EVALUASI PERFORMA KUDA PACU INDONESIA
DAN VARIASI SEKUEN DNA MITOKONDRIA
KUDA
( Equus caballus
)
ROMI ZAMHIR ISLAMI
SEKOLAH PASCASARJANA
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
PERNYATAAN MENGENAI TESIS DAN SUMBER INFORMASI
Dengan ini saya menyatakan bahwa tesis Evaluasi Performa Kuda Pacu
Indonesia dan Variasi Sekuen DNA Mitokondria Kuda ( Equus caballus
) adalah karya
saya sendiri dan belum diajukan dalam bentuk apapun kepada perguruan tinggi manapun. Sumber informasi yang berasal atau dikutip dari karya yang diterbitkan maupun tidak diterbitkan dari penulis lain telah disebutkan dalam teks dan dicantumkan dalam Daftar Pustaka dibagian akhir tesis ini.
Bogor, Februari 2007
Romi Zamhir Islami
ABSTRAK
ROMI ZAMHIR ISLAMI. Evaluasi Performa Kuda Pacu Indonesia dan Variasi Sekuen DNA Mitokondria Kuda ( Equus caballus). Dibimbing oleh MULADNO dan CECE SUMANTRI
Kebijakan genetik untuk meningkatkan kuda lokal Indonesia dengan kuda Thorougbred telah dilakukan 30 tahun yang lalu sampai sekarang dan sekarang saatnya kita membutuhkan sebuah ulasan atas kebijaksanaan tersebut. Penelitian ini didesain untuk mengevaluasi database mengenai genetik kuda,pencapaian prestasi kuda, dan hubungan antara ukuran tubuh dengan kecepatan. Hasil penelitian ini menunjukan bahwa dengan penggunaan primer standar dapat memerlihatkan darah konservatif. PCR telah dipergunakan untuk mengamplifikasi segmen homolog dari mitokondria DNA dari kuda lokal Indonesia. Dalam penggunaan taksonomi primer 12 S dan sitokrom b menawarkan peluang penelitian filogenetik.
ABSTRACT
ROMI ZAMHIR ISLAMI. Evalution Performance Riding Horse on Indonesian and Variation Sekuen Mitochondria DNA Horse (Equus caballus) . Under the direction of MULADNO and CECE SUMANTRI.
The genetic policy to up grade the Indonesian native horse with Thorougbred has been done 30 years ago until now and it was needed to review the policy. The research was designed to evaluate the database about genetic, achievement of horse and correlation between body measurement and speed. The result of these research showed that with a standard set of primers directed toward conserved region, we have used the PCR to amplify homologous segment of mtDNA from Indonesian local horse and have got . In the taxonomy utilities The 12S and sytochrome b primer offers opportunities for philogenetic research.
©Hak cipta milik Institut Pertanian Bogor, Tahun 2006 Hak cipta dilindung undang-undang
EVALUASI PERFORMA KUDA PACU INDONESIA
DAN VARIASI SEKUEN DNA MITOKONDRIA
KUDA
( Equus caballus
)
ROMI ZAMHIR ISLAMI
Tesis
sebagai salah satu syarat untuk memperoleh gelar Magister Sains pada
Program Studi Ilmu Ternak
SEKOLAH PASCASARJANA
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
Judul Tesis : Evaluasi Performa Kuda Pacu Indonesia dan Variasi Sekuen DNA Mitokondria Kuda ( Equus caballus)
Nama : Romi Zamhir Islami NIM : D051030121
Disetujui Komisi Pembimbing
Dr. Ir. Muladno, MSA Dr. Ir. Cece Sumantri, M.Agr.Sc Ketua Anggota
Diketahui
Ketua Program Studi Ilmu Ternak Dekan Sekolah Pascasarjana
Dr. Ir. Nahrowi, M.Sc Prof. Dr. Ir. Khairil A. Notodiputro, MS
PRAKATA
Puji dan syukur penulis panjatkan kepada Allah SWT atas segala karunianya sehingga karya ilmiah ini berhasil diselesaikan tesis yang berjudul Evaluasi Performa Kuda Pacu Indonesia dan Variasi Sekuen DNA Mitokondria Kuda ( Equus caballus). Dalam penyusunan tesis, penulis mendapat banyak bantuan dan dukungan serta bimbingan dari berbagai pihak berikut ini :
1. Bapak Dr.Ir. Muladno, MSA dan Bapak Dr.Ir. Cece Sumantri, M.Agr.Sc sebagai ketua komisi pembimbing dan anggota komisi pembimbing
2. PB Pordasi selaku pendukung utama kegiatan ini. meliputi Ibu Soeharjono (Peternakan kuda Pamulang), Bapak Drh Sridadi dan Bapak Ir Gede beserta staf BRK, Bapak Edwin Basuki dan Bapak Uci (Pacuan Kuda Pulomas) dan semua komponen di PB Pordasi yang telah sangat mendukung kelancaran kegiatan ini.
3. Kedua orang tua yang telah banyak memberikan dukungan doa, moril dan material yang tidak ternilai dalam penyelesaian studi secara menyeluruh
4. Kepada Istriku Yeni Budiawati dan buah hatiku Muhammad Ramadhan Islami Putra yang memberikan dukungan doa, perhatian, kesabaran dan kasih sayang sehingga menambah semangat dalam penyelesaian studi
5. Kepada Ari Wibowo, Gatot Muslim, Henky Putrawan, Dian Berliana, Hajrawati, Ibu Iis, Ones, Firman, Yunan dan semua rekan dan pihak yang tak mungkin namanya satu persatu disebutkan
Atas bimbingan, arahan dan bantuan yang diberikan, penulis mengucapkan terima kasih yang sebesar-besarnya dan penghargaan yang setinggi-tingginya. Semoga Allah memberika balasan yang setimpal. Amin.
Semoga karya ilmiah ini bermanfaat.
Bogor, Februari 2007
RIWAYAT HIDUP
Penulis dilahirkan di Bandung pada tanggal 25 Februari 1981 dari ayah Drs.H.Mahmud Yusuf, MM dan Ibu Eti Siti Mutmainah. Penulis mempuyai istri bernama Yeni Budiawati dan sekarang kami telah memiliki buah hati Muhammad Ramadhan Islami Putra. Pendidikan sarjana ditempuh di Program Studi Teknologi Produksi Ternak, Fakultas Peternakan IPB, lulus pada tahun 2003. Kesempatan untuk melanjutkan ke Program Magister pada Program Studi Ilmu Ternak diperoleh pada tahun 2003.
DAFTAR ISI
Halaman
DAFTAR TABEL... xi
DAFTAR GAMBAR ... xii
PENDAHULUAN
Latar belakang... 1
Tujuan penelitian ... 2
Manfaat penelitian ... 2
TINJAUAN PUSTAKA
Asal-usul kuda ... 3
Sistematika dan filogenetika kuda ... 4
Kuda domestik ... 5
Kromosom kuda domestik ... 5
Penyebaran
Equus caballus
... 7
Tetua kuda... 7
Kuda-Arab dan Thorougbred... 8
Kuda di Indonesia ... 9
Kuda Pacu Indonesia... 10
Kuda modern... 11
Konformasi tubuh ... 11
Variasi warna ... 12
Teknologi DNA ... 12
Homologi gen ... 13
Mitokondria DNA... 14
MATERI DAN METODE PENELITIAN
Tempat dan waktu... 15
Materi... 15
Isolasi DNA ... 15
Polimerase chain reactioan
... 15
Elektroforosis... 16
Metode ... 16
Isolasi DNA ... 16
Polimerase chain reactioan
... 17
Elektroforosis... 17
Sekuensing ... 18
Analisis data
Analisis DNA... 20
Analisis silsilah ... 23
Analisis perkembangan pacuan kuda... 24
HASIL DAN PEMBAHASAAN
Analisis DNA
Analisis gen sitokrom b ... 27
Analisis gen 12S RNA ... 31
Pola pemotongan enzim restriksi ... 36
Analisis ukuran tubuh ... 39
Hubungan antara ukuran-ukuran tubuh pada kuda ... 40
Hubungan antara kecepatan dengan ukuran tubuh kuda... 40
Persamaan regresi kecepatan dengan ukuran tubuh... 42
Analisis silsilah ... 45
Analisis kondisi pacuan kuda... 46
SIMPULAN ... 50
DAFTAR PUSTAKA ... 51
DAFTAR TABEL
Halaman
1. Jenis dan karakter kuda Indonesia ... 10
2. Informasi primer pengapit DNA mitokondria ... 16
3. Larutan PCR untuk sekuensing... 18
4. Informasi hasil pacuan kuda ... 26
5. Jarak genetik kuda Indonesia dengan kuda di genbank ... 30
6. Nilai jarak genetik kuda Indonesia dengan data genbank... 35
7. Penampilan kecepatan pacu dan ukuran tubuh kuda yang berprestasi ... 39
8. Korelasi antara ukuran-ukuran tubuh kuda... 40
9. Nilai korelasi antara kecepatan pacu dengan ukuran-ukuran tubuh kuda. ... 41
10. Kombinasi peubah berdasarkan best subset... 43
11. Persamaan regresi kecepatan pacu dengan ukuran-ukuran tubuh kuda... 43
12. Prestasi keturunan G1, G2, G3, G4 dan KPI dari kuda lokal (G0)
yang berbeda ... 45
13. Prestasi kuda berdasarkan jenis kelamin... 47
14. Prestasi kuda berdasarkan warna ... 48
DAFTAR GAMBAR
Halaman
1. Pohon kekerabatan Equss ... 4
2. Spesies dan jumlah kromosom kuda... 6
3. Daerah pengukuran kuda ... 19
4. Ilustrasi mengenai pengaruh tetua. ... 23
5. Pengaruh lokal terhadap
grading up ...
23
6. Pewarisan sifat berprestasi kepada keturunannya... 24
7. Hasil elektroforesis gen sitokrom b kuda Indonesia ... 27
8. Hasil sekuensing gen sitokrom b pada kuda Indonesia ... 28
9. Hasil blast gen sitokrom b kuda Indonesia dengan
genbank ...
29
10.
Pohon filogenetik kuda lokal Indonesia dengan kuda di
genbank...
