APLIKASI DESKTOP PENGOLAHAN KOLEKSI BIODIVERSITAS
DENGAN DATA YANG BERSIFAT CACHE AND SYNCHRONIZE
Yanrisa Aspi Sururi (50407901)
Jurusan Teknologi Industri, Fakultas Tehnik Informatika, Universitas Gunadarma, Margonda Raya 100 Depok 16424 telp (021) 78881112, 7863788
ABSTRAKSI
Pada dasarnya data keanekaragaman hayati diperlukan untuk kemajuan ilmu pengetahuan, pelestarian, dan pemanfaatan secara berkelanjutan. Banyak proyek penelitian keanekaragaman hayati menghasilkan koleksi data yang relevan bagi komunitas ilmiah yang lebih luas. Data penelitian dalam bentuk digital semakin sering digunakan untuk mengumpulkan sampel data diluar proyek asli. Hal ini merupakan alasan terbaik dalam melakuakan research kepada sebuah data penelitian tentang biodiversity atau keanekaragaman hayati.
Sementara itu hadirnya aplikasi desktop pengganti system Herbarium yang lama merupakan suatu terobosan yang dapat digunakan untuk memudahkan dalam hal pencarian data. Data yang digunakan adalah data yang berada di Herbarium Bogor. Di sini akan coba dijelaskan tentang pembuatan Aplikasi Desktop dengan menggunakan Database SQLite pada Java. Pada aplikasi ini dapat diperoleh data mengenai Specimen, Collector, Determination, Locality, dan Component.
Kata kunci: Aplikasi Desktop, Java, SQLite
1. Pendahuluan 1.1 Latar Belakang
Keanekaragaman hayati atau Biological Diversity (sering disebut dengan biodiversity) merupakan istilah untuk menyatakan tingkat keanekaragaman sumber daya alam hayati.
Data keanekaragaman hayati diperlukan untuk kemajuan ilmu pengetahuan, pelestarian, dan pemanfaatan secara berkelanjutan. Banyak proyek penelitian keanekaragaman hayati menghasilkan koleksi data yang relevan bagi komunitas ilmiah yang lebih luas. Data penelitian dalam bentuk digital semakin sering digunakan untuk mengumpulkan sampel
data diluar proyek asli. Hal ini merupakan alasan terbaik dalam melakuakan research kepada sebuah data penelitian tentang biodiversity atau keanekaragaman hayati. [8]
Indonesia adalah negara yang memiliki tingkat keanekaragaman yang tinggi. Taksiran jumlah utama spesies seperti hewan menyusui sekitar 300 spesies, burung 7.500 spesies, reptil 2.000 spesies, ganggang 7.800 spesies, tumbuhan paku-pakuan 1.250 spesie, lumut 7.500 spesies, jamur 72.000 spesies. Dari data yang disebutkan membuktikan bahwa keanekaragaman hayati di Indonesia sangatlah tinggi. Bila masyarakat sudah memahami maka dukungan akan datang juga. Disertai dengan adanya motivasi mendalami minat dan
bidang baru yang telah dipahami pada keanekargaman hayati. Hal ini tentunya akan berpengaruh pada perkembangan sumber daya alam Indonesia di masa datang. 1.2 Batasan Masalah
Pembuatan aplikasi desktop menggunakan bahasa pemrograman Java, dengan tools Netbeans versi 7.0 dengan database menggunakan SQLite yang diletakkan langsung ke dalam aplikasi tersebut. Database yang diperoleh dari Herbarium Bogor berupa Ms.Access yang dikonversi ke dalam MySQL, kemudian diubah ke dalam format SQLite. Aplikasi ini merupakan aplikasi offline yang dapat terkoneksi online terhadap aplikasi berbasis web yang menggunakan database MySQL.
2. Metode Entri Data Koleksi Herbarium 2.1 Herbarium Bogor (BO)
Herbarium merupakan tempat penyimpanan contoh tumbuhan yang telah diawetkan, baik secara kering maupun basah dan disebut material herbarium. material herbarium yang baik selalu disertai identitas pengumpul (nama pengumpul atau kolektor dan nomor koleksi) serta dilengkapi keterangan lokasi asal material dan keterangan tumbuhan tersebut dari lapangan. Para pakar botani, kehutanan dan pertanian yang hampir setiap waktu berurusan dengan tumbuh-tumbuhan biasanya mengumpulkan tumbuh-tumbuhan yang suatu saat dianggapnya akan bermanfaat bagi ilmu pengetahuan. Tumbuhan yang dikumpulkan berbeda menurut tujuan pengumpulannya [5].
