IDENTIFIKASI KERAGAMAN GEN
CYTOCHROME
OXIDASE
SUBUNIT I (COI) DNA MITOKONDRIA
PADA AYAM LOKAL INDONESIA
ROASLEIN PUTRI
DEPARTEMEN ILMU PRODUKSI DAN TEKNOLOGI PETERNAKAN FAKULTAS PETERNAKAN
INSTITUT PERTANIAN BOGOR BOGOR
PERNYATAAN MENGENAI SKRIPSI DAN
SUMBER INFORMASI SERTA PELIMPAHAN HAK CIPTA*
Dengan ini saya menyatakan bahwa skripsi berjudul Identifikasi Keragaman Gen Cytochrome Oxidase Subunit I (COI) DNA Mitokondria pada Ayam Lokal Indonesia adalah benar karya saya dengan arahan dari komisi pembimbing dan belum diajukan dalam bentuk apa pun kepada perguruan tinggi mana pun. Sumber informasi yang berasal atau dikutip dari karya yang diterbitkan maupun tidak diterbitkan dari penulis lain telah disebutkan dalam teks dan dicantumkan dalam Daftar Pustaka di bagian akhir skripsi ini.
Dengan ini saya melimpahkan hak cipta dari karya tulis saya kepada Institut Pertanian Bogor.
ABSTRAK
ROASLEIN PUTRI. Identifikasi Keragaman Gen Cytochrome Oxidase Subunit I (COI) DNA Mitokondria pada Ayam Lokal Indonesia. Dibimbing oleh CECE SUMANTRI dan MARIA ULFAH.
Penentuan rumpun ayam lokal merupakan hal yang sangat penting untuk pengesahan ayam lokal di Indonesia. Diperlukan penelitian lebih lanjut untuk menentukan perbedaan dari rumpun ayam lokal Indonesia. Penelitian ini menggunakan gen COI DNA mitokondria sebagai DNA barcoding untuk menentukan taksonomi ayam lokal Indonesia. DNA hasil ekstraksi dilanjutkan pada proses amplifikasi dan sekuens DNA pada gen COI. Hasil dari sekuensing dianalisis menggunakan MEGA5. Setelah diurutkan didapatkan sekuens sepanjang 653 pb dan didapatkan 5 kelompok. Kelompok 1 yaitu bangkok, walik, arab golden, arab silver, hutan merah, kampung, pelung, gaga, kate, ayam pedaging strain Cobb 1 dan 2. Kelompok 2 yaitu ayam petelur strain Lohman brown. Kelompk 3 yaitu ayam pedaging strain Cobb, kelompok 4 ayam leher gundul 4 dan kelompok 5 ayam serama. Hasil analisis menunjukan bahwa pada parsial 653 pb gen COI merupakan daerah yang conserved sehingga tidak dapat membedakan antar ayam lokal. Diperlukan penelitian lanjutan untuk menganalisis sekuen komplit COI (1 550 pb).
Kata kunci: ayam lokal, Cytochrome Oxidase I (COI), DNA barcoding
ABSTRACT
ROASLEIN PUTRI. Variation Identification of Cytochrome Oxidase Subunit I (COI) Gene of mtDNA in Indonesian Local Chickens. Supervised by CECE SUMANTRI and MARIA ULFAH.
Characterization of local chicken breed is very important for determination of local chickens in Indonesia. Advance study is needed to determine the differences of Indonesian local chicken breeds. This study used gene COI mtDNA as a DNA barcoding to determine the taxonomy of local chickens in Indonesia. DNA extraction and amplification process were followed with DNA sequences of COI gene. The results of sequencing were analyzed using MEGA5. The sequence alignments result sequence lenght of 653 bp and 5 separated group of chickens, namely group 1 (bangkok, walik, arab golden, arab silver, hutan merah, kampung, pelung, gaga, kate, and broiler Cobb 1 and 2), group 2 (Lohman brown), group 3 (broiler Cobb), group 4 (leher gundul chicken 4), and group 5 (serama chicken). The study shows that the 653 bp partial conserved can not be used as a DNA barcode in local chickens. Advance study is needed to analyze the complete sequence of COI (1 550 bp).