31
11. Hasil elektroforesis gen 12S RNA pada kuda Indonesia ... 32
12. Hasil sekuen 12S RNA pada kuda lokal Indonesia ... 33
13. Hasil blast sekuen 12S RNA pada kuda Indonesia... 34
14. Pohon filogenetik kuda Indonesia dengan data
genbank
pada gen 12 S RNA ... 35
15. Filogenetik kuda lokal Indonesia dengan kuda
grading up
dan Thorougbred ... 36
16. Hasil pemotongan enzim restriksi pada sitokrom b... 37
17. Hasil pemotongan enzim restriksi pada gen 12S pada kuda Indonesia ... 37
PENDAHULUAN
Latar Belakang
Pengembangan kuda pacu Indonesia telah memasuki babak baru. Keinginan membuat breed khusus kuda pacu Indonesia (KPI) yang mempunyai gen kuda lokal dengan kuda Thoroughbred akhirnya tercapai. KPI tersebut telah diusahakan untuk dibentuk sejak tahun 1975 dengan persilangkan kuda betina lokal Indonesia dengan kuda jantan breed luar negeri Thoroughbred. Kuda lokal yang digunakan adalah kuda sandel Arab yang mempunyai karakteristik adaptif terhadap iklim tropik Indonesia, intelegensia tinggi, kaki yang kokoh dan kuat, mempunyai kecepatan dan sifat-sifat yang dapat mendukung sebagai kuda pacu.
Breed kuda luar negeri yang digunakan adalah kuda Thoroughbred yang telah menjadi icon standar yang telah diakui keandalannnya sebagai kuda pacu dengan kelas internasional.
Sistem persilangan yang dilakukan untuk membentuk KPI adalah dengan melakukan up grading kuda lokal dengan kuda Thoroughbred. Persilangan tersebut diakhiri setelah terbentuknya keturunan ke-3 (G3) dan ke-4 (G4) yang merupakan sebuah program jangka pendek, selanjutnya dilakukan perkawinan antar sesamanya (interse mating) dan terus menerus dilakukan seleksi yang merupakan sebuah program jangka panjang. Persilangan yang dikembangkan akan menghasilkan persentase gen keturunannya sebagai berikut :
1. G0 (keturunan murni) : kuda lokal Indonesia (100%)
2. G1 (keturunan ke-1) G0xTb : 50% kuda lokal : 50% kuda Throughbred 3. G2 (keturunan ke-2) G1xTb : 25% kuda lokal : 75% kuda Throughbred 4. G3 (keturunan ke-3) G2xTb : 12.5% kuda lokal : 82.5% kudaThroughbred 5. G4 (keturunan ke-4) G3xTb : 6.25% kuda lokal : 93.75% kuda Throughbred
perlu disikapi positif dengan mendorong untuk membuat sebuah kajian mengenai pemuliabiakan KPI kedepannya.
Output dari KPI adalah sebuah prestasi, sehingga diperlu juga pegkajian mengenai prestasi kuda. Penelusuran akan prestasi kuda pacu Indonesia perlu digali dengan memperhatikan silsilah dari prestasi keluarganya. Penelusuran prestasi kuda tersebut dapat dibantu dengan kajian silsilah dan evaluasi ukuran tubuh.
Pengembangan dari kuda pacu Indonesia perlu pengawasan yang baik terutama dari lembaga yang sudah berdiri yaitu Persatuan Olahraga Berkuda Indonesia (PORDASI). Pengembangan itupun perlu melihat banyak aspek terutama kajian secara genetik. Manajemen pemuliaan yang kurang memadai akan mengakibatkan persilangan yang tidak terkontrol yang berakibat tujuan pengembangan yang tidak terarah dan terkalkulasi.
Tujuan Penelitian
Penelitian ini dirancang dengan tujuan utama untuk mengevaluasi dan mengidentifikasi kuda pacu Indonesia. Evaluasi dan identifikasi tersebut dilakukan dengan cara mendapatkan informasi prestasi kuda pacu dengan kajian silsilah prestasi keluarga dan informasi mengenai mitokondria DNA (12S RNA dan sitokrom b) dari kuda Indonesia
Manfaat Penelitian
TINJAUAN PUSTAKA
Asal-usul Kuda
Berdasarkan bukti-bukti fosil yang ada, evolusi dari Equidae dapat dilacak sejak zaman eocene pada 60 juta tahun yang lalu. Kuda modern saat ini berasal dari binatang kecil yang disebut oleh para ilmuwan sebagai Eohippus atau dawn horse. Pada tahun 1867 kerangka lengkap dari fosil Eohippus telah diketemukan dan kerangkanya telah disusun pada tahun 1931 di Big Horn Basin, Wyoming USA oleh palantaelog dari Institut Teknologi California untuk menggambarkan secara akurat bentuk dari dawn horse. Tahapan dari Evolusi kuda adalah
(1) Eohippus, berdasarkan karakteristik jari, kuku, mata dan gigi para peneliti menyimpulkan bahwa Eohippus mempunyai habitat alami yang berasal dari hutan hujan tropis. Eohippus mempunyai tinggi 35 cm (25-50 cm) dengan berat 5.5 Kg, mempunyai empat jari kaki dan gigi geraham pendek yang sangat cocok untuk memakan tunas-tunas rumput (browsing), (2) Mesohippus, perkembangannya dimulai pada awal dan pertengahan dari zaman ologocene. Mesohippus
mempunyai ukuran yang lebih besar dari Eohippus dengan tinggi 45 cm tetapi bentuk punggung yang hampir sama dengan Eohippus, kaki yang lebih panjang dengan tiga jari, gigi premolar dan incisor yang lebih kuat dan mampu memotong daun-daun yang lebih beragam. Perubahan panjang kaki pada Mesohippus
sekitar 6 juta tahun yang lalu. Pliohippus merupakan prototype dari Equus dan menggambarkan bentuk dari sebuah kuda modern dan menjadi yang pertama mempunyai persendian tulang yang sangat kuat dengan satu buah kuku.
Pliohippus mempunyai tinggi sekitar 1.22 m dengan seluruh gigi yang dipergunakan untuk merumput, dan (6) Equus caballus, berasal dari Pliohippus sekitar 5 juta tahun yang lalu pada jaman es. Caballus berasal dari kata cabaline
yang mempunyai arti tentang atau kepunyaan kuda, sedangkan dalam bahasa latin berasal dari kata fons cabalinus yang diangkat dari cerita dongeng Pegasus.
Pliohippus juga merupakan salah satu kelompok sub genetik yang mewakili Zebra, Keledai, dan Heminoid (Edward 1994).
Sistematika dan Filogeni Kuda
Kuda sebagai mamalia merupakan periodactile. Ordo periodaktile
diturunkan menjadi subordo hippormorpha dan dimasukan dalam superfamili
equioidea dan famili equidae. Famili tersebut lebih dispesifikan lagi menjadi subfamili equinae dan genus equus. Berdasarkan grup genus yang masih ada telah didemontrasikan sebuah pohon filogeni yang dianalisis dari DNA mitokondria. Pohon tersebut dapat dilihat pada Gambar 1 dibawah ini.
Gambar 1 Pohon kekerabatan Equss (Groves dan Ryder 2000)
Kuda
Mt Zebra
Grevys Zebra
Quangga
Hemione
Berdasarkan Gambar 1 tersebut, diketahui bahwa kuda mempunyai jarak genetik yang cukup dekat dengan zebra, tetapi kuda mempunyai jarak genetik yang jauh dengan keledai
Kuda Domestik
Hal penting yang menyebabkan dilakukan domestikasi terhadap kuda adalah kecepatan berlari dan kemampuanya menempuh jarak yang jauh. Ketertarikan terhadap kemampuan itu mendorong domestikasi yang bertujuan menghasilkan kendaraan untuk transportasi. Berdasarkan paparan sebelumnya, diketahui bahwa kuda digolongkan Equus caballus. Semua kuda ini mempunyai kariotipe yang sama sehingga persilangan antara kuda tersebut akan menghasilkan keturunan yang fertil. Kondisi yang menyebabkan adanya domestikasi kuda awalnya berasal dari daerah barat, yaitu subspesies Equss ferus ferus dan dari daerah timur yaitu
Equss ferus prewalskii (Kuda liar mongol). Alasan-alasan yang menjadikan kuda terdomestikasi, selain alasan kemampuan adalah sistem pencernaannya yang monogastrik sehingga tidak perlu bersaing dengan mamalia domestik lain seperti sapi, domba, dan kambing dalam menyediakan pakan. Kondisi lain yang menyebabkan kuda dipilih untuk didomestikasi adalah tingkah lakunya
yang relatif mudah dikendalikan sehingga disukai oleh manusia (Groves dan Ryder 2000).
Kromosom Kuda Domestik
Kromosom disusun oleh kromatin yang berbentuk jaringan benang-benang halus. Kromatin tersebut mengandung DNA. Kromatin tersebut tersusun dari deretan benda kecil yang disebut nukleosom yang dibentuk oleh ikatan DNA dengan histon. Berdasarkan kariotyping terhadap kuda domestik diketahui bahwa kuda domestik mempunyai kariotipe yang dibentuk dari 64 kromosom. Kromosom dalam keadaan haploid terdiri dari 13 metasentrik, 18 akrosentrik kromosom tubuh dan satu kromosom seks. Kariotipe pada kuda sudah dilakukan sejak awal 1900. Hasil yang diperoleh pada saat itu menyatakan bahwa kromosom seks kuda mempunyai tipe XO. Tetapi pada perkembangan selanjutnya diketahui bahwa ternyata kuda seperti mamalia lainya yaitu memiliki tipe XY dan jumlah kromosom diploidnya 64 buah. Pada percobaan kariotipe ternyata Equss caballus
(Chowdary dan Raudsepp 2000). Sebagai informasi mengenai jumlah kromosom pada berbagai spesies kuda akan disajikan pada Gambar 2.
