PENELAAHAN PUSTAKA A.Kanker Payudara
C. Prosedur penelitian 1. Pengunduhan struktur senyawa quinocide
3. Penambatan molekuler senyawa quinocide
Luaran dari SPORES ditambatkan menggunakan aplikasi PLANTS 1.2 dengan konfigurasi mengacu pada protokol yang telah dikembangkan Setiawati et al (2014) . Pada setiap satu kali penambatan (1 run), dilakukan tiga kali iterasi penambatan molekuler yang masing -masing menghasilkan 50 pose. Pada setiap iterasi diambil salah satu pose terbaik dan dilakukan analisis IFP dengan PyPLIF. Luaran dari setiap
run adalah 3 pose berupa skor ChemPLP dan data bitstring PLIF yang selanjutnya
diambil salah satu pose dengan nilai ChemPLP terbaik. Pada penelitian ini dilakukan seribu kali run yang bertujuan untuk memperoleh data seribu pose terbaik untuk setiap replikasi yang dilakukan (Fraulein 2015).
20
Analisis hasil dilakukan menggunakan perangkat lunak statistik R versi 3.0.2 (R Development Team, 2015) dan dengan protokol analisis yang telah dikembangan oleh Istyastono (2015). Hasil penambatan berupa skor ChemPLP dan PLIF bitstring yang selanjutnya dimasukkan pada decision tree melalui metode RPART dengan aplikasi statistik R 3.0.2 (R Development Team, 2015). Data dari hasil analisis akan menampilkan senyawa quinocide aktif sebagai ligan yang ditunjukkan dengan angka 1 atau tidak aktif sebagai ligan yang ditunjukkan dengan angka 0.
Selanjutnya visualisasi pose senyawa quinocide pada reseptor estrogen alfa menggunakan PyMOL 1.2 (Lill dan Danielson, 2011) dilakukan dengan memilih pose ikatan dengan kriteria :
1. Pose dengan bitstring 320 aktif dan skor ChemPLP terkecil. 2. Pose dengan skor ChemPLP terkecil.
3. Jika tidak ada pose ikatan yang aktif pada bitstring 320, dipilih pose ikatan dengan skor ChemPLP terkecil
21 penambatan ligan quinocide.
#!/bin/sh
> /home/enade/program/PLANTS/SPORES --mode settypes ligan.mol2 ligan_spores.mol2 > mkdir data_skripsi > cd data_skripsi > for i in $(seq 1 1000); > do > mkdir replikasi_$i >cd replikasi_$i > for j in $(seq 1 3); > do > mkdir iterasi_$j > cd iterasi_$j >cp/home/enade/program/master_ER/Bioinformation_Anita2012_ER-ANT/validated/WAT/VS/protein.mol2 . >cp/home/enade/program/master_ER/Bioinformation_Anita2012_ER-ANT/validated/WAT/VS/water.mol2 . >cp/home/enade/program/master_ER/Bioinformation_Anita2012_ER-ANT/validated/WAT/VS/plants.config . > cp ../../../ligan_spores.mol2 ligand_input.mol2 /home/enade/program/PLANTS/PLANTS1.2 --mode screen
plants.config >cp/home/enade/program/master_ER/Bioinformation_Radifar2013_P yPLIF/SI/config.txt . >cp/home/enade/program/master_ER/Bioinformation_Radifar2013_P yPLIF/SI/OHT.mol2 . >cp/home/enade/program/master_ER/Bioinformation_Radifar2013_P yPLIF/SI/ER_site.mol2 . > /home/enade/.pyplif/pyplif.py
> rm protein.mol2 water.mol2 plants.config ligand_input.mol2 config.txt OHT.mol2 ER_site.mol2
22
> echo "iterasi_$j `cat iterasi_$j.pyplif.tmp`" > iterasi_$j.pyplif.csv > cd .. > done > cat iterasi_1/iterasi_1.pyplif.csv iterasi_2/iterasi_2.pyplif.csv iterasi_3/iterasi_3.pyplif.csv > pyplif.tmp > sort -k3,3n pyplif.tmp | head -1 > pyplif.csv > cat pyplif.csv >> ../all_pyplif.csv
> cd ..
