i
HUBUNGAN KEKERABATAN SAPI BALI DI BALAI BESAR
INSEMINASI BUATAN (BBIB) SINGOSARI, MALANG DAN
BALAI INSEMINASI BUATAN DAERAH (BIBD) BATURITI,
BALI BERDASARKAN VARIASI GEN SRY
SKRIPSI
DISUSUN OLEH: NIA AGUS LESTARI
06330012
PROGRAM STUDI PENDIDIKAN BIOLOGI
JURUSAN PENDIDIKAN MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM FAKULTAS KEGURUAN DAN ILMU PENDIDIKAN
i
HUBUNGAN KEKERABATAN SAPI BALI DI BALAI BESAR
INSEMINASI BUATAN (BBIB) SINGOSARI, MALANG DAN
BALAI INSEMINASI BUATAN DAERAH (BIBD) BATURITI,
BALI BERDASARKAN VARIASI GEN SRY
SKRIPSI
Diajukan Kepada Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan Universitas Muhammadiyah Malang untuk Memenuhi
Sebagai Persyaratan Memperoleh Gelar Sarjana Pendidikan Biologi
Disusun oleh:
NIA AGUS LESTARI NIM: 06330012
PROGRAM STUDI PENDIDIKAN BIOLOGI
JURUSAN MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM FAKULTAS KEGURUAN DAN ILMU PENDIDIKAN
LEMBAR PERSETUJUAN
Nama : Nia Agus Lestari NIM : 06330012
Jurusan : Pendidikan Biologi
Fakultas : Keguruan dan Ilmu Pendidikan
Judul : Hubungan Kekerabatan Sapi Bali Di Balai Besar Inseminasi Buatan (BBIB) Singosari, Malang Dan Balai Inseminasi Buatan Daerah (BIBD) Baturiti, Bali Berdasarkan Variasi Gen SRY
Diajukan untuk Dipertanggung Jawabkan dihadapan Dewan Penguji Guna Memperoleh Gelar Sarjana Pendidikan Strata Satu (S1)
Pada Jurusan Pendidikan Biologi Fakultas Keguruan Dan Ilmu Pendidikan
Universitas Muhammadiyah Malang
Menyetujui
Pembimbing I Pembimbing II
LEMBAR PERNYATAAN
Nama : Nia Agus Lestari
Tempat/Tanggal Lahir : Kediri, 28 Agustus 1987
NIM : 06330012
Fakultas/Jurusan : FKIP/Biologi
Menyatakan bahwa skripsi saya berjudul “ Hubungan Kekerabatan Sapi Bali Di Balai Besar Inseminasi Buatan (BBIB) Singosari, Malang Dan Balai Inseminasi Buatan Daerah (BIBD) Baturiti, Bali Berdasarkan Variasi Gen SRY “ adalah bukan skripsi orang lain baik sebagian maupun keseluruhan, kecuali dalam bentuk kutipan yang telah disebutkan sumbernya.
Demikian pernyataan ini dibuat dengan sebenar-benarnya dan apabila pernyataan ini tidak benar, saya siap menerima sanksi akademis.
Malang, 02 Februari 2011 Yang menyatakan,
(Nia Agus Lestari)
Mengetahui
Pembimbing I Pembimbing II
LEMBAR PENGESAHAN
Dipertahankan di Depan Dewan Penguji Skripsi Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan
Universitas Muhammadiyah Malang Dan Diterima untuk Memenuhi
Sebagian Dari Persyaratan
Memperoleh Gelar Sarjana ( S1 ) Pendidikan Biologi
Mengesahkan,
Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan Universitas Muhammadiyah Malang
Malang, 02 Februari 2011
Dekan
Drs.H. Fauzan, M.Pd
Dewan Penguji Tanda Tangan
M OTTO DAN PERSEM BAHAN
Sesungguhnya dimana ada kesulit an disit u ada kelapangan Sesungguhnya disamping kesulit an ada kelonggar an Kar ena it u, bila engkau t elah selesai dengan suat u peker j aan
Ker j akan pula ur usan ber ikut nya dengan t ekun Namun kepada Tuhanmu saj alah hendaknya Kamu menghar apkan pembalasan pahala-Nya
(QS.Alam Nasr ah:5-6)
D EN GAN PEN U H KEREN D AH AN H ATI , KU PE RSEM BAH KAN SKRI PSI I N I KEPAD A;
A l l a h S W T sebagai rasa syukur at as apa yang t elah Engkau berikan sel ama ini .