Gambar 2 Jumlah kromosom kuda (Chowdary dan Raudsepp 2000)
Kromosom seks X merupakan salah satu kromosom metasentrik yang besar, sedangkan kromosom seks Y merupakan kromosom berbentuk akrosentrik yang paling kecil. Menurut Mitwoch (1997) mengemukakan bahwa kuda mempunyai bentuk kromosom seks X dengan sentromer yang metasentrik sedangkan jika dibandingkan keledai, sentromer keledai lebih submetasentrik. Persilangan keduanya telah menghasilkan mule yang steril. Yang et al (2004) menyatakan bahwa perbedaan jumlah Equus caballus (2n=64) dan Keledai (2n=62) adalah penyebab sterilitas keturunannya, walaupun perbedaan kromosomnya hanya satu. Menurut Chowdary dan Raudsepp (2000)
E q u u s
E.f. prezwalskii (66)
E.f.ferus (tidak ada informasi)
E.f. caballus (64)
E.asinus (62)
E.africanus somaliansis (62/63)
E.hemionus hemionus (tidak ada)
E.hemionus onager (55/56)
E.hemionus kulan (54/55)
E.khur (tidak ada informasi)
E.kiang (51/55)
E.grevyi (46)
E.burcheli (44/45)
E.zebra (32)
mengemukakan bahwa kromosom X merupakan kromosom conserve pada mamalia, terutama jika dibandingkan pada spesies ternak lainnya.
Penyebaran Equss caballus
Equss caballus menyebar dari Amerika Utara ke arah Asia, Amerika Selatan, Eropa, dan Afrika. Kesuksesan migrasi ini kemungkinan terjadi satu juta tahun lalu pada akhir jaman es, atau kira-kira 9000 SM. Pada saat melelehnya gletser yang menyambungkan Amerika telah menyebabkan hilangnya spesies kuda-kuda di Amerika, sampai kedatangan penjelajah Spanyol pada abad ke-16
yang mendarat di Mexiko sekitar tahun 1519 dengan membawa 16 kuda (Edward 1994).
Tetua Kuda
Kuda Arab dan Thoroughbred
Kuda Arab dikenal sebagai fountainhead (sumber) semua breed kuda di dunia disebabkan kemurnian potensial genetiknya untuk dikembangkan. Kuda ini mempunyai karakter yang kuat dan memainkan peran yang penting dalam up grading. Kuda Arab telah memberikan kontribusi yang besar dalam pembentukan kuda Thoroughbred. Walaupun Thoroughbred memiliki tubuh yang lebih besar serta lebih cepat dalam berlari, tetapi dari segi stamina, kesehatan, intelegensia dan keindahan kuda Arab masih lebih baik (Edward 1994). Kuda Arab merupakan kuda yang tidak mempunyai asal sejarah yang jelas. Kuda tersebut merupakan kuda pengembara dari padang pasir arab yang telah berkembang menjadi kuda yang mempunyai bentuk indah, stamina dan kemampuan yang terlihat dari konformasinya. Kuda Arab menjadi standar kuda ringan seperti breed kuda Thoroughbred (Bowling dan Ruvinsky 2000). Penyebaran kuda Arab di mulai abad ke-7 diwilayah Arabia, kemudian pada abad ke-18 sampai 19 berkembang ke
Eropa dan menyebar sampai UK, Rusia, Skandinavia dan US. Menurut Edward (1994) mengemukakan bahwa karakteristik Kuda Arab adalah
mempunyai bulu tengkuk dan ekor terlihat bagus dan lembut, bentuk kepala indah dan mata terlihat bersinar atau berkilauan, bentuk kepala lonjong dengan moncong yang kecil dan lubang hidung lebar, kaki bagian depan panjang, tubuh ramping, bersih, kuat serta mempunyai perototan yang baik, badan yang kompak serta punggung pendek, ramping dan cekung, mempunyai ekor yang tidak tertarik ketika bergerak, karena bentuknya melengkung, kaki bagian belakang mempunyai konformasi yang lemah dan telah dihilangkan melalui breeding satu tahun yang lalu, tinggi badan 1.5 m, kuda Arab mempunyai 17 tulang rusuk, 5 lumbar vertebra dan 16 tulang ekor, sedangkan kuda lainnya mempunyai formasi 18 rusuk, 6 lumbar vertebra, 18 tulang ekor.
mempengaruhi populasi kuda di dunia. Peningkatan ukuran, pergerakan dan konformasi dari Thoroughbred sama baiknya dengan kecepatan, keberanian dan stamina. Hal tersebut disebabkan potensinya yang dihasilkan dari keseragaman genetik yang dicapai oleh proses pemulian yang selektif. Thoroughbred adalah kuda yang sangat baik dalam melompat, balapan, dressage, tetapi sebagian besar kuda ini telah digunakan untuk diseleksi sebagai breed khusus untuk kecepatan berlari. Asal Kuda Thoroughbred adalah kuda yang digunakan sejak 1700an yang
berasal dari kuda jantan impor dari daerah timur (Arab, Turki) dengan kuda betina Inggris yang menghasilkan keturunan untuk balapan (Bowling dan Ruvinsky 2000).
Ciri-ciri kuda Thoroughbred menurut Edward (1994) mempunyai tinggi badan 1.57 m, bentuk kepala serta rahang yang bagus, perpaduan antara kepala dan leher terlihat bagus dan simetris dengan pundaknya, mempunyai proporsi badan yang panjang, kaki belakang yang panjang dan anggun dengan persendian yang baik sehingga memberikan daya dorong yang maksimum, bagian kaki depan bagus dengan bentuk panjang, berotot dan besar, serta persendian rata, ukuran tulang di bawah lutut berukuran di bawah 20 cm, mempunyai bahu panjang dan membentuk slope yang tidak terlalu menonjol, sehingga menghasilkan langkah yang panjang dan rendah.
Kuda di Indonesia
Tabel 1 Jenis dan karaktek kuda Indonesia
Jenis kuda Tinggi (m) Karakteristik
Kuda Sumba Kuda Sandelwood Kuda Batak Kuda Jawa 1.27 1.35 1.32 1.27
- Ukuran kepala lebih besar dibandingkan ukuran
badannya
- Konformasi badannya kurang sempurna, tetapi
bagian punggungnya kuat
- bentuk kepala kecil dan bagus, mata yang besar
dan bulu yang lembut dan berkilauan
- kecepatan dan sangat aktif. Ciri khas dari kuda ini
adalah mempunyai kuku kaki yang keras dan kuat.
- Ekor dan tengkuk mempunyai rambut yang bagus
dengan posisi ekor cukup tinggi sehingga baik dalam pergerakan
- Kaki belakang ramping
- Mempunyai rump yang tinggi serta
- memiliki punggung yang panjang dan sempit
- Kepalanya bagus dengan muka yang lurus
- Memiliki leher yang lemah dan pendek serta
kurang berkembang
- Jinak dan tidak kenal lelah
- kaki dan persendiannya tidak berkembang dengan
baik sehingga mempengaruhi kekuatannya, walaupun kuda Jawa adalah tipe pekerja keras
Sumber : Edward 1994
Berdasarkan Tabel 1 dapat diketahui bahwa kuda Sandelwood merupakan kuda yang paling tinggi sehingga karena alasan itupun kuda pacu di Indonesia banyak dipengaruhi oleh kuda tersebut.
Kuda Pacu Indonesia
Definisi dari Kuda Pacu Indonesia adalah kuda Indonesia hasil persilangan kuda betina Indonesia dengan pejantan Thoroughbred sampai generasi ke3 (G3) dan generasi ke4 (G4) dan atau hasil perkawinan diantaranya (inter-semating) yang memiliki sertifikat Kuda Pacu Indonesia dan terdaftar pada Biro Registrasi Kuda yang ditetapkan pemerintah. Persyaratan kualitatif KPI adalah (a) berasal dari persilangan antara kuda betina lokal Indonesia dengan pejantan bangsa
minimal 150 cm dan maksimal 170 cm, (b) berat badan pada umur 6 tahun minimal 350 kg, (c) umurnya tidak dipersyaratkan umur tertentu (DSN 1996).
Kuda Modern
Kuda modern ini terdiri dari 3 jenis. Jenis dari kuda tersebut adalah (1)
heavy Horse dengan Bentuk tubuhnya besar dengan struktur yang tebal dan sangat jelas berbeda dengan kuda Thoroughbred. Kuda ini mempunyai kekuatan yang besar, tetapi mempunyai kecepatan yang lambat, (2) Light Horse dengan karakteristik dari kuda ini adalah perototan yang panjang dan proporsional. Bentuk tubuhnya sempit dan mempunyai bahu yang berbentuk slope. Kuda ini biasannya diidentikkan dengan Thoroughbred, dan (3) Poni dengan proporsi yang unik. Panjang badannya melebihi tingginya dan kedalamannya sama dengan panjang kakinya. Panjang kepalanya sama dengan bahu (Edward 1994).
Konformasi Tubuh
Pada industri balapan kuda Thoroughbred, biasanya kuda mulai dilombakan pada umur 2 tahun. Sebuah analisa hubungan antara konformasi dan karakteristik kecepatan lari pada anak kuda umur 6-8 bulan menyatakan bahwa peningkatan kecepatan yang dihasilkan anak kuda disebabkan panjang langkah. Pada anak kuda yang berlarinya cepat diketahui kuda tersebut memiliki kaki lebih berat dan frekuensi langkah yang lebih tinggi dan hal tersebut terjadi pada kuda yang relatif tinggi. Pada Kuda Througbred yang lebih tua kecepatan maksimum juga dapat dijelaskan dengan panjang langkahnya. Selain langkah kategori performa untuk Thoroughbred dapat juga diketahui dari rataan denyut nadinya setelah latihan terhadap kemampuan balapnya (r =-0.56) (Bowling dan Ruvinsky 2000).
pacuan. Kemampuan memobilisasi metabolisme anaerob perototan serta fighting spirits akan menjadi penentu kemenangan (Arnason dan Van Vleck 2000).
Sistem saraf akan bertanggung jawab dalam mengontrol dan meregulasi sistem lain. Kardiovaskular dan sistem respirasi menyediakan nutrisi dan oksigen untuk otot yang akan diubah dari energi biokimiawi menjadi energi mekanik
selama otot bekerja. Aparatus lokomotor yang ada dibawah kontrol nerosensor membuat mungkin mengkoordinasi semuanya dengan baik
(Saatamomen dan Barrey 2000).
