B1J009040 10 1.

(1)

Lampiran 1. Peta Lokasi Pengambilan Sampel

Keterangan: 1-11 = nomor stasiun pengambilan sampel = batas daerah hulu, tengah dan hilir

Cijalu

2

Kampung Larangan, Desa Sepatnunggal

Kampung Kutangsa, Desa Bener

Kampung Gintung, Desa Bener

Kampung Lempeng, Desa Jenang

Kampung Mulyadadi, Desa Mulyadadi

Kampung Mulyasari, Desa Mulyadadi

Kampung Rawalo, Desa Pahonjean

Muara di Kampung cilanggir, Kecamatan Wanareja

Kampung Mbale Kambang, Desa Pahonjean Kampung Selis,

Desa Jenang

U

S 2

1

3

4

5

6

7

8

9

10

(2)

Lampiran 2. Kunci Determinasi Ikan Ordo Siluriformes menurut Hasanuddin Saanin (1984)

1. Pterygoplichthys pardalis(Kottelat et al. 1993)

Loricariidae adalah ikan berkumis yang berasal dari Amerika Selatan dan mempunyai badan

yang tertutup oleh kulit yang mengeras dan mulutnya berbentuk seperti cakram.

Kunci ke genus:

1b. 10-13 jari-jari bercabang pada sirip punggung ... Pterygoplichthys

Kunci ke spesies:

Memiliki 10-13 jari-jari bercabang pada sirip punggung.

2. Glyptothorax platypogon(Kottelat et al. 1993)

1b. Sirip punggung mempunyai satu duri ... 2

3b. Bentuk sirip ekor tidak meruncing, tidak bersatu dengan sirip

punggung... 5

7a. Kedua lubang hidung... 8

8a. Kedua lubang hidung dipisahkan oleh sungut pendek: 11-16 jari-jari

sirip... sisoridae

Kunci ke genus:

1a. Organ perekat terbentuk dari lipatan kulit memanjang pada dada di

antara sirip-sirip dada, berukuran kecil, panjang standar maksimum

150mm ... Glyptothorax

Kunci ke spesies:

Panjang total mencapai 150mm. Lebar badan 5,0-5,5 kali lebih pendek

dari panjang standar. Panjang batang ekor kira-kira dua kali lebarnya.

Badan berwarna biru kehitaman ketika hidup, dengan sebuah garis

terang sepanjang punggungnya. Badan tertutup oleh butir-butir sangat

(3)

3. Channa striata(Kottelat et al. 1993)

2b. Sirip punggung memanjang 3

3a. Mempunyai mulut yang dapat disembulkan, mulut subterminal, sirip

perut didada, badan memanjang, tulang-tulang insang depan tidak

berduri, tutup insang bersisik ... Perciformes

Kunci ke genus:

1b. Pola pewarnaan berbeda-beda, 11-16 jari-jari sirip dubur .. . 2

Kunci ke spesies:

Memiliki panjang total tubuh antara 14 cm sampai dengan 17 cm.

Bentuk kepala besar agak gepeng, tubuh bulat gilig memanjang, mulut

besar, dan bersungut. Sisi atas tubuh dari kepala hingga ekor berwarna

gelap atau hitam kecoklatan. Sisi bawah tubuh berwarna putih. Sirip

punggung memanjang dan sirip ekor membulat di ujungnya. Sirip

punggung lebih panjang dari sirip dubur.

4. Hemibagrus nemurus(Kottelat et al. 1993)

1a. Sirip punggung (jika ada) tidak berduri ... 2

3b. Bentuk sirip ekor tidak meruncing, tidak bersatu dengan sirip punggung . 5

5b. Sirip dubur pendek, 8-26 jari-jari ... 7

7b. Kedua lubang hidung tidak berdekatan, bagian belakang bersungut ... 9

9b. Kepala dan badan halus, ukurannya mencapai 1 meter ... Bagridae

Kunci ke genus:

1b. Pola pewarnaan berbeda-beda, 9-18 jari-jari sirip dubur... 2

2a. Mata tidak tertutup oleh kulit, sungut umumnya lebih panjang daripada

kepala... Hemibagrus

(4)

Memiliki 11-16 jari-jari sirip dubur dan panjang total dapat mencapai 570 mm.