I b u d a n B a p a k t e r c i n t a
Terimakasih at as segal a kasi h sayang, perhat ian, kesabaran, nasehat dan doa yang t ul us iklas t anpa bat as & balas, Sert a segala dukungan hingga t erselesaikannya skri psi ini.
K a k a k , , A d i k d a n k e d u a k e p o n a k a n k u t e r s a y a n g
t erimakasi h at as doa, mot i vasi , krit ik dan sarannya
Sahabat seperj uangan & sahabat karib yang t elah menemani dal am suka duka sert a mahasiswa Biologi angakat an ’ 06 semoga Al lah SWT
senant iasa membi mbi ng dan meri dhoi langkah kit a
KATA PENGANTAR
Puji syukur kehadirat Allah SWT atas segala rahmat, taufiq, hidayah, serta inayah-Nya sehingga penulis dapat menyelesaikan Tugas Akhir yang berjudul “Hubungan Kekerabatan Sapi Bali Di Balai Besar Inseminasi Buatan (BBIB) Singosari, Malang Dan Balai Inseminasi Buatan Daerah (BIBD) Baturiti, Bali Berdasarkan Variasi Gen SRY”. Shalawat dan salam semoga tercurahkan kepada teladan kita Nabi Muhammad Saw, keluarga, para sahabat dan para pengikut yang diridhoi-Nya.
Penulis penyadari bahwa dalam penelitian sampai penyusunan skripsi ini tidak akan terwujud tanpa adanya bantuan, bimbingan, dan dukungan dari berbagai pihak. Oleh karena itu dalam kesempatan ini penulis tidak lupa mengucapkan terimakasih banyak kepada:
1. Bapak dan Ibu tercinta, Kakak, Adik serta kedua keponakan, terima kasih atas kasih sayang, do’a, pengorbanan, dorongan serta dukungannya.
2. Drs. Fauzan, M.Pd selaku Dekan Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan Universitas Muhammadiyah Malang.
3. Dra. Iin Hindun, M.Kes dan Dr. Poncojari Wahyono, M.Kes selaku pembimbing I dan II yang telah banyak memberikan bimbingan dan motivasi dalam penyusunan skripsi ini.
4. Dr. Ir. Aris Winaya, MM,M.Si selaku dosen pembimbing lapang yang telah banyak memberikan ilmu, bimbingan serta motivasi dalam penyusunan skripsi ini.
5. Dra. Sri Wahyuni, M.Kes selaku Ketua Jurusan Pendidikan Biologi
7. Segenap keluarga besar laboratorium Biotek dan Biologi, serta semua pihak yang turut membantu menyelesaikan tugas akhir yang tidak dapat disebutkan satu persatu terima kasih atas kerjasamanya.
8. Pihak lain yang tidak dapat disebutkan satu persatu
Semoga Allah SWT memberikan balasan yang berlipat ganda atas semua bantuan, dan dukungan yang diberikan. Penulis menyadari bahwa penyusunan skripsi ini masih belum sempurna dan banyak kekurangan. Oleh karena itu penulis mengharap kritik dan saran yang membangun demi kesempurnaan skripsi ini. Semoga karya ilmiah/skripsi ini dapat bermanfaat bagi penulis khususnya dan bagi pembaca pada umumnya.
Ami n Ya Robal Al amin.
