# Ko r esp o nd e nsi: Balai Pe n e lit ian Pem u liaan Ikan . Jl. Raya 2 Pan t u ra Su kam an d i, Pat o kb e usi, Su b an g 4 1 2 6 3 , Jawa Bar at , In d o n e sia. Te l.: + (0 2 6 0 ) 5 2 0 5 0 0
E-m ail: khai r ul _ syahput r a@ yahoo.com
Tersedia online di: ht t p://ej ournal-balit bang.kkp.go.id/index.php/j ra
PEWARISAN M ARKA Cyca-DAB1*05 DAN KERAGAM AN GENETIK IKAN M AS
(
Cyprinus carpio) STRAIN RAJADANU TAHAN INFEKSI
KOI HERPESVIRUSDAN
TUM BUH CEPAT
Khairul Syahput ra#, Yogi Himawan, Didik Ariyanto, dan Flandrianto Sih Palimirmo
Balai Penelitian Pem uliaan Ikan
ABSTRAK
Balai Penelitian Pemuliaan Ikan (BPPI) telah membentuk ikan mas Rajadanu tahan infeksi koi herpesvirus (KHV) dan tumbuh cepat melalui program seleksi. Ikan mas Rajadanu dihasilkan dari kegiatan seleksi bersamaan pada karakte r ket ah anan terhadap KHV dan p ertum bu han. Se leksi karakte r ket ah anan terhadap KHV dilakukan dengan menggunakan marka Cyca-DAB1*05 dan seleksi karakter pertumbuhan cepat dilakukan dengan metode seleksi individu. Penelitian ini bertujuan untuk mengevaluasi pewarisan marka Cyca-DAB1*05 dan keragaman genotipe ikan mas varietas Rajadanu tahan infeksi KHV dan tumbuh cepat generasi ketiga (F3). Se banyak 44 ind ividu ikan mas Rajadanu F3 d igu nakan pada pe nelit ian in i. Evalu asi m arka Cyca-DAB1*05 d ilakukan de ngan me tod e PCR m en ggunakan prime r spe sifik m arka Cyca-Cyca-DAB1*05. An alisis keragaman genotipe dilakukan menggunakan tiga lokus mikrosatelit (MFW6, MFW7, dan MFW9). Data alel mikrosatelit dianalisis m enggunakan program Fstat dan Arlequin. Hasil pen elitian menunjukkan bahwa semua individu pada populasi ikan mas Rajadanu F3 membawa marka Cyca-DAB1*05. Ikan mas Rajadanu F3 memiliki keragaman genotipe yang relatif rendah. Nilai rata-rata heterozigositas teramati (0,31) lebih kecil daripad a rata-rata h eterozigosit as harapan (0,46). Nilai p osit if p ada indeks fiksasi (0,32) menu njukkan status inbreeding pada populasi tersebut. Hasil penelitian ini dapat menjadi acuan, baik dalam kegiatan manaje men indu k maupun dalam p rogram seleksi selanjut nya dengan t ujuan un tuk memp ertahankan keragaman genetik dan meminimasi tekanan inbreeding ikan mas Rajadanu tahan infeksi KHV dan tumbuh ce pat.
KATA KUNCI: ikan mas; tahan KHV; tumbuh cepat; Cyca-DAB1*05; mikrosatelit; keragaman genetik
ABSTRACT: Inheritance of Cyca-DAB1*05 marker and genetic variation of Rajadanu strain of common carp
resistant to koi herpesvirus infection and fast growth. By: Khairul Syahputra, Yogi Himawan, Didik Ariyanto, and Flandrianto Sih Palimirmo
Research Inst it ut e for Fish Breeding (RIFB) has creat ed Rajadanu common carp resist ant t o koi herpesvirus (KHV) infect ion and fast growt h t hrough select ion program. Rajadanu common carp has been produced by independent culling select ion on resist ant t o KHV and fast growt h charact ers. Select ion on resist ant t o KHV and fast growt h charact er was conduct ed using Cyca-DAB1*05 marker and mass-select ion met hod respect ively. The aim of t his st udy was t o evaluat e t he inherit ance of Cyca-DAB1*05 as a marker and t he genot ype variat ion of Rajadanu common carp resist ant t o KHV infect ion and fast growt h. A t ot al of 44 fish were used for t his st udy. Evaluat ion of Cyca-DAB1*05 marker was conduct ed by PCR met hod using specific primer t o Cyca-DAB1*05 marker. Analysis of genot ype variat ion was conduct ed using t hree microsat ellit e loci (M FW6, M FW7, and M FW9). M icrosat ellit e allele dat a was analyzed
using Fst at and Arlequin software. The result showed t hat all of F3 Rajadanu common carp were posit ive carrying
Cyca-DAB1*05 marker. Genet ic variat ion of t his populat ion was relat ively low. The average obser ved het erozygosit y (Ho= 0.31) was lower t han t he average expect ed het erozygosit y (He= 0.46). Posit ive value of fixat ion index (0.32) showed inbreeding st at us in t his populat ion. The result of t his st udy can be use as reference for broodst ock management and next select ion program t o maint ain the genet ic diversit y and t o minimize inbreeding depression level of Rajadanu common carp resist ant t o KHV infect ion and fast growt h.