Variasi Warna
Hitam, bay, chestnut dan abu-abu merupakan dasar warna yang paling mendekati dari semua breed saat ini. Untuk menghitung warna dilusi, putih dan pola putih telah diusulkan bahwa ada kurang lebih sembilan gen yang mempengaruhinya. Tidak ada warna yang membatasi satu breed. Diantara breed
yang ditemukan mempunyai warna dasar adalah Thoroughbred, Lippizaner dan kuda Arab (Bowling dan Ruvinsky 2000).
Teknologi DNA
Gen adalah sekumpulan basa nukleotida yang dapat menyandi pembentukan asam amino. Sekumpulan basa nukleotida yang terdiri dari empat nukleotida yang mengandung basa adenin (a), citosin (c), guanin (g), dan timin (t). Basa-basa tersebut diikat dalam sebuah ikatan fosfodiester dan basanya berpasangan antara adenin dengan timin dan guanin dengan sitosin (Goodenough 1988).
Kelebihan test DNA menurut Bowling (2001) adalah (1) setiap laboratoium harus memproduksi sendiri baterai dari bahan reagent untuk penggolongan antisera darah, (2) dapat menggunakan dari bagian material dari ternak yang mati, (3) pengangkutan dan teknis pengolahan yang cukup sulit untuk perjalanan internasional, (4) test lebih efektif, karena bisa menjawab beberapa masalah dari test darah yang rutin.
Penggunaan test tetua dengan menggunakan penanda darah (blood marker) merupakan test yang aman dan mudah. Test yang biasa digunakan di laboratorium adalah menggunakan 15 penanda dengan tingkat akurasi 95-97 % tergantung
terutama disebabkan kelemahan test darah yang membutuhkan sampel darah dan rancangan bahan pereaksi khusus yang biasanya memerlukan waktu yang lama (Bowling dan Ruvinsky 2000).
Kuda diduga mempunyai 3 000 mb dari DNA dan sekitar 50 000 sampai 70 000 mempunyai urutan berulang. Ulangan ini dapat menjadi studi untuk mengetahui identifikasi individu, analisa tetua, pemetaan gen dan studi tentang evolusi dari bangsa kuda (Bowling dan Ruvinsky 2000).
Teknik PCR (polimerase chain reaction) berdasarkan metode mikrosatelit lebih menggunakan sedikit DNA. Mikrosatelit merupakan ulangan urutan basa yang berkisar antara 2-3 bp. Biasanya dikelaskan ke dalam mikrosatelit jika ada sekitar 100 000 cetakan dari CA/GT. Mikrosatelit mempunyai ulangan nukleotida yang sederhana dan merupakan DNA yang tidak mengkodekan (Bowling 2001). Mikrosatelit biasanya mempunyai polimorpisme yang tinggi dan mudah di PCR sehingga banyak diadopsi sebagai pananda genetik (marker).
Penelitian Bowling et al. (1997) terhadap uji tetua kuda menunjukan bahwa efektivitas penanda darah adalah 97.3% dan 98.2% untuk penanda menggunakan DNA mikrosatelit. Berdasarkan pengujian tersebut lima keturunan menunjukan ketidakcocokan dengan tetuanya hanya pada penggunaan sistem mikrosatelit tunggal. Menurut Bowling dan Ruvinsky (2000) peluang kepercayaan menggunakan mikrosatelit sebagai test tetua sebesar 96-99%.
Marker yang digunakan untuk mengukur ukuran alel dengan akurat adalah VHL20, HTG4, HTG6, HTG7, HTG10, AHT4, AHT5, HMS2, HMS3, HMS6, HMS7 dan ASB2 yang telah dikombinasikan salah satunya untuk Thoroughbred (Bowling dan Ruvinsky 2000). Sedangkan ISAG (Internasional Society of Animal Genetic) pada tahun 1998 menganjurkan untuk menggunakan AHT4, ASB2, HMS3, HMS6, HMS7, HTG4, HTG10 dan VHL 20. Frekuensi alel dari kuda Througbreed dengan mikrosatelit HTG10 yang tertinggi terdapat pada alel I sebesar 0.31 dari 11 alel yang terdeteksi (Bowling 2001).
Homologi Gen
dekat. Analisis homologi dapat dilakukan untuk meninjau persamaan susunan basa nukleotida (Arifin 2004). Analisis homologi dilakukan dengan cara mensejajarkan satu per satu basa nukleotida. Pensejajaran ini dapat digunakan untuk mempelajari susunan basa nukleotida, mutasi gen dengan membandingkan ternak normal dengan ternak yang abnormal, identifikasi gen dan pembentukan pohon kekerabatan yang didasari adaanya perbedaan jarak genetik akibat dari perbedaan urutan basa nukleotida. Perbedaan susunan basa yang semakin besar akan menghasilkan jarak genetik yang jauh dengan kekerabatan yang jauh pula (Rashidi dan Bucher 2000).
Menurut Mendez et al. (2004) Hubungan genetik antara populasi dapat dilakukan dengan bantuan data yang berasal dari DNA inti sel seperti mikrosatelit dan DNA dari mitokondria seperti sitokrom b yang dilakukannya pada populasi keledai Spanyol (Equus asinus). Amplifikasi dari sekuen sitokrom b pada keledai tersebut adalah 313 bp. Menurut Ishada (1996) berdasarkan penelitiannya gen mitokondria sitokrom b pada kuda Thoroughbred dapat dianalisis menggunakan PCR-rectriction fragment length polymorphysme (RFLP) dengan bantuan enzim restriksi AciI, BamHI, dan RsaI dan terbentuk empat tipe.
Mitokondria DNA
Genom mitokondria berbentuk sirkular dan berdasarkan jenis gennya
dibagi menjadi dua yaitu daerah penyandi dan daerah bukan penyandi atau disebut daerah kontrol karena berperan dalam proses trankripsi dan replikasi
MATERI DAN METODE PENELITIAN
Tempat dan Waktu
Pengumpulan data sekunder untuk penelitian dilakukan di Equstrian Centre
Pamulang dan arena pacuan kuda Pulomas Jakarta. Analisa laboratorium dilakukan di
Laboratorium Genetik Hewan Puslitbang Biologi LIPI dan Laboratorium Teknologi
Gen Puspitek Serpong. Kegiatan penelitian ini dilaksanakan dari bulan Juni 2005
sampai Juni 2006.
Materi
Materi yang digunakan dalam penelitian ini adalah data sekunder silsilah
keturunan kuda di peternakan kuda Pamulang sebanyak 110 ekor kuda dan data
sekunder dari arena pacuan kuda Pulomas Jakarta sebayak 510 ekor kuda yang
menempati posisi 1, 2 dan 3, serta 4 sampel darah kuda yang terdiri dari satu kuda
lokal, satu kuda G4, satu kuda KPI dan satu kuda Thoroughbred.
Isolasi DNA
Bahan dalam isolasi DNA adalah
lysis buffer
, buffer pencuci,
digestion buffer
,
RNAase, proteinase
,
phenol
, CIA (cloroform isoamil alcohol),
ethanol
70%,
ethanol
absolute
, dan larutan TE (trist EDTA). Alat yang digunakan adalah pipet mikro 20;
100; 200; 1 000 ml, kertas saring, pipet tips,
eppendorf
,
varies
,
vacum dryer
,
inkubator,
frezeer
, dan kotak plastik.
Polimerase Chain Reaction
Bahan yang digunakan
buffer
PCR, dNTPmix, larutan MgCL
2, 3 mM, DNA
template
, Taq DNA
polimerase
, air destilasi. Alat yang digunakan mesin
thermocycler
, alat sentrifugasi, pipet mikro, pipet tipis,
eppendorf
2 ml dan
frezzer.
Tabel 2 Informasi primer pengapit DNA mitokondria
No
Primer
Sekuens primer (5’-3’)
1 L1091
(12SF)
5‘AAAAGCTTCAAACTGGGATTAGATAC 3’2 H1478
(12SR)
5’TGACTGCAGAGGGTGACGGGCGGTGT’3’3
Cyt B (F)
5’CCATCCAACATCTCAGCATGATGAAA3’4
Cyt B (R)
5’GCCCCTCAGAATGATATTTGTCCTCA3’Sumber : Kocher et al. 1989
Berdasarkan Tabel 2 diketahui bahwa primer yang digunakan adalah 2 pasang
primer yang masing-masing mengapit segmen gen sitokrom b dan 12S RNA.
Elektroforesis
Bahan yang digunakan Larutan
buffer elektroforesis
, gel
agarose
, larutan TBE,
loading dye
, 10 APS,
Temed
. Alat yang digunakan adalah perangkat
elektroforesis
,
UV
transimulator
, pipet mikro, nampan pencampur
erlenmeyer
,
heater
, nampan
cetakan gel, dan sisir khusus sumur.
Metode
Isolasi DNA
Isolasi DNA yang dilakukan pada penelitian ini adalah dengan menggunakan
metode sambrook untuk memperoleh DNA murni. Metode tersebut mempunyai
runutan kerja sebagai berikut. Sampel DNA dimasukan ke dalam tabung
efendorf
,
Tambahan larutan
lysis buffer
dengan volume yang sama, kocok sampai larut.
Sentrifugasi dengan kecepatan 6 500 rpm selama satu menit. Supernatan dibuang,
endapannya ditambahkan larutan
buffer
pencuci, goyangkan dengan tangan lalu
di
vortex
. Tambahkan
digestion buffer
sebanyak 500 ml, 15 ml
proteinase
, 5 ml
RNAase, goyang dengan tangan dan
vortex
. Inkubasi dengan
shaking water bath
yang sama lalu
vortex
dengan
rotary mixer
selama 30 menit. Sentrifugasi selama 2
menit dengan kecepatan 13 000 rpm. Ambil bagian atas lalu masukan ke
efendorf
yang baru. Tambahkan ethanol 100% sebanyak 2x volume sampel, goyang selama
10 menit dan akan terlihat material putih, yaitu DNA. Simpan di
freezer
selama 5
menit, lalu sentrifugasi selama 2 menit dengan kecepatan 13 000 rpm.
