1 KEANEKARAGAMAN STREPTOMYCES YANG BERASOSIASI DENGAN
RIZOSFER JAGUNG (Zea mays)*
Ambarwati* dan Eni Purwanti** * Prodi Kesehatan Masyarakat FIK UMS
**Prodi Gizi FIK UMS
ABSTRAK
Actinomycetes merupakan kelompok bakteri yang memiliki morfologi seperti fungi, hal ini dikarenakan struktur Actinomycetes berupa filament lembut yang sering disebut hyfa atau mycelia. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengidentifikasi isolat Streptomyces berdasarkan hasil pewarnaan gram, colour grouping dan morfologi serta permukaan rantai spora isolat dengan mikroskop elektron (SEM) sehingga dapat diketahui keanekaragaman Streptomyces yang berasosiasi dengan rizosfer Jagung (Zea mays). Jenis penelitian ini adalah eksplorasi dengan pemeriksaan laboratorium. Untuk mencapai tujuan di atas maka dilakukan langkah-langkah sebagai berikut : 1). Peremajaan kembali isolat dari rizosfer Jagung yang telah didapatkan pada penelitian sebelumnya dengan media Starch-Casein Agar (SCA), 2). Pewarnaan gram untuk mengetahui morfologi sel, 3). Colour grouping untuk mengelompokkan isolat berdasarkan warna aerial miselium dan vegetatif miselium, dan 4). Identifikasi isolat dengan SEM. Berdasarkan hasil penelitian diketahui tujuh isolat yang diisolasi dari rizosfer dan non rizosfer tanaman jagung memiliki bentuk batang bercabang, berwarna ungu dan termasuk gram positif, yang mengindikasikan bahwa ketujuh isolat termasuk anggota Streptomycetes. Berdasarkan hasil colour grouping diketahui bahwa ketujuh isolat yang ditumbuhkan pada media Oatmeal Agar dapat menghasilkan warna yang berbeda. Dan berdasarkan hasil analisis dengan SEM didapatkan hasil bahwa ketujuh isolat memiliki morfologi bulat (J10, J16, NJ20, dan NJ25), batang (NJ6 dan NJ13) dan loop (J23 dan NJ20) dengan ornamen permukaan spora halus (J16, J23, NJ6 dan NJ13) serta berkutil (J10, NJ20 dan NJ25).
Kata kunci : Biodiversitas, Streptomyces, Rizosfer dan Non Rizosfer jagung
ABTRACT
2 from rhizosphere of Corn that have gotten from the last research on Starch-Casein Agar (SCA), 2). Gram stain prosedure to know the cell morphology, 3). Colour grouping to make a group of isolate colour based on aerial mycelium and vegetative mycelium, and 4). To identified the isolates by electron mycroscopy. Based on this research, it is knowen taht the morphology of seven isolates from rhizosphere and non rhizosphere of Corn were branch rod, purple or blue, and gram positive bacteria. It was indicated that the isolates were the member of streptomyces. Based on colour grouping result, it was knowen that the seven isolates can produce different colour on Oatmeal Agar. And based on SEM result, it can be concluded that the seven isolates have a characteristic as Streptomyces: the morphology of the spores chain are coccus (J10, J16, NJ20, dan NJ25), rod (NJ6 dan NJ13) and like loop (J23 dan NJ20), beside that the surface ornament of the spores are smoot (J16, J23, NJ6 dan NJ13) and warty (J10, NJ20 dan NJ25).
Key words : Biodiversity, Streptomyces, Rhizphere and Non rhizosphere of Corn
A. PENDAHULUAN
Actinomycetes merupakan bakteri yang memiliki morfologi seperti fungi, hal ini dikarenakan struktur Actinomycetes berupa filament lembut yang sering disebut hyfa atau mycelia (Rao, 2001). Nurkanto (2007) berhasil mengidentifikasi anggota Actinomycetes yang meliputi : Actinoplanes, Micromonospora, Microbiospora, Microtetraspora, Streptosporangium, Nocardia, dan Streptomyces. Pada saat ini banyak penelitian yang difokuskan pada Actinomycetes, terutama Streptomyces yang diindikasikan sebagai bakteri yang mampu menghasilkan antibiotik terbanyak.
3 Penelitian Ambarwati, et al (2010) berhasil mengisolasi Streptomyces dari rhizosfer Jagung (Zea mays) dan berhasil menemukan 23 isolat, 10 isolat diantaranya mampu menghambat bakteri gram positif dan satu isolat (RNJ14) mampu menghambat S. aureus dengan kuat (32,33 mm), isolat RNJ14 diduga menghasilkan antibiotik linkomisin berdasarkan analisa dengan TLC. Penelitian ini telah diteruskan oleh Helbert (2010) dengan mengujikan isolat sebagai penghasil antifungal. Pada penelitian Helbert telah berhasil dilakukan peremajaan terhadap isolat dari rizosfer jagung sebanyak 7 isolat, yaitu J9, J10, J16, J20, J23, NJ20 dan NJ25. Dengan program penelitian reguler kompetitif ini peneliti akan melanjutkan penelitian dengan mengidentifikasi isolat dengan mikroskop elektron (SEM) untuk mengetahui morfologi dan permukaan rantai spora isolat, yang merupakan salah satu cara untuk mengidentifikasi apakah isolat yang telah ditemukan pada penelitian sebelumnya adalah Streptomyces.
Tujuan dari penelitian ini adalah : 1). Mengetahui morfologi sel Streptomycetes berdasarkan pewarnaan gram, 2). Mengetahui warna isolat berdasarkan hasil colour grouping DAN 3). Mengetahui morfologi dan permukaan rantai spora isolat Streptomycetes dengan mikroskop elektron (SEM). Actinomycetes termasuk bakteri yang berbentuk batang, gram positif, bersifat anaerobik atau fakultatif. Struktur Actinomycetes berupa filament lembut yang sering disebut hyfa atau mycelia, sebagaimana yang terdapat pada fungi, dan memiliki konidia pada hifa yang menegak (Rao, 2001; Madigan et al., 2003). Menurut Rao (2001), pada medium agar, koloni Actinomycetes menunjukkan konsistensi berbubuk dan melekat kuat pada medium serta tumbuh secara lambat. Hal ini yang membedakan dengan koloni bakteri lain yang umumnya berlendir dan dapat tumbuh dengan cepat. Bila satu koloni Actinomycetes diamati di bawah mikroskop stereo akan terlihat miselium ramping bersel satu yang bercabang dan membentuk spora aseksual.
Identifikasi Streptomyces dapat dilakukan dengan cara : 1. Identifikasi koloni
4 awalnya permukaan koloni halus namun kemudian membentuk tenunan miselium udara yang tampak seperti butiran, bubuk, atau beludru (Rao, 2001)
2. Identifikasi morfologi sel
Streptomyces merupakan bakteri yang berbentuk batang bercabang dan termasuk Gram positif (Madigan et al., 2003).
3. Hasil colour grouping
Colour grouping dilakukan untuk menggolongkan isolat berdasarkan warna miselium udara, miselium vegetatif dan warna pigmen yang terdifusi. Hal ini didasarkan pada kenyataan bahwa pada medium khusus Streptomyces dapat menghasilkan berbagai warna yang berbeda, baik pada miselium vegetatif maupun miselium udara, warna yang terbentuk dapat tersebar (terdifusi) atau tidak tersebar ke medium (Korn-Wendisch and Kutzner, 1992, Rao, 2001). Miselium vegetatif mempunyai diameter antara 0,5-2,0 µm dan bercabang banyak dengan fragmen yang jarang. Miselium udara dapat dibedakan berdasarkan (i) panjang hifa, yaitu pendek (koloni seperti debu), medium atau panjang (koloni seperti kapas), (ii) macam percabangan, yaitu monopodial atau simpodial, (iii) susunan spora pada hifa, serta (iv) morfologi spora (Korn-Wendisch and Kutzner, 1992).
4. Identifikasi dengan SEM
Miselium udara bila dewasa akan membentuk rantai spora yang terdiri dari 3 sampai 50 spora atau lebih (Prescott et al., 1999). Morfologi rantai spora dapat digolongkan lurus, lentur atau spiral, sedangkan permukaan spora bisa dibedakan menjadi halus, berkutil, berduri atau berbulu (Korn-Wendisch and Kutzner, 1992).
5 bervariasi, serta pada daerah yang dingin dan tropik. Tanah yang basa dan netral lebih disukai dari pada tanah yang asam. Pada tanah yang kering dan panas (hangat), banyak ditemukan Actinomycetes, seperti : Nocardia, Streptomyces dan Mikromonospora. Kelompok mikroorganisme ini menyebabkan bau musty, yaitu bau seperti tanah yang baru dibajak (Budiyanto, 2004).