Malang, 02 Februari 2011 Penulis,
DAFTAR ISI
BAB II TINJAUAN PUSTAKA 2.1 Tinjauan Tentang Sapi Bali... 8
2.1.1. Sejarah Sapi Bali ... 8
2.1.2. Karakteristik Fisik Sapi Bali ... 9
2.1.3. Klasifikasi Sapi Bali ... 11
2.2. Tinjauan Tentang DNA (Deoxyribo Nucleic Acid) ... 11
2.2.1. SRY (Sex Determining Region Y) ... 13
2.2.2. Mutasi Pada Gen... 16
2.2.3. Variasi Genetik ... 18
2.2.4. Peranan Gen Pada Tingkat Hubungan Kekerabatan ... 19
2.4 Tinjauan Tentang Sekuensing DNA ... 24
3.5 Definisi Operasional Variabel... 31
3.6 Prosedur Penelitian ... 31
3.6.1 Alat dan Bahan ... 31
3.6.2 Prosedur Kerja ... 35
3.7 Metode Analisis Data ... 41
BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN 4.1. Hasil Penelitian ... 44
4.1.1 Amplifikasi Gen SRY (Sex Determining Region Y) Dan Hasil Perunutannya (Sekuensing)... 44
4.1.2 Keragaman Gen SRY (Sex Determining Region Y) ... 47
4.1.3 Kekerabatan Antar Individu ... 50
4.1.4 Jarak Genetik Antar Individu ... 51
4.2. Pembahasan ... 53
4.2.1 Keragaman Gen SRY (Sex Determining Region Y) ... 53
4.2.2 Kekerabatan Antar Individu ... 55
BAB V KESIMPULAN DAN SARAN 5.1 Kesimpulan ... 59
5.2 Saran ... 60
DAFTAR PUSTAKA ... 61
DAFTAR TABEL
Tabel 4.1. Jumlah Kesamaan dan Varians Nukleotida Gen SRY (Sex Determining Region Y) Sapi BBIB Singosari, Malang dan BIBD Baturiti, Bali Terhadap Urutan Nukleotida Gen SRY
(Sex Determining Region Y) Bos javanicus... 48 Tabel 4.2. Persentase Similiarity dan Varians Fragmen Gen SRY (Sex
Determining Region Y) pada Populasi Sapi Bali di BBIB
Singosari, Malang dan Sapi Bali di BIBD Baturiti, Bali
terhadap Urutan Nukleotida Bos javanicus... 49 Tabel 4.3. Jarak Genetik Sapi Bali di BBIB Singosari, Malang dan
Sapi Bali di BIBD Baturiti, Bali Berdasarkan Variasi Gen
DAFTAR GAMBAR
Gambar 2.1. Sapi Bali Pejantan ... 10
Gambar 2.2. Peta Genetik Gen SRY (Sex Determining Region Y)... 16
Gambar 2.3. Mutasi Satu Pasang Basa Pada Gen ... 18
Gambar 2.4. Reaksi Skematis Proses Amplifikasi ... 22
Gambar 4.1. Elektroforesis Hasil PCR Gen SRY (Sex Determining Region Y) Pada Sapi Bali Di Balai Besar Inseminasi Buatan (BBIB) Singosari, Malang ... 45
Gambar 4.2. Elektroforesis Hasil PCR Gen SRY (Sex Determining Region Y) Pada Sapi Bali Di Balai Inseminasi Buatan Daerah (BIBD) Baturiti, Bali... 46
Gambar 4.3. Contoh Hasil PCR Gen SRY (Sex Determining Region Y) Sebelum Purifikasi ... 46
Gambar 4.4. Contoh Hasil PCR Gen SRY (Sex Determining Region Y) Setelah Purifikasi ... 46
DAFTAR LAMPIRAN
Lampiran 1 Urutan Nukleotida Gen SRY (Sex Determining Region Y) Sapi Bali di Balai Besar Inseminasi Buatan (BBIB) Singosari, Malang Dan Balai Inseminasi Buatan Daerah (BIBD)
Baturiti, Bali ... 65
Lampiran 2 Hasil Pensejajaran Nukleotida Sapi Bali di Balai Besar Inseminasi Buatan (BBIB) Singosari, Malang dan Sapi Bali di Balai Inseminasi Buatan Daerah (BIBD) Baturiti, Bali terhadap Bos javanicus . ... 67
Lampiran 3 Data Varians Nukleotida Gen SRY (Sex Determining Region Y) Sapi BBIB Singosari, Malang dan BIBD Baturiti, Bali Terhadap Urutan Nukleotida Gen SRY (Sex Determining Region Y) Bos javanicus ... 70
Lampiran 4 Isolasi DNA secara Manual ... 113
Lampiran 5 Alat Penelitian ... 116
DAFTAR PUSTAKA
Abulias M.N., Bhagawati D. 2008. Studi Awal Keragaman Genetik Ikan Betutu (Oxyeleotris Sp.) Di Waduk Penjalin Menggunakan Lima Macam Isozim, (Online),(http://lemlit.unila.ac.id/file/arsip%202009/SATEK%202008/VE RSI%20PDF/bidang%203/9.pdf, Diakses 10 Oktober 2010).
