# Ko r esp o n d e nsi: Balai Pe n elit ian d an Pe ng e m b an gan Bu d id aya Ikan Hias. Jl. Per ikan an No . 13 , Pan co r an Mas, De p o k 1 6 4 36 , In d o n e sia. Te l.: + (0 2 1 ) 7 5 2 0 4 8 2
E-m ail: mel t ar i ni .fahmi @ kk p.go.i d
Tersedia online di: ht t p://ej ournal-balit bang.kkp.go.id/index.php/j ra
BARCODING DNA IKAN HIAS LAHAN GAM BUT
M elta Rini Fahmi#, Anjang Bangun Prasetio, Ruby Vidia Kusum ah, Erm a Prim anita Hayuningtyas, dan Idil Ardi
Balai Penelitian dan Pen gemb angan Bud idaya Ikan Hias
ABSTRAK
Perairan gambut merupakan ekosistem unik yang memiliki kekayaan biodiversitas ikan, sebagian besar di antaranya memiliki potensi sebagai ikan hias. Penelitian ini dilakukan untuk melakukan identifikasi dan analisis keragaman genetik, karakter genetik, jarak genetik, dan pohon kekerabatan ikan-ikan yang mendiami perairan gambut Cagar Biosfere Bukit Batu Provinsi Riau. Tahap pertama penelitian ini adalah identifikasi secara morfologi terhadap 29 ikan hasil koleksi yang potensial sebagai ikan hias. Selanjutnya amplifikasi dan alignment 675 bp (base pair) dari 90 runutan parsial cyt ochrome c oxidase subunit 1 (COI). Hasil penelitian menunjukkan ikan yang diidentifikasi dapat dikelompokkan menjadi enam famili, yaitu Balontidae terdiri at as tiga sp esies (12,5%); Cyprinid ae 13 spesies (54,17%); Cob itidae sat u spesies (4,17%); Silu ridae d ua sp esie s (8,3%); Datno idae satu spesies (4,17%); dan Bagrid ae e mpat sp esie s (16,67%). Beb erapa spesies memiliki perbedaan genetik intraspesies lebih dari 3%. Analisis kekerabatan dan clust ering ikan hias lahan gambut berdasarkan gen COI memiliki nilai boot st rap 87-99 per ulangan.
KATA KUNCI: barcoding DNA; ikan hias; lahan gambut; keragaman genetik
ABSTRACT: DNA barcoding of ornamental fish from peat lands. By: M elta Rini Fahmi, Anjang Bangun Prasetio, Ruby Vidia Kusumah, Erma Primanita Hayuningtyas, and Idil Ardi
Peat is a unique ecosyst em which a high fish biodiversit y, and most of t hem are pot ent ial as ornament al fish.This research was conducted t o ident ify and analyze genet ic diversit y, genetic code, genet ic distances, and phylogenies of the fish t hat inhabit in t he Bukit Bat u Biosfere Reserves, Riau Province. The first st age of t his st udy was ident ificat ion of 29 fish species that pot ential as ornament al fish by using morphological charact er.The furt her st ages were amplification and alignment of 675 base pairs of 90 partial sequences of cyt ochrome c oxidase subunit 1 (COI).Result s showed t hat t he ident ificat ion based on COI could be classified int o six families. These Families were Balont idae, Cyprinidae, Cobit idae, Siluridae, Dat noidae, and Bagridae which consist of t hree species (12.5%), 13 species (54.17%), one species (4.17%), t wo species (8.3%), one species (4.17%), and four species (16.67%), respect ively. Some clust ered have int ra-species genet ic divergence more t han 3%. Phylogenet ic and clust ering analysis showed all of t he OTU (0perat ional Taxonomic Unit ) has a high boot st rap permut at ion of 87-99.
