Simpulan
1. Kemiripan genetik pada populasi tanaman kelapa dewasa lebih rendah dibandingkan dengan populasi progeninya.
2. Pola penyebaran serbuk sari yang menyebar ke segala arah dan memiliki jarak tempuh yang jauh mengindikasikan bahwa penyerbukan dibantu oleh vektor lebah.
3. Pohon kelapa berbuah normal yang berada di sekitar pohon kelapa berbuah kopyor dapat mengurangi jumlah produksi buah kelapa kopyor.
Saran
Penelitian lanjutan perlu dilakukan dengan menambah jumlah lokus yang dianalisis untuk meningkatkan akurasi data atau mencari marka lain yang bersifat kodominan namun lebih spesifik. Penetapan penggunaan sampel populasi sebaiknya lebih diperluas. Pengamatan pola penyebaran serbuk sari sebaiknya dilanjutkan dengan menggunakan populasi kelapa Dalam yang lebih bervariasi atau di lokasi lain.
51
DAFTAR PUSTAKA
Austerlitz F, Dick CW, Dutech C, Klein EK, Muratorio SO, Smouse PE, Sork VL. 2004. Using a genetic markers to estimate the pollen dispersal curve.
Mol. Ecol. 13:937-954.
Azrai M. 2006. Sinergi teknologi marka molekuler dalam pemuliaan tanaman jagung. Jurnal Litbang Pertanian. 25:81-89.
Blair AW, Williamson PS. 2009. Pollen dispersal in star cactus (Astrophytum
asterias). J Arid Environ. 74:525-527.
Boer D. 2007. Keragaman dan Struktur Genetik Populasi Jati Sulawesi Tenggara Berdasarkan Marka Mikrosatelit. [disertasi]. Indonesia (ID) : Institut Pertanian Bogor.
Brody JR, Kern SE. 2004. Sodium boric acid: a Tris-free, cooler conductive medium for DNA electrophoresis. BioTech. 36:214-6.
Cansian RL, Mossi AJ, Luccio MD, Cechet ML, Mazutti M, Echeverrigaray S. 2010. Molecular identification of pollen donor plants on a progeny of Cambona-4 female matrix of maté (Ilex paraguariensis St. Hil. – Aquifoliaceae). Acta Sci Biol Sci. 32:39-42.
Carneiro FS, Lacerda AEB, Lemes MR, Gribel R, Kanashiro M, Wadt LHO, Sebbenn AM. 2011. Effects of selective logging on the mating system and pollen dispersal of Hymenaea courbaril L. (Leguminosae) in the Eastern Brazilian Amazon as revealed by microsatellite analysis. Forest
Ecol Manag. 262:1758-1765.
Chan E, Elevitch CR. 2006. Cocos nucifera (coconut). Species Profile for Pasific Island Agroforestry. www.traditionaltree.org. Diakses 19 April 2013. Chen H, He H, Zou Y, Chen W, Yu R, Liu X, Yang Y, Gao YM, Xu JL, Fan LM
et al. 2001. Development and application of a set of breeder-friendly
SNP markers for genetic analyses and molecular breeding of rice (Oryza sativa L.). Theor Appl Genet. 123:869-879.
Creste S, Neto AT, Figueira A. 2001. Detection of single sequence repeat polymorphisms in denaturing polyacrylamide sequencing gels by silver staining. Plant Mol Biol Rep. 19:299–306.
Chakravarthi BK, Naravaneni R. 2006. SSR marker based DNA fingerprinting and diversity study in rice (Oryza sativa L.). African J Biotech. 5:684-688.
Dasanayaka PN, Everard JMDT, Karunanayaka EH, Nandadasa HG. 2009. Analysis of coconut (Cocos nucifera L.) diversity using microsatellite markers with emphasis on management and utilisation of genetic resources. J Natn.Sci Found Sri Lanka. 37:99-109.
Dunphy BK, Hamrick JL, Schwagerl, J. 2004. A comparison of direct and indirect measures of gene flow in the bat-pollinated tree Hymenaea courbaril in the dry forest life zone of south-western Puerto Rico. Int J Plant Sci. 165:427–436.