PENDAHULUAN
Salah satu kendala utama dalam usaha budidaya ikan mas d i Ind o ne sia saat in i adalah t imbu lnya wab ah p e n ya kit koi her pesvir us (KHV). Pe n yakit in i t e lah me wab ah sejak t ahu n 2 002 (Sunart o et al., 20 05 ). Selain penyakit , penurunan laju pert umbuhan akibat ren d ah n ya ku alit as in d uk d an be n ih ju ga m en jad i kendala lain yang menyebabkan penurunan pro duksi ikan mas b u did aya. Dalam ran gka me n an ggu langi permasalahan tersebut , Balai Penelitian Pemuliaan Ikan (BPPI) mempunyai pro gram pem bent ukan ikan mas t ahan t erhadap infeksi KHV dan t umbuh cepat . Pada t ahun 2015, BPPI t elah berhasil membent uk ikan mas Rajadanu tahan infeksi KHV dan t umbuh cepat generasi ket iga (F3) melalui pro gram seleksi.
Ikan mas Rajadan u F3 d ih asilkan d ari ke giat an seleksi bersamaan pada karakt er ket ahanan t erhadap KHV dan pert umbuhan. Seleksi karakt er ket ahanan t erhadap KHV dilakukan dengan menggunakan marka mo lekuler Cyca-DAB1*05 (Alimuddin et al., 2011) dan se le ksi karakt e r t u m b u h ce p at d ilaku kan d e n gan met o de seleksi individu. Hasil evaluasi menunjukkan bahwa ikan mas Rajadanu F3 memiliki perfo rma yang unggul pada karakter ket ahanan t erhadap infeksi KHV dan pert umbuhan (Ariyant o et al., 2015).
Sebagai bagian dari kelanjut an program pemuliaan yan g t e lah dilaku kan , karakt e risasi ge n e t ik p e rlu dilakukan dalam rangka memonit o r st at us keragaman g e n e t ik p o p u las i ya n g t e la h d ih a silk an . Se p e rt i d ik e t a h u i, k e g ia t a n s e le k s i t id a k h a n ya d a p a t memperbaiki karakt er yang diinginkan, namun juga d a p a t m e m ilik i e fe k b u r u k b e r u p a p e n u r u n a n t inggi. Penurunan keragaman genet ik akibat pro gram sele ksi t e rjadi pada p o pulasi budidaya ikan mas di Vie t n a m (Th ai et al., 2 0 0 7 ), h asil p e n e lit ian la in menunjukkan bahwa penurunan keragaman genet ik t erjadi pada ikan salmo n At lant ik di Irlandia (No rris et al., 1999), salmo n At lant ik di No r wegia (Skala et al., 2004) dan abalo n di Australia (Evans et al., 2004). Selain it u, fakt o r lain yang dapat menurunkan keragaman genetik adalah rekaman silsilah (pedigree) yang kurang baik yang akan meningkat kan peluang penggunaan t et ua yan g seke rabat sehin gga akan men ingkat kan inbreedingdepression (No rris et al., 1999; Beaumo nt & Ho are, 2003; Dunham, 2004).
Pe n e lit ia n in i b e r t u ju a n u n t u k m e n ge va lu a s i p e w a ris an m ar k a Cyca -DAB1 *0 5 d a n ke r ag a m a n genet ik pada ikan mas Rajadanu t ahan infeksi KHV
dan t umbuh cepat generasi F3. Evaluasi marka MHC II seb agai m arka ke t ahanan pe nyakit KHV dilaku kan de ngan me t o d e PCR spe sifik u nt u k Cyca-DAB1*0 5. Analisis keragaman genet ik dilakukan dengan aplikasi penanda genet ik DNA mikro sat elit . DNA mikro sat elit merupakan penanda genet ik yang banyak digunakan u n t u k analisis ke ragam an ge n e t ik p ad a ikan m as (Chist iako v & Vo ro no va, 2009), marka genet ik ini dapat d igun akan u nt uk me mo nit o ring p e ru bahan variasi genet ik sebagai ko nsekuensi dari kegiat an pemuliaan yang dilakukan (Brinez et al., 2011).