KEYW ORDS: DNA barcoding; ornamental fish; peat land; genetic diversity
PENDAHULUAN
Pada t ahun 2003, Paul Hebert dari Universit y o f Guelph, Ont ario, Kanada, menerbit kan sebuah makalah di Proceedings of Royal Societ y yang menyebut kan gen cyt ochr ome oxydase (COI) d ap at b e rfu n gsi se b agai barcode genet ik unt uk semua makhluk hidup (Hebert et al., 2003). Semenjak dekade tersebut proyek barcode h am pir sem ua m ahluk h id u p pu n d im ulai, d en gan p e r k e m b a n g a n t e k n o lo g i, b ar codi ng DNA ju g a dimanfaat kan sebagai gen t unggal at au lo kus unt uk
id e n t ifikasi t aks o n o m i, se rt a p e n e n t u an b at a san spesies (Taylo r & Harrist , 2012). Peran barcode DNA se b a gai ala t (t ool) id e n t ifik asi t e lah m e m b e rikan banyak ko nt ribusi sepert i ident ifikasi ikan pada st a-dia lar va hingga dewasa, hingga evaluasi lalu lint as perdagangan ikan (Rasmussen et al., 2009).
gambut merupakan salah satu habitat yang dihuni o leh banyak jenis ikan hias sehingga dijuluki sebagai ‘ home-land of ornament al fish”. Hu t an d an lah an gamb u t m eru pakan eko sist e m u n ik karen a t e rb e nt u k d ari t imbunan serasah yang t erdegradasi secara anaero b, air gambut cenderung bersifat asam (pH 3-5), berwarna hit am, miskin hara dan sangat kaya bahan o rganik (Giam et al., 2012).
Su n dalan d me ru p akan salah sat u dari 2 6 sp o t bio diversit as di dunia, yang meliput i Malay Paninsula, Jawa, Kalim an t an , d an Su m at e ra, se rt a Sundaland memiliki wilayah gambut sebesar 36% (160.000 km2) (Miet t inen & Liew, 2010; Page et al., 2011). Beberapa d e k a d e t e ra k h ir m u la i d ik e t a h u i ik a n -ik a n yan g m e nd iami p e rairan gamb u t ad alah ikan -ikan yan g memiliki kemampuan adaptasi yang sempit (stenot opic) (Ng et al., 1994). Keberadaan ikan-ikan st enot opic pada saat ini mulai berada pada ko ndisi t erancam punah k a r e n a in t e n s it a s k e g ia t a n a g r o in d u s t r i ya n g cenderung mo no kult ur di wilayah t ersebut . Giam et al. (2012) memperkirakan laju kepunahan ikan-ikan yang mendiami perairan gambut saat ini mencapai 77% (72 dari 102) spesies stenot opic t elah mencapai ko ndisi punah.
Mar y et al. (2011) menyebutkan lahan gambut dihuni o le h ku ran g le b ih 2 1 9 sp e sie s d an 8 0 sp e sie s d i ant aranya adalah ikan-ikan yang endemik di perairan t ersebut . Lebih lanjut dijelaskan bahwa sebagian besar ikan-ikan yang mendiami perairan gambut baru berhasil diident ifikasi secara int ensif set elah 20 t ahun t erakhir yait u saat ilmu bio lo gi mengalami revo lusi menjadi bio lo gi mo lekule r. Dengan dit emukannya ge n cyt o-chrome c oxidase subunit 1 (COI) sebagai penanda dan id e n t ifik a s i s p e s ie s , m a k a r e vo lu s i p a d a d u n ia bio diversit as pun dimulai.