Populasi Actinomycetes pada tanah yang subur mencapai 700.000 (Budiyatno, 2004). Selain di tanah, mikroorganisme juga ditemukan di wilayah rizosfer. Rizosfer dapat diartikan sebagai bagian tanah yang berbatasan dan dipengaruhi oleh akar tanaman (Rao, 2001; Budiyanto, 2004). Pada umumnya mikroorganisme yang hidup di wilayah rhizosfer lebih banyak dari pada di tanah yang bukan rhizosfer (Rao, 2001). Banyaknya mikroorganisme termasuk Actinomycetes pada rhizosfer ini disebabkan karena akar tanaman mempunyai kemampuan mengeluarkan eksudat. Eksudat mengandung berbagai macam asam amino (Widayati, 2005), vitamin dan zat organik lainnya (Budiyatno, 2004) yang berguna sebagai sumber energi bagi mikroorganisme yang hidup di sekitar perakaran tersebut. Berdasarkan hasil penelitan Sembiring et al. (2000) diketahui bahwa densitas isolat Streptomyces yang ditemukan di daerah rizosfer tanaman Sengon (Paraserianthes falcataria) tiga kali lebih banyak dibandingkan dengan isolat yang ditemukan di daerah non rizosfer. Menurut Rao (2001) beberapa hal yang mempengaruhi jumlah dan komposisi eksudat yang dikeluarkan oleh tanaman adalah (i) jenis tanaman, tanaman yang berbeda akan mengeluarkan eksudat dengan jumlah yang berbeda pula, (ii) umur tanaman, (iii) kondisi lingkungan yang mempengaruhi eksudat akar meliputi suhu, irradiasi, kelembaban tanah, jenis tanah dan nutrisi tanaman, serta tekanan pada tanaman, (iv) kondisi lingkungan tempat tumbuh tanaman, dan (v) kehadiran mikroorganisme.
6 oleh panjangnya jarak tempuh yang dicapai oleh eksudat tersebut dalam tanah (Rao, 2001). Efek rizosfer merupakan istilah yang digunakan untuk menyatakan adanya suatu rangsangan atau dorongan terhadap pertumbuhan mikroorganisme di sekitar perakaran karena dilepaskannya zat organik oleh tanaman (Rao, 2001; Bais et al., 2006). Efek rizosfer bersifat sentrifugal dan cenderung akan berkurang dalam tanah yang sistem percabangan perakarannya sedikit. Beberapa faktor yang mempengaruhi efek rizosfer adalah (i) tipe tanah, (ii) kelembaban tanah, (iii) pH tanah, (iv) temperatur tanah, (v) umur tanaman, dan (vi) kondisi tanaman (Rao, 2001).
Beberapa penelitian telah dilakukan untuk mengisolasi Actinomycetes dari rizosfer, diantaranya penelitian Gesheva (2002) yang telah menemukan isolat Actinomycetes dari rizosfer jeruk manis (Citrus sinensis Osb.) dan jeruk nipis (Citrus aurantifolia) dan diketahui bahwa isolat terbanyak adalah Streptomyces. Berdasarkan hasil penelitian Basil et al. (2004) diketahui isolat terbesar dari rizosfer sagebrush (Artemisia tridentata) adalah Streptomyces.
Penelitian lain dilakukan oleh Djatmiko et al. (2007) yang berhasil mendapatkan dua isolat Streptomyces dari rizosfer terung (Solanum melongena). Selain itu, sebanyak 43 isolat Actinomycetes telah ditemukan di rizosfer tanaman kapas (Caravonica katoen), empat isolat diidentifikasi sebagai Streptomyces erumpens, S. purpureus, S. aurantiacus dan S. microflavus (Hassanin et al., 2007). Shirokikhl et al. (2007) berhasil mengisolasi Actinomycetes dari rizosfer Gandum (Avena sativa. L). Serta penelitian Rahayu et al. (2007) telah berhasil mengisolasi Streptomyces dari rizosfer orok-orok (Crotalaria striata), rumput king (Zoysia matrella (L.) Merr) dan jukut domdoman (Chrysopogon aciculatus (Retz) Trin).
B. METODE PENELITIAN
7 Penelitian ini dilaksanakan selama 12 bulan. Tempat penelitian : 1). Peremajaan isolat dan pemeriksaan morfologi sel dengan pewarnaan gram dilakukan di Laboratorium Mikrobiologi Fakultas Ilmu Kesehatan Universitas Muhammadiyah Surakarta, 2). Identifikasi isolat dengan mikroskop elektron (SEM) dilakukan di laboratorium Zoologi LIPI.
Tahapan penelitian meliputi : 1. Peremajaan Isolat
Isolat Streptomyces yang ditumbuhkan pada medium cair diisolasi pada media Starch Casein Agar (SCA) dengan metode streak. Diinkubasi pada suhu 25oC selama 4 hari.
2. Pewarnaan Gram
8 Dari hasil peremajaan dilakukan colour grouping pada media Oatmeal Agar (Sembiring et al., 2000). Hal ini dilakukan untuk mengelompokkan isolat berdasarkan warna aerial miselium, vegetatif miselium dan mengetahui apakah warna pigmen yang dihasilkan terdifusikan atau tidak.
4. Pemeriksaan dengan Mikroskop Elektron
Untuk mengetahui morfologi dan ornamen permukaan rantai spora dari isolat yang representatif dapat dilihat dengan menggunakan mikroskop cahaya dan mikroskop elektron (SEM), kultur yang diperiksa ditumbuhkan pada medium Starch Casein agar pada suhu 25oC sampai berumur 14 hari. Morfologi rantai spora dapat ditentukan dengan menggunakan mikroskop optik binokuler. Ornamentasi permukaan spora ditentukan menggunakan prosedur berikut. Agar blok yang mengandung spora Streptomyces difiksasi dengan direndam dalam 2% glutaraldehide pada suhu 4oC selama 24 jam, kemudian didehidrasi dengan seri etanol bertingkat (air, etanol 5%, etanol 14,5%, etanol 27,5%, etanol 42%, etanol 56,5%, etanol 69,5%, etanol 80%, etanol 89%, etanol 95,6%, dan etanol 100%). Setelah itu, dilakukan pengeringan dengan alat critical point drying (pengering dengan karbon dioksida cair). Selanjutnya, spesimen ditempatkan pada stub (holder) menggunakan lem khusus (mounting drying). Langkah selanjutnya dilakukan coating, yaitu pelapisan sampel dengan emas murni dengan alat gold sputter. Selanjutnya, dilakukan pengamatan dengan SEM.
9
C. HASIL DAN PEMBAHASAN
HASIL
1. Hasil Pewarnaan Gram
Hasil pewarnaan gram dari tujuh isolat yang diisolasi dari rizosfer dan non rizosfer Jagung disajikan pada Gambar 1 berikut
Gambar 1. Hasil Pewarnaan Gram Isolat 2. Hasil Colour Grouping
Hasil colour grouping disajikan pada Tabel 1. dan Gambar 2 berikut. Tabel 1. Colour Grouping Tujuh Isolat Anggota Genus Streptomyces dari Sampel
Tanah Rizosfer dan Non Rizosfer Jagung (Zea mays L.)
No. Kode
Isolat
Warna miselium udara
Warna miselium vegetatif
Warna pigmen yang berdifusi
1 J10 Coklat
Kemerahan
Coklat -
2 J16 Coklat Muda Coklat Kekuningan Coklat
J10 J16
NJ25 NJ20
NJ13
J23
10
3 J23 Putih Kuning Kecoklatan Coklat
4 NJ6 Putih Coklat Muda -
5 NJ13 Putih Coklat -
6 NJ20 Putih Kuning -
7 NJ25 Abu-Abu Kuning kecoklatan Kuning
Gambar 2. Hasil Colour Grouping Isolat Keterangan :
J : dari Rizosfer Jagung NJ : dari Non Rizosfer Jagung U : Miselium Udara
V : Miselium Vegetatif
J10U J10V J16U J16V
J23U J23V NJ6U
NJ13U NJ13V NJ20U
NJ6V
NJ20V
11 3. Hasil SEM
Hasil pemeriksaan morfologi rantai spora dan ornamen permukaan rantai spora dengan SEM disajikan pada Gambar 3 berikut.
Gambar 3. Hasil SEM Isolat
PEMBAHASAN
Penelitian ini merupakan penelitian lanjutan dari penelitian sebelumnya yang mengisolasi dan mengidentifikasi Streptomyces dari rizosfer dan non rizosfer jagung. Pada penelitian ini dilakukan identifikasi tujuh isolat yang telah ditemukan dengan mengamati rantai dan permukaan rantai spora dengan mikroskop elektron (SEM). Streptomyces merupakan salah satu anggota dari Actinomycetes disamping Actinoplanes, Micromonospora, Microbiospora, Microtetraspora, Nocardia dan Streptosporangium (Nurkanto, 2007).
Actinomycetes sesungguhnya merupakan anggota bakteri, namun morfologinya mirip dengan fungi karena strukturnya yang berupa filament lembut yang disebut hyfa atau mycelia (Rao, 2001). Actinomycetes, terutama Streptomyces banyak menarik minat para peneliti karena diindikasikan sebagai bakteri yang mampu menghasilkan antibiotik terbanyak. Sekitar 70% di antara antibiotik yang
J10 J16 J23
12 telah ditemukan dihasilkan oleh anggota genus Streptomyces (Suwandi, 1993). Sebanyak lebih dari 500 jenis antibiotik telah dihasilkan oleh anggota genus Streptomyces dan 60 jenis antibiotik telah diaplikasikan di bidang pengobatan, pertanian dan industri (Madigan et al., 2003). Bahkan saat ini penelitian telah membuktikan bahwa Actinomycetes mampu menghasilkan zat anti kanker. Penelitian Sunaryanto et al, (2010) berhasil menemukan sembilan isolat Actinomycetes yang mampu menghasilkan senyawa aktif citropeptin yang memiliki efek toksik terhadap sel kanker paru-paru A549, isolate tersebut diambil dari sedimen laut dari pelabuhan kamaishi-shi lwate Jepang
Langkah pertama pada penelitian ini adalah dengan meremajakan kembali tujuh isolat Streptomyces yang telah dihasilkan dari penelitian sebelumnya. Ketujuh isolat ditumbuhkan pada media SCA cair, baru dipindahkan ke media SCA agar cawan. Setelah itu dilakukan pewarnaan gram, colour grouping dengan media Oatmeal Agar, selanjutnya isolat dikirim ke LIPI untuk diperiksa dengan mikroskop elektron (SEM).
