Faramita Muthmainah, 2013
Identifikasi Morfologi Dan Molekuler Fungi (Isolat Ry) Yang Dapat Mendegradasi Pewarna Sintetik Universitas Pendidikan Indonesia | repository.upi.edu| perpustakaan.upi.edu
IDENTIFIKASI MORFOLOGI DAN MOLEKULER FUNGI (ISOLAT RY)
YANG DAPAT MENDEGRADASI PEWARNA SINTETIK
SKRIPSI
Diajukan untuk Memenuhi Sebagian dari Syarat Memperoleh Gelar Sarjana Sains
Program Studi Biologi
Oleh:
FARAMITA MUTHMAINAH
0900399
PROGRAM STUDI BIOLOGI
JURUSAN PENDIDIKAN BIOLOGI
FAKULTAS PENDIDIKAN MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
UNIVERSITAS PENDIDIKAN INDONESIA
Faramita Muthmainah, 2013
Identifikasi Morfologi Dan Molekuler Fungi (Isolat Ry) Yang Dapat Mendegradasi Pewarna Sintetik Universitas Pendidikan Indonesia | repository.upi.edu| perpustakaan.upi.edu
IDENTIFIKASI MORFOLOGI DAN MOLEKULER FUNGI (ISOLAT RY)
YANG DAPAT MENDEGRADASI PEWARNA SINTETIK
Oleh:
Faramita Muthmainah
0900399
Diajukan untuk Memenuhi Sebagian dari Syarat
Memperoleh Gelar Sarjana Sains Program Studi Biologi
© Faramita Muthmainah 2013
Universitas Pendidikan Indonesia
Oktober 2013
Hak Cipta dilindungi undang-undang.
Skripsi ini tidak boleh diperbanyak seluruhya atau sebagian,
Faramita Muthmainah, 2013
Identifikasi Morfologi Dan Molekuler Fungi (Isolat Ry) Yang Dapat Mendegradasi Pewarna Sintetik Universitas Pendidikan Indonesia | repository.upi.edu| perpustakaan.upi.edu
LEMBAR PENGESAHAN
IDENTIFIKASI MORFOLOGI DAN MOLEKULER FUNGI (ISOLAT RY)
YANG DAPAT MENDEGRADASI PEWARNA SINTETIK
Oleh
Faramita Muthmainah
0900399
DISETUJUI DAN DISAHKAN OLEH:
Pembimbing I
Dr. Topik Hidayat
NIP. 197004101997021001
Pembimbing II
Kusnadi, M. Si
NIP. 196805091994031001
Mengetahui,
Ketua Jurusan Pendidikan Biologi FPMIPA UPI
Dr. H. Riandi, M.Si
Faramita Muthmainah, 2013
Identifikasi Morfologi Dan Molekuler Fungi (Isolat Ry) Yang Dapat Mendegradasi Pewarna Sintetik Universitas Pendidikan Indonesia | repository.upi.edu| perpustakaan.upi.edu
Identifikasi Morfologi dan Molekuler Fungi (Isolat RY) Yang Dapat Mendegradasi Pewarna Sintetik
ABSTRAK
Banyaknya penggunaan pewarna sintetik dalam berbagai proses industri telah memberikan masalah yang cukup serius terhadap ekosistem perairan. Teknik pengolahan limbah oleh mikroorganisme merupakan teknik yang ramah lingkungan dan lebih efisien dibanding teknik pengolahan limbah lainnya. Berdasarkan penelitian sebelumnya telah ditemukan beberapa isolat fungi yang diketahui dapat mendegradasi limbah pewarna sintetik azo. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi jenis fungi isolat RY ditinjau dari karakteristik morfologi dan molekuler. Pengamatan morfologi dilakukan berdasarkan ciri makroskopis dan mikroskopis fungi, sedangkan identifikasi molekuler dilakukan dengan mengamplifikasi gen 18S rRNA menggunakan primer NS-1 dan NS-8. Hasil yang didapatkan dari pengamatan morfologi menyatakan bahwa tiga isolat fungi yang diamati (RY 36, RY 40, & RY44) adalah Trichoderma, sedangkan dua isolat lainnya adalah Acremonium (RY 42) dan Cylindrocephalum (RY 06). Identifikasi molekuler juga menunjukkan hasil yang memperjelas pengamatan morfologi yang dilakukan. Nilai bootstrap pada masing-masing sampel adalah 100 %. Hal ini menunjukkan kecocokan yang sangat besar antara sampel yang diamati dengan fungi tersebut. Pohon filogenetik yang dihasilkan juga menyebutkan bahwa sampel fungi ini memiliki hubungan kekerabatan yang erat satu sama lain dan juga dengan beberapa fungi pendegradasi pewarna sintetik lainnya. Simpulan penelitian ini menyatakan bahwa isolat RY 36, 40, dan 44 adalah Trichoderma harzianum, isolat RY 42 adalah Acremonium spinosum dan isolat RY 06 adalah Cylindrocephalum aureum.
Faramita Muthmainah, 2013
Identifikasi Morfologi Dan Molekuler Fungi (Isolat Ry) Yang Dapat Mendegradasi Pewarna Sintetik Universitas Pendidikan Indonesia | repository.upi.edu| perpustakaan.upi.edu
Morphological and Molecular Identification of Fungi (RY Isolate) that Capable to Degrade Synthetic Dye
ABSTRACT
Synthetic dyes are widely used in many industrial processes. The strong color of synthetic dyes give a serious problem for aquatic ecosystem. Dye removal method by microorganism are ecofriendly and efficient tehnique compared to the convensional method. Based on previous research there is five isolates of fungi that known to be able to degrade synthetic dyes such an azo dye. The objectives of this research is to identify the species of the RY isolates based on morphology and molecular characteristic. Morphological identification was performed based on macroscopis and microscopis feature, whereas molecular identification was performed by 18S rRNA gene amplification using NS-1 as forward primer and NS-8 as reverse primer. The morphological result were describe that three isolates of fungi (RY 36, RY 40, & RY 44) are Trichoderma and the other two isolates are
Acremonium (RY 42) and Cylindrocephalum (RY 06). Molecular identification
also describe the result that supporting morphological identification. Bootstrap value for each sample are 100 %. This value indicated a high compatibility between five sample being observed with the fungi from the gene bank. Phylogenetic tree also describe a close genetic relationship between the sample and some fungi that capable to degrade synthetic dye. The conclusion of this research explain that RY 36, 40, and 44 are Trichoderma harzianum, RY 42 is
Acremonium spinosum and RY 06 is Cylindrocephalum aureum.
