Brown TA. 2006. Gene Cloning and DNA Analysis : An Introduction. 5th ed. Oxford (GB): Blackwell publishing.
Clark MS. 1997. Plant Molecular Biology. A Laboratory Manual. Berlin (DE): Springer.
Cranenburgh RM. 2003. An equation for calculating the volumetric ratios requires in a ligation reaction. Applied Genetics and Molecular Biotechnology 65:200-202.
Corkill G, Rapley R. 2008. The Manipulation of Nucleic Acids: Basic Tools and Techniques. In: Molecular Biomethods Handbook . 2nd ed. Walker JM, Rapley R, editor. (US): Humana Press, NJ.
Eurlings MCM, Van Beek HH, Gravendeel B. 2009. Polymorphic microsatellites for forensic identification of agarwood (Aquilaria crassna). FSI 197(30):34. Fermentas. 2011. 6X DNA loading dye [Internet]. [dinduh 2014 Agu 9].
Tersedia pada: http://www.fermentas.com/en/products/all/dna-electrophoresis/buffers-reagents/r061-dna-loading-dye.
Gaffar S. 2007. Buku Ajar Bioteknologi Molekul. Bandung (ID): Universitas Padjajaran.
Gelfand DH, White TJ. 1990. Thermostable DNA Polymerase. Di dalam : Innis MA, Glefand DH., Sninsky JJ, White TJ, editor. PCR Protocols A Guide to Methods and Applications. San Diego (US): Academic Press.
Geneaid. 2008. Gel/PCR DNA fragments extraction kit [Internet]. [diunduh
2014 Agu 9]. Tersedia pada
http://www.geneaid.com/sites/default/files/DF12_0.pdf .
Glick BR, Pasternak JJ 1998. Molecular Biotechnology. 2nd ed. Washington DC (US): ASM Press.
Griffith M. 2001. Genetic modifocation of the Escherichia coli strain DH5α to
22
Handoyo D, Rudiretna A. 2001. Prinsip umum dan pelaksanaan polymerase chain reaction (PCR) [general principles and implementation of polymerase chain reaction]. Unitas. 9(1):17-29.
Hartati. 2007. Kloning gen penyandi sukrosa sintase dari tanaman sengon (Paraserianthes falcataria). [tesis]. Bogor (ID): Sekolah Pascasarjana, Institut Pertanian Bogor.
Holme DJ, Hazel P. 1998. Analytical biochemistry. 3rd ed. London (GB): Addison Wesley Longman.
Keller GH. Mark MM. 1989. DNA Probe. Macmilan (US): University Michigan. Larasati P. 2011. Isolasi Plasmid dan Elektroforesis pada Gel Agarosa. Bogor
(ID): Institut Pertanian Bogor.
Lodish et al. 1995. Molecular Cell Biology. New York (ID): Scientific American Books.
Mizawarti. 2003. Penerapan teknik-teknik kloning gen dalam kehidupan manusia. [tesis]. Medan (ID): Universitas Sumatera Utara.
Muladno. 2010. Teknologi Rekayasa Genetika. Bogor (ID): IPB Press.
Novel SS., Firstianty F, Safitri R, Nuswantara S. 2010. Whatman flinders technology associates (FTA) card untuk uji diagnostik molekular bakteri Mycobacterium tuberculosis berbasis metode polymerase chain reaction. Bandung (ID): Jurusan Biologi, Fakultas Metematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Universitas Padjajaran.
Old RW, Primrose SB. 2003. Prinsip-prinsip manipulasi gen : pengantar rekayasa genetik. Ed ke-4. Susilo H, Corebima AD, editor. Jakarta (ID): UI-Press. Terjemahan dari: Principles of gene manipulation : An Introduction to Genetic Engineering. 4th ed,.
Pelczar MJ, Chan ECS. 1986. Dasar-dasar Mikrobiologi. Hadioetomo RS, Imas T, Tjitrosomo SS, Angka SL, penerjemah. Jakarta (ID): Universitas Indonesia. Porebski S, Bailey LG. Baum BR. 1997. Modification of CTAB DNA extraction
protocol for plants containing high polysaccharide and polyphenol components. Plant Mol. Biol. Rep. 15:8-15.