Evanno G, Regnaut S, Goudet J. 2005. Detecting the number of clusters of individuals using the software STRUCTURE:a simulation study. Mol
Ecol. 14:2611-2620.
Feng FJ, Sui X, Chen MM, Zhao D, Han SJ, Li MH. 2010. Mode of pollen spread in clonal seed orchard of Pinus koraiensis. J Biophys Chem. 1:33-39. Hamrick JL, Trapnell DW. 2011. Using population genetic analyses to understand
seed dispesal patterns. Acta Oecol. 37:641-649.
Hannum S, Hartana A, Suharsono. 2003. Kemiripan Genetika Empat Populasi Kelapa Genjah Berdasarkan Pada Random Amplified Polymorphic DNA.
Hayati J Biosci. 10:125-129.
Heliyanto B. 2010. Program penelitian kelapa kopyor (Cocos nucifera L.) di Balitka Manado. Di dalam: Elsje TT, Miftahorrachman, Meldy LAH, Arie AL, Abener L, Donata SP, Nurhaini M, editor. Prosiding Konferensi
Nasional Kelapa VII; 2010 Mei 26-27; Manado, Indonesia. Bogor (ID):
Pusat Penelitian dan Pengembangan Perkebunan. Hlm 138-143.
Hildebrand CE, Torney DC, Wagner RP. 1992. Informativeness of polymorphic DNA markers. Los Alamos Sci. 20: 100-102.
Iriani NR. 2011. Analisis Jarak Genetik Berdasarkan Marka SSRs dan Morfologi serta Analisis Daya Gabung untuk Pembentukan Hibrida Jagung Manis [disertasi]. Indonesia (ID) : Institut Pertanian Bogor.
Karp AS, Kresnovich, Bhat KV, Ayad WG, Hodgkin T. 1997. Molecular Tools in Plant Genetic Resources Conservation : A Guide to The Technologies.
IPGRI Technical Bulletin No.2. Italia (IT):International Plant Genetic
Resources Institute.
Kasno, Hasan HES, Efendi DS, Syaefuddin. 2010. Efektifitas 3 spesies lebah madu sebagai agen polinasi untuk meningkatkan produktivitas (>40%) biji jarak pagar (Jatropha curcas) pada ekosistem iklim basah. Jurnal
Konan KJN, Koffi KE, Konan JL, Lebrun P, Dery SK, Sangare A. 2007. Microsatellite gene diversity in coconut (Cocos nucifera L.) accessions resistants to lethal yellowing disease. African J Biotech. 6:341-347.
Lebrun P, Baudouin L, Bourdeix R, Konan JL, Barker JHA, Aldam C, Herran A, and Ritter E. 2001. Construction of a linkage map of the Rennel Island Tall coconut type (Cocos nucifera L.) and QTL analysis for yield characters. Genome. 44:962-970.
Lestari P, Koh HJ. 2013. Development of new CAPS/Dcaps and SNAP markers for rice eating quality. Hayati J Biosci. 20:15-23.
Liferdi L. 2008. Lebah Polinator Utama pada Tanaman Hortikultura. Iptek
Hortikultura. 4:1-5.
Liu XC, Wu JL. 1998. SSR heterotic patterns of parents for making and predicting heterosis. Mol Breed. 4:263-268.
Lowe A, Harris S, Ashton P. 2004. Ecological Genetics Design, Analysis and
Application. United Kingdom (GB): Blackwell Publishing.
Mallet J. 2001. Gene flow. Woiwod IP, Reynolds DR, Thomas CD , editor. Insect Movement: Mechanisms and Consequences. Wallingford (GB): CAB International.
Mammadov JA, Chen W, Ren R, Pai R, Marchione W, Yalcin F, Witsenboer H, Greene TW, Thompson SA, Kumpatla SP. 2010. Development of highly polymorphic SNP Markers from the complexity reduced portion of maize (Zea mays L.) genome for use in marker-assisted breeding. Theor Appl
Genet. 121:577-588.
Mammadov JA, Aggarwal R, Buyyarapu R, Kumpatla SP. 2012. SNP Markers and their impact on plant breeding. Int J Plant Genom. 2012:1-11.
Manju KP, Arunachalam V. 2011. Bioinformatic Prediction of SNP Markers in WRKY Sequences of Palms. Cord. 27:17-25.