> tar -zcf replikasi_$i.tar.gz replikasi_$i > rm -rf replikasi_$i
> done
> for l in $(seq 1 1000) > do echo $l >> data.lst > done
> paste data.lst all_pyplif.csv > data_list_pyplif.csv
> sed "s/results\///g" data_list_pyplif.csv > tmp1.csv
> awk '{print $1","$2","$3","$4","$5}' tmp1.csv > col1_5.csv > awk '{print $6}' tmp1.csv | sed "s/0/0,/g" | sed "s/1/1,/g"
> bitstring.csv
> paste -d, col1_5.csv bitstring.csv > data.csv
> awk -F, 'BEGIN {OFS=","};{if($4<-84.82 && $325==1) hasil="aktif";
> else if($4<-118.40 && $325==0 && $122==1) hasil="aktif"; > else if($4<-118.40 && $325==0 && $122==0 && $206==1)
hasil="aktif";
> else if($4<-85.23 && $325==0 && $247==1 && $206==1) hasil="aktif";
> else if($4<-85.23 && $325==0 && $247==1 && $206==0 && $122==1 && $328==1) hasil="aktif";
23
$110==1) hasil="aktif";
> else if($4>=-118.40 && $325==0 && $247==0 && $416==0 && $478==1 && $475==0 && $175==1 && $176==1) hasil="aktif"; > else hasil="inaktif"} {print $1,hasil}' data.csv >
analisis_dectree.csv
> rm data.lst all_pyplif.csv data_list_pyplif.csv tmp1.csv col1_5.csv bitstring.csv
> cd ..
> tar -zcf data_skripsi.tar.gz data_skripsi > rm -rf data_skripsi
24
# scoring function and search settings
> scoring_function chemplp > search_speed speed2 # input > protein_file protein.mol2 > ligand_file ligand_input.mol2 # output > output_dir results
# write single mol2 files (e.g., for RMSD calculation)
> write_multi_mol2 0
# cluster algorithm
> cluster_structures 50
> cluster_rmsd 1.0
# binding site definition
> bindingsite_center 31.5746 -1.59038 25.5995
> bindingsite_radius 12.8348 # water
> water_molecule 22.565 -0.072 25.818 1 0 1
25
#!/bin/sh
> awk -F, 'BEGIN {OFS=","};{if($4<-84.82 && $325==1) hasil="aktif";
> else if($4<-118.40 && $325==0 && $122==1) hasil="aktif"; > else if($4<-118.40 && $325==0 && $122==0 && $206==1)
hasil="aktif";
> else if($4<-85.23 && $325==0 && $247==1 && $206==1) hasil="aktif";
> else if($4<-85.23 && $325==0 && $247==1 && $206==0 && $122==1 && $328==1) hasil="aktif";
> else if($4>=-118.40 && $325==0 && $247==0 && $416==1 && $110==1) hasil="aktif";
> else if($4>=-118.40 && $325==0 && $247==0 && $416==0 && $478==1 && $475==0 && $175==1 && $176==1) hasil="aktif"; > else hasil="inaktif"} {print $1,hasil}' data.csv >
26
Fenny Marisza Sihaloho lahir di Pekalongan pada tanggal 20 Mei 1995. Riwayat pendidikan formal yang telah ditempuh oleh penulis adalah TK Katolik Santo Yoseph, Pekalongan (2000-2001), SDN Medono 7, Pekalongan (2001-2007), SMPN 01 Pekalongan (2007-2010), SMAN 03 Pekalongan (2010-2013). Setamat dari pendidikan SMA, penulis melanjutkan pendidikan ke jenjang yang lebih tinggi di Fakultas Farmasi Sanata Dharma Yogyakarta. Selama menjalani perkuliahan, penulis mengikuti kegiatan organisasi kemahasiswaan seperti DPMF sebagai Anggota Publikasi & Informasi (PI) tahun 2014-2015 dan kegiatan kemahasiswaan seperti Anggota Publikasi, Dekorasi, dan Dokumentasi TITRASI tahun 2014 dan 2015, Koordinasi Publikasi, Dekorasi, dan Dokumentasi Pelepasan Wisuda 2013, dan kegiatan kepanitiaan lainnya.