BAHAN DAN M ETODE
Ikan Uji
Ikan uji yang digunakan pada penelit ian ini adalah po pulasi ikan mas Rajadanu t ahan infeksi KHV dan karakt er ket ahanan t erhadap infeksi KHV dilakukan dengan seleksi individu yang membawa marka Cyca-DAB1*05 (Alimuddin et al., 2011), sedangkan seleksi karakt er t u m bu h cep at d ilaku kan d e ngan me t o d e menggunakan gunt ing sect ion yang t elah dibersihkan de ngan alko ho l 70%. Sampe l sirip d isim pan d alam Purificat io n Kit (Thermo Scient ific), dengan pro sedur mengikut i pro t o ko l yang t erdapat pada manual kit . Kualit as dan kuant it as DNA diukur menggunakan alat GeneQuantTM
1300. DNA hasil ekst raksi disimpan pada suhu -20°C hingga dilakukan pro ses amplifikasi PCR.
Analisis Pewarisan M arka Cyca-DAB1*05
det ik; 50°C selama 30 det ik; 72°C selama sat u menit ) sebanyak 30 siklus; dan 72°C selama 10 menit . Hasil amplifikasi PCR diseparasi dengan elekt rofo resis pada gel agaro se 2% yang t elah diberi pewarna GelRedTM dianalisis menggunakan met o de PCR dengan t arget t iga lo ku s m ikro sat e lit , yakn i MHF6 , MFW7 , d an MFW9 . Lo ku s m ikro sat e lit in i d ip ilih b e rd asarkan reko mendasi Yue et al. (2004) dan Thai et al. (2007) karena dapat menunjukkan po limo rfisme pada ikan mas Rajadanu. Sekuens primer, kisaran pro duksi PCR dan suhu annealing unt uk mengamplifikasi marka Cyca-DAB1*05 dan t iga lo kus mikro sat elit disajikan pada Tabel 1. Pro ses PCR dilakukan dengan pro gram: 95°C selama lima menit ; (95°C selama 30 det ik; 50°C-62°C s e la m a 9 0 d e t ik s e s u a i d e n g a n d e r a ja t s u h u penempelan (Tm) t iap primer (Tabel 1); 72°C selama 30 de t ik) se ban yak 32 siklus; d an 6 0°C se lam a 30 m e nit .
Po lim o r fis m e lo k u s m ik r o s a t e lit d i-scr eeni ng dengan menggunakan alat analisis fragmen QIAxcel (Qiagen) dan menggunakan kit QIAxcel DNAHigh Reso-lut i on (Qiag e n ), d a n u k u r a n a le l-a le l d it e n t u ka n berdasarkan ukuran produk PCR relatif terhadap ukuran fragmen DNA pada QX size marker 50-800 bp (Qiagen). Da t a p o la p it a d a n e le k t r o fo r e g r a m d ia n a lis is menggunakan soft ware QIAxcel Screening gel (Qiagen) unt uk mensko r alel-alel yang muncul. Dat a sko r alel
kemudian digunakan unt uk analisis paramet er genetik yang relevan.
Analisis Dat a
Hasil det eksi marka Cyca-DAB1*05 pada po pulasi ikan mas Rajadanu tahan infeksi KHV dan t umbuh cepat F3 dit ampilkan dalam bent uk gambar elekt ro fo regram dan dianalisis secara deskript if. Dat a alel mikro sat elit yang teramat i dio lah menggunakan program M icrosoft Excel. Paramet er variabilit as geno t ipe meliput i jumlah alel (A), frekuensi alel, het ero zigo sit as t eramat i (Ho ) dan harapan (He), Hardy-Weinberg equilibrium (HW), dan indeks fiksasi (FIS) dianalisis menggunakan soft ware st at ist ika genet ik Fst at versi 2.9.3. (Go udet , 2001). Variasi ge net ik dalam dan ant ar ind ividu dianalisis menggunakan AMOVA (Analysis of M olecular Variance) yang terdapat pada software Arlequin versi 3.1 (Excoffier et al., 2006).
HASIL DAN BAHASAN
Analisis M arka Cyca-DAB1*05
Berdasarkan hasil analisis marka Cyca-DAB1*05 dari 44 eko r sampel yang diperiksa menunjukkan bahwa semua ind ividu ikan mas Rajadanu F3 t ahan infeksi KHV dan t u mb uh cep at me mb awa marka t e rseb ut (Gam b ar 1 ). Pe rs e n t ase t e rs e b u t m e n in g kat d a ri generasi sebelumnya, yait u F1 (93,30%) dan F2 (86,44%) (Ariyan t o et al., 2 0 1 5 ). Pe rse n t ase in d ivid u ya n g membawa marka Cyca-DAB1*05 pada penelit ian ini lebih t inggi dibandingkan dengan ikan mas Majalaya (MANTAP) generasi F2, yait u 83,33 % (Sucipt o et al., 2014).