Faramita Muthmainah, 2013
Identifikasi Morfologi Dan Molekuler Fungi (Isolat Ry) Yang Dapat Mendegradasi Pewarna Sintetik Universitas Pendidikan Indonesia | repository.upi.edu| perpustakaan.upi.edu
DAFTAR ISI
Halaman
ABSTRAK ... i
KATA PENGANTAR ... ii
DAFTAR ISI ... iv
DAFTAR GAMBAR ... vii
DAFTAR TABEL ... ix
DAFTAR LAMPIRAN ... x
BAB I PENDAHULUAN A. Latar Belakang Masalah ... 1
B. Rumusan Masalah ... 3
C. Batasan Masalah ... 3
D. Tujuan ... 4
E. Manfaat Penelitian ... 4
BAB II IDENTIFIKASI MORFOLOGI DAN MOLEKULER FUNGI PENDEGRADASI PEWARNA SINTETIK A. Fungi ... 5
B. Pewarna Sintetik ... 11
C. Metode Degradasi dan Dekolorisasi Pewarna sintetik ... 13
D. Degradasi dan Dekolorisasi Pewarna Sintetik Oleh Fungi ... 14
E. Identifikasi Fungi Secara Morfologi dan Molekuler ... 16
F. Gen 18S rRNA ... 17
G. Polymerase Chain Reaction (PCR) ... 19
Faramita Muthmainah, 2013
Identifikasi Morfologi Dan Molekuler Fungi (Isolat Ry) Yang Dapat Mendegradasi Pewarna Sintetik Universitas Pendidikan Indonesia | repository.upi.edu| perpustakaan.upi.edu
BAB III METODE PENELITIAN
A. Jenis Penelitian ... 24
B. Populasi dan Sampel ... 24
C. Waktu dan Lokasi Penelitian ... 24
D. Alat dan Bahan ... 24
E. Prosedur Penelitian ... 28
1. Persiapan Penelitian ... 28
2. Tahapan Penelitian ... 28
a. Pengkulturan Fungi Isolat RY ... 28
b. Identifikasi Morfologi Fungi Isolat RY ... 28
c. Identifikasi Molekuler Fungi Isolat RY ... 29
F. Alur Penelitian ... 34
BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN A. Hasil Identifikasi Morfologi Fungi Isolat RY ... 35
1. Isolat RY 06 ... 37
2. Isolat RY 36 ... 37
3. Isolat RY 40 ... 38
4. Isolat RY 42 ... 39
5. Isolat RY 44 ... 40
B. Hasil Identifikasi Molekuler Fungi Isolat RY ... 44
1. Hasil Isolasi DNA ... 44
2. Hasil Amplifikasi DNA ... 45
3. Analisis Hubungan Filogenetik Fungi Isolat RY ... 46
BAB V SIMPULAN DAN SARAN A. Simpulan ... 50
Faramita Muthmainah, 2013
Identifikasi Morfologi Dan Molekuler Fungi (Isolat Ry) Yang Dapat Mendegradasi Pewarna Sintetik Universitas Pendidikan Indonesia | repository.upi.edu| perpustakaan.upi.edu
DAFTAR PUSTAKA ... 51
LAMPIRAN ... 57
RIWAYAT HIDUP ... 64
Faramita Muthmainah, 2013
Identifikasi Morfologi Dan Molekuler Fungi (Isolat Ry) Yang Dapat Mendegradasi Pewarna Sintetik Universitas Pendidikan Indonesia | repository.upi.edu| perpustakaan.upi.edu
DAFTAR GAMBAR
Gambar Halaman
2.1 Hifa Coenocytic dan Hifa Bersekat ...6
2.2 Macam-Macam Spora Aseksual Pada Fungi ... 7
2.3 Phialide Penghasil Konidia Pada Aspergillus dan Penicillium ...9
2.4 Beberapa Struktur Kimia Pewarna Sintetik ... 11
2.5 Mekanisme degradasi 3-(2-hydroxy-1-naphtylazo) benzene sulfonic acid (salah satu pewarna azo) oleh laccase ... 2.6 Letak gen 18S rRNA diantara gen rRNA lainnya ...18
2.7 Pohon Kekerabatan ...22
3.1 Slide Culture ...29
3.2 Diagram Alir Penelitian ... 34
4.1 a) Warna koloni isolat RY 06; b) konidia yang berbentuk lonjong; c) kumpulan konidia pada hifa; d) sekat pada hifa ...37
4.2 a) Warna koloni isolat RY 36; b) percabangan hifa; c) sekat pada hifa dan konidia yang baru tubuh; d) kumpulan konidia yang membulat dan lonjong ...38
4.3 a) Warna koloni isolat RY 40; b) konidiofor yang bercabang; c) kumpulan konidia ...39
4.4 a) Warna koloni isolat RY 42 b) konidia pada ujung konidiofor yang tegak c) hifa yang berkelompok dan bercabang ...40
4.5 a) Warna koloni isolat RY 44; b) sekat pada hifa; c) percabangan hifa; d) kumpulan konidia ...41
Faramita Muthmainah, 2013
Identifikasi Morfologi Dan Molekuler Fungi (Isolat Ry) Yang Dapat Mendegradasi Pewarna Sintetik Universitas Pendidikan Indonesia | repository.upi.edu| perpustakaan.upi.edu
4.7 Hasil amplifikasi gen 18S rRNA lima isolat fungi RY ...45
Faramita Muthmainah, 2013
Identifikasi Morfologi Dan Molekuler Fungi (Isolat Ry) Yang Dapat Mendegradasi Pewarna Sintetik Universitas Pendidikan Indonesia | repository.upi.edu| perpustakaan.upi.edu
DAFTAR TABEL
Tabel Halaman
2.1 Macam pewarna sintetik bedasarkan struktur kimia dan
metode penggunaannya ... 12
2.2 Macam-macam metode yang digunakan dalam mendegradasi dan mendekolorisasi pewarna sintetik ...13
2.3 Kelebihan dan kelemahan beberapa metode dalam mendegradasi pewarna sintetik ...14
3.1 Alat yang diperlukan dalam penelitian ...24
3.2 Bahan yang dibutuhkan dalam penelitian ...27
3.3 Tahapan reaksi PCR gen 18S rRNA ...32
4.1 Karakteristik makroskopis lima isolat RY ...35
Faramita Muthmainah, 2013
Identifikasi Morfologi Dan Molekuler Fungi (Isolat Ry) Yang Dapat Mendegradasi Pewarna Sintetik Universitas Pendidikan Indonesia | repository.upi.edu| perpustakaan.upi.edu
DAFTAR LAMPIRAN
Lampiran Halaman
1 Hasil Sikuensing Daerah 18S rRNA ...57
Faramita Muthmainah, 2013
Identifikasi Morfologi Dan Molekuler Fungi (Isolat Ry) Yang Dapat Mendegradasi Pewarna Sintetik Universitas Pendidikan Indonesia | repository.upi.edu| perpustakaan.upi.edu1
BAB I
PENDAHULUAN
A. Latar Belakang Masalah
Industri tekstil merupakan salah satu industri yang menghasilkan banyak
limbah yang mencemari perairan (Adosinda et al., 2003). Limbah tekstil
memiliki warna mencolok yang berasal dari pewarna sintetik. Saat ini
pewarna sintetik tidak hanya digunakan dalam industri tekstil namun juga
dalam berbagai proses industri lainnya, seperti pembuatan kertas, dan
fotografi (Asgher et al., 2008). Selama proses pewarnaan, sekitar 10-15% dari
pewarna yang digunakan dibuang ke ekosistem perairan sebagai limbah
(Dorthy et al., 2012). Penggunaan pewarna sintetik secara meluas sering
memberikan masalah karena pekatnya warna dari limbah yang dihasilkan
(Kumaran & Dharani, 2011), karenanya sebelum dibuang ke badan air limbah
tersebut perlu diolah dengan baik. Jika limbah dibuang begitu saja ke
lingkungan tanpa diberi pengolahan terlebih dahulu, maka limbah tersebut
dapat menyebabkan masalah bagi lingkungan dan kesehatan (Asad et al.,
2007). Tidak indahnya badan perairan, terbatasnya kapasitas re-oksigenasi,
terhambatnya sinar matahari yang akan mengakibatkan terganggunya proses
fotosintesis dalam ekosistem perairan serta timbulnya toksisitas yang akut dan
kronik merupakan salah satu masalah yang serius (Banat et al., 1996).
