LAPORAN PRAKTIKUM SISTEMATIKA MIKROBIA
KLASIFIKASI MIKROBIA DENGAN METODE KLASIFIKASI NUMERIKDisusun Oleh :
Nama : faradlina mufti NIM : 07640002 Kelompok : 6
Asisten : Lela susilowati, M,si
LABORATORIUM TERPADU
PROGRAM STUDI BIOLOGI
FAKULTAS SAINS DAN TEKNOLOGI
UNIVERSITAS ISLAM NEGERI SUNAN KALIJAGA
YOGYAKARTA
2009
I. Tujuan praktikum :memperkenalkan dan mempraktekkan penggunaan Prosedur klasifikasi numerik fenetik dalam klasifikasi mikrobia.
II. Prosedur kerja
Tabel 1.
Unit Karakter Unit Karakter
Morfologi koloni Bentuk Warna Tepi Elevasi Struktur Dalam Morfologi Sel Bentuk Motilitas Gram Susunan sel Karakter Fisiologis Kebutuhan O2
Pertumbuhan pada suhu 40C
Pertumbuhan pada suhu 150C
Pertumbuhan pada suhu 200C
Pertumbuhan pada suhu 400C
Pertumbuhan pada suhu 500C
Pertumbuhan pada NaCl 5% Pertumbuhan pada NaCl 6,5 % Pertumbuhan pada NaCl 10 % Pertumbuhan pada NaCl 18 %
Pertumbuhan pada pH 3,5 Pertumbuhan pada pH 5,5 Pertumbuhan pada pH 8,0 Pertumbuhan pada pH 8,5 Pertumbuhan pada pH 9,5 Produksi gas Glukosa Manitol Laktosa Sukrosa Dekstrosa Ptoduksi asam Glukosa Manitol Laktosa Sukrosa Dekstrosa Karakter biokimiawi Katalase Pembentukan H2S Hidrolisis gelatin Hidrolisis pati Hidrolisis kasein
III. Hasil pengamatan
Tabel 2. n dan t
Strain mikrobia (OTU)
Unit karakter EC BS SA A B Morfologi koloni Bentuk + + + + + Elevasi + - - + + Tepi + + + + -Warna + - - + + Struktur dalam + + + - -Morfologi sel Bentuk + + - + -Reaksi gram - - + - -Susunan sel + - - + + Motillitas - - - - -Karakter biokmiawi Katalase + + + + + Pembentukan H2S + + - -
-Hidrolisis pati + + + + + Hidrolisis kasein + - + + + Fermetasi KH Penghasil gas + - - + + Glukosa + - + - -Laktosa - + - - + Sukrosa - - - - + Manitol - - - - -Dekstrosa - - -Penghasil asam Glukosa + + + + + Laktosa + + + + + Sukrosa + + + + + Mannitol + + + + + Dekstrosa + + + + + Karakter fisiologis Kebutuhan O2(NB) 48 jm + + + + + Pertumbuhan pada suhu 4oC - - - - -Pertumbuhan pada suhu 15OC - - - - -Pertumbuhan pada suhu 45OC - + + - + Pertumbuhan pada suhu 40OC - + + - + Pertumbuhan pada NaCl 3,5% + + + + + Pertumbuhan pada NaCl 6.5 % + + + + + Pertumbuhan pada NaCl 9% + + + + +
Pertumbuhan pada pH 3,5 - - - -Pertumbuhan pada pH 4 - - - - -Pertumbuhan pada pH 8,0 + + + + + Pertumbuhan pada pH 12 + + + + + Keterangan :
Strain (A)EC : Escherechia coli ATTC Strain (B)BS : Bacillus subtilis
Strain (C)SA : Staphylococcus aureus ATCC Strain (D)A : Strain
Strain (E)B : Strain
Perhitungan indeks similaritas
SSM strain AB : a = 18; b= 5; c=3; d= 8 maka nilai SSM = 76,4
SSM strain AD : a = 21; b= 2 ; c= 1; d= 19 maka nilai SSM = 91,1
SSM strain AC : a = 18; b= 5; c=2; d= 9 maka nilai SSM = 79,4
SSM strain AE : a = 19; b= 4; c=3; d= 8 maka nilai SSM = 79,4
SSM strain BC : a = 19; b= 2; c=1; d= 12 maka nilai SSM = 91,1
SSM strain BD : a = 16; b= 5; c=6; d= 7 maka nilai SSM = 67,6
SSM strain BE : a = 15; b= 6; c=7; d= 6 maka nilai SSM = 82,3
SSM strain CD : a = 16; b= 4; c=6; d= 8 maka nilai SSM = 70,5
SSM strain CE : a = 16; b= 4; c=6; d= 8 maka nilai SSM = 70,5
Tabel 3. Matriks simililaritas(%) berdasarkan perhitungan SSM OTU Strain A Strain B Strain C Strain D Strain C Strain E
Tabel 4. Analisis pengklasteran
Clustering analisis dengan metode UPGMA (Average lingkage)
Similaritas (%) Strain 100 A B C D E 91,1 (AD) (BC) E 85,25 (ADE) (BC) 71,01 (ABCDE) 100 76,4 100 79,4 91,1 100 91,1 67,6 70,5 100 79,4 61,7 70,5 82,3 100 A B C D E
C. Kontrusksi dendogram A D E B C
D. Analisis kofenetik korelasi 1.Matrik similaritas original (X) Tabel 5. Matrik similaritas original
OTU
Strain A Strain B Strain C Strain D Strain C Strain E Tabel 6.