13 Berdasarkan gambar 2, diketahui bahwa ketujuh isolat yang diperiksa mempunyai ciri batang bercabang, berwarna ungu dan gram positif yang merupakan ciri dari Streptomyces. Berdasarkan Tabel 1 dan gambar 3, diketahui pula bahwa ketujuh isolat yang ditumbuhkan pada media Oatmeal Agar mampu menghasilkan warna pada media yang merupakan cirri dari Streptomyces.
Berdasarkan gambar 4, diketahui bahwa ketujuh isolat memiliki morfologi dan permukaan rantai spora yang berbeda. Untuk isolat yang berasal dari rizosfer Jagung : Isolat J10, memiliki morfologi spora bulat, lentur, panjang spora lebih dari 10, ornament permukaan spora berkutil. Isolat J16, memiliki memiliki morfologi spora bulat, lurus, panjang spora lebih dari 5, ornamen permukaan spora halus. Dan isolat J23, memiliki morfologi spora seperti loop dan ornamen permukaan spora halus.
Untuk isolat dari non rizosfer jagung: Isolat NJ6, memiliki morfologi spora batang panjang, lurus, panjang spora lebih dari 3, ornamen permukaan spora halus. Isolat NJ13, memiliki morfologi spora batang pendek, lurus, panjang spora lebih dari 5, ornamen permukaan spora halus. Isolate NJ20, memiliki morfologi spora bulat membentuk loop, lurus, panjang spora lebih dari 10, ornamen permukaan spora berkutil. Dan NJ25, memiliki morfologi spora bulat, lentur, panjang spora lebih dari 5, ornamen permukaan spora berkutil.
Hal yang menarik dari penelitian ini adalah bahwa isolat yang ditemukan memiliki morfologi dan ornamen permukaan rantai spora yang berbeda, sehingga dimungkinkan merupakan spesies yang berbeda juga, meskipun beberapa diantaranya sama-sama memiliki morfologi bulat dan permukaan berkutil (J10, NJ20 dan NJ25), sehingga dimungkinkan memiliki tingkat kekerabatan yang dekat secara molekuler. Isolat NJ6 memiliki morfologi yang unik karena berbentuk batang panjang dan gepeng, hasil ini belum umum ditemukan sehingga dimungkinkan sebagai isolat baru.
14 ini memiliki ciri : aerobic, gram positif, non motil, warna aerial miselium abu-abu keputihan sedangkan vegetatif miselium berwarna kuning cerah, bentuk spora batang panjang atau pendek dengan permukaan spora halus. Hozzein dan Goodfellow (2007) berhasil menemukan Streptomyces synnematoformans sp, nov. yang diisolasi dari tanah pasir di Mesir. Morfologi spora dari Streptomyces ini adalah batang, warna aerial miselium merah cerah keabu-abuan sampai merah kehitaman, vegetatif miselium berwarna bervariasi dari merah tua sampai hitam kemerahan, warna tidak terdifusi, rantai spora pendek dan lurus dengan permukaan spora halus.
Penelitian Zhao, et al (2009) berhasil menemukan Streptomyces xinghaiensis sp. Nov, Streptomyces spesies baru yang diisolasi dari sedimen air laut Xinghai Bay, Dalian, China. Streptomyces ini memiliki ciri: gram positif, aerobik, non motil, warna koloni kuning keputihan, rantai spora panjang lurus, permukaan spora halus. Zhu, et al (2011) berhasil menemukan Streptomyces lacticiproducens sp. Nov, yang diisolasi dari rizosfer tanaman tomat. Bentuk spora dari Streptomyces ini batang silindris, lurus dengan permukaan rantai spora halus.
Ketujuh isolat yang telah dianalisis dengan SEM juga menunjukkan morfologi yang berbeda dengan penelitian yang pernah dilakukan di atas. Oleh karena itu akan lebih baik jika penelitian ini dilanjutkan sampai analisis molekuler untuk menganalisis tingkat kekerabatan isolat tersebut dengan isolat Streptomyces yang sudah ditemukan sebelumnya. Sehingga dapat diketahui apakah isolate yang ditemukan merupakan spesies baru atau spesies yang pernah ditemukan.
D. KESIMPULAN DAN SARAN
15 pemeriksaan dengan mikroskop electron (SEM), ketujuh isolat yang diisolasi dari rizosfer dan non rizosfer Jagung memiliki cirri morfologi spora batang dan bulat, dengan ornament permukaan spora halus dan berkutil yang merupakan ciri dari Streptomyces.
Berdasarkan hasil penelitian ini disarankan agar penelitian ini dilanjutkan dengan menganalisis isolat secara molekuler sehingga dapat diketahui isolat yang dihasilkan sampai tingkat spesies dan memungkinkan diketemukan spesies baru.
E. UCAPAN TERIMA KASIH
Penulis mengucapkan banyak terima kasih kepada : 1). Dr. Harun Joko Prayitno, MHum, selaku ketua lembaga penelitian UMS yang telah membiayai pelaksanaan penelitian ini. 2). Ibu Endang, Mbak Yuni dan Mbak Tika dari Laboratorium Zoologi LIPI yang telah membantu pelaksanaan analisis isolat Streptomyces dengan SEM. Dan 3). . Ibu Dian Widyastuti, SE yang telah membantu pelaksanaan penelitian di Laboratorium Mikrobiologi FIK UMS.
DAFTAR PUSTAKA
Ambarwati, 2007. Kajian Actinomycetes yang Berpotensi Menghasilkan Antibiotika dari Rhizosfer Putri Malu ( Mimosa pudica L) dan Kucing Kucingan (Acalypha Indica L). Jurnal Sains & Teknologi,ISSN : 1411-5174,vol.8.No.1.
Ambarwati dan Trisnawati, A., G, 2009. Isolasi Actinomycetes dari Tanah Sawah sebagai Penghasil Antibiotik. Jurnal Sains &Teknologi, ISSN 1411-5174, Vol. 10, N0. 2.
Ambarwati, Retno S., dan Darnoto S., 2009. Uji Aktivitas Isolat Actinomycetes dari Tanah Pekarangan terhadap Escherichia coli dan Bacillus subtilis. Jurnal Motorik, ISSN 1907-218X, Vol. 4, No. 8.
Ambarwati, C.J. Soegihardjo dan Sembiring L., 2010. Isolasi dan Identifikasi Streptomycetes dari Rizosfer Jagung (Zea mays L.) yang berpotensi sebagai Penghasil Antibiotik. Jurnal Biota Vo. 15, No. 1,. ISSN 0853-8670. Terakreditasi Dikti No. 43/DIKTI/Kep/2008
16 rotundus L.) in Surakarta, Indonesia. African Journal of Microbiology Research Vol. 6 No. 1, 52-57
Bais, H. P., Weir, T. L., Perry, L. G., Gilroy, S., and Vivanco, J. M. 2006. The Role of Exudates in Rizosfer Interactions with Plants and Other Organisms. The Annual Review of Plant Biology, 57 : 233-266.
Basil, A. J., Strap, J. L., Knotek-Smith, H. M., and Crawford, D. L. 2004. Studies on The Microbial Populations of The Rizosfer of Big Sagebrush (Artemisia tridentata). Journal of Industrial Microbiology & amp; Biotechnology, 31 (6) : 278-288
Bharti A., Kumar V., Gusain O., and Bisht G., S., 2010. Antifungal Activity of Actinomycetes Isolated From Garhwal Region. Journal of Sci. Engg. & Tech. Mgt. Vol 2 (2): 3-9.
Budiyanto, M. A. K. 2004. Mikrobiologi Terapan. UMM Press, Malang.
Djatmiko, H. A., Arwiyanto, T., Hadisutrisno, B., and Sunarminto, B. H. 2007. Potensi Tiga Genus Bakteri dari Rizosfer Tanaman sebagai Agensia Pengendali Hayati Penyakit Lincat. Jurnal Ilmu-Ilmu Pertanian Indonesia, 9 (1) : 40-47.
Gesheva, V. 2002. Rizosfer Microflora of Some Citrus as a Source of Antagonistic Actinomycetes. European Journal of Soil Biology, 38 (1) : 85-88.
Hall, V., Collins, M. D., Hutson, R., Inganas, E., Falsen, E. and Duerden, B. I. 2003. Actinomycetes vaccimaxillae sp. nov., from the Jaw of a Cow. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 53 : 603-606.
Hassanin, S. M., El-Mehalawy, A. A., Hassanin, N. M., and Zaki, S. A. 2007. Induction of Resistance and Biocontrol of Rhizoctonia in Cotton Damping-off Disease by Rizosfer Bacteria and Actinomycetes. The Internet Journal of Microbiology, 3 (2).
Hozzein, W.N and Goodfellow, M., 2007. Streptomyces synnematoformans sp. Nov., a novel actinomycete isolated from a sand dune soil in Egypt. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology Vo. 57, No. 9 : 2009-2013.
Kim, H. J., Lee, S. C., and Hwang, B. K., 2006. Streptomyces cheonanensis sp. Nov., a novel streptomyces with antifungal activity. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology Vo. 56, No. 8 : 471-475.