Walaupun selama 20 tahun terakhir banyak teknik pengolahan limbah
secara fisik maupun kimia telah dikembangkan, seperti flokulasi, membran
filtrasi, teknik elektrokimia, ozonasi, koagulasi dan adsorpsi (Fu &
Viraraghavan, 2004), akan tetapi sedikit dari teknik pengolahan limbah
tersebut telah diaplikasikan oleh industri tekstil. Hal ini dikarenakan teknik
tersebut mahal, kurang efisien, dan tidak dapat digunakan untuk berbagai jenis
2
Faramita Muthmainah, 2013
Identifikasi Morfologi Dan Molekuler Fungi (Isolat Ry) Yang Dapat Mendegradasi Pewarna Sintetik Universitas Pendidikan Indonesia | repository.upi.edu| perpustakaan.upi.edu
Teknik dekolorisasi dan degradasi oleh mikroorganisme merupakan
teknik yang ramah lingkungan, murah dan efektif jika dibandingkan dengan
teknik yang konvensional (Verma & Madamwar, 2003). Mikroorganisme
dapat mendekolorisasi berbagai limbah sintetik dengan struktur kimia yang
berbeda-beda. Banyak bakteri, actinomycetes, yeast dan fungi yang mampu
mendekolorisasi pewarna sintetik dengan mengadsorpsi pewarna tersebut
(Banat et al., 1996). Fungi tidak hanya mampu mendekolorisasi tapi juga
mampu mendegradasi dan memineralisasi berbagai jenis pewarna sintetik
(Machado et al., 2006). Kemampuan fungi dalam mendegradasi pewarna
sintetik ditentukan oleh keberadaan enzim ekstraseluler nonspesifik yang
dimilikinya (Kumaran & Dharani, 2011). Oleh sebab itu, kemampuan fungi
dalam mendegradasi pewarna sintetik tidak hanya ditentukan oleh kondisi
lingkungan eksternal yang optimal dan konsentrasi substrat saja (Kumaran &
Dharani, 2011), namun juga jenis fungi itu sendiri. White Rot Fungi dikenal
sebagai organisme ligninolitik paling efisien yang mampu mendegradasi
berbagai tipe pewarna seperti azo, heterosiklik, reaktif dan polimerik. Saat ini
banyak fungi telah diteliti untuk kepentingan pengolahan limbah, diantaranya
adalah Trametes hirsuta (Priyadarsini et al., 2011), Trametes versicolor
(Selvam et al., 2012), Trichoderma harzianum (Sadhasivam et al., 2009),
Trichoderma viride (Saranraj et al., 2010) dan Acremonium yang dapat
digunakan sebagai agen dalam mendegradasi malachite green (Youssef et al.,
2008).
Bedasarkan penelitian sebelumnya telah ditemukan lima isolat fungi
dengan kode RY yang diketahui dapat mendegradasi beberapa macam
pewarna sintetik, seperti bismarck brown, congo red, methyl orange, methyl
red dan aniline yellow. Dalam penelitiannya, Hadibarata (2012) menemukan
bahwa fungi yang berasal dari hutan Samarinda, Kalimantan Timur ini dapat
tumbuh dengan baik di dalam limbah yang mengandung pewarna sintetik azo.
Fungi yang belum diketahui jenisnya ini diduga dapat menjadi agen
bioremediasi yang baik bagi limbah pewarna sintetik. Oleh karenanya perlu
3
Faramita Muthmainah, 2013
Identifikasi Morfologi Dan Molekuler Fungi (Isolat Ry) Yang Dapat Mendegradasi Pewarna Sintetik Universitas Pendidikan Indonesia | repository.upi.edu| perpustakaan.upi.edu
pewarna sintetik ini. Selain dengan analisis biokimia, jenis suatu fungi juga
dapat diketahui dengan pengamatan yang dilakukan terhadap ciri morfologi
dan molekuler yang dimilikinya. Namun demikian, identifikasi berbasis
karakteristik fenotip kadang memberikan hasil yang kurang memuaskan. Hal
ini terjadi karena lingkungan eksternal juga memberikan pengaruh terhadap
gambaran morfologi suatu fungi (Photita et al., 2005) sehingga karakter
morfologi yang diidentifikasi dari suatu spesies kadang tidak stabil dan
menjadi overlap antar spesies. Oleh karenanya identifikasi ini perlu diperkuat
oleh teknik molekuler (Carvalho et al., 2010). Selain itu untuk menentukan
hubungan kekerabatan antar fungi, teknik molekuler juga sangat diperlukan
(Shahrianour et al., 2011). Berdasarkan hal tersebut maka perlu dilakukan
penelitian untuk mengetahui jenis fungi yang dapat mendegradasi pewarna
sintetik dilihat dari karakteristik morfologi dan molekulernya.
B. Rumusan Masalah
Berdasarkan latar belakang yang telah dipaparkan, maka didapatkan
rumusan masalah sebagai berikut: “Bagaimanakah karakteristik morfologi dan
molekuler fungi (isolat RY) yang dapat mendegradasi pewarna sintetik? serta
bagaimanakah hubungan kekerabatan diantara lima isolat RY yang diamati?”
C. Batasan Masalah
Adapun batasan masalah pada penelitian ini adalah:
1. Fungi yang diidentifikasi adalah 5 isolat fungi dengan kode RY.
2. Isolat fungi yang digunakan berasal dari hutan Samarinda, Kalimantan
Timur.
3. Primer yang digunakan untuk amplifikasi gen 18S rRNA adalah
4
Faramita Muthmainah, 2013
Identifikasi Morfologi Dan Molekuler Fungi (Isolat Ry) Yang Dapat Mendegradasi Pewarna Sintetik Universitas Pendidikan Indonesia | repository.upi.edu| perpustakaan.upi.edu
D. Tujuan
Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengetahui karakteristik
morfologi dan molekuler fungi (isolat RY) yang dapat mendegradasi pewarna
sintetik serta mengetahui hubungan kekerabatan diantara lima isolat RY yang
diamati.
E. Manfaat Penelitian
Manfaat dari hasil penelitian ini adalah:
1. Penelitian ini diharapkan dapat menjadi database dari genome fungi
yang nantinya dapat digunakan sebagai sumber untuk molecular
barcode.
2. Penelitian ini juga dapat dijadikan sumber pengetahuan awal mengenai
Faramita Muthmainah, 2013
Identifikasi Morfologi Dan Molekuler Fungi (Isolat Ry) Yang Dapat Mendegradasi Pewarna Sintetik Universitas Pendidikan Indonesia | repository.upi.edu| perpustakaan.upi.edu 24
BAB III
METODE PENELITIAN
A. Jenis Penelitian
Jenis penelitian yang dilakukan adalah penelitian deskriptif.