Skripsi
sebagai salah satu syarat untuk memperoleh gelar Sarjana Peternakan
pada
Departemen Ilmu Produksi dan Teknologi Peternakan
IDENTIFIKASI KERAGAMAN GEN
CYTOCHROME
OXIDASE
SUBUNIT I (COI) DNA MITOKONDRIA
PADA AYAM LOKAL INDONESIA
ROASLEIN PUTRI
DEPARTEMEN ILMU PRODUKSI DAN TEKNOLOGI PETERNAKAN FAKULTAS PETERNAKAN
INSTITUT PERTANIAN BOGOR BOGOR
Judul Skripsi : Identifikasi Keragaman Gen Cytochrome Oxidase Subunit I (COI) DNA Mitokondria pada Ayam Lokal Indonesia
Nama : Roaslein Putri NIM : D14090092
Disetujui oleh
Prof Dr Ir Cece Sumantri, MAgrSc Pembimbing I
Maria Ulfah, SPt, MScAgr Pembimbing II
Diketahui oleh
Prof Dr Ir Cece Sumantri, MAgrSc Ketua Departemen
PRAKATA
Puji dan syukur penulis panjatkan kepada Allah SWT atas segala karunia-Nya sehingga karya tulis ini berhasil diselesaikan. Tema yang dipilih dalam penelitian yang dilaksanakan pada bulan November 2012 sampai Maret 2013 ini adalah ayam lokal Indonesia dengan judul Identifikasi Keragaman Gen Cytochrome Oxidase Subunit I (COI) DNA Mitokondria pada Ayam Lokal Indonesia. Penelitian ini didanai oleh Ibu Maria Ulfah SPt, MScAgr.
Terimakasih penulis sampaikan kepada Bapak Prof Dr Ir Cece Sumantri, MAgrSc dan Ibu Maria Ulfah SPt, MScAgr selaku pembimbing skripsi. Penulis juga mengucapkan terimakasih kepada Bapak Dr Jakaria SPt, Msi dan Bapak Dr Iwan Prihantoro SPt, MSi selaku dosen penguji, juga Bapak M Sriduresta SPt, MSi atas semua masukkan yang telah diberikan untuk skripsi ini. Di samping itu penulis juga menyampaikan terimakasih kepada Ibu Yuni Cahya Endrawati, SPt, MSi selaku dosen pembimbing akademik. Ungkapan terimakasih juga penulis sampaikan kepada kedua orang tua, Bapak Jupriyadi dan Ibu Andiana, Dian, Rafli, Fathan, serta Abdul Maruf beserta keluarga besar atas doa dan kasih sayangnya. Tak lupa terimakasih kepada Sdr Eryk, Sdr Ferdy, dan teman-teman tim genetika molekuler ayam (Tasya, Lusiana, dan Ayu) yang telah membantu penulis melakukan penelitian. Penulis juga mengucapkan terimakasih kepada sahabat-sahabat penulis Alit dan Rany serta seluruh keluarga besar IPTP 46 atas semua dukungannya.
Semoga karya ilmiah ini bermanfaat.
DAFTAR ISI
DAFTAR TABEL vi
DAFTAR GAMBAR vi
PENDAHULUAN 1
Latar Belakang 1
Tujuan Penelitian 1
Ruang Lingkup Penelitian 2
METODE 2
Waktu dan Tempat Penelitian 2
Bahan 2
Alat 2
Prosedur 3
HASIL DAN PEMBAHASAN 4
Amplifikasi Gen Cytochrome Oxidase Subunit I (COI) 4 Keragaman Gen Cytochrome Oxidase Subunit I (COI) 5
SIMPULAN DAN SARAN 13
DAFTAR PUSTAKA 13
DAFTAR TABEL
1 Rataan komposisi basa nukleotida setelah disejajarkan dengan sekuen
dari GenBank 6
2 Situs-situs delesi dan insersi basa-basa nukleotida COI 7 3 Jarak genetik berdasarkan metode pairwise distance daerah COI setiap
individu ayam 9
DAFTAR GAMBAR
1 Produk PCR sepanjang 651 pb 2
2 Visualisasi gen COI ayam lokal Indonesia di agarose 1.5% sebesar 651
pb 4
3 Konstruksi pohon filogeni antara individu ayam berdasarkan metode
1
PENDAHULUAN
Latar Belakang
Indonesia sangat kaya akan keanekaragaman genetik ternak, termasuk keanekaragaman genetik ayam lokal. Terdapat 31 rumpun ayam lokal Indonesia yang tersebar diberbagai daerah di Indonesia berdasarkan ciri fenotipe (Nataamijaya 2000), tetapi diperkirakan jumlahnya dapat lebih dari itu. Disamping itu penamaan ayam lokal Indonesia masih beragam (dapat berbeda di setiap daerah), sehingga diperlukan kajian genetik untuk menentukan rumpun ayam lokal Indonesia.