17 Truper, M. Dworkin, W. Harder, & Karl-Heinz Schleifer. Eds). Springer-Verlag, New york, Berlin, Heidelberg, London, Paris, Tokyo, Hong Kong, Barcelona, and Budapest.
Lestari, Y. 2006. Identification of Indegenous Streptomyces spp. Producing Antibacterial Compounds. Jurnal Mikrobiologi Indonesia, 11 (2) : 99-101. Lo, C. W., Lai, N. S., Cheah, H-Y., Wong, N. K. I. and Ho, C. C. 2002.
Actinomycetes Isolated From Soil Samples From The Crocker Range Sabah. ASEAN review of Biodiversity and Environmental Conservation (ARBEC).
Madigan, M. T., Martinko, J. M., and Parker, J. 2003. Brock Biology of Microorganisms. Tent Edition. Prentice Hall, USA.
Nedialkova, D. and Naidenova, M. 2005. Screening the Antimicrobial Activity of Actinomycetes Strains Isolated from Antarctica. Journal of Culture Collections, 4 : 29-35.
Nurkanto A., 2007. Identifikasi Actinomycetes Tanah Hutan Pasca Kebakaran Bukit Bangkirai Kalimantan Timur dan Potensinya sebagai Pendegradasi Sellulosa dan Pelarut Fosfat. Jurnal Biodiversitas Vol. 8, No. 4: 314-319.
Oskay, M., Tamer, A. U. and Azeri, C. 2004. Antibacterial Activity of some Actinomycetes Isolated from Farming Soil of Turkey. African Journal of Biotechnology, 3(9) : 441-446.
Prescott, L. M., Harley, J. P., and Klein, D. A. 1999. Microbiology. Fourth Edition. WCB McGraw-Hill, Boston.
Rahayu, T., Maryati, Sembiring, L., dan Soegihardjo, C. J. 2007. Isolasi dan Karakterisasi Streptomyces yang Berpotensi Antimikrobia dari Rizosfer Tumbuhan Tingkat Tinggi. Kumpulan Ringkasan Hasil Penelitian Workshop Pemaparan Hasil Penelitian yang Dibiayai DP2M Dikti Tahun 2007. UMS, Surakarta.
Rao, N. S. S. 2001. Soil Microbiology. Soil Microorganism and Plant Growth. Fourth Edition. Science Publishers, Inc. Enfield (NH), USA
18 Shirokikhl, I. G., Zenova, G. M., Merzaeval, O. V., Lapygina, E. V., Bataloval, G. A., and Lysak, L. V. 2007. Actinomycetes in the Prokaryotic Complex of Rizosfer of Oat in a Soddypodzolic Soil. Journal of Eurasian Soil Science, 40 (2) : 158-162
Sunaryanto, R., Marwoto, B., dan Matsuo, Y., 2010. Isolasi Actinomycetes Laut Penghasil Metabolit Sekunder yang Aktif terhadap Sel kanker A549. Jurnal Pascapanen dan Bioteknologi Kelautan dan Perikanan Vol. 5 No. 2,
Widayati, W. E. 2005. Bakteri Endofit pada Tanaman Tebu (Solanum officinarum L.) Identifikasi dan Mekanisme Asosiasi. Disertasi Program Pascasarjana Bioteknologi. UGM, Yogyakarta.
Yusnizar. 2006. Screening of Streptomyces sp. Isolated From Black Water Ecosystem and Antagonism Assay to Rhizoctonia solani and Helminthosporium
oryza. Diakses : 21 Desember 2001
http://www.icbb.org/english/research/research12.htm
Zhao, X. Q, Li, W. J, Jiao, W. C, Li, Y., Yuan, W.J., Zhang, Y. Q, Klenk, H. P, Suh, J. W., Bai, F. W. 2009. Streptomyces xinghaiensis sp. nov., isolated from marine sediment. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Vol. 59, No. 11 : 2870-2874.
1
BAB I
PENDAHULUAN
A. Latar Belakang
Actinomycetes merupakan bakteri yang memiliki morfologi seperti fungi, hal ini dikarenakan struktur Actinomycetes berupa filament lembut yang sering disebut hyfa atau mycelia (Rao, 2001). Nurkanto (2007) berhasil mengidentifikasi anggota Actinomycetes yang meliputi : Actinoplanes, Micromonospora, Microbiospora, Microtetraspora, Streptosporangium, Nocardia, dan Streptomyces. Pada saat ini banyak penelitian yang difokuskan pada Actinomycetes, terutama Streptomyces yang diindikasikan sebagai bakteri yang mampu menghasilkan antibiotik terbanyak.
Habitat Actinomycetes, terutama Streptomyces adalah di tanah, sekitar 70% mikroba yang ada di tanah adalah Streptomyces (Rao, 2001). Bahkan Nurkanto (2007) berhasil membuktikan bahwa genus yang paling dominan dalam tanah adalah Streptomyces, yaitu sebanyak 86%. Keberadaan Actinomycetes dalam tanah telah banyak dikaji peneliti. Penelitian Sembiring, et al (2000) berhasil mengisolasi Streptomyces dari rizosfer tanaman Sengon (Paraserianthes falcataria). Penelitian Lo, et al (2002) berhasil menemukan Streptomycetes dari tanah Sabah, Oskay, et al (2004), dari ladang pertanian di daerah Manisa di Turki, Nedialkova dan Naidenova (2005), dari Antarctica, Nurkanto (2007) dari tanah hutan, dan Bharti, et al (2010) dari 69 lokasi tanah di wilayah Garhwal.
2 penghasil antifungal. Pada penelitian Helbert telah berhasil dilakukan peremajaan terhadap isolat dari rizosfer jagung sebanyak 7 isolat, yaitu J9, J10, J16, J20, J23, NJ20 dan NJ25. Dengan program penelitian reguler kompetitif ini peneliti akan melanjutkan penelitian dengan mengidentifikasi isolat dengan mikroskop elektron (SEM) untuk mengetahui morfologi dan permukaan rantai spora isolat, yang merupakan salah satu cara untuk mengidentifikasi apakah isolat yang telah ditemukan pada penelitian sebelumnya adalah Streptomyces.
3. Tujuan Penelitian
Tujuan dari penelitian ini adalah : untuk mengidentifikasi isolat Streptomyces berdasarkan hasil pewarnaan gram, colour grouping, dan SEM, dengan rincian :
1. Mengetahui morfologi sel Streptomycetes berdasarkan pewarnaan gram 2. Mengetahui warna isolat berdasarkan hasil colour grouping
3. Mengetahui morfologi dan permukaan rantai spora isolat Streptomycetes dengan mikroskop elektron (SEM).
D. Manfaat Penelitian
Manfaat praktis yang diharapkan dari penelitian ini adalah :
Menemukan keanekaragaman isolat Streptomycetes yang ditemukan pada rizosfer dan non rizosfer tanaman Jagung.
Manfaat teoritis yang diharapkan dari penelitian ini :
3
E. Keutamaan Penelitian
Beberapa penelitian sejenis telah dilakukan baik di luar negeri maupun di Indonesia, penelitian-penelitian tersebut di antaranya :
Penelitian di luar negeri :
1. Penelitian Lo, et al. (2002) yang telah menemukan sebanyak 78 strain Actinomycetes yang diisolasi dari tanah yang berasal dari 22 lokasi di Sabah, diketahui pula bahwa strain terbanyak adalah Streptomyces.
2. Oskay, et al. (2004) berhasil menemukan 50 strain Actinomycetes yang berbeda pada sampel tanah pertanian yang diambil dari daerah Manisa di Turki.
3. Nedialkova dan Naidenova (2005) menemukan 40 stain Actinomycetes dari Antarctica.
4. Bharti, et al. (2010) berhasil menemukan 316 isolat Actinomycetes pada sampel tanah yang diambil dari 69 lokasi tanah di wilayah Garhwal, Uttarakhand, India.
Penelitian di Indonesia :
1. Penelitian Sembiring, et al. (2000) yang mengambil sampel tanah dari rhizosfer tanaman sengon (Paraserianthes falcataria), dan berhasil menemukan 6 spesies baru Streptomyces.
2. Lestari (2006) berhasil mengisolasi Streptomyces dari tanah di Sukabumi, Kepulauan Seribu, Cipanas dan Kalimantan Timur dan menemukan 6 isolat Streptomyces yang memproduksi zat antibakteri
4 4. Penelitian Rahayu, et al. (2007) yang mengisolasi Streptomyces dari rhizosfer orok-orok (Crotalaria striata), rumput king (Zoysia matrella L), dan jukut domdoman (Chrysopogon aciculatus Retz), dan ditemukan 5 isolat.
5. Penelitian Nurkanto (2007) yang mengidentifikasi Actinomycetes dari tanah hutan pasca kebakaran di Bukit Bangkirai Kalimantan Timur, dan ditemukan sebanyak 91 isolat yang terbagi dalam tujuh genus. Selain itu diketahui bahwa genus yang paling dominan adalah Streptomyces dengan jumlah sebanyak 86%.
6. Penelitian Djatmiko et al. (2007) yang berhasil mendapatkan dua isolat Streptomyces dari rizosfer Terung (Solanum melongena) dan salah satunya berpotensi sebagai antifungi
7. Penelitian Ambarwati dan Trisnawati (2009) yang mengisolasi Actinomycetes dari tanah sawah, dan ditemukan satu isolat yang berpotensi sebagai antibakteri.
