• Tidak ada hasil yang ditemukan

Filogenetika Kemenyan Toba (Styrax sumatrana) Berdasarkan Sekuen DNA Kloroplas trnL-trnF

N/A
N/A
Protected

Academic year: 2017

Membagikan "Filogenetika Kemenyan Toba (Styrax sumatrana) Berdasarkan Sekuen DNA Kloroplas trnL-trnF"

Copied!
14
0
0

Teks penuh

(1)

TINJAUAN PUSTAKA

Taksonomi Pohon Kemenyan Toba

Tanaman kemenyan (Styrax sumatranaJ.J.SM) dalam sistematikatumbuhan dapat

diklasifikasikan sebagai berikut :

Divisio : Spermatophyta

Sub divisio : Angiospermae

Kelas : Dicotyledonae

Ordo : Ebeneles

Family : Styraceae

Genus : Styrax

Spesies : Styrax sumatrana J.J.SM (Oetomo, 1974)

Tempat tumbuh kemenyan terdapat pada ketinggian antara 600-2000

mdpl, namun di Tapanuli Utara kemenyan tumbuh baik pada ketinggian

1000-1500 mdpl. Heyne (1987) menambahkan bahwa kemenyan toba mampu tumbuh

baik pada tanah yang kaya humus dengan kelembapan cukup tinggi, berdrainase

baik, curah hujan rata-rata 2000 mm/tahun dengan temperature 180-230°C dan

dapat tumbuh baik pada topografi bergelombang sampai berbukit.

Van Steenis (1953) menyebutkan bahwa secara umum hanya 4 jenis

yangdibudidayakan dan bernilai ekonomi yaitu: kemenyan toba (Styrax

paralleloneurumPERK), kemenyan durame (Styrax benzoine DRYAND),

kemenyan bulu (Styrax benzoinevar. hiliferum) dan kemenyan siam (Styrax

tonkinennsis).Umumnya masyarakat di Tapanuli dan Dairi, Provinsi Sumatera

(2)

banyak dikembangkan di Indonesia, namun telah dirintispenguasaan budidayanya

oleh Balai Penelitian Kehutanan Sumatera(BPK Pematanag Siantar).

Morfologi Pohon Kemenyan

Pohon

Kemenyan termasuk pohon besar, tinggi dapat mencapai 20 – 40mdan

diameter batang mencapai 60 – 100 cm. Batang lurus denganpercabangan sedikit.

Kulit beralur tidak terlalu dalam (3 - 7 mm) dengan warna kulit merah anggur

(Jayusman, 2014). Pohon ini terdapat di daerah pegunungan pada ketinggian

600-1000 m di atas permukaan laut (Heyne, 1987).

Daun

Kemenyan berdaun tunggal dan tersusun secara spiral. Daun

berbentukoval bulat, bulat memanjang (ellips) dengan dasar daun bulat

denganujung runcing. Sebelah atas daun berwarna hijau dan sebelah

bawahberwarna kekuning-kuningan dengan pinggiran daun rata. Panjang

daunmencapai 4 - 15 cm, lebar daun 5 - 7,5 cm, tangkai daun 5 – 13 cm,helai daun

mempunyai nervi 7 - 13 pasang. Warna daun jenis Toba lebihgelap kecoklatan

dan lebih tebal dibandingkan jenis Durame dan Bulu (Jayusman, 2014).

Kemenyan berdaun majemuk, berbentuk bulat telur, tersebar, panjang 8-14

cm, lebar 2-5 cm, tepi rata, ujung meruncing, pangkal tumpul, pertulangan

menyirip, hijau dan berambut (Tjitrosoepomo, 1994).

Bunga

Kemenyan berkelamin dua, dengan tangkai bunga memiliki panjang6-11

cm. Daun mahkota bunga 9 - 12 helai berukuran 2 -3 mm, kelopak dan mahkota

(3)

tahun. Waktu berbunga pada bulanNovember sampai Januari (Jayusman, 2014).

