PERAN POLIMORFISME NUKLEOTIDA TUNGGAL GEN INTERLEUKIN (IL)- 6 PADA KEJADIAN PSORIASIS VULGARIS
DI SUMATERA UTARA
TESIS
CASHTRY MEHER NIM : 127041162
PROGRAM MAGISTER KEDOKTERAN KLINIK DEPARTEMEN ILMU KESEHATAN KULIT DAN KELAMIN FAKULTAS KEDOKTERAN UNIVERSITAS SUMATERA UTARA
PERAN POLIMORFISME NUKLEOTIDA TUNGGAL GEN INTERLEUKIN (IL)- 6 PADA KEJADIAN PSORIASIS VULGARIS
DI SUMATERA UTARA
TESIS
Diajukan sebagai salah satu syarat untuk memperoleh gelar Magister Kedokteran
Klinik dalam Program Magister Kedokteran Klinik Konsentrasi Ilmu Kesehatan
Kulit dan Kelamin pada Fakultas Kedokteran Universitas Sumatera Utara
Oleh
CASHTRY MEHER NIM : 127041162
PROGRAM MAGISTER KEDOKTERAN KLINIK DEPARTEMEN ILMU KESEHATAN KULIT DAN KELAMIN FAKULTAS KEDOKTERAN UNIVERSITAS SUMATERA UTARA
HALAMAN PERSETUJUAN
Judul Tesis : Peran Polimorfisme Nukleotida Tunggal Gen Interleukin (IL-6) pada kejadian psoriasis vulgaris di Sumatera Utara
Nama : Cashtry Meher
Nomor Induk : 127041162
Program Studi : Magister Kedokteran Klinik
Konsentrasi : Ilmu Kesehatan Kulit dan Kelamin
Menyetujui
Pembimbing I Pembimbing II
(Prof.Dr.dr. Irma D. Roesyanto, SpKK(K)) (dr. R. Lia K Iswara, M.Biomed. Sp.MK (K)) NIP : 194712241976032001 NIP : 196722061996032001
Ketua Departemen Ketua Program Studi
HALAMAN PERNYATAAN ORISINALITAS
Tesis ini merupakan hasil karya penulis sendiri,
Dan semua sumber baik yang dikutip maupun dirujuk
Telah penulis nyatakan dengan benar
Nama : Cashtry Meher
NIM : 127041162
ABSTRAK
PERAN POLIMORFISME NUKLEOTIDA TUNGGAL GEN INTERLEUKIN (IL) - 6 Rs 1800795 PADA KEJADIAN PSORIASIS
VULGARIS DI SUMATERA UTARA
Cashtry Meher, R. Lia Kusumawati Iswara, Irma D.Roesyanto
Departemen Ilmu Kesehatan Kulit dan Kelamin
Poliklinik Kulit dan Kelamin / Rumah Sakit H.Adam Malik, Medan
Latar Belakang : Psoriasis suatu penyakit inflamasi kulit bersifat kronis residif, patogenesis utama dari psoriasis masih belum diketahui. Hal merupakan kelainan yang kompleks yang tidak hanya dipengaruhi kerentanan genetik tetapi juga faktor lingkungan.
Tujuan : Menganalisis peran dan mengetahui distribusi polimorfisme nukleotida tunggal gen IL-6 rs1800795 pada kejadian psoriasis vulgaris dibandingkan dengan kontrol.
Metode : Penelitian ini menggunakan rancangan kasus- kontrol untuk menilai perbedaan polimorfisme IL-6 rs1800795 pada penderita psoriasis vulgaris dengan kontrol.
Hasil : Hasil penelitian menunjukkan peran polimorfisme nukleotida tunggal gen IL-6 Rs1800795 pada kejadian psoriasis vulgaris dengan alel genotip terbanyak GG homozigot dominan pada kasus sebanyak 21 orang (46,7%), sedangkan pada kelompok kontrol alel genotip Gc heterozigot 27 orang (60%), serta di jumpai hubungan yang signifikan P=0,044.