Herbarium Bogor berdiri pada tahun 1844. Dr. Blume (bekas Direktur Kebun Raya Bogor) melalui sekretaris koloni mengusulkan untuk melarang pengiriman barang Herbarium keluar Bogor. Semenjak
disetujuinya usulan tersebut, dari waktu ke waktu, koleksi Herbarium Bogor semakin bertambah. Hal ini sejalan dengan meningkatnya perhatian dunia terhadap kelangsungan hidup sumber daya hayati tropica Indonesia.
2.2 Alur Material Koleksi Baru
Material Herbarium adalah contoh tumbuhan yang dibawa dari lapangan atau dikirim ke herbarium bogor, baik yang masih segar maupun yang diawetkan dalam alkohol 70% dalam kantung plastik yang dibungkus rapat. Proses penanganan material tersebut selanjutnya telah diatur di dalam alur material.
Gambar 2.1: Alur Material
Kolektor di lapangan mengumpulkan material yang ada di lapangan serta membuat catatan yang berupa buku lapangan, material yang dibungkus dalam kertas koran dan yang diberikan alkohol tersebut siap dikirim ke Herbarium. Di gedung material di press dan dikeringkan dengan oven. selanjutnya kolektor menetapkan material, duplikat dan memperbaiki label yang diberikan saat di lapangan kemudian dilakukan pengidentifikasian. kemudian setelah dilakukan perbaikan label dan identifikasi, data material tersebut di data didalam pangkalan data. dimaana di pangkalan data, koleksi material diolah dan dimasukkan ke dalam database herbarium. Setelah pendataan selesai. akan dimasukkan
kedalam ruang pengeplakan dan disimpan di dalam ruang koleksi.
2.3 Alur Material dalam Gedung
Material Herbarium yang sudah dijelaskan di atas akan masuk ke dalam gedung dan akan diproses kembali untuk penyimpanan dan pengeplakan. Kemudian kembali dilakukan pendataan.
Gambar 2.2: Alur Material Dalam Gedung Alur material dalam gedung merupakan proses pengeplakan sample baru dan yang sudah rusak serta merupakan tempat di mana proses terjadinya peminjaman sample Herbarium ke Negara atau tempat lain.
2.4 Aplikasi Pengolahan Data Koleksi di Herbarium Bogor
Herbarium Bogor sudah memiliki database dan aplikasi untuk mengolah data koleksi yang menggunakan Ms Access, yang dinamakan IBIS (Indonesia Biodiversity Information System).
Gambar 2.3: Aplikasi IBIS Ms Access 3. Strategi Desain Interface
Pada bagian ini akan dijelaskan tentang Aplikasi IBIS (Indonesia Biodiversity Information System) yang digunakan oleh pengguna di Herbarium Bogor yang masih menggunakan Microsoft Access dan juga menjelaskan tentang rancangan aplikasi yang akan dibuat, yaitu aplikasi JAVA Desktop dengan menggunakan NetBeans versi 7.0 yang merupakan hasil migrasi aplikasi yang lama menjadi aplikasi yang baru dengan teknologi yang lebih maju dari access.
3.1 Analisis Aplikasi Access IBIS (Indonesia Biodiversity Information System)
Aplikasi Ms Access yang lama memiliki beberapa kekurangan. Pertama, aplikasi dibuat dengan Microsoft Access, yang hanya bisa diakses pada sistem operasi Windows. menggunakan software Microsoft Office 2000. Aplikasi tersebut juga harus diinstal software tambahan agar bisa berjalan sempurna. Software yang harus diinstal adalah Map Object yang berfungsi untuk menampilkan map yang terdapat di aplikasi tersebut. Hal tersebut sangat menghambat penggunaan aplikasi karena tidak multiplatform, tidak dapat digunakan pada sistem operasi lain seperti MacOS dan Linux.
Kedua, database yang selalu bermasalah, penampungan data yang tidak cukup besar, sehingga aplikasi tersebut menjadi berat dan lambat bahkan hingga terdapat kendala seperti database yang saling menimpa hingga terjadinya mismatch data yang baru dengan yang lama.
Untuk mengatasi masalah-masalah tersebut, dibuatlah suatu aplikasi menggunakan bahasa pemrograman Java yang dapat digunakan secara multiplatform, serta database SQLite untuk penampungan data sementara pada saat offline serta database MySQL untuk penyimpananan data pada server yang dapat menampung data lebih besar dibandingkan dengan menggunakan Ms Access 2000. Pada saat online, aplikasi akan melakukan sinkronisasi dengan database MySQL yang terdapat pada server.
Gambar 3.1: Skema Aplikasi
3.2 Alur Program (Flowchart)
Subbab ini akan menjelaskan alur program pada aplikasi yang akan dibuat.