Bunga banci, aktinomorf, rangkaian berbentuk malai dan terdapat pada ketiak

daun (Tjitrosoepomo, 1994).

Buah dan biji

Buah Kemenyan berbentuk bulat gepeng dan lonjong berukuran 2,5 – 3

cm. Biji berukuran 15 - 19 mm, dengan warna coklat keputihan. BijiKemenyan

terdapat di dalam buah dengan kulit buah berukuran 1,75mm – 3,1 mm. Biji

kemenyan toba berwarna coklat tua dan lebih gelapdibandingkan jenis durame

dan bulu (Jayusman, 2014).

Manfaat Kemenyan

Usaha pelestarian tanaman penghasil senyawa bioaktif di Indonesia perlu

mendapat perhatian karena memiliki nilai ekonomi tinggi. Kemeyan tumbuh

dengan baik di hutan Sumatera Utara menjadi salah satu sumber penghasilan

masyarakat dibeberapa desa, yang dikenal dengan getah kemeyan. Pemanfaatan

kemenyan telah dikenal luas di Indonesia terutama sebagai bahan obat, baik

sebagai obat tradisional maupun industri rokok, batik dan upacara ritual. Lebih

dari itu tanaman kemenyan sebagai golongan Styrax mengandung senyawa kimia

yang dapat digunakan sebagai obat-obatan. Kemenyan memiliki banyak senyawa

bioaktif seperti asam sinamat dan turunannya yaitu senyawa kimia yang dapat

digunakan sebagai bahan baku untuk industri kosmetik dan obat-obatan.

Tanaman kemenyan prospektif dikembangkan untuk tanaman hutan

rakyat, hutan kemasyarakatan, rehabilitasi, sekat baker, penghara industri pulp,

(4)

bangunan rumah dan jembatan serta akarnya mengandung cairan berwarna

kemerah-merahan yang berfungsi sebagai insektisida (Rajagukguk, 2009).

Habitat dan Penyebaran

Burkil (1935) menjelaskan bahwa pohon kemenyan berasal dari

pantaibarat Sumatera, tumbuh secara alami dan telah banyak dibudidayakan.

Steenis (1953) menambahkan bahwa pohon kemenyan banyakditemukan di hutan

alam, hidup berkelompok dan bercampur dengantanaman lain.Pohon kemenyan

menyebar pada berbagai negara meliputi Malaysia,Thailand, Indonesia dan Laos.

Indonesia memiliki daerah sebaran pohon kemenyan di Pulau Sumatera, Pulau

Jawa bagian barat dan KalimantanBarat. Sumatera memiliki sebaran terluas,

terutama daerah Tapanuli danDairi. Diperkirakan hampir 67% dari luas kebun

kemenyan yang adadi Indonesia terdapat di daerah Tapanuli Utara. Pohon

kemenyan menyebar pada berbagai elevasi (60 m – 2100 m). Di daerah

Palembang (Sumatera Selatan) dan Tapanuli Selatan, pohon kemenyan banyak

ditemukan pada daerah dengan ketinggian 60 - 320 mdpl.

Sentra kebun kemenyan di Tapanuli Utara yang dikenalsecara luas

rata-rata berada pada ketinggian lebih dari 600 mdpl. Pohon kemenyan tidak

memerlukan persyaratan yang istimewa. Heyne (1987) menjelaskan pohon

kemenyan mampu tumbuh pada tanah-tanah tinggiyang berpasir, maupun tanah

lempung rendah di hutan alam. Mamputumbuh pada Andosol, Podsolik, Latosol,

Regosol, dan berbagai asosiasimulai tanah bertekstur berat sampai ringan, serta

tanah yang suburhingga kurang subur, tanah berpasir hingga tanah lempung

rendah dihutan alam, namun secara umum pohon kemenyan menghendaki

(5)

genangan air, sehingga untuk pertumbuhannya membutuhkantanah yang

porositasnya tinggi (mudah meneruskan/meresapkan air).Tumbuh baik pada

solum tanah yang dalam dengan pH tanah berkisar4 - 7, menghendaki bulan basah

yang tersebar merata sepanjang tahun.