Tabel 1. Sekuen primer yang digunakan unt uk mengamplifikasi marka Cyca-DAB1*05 dan lo kus mikro sat elit po limo rfik pada po pulasi ikan mas Rajadanu F3
Table 1. Pr im er sequnces used t o ampli ficat ion Cyca-DAB1 *0 5 m ar ker and polymorphic microsat ellit e loci in F
3 Raj adanu common carp populat ion
Peningkat an persentase ikan mas Rajadanu F3 yang m e m bawa m arka Cyca-DAB1 *0 5 b e rban d in g lu ru s dengan peningkat an ket ahanannya t erhadap infeksi KHV. Ariyant o et al. (2015) melapo rkan bahwa ikan mas Rajadanu F3 memiliki sint asan 95,00% dan lebih baik dibandingkan dengan ikan mas Majalaya dari Unit Pembenihan Rakyat (UPR) set elah uji t ant ang dengan KHV pada skala labo rat o ium. Nilai sint asan yang t inggi p ad a ge n e rasi F3 ju ga d it u n ju kka n p ad a ge n e rasi sebelumnya, yaitu 93,33% pada F1 dan 94,44% pada F2. Marka Cyca-DAB1 *0 5 m erup akan marka m o lekuler ke t ah an an t e rh ad ap p e nyakit KHV p ad a ikan m as (Rakus et al., 2009; Alimuddin et al., 2011), sehingga marka ini dapat d igu nakan dalam kegiat an seleksi u nt u k m e m be n t uk ikan mas Rajadan u t ah an KHV. Mark a Cyca-DAB1 *0 5 ju ga t e lah d ig u n a kan p a d a kegiat an seleksi ikan mas Majalaya (MANTAP) t ahan KHV (Sucipt o et al., 2014).
Variasi Genotipe Ikan M as Rajadanu F3
Ket iga primer mikro sat elit yang digunakan pada penelitian ini dapat mengamplifikasi dan menghasilkan lo kus mikro sat elit yang polimo rfik pada po pulasi ikan mas Rajadanu F3. To t al sebanyak 12 alel yang berbeda t erident ifikasi dari ketiga lo kus yang dianalisis dengan k is a r a n p a n ja n g a le l 8 8 -2 2 2 b p . Lo k u s MFW 6
alel enam, diikut i o leh lo kus MFW9 dengan empat alel, sedangkan lo kus MFW7 merupakan lo kus yang p alin g re nd ah variasin ya d e ngan ju mlah alel yan g t erident ifikasi sebanyak dua (Tabel 2). Rata-rat a jumlah alel t iap lo kus adalah empat alel, rat a-rat a jumlah alel ini lebih sedikit dibandingkan dengan rat a-rata jumlah alel yang t erident ifikasi pada generasi sebe lumnya, yait u 4,3 alel pada F1 dan 3,7 pada F2 (Ariyant o et al., 2015). Berkurangnya jumlah alel dapat disebabkan oleh kegiat an seleksi yang dilakukan, ket erbat asan jumlah induk yang digunakan dalam pembent ukan po pulasi seleksi menyebabkan alel-alel dengan frekuensi rendah t idak diwariskan (No rris et al., 1999). Meskipun t erjadi reduksi jumlah alel, akan t et api met o de seleksi yang digunakan pada pembent ukan ikan mas Rajadanu F3 t ahan KHV dan t umbuh cepat dapat mengendalikan penurunan jumlah alel pada t iap generasi.
Rat a-rat a ju mlah ale l yan g t erid e nt ifikasi pad a p e n e lit ian in i le b ih se d ikit d ib a n d in gkan d e n gan penelit ian lainnya pada ikan mas. Thai et al. (2007) melapo rkan bahwa sebanyak 4,33 rat a-rata jumlah alel t erid en t ifikasi pada ikan m as Sinyo n ya (Indonesian yellow carp) di Viet nam dari t iga lo kus mikro sat elit MFW6, MFW7, dan MFW9, sedangkan Biba et al. (2015) m e la p o r k a n b a h w a d a r i t ig a lo k u s ya n g s a m a t erident ifikasi 25,33 alel unt uk rat a-rat a jumlah pada Gambar 1. Elekt ro fero gram hasil analisis marka Cyca-DAB1*05 pada ket urunan ket iga (F3) ikan
mas Rajadanu t ahan infeksi KHV dan t umbuh cepat (M= marka DNA; (+ )= ko nt ro l po sit if; (-)= ko nt ro l negat if; 1-44= sampel ikan mas Rajadanu F3)
Figure 1. Elect ropherogram of Cyca-DAB1*05 marker analysis in F
3 Raj adanu common carp resist ant
t o KHV inf ect ion and fast gr ow t h. M = DNA mar ker ladder ; (+ )= posi t ive cont r ol; (-)= negat ive cont rol; 1-44= F3 Raj adanu common carp samples
M + 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 -
M + 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 -
M + 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 -
M + 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 -
Perbedaan jumlah alel yang t eramat i pada penelit ian ini d ib an din gkan d e ngan p e n elit ian lain n ya d apat dipengaruhi o leh perbedaan met o de dan st rain ikan mas yang diuji, dan perbedaan jenis populasi yang diuji. Po pulasi ikan m as Sinyo n ya (Indonesian yellow carp) merupakan po pulasi ikan mas hasil pro gram seleksi di Viet nam (Thai et al., 2007), sedangkan ikan mas di Danau Shkodra, Albania merupakan po pulasi ikan mas t ipe liar (Biba et al., 2015).
