IDENTIFIKASI DAGING BABI PADA BAKSO YANG BEREDAR DI PASAR WAGE PURWOKERTO MENGGUNAKAN METODE POLYMERASE CHAIN REACTION (PCR) DAN ANALISIS RESTRIKSI MENGGUNAKAN ENZIM BamH1 DAN BseD1 SKRIPSI

IDENTIFIKASI DAGING BABI PADA BAKSO YANG

BEREDAR DI PASAR WAGE PURWOKERTO

MENGGUNAKAN METODE

POLYMERASE CHAIN

REACTION

_{(PCR) DAN ANALISIS RESTRIKSI}

MENGGUNAKAN ENZIM

BamH

_{1 DAN}

BseD

₁

SKRIPSI

Untuk memenuhi sebagian persyaratan Mencapai Derajat Sarjana S-1

Diajukan Oleh

LINA PURNAMASARI

0908010146

Kepada Fakultas Farmasi

ii

IDENTIFIKASI DAGING BABI PADA BAKSO YANG

BEREDAR DI PASAR WAGE PURWOKERTO

MENGGUNAKAN METODE

POLYMERASE CHAIN

REACTION

_{(PCR) DAN ANALISIS RESTRIKSI}

MENGGUNAKAN ENZIM

BamH

_{1 DAN}

BseD

₁

SKRIPSI

Untuk memenui sebagian persyaratan Mencapai Derajat Sarjana S-1

Lina Purnamasari 0908010146

FAKULTAS FARMASI

UNIVERSITAS MUHAMMADIYAH PURWOKERTO

PURWOKERTO

HALAMAN PERNYATAAN

Yang bertandatangan di bawah ini, saya:

Nama : Lina Purnamasari

NIM : 0908010146

Program Studi : Farmasi

Fakultas/Universitas : Farmasi / Universitas Muhammadiyah Purwokerto

Menyatakan dengan sebenar-benarnya bahwa skripsi ini adalah hasil dari

proses penelitian saya yang telah dilakukan dengan prosedur penelitian yang benar dengan arahan dari dosen pembimbing dan bukan hasil penjiplakan dari karya orang lain. Sumber informasi yang berasal atau dikutip dari karya yang diterbitkan maupun yang tidak diterbitkan dari penulis lain telah disebutkan dalam teks dan dicantumkan dalam daftar pustaka di bagian akhir skripsi ini.

Demikian pernyataan ini, dan apabila kelak dikemudian hari terbukti ada

unsur penjiplakan, maka saya bersedia mempertanggungjawabkan sesuai dengan ketentuan yang berlaku.

Purwokerto, Juni 2013

Yang menyatakan

v

INTISARI

LINA PURNAMASARI. Identifikasi Daging Babi Pada Bakso yang Beredar di Pasar Wage Purwokerto Menggunakan Metode Polymerase Chain Reaction

(PCR) dan Analisis Restriksi Menggunakan Enzim BamH1 dan BseD1

Dibawah Bimbingan WIRANTI SRI RAHAYU dan SUPARMAN.

Latar Belakang : Kehalalan suatu produk makanan di Indonesia merupakan hal yang sangat penting, karena mayoritas penduduknya beragama Islam. Babi merupakan hewan yang secara keseluruhan bagiannya diharamkan dalam agama Islam. Banyak terjadi kasus pencampuran daging babi pada produk olahan daging seperti bakso. Pada tahun 2012, LPPOM MUI menemukan lebih dari sepuluh kasus pencampuran daging babi dibeberapa tempat atau pasar.

Tujuan Penelitian: Mendeteksi adanya campuran daging babi pada produk bakso yang beredar di Pasar Wage Purwokerto menggunakan metode PCR dan analisis restriksi menggunakan enzim BamH1 dan BseD1.

Metode Penelitian: Jenis penelitian yang digunakan adalah non eksperimental. Sampel Bakso dianalisis menggunakan PCR dan analisis restriksi menggunakan enzim BamH1 dan BseD1.

Hasil dan Kesimpulan :

ABSTRACT

LINA PURNAMASARI. Pork Identification on Meatballs Collected in Wage Market Purwokerto Using Polymerase Chain Reaction (PCR) and Restriction Analysis Using BamH1 and BseD1 Enzymes.

Under Guidance: WIRANTI SRI RAHAYU and SUPARMAN

Background: The halalness of food product became a major obstacle in Indonesia, because the majority of the population are Moslems. Pig is an animal that the whole part is forbidden in Islam. There are many pork mixing cases on meat product such as a meatball. In 2012, LPPOM MUI found more than 10 cases at the severe place or market.