Andalusia. 2007. Pencarian Varian Gen Miostatin Pada Domb Komposit Sumatera. Skripsi, Departemen Biologi Fakultas Matematika Dan Ilmu Pengetahuan Alam Institut Pertanian Bogor, Bogor
Bugiwati. 2005. Pendugaan Sifat-Sifat Karkas Pedet Jantan Sapi Bali Pada Umur Yang Berbeda Di Kabupaten Bone Sulawesi Selatan Dengan Ultrasonografi,(Online),(http://ejournal.unud.ac.id/abstrak/srirachma%201 00202007.pdf , Diakses 19 September 2010).
Campbell N.A. 2003. Biologi. Terjemahan Oleh Wasmen. 2003. Erlangga: Jakarta.
Chamdi, Achmad Nur. 2005. Karakteristik Sumberdaya Genetik Ternak Sapi Bali (Bos-bibos banteng) dan Alternatif Pola Konservasinya. Biodiversitas, No.1 Vol.6 Januari 2006 Hal 70-75
Dwiyanto K., Inouni I., Priyanti A. 2005. Dampak Crossbreeding Terhadap
Kinerja Reproduksi Sapi Potong Di Indonesia, (Online),
(http://xa.yimg.com/kq/groups/23734405/1907190242/name/WartazoaBee f.doc, Diakses 08 Oktober 2010).
Dwiyanto K. 2008. Pemanfaatan Sumber Daya Lokal Dan Inovasi Teknologi Dalam Mendukung Pengembangan Sapi Potong Di Indonesia. Pengembangan Inovasi Pertanian, 1(3) 2008: 173-188
Dwiyanto K., Atien P. 2009. Pengembangan Industri Peternakan Berbasis Sumber Daya Lokal. Pengembangan Inovasi Pertanian, 2 (3) 2009 : 208-228 Fatchiyah. 2006. Polymerase Chain Reaction : Dasar Teknik Amplifikasi DNA
dan Aplikasinya, (Online),
(http://fatchiyah.lecture.ub.ac.id/2010/03/polymerase-chain-reaction-dasar-teknik-amplifikasi-dna-dan-aplikasinya/, Diakses 09 Oktober 2010).
Gaffar, Sabrani. 2007. Buku Ajar Bioteknologi Molekul. (Online), (http://pustaka.unpad.ac.idwp-contentuploads200906diktat_biotekmol, Diakses 11 Oktober 2010)
Tim GBS. 2007. Kamus Lengkap Biologi. Jakarta : GBS
Hadryanto, Davin E. P. 2008. Ikan Lanset: Nenek Moyang Manusia dan Hewan
Bertulang Belakang (1), (Online),
(http://images.google.co.id/imgres?imgurl=http://beritaiptek.istecs.org/wp-Did%26sa%3DG, diakses pada 28 September 2010).