Margarita MH, Alan WM, Lalith P, Joanne R, Raymond JS. 2010. Ambiguous genetic relationships among coconut (Cocos nucifera L.) cultivars: the effects of outcrossing, sample source and size, and method of analysis.
Genet Resour Crop Evol. 57:203-217.
Marshall TC, Slate J, Kruuk LEB and Pemberton JM. 1998. Statistical confidence for likelihood-based paternity inference in natural populations. Mol Ecol 7:639-655.
Martinez RT, Luc B, Angelique B, and Michael D. 2009. Characterization of the genetic diversity of the Tall coconut (Cocos nucifera L.) in the
Dominican Republic using microsatellite (SSR) markers. Tree Genet
Genom. 6:73-81.
Maskromo I. 2005. Kemiripan Genetik Populasi Kelapa Berbuah Kopyor Berdasarkan Karakter Morfologi dan Penanda DNA SSRs (Simple Sequence Repeats) [tesis]. Indonesia (ID) : Institut Pertanian Bogor. Maskromo I dan Novarianto H. 2007a. Potensi Genetik Kelapa Kopyor Genjah.
Warta Litbang Pertanian. 29:3-5.
Maskromo I, Mashud N, Hutapea R, Novarianto H. 2007b. Keragaman tipe kelapa kopyor di Indonesia. Di dalam: Elsje TT, Miftahorrachman, Meldy LAH, Arie AL, Abener L, Donata SP, Nurhaini M, editor. Prosiding Konferensi
Nasional Kelapa VI Buku II; 2006 Mei 16-18; Gorontalo, Indonesia.
Bogor (ID): Pusat Penelitian dan Pengembangan Perkebunan. Hlm 294-299.
Maskromo I, Mashud N, Novarianto H. 2007c. Potensi pengembangan kelapa kopyor di Indonesia. Warta Litbang Perkebunan. 13:4-6.
Maskromo I, Novarianto H, Sudarsono. 2011a. Fenologi Pembungaan Tiga Varietas Kelapa Genjah Kopyor Pati. Di dalam: Roedhy P, Slamet S, Anas D, Nurul K, Dewi S, Ketty S, Sintho WA, editor. Prosiding
Seminar PERHORTI Kemandirian Produk Hortikultura untuk Memenuhi Pasar Domestik dan Ekspor; 2011 Nov 23-24; Lembang, Indonesia.
Bogor (ID): Perhimpunan Hortikultura Indonesia. Hlm 1002-1010. Maskromo I, Novarianto H, Sukma D, Sudarsono. 2011b. Potensi Hasil Plasma
Nutfah Kelapa Kopyor Asal Kalianda, Pati, Sumenep dan Jember. Di dalam Ade I, Agung K, Dedi R, Farida D, Hawan M, Noladhi W, Suseno A, Windhy C, editor. Prosiding Seminar Nasional dan Pemanfaatan
Sumberdaya Genetik Lokal mendukung Industri Perbenihan dan Kongres PERIPI; 2011 Des 10; Bandung, Indonesia. Bandung (ID): Prodi
Pemuliaan Tanaman Fakultas Pertanian Universitas Padjadjaran. Hlm 499-506.
Maskromo I, Sudarsono, Novarianto H. 2012. Potensi Produksi Pohon Induk Kelapa Dalam Kopyor Asal Kalianda Lampung Selatan. Di dalam : Maya M, Sandra AA, Darda E, Ni MA, Sudarsono, Nita E, Syahbuddin AT, editor. Prosiding Simposium dan Seminar Bersama
Peragi-Perhorti-Peripi-Higi. 2012 Mei 1-2; Bogor, Indonesia. Bogor (ID): Departemen
Agronomi dan Hortikultura Fakultas Pertanian Institut Pertanian Bogor. Hlm 430-436.
Maskromo I. 2013. Kerjasama Pengembangan Kelapa Eksotik Di Provinsi
McCouch SR, Zhao K, Wright M, Tung CW, Ebana K, Thomson M, Reynolds A, Wang D, DeClerck G, Ali ML, et al. 2010. Development of genome wide SNP assays for rice. Breed Sci. 60:524-535.