Kesimpulan :
Pada kasus alel yang berperan adalah GG homozigot dominan sedangkan pada kontrol alel yang berperan Gc heterozigot, hal ini menunjukkan pada umumnya alel homozigot dominan menunjukkan penyakit yang lebih berat dari individu dengan alel heterozigot.
ii
ABSTRACT
THE ROLE OF INTERLEUKIN (IL) -6 GENE Rs 1800795 SINGLE NUCLEOTIDE POLYMORPHISM IN PSORIASIS VULGARIS
INCIDENCE OF NORTH SUMATERA
Cashtry Meher, R. Lia Kusumawati Iswara, Irma D Roesyanto
Department of Dermatovenereology
Dermatovenereology Clinic / H. Adam Malik Hospital, Medan
Background : Psoriasis is an chronic, residive inflammatory skin disease. The main pathogenesis process is still currently unknown. This disease is known as a complex disorder, influenced by both genectic susceptibility and environmental factors.
Aim : This study is aimed to analyze and determine the distribution of IL-6 gene Rs 1800795 single nucleotide polymorphism in psoriasis vulgaris patients and control patients.
Method : This study uses a case-control design to compare the IL-6 gene Rs 1800795 single nucleotide polymorphism between psoriasis vulgaris and control group.
Results : The most common genotype allele of the IL-6 gene Rs 1800795 single nucleotide polymorphism in psoriasis vulgaris patients is the dominant homozigot GG with a total of 21 patients (46,7%), while the most common genotype allele in the control group is Gc with a total of 27 patients (60%). We observed a significant correlation with a p = 0,044.
Conclusion :
The most influencing allele is the dominant homozigot GG in the case group and the heterozigot Gc in the control group, thus confirming dominant homozigot alleles will present with a more severe condition compared to the heterozigot alleles.
KATA PENGANTAR
Segala puji dan syukur yang tak terhingga saya panjatkan ke hadirat Allah
SWT karena hanya atas rahmat dan hidayah-Nya saya dapat menyelesaikan tesis
ini yang merupakan persyaratan untuk memperoleh gelar Magister Kedokteran
Klinik dalam bidang Ilmu Kesehatan Kulit dan Kelamin.
Dalam menjalani pendidikan magister kedokteran klinik ini, berbagai
pihak telah turut berperan serta sehingga seluruh rangkaian kegiatan pendidikan
ini dapat terlaksana dengan baik. Pada kesempatan yang berbahagia ini, saya ingin
menyampaikan penghargaan dan terima kasih yang sebesar-besarnya kepada
Yang Terhormat:
1. Prof. Dr.dr. Irma D. Roesyanto-Mahadi, Sp.KK(K), FIND-DV, selaku Ketua
Departemen Ilmu Kesehatan Kulit dan Kelamin Fakultas Kedokteran
Universitas Sumatera Utara dan pembimbing utama tesis ini, yang telah
bersedia meluangkan waktu, pikiran dan tenaga serta dengan penuh kesabaran
selalu membimbing, memberikan nasehat, masukan dan koreksi kepada saya
selama proses penyusunan tesis ini.
2. dr.R.Lia K. Iswara, M.Biomed.Sp.MK(K) , selaku pembimbing kedua tesis
ini, yang telah bersedia meluangkan waktu, pikiran dan tenaga serta dengan
penuh kesabaran selalu membimbing, memberikan nasehat, masukan dan
koreksi kepada saya selama proses penyusunan tesis ini.
3. dr. Chairiyah Tanjung, SpKK(K), FINS-DV, selaku Ketua Program Studi
Departemen Ilmu Kesehatan Kulit dan Kelamin Fakultas Kedokteran
iv
nasehat, masukan dan motivasi kepada saya selama menjalani pendidikan
sehari-hari.
4. Bapak Rektor Universitas Sumatera Utara yang telah memberikan kesempatan
kepada saya untuk dapat melaksanakan studi pada universitas yang Bapak
pimpin.
5. Bapak Dekan Fakultas Kedokteran Universitas Sumatera Utara, Dr. dr. Aldy
Safruddin Rambe, Sp.S(K) yang telah memberikan kesempatan kepada saya
untuk mengikuti Program Magister Kedokteran Klinik di Departemen Ilmu
Kesehatan Kulit dan Kelamin Fakultas Kedokteran Universitas Sumatera
Utara.