Ethanol
100%
dibuang dan diganti
ethanol
70% (600 ml) lalu sentrifugasi lagi selama 2 menit
dengan kecepatan 13 000 rpm. Buanglah ethanol 70% dengan pipetor, lalu keringkan
material DNA yang tersisa dengan bantuan aspirator. Tambahkan larutan yang terdiri
dari TE, 10 mM trist HCL, 1 mM EDTA, 0.02 mg/ml RNAase, air destilasi sampai
volume total 100 ml. Sentrifugasi sebentar dan masukan ke
shaking water bath
selama 15 menit dengan suhu 37
0C. Setelah selesai simpan sampel DNA pada suhu
4
0C. Pengukuran konsentrasi DNA dengan spektrometer dengan skala kemurnian
DNA yang baik adalah 1.8 – 2.0.
Polimerase Chain Reaction
Dalam kegiatan perbanyakan fragmen DNA dilakukan dengan bantuan teknik
PCR. Teknik tersebut melalui runutan kegiatan sebagai berikut. Tentukan jumlah
sampel DNA untuk PCR. Siapkan tabung PCR 0.2 ml atau 0.5 ml dan beri label
setiap tabung PCR dan tambahkan sampel DNA. Buatlah master
mix
atau
coctail
yang terdiri dari
buffer
, taq
polimerase
, dNTP, primer dan air
miliQ
dengan
menggunakan tabung 0.5 ml atau 1.5 ml. Jika sampel DNA sebanyak 3 ml maka
coctail
ditambahkan sebanyak 47 ml. Masukan tabung ke mesin PCR dan jalanan
programnya dengan menyesuaikan suhu untuk
denaturasi
,
anealing
dan
elongasi
,
serta siklus PCR yang diinginkan sesuai prosedur.
Elektroforesis
Kegiatan lanjutan setelah PCR adalah elektroforesis, yang bertujuan sebagai
media visual ukuran pita DNA. Runutan kerja dari metode elektroforesis adalah
sebagai berikut. Buatlah gel
agarose 2%
, kemudian dimasukan gel
cassete
dengan
loading dye
sehingga berwarna biru lalu masukan kedalam sumur gel. Marker DNA
akan digunakan untuk mengetahui ukuran DNA yang teramplifikasi dan dimasukan
pada sumur pertama
.
Elektroforesis dengan dengan tegangan 180 volt selama 120
menit.
Sekuensing
[image:31.612.127.535.234.369.2]Buatlah campuran dengan tabung PCR 0.2 ml seperti pada Tabel 3.
Tabel 3 Larutan PCR untuk sekuensing
Komposisi
Volume kontrol
Volume sample
Air
Primer (F atau R)
Bigdye
v 3.1
Template
Total Volume
3
μ
l
2
μ
l
4
μ
l
1
μ
l
10
μ
l
2
μ
l
4
μ
l
4
μ
l
10
μ
l
Campur dengan pipet, spindown larutan tersebut dengan sentrifugasi, set mesin
termal cycler sesuai program, kemudian masukan sample kedalam mesin thermal
cycler, jalankan PCR dan purifikasi hasil PCR. Program PCR cycle sekuensing
adalah 96
oC selama 2 menit, 96
oC selama 10 detik, 55
oC selama 5 detik, 60
oC
selama 4 menit sebanyak 25 siklus.
Mesin
sekuensing
yang
digunakan adalah ABI 3130
Genetik Analyser
. Cara
kerjanya meliputi : hidupkan komputer dan ABI 3130 sampai lampunya berwarna
hijau, Klik data
collection
sampai semua kotak berwarna hijau, Klik
protocol
manager
(klik new, isi nama, type reguler,
run module
(ultraseq 36 pop_1/Rapidseq
36_pop_1, Dye set (Z-Bigdye v 3.1), Klik OK), Klik
plate manager
(klik
new
, isi
Metode Pengukuran Tubuh Kuda
Metode pengukuran tubuh dilakukan pada tiga parameter, yaitu panjang badan,
[image:32.612.174.440.173.368.2]tinggi punda dan lebar dada. Ilustrasi daerah pengukuran disajikan pada Gambar 3.
Gambar 3 Daerah pengukuran kuda
Dalam pengukuran tubuh kuda, kuda terlebih dahulu dikendalikan agar tenang.
Kedua kaki dalam kondisi tegak lurus, jika telah benar, maka segera ukur.
Pengukuran bagian tubuh kuda yang dilakukan adalah tinggi pundak dan kecepatan
pacu. Berdasarkan Gambar 3 tinggi gumba atau tinggi pundak (cm), diukur dari titik
tertinggi pundak pada ruas punggung awal/
withers
(cervical vertebre) dari bagian
depan tegak lurus kelantai dengan menggunakan tongkat ukur yang berada disamping
scapula
dekat titik siku. Posisi tongkat harus tegak lurus pada lantai atau tanah yang
datar dan posisi kuda harus berdiri tegak pada keempat kakinya dengan membentuk
bidang segi empat pada lantai yang datar. Pengukuran panjang badan dimulai pada
bagian
scapulo hunireal joint
sampai pelvis (ilium). Pengukuran dalam dada
menggunakan kaliper dengan mengukur bagian dada (breast) sebelah kiri dengan
sebelah kanan (tuber spinae).
Analisis Data
Analisis DNA
Identifikasi nama dan simbol gen dilakukan dengan membuka situs GenBank
yaitu www.ncbi.ntm.nih.gov. Berdasarkan nama dan simbol gen yang telah
didapatkan pada menu search tersebut digunakan sebagai kata kunci untuk
mendapatkan sekuen gen di
GenBank
. Identifikasi sekuen gen dilakukan dengan
memilih menu nukluetida pada menu
search
. Kemudian akan diperoleh
list
dari gen
tersebut beserta
link
kepada struktur basa gen tersebut
.
Identifikasi homologi gen dilakukan dengan menggunakan program
BLAST
pada situs NCBI. Kemudian memilih program
Blastn
yang berfungsi
mengidentifikasi kesamaan basa nukluetida antara sekuen
query
dengan sekuen yang
ada didalam
database
. Tahap yang dilakukan adalah dengan memasukan sekuen gen
yang akan disejajarkan, kemudian melakukan pengisian parameter yang dibutuhkan,
dilanjutkan dengan klik
BLAST
untuk runing analisis sekuens.
Output
tersebut menggambarkan panjang sekuen
query
dan panjang sekuen dari
genbank
yang memiliki homolog. Lanjutan dari
output
tersebut adalah nomor
identitas gen, dekripsi sekuen, nilai
bit score
dan nilai
raw score
, nilai harapan,
jumlah kecocokan dan juga detail pensejajaran dimana tanda (I) menunjukan
kecocokan, (-) menunjukan gap dan ( ) menunjukan ketidak cocokan sekuen.
Berdasarkan analisa homologi tersebut dapat dibuat sebuah pohon kekerabatan
berdasarkan jarak genetiknya, dan pada program
BLAST
ini ada menu tambahan
dengan klik
tree view
, maka akan dihasilkan output
filogenetic tree.
Perhitungan persentase nilai homologi gen dilakukan dengan menghitung rasio
antara jumlah basa nukluetida yang sama dengan total sekuen. Perhitungan persentase
P = n
d/ n, (Nei dan Kumar 2000)
Keterangan
P
= Proporsi jumlah basa nukluetida yang berbeda
n
d= Jumlah basa nukluetida yang berbeda
n
= Total jumlah basa nukluetida
Analisa pembentukan pohon kekerabatan menggunakan program Mega 3.1.
Pembuatan pohon kekerabatan ini dengan menggunakan program UPGMA
(Unweight Pair Group Method Average) dengan model
kimura2 pairwase
dan
partial
deletion
pada menu
phylogeny
.
Persamaan matematika dalam analisa pohon kekerabatan tersebut adalah.
NAB = ∑ dij / (rs) dengan dij = -h ln (1-P/h-Q)- (1/2) (1-h) ln (1-2Q) dan h = 20(1-0)
(Nei dan Kumar 2000)
Keterangan :
d
AB= Jarak antara cluster A dan B
d
ij= Jarak antara taka I dan j
r dan s
= Jumlah taxa didalam cluster A dan B
0
= sin
-1persentase GC
P
= Frekuensi perubahan pasangan transisi pada gen A dan B
Q
= Frekuensi perubahan pasangan transversi pada gen A dan B d
AB= d
AB=
Angka yang dihasilkan dalam garis cabang menunjukan jarak yang dihitung
dengan persamaan.
b
ij= d
ij/ 2 (Nei dan Kumar 2000)
Keterangan :
Analisis Ukuran Tubuh Kuda
Analisis ini melibatkan 18 ekor kuda persilangan dengan menggunakan Minitab
Release
13.20 yang merupakan software statistik yang dapat digunakan untuk
pengolahan data korelasi dan regresi suatu data. Penggunaan Minitab tahap awal
adalah membuka program Minitab yang sebelumnya telah diinstal dengan mengklik
program eksekusinya.
Pada
bagian
worksheet
atau bagian bawah
entry
data variabel X (predictor) dan
data variabel Y (respon). Lanjutkan tahap berikut :
1) Deskripsi Data
1.
klik
Stat- Basic Statistic-Display descriptive statistic
2.
Pada menu akan muncul
entry
variabel yang akan dicari ukuran penyebaran
dan pemusatannya serta penggambaran melalui pengaturan grafik
2) Korelasi Variabel
1. Langkah pertama adalah klik
Stat-Basic statistic-Corelation
2. Masukan variabel yang akan dilihat korelasinya, setelah di klik OK, maka akan
muncul nilai korelasi dan signifikansi koefisien korelasi tersebut.
Persamaan Korelasi yang digunakan menurut Arikunto (2003) adalah
r
xy=
Σ
X.Y
√
(
Σ
X
2) (
Σ
Y
2)
Keterangan :
r
xy= Koefisien korelasi yang dicari
Σ
X.Y
= Perkalian x dengan y
Σ
X
2= Simpangan setiap x dari rerata x (x-x)
Σ
Y
2= Simpangan setiap x dari rerata y(y-y)
3) Persamaan Regresi
Klik
Stat-Regression-Regression
dan OK. Masukan dalam menu variabel
prediktor(sesuaikan dengan model regresi) dan respon, klik OK, maka akan muncul
Analisis Silsilah
Analisis Silsilah dilakukan melibatkan 110 kuda yaitu menggunakan 33 kuda
Thoroughbred, 13 kuda lokal Indonesia dan 64 keturunan kuda yang ada di
Peternakan Kuda Pamulang. Analisis silsilah dilakukan dengan analisis deskriptif.