Berwarna coklat gelap dengan pita tipis memanjang yang jelas berawal dari tutup

insang hingga pangkal sirip ekor. Panjang pangkal sirip lemak sama dengan panjang

pangkal sirip dubur. Sungut hidung mencapai mata, sungut rahang atas memanjang

hampir mencapai sirip dubur. Lebar badan lima kali lebih pendek dari panjang

standar. Bagian atas kepala kasar, terdapat garis gelap memanjang di tengah dan

biasanya terdapat sebuah titik hitam di ujung dirip lemak.

5. Mystus gulio(Kottelat et al. 1993)

3b. Bentuk sirip ekor tidak meruncing, tidak bersatu dengan sirip

punggung... 5

5b. Sirip dubur pendek, 8-26 jari jari ... 7

7b. Kedua lubang hidung tidak berdekatan, bagian belakang bersungut ... 9

9b. Kepala dan badan halus, ukurannya mencapai 1 meter... Bagridae

Kunci ke genus:

2a. Mata tidak tertutup oleh kulit, sungut umumnya lebih panjang daripada

kepala... Mystus

Kunci ke spesies:

Memiliki 14-15 jari-jari sirip dubur dan panjang total dapat mencapai 450 mm.

Dibedakan dari Mystus lainnya oleh sirip lemak yang pangkalnya lebih pendek daripada

pangkal sirip dubur.

6. Mystus micracanthus(Kottelat et al. 1993)

(5)

3b. Bentuk sirip ekor tidak meruncing, tidak bersatu dengan sirip punggung .. 5

5b. Sirip dubur pendek, 8-26 jari jari ... 7

7b. Kedua lubang hidung tidak berdekatan, bagian belakang bersungut... 9

9b. Kepala dan badan halus, ukurannya mencapai 1 meter... Bagridae

Kunci ke genus:

2a. Mata tidak tertutup oleh kulit, sungut umumnya lebih panjang daripada kepala

.. Mystus

Kunci ke spesies:

Memiliki 11-12 jari-jari sirip dubur dan panjang standar dapat mencapai 145 mm. Sirip

lemak jauh lebih panjang daripada sirip punggung dan hampir berambung dengan sirip

punggung. Dahi jauh dari pangkal tonjolan di belakang kepala. Sungut-sungutnya sangat

panjang dengan sungut rahang atas memanjang melampaui ujung sirip ekor. Tubuh

berwarna coklat. Batang ekor mempunyai bercak segitiga berwarna gelap, bagian

(6)

Lampiran 3. Kunci Determinasi Ikan Ordo Cypriniforformes menurut Hasanuddin Saanin (1984)

7. Nemacheilus crysolaimos(Kottelat et al. 1993)

1b. Tidak ada duri di bawah mata, posisi mulut dan sungut

bervariasi ... 2

2b. Tidak ada celah insang ke dua, bibir tidak dapat

dikembangkan ... 3

3a. Sedikitnya terdapat enam sungut (kecuali Ellopostoma yang mempunyai

mulut sangat kecil yang dapat dijulurkan), mulut inferior, dan lebarnya

7-8 kali lebih kecil dari lebar kepala, penampilannya menyolok dan

mempunyai dua sungut .. Balitoridae

Kunci ke genus:

1b. Bagian belakang sirip perut tidak bersatu, sirip dada mempunyai 1-2

jari-jari sederhana dan 11-17/2 jari-jari-jari-jari bercabang . . 4

4a. Sebuah jari-jari sederhana di bagian depan sirip dada . 5

5b. Sirip punggung mempunyai 6 161 / 2 jari-jari bercabang .. 6

6b. Sirip punggung mempunyai 6-101/2 jari-jari bercabang, lebar mulut 2-3

kali lebih pendek dari lebar kepala dan tidak dapat dijulurkan,

mempunyai 3-4 pasang sungut ... 7

7b. Satu sungut rahang bawah pada masing-masing sudut

mulut ... 8

8b. Perut datar, badan pipih datar, sirip-sirip memanjang ke sisi badan, 8-10

jari-jari bercabang pada sirip perut . 10

10b. Pinggiran lubang hidung berbentuk seperti katup, tidak berkembang

(7)

11b. Tidak ada sungut pada bibir, sungut hidung dan sungut rahang bawah

mencapai mata, sirip ekor bercagak mencolok (kecuali pada

Nemacheilus olivaceus), ukuran badannya dapat mencapai

120mm ... 12

12a. Sirip ekor tidak berwarna atau dengan barisan vertical bintik-bintik

kecil... Nemacheilus

Kunci ke spesies:

