# Ko r e sp o nd e n si: Pu sat Rise t Pe r ikanan . Ged u ng BRSDMKP 2 ,
Jl. Pasir Pu t ih II No . 2 , An co l Tim ur, Jakart a Ut ar a 1 4 43 0 , In d o n e s ia.
Te l. + 6 2 2 1 6 4 7 0 0 9 2 8 E-m ail: i st i sugama@ yahoo.com
Tersedia online di: ht t p://ej ournal-balit bang.kkp.go.id/index.php/j ra
STUDI KASUS INFEKSI TILAPIA LAKE VIRUS (TiLV) PADA IKAN NILA (Oreochromis niloticus)
Ist i Koesharyani*)#, Lila Gardenia**), Zakiyah W idowati***), Khumaira***), dan Dita Rustianti***)
*) Pu sat Rise t Pe rikanan
**) Balai Rise t Pe rikanan Budidaya Air Tawar d an Penyu luhan Pe rikanan ***) Balai Uji Stan dar Karantin a Ikan
(Naskah dit erima: 11 Desember 2017; Revisi final: 29 Januari 2018; Diset ujui publikasi: 29 Januar i 2018)
ABSTRAK
Ikan nila atau Oreochromis nilot icus merupakan ikan konsumsi masyarakat di Indonesia. Kasus kematian massal ikan nila terjadi di beberapa lokasi budaya di Jawa, Lombok, dan Sumatera yang disebabkan oleh infeksi Ort homyxovirus, dan disebu t sebagai Tilapia Lake Virus (TiLV). Tujuan penelitian ini adalah untuk mendeteksi adanya infeksi TiLV dengan metode semi-nest ed Reverse Transcript ase-Polymerase Chain React ion
(RT-PCR) pada kasus kematian massal ikan nila. Lokasi pengambilan sampel di Desa Sigerongan Kecamatan Lingsar, Lombok, Nusa Tenggara Barat. Analisis deteksi RT-PCR menggunakan sampel organ otak, ginjal, limpa, dan hati, selanjutnya dilakukan sekuensing. Hasil pengamatan terhadap gejala klinis terhadap ikan nila moribund terlihat kondisi mata yang buram/katarak, serta cekung, abrasi kulit, serta perubahan warna tubuh menjadi lebih gelap. Hasil analisis RT-PCR menunjukkan bahwa kejadian kematian massal pada ikan nila suspektif diakibatkan oleh infeksi RNA virus TiLV. Analisis sekuensing menunjukkan bahwa TiLV dari sampel ikan nila di Lombok mempunyai kesamaan identitas genetik 97% dengan TiLV asal Israel (Genebank Accession Number KU 751816.1).
KATA KUNCI: nila; TiLV; seminested RT-PCR
ABSTRACT: Case study of tilapia lake virus (TiLV) infection on nila (Oreochromis nilot icus). By: Isti Koesharyani, Lila Gardenia, Zakiyah W idowati, Khumaira, and Dita Rustianti
Oreochromis niloticus is t he main consumpt ion fish commodit y in Indonesia. The mort alit y cases of Nile t ilapia have occurred in several cult ure sit es in Java, Lombok, and Sumat ra due t o t he infect ion of Ort homyxovirus, Tilapia Lake Virus (TiLV). The purpose of t his st udy was t o detect t he presence of TiLV infection in mass mort alit y case of Nile t ilapia cult ure using t he semi-nest ed Reverse Transcript ase-Polymerase Chain React ion (RT-PCR). Fish samples were sourced from Segerongan Village Lingsar Dist rict, Lombok, West Nusa Tenggara. For RT-PCR analysis, samples from fish brain, kidney, spleen, and liver were collect ed and t reat ed for sequencing analysis. The visual obser vat ion on t he moribund t ilapia had found several specific clinical sympt oms such as eye cataract wit h sunken eyes, skin abrasion, and darkened body colorat ion. The result of RT-PCR analysis showed t hat mass mort alities of t ilapia fish had been suspect ive caused by t he infect ion TiLV RNA virus. The sequencing analysis showed t hat TiLV samples from Lombok have a genet ic similarit y of 97% wit h TiLV from Israeli (Genebank Accession Number KU 751816.1).