Penentuan rumpun ayam lokal merupakan hal yang sangat penting untuk pengesahan ayam lokal di Indonesia. Masih diperlukan kajian lebih lanjut terhadap ayam-ayam lokal Indonesia terutama pada ayam-ayam yang belum teridentifikasi rumpunnya berdasarkan kajian genetik.
Spesies-spesies yang belum teridentifikasi dapat diidentifikasi menggunakan teknologi DNA barcoding dengan melihat keragaman haplotipe dari DNA mitokondria. Situs COI pada DNA mitokondria sering digunakan dalam melihat keragaman haplotipe melalui DNA barcode dikarenakan banyak memiliki kelebihan antara lain konservasi keturunan, banyak memiliki variasi sekuens serta dapat teramplifikasi dengan primer yang universal (Xiao et al. 2004). Situs COI sudah digunakan dalam banyak penelitian untuk mengklasifikasikan banyak hewan (Hajibabaei et al. 2006). Penelitian sebelumnya yang dilakukan oleh Gao et al. (2011), bahwa barcoding dengan COI dapat diaplikasikan pada ayam, sehingga penelitian ini menggunakan COI untuk mengidentifikasi ayam-ayam lokal Indonesia yang belum dilakukan dengan COI pada ayam rumpun ayam lokal Indonesia.
Tujuan Penelitian
Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi keragaman gen COI DNA mitokondria pada ayam lokal Indonesia yang belum jelas rumpunnya. Selain itu juga bertujuan untuk menggunakan teknik DNA barcoding sebagai alternatif dalam mengidentifikasi keanekaragaman ayam lokal Indonesia.
Ruang Lingkup Penelitian
2
METODE
Waktu dan Tempat Penelitian
Penelitian ini dilaksanakan dari November 2012 sampai Maret 2013. Penelitian ini dilakukan di Laboratotium Genetika Molekuler Ternak, Fakultas Peternakan, Institut Pertanian Bogor. EtBr, produk PCR, loading dye, dan marker 100 pb. Primer yang digunakan pada penelitian ini berdasarkan Gao et al. (2011) adalah forward: 5’ GCACAGGATGGACAGTTTAC-3’ (371-390) dan reverse: 5’ ATAGCATAG GGGGGTCTCAT-3’ (1002-1021). Sekuens gen COI diperoleh dari GenBank
Gambar 1 Produk PCR sepanjang 651 pb
Alat
3
Prosedur
Ekstraksi DNA Total
Ekstraksi DNA dilakukan dengan menggunakan acuan Sambrook et al. (1989) yang dimodifikasi. Darah diambil sebanyak 100 µl dan ditambahkan dengan 1 000 µl DW, kemudian divortex dan disentrifugasi dengan kecepatan 8 000 rpm selama lima menit. Endapan yang didapatkan kemudian ditambahkan dengan 1 x STE sebanyak 300 µl, 40 µl 10% SDS, dan 10 µl proteinase K 5mg/ml lalu diinkubasi sambil digoyang secara perlahan dengan suhu 55 oC selama dua jam. Setelah itu ditambahkan 400 µl phenol, 400 µl CIAA, dan 40 µl NaCl 5 M, kemudian digoyangkan secara perlahan selama satu jam dalam suhu ruang. Lalu disentrifugasi dengan kecepatan 12 000 rpm selama lima menit.
