Identifikasi Gen Halogenase Dari Alteromonas luteoviolaceus Penghasil Antibiotik Pentabrompseudilin Secara Hibridisasi
Sri Mulyani, Okid Parama Astirin
Tujuan jangka panjang dari penelitian ini adalah membuktikan adanya kemiripan jalur biosintesis teresterial antibiotic pentaklorpseudilin dari Actinoplanes sp. ATCC 33002 dan marine antibiotic pentabrompseudilin dari Alteromonas luteoviolaceus. Pembuktian tersebut dilakukan secara analisis genetic dengan terlebih dahulu dilakukan isolasi biosintetic gene cluster dari pentabrompseudilin tersebut. Sementara ini petensial biosintetic gen cluster dari pentaklorpseudilin sudah diidentifikasi oleh grup penelitian Prof. Dr. K.-H. van Pee di TU Dresden, akan tetapi belum dipublikasikan (Mann, 2005). Pentaklorpseudilin dan pentabrompseudilin mempunyai struktur yang mirip dan hanya berbeda pada atom-atom halogen yang diikatnya. Hasil pembuktian ini akan memberikan tambahan informasi dan memperkaya khasanah ilmu pengetahun tentang metabolism antibiotic khususnya yang mengandung senyawa halogen, dapat sebagai acuan mekanisme obat dalam eksplorasi obat baru untuk menghadapai masalah resistensi yang akhir-akhir menjadi masalah dunia. Target khusus yang akan dicapai dalam penelitian ini adalah mengidentifikasi adanya gen halogenase dalam DNA kromosom A. luteoviolaceus pengahasil pentabrompseudilin secara hibridisasi dengan menggunakan probe DNA gen halA/B dari Actinoplanes sp. ATCC. Selanjutnya gen halogenase yang teridentifikasi diisolasi dengan menggunakan vector untuk sequencing (pBluescript SK dan pUC19).
Untuk mencapai tujuan di atas, maka penelitian akan dilakukan mengikuti pendekatan dan metode yang lazim digunakan dalam penelitian molecular biologi. Tahap awal penelitian ini adalah isolasi total DNA A. luteoviolaceus dengan 2xKirby mix (Hopwood et al, 1985) dan DNA plasmid pEThalB yang mengandung gen halA/B dari Actinoplanes sp. ATCC dengan metode lisis alkali (Sambrook et al, 2001). Tahap selanjutnya adalah suothern blotting DNA kromosom yang sudah dipotong dengan enzim BamHI, Eco RI, HindIII, PstI,dan SacI ke dalam membran nitroselulosa dan dihibridisasi dengan probe DNA (halB) yang dilabel dengan DIG. Prosedur analisis Southem, pelabelan probe dengan DIG, hybridisasi, dan deteksinya dilakukan berdasarkan rekomendasi dari Roche. Untuk deteksi gen tersebut juga dilakukan dengan metode PCR. Fragment-fragment DNA A. luteoviolaceus yang memberikan signal tunggal positif selanjutnya diisolasi dan dikloning ke dalam plasmid untuk sekuensing (pBluescript SK). Penelitian ini dilakukan secara bertahap dalam dua tahun.