B. Populasi dan Sampel
Populasi dan sampel yang digunakan dalam penelitian adalah isolat
fungi dengan kode RY yang diperoleh dari hutan Kalimantan.
C. Waktu dan Lokasi Penelitian
Penelitian ini dilaksanakan pada bulan Januari – Mei 2013 di Laboratorium Mikrobiologi Universitas Pendidikan Indonesia, Jalan Dr.
Setiabudhi No.299 Bandung.
D. Alat dan Bahan
Alat dan bahan yang digunakan dalam penelitian ini terdapat di
Laboratorium Mikrobiologi Universitas Pendidikan Indonesia.
Tabel 3.1 Alat yang diperlukan dalam penelitian
No Nama alat Jumlah Spesifikasi
1 Hot plate dan magnetic
stirrer
1 unit Merk Eyela, RSCH-3
2 Beaker glass 1 buah Merk Pyrex
3 Kaca arloji 2 buah -
4 Timbangan analitik 1 unit Merk DAN, HF 300
5 Spatula 6 buah Logam
6 Batang pengaduk 1 buah P = 29,5 cm
7 Gelas ukur 10 mL 1 buah Merk Pyrex
25
Faramita Muthmainah, 2013
Identifikasi Morfologi Dan Molekuler Fungi (Isolat Ry) Yang Dapat Mendegradasi Pewarna Sintetik Universitas Pendidikan Indonesia | repository.upi.edu| perpustakaan.upi.edu
No Nama Alat Jumlah Spesifikasi
9 Gelas ukur 150 mL 1 buah Merk Pyrex
10 Labu Erlenmeyer 5 buah Merk Pyrex dan Duran
11 Tabung reaksi 30 buah Merk Pyrex
12 Cawan petri 30 buah Merk Pyrex
13 Cawan petri disposable 20 buah Merk Falcon
14 Batang sumpit Secukupnya -
15 Kertas saring 30 buah Whatman No.1
16 Objek glass 30 buah Sail brand
17 Cover glass 60 buah Sail brand
18 Lup inokulasi 10 buah P = 22,5 cm
19 Lampu spirtus 1 buah -
20 Mortar dan alu 5 buah -
21 Rak tabung 2 buah -
22 Plastik tahan panas 5 pak Merk Diamond
23 Kain kassa 5 bungkus -
24 Kapas 2 bungkus -
25 Tali kasur 2 gulung -
26 Tissue 3 bungkus Merk Paseo
27 Alumunium foil 1 gulung Merk Klinpak
28 Plastik wrap 1 gulung Merk Klinpak
29 Solatip 1 buah -
30 Kertas label 2 bungkus -
31 Spidol marker 1 buah Merk Faber-Castell
32 Kain lap 1 buah -
33 Termos air panas 1 buah -
34 Parafilm Secukupnya -
35 Kamera digital 1 unit Merk Olympus
36 Sarung tangan karet Secukupnya Merk Sensi gloves
26
Faramita Muthmainah, 2013
Identifikasi Morfologi Dan Molekuler Fungi (Isolat Ry) Yang Dapat Mendegradasi Pewarna Sintetik Universitas Pendidikan Indonesia | repository.upi.edu| perpustakaan.upi.edu
No Nama Alat Jumlah Spesifikasi
38 Inkubator 1 unit Merk Gallenkamp
39 Lemari pendingin 1 unit Merk Electrolux
40 Microwave 1 unit Merk Electrolux
41 Autoclave 1 unit Merk Hirayama Mode
HC36At
42 Microflow Laminar 1 unit eRman
43 Water bath 1 unit Merk Sibata
44 Shaker Water bath 1 unit Merk Eyela
45 Vortex 1 unit Merk Sibata
46 Sentrifuge 1 unit Merk Hettich
47 Alat Elektroforesis gel Mini 1 unit Bio-Rad
48 High performance UV
Transilluminator
1 unit UVP Upldan, CA
49 Mesin PCR 1 unit Merk Eppendorf
50 Makropipet 1 buah Merk-PIPETMAN
51 Mikropipet 1-10 µl 1 buah Merk Socorex
52 Mikropipet 20-200 µl 1 buah Merk Socorex
53 Tips 1 µl Secukupnya Extragene
54 Tips 5 µl Secukupnya Extragene
55 Tips 10 µl Secukupnya Extragene
56 Tabung mikrosentrifuga Secukupnya Extragene
57 Tabung PCR Secukupnya Extragene
58 Corong Buhner 2 buah -
27
Faramita Muthmainah, 2013
Identifikasi Morfologi Dan Molekuler Fungi (Isolat Ry) Yang Dapat Mendegradasi Pewarna Sintetik Universitas Pendidikan Indonesia | repository.upi.edu| perpustakaan.upi.edu
Tabel 3.2 Bahan yang dibutuhkan dalam penelitian
No Nama bahan Jumlah
1 Spirtus Secukupnya
2 Medium PDA Secukupnya
3 Medium PDB Secukupnya
4 Aquades 5 liter
5 ddH2O 8 liter
6 Ethanol absolute 500 ml
7 Ethanol 70 % 1 liter
8 Nitrogen cair Secukupnya
9 Nucleic lysis solution 8 ml
10 RNAse 20 µl
11 Protein precipitation solution 4 ml
12 Isopropanol 12 ml
13 DNA rehydration solution 600 µl
14 Agarose Secukupnya
15 TAE (Tris- Acetate-EDTA) Secukupnya
16 Loading dye 80 µl
17 Ethidium bromide Secukupnya
18 Primer NS-1(Forward) 40 µl
28
Faramita Muthmainah, 2013
Identifikasi Morfologi Dan Molekuler Fungi (Isolat Ry) Yang Dapat Mendegradasi Pewarna Sintetik Universitas Pendidikan Indonesia | repository.upi.edu| perpustakaan.upi.edu
E.Prosedur Penelitian
1. Persiapan Penelitian
Persiapan penelitian meliputi pengecekan alat dan pembuatan bahan
yang akan digunakan dalam penelitian. Peralatan yang akan digunakan
dicuci terlebih dahulu dan dikeringkan. Kemudian dilakukan pembuatan
medium PDA (Potato Dextrose Agar) sebagai media tumbuh bagi fungi
isolat RY yang akan dikultur dan pembuatan ethanol 70% untuk isolasi
DNA. Alat yang dibutuhkan kemudian dibungkus dengan kertas lalu alat
dan medium PDA yang telah dibuat dimasukan ke dalam plastik tahan panas
untuk kemudian disterilisasi panas lembap pada autoclave selama 15-20
menit dengan suhu 121° C dan tekanan 15 lbs.