Penanda Molekuler

Penanda molekuler merupakan fragmen sekuen DNA yang berhubungan

dengan bagian genom pembawa gen yang bertanggung jawab terhadap suatu

karakter tertentu (Bagali et al., 2010). Penanda molekuler ini bekerja dengan cara

memberi tanda bagian sekuen DNA yang mengalami polimorfisme dari individu

yang berlainan. Perbedaan tersebut meliputi insersi, delesi, translokasi, duplikasi

dan mutasi titik. Penanda molekuler ini bersifat stabil, dapat terdeteksi pada

semua jaringan tanpa dipengaruhi oleh status pertumbuhan, diferensiasi,

perkembangan maupun sistem pertahanan sel serta dapat diaplikasikan pada

bagian manapun dari genom (intron, ekson maupun daerah regulasi),

dapatmembedakan polimorfisme yang tidak menghasilkan variasi yang nampak

secara fenotip dan tidak dipengaruhi langsung oleh lingkungan (Mondini et al.,

2009).

Teknik molekuler telah diaplikasikan pada gen yang spesifik dalam upaya

meningkatkan pemahaman mengenai aksi gen, peta genetik dan pengembangan

teknologi transfer gen. Teknik molekuler juga memegang peranan penting dalam

studi filogeni dan evolusi suatu jenis serta digunakan dalam meningkatkan

pemahaman mengenai distribusi dan variasi genetik di antara dan antar jenis

(Mondini et al., 2009). Data molekuler yang diperoleh dari hasil analisis

(6)

menghasilkan lebih sedikit homoplasi dibandingkan dengan karakter morfologi,

merupakan indikator yang lebih nyata untuk filogeni serta menyediakan lebih

banyak karakter yang obyektif (Pryer et al., 1995).

DNA Kloroplasuntuk Analisis Genetika Populasi

DNA kloroplas merupakan molekul DNA sirkular yang ditemukan pada

kloroplas tanaman (Frankhamet al., 2010), bersifat stabil secara struktur, haploid,

non-rekombinan dan pada sebagian besar tumbuhan diwariskan dari induk betina

(Small et al., 2004). DNA kloroplas juga dapat dimanfaatkan untuk studi populasi

tanaman, deteksi hibridisasi, analisis keanekaragaman genetik maupun

filogeografi populasi tanaman (Mondini et al., 2009). Sekuen DNA kloroplas

banyak digunakan untuk mengetahui hubungan kekerabatan antar jenis pada

Angiospermae dan tumbuhan lainnya, namun lambatnya laju evolusi pada

molekul ini merupakan kekurangan untuk mengetahui hubungan kekerabatan di

dalam jenis (Taberlet et al., 1991).

Intergenic spacer (IGS) trnL-trnF dari genom kloroplas memiliki

variabilitas yang tinggi dan dapat digunakan untuk menganalisis strain yang

berbeda (Guzmán & Vargas, 2005). Penanda kloroplas telah digunakan secara

luas untuk penilaian filogenetik pada tumbuhan. Tingkat evolusi yang rendah dari

DNA kloroplas adalah kelemahan tebesar untuk hubungan antar jenis diantara set

sampel. Di sisi lain,urutan DNA noncoding dari genom kloroplas berkembang

dengan cepat, dan menyajikan sumber berharga untuk studi filogenetik. Karena

daerah noncoding DNA ini adalah hotspot mutasi, tRNA-Leu (trnL) intron, dan

intergenic spacer (IGS) diantara ekson trnL 3’ dan tRNA-Phe

(7)

intraspesies. Dengan demikian, konsensus primer digambarkan untuk

daerah-daerah noncoding (Türktaşet al., 2012).

trnL-trnF merupakan daerah yang terbentang dari trnL (UAA) 5’ ekson

hingga trnF (GAA) (Adjie et al., 2008). Gen plastid trnL (UAA) dan trnF (GAA)

merupakan gen pengkode RNA transfer dan di antara kedua gen tersebut terdapat

sekitar 1.000 bp sekuen daerah non-pengkode (intron dari trnL (UAA) dan

intergenic spacer (IGS) dari trnL-trnF (GAA) (Holt et al., 2005).