Supernatan yang terbentuk diambil sebanyak 400 µl dan dipindahkan ke tabung baru kemudian ditambahkan 8 000 µl EtOH absolute dan 40 µl NaCl 5 M lalu dibekukan selama 12 jam di dalam frezeer. Sampel kemudian disentrifugasi dengan kecepatan 12 000 rpm selama lima menit. Endapan yang didapatkan ditiriskan dan ditambahkan dengan 100 µl TE 80%.
Amplifikasi DNA
Sampel DNA yang merupakan hasil ekstraksi diambil sebanyak 0.5 µl dan dimasukkan ke dalam tabung Polymerase Chain Reaction (PCR), kemudian ditambahkan larutan premix 29.5 µl. Premix dibuat dengan campuran 2 µl primer, 1 µl dNTPs, 2.5 µl MgCl2, 3.5 µl10 x buffer, 0.1 µl enzim Taq polymerase
(Fermentas), BSA 1 µl, dan 24.4 µl DW. Campuran sampel DNA dan premix tersebut diinkubasi menggunakan mesin PCR thermocycler.
Proses amplifikasi DNA diawali dengan predenaturasi 95 oC selama lima dihilangkan uap panasnya dengan menggunakan stirrer dan ditambahkan EtBr 2.5 µl. Gel dicetak di tray pencetak lalu ditunggu sampai mengeras. Produk PCR sebanyak 5 µl dilarutkan dalam loading dye 1µl.
Elektroforesis dilakukan selama 35-45 menit pada tegangan konstan 100 V. Setelah selesai, pita-pita tampak dengan bantuan sinar ultra violet pada UV Transilluminator. Sampel yang sudah teramplifikasi selanjutnya disekuensing (1st Base).
Analisis Data
4
AP003323), Gallus gallus spadiceus (kode akses AP003321), Gallus gallus gallus (kode akses AP003322), dan sekuen ayam lokal Laos (kode akses AP003319). Jarak rata-rata p-distance dari basa nukleotida daerah COI dihitung dengan pairwise distance. Rekontruksi pohon filogeni dibuat dengan menggunakan metode UPGMA berdasarkan runutan basa nukleotida.
HASIL DAN PEMBAHASAN
Amplifikasi Gen Cytochrome Oxidase Subunit I (COI)
DNA hasil ekstraksi diamplifikasi menggunakan proses Polymerase Chain Reaction (PCR). Amplifikasi gen COI pada ayam lokal Indonesia dilakukan dengan menggunakan mesin PCR Applied Biosystem.
Sebanyak 26 sampel dapat diamplifikasi (Gambar 1) oleh primer forward: 5’GCACAGGATGGACAGTTTAC-3’ dan reverse: 5’ATAGCATAGGGGGGT CTCAT-3’. Proses ini dilakukan dengan menggunakan enzim polimerase dan primer. Primer merupakan oligonukleotida spesifik pada DNA template yang berukuran pendek (berkisar antara 18-24 pb). Primer akan menempel pada DNA cetakan di tempat spesifik. DNA baru dicetak dengan menggunakan bantuan dari enzim polimerase. Hasil PCR dapat langsung divisualisasikan dengan elektoforesis atau dapat digunakan untuk analisis lebih lanjut (Williams 2005). Amplifikasi gen pada sampel darah ayam optimal pada suhu 58 oC selama 1 menit dan diperoleh produk PCR sepanjang 651 pb. Suhu optimal sangat penting untuk diketahui karena pada proses ini primer akan menempel pada target spesifik DNA.
Keberhasilan proses amplifikasi juga dapat dikarenakan beberapa faktor diantaranya konsentrasi DNA. Konsentrasi yang baik setara 50 µg/ml (Muladno 2010). Konsentrasi yang digunakan pada penelitian ini berkisar antara 370 –
5 2 800 µg/ml. Selain itu suhu penempelan dan konsentrasi MgCl2 juga
berpengaruh terhadap keberhasilan proses amplifikasi (Weissensteiner 2004).