Promega. 2010. Technical Manual pGemT and pGemT-Easy Vector System. USA : Promega Corporation.
Promega. 2009. Technical Bulletin GoTaq PCR Core Systems. Madison (US): Promega Corporation.
Qiagen. 2012. DNeasy Plant Handbook. Centre Mainz (DE): Qiagen.
Rifai M. 2011. Modul genetika [Internet]. [diunduh 2014 Agu 10]. Tersedia pada: www.muhaiminrifai.lecture.ub.ac.id.
Sambrook JS, Russell DW. 2001. Molecular Cloning : A Laboratory Manual. Vol 1-3 rd ed. New York (US): Cold Spring Harbor Laboratory Press.
Sarkar S, Chaudhuri S, Basu T. 2002. Mechanism of artificial transformation of E.coli with plasmid DNA-clues from the influence of ethanol. Current Science 83:1376-1380.
Setyari PS, Wirasutha IG, Junitha IK. 2014. Metode analisis kualitatif dan kuantitatif LDL-C menggunakan elektroforesisagarose dapar TAE (Tris-Asam asetat-EDTA). Bali (ID): Universitas Udayana.
Sriati N. 2011. Analisis cemaran DNA mitokondria babi pada produk sosis sapi yang beredar di wilayah Ciputat menggunakan metode real-time PCR. [skripsi]. Jakarta (ID): Universitas Islam Negeri Syarif Hidayatullah.
23 Suharsono, Widyastuti U. 2006. Penuntun Praktikum Pelatihan Teknik Pengklonan. Bogor (ID): Departemen Biologi, Fakultas matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Institut Pertanian Bogor.
Suharsono, Widyastuti U. 2010. Penuntun Praktikum Pengantar Genetika Molekular. Bogor (ID): Departemen Biologi, Fakultas matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Institut Pertanian Bogor.
Sumarna Y 2009. Gaharu Budidaya dan Rekayasa Produksi. Bogor (ID): Penebar Swadaya.
Tsen et al. 2002. Natural plasmid transformatio n in Escherichia coli. Journal of Biomedical Science 9:246-252.
Tu et al. 2005. An improved system for competent cell preparation and high efiiciency plasmid transformation using different Escherichia coli strains. Electronical Journal of Biotechnology 8.
Varshney RK,Graner A, Sorrells ME. 2005. Genic Microsatellite Markers in Plants: Feature and Applications. Trends in Biotechnology. 23:48-56.
Verkuil PVE. 2008. Principles and Technical Aspects of PCR Amplification, 141 Springer Science + Business Media B.V.
Vierstraete A. 1999. Principles of PCR [Internet]. [diunduh 2014 Agu 9]. Tersedia pada: http://users.ugent.be/~avierstr/principles/pcr.html.
Walker JM, Rapley R. 2002. Molecular Biology and Biotechnology. 4th ed. Great Britain : The Royal Society of Chemistry.
Weaver NA, Hedrick PW. 1997. Genetics. 3rd ed. Dubuque (US): Wm. C. Brown Publisher.
Weising K, Nybom H, Wolff K, Kahl G. 2005. DNA Fingerprinting in Plants Principles, Methods, and Applications. 2nd ed. Francis : CRC Press.
Wong DWS. 1997. The ABC of Gene Cloning. New York (US): International Thompson Publishing.
Yuwono T. 2006. Teori dan Aplikasi Polymerase Chain Reaction. Yogyakarta (ID): Penerbit ANDI.
Yuwono T. 2009. Biologi Molekular. Jakarta (ID): Erlangga.
Zhiming Tu, Guangyuan He, Kexiu XLi, Mingjie JC, Junii Chang. Chen L, Qing Y, Dongping PL, Huan Y, Jiantao S, Xuqian Wu. 2005. An improved system for competent cell preparation and high efficiency plasmid transformation using different Escherichia coli strains. Electronic Journal of Biotechnology 8(1):113-120.