Freku e n si alel yang t e ram at i d ari ke t iga lo ku s menunjukkan st rukt ur genot ipe dari populasi ikan mas Rajadanu F3. Pada lo kus MFW6 t eridentifikasi sat u alel yang do minan dari alel lainnya dengan frekuensi pal-ing tpal-inggi (0,71), yaitu alel 152. Sat u alel yang dominan juga t erident ifikasi pada lo kus MFW9 yait u alel 122 dengan frekuensi alel 0,73. Selain alel dengan frekuensi yang t inggi, pada po pulasi ikan mas Rajadanu F3 juga
dit emukan beberapa alel jarang at au alel dengan nilai frekuensi alel lebih kecil dari 5% (Co le, 2005; Hale et al., 2012). Tiga alel jarang t eramat i pada lo kus MFW6 dan dua alel pada lokus MFW9. Alel 116, 128, dan 136 merupakan alel jarang yang teramati pada lo kus MFW6, alel 138 dan 178 merupakan alel jarang pada lo kus MFW9. Alel jarang t idak dit emukan pada lo kus MFW7 (Gambar 2).
Nila i h e t e r o z ig o s it a s m e n u n ju k k a n s t a t u s keragam an genet ik ikan mas Rajadanu F3. Po p ulasi ik a n m a s Ra ja d a n u F3 m e m ilik i n ila i r a t a -r a t a h e t e r o z ig o s it a s t e r a m a t i (Ho ) 0 , 3 1 d a n h e t e r o z ig o s it a s h a r a p a n (He ) 0 ,4 6 . De fis it het ero zigo sit as t erident ifikasi pada penelit ian ini, hal ini dit unju kkan de ngan nilai Ho po pulasi ikan mas Rajadanu F3 lebih kecil dari He baik pada t iap lo kus maupun dalam po pulasi. Dua dari t iga lo kus yang diuji Tabel 2. Variabilit as genet ik dari t iga lo kus mikro sat elit pada ikan mas t ahan
infeksi KHV dan t umbuh cepat generasi F3 Table 2. Genet ic variabilit y of t hree microsat ellit e loci in F
3 Raj adanu common
carp resist ant t o KHV and fast growt h
Lokus Loci
Param et er Parameters
Populasi F3
F3 population
Kisar an p an jan g alel (Alelle size range) (bp ) 1 1 6 -1 6 6
Ju mlah samp el (Number of sample) (N) 4 1
Ju mlah alel (A) (Number of alelle) 6
Hetero zig o sitas ter amati (Observed heterozygosit y) (Ho) 0.2 2 Hetero zig o sitas h ar ap an (Expect ed heterozygosit y) (He) 0.4 8
In d eks fiksasi (Fixat ion index) (Fis) 0.5 4
Nilai p Hard y-weinb erg (p value Hardy-Weinberg) (HW) 0
Kisar an p an jan g alel (Alelle size range) (bp ) 1 9 8 -2 2 2
Ju mlah samp el (Number of sample) (N) 4 4
Ju mlah alel (A) (Number of alelle) 2
Hetero zig o sitas ter amati (Observed heterozygosit y) (Ho) 0.4 1 Hetero zig o sitas h ar ap an (Expect ed heterozygosit y) (He) 0.4 8
In d eks fiksasi (Fixat ion index) (Fis) 0.1 5
Nilai p Hard y-weinb erg (p value Hardy-Weinberg) (HW) 0 .3 4 9
Kisar an p an jan g alel (Alelle size range) (bp ) 8 8-1 78
Ju mlah samp el (Number of sample) (N) 4 3
Ju mlah alel (A) (Number of alelle) 4
Hetero zig o sitas ter amati (Observed heterozygosit y) (Ho) 0 .3 Hetero zig o sitas h ar ap an (Expect ed heterozygosit y) (He) 0.4 1
In d eks fiksasi (Fixat ion index) (Fis) 0.2 7
Nilai p Hard y-weinb erg (p value Hardy-Weinberg) (HW) 0 .0 1 2
Ju mlah alel (A) (Number of alelle) (N) 4
Hetero zig o sitas ter amati (Observed heterozygosit y) (Ho) 0.3 1
Hetero zig o sitas h ar ap an (Expect ed heterozygosit y) (He) 0.4 6
In d eks fiksasi (Fixat ion index) (Fis) 0.3 2
Rata-rata
Average
MFW6
MFW7
menunjukkan adanya deviasi t erhadap keset imbangan Hard y-We inb e rg (P< 0 ,0 5), yait u lo ku s MFW6 d an MFW9. Hasil ini mengindikasikan bahwa keragaman genot ipe ikan mas Rajadanu F3 relatif rendah. Meskipun m e m ilik i k e r a g a m a n g e n o t ip e r e n d a h , n a m u n se b alikn ya ikan m as Rajadan u F3 m e m iliki variasi fe n o t ip e p e r t u m b u h a n yan g le b ih t in ggi. Ha l in i dit unjukkan d engan nilai ko e fisie n variasi karakt er bo bot ikan mas Rajadanu F3 sebesar 60,94% (Himawan et al., 2014). Oleh karena it u, dapat dikat akan bahwa lo kus mikro sat elit yang digunakan pada penelit ian ini t idak berhubungan dengan variasi pert umbuhan ikan mas Rajadanu F3.
