Terjadinya penangkapan sumberdaya ikan di suatu perairan secara berlebihan disebabkan oleh: (1) meningkatnya jumlah penduduk sehingga meningkatkan tekanan terhadap sumberdaya, termasuk perikanan tangkap; (2) sumberdaya ikan bersifat akses terbuka, sehingga setiap orang berhak untuk melakukan penangkapan secara bebas dan; (3) gagalnya manajeman perikanan` (DKP 2003a). Laju eksploitasi sumberdaya ikan yang tinggi dan melebihi daya dukungnya berdampak langsung terhadap keberlanjutan ketersediaan sumberdaya, mempercepat proses kerusakan sumberdaya ikan dan menurunnya pertumbuhan ekonomi jangka panjang dengan cepat dan tidak dapat dihindari. Model pembangunan dimasa mendatang tidak lagi sesuai dengan prinsip-prinsip pembangunan perikanan berkelanjutan.
Pemanfaatan sumberdaya ikan umumnya didasarkan pada konsep hasil maksimum yang lestari (Maximum Sustainable Yield) atau juga disebut dengan MSY. Konsep MSY berangkat dari model pertumbuhan biologis, agar ikan dapat dimanfaatkan secara maksimum dalam waktu yang panjang melalui keseimbangan biologi dari sumberdayatersebut (Schaefer, 1957).
Dalam mengelola sumberdaya perikanan, maka perlu menentukan jumlah tangkapan yang diperbolehkan (JTB) atau Total Allowable Catch (TAC) yang akan didistribusikan menjadi porsi nasional (Domestic Harvesting Capacity). Besarnya TAC biasanya dihitung berdasarkan nilai hasil tangkapan maksimum lestari (MSY). Jumlah tangkapan yang diperbolehkan dari seluruh potensi sumberdaya ikan adalah sekitar 80% dari potensi lestari (DKP, 2002).
Menurut teori bioekonomi untuk perikanan komersial menyatakan bahwa tingkat optimal secara sosial dari effort dan panen ditentukan oleh dinamika biologi dari stok dan ekonomi dari industri (seperti biaya input dan harga output). Hal ini karena masyarakat telah tertarik dalam konservasi stok dan keuntungan dari industri. Tanpa pembatasan masuk atau effort, pemanenan akan berlanjut sampai break event point yaitu suatu tingkat upaya dimana total penerimaan hanya
mampu menutupi total biaya dan dikenal sebagai open access equilibrium (OAE). Pada kondisi seperti ini secara sosial tidak efisien karena effort terlalu tinggi (Gordon, 1954).
Pengelolaan sumberdaya ikan banyak didasarkan pada faktor biologis semata dengan pendekatan yang disebut Maximum SustainableYield (MSY) yaitu tangkapan maksimum yang lestari. Inti pendekatan ini adalah bahwa setiap spesies ikan memiliki kemampuan untuk berproduksi yang melebihi kapasitas produksi (surplus), sehingga apabila surplus ini dipanen (tidak lebih dan tidak kurang), maka stok ikan akan mampu bertahan secara berkesinambungan. Akan tetapi, pendekatan pengelolaan dengan konsep ini belakangan banyak dikritik oleh berbagai pihak sebagai pendekatan yang terlalu sederhana dan tidak mencukupi. Kritik yang paling mendasar diantaranya adalah karena pendekatan MSY tidak mempertimbangkan sama sekali aspek sosial ekonomi pengelolaan sumberdaya alam (Fauzi, 2000).
Kesediaan sumberdaya ikan sangat penting bagi pembangunan yang berbasis sumberdaya (resource-based development). Tanpa sumberdaya ikan, pembangunan perikanan tidak akan ada. Oleh karena itu, pengelolaan sumberdaya ikan adalah jantungnya pembangunan perikanan. Jika ada upaya untuk mengelola sumberdaya ikan, secara implisit hal tersebut berarti menyusun langkah-langkah untuk membangun perikanan. Sebab itu, tujuan mengelola sumberdaya sering juga disamakan dengan tujuan pembangunan perikanan (Nikijuluw, 2002).