Parameter yang di amati adalah pengaruh asal tetua Thoroughbred dan tetua kuda
[image:36.612.195.473.214.323.2]lokal terhadap prestasi keturunannya. Ilustrasi hal tersebut disajikan pada Gambar 4.
Gambar 4 Ilustrasi mengenai pengaruh tetua
Berdasarkan Gambar 4, kemudian G1 dihitung 1 jika berprestasi dan 0 jika
tidak berprestasi, kemudian dikomulatifkan berdasarkan perbedaan tetua. Pengaruh
dari tetua lokal ditunjukan pada Gambar 5.
Gambar 5 Pengaruh lokal terhadap
grading up
Saptadewi (G0/lokal priangan)
Lingard (Thoroughbred/Aus)
Saraswati
(G1)
Lokall Sumba Thourougbred
Thourougbred
(G2)
Thourougbred
(G3)
Thourougbred
[image:36.612.125.516.428.651.2]Berdasarkan Gambar 5 di ketahui bahwa semua keturunan G1, G2, G3, dan G4
dihitung 1 jika berprestasi dan dihitung 0 jika tidak berprestasi kemudian dikomulatif
[image:37.612.126.519.167.397.2]dan dipersentasikan. Pola pewarisan prestasi kuda antar generasi disajikan pada
Gambar 6 dibawah ini.
Gambar 6 Pewarisan sifat berprestasi kepada keturunannya
Berdasarkan Gambar 6, dari G1 yang berprestasi, kemudian dihitung
keturunannya yang ikut berprestasi atau tidak berprestasi. Begitipula jika G2
berprestasi dilihat G3nya yang berprestasi, dan jika G3 nya berprestasi juga diamati
prestasi G4. Sedangkan untuk melihat sifat tidak berprestasi dihitung keturunanya
yang juga ikut tidak berprestasi.
Analisis Perkembangan Pacuan Kuda
Analisis ini menggunakan analisis deskriptif dengan melibatkan kejuaraan
pacuan sebanyak 20, yaitu :
1.
Kejuaraan Pacuan Kuda “Kapolda Metro Jaya Cup 2000”, Jakarta 5 Maret
2000
2.
Champions Cup 2000 serie 2, Pulomas 21, Mei 2000
3.
Jakarta Derby 2000, Pulomas 26 Juni 2000
4.
Pacuan kuda Sambung Rasa “Minang cup 2002”, Pulomas 20 Januari 2002
Thourougbred
(G2)
Thourougbred
(G3)
Thourougbred
(G4)
G1 yang berprestasi
5.
Kejuaraan Pacuan Kuda “Kawanua Cup 2002”, Jakarta 21 April 2002
6.
Kejuaraan Nasional XXXVI Penyisihan seri I “Bhayangkara Cup IV 2002”,
Jakarta 14 Juli 2002.
7.
Kejuaraan Nasional Pacuan Kuda “Piala Bergilir Ketua DPD PDI-Perjuangan
DKI Jakarta” (Tiga Mahkota 2002 Seri II), Pulomas 26 Mei 2002.
8.
Kejuaraan Nasional XXXVI “Bhayangkara Cup IV 2002”, Jakarta, 28 Juli
2002.
9.
Kejuaraan Nasional Penyisihan Seri II “Bhayangkara Cup IV 2002”, Jakarta
28 Agustus 2002.
10.
Kejuaraan Pacuan Kuda “Sumbar Cup-2002”, Jakarta 22 Desember 2002.
11.
Pacuan Kuda “A.E Kawilarang Memorial Cup 2003”, Jakarta 23 Februari
2003.
12.
Kejuaraan Pacuan Kuda “Piala Tiga Mahkota Seri I-2003), Jakarta 30 Maret
2003.
13.
Kejuaraan Pacuan Kuda “Kawanua Cup II-2003”, 27 April 2003.
14.
Kejuaraan Pacuan Kuda “Piala Tiga Mahkota Seri II-2003, Jakarta 25 Mei
2003.
15.
Kejuaraan Pacuan Kuda “Derby Indonesia 2003”, Jakarta 13 Juli 2003.
16.
Kejuaraan Pacuan Kuda “A.E. Kawilarang Memorial Cup 2004, 22 Februari
2004.
17.
Kejuaraan Pacuan Kuda “Piala Tiga Mahkota Seri I-2004”, 28 Maret 2004.
18.
Kejuaraan Pacuan Kuda “Kawanua Cup III-2004”, 25 April 2004.
19.
Kejuaraan Pacuan Kuda “Jakarta Derby-2004”, Pulomas 20 juni 2004.
20.
Kejuaraan Pacuan Kuda “Ramadhan Cup 2004”, Pulomas 24 Oktober 2004.
Total kejuaran tersebut melibatkan 170 x pacuan kuda atau 510 kuda yang
menempati posisi 1, 2 dan 3 yang dipacukan di Pacuan Kuda Pulomas Jakarta.
Kondisi yang di amati adalah :
1.
Pengaruh warna terhadap prestasi kuda
2.
Pengaruh jenis kelamin terhadap prestasi kuda
Ilustrasi bentuk data yang dianalisis prestasinya disajikan pada Tabel 4 dibawah
ini. Berdasarkan ilustrasi pada Tabel 4 tersebut data tersebut direkapitulasi dan di
[image:39.612.109.534.172.292.2]persentasikan, serta ditampilkan dalam grafik.
Tabel 4 Informasi hasil pacuan kuda
Nama Kuda
Joki
Pelatih
Daerah
Nama Pemilik
Posisi finish
Surya Baskara
Jantan, Jragem Pargata king x Prima rita
Datulong Stable
C.Singal Edwin Basuki
Sulut Kharisma
Stable
Posisi 1
HASIL DAN PEMBAHASAN Analisis DNA
Analisis Gen Sitokrom b
Analisis dengan menggunakan primer sitokrom b untuk mengamplifikasi bagian DNA mitokondria dilakukan pada kuda lokal Indonesia (Sumbawa). Produk PCR yang dihasilkan dielektroforesis dengan menggunakan gel agarose
[image:40.612.243.378.221.484.2]dan hasil elektroforesis disajikan pada Gambar 7.
Gambar 7 Hasil elektroforesis gen sitokrom b pada kuda Indonesia
Berdasarkan hasil elektroforesis pada Gambar 7 diketahui berdasarkan
marker pada baris 1 bahwa gen sitokrom b pada kuda Indonesia yang terdapat pada baris kedua ternyata teramplifikasi dan berada pada range marker 300 bp. Untuk mengetahui lebih lanjut keberadaan susunan gen dari sitokrom b tersebut, maka dilakukan kegiatan sekuensing. Hasil sekuensing dari produk PCR tersebut ditampilkan pada Gambar 8.
350 300
DNA Marker
Gambar 8 Hasil sekuensing gen sitokrom b pada kuda Indonesia
CTTTT2 6 0T ACAGT TATA2 7 0GCTACAGCAT2 8 0TCATGGGCTA2 9 0TGTCCTACCA3 0 0TGAGGACAAA3 1 0TATCATTC TG3 2 0AGGGGCA
Berdasarkan Gambar 8 diketahui bahwa jumlah basa nukleotida yang tersekuen pada gen sitokrom yang dilakukan pada kuda Indonesia adalah 326 bp dengan persentase basa nukleotida T = 27.2%; C = 30%; A = 26.9%; G = 15.8%. Berdasarkan Gambar 4 tersebut juga dapat dilihat hasil sekuensing cukup baik, dimana dalam setiap grafik yang menunjukan satu basa nukleotida hanya ditunjukan oleh singel fic dominan yang muncul, tanpa terjadi penumpukan. Hasil sekuensing hanya pada awal sekuensing terlihat kurang baik karena terjadi penumpukan grafik. Hasil blast dari sekuen kuda Indonesia dengan data genbank disajikan pada Gambar 9.
