ISOLASI DAN KARAKTERISASI BAKTERI DAN
JAMURPENGKONTAMINASI BEBERAPA KULTUR
JARINGAN DAN RUANGAN KULTUR DEPARTEMEN
BIOLOGI FMIPA USU
SKRIPSI
DEVI KURNIA S. IRSAN 100805025
DEPARTEMEN BIOLOGI
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM UNIVERSITAS SUMATERA UTARA
MEDAN 2016
ISOLASI DAN KARAKTERISASI BAKTERI DAN
JAMURPENGKONTAMINASI BEBERAPA KULTUR
JARINGAN DAN RUANGAN KULTUR DEPARTEMEN
BIOLOGI FMIPA USU
SKRIPSI
Diajukan untuk melengkapi tugas dan memenuhi syarat mencapai gelar Sarjana Sains
DEVI KURNIA S. IRSAN 100805025
DEPARTEMEN BIOLOGI
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM UNIVERSITAS SUMATERA UTARA
MEDAN 2016
PERSETUJUAN
Judul : Isolasi dan Karakterisasi Bakteri dan Jamur Pengkontaminasi Beberapa Kultur Jaringan dan Ruangan Kultur Departemen Biologi FMIPA USU
Kategori : Skripsi
Nama : Devi Kurnia Safitri Irsan Nomor Induk Mahasiswa : 100805025
Program Studi : Sarjana (S1) Biologi Departemen : Biologi
Fakultas : Matematika Dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Sumatera Utara
Disetujui di
Medan, November 2016 Komisi Pembimbing :
Pembimbing 2 Pembimbing 1
Prof.Dr. Erman Munir M.Sc Dra. Nunuk Priyani M.Sc NIP: 196511011991031002 NIP:196404281996032002
Disetujui oleh
Departemen Matematika FMIPA USU Ketua,
Dr. Nursahara Pasaribu M.Sc NIP. 196301231990032001
PERNYATAAN
ISOLASI DAN KARAKTERISASI BAKTERI DAN
JAMURPENGKONTAMINASI BEBERAPA KULTUR
JARINGAN DAN RUANGAN KULTUR DEPARTEMEN
BIOLOGI FMIPA USU
SKRIPSI
Saya mengakui bahwa skripsi ini adalah hasil karya sendiri.Kecuali beberapa kutipan dan ringkasan yang masing-masing disebutkan sumbernya.
Medan, November 2016
Devi Kurnia S. Irsan 100805025
PENGHARGAAN
Puji dan syukur penulis panjatkan kepada Tuhan Yang Maha Esa dan Maha Penyayang, dengan limpah karunia-Nya Penulis dapat menyelesaikan penyusunan skripsi ini dengan judul Isolasi dan Karakterisasi Bakteri dan Jamur Pengkontaminasi Beberapa Kultur Jaringan dan Ruangan Kultur Departemen Biologi Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Sumatera Utara.
Terimakasih penulis sampaikan kepada Ibu Dra. Nunuk Priyani M.Sc selaku Dosen Pembimbing1 dan Bapak Prof. Dr. Erman Munir M.Sc selaku Dosen Pembimbing 2 yang telah memberikan nasihat dan masukan kepada penulis dalam penyusunan skripsi ini. Terimakasih kepada Ibu Dr. It Jamilah M.Sc selaku Dosen Penguji I dan Ibu Dr. Isnaini Nurwahyuni M.Sc selaku Dosen Penguji II yang telah memberikan kritik dan saran yang membangun dalam penyusunan skripsi ini. Terimakasih kepada Ibu Dr. Nursahara Pasaribu, M.Sc selaku Ketua Departemen Biologi FMIPA USU, Bapak Dr. Kerista Sebayang M.Si selaku Dekan FMIPA USU, Ibu Dr. Dr. Nursahara Pasaribu, M.Sc selaku Pembantu Dekan I, Bapak Drs. Pengarapen BangunM.Si selaku Pembantu Dekan II dan Bapak Saharman Gea, S.Si, M.Si, Ph.D.selaku Pembantu Dekan III, Bapak dan Ibu Dosen Biologi FMIPA USU, kepada Bang Erwin dan Ibu Roslina Ginting serta seluruh staf pegawai FMIPA USU, terimakasih saya ucapkan atas semua bantuannya.