Objective: The objective of the research is to identify the pork mixture in meatballs product that collected in Wage market Purwokerto using PCR method and restriction analysis using bamh1 and bsed1 enzymes.

Method: The type of the research is non-experimental. Pork content in meatball samples were analyzed using PCR and restriction analysis using BamH1 and BseD1 enzymes.

Results and Conclusion: PCR amplification using the primers Cyt b gene produced DNA fragment with size of 359 bp. Restriction analysis using BamH1 enzyme produced DNA fragments sized 115 and 224 bp, while the BseD1 enzyme produced DNA fragments sized 131 and 228 bp. Restriction analysis using BamH1 and BseD1 enzymes did not cut the cow DNA and sized 359 bp. Analysis of meatball samples showed that all DNA samples were not cut and sized 359 bp. All meatball samples were free from pork.

vii

HALAMAN PERSEMBAHAN

Dengan mengucap syukur Alhamdulillah, Skripsi ini dipersembahkan untuk orang-orang yang berpengaruh dan mewarnai kehidupan penulis.

 Ayah bunda tercinta, motivator terbesar dalam hidupku yang tak pernah berhenti mendo’akan dan menyayangiku, terima kasih atas semua pengorbanan dan kesabaran mengantarku sampai kini.

 Semua keluarga besar yang telah memberikan doa dan dukungan kepada penulis.

PRAKATA

Puji syukur alhamdulillah penulis panjatkan kehadirat Allah SWT, atas segala rahmat dan karunia-Nya, sehingga penulis dapat menyelesaikan skripsi yang berjudul “Identifikasi Daging Babi pada Bakso yang Beredar di Pasar Wage

Purwokerto Menggunakan Metode Polymerase Chain Reaction (PCR) dan Analisis Restriksi Menggunakan Enzim BamH1 dan BseD1”. Skripsi ini disusun guna memenuhi persyaratan untuk mencapai derajat Sarjana Farmasi di Fakultas Farmasi Universitas Muhammadiyah Purwokerto.

Penyusunan skripsi ini tidak lepas dari bantuan berbagai pihak, oleh karena

itu penulis mengucapkan terima kasih kepada Ibu Wiranti Sri Rahayu, M.Si., Apt dan Bapak Suparman, M.Sc., Apt yang telah berkenan membimbing dan mengarahkan penulis dalam menyelesaikan skripsi ini.

Ucapan terima kasih dan penghargaan juga penulis sampaikan kepada : 1. Bapak Drs. H. Syamsuhadi Irsyad, S.H., M.H selaku Rektor Universitas

Muhammadiyah Purwokerto.

2. Ibu Drs. Nunuk Aries Nurlita, M.Si, Apt dan Binar Asrining Dhiani, M.Sc., Apt selaku Penguji. Terima kasih atas saran dan kritik yang sangat membangun dalam penyusunan skripsi.

3. Semua dosen dan karyawan Fakultas Farmasi Universitas Muhammadiyah Purwokerto yang telah memberikan bekal bagi kehidupan penulis.

4. Bapak Sikin Durohman dan Ibu Kasmi selaku orangtua, terima kasih atas semua pengorbanan, kasih sayang dan doa yang tak pernah berhenti tercurahkan untuk penulis.

5. Mba Fidia Fibriana yang telah bersedia membantu dan berbagi ilmu yang

sangat berharga bagi penulis.

6. Bapak Surajiman dan Ibu Istini selaku teknisi yang selalu membimbing penulis dengan penuh kesabaran.

ix

9. Sahabat-sahabatku terbaik (Isna, Resti, Dian dan Winda) terima kasih atas doa dan dukungannya.

10. Spesial terima kasih kepada Pity, Isna, Ayu, Cucut, Mba Opi, Ale, Handri, Paradhita, Mareta dan Tri Ayu yang tak pernah berhenti mensupport penulis saat ujian skripsi. Semoga kalian mendapatkan hasil yang terbaik pula.

11. Teman-teman di kost Putih (Fifi, Unul, Cimun, mba Sasa, Puji, Lastri dll) terima kasih atas semua canda-tawa, suka-duka dan tangisannya. ”You are my family”.

12. Semua pihak yang telah membantu penulis dalam menulis skripsi ini.

Penulis menyadari bahwa tanpa bantuan dari berbagai pihak penyusunan

skripsi ini tidak akan berjalan baik. Semoga skripsi ini dapat berguna untuk setiap orang yang membacanya. Amin.