Moeljopawiro S. 2007. Marka Mikrosatelit sebagai Alternatif Uji BUSS dalam Perlindungan Varietas Padi. Zuriat. 18:129-138.
Mohring S, Salamini F, Schneider K. 2004. Multiplexed, linkage group-specific SNP marker sets for rapid genetic mapping and fingerprinting of sugar beet (Beta vulgaris L.). Mol. Breed. 14:475-488.
Munarti. 2005. Analisis Keragaman Genetik Jati Asal Sulawesi Selatan Berdasarkan Marka Simple Sequence Repeat (SSR) [tesis]. Indonesia (ID) : Institut Pertanian Bogor.
Noel KKJ, Edmond KK, Konan KJL, Konan KE. 2011. Microsatellite gene diversity within Philippines dwarf coconut palm (Cocos nucifera L.) resources at Port-Bouet, Cote d’lvoire. Sci Res Essay. 6:5986-5992.
Novarianto H. 2008. Perakitan kelapa unggul melalui teknik molekuler dan implikasinya terhadap peremajaan kelapa di Indonesia. Pengembangan
Inovasi Pertanian. 1:259-273.
Novarianto H, Hartana A. 1995. Analisis kemiripan genetika kelapa koleksi plasma nutfah di kebun percobaan Mapanget, Sulawesi Utara. Hayati. 2:12-16.
Nybom H, Esselink GD, Werlemark G, Vosman B. 2004. Microsatellite DNA marker inheritance indicates preferential pairing between two highly homologous genomes in polyploid and hemisexual dog-roses, Rosa L. Sect. Caninae DC. Heredity. 92:139-150.
Pabendon MB, Azrai M, Kasim F, Mejaya MJ. 2007. Prospek penggunaan marka molekuler dalam program pemuliaan jagung. Jagung. Jakarta (ID):Pusat Penelitian dan Pengembangan Tanaman Pangan.
Pandin DS, Hartana A, Aswidinnoor H, Setiawan A. 2008. Pelacakan tetua populasi kelapa dalam mapanget no.32 (DMT-32) menggunakan analisis aliran gen (gene flow) berdasarkan penanda mikrosatelit (SSR). Jurnal
Litri. 14:131-140.
Pandin DS. 2009a. Inbreeding depression analysis based on morphological characters in four generations of selfed Mapanget Tall Coconut no. 32 (Cocos nucifera L.). Indonesian J Agr. 2:110-114.
Pandin DS. 2009b. Depresi Penangkaran Dalam Empat Generasi Penyerbukan
Tertutup Tanaman Kelapa Dalam Mapanget No.32 Berdasarkan Sifat Morfologi dan Penanda Mikrosatelit. [disertasi]. Indonesia (ID) : Institut Pertanian Bogor.
Powel W, Gordon CM, Jim P. 1996. Polimorphism revealed by simple sequence repeat. Trend Plant Sci. 1:215-221.
Prabha SS, Indira EP, Nair PN. 2011. Contemporary gene flow and mating system analysis in natural teak forest using microsatellite markers. Curr Sci. 101:1213-1219.
Prihatini I, Taryono, Rimbawanto A. 2006. Penggunaan Penanda Mikrosatelit untuk analisis induk Acacia mangium Willd. Jurnal Penelitian Hutan
Tanaman. 3:139-148.
Rajesh MK, Nagarajan P, Jerard BA, Arunachalam V, Dhanapal R. 2008. Microsatelitte variability of coconut accessions (Cocos nucifera L.) from Andaman and Nicobar Islands. Curr Sci. 94:1627-1632.
Ramirez VM, Tablat VP, Kevan PG, Morillo IR, Harries H, Barrera MF, Villareal DZ. 2004. Mixed mating strategies and pollination by insects and wind in coconut palm (Cocos nucifera L. (Arecaceae)): importance in production and selection. Agr. Forest Entomol. 6:155-163.
Ribeiro FE, Baudouin L, Lebrun P, Chaves LJ, Brondani C, Zucchi MI,
Vencovsky R. 2010. Population structure of Brazilian tall coconut (Cocos
nucifera L.) by microsatellite markers. Genet Mol Biol. 33:696-702.