8. Penelitian Ambarwati, et al. (2009a) yang mengisolasi Actinomycetes dari tanah pekarangan, dan ditemukan 2 isolat yang berpotensi sebagai antibakteri. 9. Penelitian Ambarwati, et al (2009b) berhasil mengisolasi Actinomycetes dari rhizosfer rumput teki (Cyperus rotundus) dan berhasil menemukan 12 isolat,10 isolat berpotensi menghasilkan antibiotik. Berdasarkan hasil pemeriksaan morfologi rantai spora dengan mikroskop elektron (SEM) isolat SNR19 diindikasikan sebagai Streptomyces albovinaceus.
5 Dari penelitian-penelitian di atas, beberapa penelitian difokuskan pada: 1. Keanekaragaman Streptomyces, namun belum sampai pada tingkat
molekuler, identifikasi dilakukan berdasarkan morfologi koloni, morfologi sel dan analisis secara biokimiawi.
2. Penelitian difokuskan pada kemampuan Streptomyces dalam menghasilkan antibiotik.
3. Hanya ada satu penelitian yang mengkaji tentang keanekaragaman Streptomyces dan menganalisisnya sampai tingkat molekuler sehingga diperoleh 6 spesies baru dari Streptomyces, yaitu penelitian Sembiring, et al (2000).
Keutamaan penelitian ini dikarenakan penelitian yang akan dilakukan merupakan penelitian lanjutan. Pada penelitian sebelumnya telah berhasil diisolasi Streptomyces dari rizosfer jagung dan diuji kemampuannya dalam menghasilkan antibiotik. Identifikasi yang telah dilakukan meliputi : morfologi koloni, colour grouping, morfologi sel dengan pewarnaan gram, dan satu isolat diidentifikasi dengan mikroskop elektron (SEM).
6
BAB II
STUDI PUSTAKA
A. Actinomycetes dan Streptomyces
Actinomycetes termasuk bakteri yang berbentuk batang, gram positif, bersifat anaerobik atau fakultatif. Struktur Actinomycetes berupa filament lembut yang sering disebut hyfa atau mycelia, sebagaimana yang terdapat pada fungi, dan memiliki konidia pada hifa yang menegak (Rao, 2001; Madigan et al., 2003). Menurut Rao (2001), pada medium agar, koloni Actinomycetes menunjukkan konsistensi berbubuk dan melekat kuat pada medium serta tumbuh secara lambat. Hal ini yang membedakan dengan koloni bakteri lain yang umumnya berlendir dan dapat tumbuh dengan cepat. Bila satu koloni Actinomycetes diamati di bawah mikroskop stereo akan terlihat miselium ramping bersel satu yang bercabang dan membentuk spora aseksual.
Streptomycetes merupakan salah satu anggota Actinomycetes, bahkan 70% anggota Actinomycetes adalah Streptomyces (Rao, 2001). Streptomyces dapat diartikan sebagai mikroorganisme yang mempunyai miselium vegetatif dan miselium udara dan banyaknya miselium vegetatif dapat sama, lebih banyak atau lebih sedikit dari miselium udara (Korn-Wendisch and Kutzner, 1992). Istilah Streptomyces berasal dari bahasa yunani, streptos yang berarti bengkok, tikungan atau simpul dan myces yang berarti fungi atau jamur (Prescott et al., 1999).
7
B. Identifikasi Streptomycetes
Identifikasi Streptomyces dapat dilakukan dengan cara : 1. Identifikasi koloni
Ciri koloni Streptomyces adalah kering dan kecil dengan diameter 1-10 mm, koloninya tunggal seperti liken, kulit atau butiran, pada awalnya permukaan koloni halus namun kemudian membentuk tenunan miselium udara yang tampak seperti butiran, bubuk, atau beludru (Rao, 2001)
2. Identifikasi morfologi sel
Streptomyces merupakan bakteri yang berbentuk batang bercabang dan termasuk Gram positif (Madigan et al., 2003).
3. Hasil colour grouping
8 4. Identifikasi dengan SEM
Miselium udara bila dewasa akan membentuk rantai spora yang terdiri dari 3 sampai 50 spora atau lebih (Prescott et al., 1999). Morfologi rantai spora dapat digolongkan lurus, lentur atau spiral, sedangkan permukaan spora bisa dibedakan menjadi halus, berkutil, berduri atau berbulu (Korn-Wendisch and Kutzner, 1992).
C. Habitat Streptomycetes
Actinomycetes selalu ditemukan pada substrat alam, seperti tanah dan kompos, air kolam, bahan makanan, dan di atmosfer. Laut dalam, bukan merupakan habitat yang baik bagi Actinomycetes. Actinomycetes hidup dan memperbanyak diri dalam tanah dan kompos pada kedalaman yang bervariasi, serta pada daerah yang dingin dan tropik. Tanah yang basa dan netral lebih disukai dari pada tanah yang asam. Pada tanah yang kering dan panas (hangat), banyak ditemukan Actinomycetes, seperti : Nocardia, Streptomyces dan Mikromonospora. Kelompok mikroorganisme ini menyebabkan bau musty, yaitu bau seperti tanah yang baru dibajak (Budiyanto, 2004).
Dalam satu Gram tanah terdapat jutaan bakteri, fungi, protozoa dan mikroorganisme lain. Populasi Streptomyces pada tanah mencapai 70% (Rao, 2001). Jumlah bakteri pada tanah pertanian yang subur mencapai 2.500.000.000 Cfu/g-dw, Actinomycetes 700.000 Cfu/g-dw, fungi 400.000 Cfu/g-dw, alga 50.000 Cfu/g-dw dan protozoa 30.000 Cfu/g-dw (Budiyanto, 2004). Menurut Budiyanto (2004) populasi mikroorganisme dalam tanah dipengaruhi oleh beberapa faktor, yaitu : 1). Jumlah dan jenis zat hara dalam tanah, 2). Kelembaban, 3). Tingkat aerasi, 4). Suhu, 5). pH dan 6). Perlakuan pada tanah, seperti pemupukan atau terjadinya banjir.
D. Rizosfer
9 berbatasan dan dipengaruhi oleh akar tanaman (Rao, 2001; Budiyanto, 2004). Istilah rizosfer berasal dari bahasa Yunani, yaitu rhizo atau rhiza yang berarti akar dan spere yang berarti daerah di sekitar akar. Istilah ini diperkenalkan pertama kali oleh Hiltner pada tahun 1904 (Rao, 2001). Pada perkembangan selanjutnya para peneliti membagi rizosfer menjadi dua bagian, yaitu ektorizosfer untuk menyatakan rizosfer di bagian luar dan endorizosfer untuk menyatakan rizosfer di bagian dalam.
Pada umumnya mikroorganisme yang hidup di wilayah rhizosfer lebih banyak dari pada di tanah yang bukan rhizosfer (Rao, 2001). Banyaknya mikroorganisme termasuk Actinomycetes pada rhizosfer ini disebabkan karena akar tanaman mempunyai kemampuan mengeluarkan eksudat. Eksudat mengandung berbagai macam asam amino (Widayati, 2005), vitamin dan zat organik lainnya (Budiyatno, 2004) yang berguna sebagai sumber energi bagi mikroorganisme yang hidup di sekitar perakaran tersebut. Berdasarkan hasil penelitan Sembiring et al. (2000) diketahui bahwa densitas isolat Streptomyces yang ditemukan di daerah rizosfer tanaman Sengon (Paraserianthes falcataria) tiga kali lebih banyak dibandingkan dengan isolat yang ditemukan di daerah non rizosfer. Menurut Rao (2001) beberapa hal yang mempengaruhi jumlah dan komposisi eksudat yang dikeluarkan oleh tanaman adalah (i) jenis tanaman, tanaman yang berbeda akan mengeluarkan eksudat dengan jumlah yang berbeda pula, (ii) umur tanaman, (iii) kondisi lingkungan yang mempengaruhi eksudat akar meliputi suhu, irradiasi, kelembaban tanah, jenis tanah dan nutrisi tanaman, serta tekanan pada tanaman, (iv) kondisi lingkungan tempat tumbuh tanaman, dan (v) kehadiran mikroorganisme.
10 menyatakan adanya suatu rangsangan atau dorongan terhadap pertumbuhan mikroorganisme di sekitar perakaran karena dilepaskannya zat organik oleh tanaman (Rao, 2001; Bais et al., 2006). Efek rizosfer bersifat sentrifugal dan cenderung akan berkurang dalam tanah yang sistem percabangan perakarannya sedikit. Beberapa faktor yang mempengaruhi efek rizosfer adalah (i) tipe tanah, (ii) kelembaban tanah, (iii) pH tanah, (iv) temperatur tanah, (v) umur tanaman, dan (vi) kondisi tanaman (Rao, 2001).
Beberapa penelitian telah dilakukan untuk mengisolasi Actinomycetes dari rizosfer, diantaranya penelitian Gesheva (2002) yang telah menemukan isolat Actinomycetes dari rizosfer jeruk manis (Citrus sinensis Osb.) dan jeruk nipis (Citrus aurantifolia) dan diketahui bahwa isolat terbanyak adalah Streptomyces. Berdasarkan hasil penelitian Basil et al. (2004) diketahui isolat terbesar dari rizosfer sagebrush (Artemisia tridentata) adalah Streptomyces.
11
E. Kerangka Konsep
Kerangka konsep dapat dilihat pada gambar 1. berikut :
Gambar. 1. Kerangka Konsep
PENELITIAN YANG TELAH DILAKUKAN
Isolasi
Peremajaan Kembali Isolat
Rizosfer Tanaman Jagung (Zea mays)
Purifikasi Colour Grouping Pewarnaan Gram Uji Antibiotik
PENELITIAN YANG DILAKUKAN
Isolat Hasil Purifikasi
Pewarnaan Gram Pemeriksaan dengan SEM
12
BAB III
METODE PENELITIAN
A. Objek Penelitian
Objek dalam penelitian ini adalah 7 isolat Streptomyces yang diisolasi dari rizosfer jagung (Zea mays), hasil dari penelitian sebelumnya.