6. dr. Sri Wahyuni Purnama, Sp.KK(K), FINS-DV, sebagai anggota tim penguji
yang telah membimbing, memberikan nasehat, masukan dan motivasi kepada
saya selama menjalani pendidikan sehari-hari, serta memberi bimbingan dan
koreksian untuk penyempunaan tesis ini
7. dr. Donna Partogi,Sp.KK sebagai anggota tim penguji yang telah
membimbing, memberikan nasehat, masukan dan motivasi kepada saya
selama menjalani pendidikan sehari-hari, serta memberi bimbingan dan
koreksian untuk penyempunaan tesis ini
8. dr. Kristina Nadeak ,Sp.KK, FINS-DV sebagai anggota tim penguji yang telah
membimbing, memberikan nasehat, masukan dan motivasi kepada saya
selama menjalani pendidikan sehari-hari, serta memberi bimbingan dan
koreksian untuk penyempunaan tesis ini
9. Para Guru Besar serta seluruh staf pengajar di Departemen Ilmu Kesehatan
Adam Malik Medan dan RSUD dr. Pirngadi Medan, yang tidak dapat saya
sebutkan satu per satu, yang telah membantu dan membimbing saya selama
mengikuti pendidikan ini.
10.Bapak Direktur RSUP H. Adam Malik Medan dan RSUD dr. Pringadi Medan,
yang telah memberikan kesempatan dan fasilitas kepada saya selama
menjalani pendidikan magister ini.
11.Seluruh staf, pegawai dan perawat di Departemen Ilmu Kesehatan Kulit dan
Kelamin di RSUP H. Adam Malik Medan dan RSUD dr. Pirngadi Medan atas
bantuan, dukungan dan kerjasama yang baik selama ini.
12.Kepala Laboratorium Terpadu Fakultas Kedokteran Universitas Sumatera
Utara dan staf Laboratorium Terpadu Fakultas Kedokteran Universitas
Sumatera Utara atas izin dan bantuannya selama saya melakukan penelitian
ini.
13.Ayahanda saya tersayang, terkasih dan tercinta Meher Ban Shah dan ibunda
tersayang Yunita Sofyan, yang selalu memberikan saya cinta kasih,
keikhlasan, kesabaran, doa, motivasi, jerih payah, dan pengorbanan yang luar
biasa dan tak terhingga untuk mengasuh, mendidik, dan membesarkan saya
serta menjadi inspirasi dan panutan saya dari kecil hingga kini, kalian hal
terbaik yang saya punya dan hal terindah yang pernah ada.
14.Suami saya tercinta, dr. Fahmi Sani atas kesabaran, pengertian, dukungan, dan
semangat serta bantuan di setiap saat hingga saya dapat menyelesaikan
pendidikan ini.
15.Putraku tercinta, Permata hatiku, Meher Cashtro Shah yang menjadi
vi
16.Adik- adikku tersayang Montayana Meher, Meta M Meher, dan Meher Rady
Shah yang selalu menjadi tempat curahan hatiku dalam suka maupun duka
terima kasih atas doa dan dukungan yang telah diberikan kepada saya selama
ini.
17.Seluruh keluarga dan handai tolan yang tidak dapat saya sebutkan satu per
satu yang telah banyak memberikan bantuan dan dukungan, baik moril
maupun materil.
18.Teman seangkatan saya, dr. Putri Ashraf dan Rabiah Gemala terima kasih
untuk kerjasama, pengertian dan semua semangat yang kalian berikan.
19.Dr. Mahdalena dan Ria Sylvana Pane terima kasih atas kerja sama dan
pengertiannya.
20.Semua teman-teman PPDS Ilmu Kesehatan Kulit dan Kelamin Fakultas
Kedokteran Universitas Sumatera Utara yang tidak dapat saya sebutkan satu
per satu yang telah memberikan bantuan, dukungan, dan kerjasama kepada
saya selama penyelesaian tesis ini.
Saya menyadari bahwa tesis ini masih memiliki banyak kekurangan. Oleh
karena itu, saya mengharapkan kritik dan saran yang membangun demi
kesempurnaan tesis ini. Kiranya tesis ini dapat memberikan manfaat bagi kita
Akhir kata, dengan penuh kerendahan hati, perkenankanlah saya untuk
menyampaikan permohonan maaf yang sebesar-besarnya atas segala kesalahan,
kekhilafan, dan kekurangan yang telah saya lakukan selama proses penyusunan
tesis dan selama menjalani masa pendidikan ini. Semoga segala bantuan,
dorongan dan petunjuk yang telah diberikan kepada saya selama menjalani
pendidikan, kiranya mendapat balasan yang berlipat ganda dari Allah SWT.