Terimakasih tak terhingga kepada orangtuaku tercinta, Bapak Isianto Sam. dan Ibu Rosanti Andrian Noor Am.Keb yang senantiasa berkorban, mencintai dan berdoa untukku, juga kepada adik-adikku tersayang, Deva Nugraha Dwi Septian dan Dita Chania Tri Irsan yang memberikan dukungan penuh. Terimakasih juga kepada masku Dedek Syahputra Kurniadi S.E yang telah memberikan dukungan dan doanya kepadaku. Tak lupa kepada Nenek Rosmaniar (almh.), Kakek Samirin (alm.) Dan Nenek Tukiyah yang selalu mendoakanku sepenuhnya.
Kepada seluruh teman BIOREV 2010 terutama Juwita Sihombing, Hendika Zupliker Sinaga, Norton A. Pane, Sri Asianna Sinaga, Mei Sianipar, dan Nurul Fadhillah yang selalu memberikan nasihat, saran dan mendukung saya menyelesaikan skripsi ini. Kepada adik-adik stambuk 2011 khususnya Violita Gusvani, Ria Yelvi Ningsih, Chandra Oktavianus Simamora, Imelda Aritonang, Grace Sonia Tarigan, Grace Lumbantoruan, dan Rasmin. Kepada adik-adik stambuk 2012 khususnya adik asuhku Wardatur Rahmi dan Yufrina Namira Rangkuti, Ilham Pangestu, Bobby Hutabarat, Agung Prasetyo, Dian Pratiwi, adikku stambuk 2013 Vina Rahayu dan Syahreza Pahlevi dan seluruh asisten Lab. Mikrobiologi yang selalu membantu saya menyelesaikan pekerjaan penelitian ini selama di laboratorium serta semua pihak yang telah memberikan ilmu, pengalaman dan membantu penulis yang tidak dapat disebutkan satu persatu.
Penulis menyadari masih banyak kekurangan dalam penyusunan skripsi ini, untuk itu dengan lapang dada penulis mengharapkan kritik dan saran yang membangun dari semua pihak demi kesempurnaan skripsi ini. Atas partisipasi dan dukungannya penulis ucapkan terimakasih.
ISOLASI DAN KARAKTERISASI BAKTERI DAN
JAMURPENGKONTAMINASI BEBERAPA KULTUR
JARINGAN DAN RUANGAN KULTUR DEPARTEMEN
BIOLOGI FMIPA USU
ABSTRAK
Penelitian keanekaragaman bakteri dan jamur pengkontaminasikultur dan ruangan Kultur Jaringan Tumbuhan Departemen Biologi FMIPA USU dan efisiensi formalin 4% dalam mengurangi jumlah populasi bakteri pengkontaminan telah dilakukan. Hasil penelitian menunjukkan bahwa genus bakteri dan jamur yang diisolasi dari udara sama dengan yang diisolasi dari kultur eksplan yang terkontaminasi. Bakteri pengkontaminasi merupakanBacillussp.,
Staphylococcussp., Escherichiasp.,Streptococcussp., dan
Pseudomonassp.,sedangkan jamur pengkontaminasi ialahAspergillussp.,
Fusariumsp., Mucorsp., Neurosporasp. dan Penicilliumsp.. Fumigasiruangan dengan formalin 4% denjgan cara penyemprotan setiap minggu yang dilakukan selama 6 minggu mampu menurunkan 50% jumlah bakteri pada hari pertama setelah fumigasi dan hamper 100% jumlah bakteri sebelum difumigasi pada akhir pengamatan (hari ke5 setelah fumigasi). Hasil ini menunjukkan bahwa perlakuan fumigasi harus dilakukan secara berkala di Laboratorium Kultur Jaringan Departemen Biologi FMIPA USU untuk menghindari terjadinya kontaminasi kultur.
Kata Kunci : keanekargaman bakteri dan jamur pengkontaminan, kultur jaringan, efisiensi fumigasi, formalin 4%
ISOLATION AND CHARACTERIZATION OF BACTERIA AND FUNGI WHICH CONTAMINATED PLANT TISSUE CULTURES AND THE TISSUE
CULTURE LABORATORY DEPARTMENT BIOLOGY FMIPA USU
ABSTRACT
A study on the diversity of bacteria and fungi which contaminated plant tissue cultures and the Plant Tisssue Culture Laboratory Department Biology FMIPA USU and the efficiency of fumigation used formalin 4% for 6 weeks to reduce the contaminants have been done. The results showed that the genus of bacteria and fungal contaminants which isolated from the air was as same as isolated from the plant tissue cultures contaminated.The bacterial contaminants were Bacillussp., Staphylococcussp., Escherichiasp., Streptococcussp. and Pseudomonassp.. The fungal contaminants were Aspergillussp., Fusariumsp., Mucorsp., Neurosporasp.
and Penicilliumsp.. The fumigation in the room with spraying used formalin 4% could reduce 50% bacteria on the first day after fumigation and nearly 100% as same as the population bacteria before fumigation at the end of observation (the 5th day after fumigation). The results showed that fumigation should be done regularly in the Tissue Culture Laboratory Department Biology FMIPA US to prevent the contamination in the culture.