KEYW ORDS: nile tilapia; TiLV; seminested RT-PCR
PENDAHULUAN
Ikan nila Oreochromis nilot icus merupakan jenis ikan air t awar yang diint ro duksi dari Afrika bagian t imur pada t ahun 1969. Ikan ini menjadi ikan budidaya yang p o p u le r d i k o la m -k o la m air t a wa r d i In d o n e s ia . Pro duksi ikan nila di Indo nesia t erus meningkat sejak t ah u n 2 00 9, yait u me n capai 9 9 .9 6 9 t o n . Men u ru t
ekspor sebesar 14,681 to n tetapi nilai ekspo r menurun t erjadi di Israel. Ko ndisi ini perlu diwaspadai karena saat ini b ibit at au b enih nila selain dari lo kal ju ga diimpo r dari beberapa negara lain sepert i dari Thai-lan d, Filipina, d an Ame rika. Kegiat an imp o r be nih sering menimbulkan masalah karena akan disert ai pula impo r penyakit . Kasus ini sama sepert i kasus impo r ikan hias yang juga disert ai masuknya penyakit baru yang pada awalnya belum ada di Indo ne sia sep ert i Ko iherp es virus (KHV) (Sunart o & Came ro n, 200 6). Hal yang sama juga t erjadi kasus penyakit udang in-fe ct io us m yo n e cro sis viru s (IMNV) p ad a bu d idaya udang di Sit ubo ndo , Jawa Timur t ahun 2006 (Senapin et al., 2007). Kondisi ini diduga karena adanya kegiatan impo r baik benih maupun calo n induk yang kurang t erawasi. Akh ir-akhir ini di beberapa d aerah t erjadi kasus kemat ian pada budidaya ikan nila secara massal yan g ke m un gkinan in feksi pe nyakit TiLV. Viru s in i merupakan genus dari famili Ort ho myxo viridae, yang mereplikasi di int i sel pada jaringan ikan. TiLV yang pert ama kali dilapo rkan t erjadi di Israel menyebar ke Ekuado r dan Ko lo mbia (Eyngo r et al., 2014; Bacharach belakangan ini sering t erjadi adanya kasus kemat ian massal budidaya ikan nila t erut ama di Sumatera, Jawa, Ba li, d a n Lo m b o k . Wa la u p u n b e lu m d ike t a h u i penyebab kemat iannya, namun bila dilihat dari gejala klinis yang t erlihat ke mu ngkinan dise babkan o le h ad an ya in fe ksi viru s. Tu ju an p e n e lit ian in i ad alah mendet eksi adanya infeksi TiLV dengan met o de Semi-Nest ed Reverse Transcript ase-Polymerase Chain React ion (RT-PCR) pada kasus kemat ian massal ikan nila. Dengan demikian, kasus kemat ian ikan nila yang sering t erjadi disent ra budidaya dapat did et e ksi secara din i agar mempermudah t indakan pencegahan.
BAHAN DAN M ETODE
Ikan Nila (Oreochromis niloticus) Uji
Samp e l d id ap at p ad a bu lan Me i 2 0 16 , d e ngan t erjadinya kasus kemat ian massal ikan nila jenis Anjani di Desa Sigero ngan Kecamat an Lingsar, Lo mbok, Nusa Tenggara Barat . Sampel ikan moribund/mat i diam bil
beberapa o rgan berupa o t ak, hat i, ginjal, dan limpa, kemudian disimpan dalam alko hol 90% untuk dilakukan pengujian di labo rat o rium.
Det eksi TiLV dengan M etode Semi-nested Reverse Transcriptase-Polymease Chain Reaction
(RT-PCR)
Pad a m asin g-m a sin g o rgan se p e r t i o t ak, h a t i, ginjal, dan limpa yang didapat, diekst rak menggunakan Kit RNA solut ion dari IQ 20 00 Syst em , se lanjut nya konsent rasi RNA diukur menggunakan Nano drop. RNA kemudian diamplifikasi menggunakan spesifik primer unt uk TiLV. Pasangan primer yang digunakan didesain o leh Eygno r et al. (2014) dan Tso fack et al. (2016), am p lifikasi d ilaku kan se cara se m i-n e st e d RT-PCR (Do ng et al., 2017a). Pada pro ses semi-nest ed RT-PCR dilakukan dengan menggunakan primers forward pada amplifikasi pert ama. Adapun susunan sekuen primer yang dipakai dapat dilihat pada Tabel 1.