2. Tahapan Penelitian
a. Pengkulturan Fungi Isolat RY
Lima isolat fungi RY yang didapat dari hutan Kalimantan disubkultur
pada medium Potato Dextrose Agar (PDA) yang telah steril. Pengkulturan
dilakukan secara aseptik dengan menggunakan lup inokulasi didalam
laminar flow kabinet. Fungi yang telah dikultur selanjutnya digunakan
untuk identifikasi morfologi. Selain itu, fungi ini juga dikultur pada medium
Potato Dextrose Broth (PDB) untuk kemudian digunakan dalam isolasi
DNA.
b. Identifikasi Morfologi Fungi Isolat RY
1) Pembuatan Slide Culture
Tahapan pertama dalam mengidentifikasi morfologi fungi adalah
pembuatan slide culture (Gambar 3.1). Slide culture dibuat dengan
menggunakan objek glass yang berada di atas segitiga sumpit yang
beralaskan kertas saring. Slide culture yang kosong kemudian
disterilisasi. Selanjutnya isolat RY yang akan diamati dikultur pada
potongan agar yang diletakan pada objek glass yang kemudian ditutup
29
Faramita Muthmainah, 2013
Identifikasi Morfologi Dan Molekuler Fungi (Isolat Ry) Yang Dapat Mendegradasi Pewarna Sintetik Universitas Pendidikan Indonesia | repository.upi.edu| perpustakaan.upi.edu
yang lembap maka aquades steril diteteskan pada kertas saring. Slide
Culture yang berisi fungi isolat RY kemudian diinkubasi selama 3-4
hari di suhu ruangan (270C).
Gambar 3.1 Slide culture
2) Pengamatan Fungi
Fungi yang telah tumbuh pada slide culture kemudian diamati
dibawah mikroskop. Pengamatan yang dilakukan meliputi, bentuk hifa,
sekat pada hifa, bentuk konidia, bentuk konidiofor, dan bentuk phialide.
Selain itu juga dilakukan pengamatan secara makroskopis yang
meliputi karakteristik warna dan bentuk koloni.
3) Identifikasi Morfologi
Bedasarkan pengamatan yang telah dilakukan secara makroskopis
dan mikroskopis maka dilakukan penyesuaian terhadap ciri-ciri
morfologi yang didapatkan dengan beberapa jenis fungi yang ada di
buku “Illustrated Genera of Imperfect Fungi” (Barnett, 1960) dan “A Manual of Soil Fungi” (Gilman, 1975) maupun sumber lain yang mendukung.
c. Identifikasi Molekuler Fungi Isolat RY
1) Isolasi DNA Fungi Isolat RY
Sebelum dilakukan isolasi DNA, sampel fungi dipisahkan
terlebih dahulu dari medium PDB dengan menggunakan aspirator.
Isolasi DNA fungi (isolat RY) dilakukan dengan menggunakan Wizard
30
Faramita Muthmainah, 2013
Identifikasi Morfologi Dan Molekuler Fungi (Isolat Ry) Yang Dapat Mendegradasi Pewarna Sintetik Universitas Pendidikan Indonesia | repository.upi.edu| perpustakaan.upi.edu
sesuai dengan instruksi manufaktur PROMEGA. Pertama, sejumlah
miselia fungi dipindahkan secara aseptik kedalam mortar, lalu sejumlah
nitrogen cair ditambahkan kedalam mortar. Selanjutnya miselia fungi
yang telah dibasahi oleh nitrogen cair ditumbuk hingga menjadi bubuk.
Bubuk miselia yang didapatkan lalu dipindahkan kedalam tabung
mikrosentrifuga yang berisi 400 µl nucleic lysis solution. Kemudian
tabung tersebut di vortex selama 3 detik untuk membasahi jaringan.
Setelah itu tabung diinkubasi pada waterbath dengan suhu 650C selama
15 menit. Kemudian 1 µl RNAse ditambahkan kedalam tabung dan
dicampurkan dengan cara dibolak balik sebanyak 2-5 kali. Tabung
tersebut kemudian diinkubasi pada suhu 37oC selama 15 menit dan
selanjutnya diinkubasi pada suhu ruangan selama 5 menit. Kemudian
200 µl protein precipitation solution ditambahkan kedalam tabung dan
vortex selama 20 detik untuk selanjutnya disentrifugasi selama 3 menit
pada kecepatan 13.000 rpm. Protein yang telah terpresipitasi akan
membentuk pelet. Kemudian supernatan yang mengandung DNA
dipindahkan dengan hati-hati kedalam tabung mikrosentrifuge 1,5 ml
baru yang berisi 600 µl isopropanol, lalu tabung dibolak-balik sampai
benang DNAnya terlihat. Tabung kemudian disentrifuge dengan
kecepatan 13.000 rpm selama 1 menit. Setelah itu supernatannya
dibuang, dan 600 µl ethanol 70% ditambahkan kedalam tabung yang
berisi pelet DNA. Tabung kemudian dibolak-balik beberapa kali, hal
ini dilakukan untuk mencuci DNA. Lalu tabung disentrifuge kembali
pada kecepatan 13.000 rpm selama 1 menit. Supernatan yang
didapatkan lalu dibuang, dan pelet DNA yang berada didasar tabung
dikeringkan dengan menaruhnya secara terbalik diatas kertas tissue
yang bersih. Setelah kering, 100 µl DNA rehydration solution
ditambahkan kedalam tabung yang berisi pelet DNA. DNA kemudian
di rehydrasi kembali dengan menginkubasi tabung tersebut pada
31
Faramita Muthmainah, 2013
Identifikasi Morfologi Dan Molekuler Fungi (Isolat Ry) Yang Dapat Mendegradasi Pewarna Sintetik Universitas Pendidikan Indonesia | repository.upi.edu| perpustakaan.upi.edu
waterbath 65oC tabung dibolak-balik sesekali untuk mencampurkan
DNA dengan larutannya.
2) Elektroforesis gel agarose
Hasil Isolasi DNA fungi (isolat RY) dianalisis dengan
menggunakan elektroforesis gel agarose 1%. Pertama, 0,2 gr bubuk
agarose dilarutkan dalam 20 ml buffer TAE (Tris- Acetate-EDTA) 1x
yang berada dalam botol duran. Larutan tersebut dihomogenkan
dengan cara dikocok pelan dan kemudian dipanaskan didalam
microwave selama 1 menit untuk melarutkan agarose didalamnya.
Larutan kemudian didiamkan disuhu ruangan sekitar 5 menit (sampai
panas-panas kuku). Lalu larutan dituangkan dengan perlahan kedalam
tray yang telah dipasangi sisir elekroforesis dan gelembung dibuang
kesisi menggunakan tips. Agarose dibiarkan mengeras sekitar 30 menit
dan sisir kemudian dicabut, lalu gel agarose diletakan di tank
elektroforesis. Kemudian 1 µl DNA dicampur terlebih dahulu dengan 4
µl loading buffer. Elektroforesis dilakukan selama 40 menit pada
tegangan 100 volt dengan buffer TAE 1x sebagai running buffer. Gel
kemudian diwarnai dengan 0,5 µg/ml Ethidium bromida selama 2 menit
dan dibilas dengan aquades selama 5 menit. Hasil elektroforesis dilihat
dibawah sinar UV pada panjang gelombang 312 nm dan difoto dengan
menggunakan kamera digital.