24
LAMPIRAN
Lampiran 1 Komposisi pembuatan buffer TAE 50 kali (Tris-Acetate-EDTA) (Setyari 2014)
Buffer TAE 50 kali dibuat dari komponen:
Tris-base 48,4 g
Acetic acid glacial 11,4 g EDTA 0,5 M pH 8,0 20 ml
Komponen tersebut kemudian dilarutkan dengan menggunakan aquadest hingga volumenya 1000 ml dan dihomogenkan dengan menggunakan magnetic strirrer. Setelah itu, simpan pada suhu ruang.
Lampiran 2 Cara pembuatan loading dye 6 kali (Fermentas 2011) Loading dye 6 kali dapat dibuat dari komponen :
Bromophenol blue 0,25 %
Xylene cyanol 0,25 %
Ficoll tipe 15 %
EDTA 120 mM
Kemudian, komponen tersebut dihomogenkan dan disimpan pada suhu ruang. Lampiran 3 Cara pembuatan media LB (Luria bertani) cair (Apriani 2008).
Media luria bertani cair dapat dibuat dengan komposisi dari: Ekstrak khamir 0,5 g
NaCl 1 g
Pepton 1 g
Komponen tersebut dilarutkan ke dalam 100 ml aquadest. Setelah itu, dihomogenkan pada mesin magnetic stirrer hingga larutan berwarna kekuningan. Kemudian, larutan LB cair tersebut disterilisasi pada autoclave dengan suhu 121
oC selama 1 jam.
Lampiran 4 Cara pembuatan media LB (Luria bertani) agar (Apriani 2008). Media luria bertani agar dapat dibuat dengan komposisi dari :
Ekstrak khamir 0,5 g
NaCl 1 g
Pepton 1 g
Agar 2 g
Komponen tersebut dilarutkan ke dalam 100 ml aquadest. Setelah itu, dihomogenkan pada mesin magnetic stirrer hingga larutan berwarna kekuningan. Kemudian, larutan LB cair tersebut disterilisasi pada autoclave dengan suhu 121
25 Lampiran 5 Cara pembuatan TFB (Transformation Buffer) (Suharsono dan
Widyastuti 2010).
Pembuatan transformation buffer terdiri atas komponen :
PIPES 10 mM 3 g
CaCl2.2H2O 15 mM 2,2 g
KCl 250 mM 18,2 g
MnCl2.4H2O 55 mM 10,9 g
Aquadest 950 ml
Komponen tersebut diaduk dengan menggunakan magnetic strirrer dan tambahkan KOH hingga pH 6,7 dan tambahkan aquadest hingga volume 1 L. Lampiran 6 Cara pembuatan media 2xYT (Alimuddin et al. 2008)
Recovery media atau media 2xYT dapat dibuat dari komponen :
Polypeptone 1,6 %
Yeast extract 1 %
NaCl 0,5 %
Agarosa 1,5 %
Komponen di campur dalam SDW.
Lampiran 7 Cara pembuatan IPTG 0,1 M (Promega 2010)
IPTG sebanyak 1,2 g ditambahkan aquadest sampai volume akhir 50 ml. Kemudian, dilakukan sterilisasi dengan alat filtrasi dan disimpan pada 4 oC. Lampiran 8 Cara pembuatan X-Gal 50 mg/ml (Promega 2010)
X-Gal sebanyak 100 mg dilarutkan ke dalam 2 ml N,N’dimethyl -formamide. Kemudian, simpan pada wadah yang gelap atau dibungkus dengan aluminium foil, dan disimpan dalam -20 oC.
26
Lampiran 9 Prosedur isolasi DNA genom menggunakan "DNeasy Plant Mini Kit" dari Qiagen (2012)
27 Lampiran 10 Proses perbanyakan DNA dengan PCR (Vierstraete 1999)
Lampiran 11 Cara perhitungan perbandingan 3:1 antara DNA sisipan dengan DNA vektor (Promega 2010).