Handiwirawan E. 2007. Perbaikan Mutu Genetik Sapi Bali, (Online), (http://mahlufiokey.blogspot.com/2007/12/perbaikan-mutu-genetik-sapi-bali.html, Diakses 12 Agustus 2010)
Hidayat T., Pancoro A. 2008. Kajian Filogenetika Molekuler dan Peranannya dalam Menyediakan Informasi Dasar untuk Meningkatkan Kualitas Sumber Genetik Anggrek. Jurnal AgroBioGen 4(1): 35-40
Hipyan. 2008. Peternakan Kambing, Sapi Dan Kerbau, (Online), (http:// peternakan-kambing-sapi-kerbau.blogspot.com/.../langkah-awal
peternakan-sapi-simental.html, Diakses 09 Oktober 2010).
Jakaria. D., Duryadi. R.R., Noor B., Tappa., Martojo H. 2007. Evaluasi Keragaman Genetik Gen Hormon Pertumbuhan (GH) Pada Sapi Pesisir Sumatera Barat Menggunakan Penciri PCR-RFLP. Media Peternakan, No.1 Vol.3 April 2007 Hal 1-10
Liu W.S., Leon F.A. 2007. Mapping Of The Bovine Y Chromosome. Electronic Journal Of Biology, 2007 Vol. 3(1) : 5-12
Nawawi Y.S. 2009. Karakteristik Dismorfologi Pada Pasien Dengan Kelainan
Kromosom Seks, (Online),
(http://eprints.undip.ac.id/7490/1/Yusuf_Syaeful_Nawawi.pdf, Diakses 06 Oktober 2010).
Nazir M. 1985. Metode Penelitian. Jakarta : Ghalia Indonesia.
Noor, Ronny Rachman., Farajallah, Achmad., Karmita, Maman. 2001. Pengujian Kemurnian Sapi Bali Dengan Anali sis Hemoglobin Dengan Metode Isoelectric Focusing. Hayati, No. 4 Vol.8 Desember 2001 Hal 107-111
Pratiwi A. 2006. Analisis Habitat Banteng (Bos Javanicus) Di Taman Nasional
Baluran, (Online),
(www.balurannationalpark.web.id/.../AnalisaHabitatBanteng-Baluran-06-FIX.pdf, Diakses 10 Oktober 2010).
Priyani N. 2004. Sifat Fisik Dan Kimia DNA, (Online), (http://repository.usu.ac.id/bitstream/123456789/825/1/biologi-nunuk2.pdf ,Diakses 10 Agustus 2010).
Purwanti M. dan Harry. 2006. Upaya Pemuliaan Dan Pelestarian Sapi Bali Di Provinsi Bali. Jurnal Penyuluhan Pertanian Bogor, No.1 Vol.1 Mei 2006 Hal. 34-41.
Rahayu S. 2006. Analisis Keragaman Genetik Sapi Bali (Bos sondaicus) : Suatu Kajian Biologi Molekuler. Disertasi Doktor, Program Studi Ilmu Kedokteran Kekushusan Biologi Reproduksi Pascasarjana Universitas Brawijaya, Malang.
Rahayu, Sri., Jayarani, Susilo, Agus., Djati, m Sasmito., Suryadi. 2009. Identifikasi Polimorfisme Gen Kalpastatin (Cast) Exon 19-20 Pada Sapi
PO (Peranakan Ongole) Dengan Metode PCR-RFLP (Online),
(http://biologi.ub.ac.id/files/2010/12/BSS2010SRMSD.pdf, Diakses 10 Agustus 2010)
Ratnayani K., Wirajana I.N., Laksmiwati A.A.I.A.M. 2007. Analisis Variasi Nukleotida Daerah D-Loop Dna Mitokondria Pada Satu Individu Suku Bali Normal, (Online), (http://ejournal.unud.ac.id/abstrak/j-kim-vol1-no1-ratna.pdf, Diakses 04 Oktober 2010).