Medan, Oktober 2016 Penulis
viii
2.1.6. Imunopatogenesis Psoriasis ... 13
2.1.7. Polimorfisme Nukleotida Tunggal (SNPs) ... 20
2.1.8. Polimorfisme Nukleotida Tunggal Gen IL-6 rs1800795 sebagai Penanda Psoriasis Vulgaris . 21 2.2. Kerangka Teori ... 23
2.3. Kerangka Konsep ... 24
BAB 3. METODE PENELITIAN... 25
3.1. Desain Penelitian ... 25
3.2. Waktu dan Tempat Penelitian ... 25
3.3. Populasi dan Sampel Penelitian ... 25
3.3.1. Populasi Target ... 25
3.3.2. Populasi Terjangkau... 26
3.3.3. Sampel Penelitian... 26
3.4. Besar Sampel ... 26
3.5. Cara Pengambilan Sampel Penelitian ... 27
3.6. Identifikasi Variabel ... 27
3.7. Kriteria Inklusi dan Ekslusi ... 27
3.7.1. Kriteria Inklusi Sampel ... 27
3.7.2. Kriteria Ekslusi Sampel ... 28
3.7.3. Kriteria Inklusi Kontrol... 28
3.7.4. Kriteria Ekslusi Kontrol ... 28
3.8.1. Penjelasan Kepada Pasien ... 28
3.10. Kerangka Operasional... 44
3.11. Pengolahan dan Analisis Data ... 44
3.12. Ethical Clearence ... 45
BAB 4. HASIL PENELITIAN DAN PEMBAHASAN ... 46
4.1. Karakteristik Pasien Psoriasis Vulgaris ... 46
4.2. Genotip Polimorfisme Nukleotida Tunggal Gen IL6 Rs1800795 antara Kelompok Kasus dan Kontrol ... 49
4.3. Peran Genotip Polimorfisme Nukleotida Tunggal Gen IL 6 Rs1800795 pada Kejadian Psoriasis Vulgaris ... 50
x
DAFTAR TABEL
No. Judul Halaman
4.1. Karakteristik Demografi Pasien Psoriasis Vulgaris dan Kontrol ... 46
4.2 Distribusi alel SNPs gen IL6 Rs1800795 antara Kelompok Kasus
dan Kontrol ... 49
4.3. Peran Genotip Polimorfisme Nukleotida Tunggal Gen IL 6
DAFTAR GAMBAR
No. Judul Halaman
2.1. Skema singkat hubungan antara psoriasis dan penyakit autoimun .... 16
2.2. Kerangka Teori ... 23
2.3. Kerangka Konsep ... 24
3.1. Kit Invitrogen ... 29
3.2. Proses ekstraksi DNA ... 30
3.3. Spin Column yang Telah Dirangkai Dengan Collection Tube... 31
3.4. Collection Tube ... 31
3.5. Mix PCR ... 33
3.6. Alat Thermal Cycle ... 33
3.7. Proses Eletroforesis ... 34
3.8. Alat Casting Tray ... 34
3.9. Ruler DNA base pair ... 36
3.10. Double Strand DNA ... 36
3.11. Single Strand DNA ... 36
3.12. Template DNA ... 36
3.13. Tabung Reaksi ... 37
3.14. Tabung Reaksi Nukleotida DNA ... 37
3.15. Gel Agarosa ... 38
3.16. Hasil Sekuensing ... 38
3.17. Kromosom Basa Protein ... 39
xii
DAFTAR LAMPIRAN
No. Judul Halaman
1. Naskah Penjelasan Kepada Pasien... 59
2. Persetujuan Ikut Serta dalam Penelitian ... 61
3. Status Penelitian ... 62
4. Hasil PCR-RFLP ... 65
5. Hasil Sequensing Pasien dan Kontrol ... 69
6. Ethical Clearence ... 79
7. Data Penelitian Pasien Psoriasis Vulgaris ... 80
8. Data Penelitian Kontrol ... 82
9. Alel Genotip dan Peran Alel Kasus-Kontrol ... 84