Daerah non-pengkode tersebut merupakan daerah yang menunjukkan

frekuensi mutasi paling tinggi dan mudah diamplifikasi maupun disekuen secara

langsung karena ukurannya yang tidak terlalu panjang (Taberlet et al., 1991).

Daerah non-pengkode pada genom kloroplas ini dianggap lebih sesuai untuk studi

filogenetik mulai dari tingkatan di dalam jenis hingga antar suku dibanding plastid

non-pengkode lainnya (Tsai et al., 2006). Daerah trnL-trnF (intron dan IGS) ini

dapat menghubungkan banyak sekuen melalui perbandingan basis data di tingkat

marga pada hampir seluruh keturunan tumbuhan darat.

(8)

Keterangan : Daerah trnL-trnF yang terbentang dari trnL (UAA) 5’ ekson hingga trnF

(GAA) dan dua daerah non-pengkode diantaranya (intron dan intergenic spacer (IGS))

serta primer universal yang digunakan untuk mengamplifikasi daerah tersebut (c-f)

(Taberlet et al., 1991).

Jumlah populasi yang besarmemungkinkan terbentuknya subpopulasi dan

meningkatkan angka kompetisi. Dampak darisubpopulasi yang dikhawatirkan

adanyainbreeding (perkawinan sedarah) yangmenjadikan populasi lebih rentan

terhadapkepunahan. Kompetisi dapat mengakibatkan perubahanperilaku

(adaptasi) yang memungkinkanterjadinya mutasi pada genotipe sehingggaterjadi

evolusi baik secara mikro maupun makro (Hendra et al., 2013).

Sekuensing merupakan metode yang digunakan untuk menentukan urutan

basa nukleotida (adenine, guanine, cytosine dan thymine). Sekuensing DNA dapat

dimanfaatkan untuk menentukan identitas maupun fungsi gen atau fragmen DNA

lainnya dengan cara membandingkan sekuens target dengan sekuens DNA lain

yang sudah diketahui. Teknik ini digunakan dalam riset dasar biologi maupun

berbagai bidang terapan seperti DNA barcoding, kedokteran, bioteknologi,

forensik, dan antropologi (Snustad & Simmons, 2003).

Kata Filogenetik (Phyolgenetics) berasal dari bahasa Yunani, phyle dan

phylon yang berarti suku dan ras, serta kata genetikos yang berarti kerabat dari

kelahiran. Filogenetik merupkan sebuah ilmu yang mempelajari mengenai

bagaimana keterhubungan organisme satu dan yang lainnya dilihat dari nenek

moyang terakhir yang dimilki bersama. Dimana pada nenek moyang tersebut

terdapat sebuah sifat khusus baik secara morfologi ataupun molekular yang masih

dimiliki oleh dua atau lebih organisme tersebut. Lalu saat diturunkan dari nenek

(9)

beberapa oganisme sehingga menyebabkan terpisahnya organisme tersebut dari

satu organisme, karena sudah merupakan organisme yang berbeda satu dan

lainnya. Melalui filogenetik, dapat diamati dengan lebih jelas bagaimana evolusi

dapat terjadi, bagaimana alur evolusi itu terjadi pada mahkluk hidup,

bagaimanakedekatan makhluk hidup yang satu dengan yang lainnya dan banyak

hal lainnya dapat dilihat melalui pendekatan dengan filogenetik ini (Mirabella,

2011).

Untuk menghindari terjadinya interbreeding antar spesies yang berbeda

dari nenek moyangnya, harus ada isolasi. Isolasi yang paling berpengaruh adalah

isolasi geografi dimana kelompok atau populasi terhalang oleh keadaan fisik

lingkungan seperti laut, gunung, gurun pasir, sungai, dan bukit. Isolasi genetik

yang disebabkan oleh satu atau lebih mutasi hanya dapat timbul sesudah

terjadinya isolasi geologi dalam waktu yang lama. Isolasi ini menghasilkan

perbedaan yang nyata antara kedua kelompok populasi. Apabila dua populasi

yang berbeda beradaptasi pada lingkungan yang berbeda, maka masing-masing

populasi akan mengakumulasi perbedaan-perbedaan yang terjadi dalam kumpulan

gen (perbedaan frekuensi alel dan genotip) (Henuhili, 2008).