3) Amplifikasi dengan PCR
Amplifikasi PCR dilakukan dengan menggunakan universal
primer untuk 18S. Primer tersebut adalah primer forward NS -1 (5’ -GTA GTC ATA TGC TTG TCT C-3’) dengan berat molekul 5 7 8 5 dan primer reverse NS - 8 (5’-TCC GCA CGT TCA CCT ACG GA-3’) dengan berat molekul 6078. Sementara itu total volume reaksi yang digunakan adalah 40 µ l dengan komponen yang berisi 10 x
32
Faramita Muthmainah, 2013
Identifikasi Morfologi Dan Molekuler Fungi (Isolat Ry) Yang Dapat Mendegradasi Pewarna Sintetik Universitas Pendidikan Indonesia | repository.upi.edu| perpustakaan.upi.edu
reverse (2 µ l), DNA template (2 µ l), Taq polymerase (1 µ l),
distilled water (25 µ l) (Hidayah, 2012). Campuran reaksi tersebut
kemudian dimasukkan ke dalam thermocycler dengan tahapan reaksi
yang dijelaskan pada Tabel 3.3.
Tabel 3.3 Tahapan reaksi PCR gen 18S rRNA
Tahapan reaksi Temperatur Waktu Jumlah Siklus
Pre-denaturasi 94oC 3 menit 1
Denaturasi 94oC 30 detik 25
Annealing 55oC 30 detik 25
Extension 72oC 2 menit 25
Post- extension 72oC 10 menit 1
Penyimpanan 4 oC ∞ 1
4) Elektroforesis gel agarose
Hasil PCR yang didapat kemudian dielektroforesis kembali
dengan cara yang sama seperti sebelumnya.
5) Sikuensing DNA
Produk PCR dari gen 18S rRNA kemudian dianalisis untuk
mengetahui susunan nukleotida dari fragmen DNA yang didapatkan.
Proses sikuensing DNA dilakukan dengan menggunakan mesin
sequencer BigDye Applied Biosystem model 3730 yang dilakukan di
33
Faramita Muthmainah, 2013
Identifikasi Morfologi Dan Molekuler Fungi (Isolat Ry) Yang Dapat Mendegradasi Pewarna Sintetik Universitas Pendidikan Indonesia | repository.upi.edu| perpustakaan.upi.edu
6) Analisis Data dengan Bioinformatika
Sikuen gen 18S rRNA yang telah didapatkan kemudian
dibandingkan dengan sikuen DNA yang berasal dari Bank Gen (NCBI)
menggunakan software BLASTn, setelah itu dilakukan proses
alignment dengan menggunakan software Clustal X. Pohon filogenetik
34
Faramita Muthmainah, 2013
Identifikasi Morfologi Dan Molekuler Fungi (Isolat Ry) Yang Dapat Mendegradasi Pewarna Sintetik Universitas Pendidikan Indonesia | repository.upi.edu| perpustakaan.upi.edu
F. Alur Penelitian
Alur penelitian dapat dilihat pada gambar 3.2 yang tertera dibawah ini:
Penyusunan proposal Persiapan penelitian Pengkulturan jamur RY Pengamatan mikroskopis
Identifikasi sesuai
buku “Illustrated
Genera of Imperfect Fungi” oleh Barnett,
1960 Sekat pada hifa, warna hifa, spora aseksual, bentuk konidia, warna konidia, dan bentuk phialide. Isolasi DNA Elektroforesis Amplifikasi PCR Elektroforesis Sikuensing DNA
Analisis data dengan bioinformatika
Pembuatan laporan akhir (skripsi )
Gambar 3.2 Diagram alir penelitian
Bentuk koloni, permukaan koloni, warna koloni,warna reverse koloni, pembentukan spora, dan laju pertumbuhan Pengamatan makroskopis
50 Faramita Muthmainah, 2013
Identifikasi Morfologi Dan Molekuler Fungi (Isolat Ry) Yang Dapat Mendegradasi Pewarna Sintetik Universitas Pendidikan Indonesia | repository.upi.edu| perpustakaan.upi.edu
BAB V
SIMPULAN DAN SARAN
A. Simpulan
Hasil identifikasi yang telah dilakukan menunjukkan bahwa isolat RY 06
adalah Cylindrocephalum aureum, isolat RY 42 adalah Acremonium
spinosum, dan isolat RY 36, 40, & 44 merupakan Trichoderma harzianum.
Secara morfologi kelima fungi ini dikenal sebagai anggota dari Fungi
Imperfecti. Terdapat kesesuaian antara hasil pengamatan yang dilakukan
secara morfologi dan hasil pengamatan yang dilakukan secara molekuler
dimana nilai bootstrap yang tinggi (100 %) pada pohon filogenetik yang
dihasilkan semakin mendukung hasil identifikasi morfologi. Pohon filogenetik
yang dihasilkan juga menyatakan bahwa lima sampel fungi ini memiliki
hubungan kekerabatan yang erat satu sama lain dan juga dengan beberapa
fungi pendegradasi pewarna sintetik lainnya.
B. Saran
1. Penelitian mengenai morfologi Acremonium dan Trichoderma yang
lain dapat dilakukan untuk memperjelas perbedaan morfologi antar
spesies dalam genus tersebut.
2. Sebaiknya dilakukan penelitian mengenai kandungan enzim
ligninolitik yang dimiliki kelima fungi ini, sehingga dapat diketahui
fungi mana yang dapat mendegradasi limbah pewarna sintetik secara
Faramita Muthmainah, 2013
Identifikasi Morfologi Dan Molekuler Fungi (Isolat Ry) Yang Dapat Mendegradasi Pewarna Sintetik Universitas Pendidikan Indonesia | repository.upi.edu| perpustakaan.upi.edu51
DAFTAR PUSTAKA
Adosinda, M., M. Martins, N. Lima, A.J.D. Silvestre and M.J. Queiroz. (2003). “Comparative studies of fungal degradation of single or mixed bioaccessible reactive azo dyes”. Chemosphere. 52, (6), 967-973.
Andrea Zille., Barbara Go´rnacka., Astrid Rehorek., and Artur Cavaco-Paulo. (2005). “Degradation of Azo Dyes by Trametes villosa Laccase over Long Periods of Oxidative Conditions”. Applied
Environmental Microbioly. 6711–6718.
Aryani, A and Kusumawaty, D. (2007). “Prinsip-Prinsip Polymerase Chain
Reaction (PCR) dan Aplikasinya”. [Online]. Tersedia: http:// file. upi. edu/Direktori/Fpmipa/Jur_Pend.Biologi-Diah_Kusumawaty/ Materi/ Pcr kursus. [1 Januari 2013].
Asad, S., Amoozegar, M.A., Pourbabaee, A.A., Sarbolouki, M.N. and Dastgheib, S. M.M. (2007). “Decolorization of textile azo dyes by newly isolated halophilic and halotolerant bacteria”. Bioresource
Technol. 98, 2082–2088.
Asgher, M., H.N. Bhatti, M. Ashraf, and R.L. Legge. (2008). “Recent developments in biodegradation of industrial pollutants by white rot fungi and their enzyme system”. Biodegradation Journal. 19, (6),
771--783.
Bagha, A.R.T., Bahrami, H., Movassagh, B., Arami, M, and Menger, F.M.
(2007). “Interactions of gemini cationic surfactants with anionic azo dyes and their inhibited effects on dyeability of cotton fabric”. Elsevier.72.(3).331-338.
Banat, I. M., Nigam, P., Singh D., and Marchant R. (1996). “Microbial decolorization of textile-dye-containing effluents: a review”.