B. Jenis Penelitian
Jenis penelitian ini adalah survei eksploratif dengan pemeriksaan laboratorium.
C. Waktu dan Tempat Penelitian
Penelitian ini dilaksanakan selama 12 bulan. Tempat penelitian : 1). Peremajaan isolat dan pemeriksaan morfologi sel dengan pewarnaan gram dilakukan di Laboratorium Mikrobiologi Fakultas Ilmu Kesehatan Universitas Muhammadiyah Surakarta, 2). Identifikasi isolat dengan mikroskop elektron (SEM) dilakukan di laboratorium Zoologi LIPI.
D. Alat dan Bahan Penelitian
1. Alat Penelitian a. Peremajaan isolat:
1). Cawan petri 2). Jarum ose 3). Buncen 4). Inkubator
13 2). Obyek glass
3). Cover glass 4). Mikroskop
c. Pemeriksaan dengan mikroskop elektron 1). Cawan petri
2). Cork borer 3). SEM
2. Bahan Penelitian a. Peremajaan isolat:
1). Media SCA 2). Alkohol 70% 3). Kapas
b. Pewarnaan Gram
1). Pewarna Gram A (Carbol gentian violet) 2). Pewarna Gram B lugol)
3). Pewarna Gram C (Alkohol 95%) 4). Pewarna Gram D (Safranin) 5). Minyak imersi
14
F. Tahapan Penelitian
1. Peremajaan Isolat
Isolat Streptomyces yang ditumbuhkan pada medium cair diisolasi pada media Starch Casein Agar (SCA) dengan metode streak. Diinkubasi pada suhu 25oC selama 4 hari.
1. Pewarnaan Gram
Pada isolat yang telah dipurifikasi dilakukan pewarnaan gram. Caranya : diambil objek glass dan difiksasi dengan melidah apikan di atas bunsen sebanyak 2-3 kali secara cepat. Selanjutnya diambil 1 ose biakan Streptomyces dan letakkan di atas objek glass. Kemudian biakan Streptomyces diratakan dengan jarum ose. Setelah itu dilakukan fiksasi dengan melidah apikan bagian yang tidak ada Streptomycesnya di atas bunsen 2-3 kali dengan cepat. Langkah selanjutnya dituangkan pewama Carbol gentian violet, dibiarkan selama 1 menit, setelah 1 menit preparat dicuci dengan air mengalir. Setelah itu preparat dikeringkan dengan membiarkan di udara terbuka. Selanjutnya dituangkan pewama lodium, dibiarkan selama 2 menit. Setelah 2 menit preparat dicuci dengan air mengalir dan dikeringkan di udara terbuka. Berikutnya preparat dipucatkan dengan alkohol 95% (sampai warna ungu hilang), lalu dibilas dengan air mengalir. Langkah terakhir dituangkan pewama Safranin sebagai warna penutup / pembanding, dan dibiarkan selama 30 detik. Setelah 30 detik preparat dicuci dengan air mengalir. Setelah itu preparat dikeringkan dengan meletakkan diantara 2 buah kertas tissue. Kemudian preparat dilihat di bawah mikroskop, digunakan pembesaran lemah dulu baru pembesaran kuat dengan terlebih dahulu menambahkan minyak imersi (Prescott et al.,1999). 2. Colour Grouping
15
3. Pemeriksaan dengan Mikroskop Elektron
Untuk mengetahui morfologi dan ornamen permukaan rantai spora dari isolat yang representatif dapat dilihat dengan menggunakan mikroskop cahaya dan mikroskop elektron (SEM), kultur yang diperiksa ditumbuhkan pada medium Starch Casein agar pada suhu 25oC sampai berumur 14 hari. Morfologi rantai spora dapat ditentukan dengan menggunakan mikroskop optik binokuler. Ornamentasi permukaan spora ditentukan menggunakan prosedur berikut. Agar blok yang mengandung spora Streptomyces difiksasi dengan direndam dalam 2% glutaraldehide pada suhu 4oC selama 24 jam, kemudian didehidrasi dengan seri etanol bertingkat (air, etanol 5%, etanol 14,5%, etanol 27,5%, etanol 42%, etanol 56,5%, etanol 69,5%, etanol 80%, etanol 89%, etanol 95,6%, dan etanol 100%). Setelah itu, dilakukan pengeringan dengan alat critical point drying (pengering dengan karbon dioksida cair). Selanjutnya, spesimen ditempatkan pada stub (holder) menggunakan lem khusus (mounting drying). Langkah selanjutnya dilakukan coating, yaitu pelapisan sampel dengan emas murni dengan alat gold sputter. Selanjutnya, dilakukan pengamatan dengan SEM.
G. Cara Pengumpulan Data
Data dikumpulkan dari hasil pewarnaan gram untuk menentukan morfologi sel dan ornamen permukaan rantai spora hasil SEM.
H. Analisis Data
16
BAB IV
HASIL PENELITIAN
A. Hasil Pewarnaan Gram
Hasil pewarnaan gram dari tujuh isolat yang diisolasi dari rizosfer dan non rizosfer Jagung disajikan pada Gambar 2 berikut
[image:34.595.68.542.289.552.2]
Gambar 2. Hasil Pewarnaan Gram Isolat
B.Hasil Colour Grouping
Hasil colour grouping disajikan pada Tabel 1. dan Gambar 3 berikut. .
J10 J16
NJ25 NJ20
NJ13
J23
17 Tabel 1. Colour Grouping Tujuh Isolat Anggota Genus Streptomyces dari
Sampel Tanah Rizosfer dan Non Rizosfer Jagung (Zea mays L.)
No. Kode
Isolat
Warna miselium udara
Warna miselium vegetatif
Warna pigmen yang berdifusi
1 J10 Coklat
Kemerahan
Coklat -
2 J16 Coklat Muda Coklat Kekuningan Coklat
3 J23 Putih Kuning Kecoklatan Coklat
4 NJ6 Putih Coklat Muda -
5 NJ13 Putih Coklat -
6 NJ20 Putih Kuning -
7 NJ25 Abu-Abu Kuning kecoklatan Kuning
Gambar3. Hasil Colour Grouping Isolat
J10U J10V J16U J16V
J23U J23V NJ6U
NJ13U NJ13V NJ20U
NJ6V
NJ20V
18 Keterangan :
J : dari Rizosfer Jagung NJ : dari Non Rizosfer Jagung U : Miselium Udara
V : Miselium Vegetatif
[image:36.595.47.541.241.505.2]C.Hasil SEM
Gambar 4. Hasil SEM Isolat
J10 J16 J23
19
BAB V
PEMBAHASAN
Penelitian ini merupakan penelitian lanjutan dari penelitian sebelumnya yang mengisolasi dan mengidentifikasi Streptomyces dari rizosfer dan non rizosfer jagung. Pada penelitian ini dilakukan identifikasi tujuh isolat yang telah ditemukan dengan mengamati rantai dan permukaan rantai spora dengan mikroskop elektron (SEM). Streptomyces merupakan salah satu anggota dari Actinomycetes disamping Actinoplanes, Micromonospora, Microbiospora, Microtetraspora, Nocardia dan Streptosporangium (Nurkanto, 2007).
Actinomycetes sesungguhnya merupakan anggota bakteri, namun morfologinya mirip dengan fungi karena strukturnya yang berupa filament lembut yang disebut hyfa atau mycelia (Rao, 2001). Actinomycetes, terutama Streptomyces banyak menarik minat para peneliti karena diindikasikan sebagai bakteri yang mampu menghasilkan antibiotik terbanyak. Sekitar 70% di antara antibiotik yang telah ditemukan dihasilkan oleh anggota genus Streptomyces (Suwandi, 1993). Sebanyak lebih dari 500 jenis antibiotik telah dihasilkan oleh anggota genus Streptomyces dan 60 jenis antibiotik telah diaplikasikan di bidang pengobatan, pertanian dan industri (Madigan et al., 2003). Bahkan saat ini penelitian telah membuktikan bahwa Actinomycetes mampu menghasilkan zat anti kanker. Penelitian Sunaryanto et al, (2010) berhasil menemukan sembilan isolat Actinomycetes yang mampu menghasilkan senyawa aktif citropeptin yang memiliki efek toksik terhadap sel kanker paru-paru A549, isolate tersebut diambil dari sedimen laut dari pelabuhan kamaishi-shi lwate Jepang
20 Beberapa cara dapat dilakukan untuk mengidentifikasi Streptomyces. (1). Berdasarkan koloninya, streptomyces mempunyai koloni kering dan kecil dengan diameter 1-10 mm. (2). Selanjutnya dapat diidentifikasi dengan color grouping, pada medium khusus, misalnya Oatmeal Agar, Streptomyces dapat menghasilkan berbagai warna yang berbeda baik pada vegetatif miselium maupun aerial miselium (Holt et al., 1994). Aerial miselium bila dewasa akan membentuk rantai spora yang terdiri dari 3 sampai 50 spora atau lebih (Holt et al., 1994; Prescott et al., 1999). (3). Berdasarkan hasil pewarnaan gran, Streptomyces termasuk gram positif tetapi tidak tahan asam, tumbuh optimal pada suhu 25-35oC, serta pH optimal 6,5-8,0 (Holt et al., 1994). Dan (4). pengamatan morfologi dan permukaan rantai spora, dapat dilakukan dengan mikroskop elektron (SEM), morfologi rantai spora bisa digolongkan lurus, lentur atau spiral, sedangkan permukaan spora bisa dibedakan menjadi halus, berkutil, berduri atau berbulu (Korn-Wendisch dan Kutzner, 1992). Banyak strain yang menghasilkan antibiotik (Holt et al., 1994; Madigan et al., 2003).