Efisiensi dalam usaha penangkapan ikan sulit untuk diukur. Hal ini, terkait dengan adanya ketidakpastian dalam usaha penangkapan ikan. Dimana penghasilan yang diperoleh juga terkait dengan musim -musim ikan (Kusnadi, 2002) dan nelayan tidak bisa mengendalikan usaha penangkapannya. Disamping itu rusaknya ekosistem sumberdaya laut yang disebabkan berbagai eksternalitas negatif dan penangkapan ikan secara berlebihan telah menekan kehidupan para nelayan.
Produksi (h) pada perikanan tangkap dapat diasumsikan sebagai fungsi dari upaya (E) dan stok ikan (x). Secara matematis dapat ditulis; h = f (x,E). Adapun upaya (effort) merupakan sarana yang digunakan untuk mengeksploitasi ikan pada suatu perairan. Effort didefinisikan indeks dari berbagai input seperti
tenaga kerja, perahu, alat tangkap, bahan bakar minyak, kekuatan mesin dan sebagainya yang dibutuhkan untuk suatu aktivitas penangkapan. Peningkatan effort yang terus menerus pada periode tertentu tanpa peningkatan produksi lestari, akan menyebabkan produksi hasil tangkapan turun bahkan mencapai nol pada upaya (effort) maksimum sehingga menimbulkan inefisiensi kapasitas perikanan tangkap. Dengan demikian, produksi lestari sangat tergantung pada kapasitas perikanan tangkap atau tingkat upaya yang memungkinkan (Kirkley and Squires, dalam Fauzi dan Anna, 2005). Dalam hal tersebut perlu diperhatikan efisiensi dari upaya (effort) untuk menghasilkan output berupa hasil tangkapan ikan (Fauzi, 2004).
Menurut Gulland (1983), indikator terjadinya over fishing ditunjukan dengan menurunnya ukuran ikan yang ditangkap, dan makin menurunnya CPUE. Berkurangnya jumlah dan komposisi spesies ikan merupakan indikator integritas biotik ekosistem perairan. Hal ini, diakibatkan selain oleh penangkapan berlebih juga oleh adanya tekanan terhadap perairan sehubungan dengan pemanfaatan lahan di wilayah pesisir terutama konversi kawasan mangrove menjadi tambak dan sebagainya.
Pendekatan ini pula yang dipergunakan sebagai kriteria oleh Bailey et al. (1987) dan FAO (2000), di dalam menentukan status pemanfaatan sumberdaya ikan di suatu perairan dikelompokkan menjadi 6 (enam) kelompok, yaitu :
(1) Unexploited,
Stok sumberdaya ikan berada pada kondisi belum tereksploitasi, sehingga aktivitas penangkapan ikan sangat dianjurkan di perairan ini guna mendapatkan keuntungan dari produksi.
(2) Higly exploited,
Stok sumberdaya ikan baru tereksploitasi dalam jumlah sedikit (kurang dari 25 persen MSY). Pada kondisi ini, peningkatan jumlah upaya penangkapan sangat dianjurkan karena tidak mengganggu kelestarian sumberdaya ikan dan hasil tangkapan per unit upaya (catch per unit effort)atau CPUE masih mungkin meningkat.
(3) Moderately exploited,
Stok sumberdaya ikan sudah tereksploitasi setengah dari MSY. Pada kondisi ini, peningkatan jumlah upaya penangkapan masih dianjurkan tanpa mengganggu kelestarian sumberdaya ikan, akan tetapi hasil tangkapan per unit upaya mungkin mulai menurun.
(4) Fully exploited,
Stok sumberdaya ikan sudah tereksploitasi mendekati nilai MSY. Disini peningkatan jumlah upaya penangkapan sangat tidak dianjurkan, walaupun hasil tangkapan masih dapat meningkat. Peningkatan upaya penangkapan akan mengganggu kelestarian sumberdaya ikan dan hasil tangkapan per unit upaya pasti turun.
(5) Over exploited,
Stok sumberdaya ikan sudah menurun, karena tereksploitasi melebihi nilai MSY. Pada kondisi ini, upaya penangkapan harus diturunkan agar kelestarian sumberdaya ikan tidak terganggu.
(6) Depleted,
Stok sumberdaya ikan dari tahun ke tahun jumlahnya mengalami penurunan secara drastis, dan upaya penangkapan sangat dianjurkan untuk dihentikan.