Keragaman Gen Cytochrome Oxidase Subunit I (COI)
Komposisi Basa Nukleotida
Hasil sekuensing pada produk PCR dari dua arah yaitu primer forward dan primer reverse pada penelitian ini didapatkan hasil sekuen sepanjang 653 pb. Sekuen dari pustaka yang digunakan adalah sekuen G. g. bankiva, G. g. spadiceus, G. g. gallus, dan sekuen ayam lokal Laos yang terdiri dari sekuen COI sepanjang 1 550 pb.
Setelah dilakukan runutan DNA sampel dengan Clustal W dengan acuan utama runutan basa nukleotida dari GenBank mendapatkan hasil rataan basa nukleotida pada setiap rumpun ayam hampir semuanya sama. Perbedaan hanya terjadi pada ayam serama, ayam petelur strain Lohman brown, leher gundul, dan ayam pedaging strain Cobb (Tabel 1).
6
Tabel 1 Rataan komposisi basa nukleotida setelah disejajarkan dengan sekuen dari GenBank (panjang 653 pb)
Sampel n %
T(U) C A G A+T C+G
G. g. bankiva (GB) 1 24.6 31.7 27.8 15.8 52.5 47.5 G. g. gallus (GB) 1 24.6 31.7 27.8 15.8 52.5 47.5 G. g. spadiceus (GB) 1 24.6 31.5 27.8 15.8 52.5 47.5 Ayam lokal Laos (GB) 1 24.6 31.5 27.8 15.8 52.5 47.5 Hutan merah (G. g. bankiva) 1 24.6 31.5 27.8 15.8 52.5 47.5
Kampung 3 24.6 31.5 27.8 15.8 52.5 47.5
Arab golden 3 24.6 31.5 27.8 15.8 52.5 47.5
Arab silver 1 24.6 31.5 27.8 15.8 52.5 47.5
Walik 2 24.6 31.5 27.8 15.8 52.5 47.5
Leher gundul* 3 24.6 32.0 27.8 15.8 52.0 48.0
Bangkok 3 24.6 31.5 27.8 15.8 52.5 47.5
Serama 1 24.8 31.5 27.8 15.8 53.0 47.0
Pelung 1 24.6 31.5 27.8 15.8 52.5 47.5
Gaga 1 24.6 31.5 27.8 15.8 52.5 47.5
Kate 1 24.6 31.5 27.8 15.8 52.5 47.5
Ayam petelur strain Lohhman
brown 1 24.4 31.8 27.8 16.0 52.0 48.0
Ayam pedaging strain Cobb 3 24.6 32.0 27.8 15.8 52.0 48.0
Nd* 2 24.6 31.5 27.8 15.8 52.5 47.5
7 Tabel 2 Situs-situs delesi dan insersi basa-basa nukleotida COI
Sampel Urutan Basa Nukleotida
Keterangan : GB = GenBank; * = belum teridentifikasi
8
menunjukkan bahwa ayam petelur strain Lohman brown dan ayam serama berbeda dengan ayam yang lainnya, tetapi belum bisa dijadikan penanda genetik karena pada sekuen yang diteliti masih merupakan daerah yang memiliki kesamaan, selain itu juga sampel yang digunakan hanya satu sehingga belum dapat dijadikan penanda genetik. Ayam leher gundul dan ayam pedaging strain Cobb belum dapat dikatakan berbeda karena masih ada sampel-sampel lain dari ayam leher gundul dan ayam pedaging strain Cobb yang berbeda.
Jarak Genetik Ayam Lokal Indonesia Gen COI
9
Tabel 3 Jarak genetik berdasarkan metode pairwise distance daerah COI setiap individu ayam
No Sampel 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19
1 G._g._bankiva_(GB)
10 Lanjutan
20 21 22 23 24 25 26 27 28 29
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.002 0.002 0.002 0.002 0.000 0.000 0.000 0.000 0.002 0.000 0.000 0.000 0.000 0.002 0.000 0.002 0.002 0.002 0.002 0.003 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.003 0.002 0.002 0.003 0.000 0.000 0.000 0.000 0.002 0.000 0.000 0.002 0.002 0.000 0.000 0.000 0.000 0.002 0.000 0.000 0.002 0.002 0.000
11
Analisis Filogenetik
Panjang sekuen gen COI yang dianalisis adalah 653 pb dari 1 550 pb sekuen gen COI. Pohon filogenetik didapatkan dengan menggunakan metoda UPGMA. Pohon filogenetik adalah pohon yang menunjukkan hubungan kekerabatan antara berbagai spesies yang diyakini memiliki nenek moyang yang sama.