Berdasarkan gambar 2, diketahui bahwa ketujuh isolat yang diperiksa mempunyai ciri batang bercabang, berwarna ungu dan gram positif yang merupakan ciri dari Streptomyces. Berdasarkan Tabel 1 dan gambar 3, diketahui pula bahwa ketujuh isolat yang ditumbuhkan pada media Oatmeal Agar mampu menghasilkan warna pada media yang merupakan cirri dari Streptomyces.
Berdasarkan gambar 4, diketahui bahwa ketujuh isolat memiliki morfologi dan permukaan rantai spora yang berbeda. Untuk isolat yang berasal dari rizosfer Jagung : Isolat J10, memiliki morfologi spora bulat, lentur, panjang spora lebih dari 10, ornament permukaan spora berkutil. Isolat J16, memiliki memiliki morfologi spora bulat, lurus, panjang spora lebih dari 5, ornamen permukaan spora halus. Dan isolat J23, memiliki morfologi spora seperti loop dan ornamen permukaan spora halus.
21 membentuk loop, lurus, panjang spora lebih dari 10, ornamen permukaan spora berkutil. Dan NJ25, memiliki morfologi spora bulat, lentur, panjang spora lebih dari 5, ornamen permukaan spora berkutil.
Hal yang menarik dari penelitian ini adalah bahwa isolat yang ditemukan memiliki morfologi dan ornamen permukaan rantai spora yang berbeda, sehingga dimungkinkan merupakan spesies yang berbeda juga, meskipun beberapa diantaranya sama-sama memiliki morfologi bulat dan permukaan berkutil (J10, NJ20 dan NJ25), sehingga dimungkinkan memiliki tingkat kekerabatan yang dekat secara molekuler. Isolat NJ6 memiliki morfologi yang unik karena berbentuk batang panjang dan gepeng, hasil ini belum umum ditemukan sehingga dimungkinkan sebagai isolat baru.
Beberapa penelitian yang telah mengidentifikasi Streptomyes dengan SEM adalah : Penelitian Kim, et al (2006) yang berhasil menemukan Streptomyces cheonanensis sp. Nov., yang diisolasi dari tanah di Cheonan, Korea. Spesies baru ini memiliki ciri : aerobic, gram positif, non motil, warna aerial miselium abu-abu keputihan sedangkan vegetatif miselium berwarna kuning cerah, bentuk spora batang panjang atau pendek dengan permukaan spora halus. Hozzein dan Goodfellow (2007) berhasil menemukan Streptomyces synnematoformans sp, nov. yang diisolasi dari tanah pasir di Mesir. Morfologi spora dari Streptomyces ini adalah batang, warna aerial miselium merah cerah keabu-abuan sampai merah kehitaman, vegetatif miselium berwarna bervariasi dari merah tua sampai hitam kemerahan, warna tidak terdifusi, rantai spora pendek dan lurus dengan permukaan spora halus.
23
BAB VI
KESIMPULAN DAN SARAN
A. Kesimpulan
Berdasarkan hasil penelitian ini dapat disimpulkan bahwa :
1. Berdasarkan hasil pewarnaan gram, ketujuh isolat yang diisolasi dari rizosfer dan non rizosfer Jagung memiliki ciri batang bercabang, warna ungu/biru dan gram positif yang merupakan ciri dari Streptomyces.
2. Berdasarkan hasil Colour Grouping ketujuh isolat yang diisolasi dari rizosfer dan non rizosfer Jagung mampu menghasilkan warna pada media Oatmeal Agar baik pada miselium udara maupun miselium vegetatif yang merupakan ciri dari Streptomyces.
3. Berdasarkan hasil pemeriksaan dengan mikroskop electron (SEM), ketujuh isolat yang diisolasi dari rizosfer dan non rizosfer Jagung memiliki cirri morfologi spora batang dan bulat, dengan ornament permukaan spora halus dan berkutil yang merupakan ciri dari Streptomyces.
B. Saran
i DAFTAR ISI
Halaman
HALAMAN SAMPUL ... i
LEMBAR PENGESAHAN ... ii
SURAT PERJANJIAN ... iii
RINGKASAN HASIL PENELITIAN ... v
SUMMARY ... vi
PRAKATA ... viii
DAFTAR ISI ... ix
DAFTAR GAMBAR ... x
DAFTAR LAMPIRAN ... xi
BAB. I. PENDAHULUAN A. Latar Belakang ... 1
B. Tujuan Penelitian ... 2
C. Manfaat Penelitian ... 2
D. Keutamaan Penelitian ... 3
BAB. II. STUDI PUSTAKA A. Actinomycetes dan Streptomyces ... 6
B. Identifikasi Streptomyces ... 7
C. Habitat Streptomyces ... 8
D. Rizosfer ... 9
E. Kerangka Konsep ... 11
BAB. III. METODE PENELITIAN A. Objek Penelitian... 12
B. Jenis Penelitian ... 12
ii
D. Alat dan Bahan Penelitian... 12
E. Tahapan Penelitian... 14
F. Cara Pengumpulan Data... 15
G. Analisis Data ... 15
BAB. IV. HASIL PENELITIAN A. Hasil Pewarnaan Gram... 16
B. Hasil Colour grouping... 17
C. Hasil SEM ... 18
BAB. V. PEMBAHASAN... 19
BAB.VI..KESIMPULAN DAN SARAN A. Kesimpulan ... 23
B. Saran ... 23
iii
DAFTAR GAMBAR
Gambar Halaman
1. Kerangka Konsep... 11
2. Hasil Pewarnaan Gram Isolat... 16
3. Hasil Colour Grouping Isolat ... 17
iv
DAFTAR LAMPIRAN
1. Daftar Pustaka
DAFTAR PUSTAKA
Ambarwati, 2007. Kajian Actinomycetes yang Berpotensi Menghasilkan Antibiotika dari Rhizosfer Putri Malu ( Mimosa pudica L) dan Kucing Kucingan (Acalypha Indica L). Jurnal Sains & Teknologi,ISSN : 1411-5174,vol.8.No.1.
Ambarwati dan Trisnawati, A., G, 2009. Isolasi Actinomycetes dari Tanah Sawah sebagai Penghasil Antibiotik. Jurnal Sains &Teknologi, ISSN 1411-5174, Vol. 10, N0. 2.
Ambarwati, Retno S., dan Darnoto S., 2009. Uji Aktivitas Isolat Actinomycetes dari Tanah Pekarangan terhadap Escherichia coli dan Bacillus subtilis. Jurnal Motorik, ISSN 1907-218X, Vol. 4, No. 8.
Ambarwati, C.J. Soegihardjo dan Sembiring L., 2010. Isolasi dan Identifikasi Streptomycetes dari Rizosfer Jagung (Zea mays L.) yang berpotensi sebagai Penghasil Antibiotik. Jurnal Biota Vo. 15, No. 1,. ISSN 0853-8670. Terakreditasi Dikti No. 43/DIKTI/Kep/2008
Ambarwati, A., Sembiring L., dan C.J. Soegihardjo, 2012. Antibiotic Produced by Streptomycetes Associated with Rhizosphere of Purple Nut Sedge (Cyperus rotundus L.) in Surakarta, Indonesia. African Journal of Microbiology Research Vol. 6 No. 1, 52-57
Bais, H. P., Weir, T. L., Perry, L. G., Gilroy, S., and Vivanco, J. M. 2006. The Role of Exudates in Rizosfer Interactions with Plants and Other Organisms. The Annual Review of Plant Biology, 57 : 233-266.
Basil, A. J., Strap, J. L., Knotek-Smith, H. M., and Crawford, D. L. 2004. Studies on The Microbial Populations of The Rizosfer of Big Sagebrush (Artemisia tridentata). Journal of Industrial Microbiology & amp; Biotechnology, 31 (6) : 278-288
Bharti A., Kumar V., Gusain O., and Bisht G., S., 2010. Antifungal Activity of Actinomycetes Isolated From Garhwal Region. Journal of Sci. Engg. & Tech. Mgt. Vol 2 (2): 3-9.
Budiyanto, M. A. K. 2004. Mikrobiologi Terapan. UMM Press, Malang.
Gesheva, V. 2002. Rizosfer Microflora of Some Citrus as a Source of Antagonistic Actinomycetes. European Journal of Soil Biology, 38 (1) : 85-88.
Hall, V., Collins, M. D., Hutson, R., Inganas, E., Falsen, E. and Duerden, B. I. 2003. Actinomycetes vaccimaxillae sp. nov., from the Jaw of a Cow. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 53 : 603-606.
Hassanin, S. M., El-Mehalawy, A. A., Hassanin, N. M., and Zaki, S. A. 2007. Induction of Resistance and Biocontrol of Rhizoctonia in Cotton Damping-off Disease by Rizosfer Bacteria and Actinomycetes. The Internet Journal of Microbiology, 3 (2).
Hozzein, W.N and Goodfellow, M., 2007. Streptomyces synnematoformans sp. Nov., a novel actinomycete isolated from a sand dune soil in Egypt. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology Vo. 57, No. 9 : 2009-2013.