Sciencebiotech. 2010. Mengenal Teknik DNA Sequencing, (Online), (http://sciencebiotech.net/mengenal-teknik-dna-sequencing/, Diakses 08 Oktober 2010).
Siregar., Amelia Z. 2008. Biologi Pertanian Untuk Sekolah Menengah Kejuruan,
Jilid I, (Online), (http://
www.ilmuku.com/file.php/.../biologi_pertanian_1_ameilia-dkk.pdf, Diakses 10 September 2010).
Suranto., Sajidan.,Harliyono., Winarno K., Hariningsih S.E. 2000. Studi Variasi Populasi Ipomoea pes-caprae (L) Sweet di Jawa Tengah, Jawa Timur dan Yogyakarta. Biosmart, 2(1): 28 – 33.
Suryana. 2009. Pengembangan Usaha Ternak Sapi Potong Berorientasi
Agribisnis Dengan Pola Kemitraan, (Online),
(http://noviwidi.blog.uns.ac.id/.../pengembangan-usaha-ternak-sapi-potong-berorientasi-agribisnis-dengan-pola-kemitraan.pdf , Diakses 10
September 2010).
Tiersch, Terrence R., Mitchell, Michael J., Wachtel, Stephen S. 1991. Studies On The Phylogenetic Conservation Of The SRY gene. Hum Genet, 87 : 571-573
Underwood A.C. 2008. Differential Activities Of Multiple Sry Proteins Encoded On The Rat Y Chromosome, (Online), (http://etd.ohiolink.edu/send-pdf.cgi/Underwood%20Adam.pdf?kent1219082538, Diakses 08 Oktober 2010).
Verkaar E.L.C., Vervaecke H., Roden C., Mendoza, L Romero., Barwegen MW., Susilawati T., Nijman I.J., Lenstra J.A. 2003. Paternally Inherited Markers In Bovine Hybrid Populations. Heredity, 91, 565-569
Verkaar E.L.C. 2003. Sructure And Evolution Of The Y-Chromosomal And Mithocondrial DNA Of Cattle. Nederlands: Universiteit Utrecht.
Winaya, Aris., Wahyudi, Ahmad. 2009. Petunjuk Praktikum Bioteknologi
Peternakan, Petunjuk Praktikum, Laboraturium Kultur Dan Rekayasa
Genetika Pusat Pengembangan Bioteknologi Universitas Muhammadiyah Malang, Malang
Winaya A. 2010. Variasi Genetik Dan Hubungan Filogenetik Populasi Sapi Lokal Indonesia Berdasarkan Penciri Molekuler Dna Mikrosatelit
Kromosom Y Dan Gen Cytochrome B, (Online),
1 BAB I PENDAHULUAN
1.1Latar Belakang Masalah
Sapi Bali adalah sapi asli Indonesia yang berasal dari Banteng liar (Bibos Banteng Syn Bos sondaicus) yang didomestikasi. Menurut Meijer (1962) proses
penjinakan Banteng liar tersebut terjadi di pulau Jawa, namun menurut Slijper terjadi di pulau Bali pada zaman pra-sejarah (Purwanti & Harry, 2006).
Sapi Bali sebagai sapi asli Indonesia ternyata merupakan salah satu bangsa (breed) sapi yang paling cocok dikembangkan di Indonesia (ACIAR, 2003). Sapi dengan ukuran badan yang relatif kecil ini mempunyai keistimewaan seperti daya reproduksi sangat baik, kualitas karkas dan daging prima, mampu bertahan hidup dalam kondisi lembab tropis dengan kualitas pakan yang kurang baik, serta tahan menghadapi berbagai serangan parasit (Diwyanto et al., 2009).