Het ero zigo sit as pent ing bagi suat u po pulasi baik ikan budidaya maupun ikan liar karena heterozigo sitas akan me mb erikan gen o t ipe d engan sp ekt rum lu as sebagai bent uk respo ns adapt if t erhadap perubahan lin g k u n g a n . Um u m n ya , in d ivid u -in d ivid u ya n g
Nilai het ero zigo sit as po pulasi ikan mas Rajadanu F3 relat if lebih rendah jika dibandingkan dengan nilai het erozigosit as t eramat i pada sembilan jenis ikan mas Gambar 2. Jumlah alel dan dist ribusi frekuensi alel pada po pulasi F3 ikan mas Rajadanu t ahan infeksi
KHV dan t umbuh cepat dari t iap lo kus mikro sat elit MFW6, MFW7, dan MFW9
do mest ikasi di Indo nesia yang dilapo rkan o leh Aliah & Taniguchi (1999), yait u berkisar ant ara 0,44-0,74. Namun, jika dibandingkan dengan t et uanya, ikan mas Rajad a n u F3 t id ak m e n u n ju k ka n a d an ya r e d u ks i het ero zigo sit as sebagai akibat kegiat an seleksi yang dilakukan. Ariyant o et al. (2014) melapo rkan bahwa h e t e ro zigo sit as p o pu lasi ikan m as Rajad an u yan g dianalisis menggunakan met o de RAPD adalah 0,274. Po pulasi t ersebut digunakan sebagai t et ua (P) unt uk kegiat an pembent ukan ikan mas Rajadanu t ahan KHV dan t umbuh cepat. Rendahnya keragaman genetik ikan mas Rajadanu F3 tidak disebabkan o leh met ode seleksi yang dilakukan, akan t et api lebih disebabkan karena penggunaan jumlah induk at au t et ua yang terbat as dan memiliki keragaman genet ik yang rendah. Induk t et ua yang digunakan merupakan po pulasi survivor terhadap serangan virus KHV dan t erseleksi berdasarkan marka Cyca-DAB1*05. Jumlah induk ikan mas yang digunakan sebagai t et ua unt uk membent uk ikan mas Rajadanu F3 berjumlah 55 eko r yang t erdiri at as 30 eko r induk betina dan 25 ekor induk jant an (Ariyanto et al., 2013). Pembent ukan populasi seleksi ikan mas Rajadanu tahan KHV d a n t u m b u h ce p at m e n gacu p a d a p r o t o k o l pemuliaan ikan mas, pembent ukan po pulasi seleksi dilakukan dengan pemijahan 30 pasang dan met o de pe rsilan gan backcross d ilaku kan un t uk me mb ent uk po pulasi F1, F2, dan F3 (Ariyant o et al., 2015).
Defisit het ero zigo sit as yang t erjadi pada po pulasi ikan mas Rajadanu F3 berkorelasi t erhadap nilai indeks fiksasi (fixat ion index, Fis) yang menunjukkan st at us breeding po pulasi tersebut. Pada Tabel 2 menunjukkan bah wa nilai Fis po p ulasi adalah 0,32; lo kus MFW6 memberikan nilai Fis t erbesar dan diikut i o leh lo kus MFW 9 d a n MFW 7 . Nila i Fis ya n g p o s it if mengindikasikan levelinbreeding dari po pulasi ikan mas Rajadanu F3. Nilai Fis berkisar ant ara -1 dan + 1, nilai positif pada Fis mengindikasikan inbreeding sedangkan
nilai negat if men gind ikasikan out breeding (Keller & Waller, 2002; Vlaeva & Lukano va, 2015).
Berdasarkan hasil analisis variasi genet ik dengan AMOVA, variasi genet ik dalam individu memberikan kont ribusi t erbesar dibandingkan variasi genet ik antar individu t erhadap variasi genet ik ikan mas Rajadanu F3. Pada Tabel 3 menunjukkan bahwa variasi genet ik d a la m in d ivid u m e m b e r ik a n k o n t rib u s i 6 7 ,7 3 %; s e d a n g ka n va r ias i ge n e t ik an t a r in d ivid u h an ya memberikan ko nt ribusi sebesar 32,27%.