Memiliki panjang standar 50 mm. Tidak ada sisik lancip pada batang ekor

yang panjangnya 1,1-1,5 kali lebarnya. Mata 18-26 kali lebih pendek dari

panjang standar. Mempunyai 18-19 pita warna tippis gelap yang tidak

(8)

Lampiran 4. Data Perolehan Sampel Ikan Ordo Siluriformes di Sungai Cijalu

Lokasi Stasiun

Jumlah Individu per Spesies Ikan (ekor)

Jumlah

Jumlah ikan tiap spesies 5 1 85 11 68 12 182

Keterangan :

Stasiun 1 : Kampung Larangan Desa Sepat Nunggal Stasiun 2 : Kampung Kutangsa Desa Bener

Stasiun 3 : Kampung Gintung Desa Bener Stasiun 4 : Kampung Lempeng Desa Jenang Stasiun 5 : Kampung Selis Desa Jenang

Stasiun 6 : Kampung Mulyadadi Desa Mulyadadi

Stasiun 7 : Kampung Mulyasari Desa Mulyadadi Stasiun 8 : Kampung Rawalo Desa Pahonjean

(9)

Lampiran 5. Hasil Pengukuran Karakter Morfologi Ikan Ordo Siluriformes yang Tertangkap di Sungai Cijalu (Ingroup) dan IkanNemacheilus chrysolaimos (outgroup)

NO KARAKTER MORFOLOGI INGROUP OUTGROUP

A B C D E F G

1 Bentuk tubuh kombinasi kombinasi kombinasi picak kombinasi kombinasi kombinasi

2 Letak mata 2 sisi 2 sisi 2 sisi 2 sisi 2 sisi 2 sisi 2 sisi

3 Posisi mulut inferior subterminal subterminal subterminal subterminal ubterminal terminal

4 Sisik tidak ada tidak ada tidak ada tidak ada tidak ada tidak ada ada

5 Garis rusuk tidak ada ada Ada tidak ada tidak ada tidak ada ada

6 Sungut 1 pasang 4 pasang 4 pasang 4 pasang 4 pasang 4 pasang 1 pasang

7 Bentuk sungut sembulan

kulit pecut

sembulan

kulit sembulan kulit Pecut pecut pecut

8 Memiliki ciri khusus ada tidak ada Ada tidak ada tidak ada tidak ada ada

9 Sirip lemak ada ada Ada Ada Ada ada tidak ada

10 Bentuk sirip ekor sabit bercagak Bercagak membulat Bercagak bercagak bercagak

11 Jari-jari sirip punggung 10-13 10-13 6-9 6-9 6-9 6-9 10-13

12 Jari-jari sirip dubur 4-10 11-16 11-16 11-16 11-16 11-16 4-10

13 Panjang sirip lemak : panjang sirip dubur lebih pendek

sama panjang

sama

panjang lebih panjang

lebih pendek

lebih

panjang lebih panjang

14 Panjang kepala : panjang total tubuh 1/7 ¼ ¼ ¼ ¼ 1/5 1/7

15 Tinggi tubuh : panjang total tubuh 1/5 1/5 1/7 ¼ 1/5 ¼ 1/7

16 Panjang total tubuh : lebar tubuh 5x 5x 7x 5x 5x 5x 7x

17 Tinggi sirip punggung : panjang total tubuh 1 : 10 1 : 10 1 : 10 1 : 10 1 : 10 1 : 15 1 : 4

18 Panjang sirip dada : panjang total tubuh 1 : 6 1 : 9 1 : 6 1 : 10 1 : 9 1 : 10 1 : 6

19 Panjang sirip perut : panjang total tubuh 1 : 7 1 : 8 1 : 8 1 : 7 1 : 8 1 : 8 1 : 7

(10)

Keterangan :

A :Pterygoplichthyspardalis

B :Hemibagrus nemurus

C :Glyptothorax platypogon

D :Channa striata

E :Mystus gulio

F :Mystus micracanthus

(11)

Lampiran 6. Karakter Morfologi Ikan Ordo Siluriformes dalam BentukNexus Files Channa.striata Mystus.gulio Mystus.micracanthus Nemacheillus.chrysolaimos;