Kim, H. J., Lee, S. C., and Hwang, B. K., 2006. Streptomyces cheonanensis sp. Nov., a novel streptomyces with antifungal activity. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology Vo. 56, No. 8 : 471-475.
Korn-Wendisch, F., and Kutzner, H. J. 1992. The Family Streptomycetaceae. In The Prokaryotes, Second Edition. A Handbook on the Biology of Bacteria : Ecophysiology, Isolation, Identification, Aplications. (A. Balows, H. G. Truper, M. Dworkin, W. Harder, & Karl-Heinz Schleifer. Eds). Springer-Verlag, New york, Berlin, Heidelberg, London, Paris, Tokyo, Hong Kong, Barcelona, and Budapest.
Lestari, Y. 2006. Identification of Indegenous Streptomyces spp. Producing Antibacterial Compounds. Jurnal Mikrobiologi Indonesia, 11 (2) : 99-101. Lo, C. W., Lai, N. S., Cheah, H-Y., Wong, N. K. I. and Ho, C. C. 2002.
Actinomycetes Isolated From Soil Samples From The Crocker Range Sabah. ASEAN review of Biodiversity and Environmental Conservation (ARBEC).
Madigan, M. T., Martinko, J. M., and Parker, J. 2003. Brock Biology of Microorganisms. Tent Edition. Prentice Hall, USA.
Nedialkova, D. and Naidenova, M. 2005. Screening the Antimicrobial Activity of Actinomycetes Strains Isolated from Antarctica. Journal of Culture Collections, 4 : 29-35.
Oskay, M., Tamer, A. U. and Azeri, C. 2004. Antibacterial Activity of some Actinomycetes Isolated from Farming Soil of Turkey. African Journal of Biotechnology, 3(9) : 441-446.
Prescott, L. M., Harley, J. P., and Klein, D. A. 1999. Microbiology. Fourth Edition. WCB McGraw-Hill, Boston.
Rahayu, T., Maryati, Sembiring, L., dan Soegihardjo, C. J. 2007. Isolasi dan Karakterisasi Streptomyces yang Berpotensi Antimikrobia dari Rizosfer Tumbuhan Tingkat Tinggi. Kumpulan Ringkasan Hasil Penelitian Workshop Pemaparan Hasil Penelitian yang Dibiayai DP2M Dikti Tahun 2007. UMS, Surakarta.
Rao, N. S. S. 2001. Soil Microbiology. Soil Microorganism and Plant Growth. Fourth Edition. Science Publishers, Inc. Enfield (NH), USA
Sembiring, L., Ward A. C. and Goodfellow, M. 2000. Selective Isolation and Characterisation of Members of the Streptomyces violaceusniger Clade Associated with the Roots of Paraserianthes falcataria. Antonie van Leeuwenhoek, 78 (3-4) : 353-366.
Shirokikhl, I. G., Zenova, G. M., Merzaeval, O. V., Lapygina, E. V., Bataloval, G. A., and Lysak, L. V. 2007. Actinomycetes in the Prokaryotic Complex of Rizosfer of Oat in a Soddypodzolic Soil. Journal of Eurasian Soil Science, 40 (2) : 158-162
Sunaryanto, R., Marwoto, B., dan Matsuo, Y., 2010. Isolasi Actinomycetes Laut Penghasil Metabolit Sekunder yang Aktif terhadap Sel kanker A549. Jurnal Pascapanen dan Bioteknologi Kelautan dan Perikanan Vol. 5 No. 2,
Widayati, W. E. 2005. Bakteri Endofit pada Tanaman Tebu (Solanum officinarum L.) Identifikasi dan Mekanisme Asosiasi. Disertasi Program Pascasarjana Bioteknologi. UGM, Yogyakarta.
Yusnizar. 2006. Screening of Streptomyces sp. Isolated From Black Water Ecosystem and Antagonism Assay to Rhizoctonia solani and Helminthosporium
oryza. Diakses : 21 Desember 2001
http://www.icbb.org/english/research/research12.htm
i
SUMMARY
Actinomycetes is the member of bacteria that has morfology like fungus, it is because of the structure of Actinomycetes have smoot filament that is usually called hyfa or mycelia (Rao, 2001). Today some researchers do research about Actinomycetes, especially Streptomyces because this bacteria is indicated as the biggest antibiotic producer.
Habitat of Actinomycetes, especially Streptomyces is in soil, about 70% of microorganism in soil is Streptomyces (Rao, 2001). Nurkanto (2007) can prove that the dominant genera in the soil is Streptomyces, it is about 86%.
Previous experiment (Ambarwati, et al, 2010) could isolate Streptomyces of rhizosphere of Corn (Zea mays). The experiment isolated 23 isolates, 10 of them could inhibit gram positive bacteria and one isolate (RNJ14) can inhibit S. aureus growth with strong (the diameter of inhibition zone is 32,33 mm), isolate RNJ14 is estimated can produce antibiotic lincomysin based on the result of Tin Layer Chromatography analysis. This research is continued by Helbert (2010) with do an experiment to test the capablelity of the isolate as an antifungal. Based on Helbert’s research, it has successed to reisolate seven isolates from rhizosphere of Corn, namely : J10, J16, J23, NJ6, NJ13, NJ20 dan NJ25.
ii
Based on this research, it is knowen taht the morphology of seven isolates from rhizosphere and non rhizosphere of Corn were branch rod, purple or blue, and gram positive bacteria. It was indicated that the isolates was the member of streptomyces. Based on colour grouping result, it was knowen that the seven isolates can produce different colour on Oatmeal Agar. And based on SEM result, it can be concluded that the seven isolates have a characteristic as Streptomyces: the morphology of the spores chain are coccus (J10, J16, NJ20, dan NJ25), rod (NJ6 dan NJ13) and like loop (J23 dan NJ20), beside that the surface ornament of the spores are smoot (J16, J23, NJ6 dan NJ13) and warty (J10, NJ20 dan NJ25). This research need to continued with moleculer analysis from two isolate of Streptomyces that assosiated with rhizosfer of Corn, the steps include : isolation of DNA, PCR and sequencing. Based on the sequensing result, it can be made a phylogene tree to know the relationship with other streptomyces from NCBI data bases. From the continue research, it is expectated will find a new species of Streptomyces from rhizosphere of Corn (Zea mays).
Public Health department, Health Science Faculty, Muhammadiyah University of Surakarta.
iii
RINGKASAN
Actinomycetes merupakan kelompok bakteri yang memiliki morfologi seperti fungi, hal ini dikarenakan struktur Actinomycetes berupa filament lembut yang sering disebut hyfa atau mycelia (Rao, 2001). Pada saat ini banyak penelitian yang difokuskan pada Actinomycetes, terutama Streptomyces yang diindikasikan sebagai bakteri yang mampu menghasilkan antibiotik terbanyak.
Habitat Actinomycetes, terutama Streptomyces adalah di tanah, sekitar 70% mikroba yang ada di tanah adalah Streptomyces (Rao, 2001). Bahkan Nurkanto (2007) berhasil membuktikan bahwa genus yang paling dominan dalam tanah adalah Streptomyces, yaitu sebanyak 86%.
Penelitian Ambarwati, et al (2010) berhasil mengisolasi Streptomyces dari rhizosfer Jagung (Zea mays) dan berhasil menemukan 23 isolat, 10 isolat diantaranya mampu menghambat bakteri gram positif dan satu isolat (RNJ14) mampu menghambat S. aureus dengan kuat (32,33 mm), isolat RNJ14 diduga menghasilkan antibiotik linkomisin berdasarkan analisa dengan TLC. Penelitian ini telah diteruskan oleh Helbert (2010) dengan mengujikan isolat sebagai penghasil antifungal. Pada penelitian Helbert telah berhasil dilakukan peremajaan terhadap isolat dari rizosfer jagung sebanyak 7 isolat, yaitu J10, J16, J23, NJ6, NJ13, NJ20 dan NJ25.
iv
Berdasarkan hasil penelitian diketahui tujuh isolat yang diisolasi dari rizosfer dan non rizosfer tanaman jagung memiliki bentuk batang bercabang, berwarna ungu dan termasuk gram positif, yang mengindikasikan bahwa ketujuh isolat termasuk anggota Streptomycetes. Berdasarkan hasil colour grouping diketahui bahwa ketujuh isolat yang ditumbuhkan pada media Oatmeal Agar dapat menghasilkan warna yang berbeda. Dan berdasarkan hasil analisis dengan SEM didapatkan hasil bahwa ketujuh isolat memiliki morfologi bulat (J10, J16, NJ20, dan NJ25), batang (NJ6 dan NJ13) dan loop (J23 dan NJ20) dengan ornamen permukaan spora halus (J16, J23, NJ6 dan NJ13) serta berkutil (J10, NJ20 dan NJ25). Berdasarkan hasil penelitian ini perlu dilakukan penelitian lanjutan dengan melakukan analisis secara molekuler dari dua isolat Streptomyces yang ditemukan dengan tahapan : isolasi DNA, PCR dan Sequencing. Dari hasil sequencing dapat dibuat phylogene tree untuk menentukan tingkat kekerabatan dengan isolat Streptomyces lain yang dapat didownload dari NCBI. Dengan penelitian tahun kedua nantinya diharapkan dapat ditemukan isolat-isolat Streptomyces spesies baru dari rizosfer Jagung.
Prodi Kesehatan Masyarakat, Fakultas Ilmu Kesehatan UMS