Rohde W, Kullaya A, Rodriguez J, Ritter E. 1995. Genome analysis of Cocos
nucifera L by PCR Amplification of spacer sequences separating a subset
of copies-like EcoR1 repetitive elements. J Genet Breed. 49:170-186. Rohlf FJ. 1995. NTSYS-pc Numerical Taxonomy and Multivariate Analysys
System Version 2.0. New York (US): Exeter Software.
Sajib AM, M.M. Hossain, A.T.M.J. Mosnaz, H. Hossain, M.M. Islam, M.S. Ali, SH. Prodhan. 2012. SSR marker-based molecular characterization and genetic diversity analysis of aromatic landraces of rice (Oryza sativa L.).
J BioSci Biotech. 1:107-116.
Samonthe LJ, Mendoza EMT, Ilag LL, De La Cruz ND, Ramirez DA. 1989. Galactomannan degrading enzym in maturing normal and makapuno and germinating normal coconut endosperm. Phytochem. 28:2269–2273. Sangare A, Rognon F, de Nuce de Lemothe. 1978. Male and female phases in the
inflorescenceof the coconut. Oleagineux. 30:609-617.
Santos GA, Batugal PA, Othman A, Baudouin L, Labouisse JP. 1999. Manual on
standardized research techniques in coconut breeding (STANTECH).
Santoso U, Kubo K, Ota T, Tadokoro T, Maekawa A. 1996. Nutrient composition of kopyor coconuts (Cocos nucifera L.). Food Chem. 57:299-304.
Saptahadi D, Hartati RRS, Setiawan A, Heliyanto B, Sudarsono. 2011. Pengembangan marka simple sequence repeat untuk Jatropha spp. Jurnal
Litri. 17:140-149.
Sardou MA, Baghizadeh A, Tavasoli A, and Babaei S. 2011. The use of microsatellite markers for genetic diversity assessment of genus
Hordeum L. in Kerman province (Iran). African J Biotech. 10:1516-1521.
Schulman AH. 2007. Molecular markers to assess genetic diversity. Euphytica. 158:313–321.
Selkoe KA and Toonen RJ. 2006. Microsatellites for ecologists: a practical guide to using and evaluating microsatellite markers. Ecol Lett. 9:615-629. Semagn K, Bjornstad A, Ndjiondjop MN. 2006. An overview of molecular
marker methods for plants. African J Biotech. 5:2540-2568.
Shalini KV, Manjunatha S, Lebrun P, Berger A, Baudouin L, Pirany N, Rangananth RM, Prasad DT. 2007. Identification of molecular markers associated with mite resistance in coconut (Cocos nucifera L.). Genome. 50:35-42.
Slavov GT, Leonardi S, Burczyk J, Adams WT, Strauss SH, Difazio SP. 2009. Extensive pollen flow in two ecologically contrasting populations of
Populus trichocarpa. Mol Ecol. 18:357–73.
Sudarsono, Sudrajat, Novarianto H, Hosang MLA, Dinarti D, Rahayu MR, Maskromo I. 2012. Produksi bibit kopyot true to type dengan persilangan terkontrol dan peningkatan produksi buah kopyor dengan polinator lebah madu. Laporan Akhir Program Hi Link. Bogor (ID): Institut Pertanian Bogor.
Sukendah. 2009. Pembiakan Kopyor In Vitro dan Analisis Molekuler Kelapa Kopyor [disertasi]. Indonesia (ID) : Institut Pertanian Bogor.
Tahardi JS. 1997. Kelapa Kopyor Sebagai Komoditi Alternatif Agribisnis. Warta
Puslit Biotek Perkebunan. 3:16-21.
Wahyuni M. 2000. Bertanam Kelapa Kopyor. Penebar Swadaya. Jakarta.
Wright JM dan Benzen P. 1994. Microsatellite : Genetic Markers For The Future.
Yang X, Xu Y, Shah T, Li H, Han Z, Li J, Yan J. 2011. Comparison of SSRs and SNPs in assessment of genetic relatedness in maize. Genetica. 139:1045– 54.
Yeh FC, Yang RC, Boyle T. 1999. POPGENE version1.31 Microsoft
Window-Base Software For Population Genetic Analysis:A Quick User’s Guide.