Pohon filogenetik hasil analisis ditampilkan pada Gambar 3. Setelah dilakukan analisis pohon filogenetik, maka didapatkan 5 kelompok. Kelompok 1 yaitu ayam ayam yang belum teridentifikasi (Nd dan leher gundul 1, 2, dan 3). bangkok, walik, arab golden, arab silver, hutan merah, kampung, pelung, gaga, kate, ayam pedaging strain Cobb 1 dan 2, G. g. bankiva, G. g. spadiceus, G. g. gallus, dan sekuen ayam lokal Laos. Kelompok 2 yaitu ayam petelur strain Lohman brown. Kelompk 3 yaitu ayam pedaging strain Cobb, kelompok 4 ayam leher gundul 4 dan kelompok 5 ayam serama. Pohon filogenetik didapatkan dengan mengidentifikasi urutan basa nukleotida yang homolog pada DNA mitokondria (Dawkin 2000). Analisis menggunakan pohon filogenetik bertujuan untuk merekontruksi hubungan kekerabatan yang tepat antara organisme (Li dan Graur 1991). Pohon filogentik tersebut terdiri dari sejumlah nodus dan cabang. Nodus-nodus tersebut mewakili unit-unit taksonomi, sedangkan cabang-cabangnya mewakili hubungan antara keturunan dengan leluhurnya. Panjang cabang menggambarkan jumlah perubahan evolusioner yang terjadi antara dua nodus (Zein dan Sulandari 2009).
Terdapat kesamaan basa pada setiap individu ayam yang diteliti kecuali ayam serama, ayam petelur strain Lohman brown, satu ayam leher gundul, dan satu ayam pedaging strain Cobb. Hal ini dikarenakan sekuen gen COI yang dianalisis hanya 653 pb, sedangkan jumlah keseluruhan sekuen gen COI adalah 1 550 pb sehingga belum bisa mewakili keseluruhan gen COI. Selain itu juga dikarenakan ayam-ayam yang diteliti berasal dari wilayah geografi yang berdekatan (Lampiran 1). Ayam-ayam yang diteliti sudah mengalami percampuran antara banyak ayam, sehingga pada ayam-ayam yang diteliti banyak yang memiliki basa nukleotida yang sama. Ayam serama memiliki perbedaan dengan ayam yang lainnya karena ayam serama berasal dari Malaysia hal ini membuktikan bahwa ayam serama berbeda dengan ayam lokal Indonesia yang lainnya. Salah satu ayam leher gundul (4) yang diteliti juga berbeda dengan ayam yang lainnya. Ayam leher gundul ini berasal dari kelompok kerja pelestarian unggas lokal di Jawa Timur dan diduga kegiatan pemurnian ayam leher gundul ini (tanpa adanya perkawinan dengan ayam lokal lainnya), menjadi salah satu penyebab ayam leher gundul tersebut berbeda dengan ayam lokal yang lainnya.
12
Indonesia menggunakan sekuens hypervariable-1 d-loop DNA mitokondria menghasilkan bahwa urutan basa setiap rumpun ayam berbeda.
Gambar 3 Konstruksi pohon filogeni antara individu ayam berdasarkan metode UPGMA
Keterangan :
GB: Sekuen Cytochrome Oxidase Subunit I yang diperoleh dari GenBank (2005)
Sekuen sepanjang 653 pb merupakan daerah conserved, artinya pada daerah tersebut basa nukleotida pada setiap individu hampir sama, sehingga hasilnya
13 tidak bisa mewakili keseluruhan sekuen COI. Hal ini dapat dilihat pada sekuen yang diambil dari GenBank, bahwa keempat data yang diambil dari GenBank pada daerah tersebut (panjang 653 pb) urutan basa nukleotidanya sama, padahal G. g. bankiva (GB), G. g. spadiceus (GB), G. g. gallus (GB), dan sekuen ayam lokal Laos (GB) merupakan ayam-ayam yang berbeda spesies, oleh karena itu diperlukan penelitian lanjutan dengan menggunakan sekuen komplit COI.