Kuda Ind 4 CCTCCTAGGA-TCTGCCTA-TCCTCCAAATCTTAACAGGCCTATTCCTAGCCATACACT 60 DQ223539 105 ...A...A... 163 DQ297662 105 ...A...A... 163 DQ297661 105 ...A...A... 163 DQ297658 105 ...A...A... 163 Kuda Korea 14292 ...A...A... 14350 Kuda Aus 14292 ...A...A... 14350
Kuda Ind 61 ACACATCAGACACAACAACCGCCTTCTCATCCGTCACTCACATCTGCCGAGACGTGAACT 120 DQ223539l 164 ...G...T...T.... 223 DQ297662l 164 ...G...T...T.... 223 DQ297661l 164 ...G...T...T.... 223 DQ297658l 164 ...G...T...T.... 223 Kuda Korea 14351 ...G...T...T.... 14410 Kuda Aus 14351 ...G...T...T.... 14410
Kuda Ind 121 ACGGATGAATTATCCGCTACCTCCATGCCAACGGAGCATCCATATTCTTTATCTGCCTCT 180 DQ223539 224 ...A...T... 283 DQ297662 224 ...A...T... 283 DQ297661 224 ...A...T... 283 DQ297658 224 ...A...T... 283 Kuda Korea 14411 ...T...A...T... 14470 Kuda Aus 14411 ...T...A...T... 1447
Kuda Ind 181 TCATTCACGTAGGACGCGGCCTCTACTACGGCTCCTACACCTTCCTAGAAACATGAAACA 240 DQ223539 284 ...T...A...G... 343 DQ297662 284 ...T...A...G... 343 DQ297661 284 ...T...A...G... 343 DQ297658 284 ...T...A...G... 343 Kuda Korea 14471 ...T...A...G... 14530 Kuda Aus 14471 ...T...A...G... 14530
Kuda Ind 241 TTGGAATCATCCTACTTTTTACAGTTATAGCTACAGCATTCATGGGCTATGTCCTACCAT 300 DQ223539 344 ...C... 403 DQ297662 344 ...C... 403 DQ297661 344 ...C... 403 DQ297658 344 ...C... 403 Kuda Korea 14531 ...C... 14590 Kuda Aus 14531 ...C... 14590
Kuda Ind 301 GAGGACAAATATCATTCTGAGGGGCA 326 DQ223539 404 ....C...C..T... 425 DQ297662 404 ....C...C..T... 425 DQ297661 404 ....C...C..T... 425 DQ297658 404 ....C...C..T... 425 AY584828 14591 ....C...C..T... 14612 X79547 14591 ....C...C..T... 14612
Berdasarkan hasil blast pada Gambar 9 diketahui bahwa homologi gen terjadi pada basa nukleotida 4 sampai dengan 326. sehingga data basa nukleotida ke-1 sampai 3 tidak digunakan. Pada susunan basa ke-4 sampai 60 terdapat dua basa nukleotida yang hilang dibandingkan dengan basa dari genbank, sedangkan pada basa 61 sampai dengan 300 terdapat 9 basa yang tidak tersekuen dengan baik dimana basa tersebut tidak cocok dengan genbank dan juga berdasarkan pensejajaran grafik menggunakan program trace editor ternyata hasilnya kurang baik, sehingga data basa tersebut mengikuti basa yang telah ada di genbank. Basa nukleotida yang tidak tersekuen dengan baik tersebut ditandai dengan huruf basa yang berwarna merah. Pada sekuen sitokrom b pada Gambar 5 terdapat 4 pasang basa yang tidak dimiliki genbank tetapi hasilnya menunjukan grafiknya bagus ketika diperiksa dengan trace editor, sehingga empat situs basa tersebut yang terletak pada basa 133, 305, 314 dan 317 dapat dikategorikan situs variable, sedangkan motif konservatif ditemui pada susunan basa 3-132, 134-303, 305-313, dan 318-326. Motif konservatif dan juga variabel tersebut dapat menjelaskan keberadaan lokal Indonesia yang akan menjadi penanda genetik yang cukup diperlukan untuk identifikasi dan karakteristik kuda Indonesia dibandingkan dengan kuda bangsa lain. Menurut Aripin (2004) mengemukakan bahwa analisis homologi dapat dipergunakan untuk mempelajari struktur basa nukleotida gen, identifikasi gen dan juga melihat kekerabatan. Keberadaan lokal perlu dijaga kemurniannya sebagai bahan baku genetik. Untuk menjaganya perlu pengembangan bibit murni terutama diwilayah aslinya dengan strategi pada wilayah tersebut tidak boleh ada introduksi kuda dari luar, sehingga tidak terjadi kehilangan atau penurunan genetik bibit unggul kuda lokal Indonesia. Berdasarkan nilai homologi dapat disusun pohon kekerabatan antar kuda.. Hasil perhitungan jarak genetik kuda Indonesia dengan data kuda di genbank pada gen sitokrom b disajikan pada Tabel 5.
Tabel 5 Jarak genetik kuda Indonesia dengan kuda di genbank
Kode Kuda 1 2 3 4 5 6
1
2 0.00935
3 0.00935 0.00000
4 0.00935 0.00000 0.00000
5 0.00935 0.00000 0.00000 0.00000
6 0.01566 0.00623 0.00623 0.00623 0.00623
Berdasarkan Tabel 5 diketahui bahwa jarak genetik kuda Indonesia dengan kuda dari data genbank cukup jauh terutama kuda Korea dan kuda dari Australia yang memiliki basa mitokondria lengkap 16660 bp (Nilson et al. 2003), maupun dengan kuda luar negeri (LN) lainnya. Kuda Korea dengan kuda Australia mempunyai jarak genetik sangat dekat sehingga tidak terjadi evolusi yang berarti diantara mereka, sedangkan jarak genetik keempat kuda LN adalah sangat dekat, kemungkinan berasal dari breed kuda yang sama. Rata-rata jarak genetik dari overall
semua kuda tersebut adalah 0.00563. Sebuah konstruksi dari pohon filogenetik yang berasal dari jarak genetik disajikan pada Gambar 10.
DQ297662
DQ297658
DQ223539
DQ297661
Kuda Lokal Jeju Korea
Kuda dari Australia
Kuda Indonesia (Sumba)
24
18
[image:44.612.144.493.273.369.2]89 84
Gambar 10 Pohon filogenetik kuda lokal Indonesia dengan kuda di genbank.
Berdasarkan pohon filogenetik pada Gambar 10 diketahui bahwa nilai
bootstrep dari pembentukan pohon genetik tersebut cukup naik karena memiliki nilai lebih dari 85%.Dari pohon filogenetik tersebut kuda Indonesia memiliki perbedaan dengan kuda lain dari genbank. Hal tersebut dapat dilihat dari posisi kuda Indonesia yang berada diluar cluster kuda lain. Jauhnya jarak genetik dan jauhnya cluster kuda Indonesia menunjukan adanya aliran genetik dan juga kekerabatan yang cukup jauh dengan kuda lain, sehingga program persilangan untuk mencapai heterosis maksimal dapat dilakukan dengan baik kerena jauhnya kekerabatan.
Analisis Gen 12S RNA
Gambar 11 Hasil elektroforesis gen 12S RNA pada kuda Indonesia
Berdasarkan hasil elektroforesis pada Gambar 11 diketahui bahwa DNA yang
teramplifikasi menggunakan primer 12S mempunyai jumlah basa nukleotida pada range marker 400 bp. Hasil PCR yang telah dielektroforesis tersekun kemudian di sekuen. Hasil sekuensing dari DNA mitokondria 12S RNA tersebut ditampilkan pada Gambar 12.
400 350 300
DNA Marker
Produk PCR gen 12S RNA Kuda
Gambar 12 Hasil sekuen 12S RNA pada kuda lokal Indonesia
AA A TTT TG1G0C CTTT TATC2C0A C AA CA AA3AG0CT AT T C GCC4A0G AGT ACTAC5T0AG CAACA GC6C0TAAAACTCA7A0AG GACTT G G8C0G GTGCTT TA9C0ATCCCTC T1AG0A0G GAGCCT 1GT1T0CCATAATC1G2A0TAAACCCC1G3A0
TAAACCC1CA4C0CATCCC T1TG5C0TAATTC AG1C6C0TATATACC1G7C0CATC T TC1AG8C0AA ACCC T1AA9A0C AAGGT AC2C0G0AAGTAAGC2 A1C0AAATATCC2 A2A0CATAAAA2AC3G0TTAGG TC2AA4G0G TGT AGCC2 C5A0TGG G ATGG2 A6G0
AG AAATG G2G7C0TAC ATTT2TC8T0ACCC TAAG2 A9A0C AAG AAC3TT0T0AACCC GG3AC1G0A AAGTC T3CC2A0TG AAAC TG3G3A0G AC TAAAG3G4A0G G ATTTA3GC5A0G TAAAT T3AA6G0AATAG AG A3G7C0TT AATTG3AA8T0C AGGCC AT
9 0
Berdasarkan hasil sekuen pada Gambar 12 menunjukan bahwa ternyata hasil PCR tersebut tersekuen basa nuklueotida sebanyak 419 bp. Hasil sekuen tersebut terdiri dari basa nukleotida T = 20.4%; C = 26.0%; A = 34.4%; G = 19.1%. Berdasarkan grafik pada Gambar 8 dapat dilihat bahwa terdapat single pic dominan sebagai representasi dari basa nukleotida, sehingga hasil sekuen tersebut dapat dikategorikan hasil sekuen yang cukup baik. Hasil sekuen tersebut kemudian di alignment dengan program blast. Hasil blast tersebut disajikan pada Gambar 13.
Kuda Ind 27 AAAGCTATTCGCCAGAGTACTACTAGCAACAGCCTAAAACTCAAAGGACTTGGCGGTGC 85 Kuda Korea 550 ... 608 Kuda Aus 550 ... 608 AY012147(LN1) 478 ... 536 U02581(LN2) 34 ... 92
Kuda Ind 86 TTTACATCCCTCTAGAGGAGCCTGTTCCATAATCGATAAACCCCGATAAACCCCACCATC 145 Kuda Korea 609 ... 668 Kuda Aus 609 ... 668 AY012147(LN1) 537 ... 596 U02581(LN2) 93 ... 152
Kuda Ind 146 CCTTGCTAATTCAGCCTATATACCGCCATCTTCAGCAAACCCTAAACAAGGTACCGAAGT 205 Kuda Korea 669 ... 728 Kuda Aus 669 ... 728 AY012147(LN1) 597 ... 656 U02581(LN2) 153 ... 212
Kuda Ind 206 AAGCACAAATATCCAACATAAAAACGTTAGGTCAAGGTGTAGCCCATGGGATGGAGA 262 Kuda Korea 729 ... 785 Kuda Aus 729 ... 785 AY012147(LN1) 657 ... 713 U02581(LN2) 213 ...C... 269
Kuda Ind 263 GAAATGGGCTACATTTTCTACCCTAAGAACAAGAACTTTAACCCGGACGAAAGTCTCCAT 322 Kuda Korea 786 ... 845 Kuda Aus 786 ... 845 AY012147(LN1) 714 ... 773 U02581(LN2) 270 ... 329
Kuda Ind 323 GAAACTGGAGACTAAAGGAGGATTTAGCAGTAAATTAAGAATAGAGAGCTTAATTGAA 380 Kuda Korea 846 ... 903 Kuda Aus 846 ... 903 AY012147(LN1) 774 ... 831 U02581(LN2) 330 ...G... 387
[image:47.612.133.517.225.582.2]Kuda ind 381 TCAGGCCATGAAGCGCGCACACACCGCCCGTCACCCTC 418 Kuda Korea 904 ... 941 Kuda Aus 904 ... 941 AY012147(LN1) 832 ... 869 U02581(LN2) 388 ... 405
Gambar 13 Hasil blast sekuen 12s RNA pada kuda Indonesia
yang baik untuk keberadaan lokal, karena tidak memiliki motif yang spesifik pada kuda lokal Indonesia. Hasil dari homologi gen, kemudian dihitung jarak genetiknya. Hasil perhitungan jarak genetik ditampilkan pada Tabel 6.