Canada (CA): University of Alberta.
Zulhermana. 2009. Keragaman Genetik Intra dan Interpopulasi Kelapa Sawit (Elaeis guineensis jacq.) Pisifera Asal Nigeria Berdasarkan Analisis Marka Simple Sequence Repeats (SSR) [tesis]. Indonesia (ID) : Institut Pertanian Bogor.
59 Lampiran 1 Pembuatan Larutan Stok untuk analisis molekuler
1. Buffer ekstraksi
Buffer ini merupakan campuran dari beberapa larutan, yaitu Tris, EDTA,
NaCl, CTAB, dan aquadest .
Tris 1 M dibuat dengan cara Tris base 121,1 gr dilarutkan ke dalam 800 ml aquadest , kemudian pH diatur menjadi 7,5 menggunakan HCL pekat (± 42 ml) untuk menurunkan pH, kemudian volume larutan dicukupkan hingga 1000 ml.
EDTA 0.5 M dibuat dengan cara disodium ethylenediaminetetraacetate dengan 186,1 gr dilarutkan dalam 800 ml aquadest , kemudian pH diatur menjadi 8,0 menggunakan NaOH, setelah itu mencukupkan volume hingga 1 liter.
NaCl 2.5 M dibuat dengan cara 292,2 gr NaCl dilarutkan dalam 1 liter aquadest.
Buffer ekstraksi sebanyak 200 ml, dibuat dari Tris 20 ml, EDTA 8 ml, NaCl 112 ml, CTAB (cetyltrimethylamoniumbromide) 4 gr kemudian bahan-bahan tersebut dilarutkan dengan aquadest 50 ml kemudian dicukupkan hingga volume mencapai 200 ml.
2. Chloroform-isoamylalkohol
Chloroform-isoamylalkohol merupakan campuran chloroform dengan isoamyl alkohol dengan perbandingan 24:1, yaitu 480 ml chloroform dan 20 ml isoamyl alkohol.
3. SB Bufer 20X
Boric acid sebanyak 22.5 gr dan NaOH 4 gr dilarutkan dalam 300 ml aquadest, kemudian volume dicukupkan hingga 500 ml. Stok 1 liter SB buffer 1x dibuat dengan melarutkan 50 ml stok SB buffer dengan 950 ml aquadest.
4. TBE Buffer 5 M
Tris base 54 gr dilarutkan dalam 800 ml aquadest , lalu ditambahkan 27,5 gr boric acid dan 20 ml EDTA, kemudian volume dicukupkan hingga 1 liter.
Buffer TBE 0,5 M dibuat melalui pengenceran TBE buffer 5 M dengan menggunakan rumus :
V1 x M1 = V2 x M2 V1 x 5 M = 1000 x 0,5 M
V1 = 10 ml TBE buffer 5 M + 990 ml aquadest 5. Etanol 70%
Etanol absolute sebanyak 350 ml dicampurkan dengan 150 ml aquadest . 6. Ethidium bromide
Ethidium bromide 10 mg.ml-1 sebanyak 100 ml dilarutkan ke dalam 1000 ml aquadest, dan penyimpanannya menggunakan botol gelap atau botol yang dibungkus dengan aluminium foil.
7. Acrylamide Bis-acrilamide (19:1) 40%
Acrylamide 190 gr dan Bis-acrylamide 10 gr dimasukkan ke dalam beacker
glass 500 ml, kemudian ditambahkan aquadest sebanyak 400 ml. Setelah larut
sempurna, cukupkan volume menjadi 500 ml. Larutan disaring menggunakan kertas saring dan menyimpannya ke dalam botol gelap di lemari es.
8. Acrylamide solution 6% dengan TBE bufer
Urea sebanyak 210 gr dilarutkan dalam 200 ml aquadest. Setelah larut, kemudian ditambahkan 100 ml TBE buffer 5 M dan 75 ml stock akrilamid 40%. Volume dicukupkan sampai 500 ml, kemudian disaring dengan kertas saring. Larutan disimpan dalam botol gelap di lemari es.
