SEKOLAH PASCASARJANA INSTITUT PERTANIAN BOGOR
PERNYATAAN MENGENAI TESIS DAN SUMBER INFORMAS
Dengan ini saya menyatakan bahwa tesis Telaah Kualitas Daging serta Identifikasi Keragaman gen GH dan GHR pada Kerbau (Bubalus bubalis) adalah karya saya dengan arahan dari komisi pembimbing dan belum diajukan dalam bentuk apapun kepada perguruan tinggi manapun. Sumber informasi yang berasal atau dikutip dari karya yang diterbitkan maupun tidak diterbitkan dari penulis lain telah disebutkan dalam teks dan dicantumkan dalam Daftar Pustaka di bagian akhir tesis ini.
Bogor, Maret 2010
Eryk Andreas NRP. D151080161
ERYK ANDREAS. Study of Meat Quality and Identification Polymorphism of GH and GHR Genes in Buffalo (Bubalus bubalis). Under direction of CECE SUMANTRI, Henny NURAINI, and ACHMAD FARAJALLAH
Growth hormone exert its effect on growth and metabolism by interacting with a specific receptor on the surface of the target cells. GHR has been suggested as candidate gene for traits related to meat production in Bovidae. The objective of this research was to studied meat quality and identify polymorphism of GH and GHR genes in buffalo. The 93 muscle samples from Longissimus dorsi et lumbarum from slaughter house in Pandeglang-Banten were used to study meat quality. There was a significant effect of age at slaughter on body and carcass weight in both male and female buffaloes, and fat thickness in female. A positive relationship was observed between carcass weight and fat thickness and rib eye area, and also between fat thickness and rib eye area. Increase in pH value was affected to decreased shear force Warner Bratzler and percentage of cooking loss. The 452 DNA samples buffalo from five populations in Indonesia (Siborong- Borong-Medan (65 samples), Lebak-Banten (29 samples), Pandeglang-Banten (180 samples), Semarang-Central Java (75 sampel), and Mataram-West Nusa Tenggara (103 samples) were used to determined polymorphism elucidated by PCR-RFLP method. There were no polymorphism detected using PCR-RFLP. PCR-SSCP and DNA sequencing as another molecular techniques also give same result as PCR-RFLP. Therefore, GH and GHR genes can not use as molecular markers for meat quality.
Keywords: growth hormone (GH), growth hormone receptor (GHR), buffalo, meat quality
RINGKASAN
ERYK ANDREAS. Telaah Kualitas Karkas dan Daging serta Identifikasi Keragaman gen GH dan GHR pada Kerbau (Bubalus bubalis). Dibimbing oleh CECE SUMANTRI, HENNY NURAINI, dan ACHMAD FARAJALLAH.
Modal dasar pembangunan subsektor peternakan nasional sangat ditentukan oleh pemilikan, pelestarian dan pemanfaatan sumberdaya hayati ternak baik berupa ternak yang sudah dikembangkan maupun yang masih dipelihara secara subsisten. Kerbau merupakan ternak ruminansia besar yang penting bagi masyarakat Indonesia. Kerbau di Indonesia selain digunakan sebagai tanaga kerja, juga digunakan sebagai sumber daging. Kontribusi daging kerbau terhadap pemenuhan kebutuhan daging nasional masih sangat rendah, yaitu 2,03%. Tingkat konsumsi yang rendah tersebut dapat dipengaruhi oleh latar belakang budaya konsumen, selain kualitas daging juga merupakan faktor penentu bagi konsumen dalam memilih daging yang akan dikonsumsi. Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan informasi tentang kualitas daging kerbau yang datanya masih sangat terbatas, juga informasi keragaman gen pertumbuhan ataugrowth hormone (GH) dan growth hormone receptor (GHR) kerbau, serta kemungkinannya digunakan sebagai penanda kualitas daging kerbau.
Sampel otot yang digunakan untuk pengujian kualitas daging merupakan otot Longissimus dorsi et lumbarum, sebanyak 93 sampel. Sampel yang digunakan dalam identifikasi keragaman gen GH dan GHR sebanyak 425 sampel, terdiri atas 65 sampel dari Siborong-Borong-Medan, 29 sampel dari Lebak- Banten, 180 sampel dari Pandeglang-Banten (48 sampel darah, dan 132 sampel daging), 75 sampel dari Semarang-Jawa Tengah, dan 103 sampel dari Mataram- Nusa Tenggara Barat.