Amplifikasi pert ama (first round) RT-PCR dilakukan
dalam total volume 25 µL, masing-masing sampel menggunakan AMV reverse enzyme 0,5 µL; Go Tag Green 12,5 µL; primers reverse Nest ed ext -1; dan for-ward ME1 dengan ko nsent rasi 10 pMo l masing-masing
sebanyak 1 µL, template RNA (100 ng) sebanyak 2 µL, dan ddH2O sebanyak 8 µL. Kemudian untuk analisis semi -nest ed, k o m p o s is i u n t u k b a h an a m p lifik a s i
menggunakan Go Tag Green 12,5 µL dengan total volume 25 µL, masing-masing sebanyak 1 µL primer 7450/150R/ME2 dan ME1, 2 µL template c-DNA
Filogenet ik dan Similarity Indeks DNA Sekuens TiLV
Analisis DNA sekuens TiLV dilakukan di Balai Uji St andar Karant ina, Badan Karant ina Ikan Cilangkap, Jakart a. Sekuensing dilakukan pada bagian segmen 3 d a r i 1 0 s e g m e n g e n o m RNA TiLV d e n g a n menggunakan primer ME1 dan Ext 1 pada ampliko n de ngan t arget pan jang segmen 415 bp. Ko m po sisi
reaksi sekuensing adalah BDT (2.5X) 2 µL, Seq Buffer (5X) 3 µL, Seq primer tunggal (10 µM) 3.2 pmol (1
µL), DNA template 10 ng/100 bp ( 1-2 µL), nuclease free wat er hingga volume akhir reaksi sebesar 20 µL, Thermal cycle amplifikasi yang digunakan sesuai dengan Tab el 2. Hasil amplifikasi kemu dian d ianalisis p ada sequencer ABI 3130 CE. Similarit y sekuen nu kleo t ida TiLV atau Nucleot ide Sequence similarity dilakukan dengan mensejajarkan DNA sekuens pada GenBank dengan pro gram BLASTN dat abase at au nucleot ide blast pada (h t t ps://b last .ncbi.n lm.nih.go v). Analisis filo gen et ik sekuen DNA TiLV dari ikan nila di Lo mbo k dilakukan d e n gan m e m b an d in gkan DNA s e ku e n s TiLV yan g sudah t erdaft ar di Genbank, menggunakan soft ware Neighbor-j oining BIOEDIT M EGA Vesion 7.
HASIL DAN BAHASAN
Ke mat ian m assal ikan n ila st rain “Anjan i” t elah terjadi pada bulan Mei 2016 di kelo mpok pembudidaya
Emb u ng Biru Desa Sige ro n gan Ke cam at an Lin gsar Kabupat en Lo mbo k Barat , Nusa Tenggara Barat . Bila dilihat d ari gejala klinis ikan yang t erinfeksi, sert a t ingkat kemat ian ikan yang sangat t inggi (70%-100%) me ngin dikasikan b ahwa ke mat ian massal t e rseb ut t erjadi akibat infeksi virus. Adapun secara fisik gejala yang t erlihat adalah warna kulit bagian tubuh merubah menjadi lebih gelap at au menghit am, adanya luka pada kulit , pembengkakan ro ngga perut , sedangkan pada bagian mat a mengalami exophtalmia dan buram/katarak (Gambar 1.)