1 kombinasi-picak [bentuk tubuh kombinasi=0 picak=1] 2 letak mata [letak mata 2 sisi=0 letak mata 1 sisi=1] 3 posisi mulut [terminal=0 subterminal=1 inferior=2] 4 tidak-memiliki sisik [sisik memiliki=0 tidak memiliki=1] 5 garis rusuk [ada garis rusuk=0 tidak ada garis rusuk=1] 6 1pasang 4pasang [jumlah sungut 1pasang=0 4pasang=1] 7 bentuk sungut [sungut bentuk pecut=0 sembulan kulit=1] 8 memiliki ciri khusus [ada=0 tidak ada=1]

9 sirip lemak [sirip lemak tidak ada=0 ada=1]

10 bercagak membulat sabit [bentuk sirip ekor bercagak=0 membulat=1 sabit=2]

11 banyak sedikit [jari-jari sirip punggung banyak(10-13)=0 sedang(6-9)=1]

12 sedikit banyak [jari-jari sirip dubur sedikit (4-10)=0 banyak(11-16)=1]

13 panjang sama panjang lebih pendek [panjang sirip lemak dari sirip dubur lebih panjang=0 sama panjang=1 lebih pendek=2]

14 panjang sama panjang lebih pendek [panjang kepala dari sirip dubur lebih panjang=0 sama panjang=1 lebih pendek=2]

15 pendek sedang tinggi [tinggi tubuh dibandingkan dengan panjang tubuh total pendek(1/4)=0 sedang(1/5)=1 panjang(1/7=2)]

16 panjang total tubuh [panjang total tubuh 7x lebar tubuh=0 5x lebar tubuh=1]

17 pendek sedang tinggi [perbandingan tinggi sirip punggung dan panjang total tubuh pendek(1:4)=0 sedang(1:10)=1 tinggi(1:15)=2] 18 pendek sedang tinggi [perbandingan panjang sirip dada dan panjang total tubuh pendek(1:6)=0 sedang(1:9)=1 tinggi(1:10)=2] 19 pendek sedang [perbandingan panjang sirip perut dan panjang total tubuh pendek(1:7)=0 sedang(1:8)=1]

(12)

matrix

Hyposarkus.pardalis 00211010120020111000 Hemibagrus.nemurus 00110101100111111111 Glyptothorax.platypogon 00110110101111201010 Channa.striata 10111111111101011201

Mystus.gulio 00111101101121111112

Mystus.micracanthus 00111101101121111112

Nemacheillus.chrysolaimos 00000000000000200000; end;

begin paup;

log file=skripsiLucky.log replace; [perintah untuk mencatat semua proses dalam file log]

set autoclose=yes warnreset=no increase=auto notifybeep=yes; [perintah supaya proses tidak terhenti karena interface]

set outroot=monophyl; [opsi rooting outgroup mono- poly- para-] outgroup Nemacheillus.chrysolaimos;

set criterion=parsimony; [opsi kriteria rekonstruksi] hsearch addseq=random;

bootstrap nreps=1000; bandb addseq=simple;

describe all/ tcompress=Yes plot=phylogram; [menampilkan pohon mp]

savetrees brlens=yes append=yes file=skripsiLuckyNJ.tre; [save pohon mp]

describetrees 1/plot=both apolist=yes chglist=yes homoplasy=yes mprsets=yes fvalue=yes;

contree /strict=yes majrule=yes le50 grpfreq=yes; [pohon konsensus] savetrees brlens=yes append=yes file=skripsiLuckyNJcon.tre; [save pohon konsensus]

bootstrap [heuristic] nreps=1000; [menambahkan bootstrap]

savetrees brlens=yes append=yes savebootp=nodelabels maxdecimals=0 file=skripsiLuckyNJboot.tre;

(13)

Lampiran 7. Hasil Analisis Menggunakan Program PAUP (Phylogenetic Analysis Using Parsimony)

P A U P *

Version 4.0b10 for 32-bit Microsoft Windows Mon Mar 24 08:35:47 2014

---NOTICE---This is a beta-test version. Please report any crashes, apparent calculation errors, or other anomalous results. There are no restrictions on publication of results obtained with this version, but you should check the WWW site frequently for bug announcements and/or updated versions. See the README file on the distribution media for details.