Matrik similaritas dari dendogram (Y)
A B C D E
Tabel 7. Analisis kofenetik korelasi
SSM X Y X2 Y2 XY AB 76,4 71,02 5638,96 5043,8 5425,9 AC 79,4 71,02 6304,36 5043,8 5638,9 100 76,4 100 79,4 91,1 100 91,1 67,6 70,5 100 79,4 61,7 70,5 82,3 100 A B C D E 100 76,4 100 79,4 91,1 100 91,1 67,6 70,5 100 79,4 61,7 70,5 82,25 100 A B C D E
AD 91,1 91,1 8299,21 8299,21 8299,21 AE 79,4 82,25 6304,36 6765,06 6037,15 BC 91,1 91,1 8299,21 8299,21 8299,21 BD 67,6 71,02 4569,76 5043,8 4800,9 BE 61,7 71,02 3806,89 5043,8 4381,19 CD 70,5 71,02 4970,25 5043,8 5006,9 CE 70,5 82,25 4970,06 6765,06 5798,6 DE 82,3 82,25 6765,06 6765,06 6765,06 Jumlah 769,95 784,05 60126,28 62112,6 60453,02 Koefisien Korelasi (r)
koefisien korelasi (r)= nXY-XYnX2-X2).(nY2-(Y)2)
= (10.60453,02)-(769,95.784,05)(10(60128,28)-(592823)². (10(62112,6)-614734,4)² = 850,918459,8(6391,6) = 850,9154071657,68 = 850,9173553,34 = 0,1157X100% = 11,57 %
Berdasarkan hasi kofenetik bahwa dendogramnya di tolak karena hasilnya kurang dari 60%.
IV. Pembahasan
Taksospecies merupakan dua strain dianggap dalam satu kelompok species yang sama karena memiliki indeks similaritas ≥70 %
Berdasarkan analisa data dapat diketahui bahwa dari kelima strain tersebut mempunyai perbedaan yang dari berbagai unit uji karakter. Jika dilihat dari hasil tabel analisa pengklasteran pada similaritas 100% strain A(Esherichia coli), B(Bacillus subtilis),C( Staphylococcus aureus),D( Aeromonas) dan E ( BS2) masih terpisah artinya kelima strain tersebut tidak terdapat persamaan yang siginifikan. Persamaan disini adalah persamaan dalam hal unit karakter yang telah di ujikan antara lain ; morfologi
Dapat diketahui dari tabel,bahwa antara strain A dengan D (Escherechia coli dengan Aeromonas) dan strain B dengan C(Bacillus subtilis dengan Staphylococcus aureus) pada prosentase 91,1% indeks similaritas bergabung. Jika mengacu pada konsep taksospecies,strain tersebut dapat dikatakan bahwa strain tersebut dianggap satu kelompok species.
Kemudian pada prosentase 82,25% indeks similaritas antara strain A( Escherichia coli), D (aeromonas ) dan E (Bs2 ) seperti halnya diatas, jika mengacu konsep taksospecies dari ketiga strain tersebut dapat dianggap satu species. Sedangkna strarin B(Bacillus subtilis) dan strain C( Staphylococus) masih belum bergabung, sehingga dari sini dapat diartikan bahwa dari kedua strain tersebut mempunyai pebedaan yang mencolok. Namun pada presentase 71,1% strain A,B,C,D, dan E dapat mengelompok. Sehingga jika berdasarkan konsep taksopsecies strain A,B,C,D dan E dapat dianggap satu kelompok species.
Namun jika, setelah dilakukan analisis kofenetik korelasi. Dimana analisis ini bertujuan untuk mengevaluasi dendogram. Sementara dendogram itu sendiri dipeoleh dari hasil analisis pengklasteran. Diperoleh hasil 11,57 %, padahal syarat untuk dendogram diterima jika hasil koefisien korelasinya sebesar ≥ 60%. Sehingga dapat disimpulkan bahwa untuk dendogram tidak diterima karena prosentasenya kurang dari 60 %.
Jika mengacu pada nama strain yang di isolasi, misal pada strain A dengan D (Escherechia coli dengan Aeromonas ) maka untuk dua species tersebut merupakan
mempunyai perbedaan yang mencolok. Jika dilihat dari genusnya. Untuk strain A genusnya Escherechia,sedangkan untuk strain D genusnya Aeromonas. Sehingga dari sini dapat diketahui bahwa antara tidak terjadi hubungan korelasi positif antara hasil pengklasteran dan species/ isolat. Hal ini disebabkan oleh faktor human erorr. Artinya disini banyak terjadi kesalahan dalam pengamatan.
Kesimpulan
Diperoleh hasil 11,57 %, padahal syarat untuk dendogram diterima jika hasil koefisien korelasinya sebesar ≥ 60%. Sehingga dapat disimpulkan bahwa untuk dendogram tidak diterima karena prosentasenya kurang dari 60 %.
DAFTAR PUSTAKA
Brown, A. E. 2005. Benson’s Microbiological Aplication complate Version Laboratory Manual in Gonoral Microbiology Ninth Edition. McGraw Hill Companies, inc, 1211, Avence of the Amonical. New York. Ny 10020
Harly, J. P. 2005. Laboratory Exorcises in Microbiology sixth Edition. McGraw Hill Companies, inc, 1211, Avence of the Amonical. New York. Ny 10020.
Loy, B. W. 1994. Annalisis Mikrobia Di Lahro . Jakarta : PT Raja Grafindo Persada.
Priest, F & B. Austin. 1993. Modern Bacterial Taxonomy Second Edition. Champman dan Hall. London.
Waluyo. 2008. Teknik Dan Metode Dasar Dalam Mikrobiologi. Malang : UMM Press.