Ge jala klin is p ad a kasus ke mat ian ikan n ila d i Lo mbo k ini hampir sama sepert i pada kasus kemat ian ikan nila yang t erjadi di Israel dan Mesir, yait u adanya kelainan pada mat a, let argi at au lemas, sert a gejala fisik lain sepert i ero si kulit dan kemat ian massal lebih dari 80% (Eygno r et al., 2014). Gejala adanya infeksi TiLV di Thailand dilapo rkan bahwa ikan nila kehilangan kem auan me m an gsa pakan , warna t u b uh m en jad i pucat, berkelo mpo k di dasar bak, pergerakan lamban, t idak akt if, dan pada akhirnya mengalami mo rt alit as (Do n g et al., 2 0 1 7 a). Ka su s in fe k si TiLV d i Asia t erut ama di Thailand t ernyat a sudah ada sejak t ahun 2012 dit unjukkan dari hasil analisis secara semi-nest ed RT-PCR, terdapat pada yolk-sac larvae red tilapia. Selain it u, infeksi TiLV ini juga menginfeksi ikan nila pada st adia fingerling (Do ng et al., 2017b). Kasus infeksi di Tabel 1. Sekue n p asan gan p rim er yang d igu nakan u nt u k me nd e t e ksi TiLV d en gan
met o de semi-nest ed RT PCR pada ikan nila
Table1. The sequence of primer pairs for TiLV det ect ion using t he semi-nest ed RT-PCR on
Tabel 2. Siklus suhu amplifikasi unt uk DNA sequencing TiLV ikan nila Table2. Thermal cycle amplificat ion for DNA sequencing of TiLV of t ilapia fish
Lo mbo k t erjadi pada ikan nila ukuran 8-12 cm dan gejala klinis t erindikasi infeksi virus dengan adanya kemat ian massal. Hasil penelitian menunjukkan bahwa dari ke-4 jenis o rgan yang digunakan sebagai bahan uji t ernyat a o rgan o t ak adalah t arget infeksi TiLV. Hal ini terbukt i dari hasil analisis RT-PCR dengan t ampilan elekt ro fo resis menunjukkan bahwa o rgan o t ak sudah t erdet eksi pada t ahap amplifikasi pert ama (first round) yait u t erlih at adan ya pit a DNA yan g sesu ai t arge t sebesar 415 bp. Dengan demikian infeksi virus TiLV lebih banyak t erakumulasi dan berkembang di o rgan o t ak (Gam b ar 2 ). Pe n e lit ian yan g t e lah d ilaku kan menggunakan cell line culture, TiLV ini hanya dapat hidup pada pr imary t ilapia brain cells at au pada kult ur sel
E-11 dan cyt opat hic effect dapat t erlihat pada hari ke-5 sampai hari ke-10 post infect ion. Gam baran sel TiLV pada elect ron microscopy berbent uk enveloped icosahe-dr al d e n gan d ia m e t e r p art ike l 5 5 -7 5 n m (Eyn go r et al., 2014).
Analisis semi-nest ed se lanjut nya d ilaku kan un t uk m e n e n t u kan le b ih p ast i ad a t id akn ya o rgan yan g t erpapar o leh TiLV, mengingat met o de t ersebut dapat m e n in g kat k an se n s it ivit as d e t e ks i. Hasil an alis is menunjukkan bahwa pada o rgan hat i, ginjal, dan limpa t erlihat t erjadi infeksi virus TiLV dengan adanya pit a DNA dengan berat mo lekul 250 bp. Hal ini merupakan indikasi bahwa TiLV belum banyak berkembang pada Gambar 1. Gejala klinis infeksi TiLV ikan nila Anjani di Desa Sigero ngan
Kecamat an Lingsar, Lo m bo k (1 . peru bahan warna t ubuh; 2. kerusakan pada mat a).
Figure 1. Clinical symptoms of TiLV infect ion on nile Anjani strain in Sigerongan Village Lingsar Dist rick, Lombok (1. changes body colorat ion; 2. eyes damages).
1 2
415 bp
Gambar 2. Hasil amplifikasi pert ama RT-PCR nila O. nilot icusst rain Anjani dari o rgan uji yang berbeda (1 & 2: o t ak; 3 & 4: hat i; 5 & 6: ginjal; 7 & 8: limpa; 9: negat if ko nt ro l; M: marker 100 bp DNA ladder).
Figure 2. Amplificat ion result on t he first round RT-PCR on nile O. niloticus st rain Anj ani from different organs (1 & 2: brain; 3 & 4: heart ; 5 & 6: kidney; 7 & 8: spleen; 9: negat ive cont rols; M : 100 bp marker of DNA ladder).
o rgan-organ t ersebut dibandingkan pada o tak. Ko ndisi t ersebut dap at memb erikan gambaran bahwa pada o rgan hat i, limpa, dan ginjal baru t erjadi infeksi awal TiLV. Dengan hasil analisis mo lekuler menggunakan semi-nest ed RT PCR menunjukkan bahwa kemat ian ikan nila O. nilot icusst rain Anjani yang t erjadi di Lo mbo k secara suspekt if disebabkan o leh adanya infeksi TiLV dengan st adium infeksi yang berbeda pada set iap o r-gan (Gambar 3).