Keywords : Diversity of bacteria and fungi contaminants, tissue culture, efficiency of fumigation, formalin 4%
DAFTAR ISI Halaman Persetujuan i Pernyataan ii Penghargaan iii Abstrak iv Abstract v Daftar Isi vi
Daftar Tabel viii
Daftar Gambar ix Daftar Lampiran x BAB 1. Pendahuluan 1.1. Latar Belakang 1 1.2. Perumusan Masalah 4 1.3. Tujuan Penelitian 4 1.4. Hipotesis 4 1.5. Manfaat Penelitian 4
BAB 2. Tinjauan Pustaka
2.1. Mikroorganisme Udara 5
2.1.1. Mikroorganisme Pengkontaminan Kultur 6 2.2. Faktor yang mempengaruhi Kultur Jaringan 9
2.2.1. Eksplan 9
2.2.2. Media 10
2.2.3. Zat Pengatur Tumbuh 11
2.3. Desinfeksi 12
2.3.1. Desinfeksi Udara 13
2.3.2. Desinfeksi (Sterilisasi) Bahan Eksplan 14 2.3.3. Penggunaan Antibiotik 16 BAB 3. Metode Penelitian
3.1. Waktu dan Tempat 18
3.2. Prosedur Penelitian 18 3.2.1. Isolasi Bakteri dan Jamur PengkontaminanUdara 18 3.2.2. Isolasi Bakteri dan Jamur PengkontaminanKultur 18 3.2.3. Karakterisasi Bakteri dengan Pewarnaan Gram 19 3.2.4. Karakterisasi Bakteri dengan Uji Biokimia Sederhana 19 3.2.5. Karakterisasi Jamur secara mikroskopis (Block Square) 20 3.2.6. Karakterisasi Jamur dengan Pewarnaan LPCB 21 3.2.7. Perhitungan mikroba dengan TPC setelah fumigasi 21
BAB 4. Hasil dan Pembahasan
4.1. Gambaran Umum Lokasi Pengampilan Sampel 22
4.2. Karakteristik Bakteri Hasil Isolasi Udara 22 4.3. Karakteristik BakteriHasil Isolasi Kontaminasi Kultur 27
4.4. Karakterisasi Jamur Hasil Isolasi Udara 29 4.5. KarakterisasiJamur Hasil Isolasi Kontaminasi Kultur 33 4.6. Hasil Perhitungan TPC Bakteri setelah fumigasi 36 BAB 5. Kesimpulan dan Saran
5.1. Kesimpulan 38
5.2. Saran 38
DAFTAR TABEL
No. Tabel Judul Halaman
1. Karakteristik Morfologi Bakteri yang diisolasi dari udara di Laboratorium Kultur Jaringan FMIPA USU
23 2. Hasil Uji Biokimia Bakteri yang diisolasi dari udara
di Laboratorium Kultur Jaringan FMIPA USU
24 3. Karakteristik Morfologi Bakteri yang diisolasi dari
kultur di Laboratorium Kultur Jaringan FMIPA USU
27 4. Hasil Uji Biokimia Bakteri yang diisolasi dari kultur
di Laboratorium Kultur Jaringan FMIPA USU
27 5. Karakteristik Morfologi Jamur yang diisolasi dari
udara di Laboratorium Kultur Jaringan FMIPA USU
29 6. Karakteristik Morfologi Jamur yang diisolasi dari
kultur di Laboratorium Kultur Jaringan FMIPA USU
DAFTAR GAMBAR
No. Gambar Judul Halaman
DAFTAR LAMPIRAN
No. Lampiran Judul Halaman
1. Bagan Alir Penelitian 42
2. Denah Lokasi Pengambilan Sampel 45 3. Tabel Pertumbuhan Bakteri selama Fumigasi 46 4. Data Faktor Fisik Laboratorium Kultur Jaringan
FMIPA USU
47
5. Dokumentasi Penelitian 48