Evolusi adalah perubahan struktur genetika populasi, paling sedikit terjadi

pada satu gen lokus. Proses evolusi akan mengakibatkan terjadinya keragaman

genetika pada organisme tidak terkecuali pada pohon hutan. Proses evolusi

tersebut meliputi: mutasi (mutation), migrasi (migration), hanyutan genetika

(genetic drift), seleksi (selection) dan sistem perkawinan (mating system).

(10)

konservasionis untuk konservasi genetika sumber daya pohon, dan pemulia

(breeder) sebagai dasar untuk pemuliaan pohon (Finkeldey, 1998).

METODE PENELITIAN

Lokasi dan Waktu Penelitian

Penelitian ini dilakukan pada bulan Mei hingga September 2016.

Pengambilan sampel dilaksanakan di Kabupaten Humbang Hasundutan,

Kabupaten Pakpak Bharat, dan di kawasan hutan Batang Toru Blok Barat,

Kabupaten Tapanuli Utara. Pengujian sampel dilakukan di Laboratorium

Silvikultur Fakultas Kehutanan Institut Pertanian Bogor, Bogor.

Alat dan Bahan Penelitian

Alat yang digunakan dalam penelitian ini antara lain plastik klip kedap

udara, gunting, tissue, GPS (Global Positioning System), meteran, sarung tangan,

masker, mortar, tabung mikro 1,5 mL dan 0,5 mL, rak tabung, rak tip, mikropipet,

vortex, water bath, sentrifuge, gelas kimia, timbangan, tabung erlenmeyer,

microwave, freezer, satu set alat elektroforesis, parafilm, spin down, mesin PCR

(Polymerase Chain Reaction) PTC-100 Programmable Thermal Cycler,tabung

PCR 0,5 mL, mesin UV transiluminator, mesin sekuenser, kamera digital.

Bahan penelitian untuk analisis keragaman genetik berupa daun

kemenyan toba (StyraxsumatranaJ.J.SM) yang diperoleh dari tiga lokasi geografis

yang berbeda di Sumatera Utara, yaitu Tapanuli Utara, Dairi, dan Humbang

Hasundutan, setiap populasi diambil sebanyak 10 individu, silika gel, aquades,

CTABextraction buffer, Natrium chloride (NaCl), 1 M Tris – HCl (pH 8,0),

(11)

TAE encer, etanol, buffer TE, pewarna GelRed, Blue Juice,loading dye, DNA

ladder,Nucleas Free Water (NFW), Green Go Taq, primer trnL-trnF.

Prosedur Penelitian

Sampel Daun

Studikeragamangenetikdan genetika populasi DNA

akandilakukanterhadap kemenyan toba (StyraxsumatranaJ.J.SM). Masing-masing

jenis akan diwakili oleh 10 individu yang diambil dari minimal tiga populasi yang

berbeda. Sehingga total semua sampel yang akan diekstraksi adalah 30 sampel

dari pohon yang berdiameter 11 hingga 40 cm dengan jarak antar pohon minimal

3 meter. Pengambilan sampel meliputi setidaknya 3 populasi berbeda dengan

tujuan untuk mengetahui ada tidaknya pengaruh sebaran geografis dalam variasi

genetik dan strukturisasi populasi pada setiap spesimen. Kemenyan toba atau S.

sumatranadiambil dari populasi yang berasal dariDesa Sosortolong Sihite III,

Kecamatan Doloksanggul, Kabupaten Humbang Hasundutan, Desa Pardomuan,

Kecamatan Sitellu Tali Urang Julu, Kabupaten Pakpak Bharat, dan di kawasan

hutan Batang Toru Blok Barat, Kecamatan Adiankoting meliputi desa Banuaji IV,

Kabupaten Tapanuli Utara. Bagian tumbuhan yang dijadikan target adalah daun

dewasa segar. Sampel daun dipotong dengan ukuran ± 2 cm x 2 cm dan kemudian

dimasukkan ke dalam plastik klip kedap udara yang telah diisisilika gel dengan

perbandingan 1:5, disimpan sampai semua sampel daun dariseluruh populasi

terkumpul.