Meskipun keragaman genet iknya relat if rend ah, ikan mas Rajadanu F3 memiliki perfo rma yang relat if lebih baik pada karakt er ket ahanan t erhadap infeksi KHV dan pert umbuhan dibandingkan dengan ko nt ro l dan ikan mas yang beredar di masyarakat (Ariyant o et al. , 2 0 1 5 ). Pr o g r a m d a n m e t o d e s e le k s i ya n g d igu n akan p ad a kegiat an p e mb e n t u kan ikan m as Rajadanu tahan infeksi KHV dan t umbuh cepat mampu mengendalikan t ingkat keragaman genet ik dan level inbreeding dari t et ua hingga generasi ket iga.
KESIM PULAN
Ik an m as Rajad an u F3 m e m b awa m ar ka Cyca-DAB1*05 dengan persentase 100%. Keragaman genetik ik a n m a s Ra ja d a n u F3 r e la t if r e n d a h , d e fis it het erozigo sitas, dan inbreeding teramat i pada po pulasi t ersebut . Ikan mas Rajadanu F3 t idak me nunjukkan penurunan keragaman genet ik dibandingkan dengan generasi sebelumnya. Variasi genet ik dalam individu m e m b e rikan ko n t r ib u si t e rb e sa r d ib a n d in ga n kan variasi genet ik ant ar individu t erhadap variasi genet ik ikan mas Rajadanu F3.
UCAPAN TERIM A KASIH
Penelit ian ini dibiayai o leh Anggaran Pendapat an dan Belanja Negara (APBN) melalui DIPA Tahun Anggaran
Tabel 3. AMOVA (Analysis of M olecular Variance) ikan mas Rajadanu t ahan infeksi KHV dan t umbuh cepat generasi F3
Table 3. AM OVA (Analysis of M olecular Variance) of F3 Raj adanu common carp resis-t anresis-t resis-t o KHV and fasresis-t growresis-t h
Sum ber keragam an Sour ce of var iations
Jum lah kuadrat Sum of squares
Kom ponen ragam Variation components
Persent ase ragam Per centage of variations
An tar ind ivid u
Among individuals 3 7 .7 1 0 .2 2 3 2 .2 7
Dalam in d ivid u
W it hin individuals 2 0 .0 0 0 .4 7 6 7 .7 3
2014 di Balai Penelit ian Pemuliaan Ikan, Sukamandi. Terima kasih disampaikan kepada semua t eknisi yang t elah membant u dalam kegiat an penelit ian ini. Terima kasih juga disampaikan kepada dewan redaksi unt uk se m u a sa ra n , m as u k an , d a n p e rb aika n t e rh ad ap makalah ini.
DAFTAR ACUAN
Aliah, R.S., & Tan iguch i, N. (19 99 ). Co mp ariso n o f ge net ic variabilit y in n in e d o me st icat ed st o cks of Indonesian commo n carp by using microsat ellite DNA markers. Fish Genet ics and Breeding Science, 28, 121-130.
Alimuddin, Mubinun, Sant ika, A., Charman, O., Faizal, I., & Sumant adinat a. K. (2011). Ident ificat io n o f Majalaya co mmo n carp st rains resist ant t o KHV infect io n using Cyca-DAB1*05 allele as t he marker. Indonesian Aquacult ure Journal, 6(2), 157-163. Ariyan t o , D., Hayu n in g t yas, E.P., & Syah p u t ra, K.
(2 0 1 3 ). Pe n in g k a t a n m u t u g e n e t ik k a r a k t e r p e rt u m b u h an ikan m as r ajad an u h asil se le ksi gen erasi ke -0 (G-0). M akalah disampaikan pada Seminar Hasil Penelit ian. Balai Penelit ian Pemuliaan Ikan, Sukamandi.
Ariyan t o , D., Hayu n in g t yas, E.P., & Syah p u t ra, K. (2014). Ko leksi, karakt erisasi, dan seleksi plasma nut fah ikan mas (Cyprinus carpio) t ahan penyakit ko i herpes virus. J. Ris. Akuakult ur, 9(2), 215-228. Ariyan t o , D., Syahp ut ra K., & Him awan , Y. (20 1 5). aquacult ure. Aquac. Res., 28, 829-839.
Beaumo nt , R.A., & Ho are, K. (2003). Bio t echno lo gy and genet ics in fisheries and aquaculture. Blackwell Publishing, Oxfo rd.
Brinez, B.R., Carab allo , X.l., & Salazar, M.V. (201 1). Genet ic diversit y o f six po pulat io ns o f red hybrid t ilapia, using micro sat ellit es genet ic markers. Rev. M VZ Cordoba, 16(2), 2491-2498.