Pa d a d e t e k s i in i t id a k m e n g g u n a k a n p o s it if ko nt ro l, t et api dari hasil analisis menunjukkan bahwa fragmen DNA berada pada t arget berat mo lekul 450 bp, sesuai dengan t arget region primer spesifik yang d ig u n a k a n . Pa d a t a r g e t b e r a t m o le k u l 4 1 5 b p menunjukkan bahwa ikan nila po sitif terinfeksi dengan t ingkat an berat , sedangkan pada infeksi ringan DNA hasil amplifikasi t erlihat pada berat mo lekul 250 bp. Pengujian semi-nest ed RT-PCR mempunyai sensit ivit as yang lebih baik, sepert i dilihat pada Tabel 3.
Analisis sekuensing dan pilo genet ik kekerabat an TiLV dilakukan pada bagian segmen-3 dari 10 segmen gen o m RNA TiLV, kare na se gm e n-3 in i m eru pakan pembeda (encode region) dengan genus Ort homyxovirus dari virus Influenza C PB1 yang hanya t erdapat pada segme n-1 . De n gan de m ikian, bagian se gm e n-3 in i d igu n akan u n t u k m e n ge t ah u i sifat a t au kara kt e r gen e t ik TiLV ikan n ila asal Lo m bo k. Hasil an alisis sekuensing dan filo genet ik menggunakan primer ME1 dan Ext 1 pada ampliko n 415 bp yang dianalisis dengan BIOEDIT MEGA Versi 7, menunjukkan bahwa TiLV yang berasal dari Lombo k berada dalam sat u kluster dengan
TiLV yang berasal dari India (Gambar 4), sehingga dapat dikat akan bahwa TiLV dari ikan nila India dan Lo mbo k m em p u nyai ke kerab at an yan g d e kat . Be rdasarkan analisis similarit y ant ara sekuens DNA dari TiLV ikan nila Lo mbo k yang disejajarkan dengan sekuen DNA pada Gen Bank menunjukkan adanya kesamaan sebesar 97% dengan TiLV dari Israel (KU 751816 & KJ 605629), Thailand (KY 381578), dan India (MF 502419 dan MF 582636). Hal ini sesuai dengan po la sebaran TiLV yang be rasal d ari Israel, ke Asia Tim ur (India), d an Asia Tenggara (Thailand).
Indo nesia yang selama ini masih bergant ung pada benih impor t erut ama dari beberapa Negara Asia untuk me men uh i e ksp o r fillet n ila ke USA d an Ero p a in i, sangat me merlukan pe rhat ian t erut ama d alam lalu lint as pemasukan ikan nila dari negara asing. Beberapa negara seperti Thailand sudah mendeteksi adanya TiLV sejak t ahun 2012 (Do ng et al., 2017b) dan Selango r, Malaysia pun sudah diketahui adanya kasus infeksi TiLV (Am a l et al., 2 0 1 7 ). Na m p a k n ya , b e s a r d u g a a n ke m u n gkin an t e rja d in ya kas u s in fe ks i TiLV p a d a budidaya ikan nila yang ada di Lo mbok, adalah melalui im p o r b e n ih . Ole h k a r e n a it u , p e rs ya r a t a n d a n perat uran yang t egas unt uk impo r ikan at au udang budidaya harus bebas penyakit . Pada saat ini kasus infeksi TiLV pada ikan nila t enyat a suspekt if sudah m e n ye b a r ke b e b e rap a lo ka si b u d id a ya se lain d i Lo m bo k, TiLV juga m engin feksi di sent ra budid aya ikan nila di Medan , Jam bi, Bali, Brebes, Jo gjakart a, Cirebo n, dan beberapa daerah di Jawa Barat (ano nim/ per sonal k o m u n ik a s i). Pe n ya k it la in ya n g d a p a t
Gambar 3. Hasil amplifikasi nila O. nilot icusst rain Anjani semi-nest ed RT-PCR pada o r-gan uji yang berbeda (N: negat if ko nt ro l; 1 & 2: o t ak; 3 & 4: hat i; 5 & 6: ginjal; 7 & 8: limpa; M: marker 100 bp DNA ladder).