Ekstraksi DNA

(12)

dilakukandenganmetode CTAB (Cetyl Trimethyl Ammonium Bromide) (Aritonang

et al., 2007) denganbeberapamodifikasi ringan pada beberapa tahapan. Sampel

digerus dengan menggunakan mortar hingga berbentuk tepung kemudian

dimasukkan kedalam tabung mikro 1,5 mL. Kemudian ditambahkan buffer

ekstrak 500 µl dan PVP 100 µl, diletakkan diatas vortex agar tepung daun dan

buffer ekstrak tercampur merata. Selanjutnya diinkubasi selama 45 menit sampai

dengan 1 jam di dalam water bath, setiap 15 menit tabung dibolak-balik sebentar

agar tidak terbentuk endapan. Setelah didinginkan ditambahkan chloroform 500 µl

dan fenol 5 µl untuk mendapatkan supernatan, kemudian diaduk lalu

disentrifugasi 10000 rpm selama 10 menit. Setelah itu supernatan dipindahkan ke

dalam tabung mikro yang baru dan ditambahkan chloroform 500 µl dan fenol 10

µl. Larutan diaduk dan kemudia disentrifugasi kembali dengan kecepatan 10000

rpm selama 10 menit. Dipindahkan kembali supernatan ke tabung mikro yang

baru dan ditambahkan isopropanol 500 µl dan NaCl 300 µl kemudian diinkubasi

dingin selama 1 jam.

Setelah itu disentrifugasi dengan kecepatan yang sama dan dibuang cairan

di dalam tabung dan ditambahkan etanol 70% 300 µl untuk memisahkan DNA

kemenyan dan disentrifugasi kembali. Cairan etanol di dalam tabung dibuang

hingga menyisakan cairan DNA yang menempel pada ujung tabung. Kemudian

tabung dibalik, dikeringkan di atas silica gel ± 15 menit. Ditambahkan larutan

buffer TE 50µl, lalu disentrifugasi dengan kecepatan 10000 rpm selama 3 menit.

Uji Kualitas DNA

Uji kualitas DNA menggunakan agarose sebagai media dan menggunakan

(13)

menggunakan agarose 1% yang dimasukkan ke dalam tabung erlenmeyer,

kemudian dipanaskan didalam microwave selama 2,5 menit hingga larutan jernih.

Setelah itu ditambahkan GelRed® atau pewarna agarose sebanyak 0,5 µl. Agarose

dicetak didalam wadah cetakan elektroforesis dan didinginkan hingga membeku.

Komponen yang dibutuhkan untuk elektroforesis DNA antara lain adalah DNA

kemenyan, DNA leader, dan loading dye (Blue Juice). Loading dye (Blue Juice)

sebagai pewarna DNA diletakkan diatas parafilm sebanyak 1 µl,dan ditambahkan

DNA kemenyan sebanyak 3 µl. Dicampur dan diletakkan ke dalam pallete agarose

(sumur). DNA leader diletakkan di pallete agarose pada ujung sebelah kiri,

dengan catatan letak sumur cetakan pada sumbu negatif agar terjadi aliran energi.

Kemudian di elektroforesis selama 30 menit dan setelah itu agarose PCR

Amplifikasi PCR dilakukandengan volume final sebanyak 16µl,

selanjutnyaamplikondilihatdalam agarose 2%. Pembuatan agarose untuk PCR

sama dengan pembuatan agarose pada uji kualitas DNA. Komposisi PCR produk

dalam satu tabung mikro antara lain DNA sebanyak 2 µl, primer reverse 1µl,

primer forward 1 µl, NFW sebanyak 4 µl, dan Green GoTaq® sebanyak 8 µl.