SIMPULAN DAN SARAN
Simpulan
Jumlah basa nukleotida daerah COI pada setiap individu adalah sama kecuali ayam petelur strain Lohman brown, ayam serama, leher gundul 4, dan ayam pedaging strain Cobb 3. Daerah yang diteliti sepanjang 653 pb tidak bisa digunakan sebagai DNA barcode dikarenakan parsial 653 pb merupakan daerah conserved.
Saran
Penelitian lanjutan diperlukan untuk menganalisis sekuen komplit COI sepanjang 1 550 pb. Dibutuhkan lebih banyak sampel yang berasal dari wilayah geografi yang berbeda di Indonesia.
DAFTAR PUSTAKA
Dawkin R. 2000. Mekanisme Evolusi. Ed ke-5. Lestari R, Adil EIM, Anita N, Andri, Wibowo WF, Manalu W, penerjemah. Jakarta (ID): Erlangga. Terjemahan dari: Mechanism of Evolution.
Gao YS, Yun-Jie T, Xiu-Jun T, Jun-Xiang L, Xiao-Yan Z. 2011. Studies on the DNA barcoding of two newly discovered chicken by mtDNA COI gene. J Ani Vet Ad. 10 (13): 1711-1713.
Gen Bank. 2005. Gallus gallus mitochondrial DNA. Ncbi [Internet]. [Diunduh 2013 Maret 18]. Tersedia pada: http://www.Ncbi. nlm.nih.gov.
Hajibabaei M, Janzen DH, Burns JM, Hallwachs W, Hebert PDN. 2006. DNA barcodes distinguish species of tropical Lepidoptera. Proc Natl Acd Sci. 103: 968-971.
Li W, Graur D. 1991. Fundamental of Molecular Evolution. Sunderland (GB): Sinauer Associates.
Nataamijaya AG. 2000. The native of chicken of Indonesian. Bul. Plasma Nutfah. 6:1-6.
Muladno. 2010. Teknologi Rekayasa Genetika. Ed ke-2. Bogor (ID): IPB Pr. Nugroho C. 2011. Variasi gen Cytochrome Oxidase Subunit I (COI) DNA
14
Sambrook J, Fritsch EF, Maniatis T. 1989. Molecular Cloning: a Loaboratory Manual. USA (US): CSH Laboratory Pr.
Sulandari S, Zein MSA, Sartika T. 2008. Analysis ofgenetic relationship amongs Indonesian native chicken breeds based on 355 D-loop sequence. JITV 13(4): 294-306.
Suriana, Solihin DD, Noor R, Thohari AM. 2012. The characteristics of Cytochrome Oxidase gene subunit I in wild silkmoth Cricula trifenestrata helfer and its evaluation for species marker. Med Pet. 35 (2): 102-110. Weissensteiner T. 2004. Optimizing PCR with the Aid of Experimental Design.
2nd ed. London (GB): CRC Pr.
Williams JL. 2005. The use of marker-assisted selection in animal breeding and biotechnology. Rev Sci Tech Int Epiz. 24 (1): 379-391.
Xiao JH, Xiao H, Huang DW. 2004. DNA barcoding: New approach of biological taxonomy. Acta Zoological Sinica. 50 (1): 852-855.
15 Lampiran 1 Spesies dan rumpun ayam lokal yang digunakan dalam penelitian
Spesies Nama Latin Rumpun Jumlah
Sampel pasangan Bapak Jupriyadi dan Ibu Andiana. Penulis merupakan anak kedua dari tiga bersaudara. Tahun 2009 penulis lulus dari SMA Al-Kautsar Lampung dan pada tahun yang sama penulis diterima di Institut Pertanian Bogor (IPB) melalui jalur Ujian Talenta Mandiri IPB (UTMI) dan diterima di Departemen Ilmu Produksi dan Teknologi Peternakan.