9. Acrylamide solution 6% dengan SB bufer
Urea sebanyak 210 gr dilarutkan dalam 200 ml aquadest. Setelah larut, kemudian ditambahkan 25 ml SB buffer 20X dan 75 ml stock akrilamid 40%. Volume dicukupkan sampai 500 ml, kemudian disaring dengan kertas saring. Larutan disimpan dalam botol gelap di lemari es.
10. Ammonium persulfate (APS)
Ammonium persulfate sebanyak 1 gr dilarutkan dalam 10 ml aquadest, kemudian larutan disimpan pada suhu 4ºC.
11. Sodium thiosulfate
Sodium thiosulfate 100 mg dilarutkan ke dalam 10 ml aquadest, larutan disimpan pada suhu ruang.
12. Larutan dalam pewarnaan silver
Pewarnaan silver menggunakan lima larutan, yaitu larutan fiksasi, larutan nitrit acid, larutan staining, larutan developer, larutan stop.
Larutan fiksasi dibuat dengan melarutkan 10 ml asam asetat glacial dan 100 ml ethanol 95% ke dalam 890 ml aquadest.
Larutan nitrit acid dibuat dengan melarutkan 15 ml nitrit acid ke dalam 985 ml aquadest.
Larutan staining dibuat dengan melarutkan 1.5 gr silver nitrat ke dalam 1 liter aquadest.
Larutan developer dibuat dengan melarutkan 30 gr sodium carbonat di dalam 1000 ml aquadest. Larutan ini disimpan dalam freezer -20ºC sampai pada saat akan digunakan. Pada saat akan digunakan, larutan ditambahkan 1,5 ml formaldehid 37% dan 200 µl sodium thiosulfate.
Larutan stop dibuat dengan melarutkan 50 ml asam asetat glacial ke dalam 950 ml aquadest .
Lampiran 2 Daftar 36 primer SSR yang digunakan
No Lokus Urutan basa (5’ – 3’) Suhu annealing
(°C)
Linkage group 1 CnCir_74 F =GAG ATC CTC ACC TCC AC
R =CGG CAA CAA AGA GAA C 54 16
2 CnCir_J2 F =CCA TTG TCA TTG TTA TTT TG
R =GTC ACC ATC TTC TCA GTT TC 52 15
3 CnCir_87 F =ATA ACA TCC TCC AAC CTG
R =GAC TGA ATC CAA CCC TT 54 13
4 CnCir_G4 F =AGT ATA GTC ACG CCA GAA AA
R =AAA CCC ATA ACC AGC AAG 55 13
5 CnCir_K8 F=CCA GAC ATG AAA CAA ACA A
R =CAT GGC ACA TAG GAA GAA 53 13
6 CnCir_K1 F =TTA CCAGGC CAC AAA GAA
R =AGA GTG AAC AAAGAG GAA GAT T 55 12
7 CnCir_241 F =CCA CTC CAA CAA CAC C
R =AAT CAC CAA ACA CAT CTT C 53 11
8 CnCir_123 F =AAA GTG AAG TGG ATA ATG TG
R =AGA GAG GAT CTA GGG TTG T 54 11
9 CnCir_J10 F =GAG GGT ATG GTG CTG CTT G
R =ATC CTT CAT GTG GCT CTG C 60 10
10 CnCir_B11 F =TCT GCA TCC CTT CTT TAT TA
R =TTGTCT TTC TTT ATT CTA TTG G 53 10
11 CnCir_109 F =CCT ACC ACA CCT TCC A
R =ATC ATC TCA GTC CTT CTC A 55 10
12 CnCir_2 F =AGTCCT AAA AGT GTT GGC
R =GTA ATC CTA TGG CTG CTT 55 10
13 CnCir_86 F =ACT CAC GCA AAT ATA CTC A
R =ACT CACGCA AAT ATA CTC A 53 9
14 CnCir_89 F =GAG TTG GAG AAG AAG AGG
R =ACG ACA ATA GAT GGA ACA 53 9
15 CnCir_192 F =TTA GTT AGT GCT GTG GAT TG
R =TTG CTA TGA GTC CCT TGT 55 9
16 CnCir_D8 F =GCT CTT GAT GTG GCT GCT
R =AGG CGTGTT GAG ATT GTG 58 8