Dalam dekade terakhir ini populasi sapi potong mengalami penurunan, yaitu pada periode 2001 sampai 2006 turun sebesar 2,8 persen per tahun (DITJENAK, 2006). Penurunan populasi ini lebih mengkawatirkan karena terjadi pada wilayah sentra produksi yakni NTB, NTT, Sulawesi, Lampung dan Bali (Diwyanto et al., 2005). Pada tahun 2007, populasi sapi potong tercatat 11,366 juta ekor (DITJENAK, 2007). Populasi tersebut belum mampu mengimbangi laju permintaan daging sapi yang terus meningkat (Suryana, 2009).
2
contoh, ternak yang diantar pulaukan dari NTT dan NTB, jumlahnya semakin berkurang yang dibarengi dengan bobot badan yang lebih kecil dibanding pada dasawarsa 1970-an (Diwyanto, 2005).
Makin menurunnya kualitas genetik sapi Bali diantaranya nampak pada performa sapi Bali, yakni tubuh (tinggi pundak) yang kian pendek, ukuran tubuh mengecil, kaki memendek dan berat badan pun menurun. Hal tersebut merupakan akibat dari aktivitas inbreeding dan seleksi negatif (Bugiwati, 2005). Sebelumnya Martojo (1988) menyatakan bahwa penurunan mutu sapi Bali terutama disebabkan karena degenerasi genetik akibat inbreeding.
Bibit sapi Bali murni yang berkualitas baik makin sulit didapat karena populasi dan kualitas genetik calon bibit yang terus menurun. Karenanya perlu segera dilakukan usaha peningkatan produktivitas ternak, antara lain melalui perbaikan genetik (persilangan dan seleksi). Akan tetapi persilangan sapi Bali dengan bangsa sapi di luar sapi Bali tidak diperbolehkan karena bertentangan dengan tujuan pemurnian sapi Bali. Sehingga, seleksi merupakan satu-satunya alternatif dalam meningkatkan mutu genetik sapi Bali (Bugiwati, 2005).
3
populasi adalah berdasarkan pada analisis variasi DNA dari genom kromosom Y pada gen SRY.
Kromosom Y pada hampir semua mamalia mempunyai peranan penting dalam menentukan jenis kelamin. Embrio yang mewarisi kromosom Y berkembang sebagai pejantan (Wachtel, 1994). Pada mamalia, kromosom Y terdiri dari wilayah non - recombining (NRY), yang sebagian besar panjangnya diapit oleh daerah pseudo-autosomal (PBR) (Graves, 1995; Lahn & Page, 1997). Kemudian Butler 2003; Skaletsky et al., 2003 menamai ulang wilayah non -
recombining (NRY) menjadi Male Specific Chromosome Y (MSY) karena bukti
pembalikan gen yang sering atau rekombinasi intrakromosomal. Karena tidak adanya rekombinasi dan keberadaannya hanya pada laki - laki saja, maka data DNA pada non - recombining (NRY) dapat memberikan informasi tentang garis keturunan ayah intra dan inter-spesifik. Juga berguna untuk menilai hubungan filogenetik berdasarkan garis keturunan ayah (Nishida, 2003). Gen SRY merupakan penentu jenis kelamin pejantan, yang berlokasi pada lengan pendek dari kromosom Y daerah Male Specific Chromosome Y (MSY) (Nawawi, 2009).
4
klasik (taksonomi klasik) tentang keanekaragaman hayati sudah semestinya digunakan pendekatan yang baru dalam rangka mempelajari keanekaragaman makhluk hidup melalui pengetahuan biologi molekuler ini. Selanjutnya pengetahuan ini dapat digunakan untuk tujuan konservasi dan menjaga serta memanfatkan berbagai kekayaan hayati milik bangsa.
Dalam proses pembelajaran biologi, konsep – konsep bioteknologi, variasi genetik (khususnya gen SRY), serta hubungan kekerabatan dapat digunakan untuk media pembelajaran dan pengayaan materi pendidikan biologi.