Tabel 6 Nilai jarak genetik kuda Indonesia dengan data genbank.
Kode Kuda Kuda Indonesia (1)
Kuda Jeju Korea (2)
Kuda LN 1 (3)
Kuda dari Australia (4)
Kuda LN 2 (5)
1
2 0.00000
3 0.00000 0.00000
4 0.00000 0.00000 0.00000
5 0.00541 0.00541 0.00541 0.00541
Keterangan : LN 1 = Kuda luar negeri 1; LN 2 = Kuda luar negeri 2
Berdasarkan Tabel 6 diketahui bahwa kuda Indonesia dibandingkan dengan kuda Korea, kuda LN1 dan kuda dari Australia memiliki jarak genetik yang sangat dekat. Jarak genetik yang cukup jauh terdapat pada kuda LN2. Rata-rata jarak genetik diantara kuda-kuda tersebut adalah 0.00216. Berdasarkan jarak genetik kemudian dibuat sebuah pohon filogenetik yang disajikan pada Gambar 14.
Kuda Indonesia(Sumbawa)
kuda Jeju
Kuda LN 1
Kuda dari Australia
Kuda LN 2 32
[image:48.612.138.522.357.433.2]26
Gambar 14 Pohon filogenetik kuda Indonesia dengan data genbank pada gen 12 S RNA
Berdasarkan pohon filogenetik pada Gambar 14 diketahui bahwa kuda Indonesia satu cluster dengan kuda Korea, serta memiliki kekerabatan yang cukup dekat dengan kuda Austalia dan LN1, tetapi mempunyai kekerabatan yang jauh dengan kuda LN2.
Kuda G4 (keturunan Priangan)
Kuda Thorougbred (Australia)
Kuda KPI (keturunan Sumba)
[image:49.612.138.528.91.163.2]Kuda G0 (Sumbawa)
Gambar 15 Filogenetik kuda lokal Indonesia dengan kuda grading up dan Thorougbred Berdasarkan pohon filogenetik pada Gambar 14 diketahui bahwa kuda lokal Indonesia (G0) memiliki kekerabatan dekat dengan kuda KPI dan mempunyai kekerabatan yang cukup jauh dengan kuda Thorougbred dan G4. Sehingga grading up
yang dilakukan dengan kuda lokal Indonesia dengan kuda Thorougbred merupakan strategi yang cukup bagus mengingat pentingnya muncul efek heterosis akan terjadi jika kekerabaatan bangsa kuda yang disilangkan cukup jauh.
Pola Pemotongan Enzim Restriksi
Kuda lokal Indonesia (Sumba)
CCTCCTAGGA-TCTGCCTA- HaeIII
TCCTCCAAATCTTAACAGGICCTATTCCTAGCCATACACTACACATCAGACACGACAACTGCCTTCTCATCCGTCACTCACATCTGCC
GAGACGTTAACTACGGATGAATTATCCGCTACCTCCATGCCAACGGAGCATCAATATTTTTTATCTGCCTCTTCATTCACGTAGGACG HaeIII AluI
CGGICCTCTACTACGGCTCTTACACATTCCTAGAGACATGAAACATTGGAATCATCCTACTTTTCACAGTTATAGICTACAGCATTCA
TGGGCTATGTCCTACCATGAGGACAAATATCATTCTGAGGGGC
Fragmen sitokrom b (321bp) terbentuk 3 fragmen oleh HaeIII 37bp 159bp 125bp
2 fragmen oleh AluI 266 bp 55 bp
Kuda Luar Negeri (Genbank)
HinfI HaeIII
CCTCCTAGGIAATICTGCCTAATCCTCCAAATCTTAACAGGICCTATTCCTAGCCATACACTACACATCAGACACGACAACTGCCTTC
TCATCCGTCACTCACATCTGCCGAGACGTTAACTACGGATGAATTATCCGCTACCTCCATGCCAACGGAGCATCAATATTTTTTATCT
HaeIII HinfI
ccCTCTTCATTCACGTAGGACGCGGICCTCTACTACGGCTCTTACACATTCCTAGAGACATGAAACATTGGIAATICATCCTACTTTT AluI HaeIII
cacAGTTATAGICTACAGCATTCATGGGCTATGTCCTACCATGAGGICCAAATATCCTTTTGAGGGGCA
Fragmen sitokrom b (321bp) terbentuk 5 fragmen oleh hinFI 9 bp, 3 bp, 232bp, 3 bp, 79 bp
4 fragmen oleh HaeIII 39 bp, 159 bp, 105 bp, 22 bp
[image:50.612.129.539.78.426.2]2 fragmen oleh AluI 269 bp, 56 bp
Gambar 16 hasil pemotongan enzim restriksi pada sitokrom b
Berdasarkan Gambar 16 diketahui bahwa penggunaan 14 enzim restriksi hanya dua yang dapat memotong kuda lokal Indonesia yaitu HaeIII (tiga situs pemotongan) dan AluI (satu situs pemotongan), tetapi pada sekuen kuda dari genbank terdapat 3 enzim restriksi yang dapat memotongnnya yaitu HinfI (dua situs pemotongan), HaeIII (tiga situs pemotongan) dan AluI (satu situs pemotongan). Situs pemotongan tersebut sebagai marker untuk mengetahui keberadaan lokal kuda Indonesia. Pada gen 12S dicoba digunakan 14 enzim restriksi yang hasilnya disajikan pada Gambar 17.
AluI
CCACAACAAAGICTATTCGCCAGAGTACTACTAGCAACAGCCTAAAACTCAAAGGACTTGGCGGTGCTTTACATCCCTCTAGAGGAGC
TaqI
CTGTTCCATAATICGATAAACCCCGATAAACCCCACCATCCCTTGCTAATTCAGCCTATATACCGCCATCTTCAGCAAACCCTAAACA
AGGTACCGAAGTAAGCACAAATATCCAACATAAAAACGTTAGGTCAAGGTGTAGCCCATGGGATGGAGAGAAATGGGCTACATTTTCT
ACCCTAAGAACAAGAACTTTAA
Fragmen 12S RNA (284bp) terbentuk 2 fragmen oleh AluI 11bp 273bp 2 fragmen oleh TaqI 99bp 185bp
Analisis Ukuran Tubuh Kuda
[image:52.612.163.479.223.372.2]Ukuran-ukuran tubuh ternak dipengaruhi oleh umur dan jenis kelamin. Peningkatannya akan terjadi seiring dengan bertambahnya umur ternak, begitu pula, ternak jantan mempunyai ukuran tubuh yang lebih besar dari betina. Hasil pencatatan dan pengukuran terhadap 18 ekor kuda persilangan didapatkan ukuran-ukuran tubuh ternak yang dapat dilihat pada Tabel 7.
Tabel 7 Penampilan kecepatan pacu dan ukuran tubuh kuda yang berprestasi
Parameter Rerata + SD Koefisien Keragaman
(%) Kecepatan Tinggi Pundak Panjang badan Lebar dada Panjang bahu Tinggi punggung
15.707 m/det + 0.692 154.89 cm + 4.17
144.08 cm + 8.56 34.167 cm + 1.79 68 cm + 2.68 148.62 cm + 3.19
4.4 2.7 5.9 5.2 3.9 2.1
Berdasarkan hasil analisis pada Tabel 7 tersebut menunjukkan bahwa rerata kecepatan pacu, dan ukuran tubuh relatif tidak bervariasi. Nilai kecapatan dan ukuran tubuh seperti yang ditampilkan pada Tabel 7 merupakan niali ideal untuk menjadi kuda pacu yang unggul. Koefisien keragaman sebagai suatu ukuran keragaman relatif pada ternak kuda yang di amati tidak menunjukan koefisien keragaman yang tinggi pada parameter yang diamati, hal tersebut dapat disebabkan diambilnya sampel yang hanya berasal dari kuda yang berprestasi, sehingga mempunyai nilai yang relatif seragam dan hanya sedikit menunjukan sedikit keragaman dimana pada nilai koefisien keragamannya tidak ada yang melebihi 7 %. Nilai keragaman yang kecil tersebut menunjukan adanya variasi ukuran tubuh antar individu kuda yang rendah.
tertentu (dewasa tubuh). Perkembangan tulang kerangka yang telah sempurna terjadi pada kondisi dewasa tubuh dan ukuran-ukuran tubuh yang terkait langsung dengan tulang kerangka ukurannya relatif tidak berubah.
Hubungan antara Ukuran Tubuh Kuda
[image:53.612.191.447.420.514.2]Analisis korelasi secara umum digunakan untuk mengetahui keterkaitan antara dua peubah atau lebih peubah pada satu sampel yang sama. Beberapa teknik analisis dapat digunakan untuk melihat ada tidaknya hubungan antara peubah tersebut. Analisis korelasi yang digunakan adalah korelasi dua peubah dengan kesimpulan bahwa semakin besar koefisien korelasi atau mendekati + 1 atau – 1, berarti hubungan antara dua peubah tersebut sangat erat. Korelasi yang bernilai positif atau negatif dapat terjadi karena beragamnya ukuran tubuh ternak yang di amati. Korelasi positif dicirikan dengan meningkatnya suatu sifat, maka akan meningkatkan sifat yang lain, sedangkan korelasi negatif ditunjukan dengan meningkatnya suatu sifat, maka akan menurunkan sifat yang lain. Berdasarkan analisis korelasi terhadap ternak kuda didapat hasil korelasi seperti yang dapat dilihat pada Tabel8.
Tabel 8 Korelasi antara ukuran-ukuran tubuh kuda
Ukuran Tubuh TP PB LD PBH
PB 0.341
LD -0.012 0.195
PBH 0.404 0.225 0.221
TPG 0.899 0.330 -0.081 0.464
Keterangan : TP = tinggi pundak; PB = panjang badan; LD = lebar dada; PBH = panjang bahu
Berdasarkan nilai koefisien korelasi pada Tabel 8 di ketahui bahwa korelasi tertinggi terdapat pada tinggi pundak dengan tinggi punggung (0.899) dan korelasi terendah terdapat pada lebar dada dengan tinggi punggung (-0.081)
Hubungan Kecepatan dengan Ukuran Tubuh
Penggunaan ukuran-ukuran tubuh untuk mendug