Gambar 3.2: Flowchart
Sedikit Penjelasan dari pada Flowchart yang ada, dimana Mulai merupakan start dari awal program disaat onClick berjalan untuk menjalankan aplikasi. Selanjutnya terdapat beberapa button, untuk memilih Login atau tidak. Jika kondisi tidak maka akan selesai, dan jika kondisi ya, akan lanjut verifikasi user dengan fungsi yang telah diatur, sebagaimana user Guest hanya bisa menampilkan data yang ada tetapi tidak dapat menginput data. Sedangkan beberapa fungsi user yang lain seperti System Administrator, Data entry, Data Validator memiliki akses untuk menginput data kedalam database.
Setelah Login, menuju tab Filter dimana akan ditampilkan kondisi untuk user menampilkan beberapa data collector sesuai dengan ketentuan. Setelah selesai memilih kondisi untuk menampilkan akan masuk ke tab view specimen, locality, determination, dan component. Sedangkan jika kondisi tidak akan bersifat penginputan data kedalam database, hingga selesai.
Pada tabulasi berikutnya, setelah view akan masuk ke tabulasi report dimana pada tabulasi ini berfungsi untuk menampilkan data-data yang telah dilihat untuk di cetak dan ditempelkan ke Sample Tumbuhan. 3.3 Storyboard
Untuk mempermudah dalam membuat aplikasi, maka rancangan tampilan dari setiap halaman dibuat storyboard sehingga memperlihatkan hubungan antar tampilan halaman menjadi satu susunan yang saling berhubungan.
Gambar 3.3 Storyboard
3.4 SQLite
3.4.1 Penjelasan SQLite
SQLite merupakan sebuah sistem manajemen basisdata relasional yang bersifat ACID-compliant dan memiliki ukuran pustaka kode yang relatif kecil, ditulis dalam bahasa C. SQLite merupakan proyek yang bersifat public domain yang dikerjakan oleh D. Richard Hipp. Tidak seperti pada paradigma client-server umumnya, Inti SQLite bukanlah sebuah sistem yang mandiri yang berkomunikasi dengan sebuah program, melainkan sebagai bagian integral dari sebuah program secara keseluruhan. Sehingga protokol komunikasi utama yang digunakan adalah melalui pemanggilan API secara langsung melalui bahasa pemrograman. Mekanisme seperti ini tentunya membawa keuntungan karena dapat mereduksi overhead, latency times, dan secara keseluruhan lebih sederhana. Seluruh elemen basisdata (definisi data, tabel, indeks, dan data) disimpan sebagai sebuah file. Kesederhanaan dari sisi disain tersebut bisa diraih dengan cara mengunci keseluruhan file basis data pada saat sebuah transaksi dimulai. [7]
3.4.2 SQLite Manager
Untuk melihat file-file dengan format SQLite, dapat menggunakan SQLite Manager, sebuah add-on untuk Mozilla Firefox. Antarmuka dari add-on ini sederhana dan tidak terlalu kompleks. Cukup klik ikon Open, dan pilih file SQLite yang ingin dilihat. [3]
Dengan menggunakan SQLite, tidak perlu lagi ditakutkan akan kelebihan atau overweight beban dari pada database Herbarium yang akan diinput. Sqlite ini sendiri memiliki ukuran size database yang mampu menampung data hingga 14
terabyte. Lebih dari cukup untung menampung data sementara yang akan di synchronize kedalam database utama yang terdapat pada web base.
3.5 Cache And Synchronize
Di bagian ini akan diberikan penjelasan tentang artian dari pada cache and synchronize yang terdapat didalam aplikasi. Pada Aplikasi yang dibuat terdapat suatu metode yang bersifat cache and synchronize.
Gambar 3.4 Cache and Synchronize Pada gambar diatas menjelaskan tentang sifat dari cache and synchronize, di mana database yang digunakan pada aplikasi ini berupa SQLite, yang bersifat cache. Cache di sini memiliki sifat sementara, yang memiliki fungsi sebagai penampung sementara data yang dikelola oleh pihak Herbarium pada saat tidak terdapat koneksi ke server.
Selanjutnya adalah Synchronize, yang berarti mencocokan, di saat aplikasi ini memiliki koneksi dengan internet. Maka akan terjadi pencocokan data yang terdapat di SQLite dengan database MySQL yang terdapat di server. Semua diatur dalam suatu web service dengan teknologi REST.