Penilaian kualitas daging meliputi nilai pH, daya putus Warner Bratzler, persentase susut masak, dan persentase air bebas. Penilaian kualitas karkas meliputi bobot potong, bobot karkas, persentase bobot karkas, tebal lemak punggung, dan luas urat daging mata rusuk. Analisis keragaman ruas gen GH dan GHR kerbau dilakukan dengan pendekatanpolymerase chain reactions-restriction length polymorphism (PCR-RFLP), polymerase chain reactions-single strand conformation polymorphism(PCR-SSCP), dan DNA sekuensing.
Kelompok umur kerbau dibawah 2 tahun, 2-4 tahun, dan diatas 4 tahun tidak berpengaruh terhadap kualitas daging yang dihasilkan. Nilai pH daging kerbau dalam penelitian ini berkisar antara 5,5–5,8, daya putus Warner Bratzler berkisar 7,9–9,6 kg/cm2, persentase susut masak antara 44–49%, dan persentase air bebas berkisar antara 18–33%. Nilai pH berkorelasi negatif dengan nilai daya putus Warner Bratzler sebesar -0,69 dan persentase susut masak sebesar -0,31. Korelasi antara daya putus Warner Bratzler dengan persentase susut masak bernilai positif sebesar 0,34.
Bobot potong dan bobot karkas dipengaruhi oleh umur (P<0,01) pada kedua jenis kelamin kerbau. Pada kelompok kerbau betina, umur berpengaruh terhadap tebal lemak punggung (P<0,01). Pada kelompok kerbau jantan, bobot potong dan bobot karkas menunjukkan peningkatan seiring dengan terjadinya
penambahan umur. Kelompok umur 2–4 tahun memiliki bobot potong dan bobot karkas yang lebih tinggi jika dibandingkan dengan kerbau kelompok umur dibawah 2 tahun. Pada kelompok kerbau betina, bobot potong dan bobot karkas untuk kelompok umur 2–4 tahun tidak berbeda dengan kelompok umur diatas 4 tahun, tetapi lebih besar dari kelompok umur dibawah 2 tahun. Parameter kualitas karkas menunjukkan bahwa bobot potong berkorelasi positif dengan bobot karkas (0,89) dan tebal lemak punggung (0,47). Bobot karkas berkorelasi positif dengan tebal lemak punggung (0,65), dan luas urat daging mata rusuk sebesar (0,22). Korelasi positif juga terjadi antara tebal lemak punggung dan luas urat daging mata rusuk (0,27).
Amplifikasi ruas gen GH menggunakan primer forward 5’- CGGACCGTGTCTATGAGAAGCTGAAG-3’ dan primerreverse5’-GTTCTTG AGCAGCGCGTCGTCA-3’. Panjang produk hasil amplifikasi adalah 432 bp. Amplifikasi ruas gen GHR menggunakan primerforward5’-CGCTTACTTCTGC GAGGTAGACGC-3’ dan primerreverse5’-GTCTGTGCTCACATAGCCAC-3’. Panjang produk amplifikasi ruas gen GHR sepanjang 398 bp. Produk amplifikasi dipotong dengan enzimAluI (lokus GH|AluI dan GHR|AluI). Lokus GH|AluI dan GHR|AluI pada kelima populasi kerbau adalah seragam. Genotipe yang ditemukan adalah genotipe LL untuk gen GH dan genotipe AA untuk gen GHR.
Runutan nukleotida ruas gen GH dan GHR pada kerbau memiliki tingkat kesamaan yang tinggi dengan sapi (96–98%). Pada kerbau dengan daging yang empuk maupun pada kerbau dengan daging yang alot memiliki runutan nukleotida yang sama. Hal tersebut mengindikasikan bahwa ruas gen tersebut tidak dapat digunakan sebagai penanda sifat keempukan daging kerbau.
Kata kunci : hormon pertumbuhan, reseptor hormon pertumbuhan, kerbau, kualitas daging
© Hak Cipta milik IPB, tahun 2010
Dilarang mengutip sebagian atau seluruh karya tulis ini tanpa mencantumkan atau menyebutkan sumbernya. Pengutipan hanya untuk kepentingan pendidikan, penelitian, penulisan karya ilmiah, penyusunan laporan, penulisan kritik, atau tinjauan suatu masalah; dan pengutipan tersebut tidak merugikan kepentingan yang wajar IPB.
Dilarang mengumumkan dan memperbanyak sebagian atau seluruh Karya tulis dalam bentuk apapun tanpa izin IPB.