Dunham, A.R. (2004). Aquacult ure and fisheries bio -t echno lo gy gene-t ic appro aches. CABI Publishing, Oxfordshire, 115 pp.
Evans, B., Bart let t , J., Swe ijd, N., Co o k, P., & Ellio t , N.G. (2 0 0 4 ). Lo s s o f g e n e t ic va r ia t io n a t micro sat ellit e lo ci in hat cher y pro duced abalo ne in Australia (Haliot is rubra) and So uth Africa (Haliot is midae). Aquacult ure, 233, 109-127.
Exco ffier, L., Laval, G., & Schneider, S. (2006). Arlequin ver. 3.0: An int egrat ed so ft ware package fo r po pu-la t io n g e n e t ic s d a t a a n a lys is . Evol u t i ona r y Bioinformat ics Online, 1, 47-50.
Go udet , J. (2001). FSTAT, a pro gram t o est imat e and t est gene diversit ies and fixat io n indices (versio n 2 . 9 . 3 ). In s t it u t e o f Ec o lo g y, Un ive r s it y o f Lau sann e, Swit zerland . h t t p://www.un il.ch/izea/ so ft ware/fst at .h t ml.
Hale, M.L., Burg, T.M., & St eeve s, T.E. (2012 ). Sam-pling fo r micro sat ellit e based po pulat io n genet ic st udies: 25 t o 30 individ uals pe r p o pu lat io n is eno ugh t o accurat ely est imat e allele frequencies. PLoS One, 7(9), e45170.
Himawan , Y., Syah put ra, K., & Ariyant o , D. (20 14 ). Evaluasi dan uji performa benih ikan mas Rajadanu t ah an KHV d an t u mb uh ce pat gen erasi ke t iga. Lapo ran Teknis Hasil Penelit ian BPPI t ahun 2014. Sukamandi, 26 hlm.
Ho sseinnia, Z., Shabany, A., & Ko langi-Miandare, H. (2014). Co mpariso n o f genet ic variat io n o f wild and farmed Bream (Abramis brama orient alis; berg, 1995) using micro sat ellit e markers. M olecular Bi-ology Research Communicat ions, 3(3), 187-195. Keller, L.F., & Waller, D.M. (2002). Inbreeding effect s
in wild po pulat io ns. Trends in Ecology and Evolu-t ion,17, 230-241.
No rris, A.T., Bradley, D.G., & Cunningham, E.P. (1999). Micro s at e llit e ge n e t ic variat io n b e t we e n a n d wit hin farme d an d wild At lant ic salm o n (Salmo salar) po pulat io ns. Aquacult ure, 180, 247-264. Raku s, K.L., Wiege rt je s, G.F., Ad ame k, M., Siwicki,
A.K., Lepa, A., & Irnazaro w, I. (2009). Resist ance o f co mmo n carp (Cyprinus carpio L.) t o Cyprinid herpesvirus-3 is in flue nced by majo r hist o co m-pat ibilit y (MH) class II B gene po lymo rphism. Fish & Shellfish Immunology, 26, 737-743.
Skala, O., Ho yheim, B., Glo ver, K., & Dahle, G. (2004). Micro sat ellit e analysis in do mest icat ed and wild At lant ic salmo n (Salmo salar L.): allelic diversit y and ident ificat io n o f individuals. Aquacult ure, 240, 131-143.
Nas k a h a k ad e m ik ik a n m a s (Cypr i nus car pi o) Majalaya t ahan p enyakit . Balai Be sar Perikan an Budidaya Air Tawar. Sukabumi, 38 hlm.
Sun art o , A., Tau khid, Ru kyani, A., Ko e sh ar yan i, I., Su p r iya d i, H. , Ga r d e n ia , L. , Hu m in t o , H. , Agungpriyo no , D.R., Pasaribu, F.H., Herdikiawan, D., Rukmo no , D., & Prayit no , B. (2005). Field in-vest igatio ns o n a serio us disease o ut break amo ng ko i and co mmo n carp (Cyprinus carpio) in Indo ne-sia. In Walker, P., Lest er, R., & Bo ndad-Reant aso , M.G. (Eds.). Diseases in Asian Aquacult ure V, p. 125-13 5. Fish Healt h Se ct io n , Asian Fishe ries So ci-et y, Manila.
Thai, B.T., Burridge C.P., & Aust in, C.M. (2007). Ge-net ic diversit y o f co mmo n carp (Cypr inus carpio L.) in Viet nam using fo ur micro satellit e lo ci. Aquac-ult ure, 269, 174-186.
Vlaeva, R., & Lukano va, N. (2015). DNA micro sat ellit e analysis o f t he t ho ro ughbred ho rse po pulat io n in Bulgaria. Genet ic relat io nships bet ween t he st ud-ied sirelines. Trakia Journal of Sciences, 13(1), 83-87.
