UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta membuat beberapa kebijakan dalam upaya pencegahan berkembangnya islamisme di kalangan mahasiswa. Kebijakan-kebijakan ini berlaku untuk semua Prodi termasuk Prodi PAI. Upaya pencegahan di samping melalui proses perkuliahan sesuai dengan kurikulum yang telah dirumuskan, juga melalui beberapa program. Salah satu program tersebut adalah Pengenalan Budaya Akademik dan Kemahasiswaan (PBAK) bagi mahasiswa baru yang materinya meliputi profil UIN Sunan Kalijaga, keteladanan Sunan Kalijaga, pembinaan kemahasiswaan (pengenalan organisasi mahasiswa), macam-macam Unit Kegiatan Mahasiswa, profil fakultas dan prodi, pedoman akademik dan tata tertib mahasiswa, pembinaan mental spiritual dan pembinaan kebangsaan Indonesia dan cinta tanah air. Program untuk mahasiswa baru lainnya adalah Sosialisasi Pembelajaran di Perguruan Tinggi bagi mahasiswa baru yang materinya meliputi core values, visi-misi UIN, pengembangan soft skill mahasiswa, gerakan deradikalisasi mahasiswa, pilar kebangsaan, dan internalisasi nilai-nilai kebangsaan di Indonesia. Masih untuk mahasiswa baru, ada program pesantrenisasi selama satu tahun khususnya bagi mahasiswa yang berlatar belakang pendidikan sekolah umum (SMA/SMK) yang tidak berbasis pesantren. Selain program di atas, ada juga kode etik/tata tertib mahasiswa yang salah satunya diharapkan dapat mencegah meluasnya islamisme di kalangan mahasiswa. Kegiatan lainnya berupa kegiatan pembinaan yang langsung ditangani oleh wakil dekan bidang kemahasiswaan, seperti pelatihan living values education (LVE) bagi mahasiswa Fakultas Ilmu Tarbiyah dan Keguruan dan kegiatan-kegiatan yang dilaksanakan oleh organisasi kemahasiswaan baik pada tingkat universitas, fakultas, maupun jurusan/program studi.
UMY membuat kebijakan yang hampir sama dengan yang dilakukan di UIN Sunan Kalijaga sebagai upaya untuk mencegah gejala islamisme di kalangan para mahasiswa.
Upaya tersebut selain melalui proses perkuliahan mata kuliah sebagaimana yang telah digariskan dalam kurikulum juga melalui beberapa kegiatan yaitu: (1) pelaksanaan kegiatan Orientasi Studi Dasar Islam (OSDI) dan masa taaruf bagi semua mahasiswa baru yang materinya antara lain tentang self discovery, social relation, career readiness;
(2) pelaksanaan kegiatan Kuliah Intensif Al-Islam (KIAI) bagi semua mahasiswa pada semester pertama; (3) melaksanakan pembinaan terhadap berbagai kegiatan yang dilaksanakan oleh mahasiswa melalui kegiatan keorganisasian mahasiswa baik pada tingkat universitas fakultas maupun program studi; (4) menerbitkan dan menerapkan kode etik/tata tertib untuk semua mahasiswa.
Kebijakan yang dilakukan oleh IIM Surakarta dalam upaya pencegahan islamisme di kalangan para mahasiswanya terlihat lebih simpel dibandingkan dengan yang dilakukan di UIN Sunan Kalijaga dan UMY. Selain melalui perkuliahan, upaya tersebut dilakukan melalui beberapa kegiatan, yaitu: (1) melaksanakan kegiatan Orientasi dan Sosialisasi Pengenalan Kampus (Ospek) bagi mahasiswa baru yang materinya meliputi visi, misi dan tujuan yayasan, visi, misi dan tujuan IIM, pengenalan tentang organisasi mahasiswa dengan pemateri para pimpinan institut dan fakultas; (2) melaksanakan kegiatan pembekalan bagi mahasiswa pada saat mereka akan melaksanakan kegiatan praktik pengalaman lapangan (PPL) dan kuliah kerja nyata (KKN); (3) melaksanakan kegiatan pembinaan kegiatan kemahasiswaan; dan 4) penerbitan dan pemberlakukan kode etik mahasiswa.
Mencermati kebijakan dan proses pendidikan di ketiga Prodi PAI mulai dari core values, visi-misi, kebijakan-kebijakan, desain kurikulum, hingga ke proses pembelajarannya tidak ditemukan indikasi bahwa ada upaya pengembangan narasi sikap keberagamaan yang eksklusif, radikalis, dan intoleran. Ketiga PTKI memiliki visi-misi dan upaya membekali mahasiswa dengan sikap beragama yang moderat, terbuka, dan toleran.