Rumus untuk menghitung perbandingan antara DNA sisipan dengan DNA vektor sebesar 3:1 adalah:
Jumlah insert (ng) = vektor (ng) x ukuran insert (kb) x 3 Ukuran vektor (kb) 1 Jumlah insert (ng) = 50 ng x 0,15 kb x 3 = 7,5 ng
3 1
Parameter yang digunakan adalah sama yakni 1:1 antara insert : vektor, sehingga yang digunakan adalah 2,5 ng dari 0,15 kb insert.
28
29
RIWAYAT HIDUP
Penulis bernama Arie Aqmariana, mahasiswa jurusan silvikultur, fakultas kehutanan, Institut Pertanian Bogor angkatan 47 atau masuk pada tahun 2010. Penulis lahir di Jakarta pada tanggal 26 Januari 1993 pada hari selasa. Penulis merupakan anak ke-2 dari dua bersaudara. Kakak penulis adalah seorang laki- laki bernama Emir Idris Nasution. Penulis merupakan anak dari pasangan suami- istri Rusli Nasution dan Emma Salamah. Saat ini penulis tinggal bersama orang tua dan kakaknya di Jl. Babakan Sirna No. 21, Kelurahan Tegal Lega, Kecamatan Bogor Tengah, Kota Bogor.
Sejak lahir hingga menempuh bangku pendidikan sekolah menengah, penulis tinggal di DKI Jakarta sehingga riwayat pendidikan penulis bertempat pula di Jakarta. Dimulai dari pendidikan Taman Kanak-kanak di Citra Mu’min
dan langsung memasuki kelas B dari tahun 1997-1998. Dilanjutkan pada pendidikan di Sekolah Dasar Negeri Kebon Kacang 03 Pagi dari tahun 1998-2004. Pendidikan sekolah menengah pertama ditempuh di SMP Negeri 70 Jakarta dari tahun 2004-2007. Pendidikan nonformal juga ditempuh di Taman Pendidikan Agama Baitul Huda Kebon Kacang mulai dari sekolah SD hingga SMP kelas 2. Saat itu, diperoleh piala-piala ataupun penghargaan dari kompetisi yang bernafaskan agama. Selain itu, di SMP 70 aktif dalam ektrakulikuler Karate INKAI sebagai bendahara dan juga mewakili sekolah dalam olimpiade Matematika dan Bahasa Inggris.
Pendidikan sekolah menengah atas ditempuh di SMA Negeri 35 Jakarta dari tahun 2007-2010. Saat SMA penulis aktif di ektrakulikuler Karya Ilmiah Remaja. Setelah itu, mendaftar pendidikan lanjutan di IPB melalui jalur USMI. Selama perjalanan pendidikannya di IPB,khususnya ketika TPB, penulis adalah anggota Biro Event Organizer di Unit Kegiatan Mahasiwa (UKM) Koperasi Mahasiswa IPB (KOPMA IPB) dari tahun 2010-2011.
Ketika memasuki fakultas, penulis mendapatkan lokasi Praktek Pengenalan Ekosistem Hutan (PPEH) di Tama n Nasional Gunung Ciremai (TNGC). Selanin itu, penulis juga berpartisipasi dalam kepanitiaan Bina Corps Rimbawan (BCR) sebagai anggota Divisi Komisi Disiplin pada tahun 2012 dan 2013. Selan itu, penulis juga aktif di Lembaga Struktural Rimbawan Pecinta Alam (RIMPALA), Fakultas Kehutanan, IPB dari tahun 2012 sampai sekarang. Penulis pernah menjadi sebagai anggota Biro Kesekretariatan RIMPALA dari tahun 2012-2013, sekretaris Tree Climbing Division RIMPALA di tahun 2012-2013, anggota Divisi Bidang Khusus RIMPALA tahun 2014. Selain itu, penulis juga turut ambil bagian dalam Himpunan Profesi Tree Grower Community sebagai anggota Divisi Science Improvement di tahun 2013.