---Outgroup status changed: 1 taxon transferred to outgroup

Total number of taxa now in outgroup = 1 Number of ingroup taxa = 6

Heuristic search settings:

Optimality criterion = parsimony Character-status summary:

Of 20 total characters:

All characters are of type 'unord' All characters have equal weight 1 character is constant

6 variable characters are parsimony-uninformative Number of parsimony-informative characters = 13 Starting tree(s) obtained via stepwise addition

Addition sequence: random Number of replicates = 10 Starting seed = 1664014149

Number of trees held at each step during stepwise addition = 1 Branch-swapping algorithm: tree-bisection-reconnection (TBR) Steepest descent option not in effect

Initial 'MaxTrees' setting = 100 (will be auto-increased by 100)

Branches collapsed (creating polytomies) if maximum branch length is zero 'MulTrees' option in effect

Topological constraints not enforced Trees are unrooted

Heuristic search completed

Total number of rearrangements tried = 216 Score of best tree(s) found = 34

Number of trees retained = 3 Time used = 0.44 sec

(14)

First Last First Times Island Size tree tree Score replicate hit

---1 3 ---1 3 34 1 10 Bootstrap method with heuristic search:

Number of bootstrap replicates = 1000 Starting seed = 1276783239

1000 bootstrap replicates completed Time used = 1.29 sec

Bootstrap 50% majority-rule consensus tree

/--- Nemacheillus.chr(1)

(15)

1234567 Freq %

12 groups at (relative) frequency less than 5% not shown Branch-and-bound search settings:

6 variable characters are parsimony-uninformative Number of parsimony-informative characters = 13 Initial upper bound: unknown (compute heuristically) Addition sequence: simple

Branch-and-bound search completed: Score of best tree found = 34 Number of trees retained = 3 Time used = 0.00 sec

Tree description:

Unrooted tree(s) rooted using outgroup method Optimality criterion = parsimony

Character-status summary: Of 20 total characters:

(16)

Character-state optimization: Accelerated transformation (ACCTRAN) Tree number 1 (rooted using user-specified outgroup)

Tree length = 34

Consistency index (CI) = 0.7353 Homoplasy index (HI) = 0.2647

CI excluding uninformative characters = 0.6538 HI excluding uninformative characters = 0.3462 Retention index (RI) = 0.5714

Rescaled consistency index (RC) = 0.4202 /--- Nemacheillus.chr

Tree number 2 (rooted using user-specified outgroup) Tree length = 34

Rescaled consistency index (RC) = 0.4202 /--- Nemacheillus.chr

Tree number 3 (rooted using user-specified outgroup) Tree length = 34

(17)

| | /---- Hemibagrus.nemur

Unrooted tree(s) rooted using outgroup method Optimality criterion = parsimony

Character-status summary: Of 20 total characters:

6 variable characters are parsimony-uninformative Number of parsimony-informative characters = 13

Character-state optimization: Accelerated transformation (ACCTRAN) Tree number 1 (rooted using user-specified outgroup)

Possible character-state assignments to internal nodes: 11111111112

(18)

Rescaled consistency index (RC) = 0.4202 f value = 28

f-ratio = 0.2258

(19)

(20)

Pairwise homoplasy matrix 1 2 3 4 5 6 7 1 Nemacheillus.chr

2 Hyposarkus.parda 0 3 Hemibagrus.nemur 4 2 4 Glyptothorax.pla 2 0 0 5 Channa.striata 4 6 0 2 6 Mystus.gulio 2 2 0 0 0 7 Mystus.micracant 2 2 0 0 0 0 -Strict consensus of 3 trees:

/--- Nemacheillus.chr 50% Majority-rule consensus of 3 trees

/--- Nemacheillus.chr(1) Bipartitions found in one or more trees and frequency of occurrence: 1234567 Freq %

3 trees appended to file "E:\SKRIPSI

LUCKY\SKRIPSI\NEXUS\skripsiLuckyNJcon.tre" Bootstrap method with heuristic search:

Number of bootstrap replicates = 1000 Starting seed = 1837078974

(21)

1000 bootstrap replicates completed Time used = 1.27 sec

Bootstrap 50% majority-rule consensus tree

/--- Nemacheillus.chr(1)

Bipartitions found in one or more trees and frequency of occurrence (bootstrap support values):

(22)

0 trees appended to file "E:\SKRIPSI