Produk PCR dalam satu tabung mikro di spin down hingga tercampur merata.

PCR dilakukandenganmenggunakan mesin PCR (Polymerase Chain

Reaction) PTC-100 Programmable Thermal Cycler. Sampel dimasukkan ke

dalam blok PCR dan disusun secara seimbang. Tahap peleburan (denaturasi)

dengan suhu 94°C selama 30 detik, tahap penempelan (annealing) dengan suhu

55°C selama 30 detik, dan tahap pemanjangan (elongasi) dengan suhu 72°C

selama 1 menit. Visusalisai DNA dilakukan dengan mesin UV transiluminator

(14)

Sekuensing DNA

DNA kemenyan yang telah teramplifikasi kemudian dikirim ke PT.

Genetika Science di Singapura untuk dilakukan sekuensing.

Analisa Sekuens dan Analisa Data

Sekuen-sekuen yang menunjukan hasil amplifikasi yang jelas dan tidak

rancu selanjutnya dirakit menggunakan software perakitan nukleotida. Pada

penelitian ini perakitan nukleotida lebih jelas nya menggunakan software BioEdit

(Hall, 1999).Sekuen disejajarkan dengan menggunakan software MEGA 5.05

(Tamura et al., 2011) yang terdapat pada menu ClustalW (Larkin et al., 2007)

secara otomatis dan selanjutnya disesuaikan secara manual. Hasil sekuen

dibandingkan dengan database yang terdapat di National Center for

Biotechnology Information (NCBI).

Studi filogenetik dianalisis dengan menggunakan software MEGA 5.05

pada menu Phylogenymenggunakan metode Neighbor-Joining (NJ). Konsistensi

pohon filogenetik NJdiuji dengan metodebootstrap (Felsenstein, 1985) sebanyak

1.000 kali ulangan. Jarak genetik antar sampel dianalisis dengan metode Kimura

2-parameter (K2P) (Kimura, 1980). Untuk studi filogenetik terhadap beberapa

jenis kemenyan dengan primer trnL-trnF dapat diperoleh dari pangkalan data

sekuens-sekuensberbagaijenisStyrax yang sudahterdeposit di NCBI, urutan DNA

kemudian dijajarkan dengan Mega 5.05 menggunakan Align by Musclelalusetelah

Gambar

Gambar 1. Bagian-bagian pada daerah trnL-trnF.

Referensi

Dokumen terkait

Belum adanya penelitian mengenai pengaruh penuaan terhadap pulpa pada lansia di kota Medan dan sekitarnya mendorong peneliti untuk melakukan penelitian

Faktor utama yang mempengaruhi rentabilitas ekonomi adalah profit margin, yang menunjukkan efisiensi biaya perusahaan pada penjualan tertentu yaitu dengan membagi laba

Perubahan pulpa tersebut antara lain: kamar pulpa yang berkurang seiring dengan pembentukan dentin sekunder yang terjadi, peningkatan jumlah dan ketebalan serat

Dari analisis pengaruh motivasi kerja terhadap OCB dalam penelitian ini diketahui bahwa motivasi kerja berpengaruh positif dan signifikan terhadap OCB maka

Penelitian ini dilatarbelakangi oleh Implementasi Peraturan Daerah Kota Banjar Nomor 20 Tahun 2004 Tentang Ketertiban, Kebersihan dan Keindahan oleh Satuan Polisi

The Rainforest Alliance works to conserve biodiversity and ensure sustainable livelihoods by transforming land-use practices, business practices and consumer behavior. The

Pengetahuan dan keterampilan petugas dalam melakukan skoring sangat penting dalam pelaksanaan penjaringan suspek tuberkulosis anak, karena skoring adalah sistem

Perlakuan konsentrasi giberelin berpengaruh nyata terhadap parameter persentase potensi tumbuh, persentase benih mati dan indeks vigor. Interaksi lama pemanasan