Figure 3. The result of semi-nest ed RT-PCR amplificat ion on t ilapia fish O. niloticus Anj ani st rain on different organs t est ed (N: negat ive cont rol; 1 & 2: brain; 3 & 4: heart ; 5 & 6: kidney; 7 & 8: spleen; M : 100 bp marker of DNA ladder).
250 bp
menyerang budidaya ikan nila walaupun kasus ini belum pernah ditemukan di Indonesia adalah infeksi bet ano da virus (RNA virus) yang biasa dit emukan pada ikan kakap/ kerapu. Bet ano da virus ini menyerang lar va ikan nila u ku ran 0 -7 se t e lah m e n e t as (post -hat ching lar vae) dengan gejala adanya kerusakan jaringan pada bagian o t ak berupa vakuo lasi (Bigarre et al., 2009). Secara um um kerugian akibat adan ya p enyakit khu susn ya infeksi TiLV mengakibat kan kerugian so sial eko no mi dan dampaknya t erhadap ket ahanan pangan, t et api
Tabel 3. Hasil analisis semi-nest ed RT-PCR pada ikan nila O. nilot icusst rain Anjani dengan o rgan uji yang berbeda
Table 3. Result of semi-nest ed RT-PCR analysis on t ilapia fish O. niloticus Anj ani st rain wit h different organs t est ed
EXT-1 & ME-1 415 bp
ME-1 & ME-2 250 bp
Otak-1 (Brain-1) Po sitif (Posit ive) Po sitif (Posit ive) Otak-2 (Brain-2) Po sitif (Posit ive) Po sitif (Posit ive) Hati-2 (Liver-1) Neg atif (Negative) Po sitif (Posit ive) Hati-2 (Liver-2) Neg atif (Negative) Neg atif (Negat ive) Ginjal-1 (Kidney-1) Neg atif (Negative) Po sitif (Posit ive) Ginjal-2 (Kidney-2) Neg atif (Negative) Po sitif (Posit ive)
Lim pa-1 (Spleen-1) Neg atif (Negative) Po sitif (Posit ive) Lim pa-2 (Spleen-2) Neg atif (Negative) Po sitif (Posit ive)
Hasi l PCR (PCR r esult)
Primers Or gan
t idak berdampak t erhadap kesehat an manusia (Jansen & Mo h a n , 2 0 1 7 ). An t is ip a s i u n t u k m e n e k a n penyebaran infeksi TiLV ini adalah dengan melakukan eradikasi, sert a sert ifikasi kesehat an ikan. Ke depan p e n c e g a h a n in fe k s i TiLV p a d a ika n n ila p e r lu d ik e m b an gkan m e la lu i vaksin asi u n t u k m e n e kan penyebaran penyakit . Pembuat an vaksin dengan cell l i n e cu l t u r e m e n ja d i p ilih a n , s e h in g g a d a p a t m e nin gkat kan p ro d u ksi ikan n ila se b agai su mb e r devisa negara di Indo nesia.
Tabel 4. Perbandingan nukleo t ida dan sekuen asam amino TiLV Indo nesia dengan Israel, Thailand, India, dan Mesir
Table 4. Comparison of nucleot ide and amino acid sequences of TiLV Indonesia, Israel, Thailand, India, and Egypt
Nukleot i da yang diperi ksa
Exam ined nucleotides (%)
Ni lai er ror Er ror value
Kem i ri pan i dent it as
Sim ilar ity identity (%)
Negara
Countr y
I nang
Host
1 0 0 0 9 7 Isr ael: Sea o f Galilee KU7 5 1 8 1 6
1 0 0 0 9 7 Isr ael: Sea o f Galilee KJ6 0 5 6 29
1 0 0 0 9 7 Thailand KY3 8 1 5 7 8
1 0 0 0 9 7 In d ia MF5 0 2 4 1 9
1 0 0 0 9 6 In d ia MF5 7 4 2 0 5
97 0 9 7 In d ia MF5 8 2 6 3 6
1 0 0 8 E-1 7 7 9 5 Thailand KX6 3 1 9 2 3
85 2 E-1 6 8 9 8 Israel KU5 5 2 1 3 5
58 3 E-1 0 1 9 5 In d ia MF5 7 4 2 0 6
59 8 E-9 2 9 3 Eg ypt; farm -3 KY8 1 7 3 8 5
59 4 E-9 0 9 3 Eg ypt; farm -8 KY8 1 7 3 8 4
KESIM PULAN
Ka su s ke m at ia n m as sa l b u d id aya ika n n ila d i Lo mbo k yang t elah didet eksi dengan me t o de semi-nest ed RT PCR dan sekuensing menggunakan spesifik primer, secara suspekt if disebabkan o leh infeksi TiLV. Sekuen DNA dari TiLV ikan nila Lo mbo k mempunyai kesamaan sebesar 97% dengan TiLV dari Israel, Thai-land, dan India.