17 CnCir_121 F =GGA CAC TGG GTT CTG TT
R =CTC TGT AAT CTG CGG G 56 8
18 CnCir_56 F =AAC CAG AACTTA AAT GTC G
R =TTTGAA CTC TTC TAT TGG G 53 8
19 CnCir_H11 F =TCA TTC AGA GGA CAA AAG TT
R =TAA AAA TTC ATA AAG GTA AAA 46 5
20 CnCir_167 F =GGT GGG TAA GTG AAC ATC
R =GTG ATA CAA CGA ACC CTC 57 5
21 CnCir_C9 F = CAG AAA GGA GAA AGG AAA T
R =CTA CGA TAG AGG AAT GAG C 57 4
22 CnCir_C5 F =ACC AAC AAA GCC AGA GC
R =GCA GCC ACT ACC TAA AAA 57 4
23 CnCir_48 F =GTG AGG CTG CAA AGA AC
R =TCG TCA AAC CTG ACC A 51 4
24 CnCir_B12 F =GCT CTT CAG TCT TTC TCA A
R =CTG TAT GCC AAT TTT TCT A 51 3
25 CnCir_H4 F =TTA GAT CTC CTC CCA AAG
26 CnCir_1 F =TTG GTC TAT TGC ATG TTC
R =TGG CAT TGA GAG GGT 53 3
27 CnCir_206 F =AAA GAG AAC GCA ACC A
R =CAA GTT CCA AAG AAC CA 51 2
28 CnCir_151 F =ACC ATG ATG TGC CTG T
R =GTT CAC AGT AGG TGG CTT 54 2
29 CnCir_147 F =TTT CTC ACC AAC AAA TAA AC
R =CTT GTG TGT TAG GGT CAT C 52 2
30 CnCir_51 F =TCT CGT GGA TCT CGT C
R =GCT CTT CCA GTT ACG TTT 55 2
31 CnCir_E4 F =GCA TGG TAT TCG GAT TTG
R =ATG GTT CAG ATT TGG ACA GT 55 1
32 CnCir_226 F =CTG AAG ATA TGT GTT TAT GC
R =TGT TCC AGA TTG AGG TT 52 1
33 CnCir_202 F =TTT AGA GGA AGA AGG ATG AG
R =GTG GTT GCT TGG TAT TGT 55 1 34 CNZ_21 F =ATGTTTTAGCTTCACCATGAA R =TCAAGTTCAAGAAGACCTTTG 52 - 35 CNZ_51 F =CTTTAGGGAAAAAGGACTGAG R =ATCCATGAGCTGAGCTTGAAC 52 - 36 CNZ_18 F =ATGGTTCAGCCCTTAATAAAC R =GAACTTTGAAGCTCCCATCAT 52 -
63
Lampiran 3 Pola penyebaran serbuk sari pada populasi kelapa berbuah kopyor yang dianalisis dalam penelitian : representasi induk jantan sebagai donor serbuk sari untuk dua progeni yang dianalisis pada pohon induk betina no.37
Keterangan :
Induk Betina Kelapa berbuah kopyor Induk Jantan Kelapa berbuah kopyor Hijau Induk Jantan Kelapa berbuah kopyor Cokelat
Pendonor 1 serbuk sari (buah kopyor)
Pendonor 1 serbuk sari (buah normal)
Lampiran 4 Pola penyebaran serbuk sari pada populasi kelapa berbuah kopyor yang dianalisis dalam penelitian : representasi induk jantan sebagai donor serbuk sari untuk lima progeni yang dianalisis pada pohon induk betina no.39
65
Lampiran 5 Pola penyebaran serbuk sari pada populasi kelapa berbuah kopyor yang dianalisis dalam penelitian : representasi induk jantan sebagai donor serbuk sari untuk dua progeni yang dianalisis pada pohon induk betina no.44
Lampiran 6 Pola penyebaran serbuk sari pada populasi kelapa berbuah kopyor yang dianalisis dalam penelitian : representasi induk jantan sebagai donor serbuk sari untuk enam progeni yang dianalisis pada pohon induk betina no. 51
67
Lampiran 7 Pola penyebaran serbuk sari pada populasi kelapa berbuah kopyor yang dianalisis dalam penelitian : representasi induk jantan