Bioresource. Technology. 58, 217-227.
Barnett, H. L. (1960). Illustrated Genera of Imperfect Fungi 2nd Edition. Burgess Publishing Company : America.
Benette, J. W. and Faison, B. D. (1997). “Use of Fungi in Biodegradation. Manual of Environmental Microbiology, Washington DC”. ASM
Press. 758-765.
52
Faramita Muthmainah, 2013
Identifikasi Morfologi Dan Molekuler Fungi (Isolat Ry) Yang Dapat Mendegradasi Pewarna Sintetik Universitas Pendidikan Indonesia | repository.upi.edu| perpustakaan.upi.edu
Buzina, W., D. Lang-Loidolt, H. Braun, K. Freudenschuss, and H.
Stammberger. (2001). “Development Of Molecular Methods For Identification Of Schizophyllum Commune From Clinical Samples”. J Clin Microbiol. 39, 2391-2396.
Campbell, N. A., Reece, J. B., Taylor, M. R., Simon, E. J., and Dickey, J. L. ( 2009). Biology Concept and Connections 6 th ed. San
Fransisco: Pearson Benjamin Cummings.
Carvalho, C.M., Meirinho, S., Estevinho, M.L., and Choupina, A. (2010).
“Yeast Species Associated With Honey: Different Identification Methods”. Arch Zootech. 59, (225), 103-113.
Castle, A., Speranzini, D., Rghei, N., Alm, G., Rinker, D., and Bissett, J.
(1998). “Morphological and Molecular Identification of Trichoderma
Isolates on North American Mushroom Farms”. Appled and Environmental Microbiology. 64. (1). 133-137.
Cavalli-Sforza L.L., and Edward, A.W.F. (1997).” Phylogenetic Analysis: Models and Estimation Procedures”. American Journal of Human Genetic. 19. (3). 233-257.
Chacko, J.T., and Subramaniam, K. (2011). “Enzymatic Degradation Of Azo
Dyes- A Rivew”. International Journal Of Environmental Sciences.
1, (6), 1250-1260.
Charumathi, D., and Das, N. (2010). “Removal Of Synthetic Dye Basic Violet 3 By Immobilised Candida Tropicalis Grown On Sugarcane
Bagasse Extract Medium”. International Journal Of Engineering Science and Technology. 2, (9), 4325-4335.
Chenuil, A. (2006). ”Choosing The Right Molecular Genetic Markers For Studying Biodiversity : from molecular evolution to practical
aspects”. Genetica. 127, (1), 101-120.
Corbman, B. P. (1983). “Textiles: Fiber to fabric”. McGraw-Hill. ISBN 0-07-066263-3. 201-222.
Couta, S.R. (2009). “Dye removal by immobilized fungi”. Biotech Adv. 27, 227-235.
Dorthy, A.M., Sivaraj, R., and R, Venckatesh. (2012). “Decolorization of Reactive Violet – 2RL Dye by Aspergillus flavus and Aspergillus
53
Faramita Muthmainah, 2013
Identifikasi Morfologi Dan Molekuler Fungi (Isolat Ry) Yang Dapat Mendegradasi Pewarna Sintetik Universitas Pendidikan Indonesia | repository.upi.edu| perpustakaan.upi.edu
Fell, J.W., Boekhout, T., Fonseca, A., Scorzetti, G., and Statzell-Tallman, A.
(2000). “Biodiversity and Systematic of Basidiomycetous Yeasts as
Determined by Large Subunit rDNA D1/D2 Domain Sequnce
Analysiss”. J Syst Evol Microbiol. 50, 1351-1371.
Fu, Y., and Viraraghavan, Y. (2004). “Removal of Congo red from an aqueous solution by fungus Aspergillus niger”. Adv. Environ. Res. 7, 239-247.
Gilman, G. C. (1975). “A Manual of Soil Fungi 2nd Indian Reprint”. Oxford
and IBH Publishing CO: New Delhi.
Hadibarata, T., Yusoff, A. R, Aris A, Salmiati, Hidayat T, and Kristanti R.A., (2011). “Decolorization of Azo, Triphenylmethane, and Anthraquinone Dyes by Laccase of a Newly Isolated Armillaria sp”. F022. Water Air Pollution.
Handoyo, D. and Rudiretna, A. (2000). “Prinsip Umum dan Pelaksanaan
Polymerase Chain Reaction (PCR)”. Unitas. 9, (1), 17-29.
Hao, O. J., Hyunook, K., and Chiang, P. (2000). “Decolorization of wastewater”. Environmental science and technology. 30, 449-505.
Hatakka, A. (1994). “Lignin Modifying Enzymes From Selected White-Rot
Fungi : Production and Role in Lignin Degradation”. FEMS Microbiol Rev. 13. 125-135.
Hidayah, N. (2012). “Molecular Identification of Fungus that Capable to Degrade Synthetic Dye”. Universitas Teknologi Malaysia. 1-50.
Hidayat, T and Pancoro, A. (2006). “Sistematika dan Filogenetika
Molekuler”. Makalah pada Kursus Singkat Aplikasi Perangkat Lunak
PAUP dan MrBayes untuk Penelitian Filogenetika Molekuler. Bandung: Institut Teknologi Bandung.
Hillis, D.M., and Dixon, M.T. (1991). “Ribosomal DNA: Molecular Evolution and Phylogenetic Inference. The Quarterly Review of Biology. 66, (4), 441-453.
Hillis, D.M., Moritz, C., and Mable, B.K. (1996). Molecular Systematic
2nd Edition. Sinaeur Associates: Massachusetts.
Ismanto, (2012). “Bab VI Fungi”. [Online]. Tersedia:
http://www.ittelkom.ac.id/admisi/elearning/prog3.php?proses=1&kd= Bio-010601. [23 Agustus 2013].
54
Faramita Muthmainah, 2013
Identifikasi Morfologi Dan Molekuler Fungi (Isolat Ry) Yang Dapat Mendegradasi Pewarna Sintetik Universitas Pendidikan Indonesia | repository.upi.edu| perpustakaan.upi.edu
by White Rot Fungi and the Production of Ligninolytic Enzymes”. The Korean SocietyOf Mycology. 36, (2), 114-120.
Kolli, S. C., Nagamani, A., and Rahel, R. Y. (2012). “Growth Response of Trichoderma Isolates Against Varying pH Levels”. International
Journal of Environmental Biology. 2. (4). 180-182.
Kumaran, N.S., and Dharani, G. (2011). “Decolorization Of Textile Dyes By White Rot Fungi Phanerocheate Chrysosporium and Pleurotus
Sajor-Caju”. Journal of Applied Technology in Enviromental Sanitation. 1,
(4), 361-370.
Lafontaine D. L. J., and Tollervey. D. (2001). “The Function and Synthesis
of Ribosomes”. [Online]. Tersedia: http: // www. nature. com/ nrm/ journal/ v2/ n7/ fig_tab/ nrm0701_514a_F2. html. [4 Oktober 2013].
Machado, K.M.G., Matheus, D. R., and Bononi, V.L.R. (2005).
“Ligninolytic enzymes production and remazol brilliant blue R decolorization by tropical brazilian basidiomycetes fungi”. Brazilian
Journal of Microbiology. 36, 246-252.