UCAPAN TERIM A KASIH
Terima kasih disampaikan Kepada Balai Karant ina Ikan Pengendalian Mut u dan Keamanan Hasil Perikanan Ke las II Mat aram yang t elah me mb eri kese mp at an unt uk mendapat kan sampel uji dan Balai Uji St andar Karant ina Ikan Pengendalian Mutu dan Keamanan Hasil Perikanan yang t elah memberikan fasilit as pengujian dan analisis sehingga tersusunnya naskah publikasi ini.
DAFTAR ACUAN
Amal, M.N.A., Ko h, C.B, Nurliyana, M., Suhaiba, M., No r-Amalina, Z., Sant h, S., Diyana-Nadhirah, K.P.,
Yuso f, M.T., Ina-Salwany, M.Y., & Zamri-Saad, M. (2017). A case o f nat ural co -infect io n o f Tilapia Lake Virus and Aeromonas veronii in a Malaysian red h yb r id t ila p ia (Or eochr om i s ni l ot i cus x O. mossambicus) farm e xp erie ncing h igh mo rt alit y. Aquacult ure, 485, 12-16; ht t ps://do i.o rg/10.1016/ j.aquacult ure.2017.11.019.
Bach arach , E., Mis h ra, N., Brie s e , T., Zo d y, M.C., Kembo u Tso fack, J.E., Zamo st iano , R., & Lipkin, W.I. (2 0 1 6 ). Ch a r a c t e r iz a t io n o f a No ve l Ort ho myxo -like Virus Causing Mass Die-Offs o f Tilapia. M Bio, 7, 1-7.
Beh e raa, B.K., Pradh anb , P.K., Swam inat h anc, T.R., So o d b , N., Pr a s e n jit Pa r ia a , Ab h is h e k Da s a , Verm ab, D.K., Ku m arc, R., Yad avb , M.K., Devb , A.K., Paridaa, P.K., Dasa, B.K., Lalb, K.K., & Jenad, J.K. (2017). Emergence o f Tilapia Lake Virus asso -cia t e d wit h m o r t alit ie s o f farm e d n ile t ila p ia Oreochromis niloticus (Linnaeus 1758) in India. Aquac-ult ur e, 4 8 4 , 1 6 8 -1 7 4 ; h t t p s://d o i.o rg/1 0 .1 0 1 6 / j.aquacult ure. 2017.11.025.
Gambar 4. Gambaran filo genet ik berdasarkan urut an nukleo t ida pada segmen-3 menggunakan soft -ware BIOEDIT-MEGA Versi 7, st rain ant ara TiLV asal Lo mbo k (KP TiLV Lo mbo k) (t anda panah) dengan, Israel (KU751816, KJ605629, dan KU552139), Thailand (KY381578 dan KX631923), India (MF502419, MF574205, dan MF582636), Mesir (KY817385 dan KY817384).
Figure 4. Phylogenet ic t ree showing t he relat ionship based on segmen-3 nucleot ide sequence of TiLV using BIOEDIT-M EGA Versi 7 sof ware, bet ween st rain from Lombok (KP TLV Lombok) (red arrow) t o Israel (KU751816, KJ605629, and KU552139), Thailand (KY381578 and KX631923), India (M F502419, M F574205, and M F582636), Egypt (KY817385 and KY817384).
KU751816 (Israel)
MF502419 (India)
MF582636 (India)
MF574205 (India)
KP_TiLV_Lo mbok
KU552139 (Israel)
KY381578 (Thailand)
KX631929 (Thailand )
KY817384 (Me sir/Egypt)
KY817385 (Mesir/Egypt)
KJ605629 (Israel)
Bigarre. L., Cabo n, J., Baud, M., Heimann, M., Bo dy, A., Lieffrig, F., & Cast ric, J. (2009). Out break o f b et an o d aviru s in fect io n in t ilap ia, Or eochr omis nilot icus (L.), in fresh wat er. Journal of Fish Diseases, 3 2 , 6 6 7 -6 7 3 ; d o i: 1 0 . 1 1 1 1 /j. 1 3 6 5 -2761.2009.01037.x.