Purwokerto, Juni 2013

RIWAYAT HIDUP

Nama : Lina Purnamasari

NIM : 0908010146

Fakultas : Farmasi

Tempat dan Tanggal Lahir : Kebumen, 21 Desember 1991 Jenis Kelamin : Perempuan

Alamat : Karanggadung Rt 01/01, Kec. Petanahan, Kebumen

Riwayat pendidikan :

a. PT : Universitas Muhammadiyah Purwokerto

Lulus tahun 2013

xi A. Latar Belakang Permasalahan ……… 1

B. Perumusan Masalah ……… 2

2. Komponen-komponen untuk PCR ………. 11

E. Elektroforesis Gel ………... 13

F. Analisis Kuantitatif DNA dengan Spektrofotometri ……….. 15

G. Analisis Restriksi……… 16

BAB III METODE PENELITIAN A. Jenis dan Rancangan Penelitian ………. 17

C. Alat dan Bahan ………... 17

D. Metode Penelitian ………... 18

1. Pengumpulan Sampel ……… 18

2. Pembuatan Reagen untuk Isolasi DNA ………... 18

a. Pembuatan Larutan Tris Hidroksimetil 0,5 M ….. 18

b. Pembuatan EDTA 0,5 M ……….. 18

c. Pembuatan NaCl 0,5 M ……… 18

d. Pembuatan SDS 10% ………... 18

e. Pembuatan Buffer Lisis ……… 18

f. Pembuatan Larutan Fenol ………. 19

g. Pembuatan CIAA ………. 19

h. Pembuatan Buffer TBE 1x ………... 19

i. Pembuatan Larutan TE ……….. 19

3. Pembuatan Seri Konsentrasi Standar ……… 20

4. Isolasi DNA ………... 20

5. Analisa PCR ……….. 21

6. Elektroforesis Gel ……….. 22

7. Analisis Restriksi ……… 23

a. Analisis Restriksi menggunakan enzim BseD1 .. 23

b. Analisis Restriksi menggunakan enzim BamH1.. 23

E. Analisis Hasil ……….. 24

BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN A. Pengumpulan Sampel ………. 25

B. Pembuatan Seri Konsentrasi ………... 25

C. Isolasi DNA Standar dan Sampel ………... 25

D. Pengujian Isolat DNA dengan Elektroforesis Gel …………. 28

E. Pengujian Isolat DNA dengan Spektrofotometri ……… 31

F. Analisa menggunakan PCR ……… 33

G. Analisis Restriksi ……… 38

1. Analisis Restriksi menggunakan enzim BseD1………. 38

2. Analisis Restriksi menggunakan enzim BamH1 …….. ₄₀

BAB V KESIMPULAN DAN SARAN A. Kesimpulan ……… 44

B. Saran ………... 44

DAFTAR PUSTAKA ……… 45

xiii

DAFTAR TABEL

Halaman

Tabel 1. Pembuatan seri konsentrasi standar ... 20 Tabel 2. Hasil absorbansi standar ... 32

Tabel 3. Hasil absorbansi sampel ... 32 Tabel 4. Perbandingan pola pemotongan fragmen DNA menggunakan enzim

DAFTAR GAMBAR

Halaman

Gambar 1. Susunan gen dari genom Mitokondria ... 6

Gambar 2. Proses denaturasi DNA ... 9

Gambar 3. Proses penempelan primer ... 10

Gambar 4. Proses pemanjangan DNA ... 10

Gambar 5. Interaksi EtBrO dengan DNA ... 15

Gambar 6. Elektroforesis hasil isolasi DNA standar. ... 29

Gambar 7. Elektroforesis hasil isolasi DNA sampel ... 29

Gambar 8. Elektroforesis amplicon standar ... 37

Gambar 9. Elektroforesis amplicon sampel... 37

Gambar 10. Analisis restriksi standar dengan enzim BamH1 ... 39

Gambar 11. Analisis restriksi sampel dengan enzim BamH1 ... 39

Gambar 12. Analisis restriksi standar dengan enzim BseD1... 41

xv

DAFTAR LAMPIRAN

Halaman

Lampiran 1. Perhitungan DNA hasil spektrofotometer standar pada OD 260

dan OD 280... ……… 50

Lampiran 2. Perhitungan DNA hasil spektrofotometer sampel pada OD 260

dan OD 280... 52