3.6 Rest
REST, singkatan dari Representational State Transfer atau transfer keadaan representasi, adalah suatu gaya arsitektur perangkat lunak untuk untuk pendistribusian sistem hipermedia seperti WWW. Istilah ini diperkenalkan pertama kali pada tahun 2000 pada disertasi doktoral Roy Fielding, salah seorang penulis utama spesifikasi HTTP. Istilah ini selanjutnya dipergunakan secara luas pada komunitas jaringan. REST secara spesifik merujuk pada suatu koleksi prinsip-prinsip arsitektur jaringan yang menggariskan pendefinisian dan pengalamatan sumber daya. Istilah ini sering digunakan dengan longgar untuk mendeskripsikan semua antarmuka sederhana yang menyampaikan data dalam domain spesifik melalui HTTP tanpa tambahan lapisan pesan seperti SOAP atau pelacakan sesi menggunakan cookie HTTP. Dua pengertian ini dapat menimbulkan konflik dan juga tumpang tindih. Dimungkinkan untuk merancang suatu sistem perangkat lunak besar sesuai dengan gaya arsitektur REST Fielding tanpa menggunakan HTTP dan tanpa berinteraksi dengan WWW. Juga dimungkinkan untuk merancang antarmuka XML+HTTP sederhana yang tidak mengikuti prinsip-prinsip REST, tapi sebaliknya mengikuti model dari RPC (remote procedure call). Perbedaan penggunaan istilah REST ini cukup menyebabkan permasalahan dalam diskusi-diskusi teknis. Sistem yang mengikuti prinsip REST Fielding sering disebut sebagai "RESTful" [6].
4. Kesimpulan
Untuk mengolah data suatu tumbuhan diperlukan suatu antar muka yang mempermudah proses pengolahan data tersebut. Pada pengembangan aplikasi ini, aplikasi desktop berperan sebagai antar
muka bagi para petugas dan peneliti yang megelola data tumbuhan di Herbarium Bogor. Agar mempermudah para peneliti maupun petugas, maka perlu dibuat fungsi-fungsi yang dapat melakukan pembacaan dan pengubahan yaitu menambahkan data, yang di mana aplikasi yang dibangun dimaksudkan untuk menggantikan system dan aplikasi yang telah mereka pergunakan terdahulu dengan menggunakan Ms Access. Aplikasi tersebut masih memiliki banyak keterbatasan dalam melakukan pemecahan masalah. Seperti terdapatnya error saat menjalankan aplikasi, maupun kelebihan beban (overweight) dalam penampungan data yang banyak. Herbarium Bogor sendiri memiliki data koleksi tumbuhan lebih kurang mencapai 600.000 data koleksi. Karena sistem yang digunakan masih tergolong tertinggal dari teknologi yang ada saat ini. Di sini dilakukan migrasi program yang dulunya menggunakan Ms Access 2000, dengan teknologi yang memungkinkan menampung data dan lebih fleksibel dalam menjalankan program. Teknologi yang digunakan berbasis Java Desktop yang menggunakan Netbeans versi 7.0 dalam pembangunan.
Inti dari pada proses migrasi aplikasi ini adalah agar tidak terjadinya kesalahan dalam pemanggilan serta penginputan data seperti yang terdapat pada aplikasi terdahulu. Pada pembuatan aplikasi Desktop ini masih perlu banyak pengembangan dan perbaikan, dikarenakan kekurangan dan keterbatasan data yang diperoleh untuk terus mengembangkan aplikasi ini. Maka akan ada pengembangan yang dilakukan, di saat menunggu data berikut yang akan masuk dan diperoleh untuk mengembangkan aplikasi lebih lanjut. Menjadi aplikasi yang lebih baik dari aplikasi terdahulu, sehingga
memudahkan petugas dan peneliti melakukan tugasnya.
Serta aplikasi ini dibuat juga agar informasi mengenai keanekaragaman hayati tumbuhan yang cukup besar dimiliki Indonesia dapat selalu terjaga dan terintegrasi, serta mudah didistribusikan antar pihak Herbarium Bogor agar dapat merepresentasikan masalah keanekaragaman hayati tumbuhan yang dimiliki Indonesia.
Daftar Pustaka
[1] Miftakhul Huda. Membuat Aplikasi Database Dengan Java, Mysql, Dan Netbeans. Elex Media Komputindo, 2010.
[2] Mkyong. How to read xml file in java
(dom parser). 2011. http://www.mkyong.com/java/how-to-read-xml-file-in-java-domparser/. [3] SQLabs. Sqlitemanager. 2011. http://www.sqlabs.net/sqlitemanager.php .
[4] Yuniar Supardi. Semua Bisa Menjadi Programmer Java Basic Programming. Elex Media Komputindo, 2010.
[5] Kartini Kramadibrata Tutie Djarwaningsih, Siti Sunarti. Panduan Pengolahan dan Pengelolaan Material Herbarium serta Pengendalian Hama Terpadu di Herbarium Bogoriense. Herbarium Bogoriense - Bidang Botani, 2002.
[6] Wikipedia. Rest. 2011.
http://id.wikipedia.org/wiki/REST.
[7] Wikipedia. Sqlite. 2011.
http://id.wikipedia.org/wiki/SQLite.
[8] Franky Zamzani. Apa itu keanekaragaman hayati ? 2009. http://btngunungpalung.tripod.com/biodi versity.htm.