Demikian juga dengan kegiatan-kegiatan yang dilakukan mahasiswa melalui organisasi intra kampus berdasarkan hasil wawancara dengan pimpinan PTKI baik pada tingkat fakultas maupun prodi dan dengan mencermati program dan kegiatan yang diselenggarakan oleh organisasi intra kampus tidak ditemukan adanya indikasi pengembangan wawasan keislaman dan sikap keagamaan mahasiswa yang eksklusif apalagi radikal. Pihak pimpinan fakultas maupun program studi atau jurusan telah berupaya mengontrol dan memantau program dan kegiatan-kegiatan yang diselenggarakan oleh mahasiswa lewat organisasi intra kampus tersebut. Bentuk pengontrolannya antara lain dari awal penyusunan program kerja dan kegiatan dari pihak pimpinan fakultas maupun prodi telah memberikan arahan bahwa semua program dan kegiatan yang diselenggarakan oleh mahasiswa lewat organisasi intra kampus tersebut harus disesuaikan atau sejalan dengan core values, visi-misi universitas, fakultas, dan prodi. Ketika mahasiswa akan melaksanakan suatu kegiatan, mereka harus berkonsultasi
dan mendiskusikannya dengan pimpinan fakultas ataupun prodi, mulai dari bentuk kegiatan hingga penentuan pemateri atau narasumber yang dilibatkan dalam kegiatan tersebut, sehingga dengan cara seperti itu kegiatan dapat dikontrol. Berdasarkan hasil pemantauan dari pihak fakultas dan jurusan/prodi selama ini tidak ditemukan adanya indikasi mahasiswa melaksanakan kegiatan yang tidak sesuai dengan core values, visi-misi universitas, fakultas, maupun prodi.
Selanjutnya kegiatan-kegiatan yang dilakukan mahasiswa melalui kegiatan ekstra kampus seperti PMII, HMI, IMM, KMNU, KAMMI secara umum juga terlihat berdampak positif dan tidak ditemukan indikasi ke arah pengembangan sikap keagamaan yang eksklusif-radikal. Sisi positif mahasiswa yang aktif di organisasi ekstra kampus terlihat memiliki wawasan pemikiran keislaman kontemporer lebih baik daripada yang tidak aktif. Hal ini karena di organisasi ekstra kampus tersebut umumnya memiliki agenda kegiatan secara rutin dalam bentuk kajian-kajian dan bedah buku yang berkaitan dengan pemikiran-pemikiran atau isu-isu kontemporer. Memang ditemukan pula ada organisasi ekstra kampus yang cenderung agak eksklusif.
Pihak kampus dari ketiga PTKI telah berupaya sedemikian rupa membentuk sikap keberagamaan mahasiswa yang terbuka, moderat, dan toleran sebagaimana yang telah diuraikan pada bagian sebelumnya. Namun realitasnya masih dijumpai kecenderungan sebagian mahasiswa yang memiliki sikap islamisme dan intoleran. Adanya gejala sikap islamisme di kalangan mahasiswa ini sepertinya lebih dipengaruhi oleh kegiatan mahasiswa di luar kampus dan juga akses media sosial. Aktivitas di luar kampus tersebut utamanya adalah kajian-kajian yang diikuti oleh mahasiswa. Misalnya kasus seorang mahasiswa yang memiliki pandangan pentingnya ditegakkan sistem khilafah di Indonesia. Ia menginginkan sistem pemerintahan di Indonesia ini diganti dengan sistem khilafah. Karena sistem demokrasi yang dilaksanakan di Indonesia bukan sistem yang terbaik. Pandangan mahasiswa seperti ini saat dikonfirmasi ke yang bersangkutan dimiliki sebagai hasil dari mengikuti kajian di luar kampus.
Oleh karena itu, sebagai upaya pencegahan lebih lanjut pihak kampus perlu melakukan identifikasi dan mengontrol secara lebih intensif kegiatan atau aktivitas mahasiswa di luar kampus misalnya dengan mengoptimalkan peran dosen penasihat akademik (DPA). DPA tidak hanya difungsikan untuk tugas-tugas yang berkaitan dengan persoalan akademik saja seperti pertimbangan pemilihan mata kuliah, penulisan skripsi, dan sebagainya, tetapi juga dioptimalkan untuk ikut memantau perkembangan sikap keberagamaan para mahasiswa. Ketika ada indikasi mahasiswa mengikuti kegiatan yang mengarah pada pengembangan sikap beragama yang eksklusif, radikal, dan intoleran, dapat segera diarahkan sesuai dengan visi-misi kampus. Kemudian langkah berikutnya adalah kampus perlu melakukan pengontrolan sejauh mana sikap keberagamaan mahasiswa tersebut sebelum mereka lulus, misalnya pada saat ujian komprehensif. Ketika ujian komprehensif materi yang diujikan sebaiknya tidak hanya fokus untuk mengukur tingkat penguasaan keilmuan mahasiswa setelah menjalani proses perkuliahan di kampus,
tetapi juga untuk mengecek sejauh mana sikap keberagamaan mahasiswa. Dengan cara seperti itu akan dapat dikontrol dan dipantau ketika ada indikasi sikap keberagamaan mahasiswa yang tidak sejalan dengan visi dan misi lembaga, sehingga masih ada kesempatan untuk memperbaikinya. Dengan upaya seperti itu, ketika mahasiswa lulus sudah ada upaya secara maksimal untuk menyiapkan calon guru agama Islam yang di samping memiliki kompetensi dalam bidang keilmuan (kompetensi profesional) dan kompetensi dalam melaksanakan tugas pembelajaran (kompetensi pedagogis), juga memiliki sikap keberagamaan yang moderat, terbuka, dan toleran (kompetensi personal dan sosial) sebagaimana visi-misi lembaga.