Machado, K.M.G., Compart, L. C. A., Morais, R. O., Rosa, L. H., and Santos, M. H. (2006). “Biodegradation Of Reactive Textile Dyes By Basidiomycetous Fungi From Brazilian Ecosystems”. Brazilian Journal of Microbiology. 37, 481-487.
Madigan, M. T., Martinko, J. M., Dunlap, P. V., and Clark, D. P. (2009).
Biology of Microorganism Twelfth edition. San Fransisco: Pearson
Benjamin Cummings.
Mauro,V.P. and Edelman,G.M. (2002). “The Ribosome filter
Hypothesis”. Proc. Natl Acad. Science. USA. 99, 12031-12036.
Meyer, A., Todt, C., Mikkelsen, N. T., and Lieb, B. (2010). “Fast evolving 18S rRNA sequences from Solenogastres (Mollusca) resist standard PCR amplification and give new insights into mollusk substitution rate heterogeneity” . BMC Evolutionary Biology. 10. (70).
Molinari, R., Pirillo, F., Falco, M., Loddo, V., and Palmisano, L., (2004). “Photocatalytic degradation of dyes by using a membrane reactor”. Chemical Engineering Process. 43, 1103-1114.
Moore, P.B. and Steitz, T.A. (2002). :”The involvement of RNA in ribosome
function”. Nature. 418, (6894), 229-235.
Moreira, M.T., Mielgo, I., Feijoo, G., and Lerna, J. M. (2000).
55
Faramita Muthmainah, 2013
Identifikasi Morfologi Dan Molekuler Fungi (Isolat Ry) Yang Dapat Mendegradasi Pewarna Sintetik Universitas Pendidikan Indonesia | repository.upi.edu| perpustakaan.upi.edu
Murray, P. R. (1990). Medical Microbiology. St Louis: Mosby.
Naidu, M.P. and Aruna P. (2013). Decolourization of Selected Procion Dye Using Fungi, Acremonium chrysogeum, A Comparison With Physical Absorbents. International Journal of Applied Biology and
Pharmaeutical Technology. 4. (3). 117-123.
Nei, M. (1996). “Phylogenetic Analysis in Molecular Genetic”. Ann Rev Genet. 30. 371-403.
Pavko, A. (2011).” Fungal Decolourization and Degradation of Synthetic
Dye Some Chemical Engineering Aspects”. Intech. 4, 65-88.
Perdomo, H., Sutton, D. A., Garcia, D., Fothergill, A. W., Cano, J., Gene, J., Summerbell, R. C., Rinaldi, M. G., and Guarro, J. (2011). “ Spectrum of Clinically Relevant Acremonium Species in the United States”.
Journal of Clinical Microbiology. 49. (1). 243-256.
Photita, W., Taylor, P.W.J., Ford, R., Hyde, K. D., and Lumyong, S. (2005).
“Morphological and molecular characterization of Colletotrichum species from herbaceous plants in Thailand”. Fungal Diversity. 18,
117-133.
Priyadarsini, R.I., Bhuvaneswari, V., and Kumar, K.S. (2011). “Isolation Identification and Phylogenetic Analysis Of White Rot Fungus and
Heterologous Expression Of Gene Encodding Laccase”. Journal Applied Sciences in Environmental Sanitation. 6, (1), 69-83.
Rahman, A., Begum, M.S., Rahman, M., Bari, M.A., Ilias, G. N. M., and
Alam, M. S. (2011). “Isolation and Identification of Trichoderma
Species from Different Habitats and Their use for Bioconvertion of
Solid Waste ”. Turk J Biol. 35. 183-194.
Ratnayani, K., Yowani, S. C., and Liangki, S. S. (2009). “Amplifikasi Fragmen 0,4 kb Daerah D-Loop DNA Mitokondria Lima Individu
Suku Bali Tanpa Hubungan Kekerabatan Dengan Metode PCR”. Jurnal kimia. 3. (1). 14-20.
Sadhasivam, S., Savitha, S., and Swaminathan, K. (2009). Redox- Medited Decolourization of Recalcitrant Textile Dye by Trichoderma
harzianum WL1 Laccase. World Journal Microbiol Biotechnol. 25.
1733-1741.
Saranraj, P., Sumathi, V., Reetha, D., and Stella, D. (2010). Fungal Decolourization of Direct Azo Dyes and Biodegradation of Textile Dye Effluent. Journal of Ecobiotechnology. 2. (7). 12-16.
Sarles, W. B., Frazier, W. C., Wilson, J. B., and Knight, S. G. (1956).
56
Faramita Muthmainah, 2013
Identifikasi Morfologi Dan Molekuler Fungi (Isolat Ry) Yang Dapat Mendegradasi Pewarna Sintetik Universitas Pendidikan Indonesia | repository.upi.edu| perpustakaan.upi.edu
Selvam, K., Priya, M. S., and Yamuna, M. (2012). “Decolourization of Azo
Dyes and Dye Industry Effluents by Lignin Degrading Fungus
Trametes versicolor”. International Journal of Pharmaceutical and Biological Archives. 3. (3). 666-672.
Shahriarinour, M., Wahab M.N.A., Ariff A, and Mohamad R. (2011). “Screening, isolation and selection of cellulolytic fungi from oil palm empty fruit bunch fibre”. Biotechnology Journal. 10, 108-113.
Smith, B.J. and Black, L.L. (1990). “Morphological, cultural and pathogenic variation among Colletotrichum species isolated from strawberry”. Plant Disease. 74, 69-76.
Srikulnath, K .(2010). “FISH as a chromosome identification strat- egy to delineate karyotypic evolution in vertebrates”. Thai J Genet. 3. 120-136.
Sugita, T., and Nishikawa, A. (2003). “Fungal Identification Method Based
on DNA Sequence Analysis: Reassessment of the Method of the
Pharmaceutical Society of Japan and the Japanese Pharmacopoeia”.
Journal of Health Science. 49, (6), 531-533.
Sunitha, V. H., Ramesha, A., Savitha, J., and Srinivas, C. (2012). “Amylase
Production by Endophytic Fungi Cylindrocephalum sp Isolated From Medicinal Plant Alpinia calcarata (HAW) Rosco”. Brazilian Journal of Microbiology. 1213-1221.
Sutton, S.V.W. and A.M. Cundell. (2004). “Microbial Identification in the
Pharmaceutical Industry”. Pharmacopeial Forum. 30, 1884-1894.
Tariq, V. (2012). “Hypal Ultrastructure”. [Online]. Tersedia: http://www. fungionline.org.uk/3hyphae/1hypha_ultra.html. [10 September 2013].
Tobin, J. M., White, C., and Gadd, G. M. (1994). “Metal accumulation by Fungi: Applications in Environmental Biotechnology”. J. Ind.
Microbiol. 13, 126-130.
Verma, P. and Madamwar, D. (2003). “Decolorization of synthetic dyes by a newly isolated strain of Serratia marcescens”. World. J. Microbiol.
Biotechnol. 19, 615–618.
Youssef, A. S., El-Sherif, M. F., and El-Assar, S. A. (2008). Studies on The Decolorization of Malachite Green by The Local Isolate Acremonium