Berdasarkan uraian tersebut di atas, maka perlu dilakukan penelitian tentang “HUBUNGAN KEKERABATAN SAPI BALI DI BALAI BESAR INSEMINASI BUATAN (BBIB) SINGOSARI, MALANG DAN BALAI INSEMINASI BUATAN DAERAH (BIBD) BATURITI, BALI BERDASARKAN VARIASI GEN SRY”, dengan tujuan dapat memberikan informasi mengenai keanekaragaman genetik serta untuk mengetahui hubungan filogenetik antar sapi Bali yang berada di BBIB Singosari, Malang dan BIBD Baturiti, Bali berdasarkan variasi gen SRY.
1.2Rumusan Masalah
1. Bagaimanakah variasi genetik antar sapi Bali di BBIB Singosari, Malang dan BIBD Baturiti, Bali berdasarkan variasi gen SRY?
5
1.3Tujuan Penelitian
1. Mengetahui variasi genetik antar sapi Bali di BBIB Singosari, Malang dan BIBD Baturiti, Bali berdasarkan variasi gen SRY.
2. Mengetahui hubungan kekerabatan antar sapi Bali di BBIB Singosari, Malang dan BIBD Baturiti, Bali berdasarkan variasi gen SRY.
1.4Manfaat Penelitian
Dari hasil penelitian ini diharapkan dapat diketahui sistematika dan taksonomi pada Sapi Bali di BBIB Singosari, Malang dan BIBD Baturiti, Bali berdasarkan variasi gen SRY. Kemudian, dapat digunakan sebagai salah satu sumber informasi bagi para peneliti, pemulia ternak dan pemerintah dalam program pelestarian pengembangan plasma nutfah sapi Bali di Indonesia, serta dapat dijadikan salah satu media dan sumber pembelajaran biologi mengenai genetika, keanekaragaman hayati, bioteknologi dan evolusi.
1.5Batasan Penelitian
Untuk menghindari terjadinya salah penafsiran terhadap penelitian ini, maka peneliti memberi batasan penelitian sebagai berikut:
1. Penelitian difokuskan pada gen SRY antar sapi Bali yang dipelihara di BBIB Singosari dan BIBD Baturiti. Variasi gen SRY ditentukan dari hasil sekuensing.
6
3. DNA genom sapi Bali diperoleh dari isolasi sel darah total sapi Bali. Sapi Bali yang berasal dari BBIB Singosari, Malang sebanyak 9 ekor dan 12 ekor berasal dari BIBD Baturiti, Bali. Sampel darah yang digunakan sebanyak 10 ml disimpan dalam tabung yang mengandung EDTA (konsentrasi 4 mM) sebagai anti koagulan.
4. Penelitian ini dilakukan di Laboratorium Biologi Molekuler, Pusat Pengembangan Bioteknologi, Universitas Muhammadiyah Malang. 5. Hasil penelitian berupa data urutan nukleotida dari hasil pembacaan
sekuensing gen SRY pada sapi Bali. Hasil pembacaan sekuensing DNA diantaranya digunakan untuk mengetahui adanya mutasi pada sapi Bali dan hubungan kekerabatan sapi Bali dikedua lokasi tersebut.
1.6Definisi Istilah
1. Gen adalah unit hereditas suatu organisme hidup. Gen ini dikode dalam material genetik organisme yang dikenal sebagai molekul DNA atau RNA pada beberapa virus. Gen tersusun atas daerah urutan nukleotida baik yang mengkode atau tidak mengkode informasi genetik (Fachiyah & Arumingtyas, 2006).
7
3. Nukleotida adalah suatu ester fosfat nukleosida, terutama 5’- fosfat pirimidin atau purin dalam ikatan N- glikosida dengan ribose atau deoksiribosa seperti yang terjadi pada asam nukleat (Gaffar, 2007).
4. Gen SRY merupakan penentu jenis kelamin pejantan, yang berlokasi pada lengan pendek dari kromosom Y daerah Male specific chromosome Y (MSY) (Nawawi, 2009).
5. Variasi Genetik adalah variasi yang disebabkan oleh mutasi, aliran gen dan rekombinasi (Suranto et al., 2000).