Do n g , H. T. , Sir ir o o , S., Me e m e t t a , W. , Sant imanawo ng, W., Gangno nngiw, W., Pirarat , N., Khunrae, K., & Senapin, S. (2017a). Emergence o f t ilapia lake virus in Thailand and an alt ernat ive se mi-n est ed RT-PCR fo r d et e ct io n. Aquacult ure, 476, 111-118.
Do n g , H. T., At a g u b a c , G. A., Kh u n r a e a , P. , Rat t anaro jpo nga, T., & Senapin, S. (2017b). Evi-de nce o f TiLV infect io n in t ilapia h at che rie s in Thailand fro m 2012 t o 2017 reveals pro bable glo -b a l s p r e a d o f t h e d is e a s e ; d o i: 1 0 . 1 0 1 6 / j.aquacult ure.2017.06.035.
Eyn g o r, M., Za m o s t ia n o , R., Ts o fa ck , J. E. K. , Berko wit z, A., Berco vier, H., Tinman, S., & Eldar, A. (2014). Ident ificat io n o f a No vel RNA Virus Le-t hal Le-t o Tilapia. Journal of Clinical M icrobiology, 52, 4137-4146.
Fat hi, M., Dickso n, C., Dickso n, M., Leschen, W., Baily, J., Muir, F., Ulrich, K., & Weidm an n, M. (20 17 ). Ident ificat io n o f Tilapia Lake Virus in Egypt in nile t ilapia affect ed by ‘summer mo rt alit y’ syndro me. Sho rt co mmunicat io n. Aquacult ure, 473, 430-432; h t t p : / / d x . d o i . o r g / 1 0 . 1 0 1 6 / j.aquacult ure.2017.03.014.
Foo d and Agricult ure Organizat io n [FAO] of the United Nat io ns. (2017a). Glo bal aquacult ure pro duct io n.
Ro me: FAO. ht t p ://www.fao .o rg/fish er y/st at ist ics/ global-pro duct io n/en.
Jansen, M.D., & Mo han, C.V. (2017). Tilapia lake virus (TiLV): Lit erat ure review. Penang, Malaysia: CGIAR Rese arch Pro gram o n Fish Agri-Fo o d Syst e ms. Wo rking Paper: FISH-2017-04.
Nicho lso n , P., Fat h i, M.A., Fische r, A., Mo h an , C., Schieck, E., Mishra, N., & Jo res, J. (2017). Det ec-t io n o f Tilapia Lake Virus in Egypec-t ian fish farms e xp e r ie n cin g h igh m o rt alit ie s in 2 0 1 5 . Sh o rt Co munication. Journal of Fish Disease, p. 1925-1928; do i: 10.1111/jfd.12650.
Senapin, S., Phewsaiya, K., Briggs, M., & Flegel, T.W. (2007). Out breaks o f infect io us myo necro sis vi-rus (IMNV) in Ind o n esia co nfirme d by gen o m e sequencing and use o f an alt ernat ive RT-PCR de-t ecde-t io n mede-t ho d. Aquacult ure, 266, 32-38.
Sunart o , A., & Camero n, A. (2006). Epidemio lo gy and co nt ro l o f Ko i herpes virus in Indo nesia. Proceed-ings of t he 11t h Int ernat ional Symp. on Vet . Epi and
Eco. www.sciqu est .o rg.nz
Surachet po ng, W., Janet anakit , T., No nt habenjawan, N., Tat t iyapo ng, P., Sirikanchana, K., & Amo nsin, A. (2017). Out breaks o f Tilapia Lake Virus Infec-t io n, Thailand, 2015-2016. Emerging Infect ious Dis-eases, 23 (6), 103 1-103 3; do i: ht t ps://dx.d o i.o rg/ 10.3201/eid2306.161278; www.cdc.go v/eid. Tso fack, J.E.K., Zamo st iano , R., Wat t ed, S., Berko wit z,