DNA barcoding adalah sebuah sistem yang dirancang unt uk menyediakan pro ses ident ifikasi yang akurat , cep at , dan bersifat o t o mat is unt u k sem ua spesies, kare n a m en ggun akan lo ku s at au ge n pe n de k dan mut asi pada nukleo t ida pada lo kus t ersebut menjadi st andar t akso no mi masing-masing spesies (Hebert et al., 20 03). Pada awalnya pe nem uan DNA barcoding ditujukan untuk kegiat an t akso no mi ikan, namun saat in i DNA barcoding b e r ke m b an g u n t u k ko n se r vasi genet ik yang mengacu pada keragaman genet ik int ra-int e r-spe sie s. Ke ragaman spe sie s m e nggam barkan d in am ika fe n o t ip e s e lam a p ro s e s o n t o ge n i ya n g sangat dipengaruhi o leh ko ndisi lingkungan (Blaxt er, 2003; Taut z et al., 2002). Beberapa keut amaan DNA barcoding diband in gkan d en gan id en t ifikasi secara morfo lo gi adalah (1) pada ident ifikasi secara mo rfologi se r in g t e rjad i t u m p an g t in d ih b e b e rap a karak t e r den gan t aksa t erdekat seh ingga ini sering menjadi kendala dalam ident ifikasi; (2) DNA barcoding dapat
d ig u n a k a n u n t u k id e n t ifik a s i s e m u a s t a d ia perkembangan ikan mulai dari t elur hingga dewasa; (3) feno mena cr ypt ic spesies dan cript ic diversit y, lebih banyak diungkap dengan menggunakan DNA barcoding. Mengacu pada feno mena ikan-ikan yang mendiami p e rairan gam b u t ce n d e ru n g b e rad a p ad a ko n d isi t erancam punah dan perkembangan t ekno lo gi DNA bar coding, m aka p erlu d ilaku kan u paya assessment secara cepat t erkait po t ensi dan keragaman ikan di lahan gambut saat ini unt uk kegiat an ko nser vasi. Oleh karena it u, penelit ian ini bert ujuan unt uk melakukan ident ifikasi secara mo lekuler spesies ikan-ikan yang mendiami perairan gambut di Pro vinsi Riau dan Jambi m e n gg u n ak an ge n COI p a rsial DNA m it o ko n d r ia melalui penanda genet ik (ident it as spesies), karakt er g e n e t ik , ja r a k g e n e t ik, d an p o h o n k e k e r a b at a n gen et ik.
BAHAN DAN M ETODE Koleksi Sam pel
Ko le ksi sam p e l d ilaku k an d i p e r airan gam b u t Provinsi Riau dan Jambi. Sampel ikan ditangkap dengan me nggunakan alat t an gkap sero kan, jaring le mpar, p a n c in g , d a n a n c o . Ik a n ya n g t e r t a n g k a p dido kument asikan selanjut nya disimpan dalam fo rma-lin un t uk pro ses id ent ifikasi karakt er mo rfo m et rik dan meriskt ik (Ko t ellat et al., 1993; Ro bert , 1989) dan se b agian lagi d isim p an d alam alko ho l 7 0 % u n t u k kegiat an mo lekuler.
Ekstraksi dan Amplifikasi DNA
Analisis Dat a
Sisi ho m o lo g run ut an n ukleo t id a gen COI DNA mit o ko ndria dari spesies yang dipero leh selanjut nya d isejajarkan (mult iple alligment). An alisis p e n an d a g e n e t ik, ke ra g am a n ge n e t ik, ja ra k g e n e t ik , d a n ko nstruksi pohon kekerabat an dari runutan nukleo tida g e n p a r s ia l COI DNA m it o k o n d r ia d ila k u k a n mengunakan pro gram MEGA versi 5 (Tamura et al., 2011).
DNA Barcoding Library
Ke b e r h a s ila n p r o gr a m DNA bar coding s an g a t bergant ung pada pengembangan pust aka acuan DNA barcoding unt uk t ujuan ident ifikasi secara o t o mat is melalui sebuah sist em yang dikenal dengan Barcode of Life Dat asystem (BOLD) yang menghimpun t ujuh elemen dat a, meliput i: (1) nama spesies melalui ident ifikasi se cara mo rfo lo gi d an fo t o spesim en, (2 ) spe sim en voucher, (3) lo kasi geo grafis t empat ko leksi sampel, (4) lembaga atau personal yang melakukan identifikasi, (5) runut an gen COI sekit ar 500 bp, (6) primer yang digunakan unt uk amplifikasi, dan (7) sist em pelacakan dat a.
HASIL DAN BAHASAN
Keragaman Genetik Gen COI
Sebanyak 707 bp runut an basa dari 90 runut an ( se-quence) disejajarkan (alignment), dengan menggunakan Crust al W pro gram , dan hanya 675 bp yang dap at digunakan unt uk analisis lebih lanjut . Jarak evo lusi a n t a r g ru p yan g d ih it u n g b e r d as a rk a n su b t it u s i nukleo tida secara keseluruhan adalah 0,2327 (23,27%). Mat rik subtit usi nukleot ida semua grup disajikan pada Tabel 1. Berdasarkan analisis dengan menggunakan HKY+ G+ I model t erdapat distribusi yang t idak merat a un t uk sem ua n ukleo t ida d engan frekuensi sebagai berikut : adenin (A) sebesar 25,46%; t imin (T) sebesar 30,54%; guanin (G) sebesar 26,27%; dan yang paling s e d ik it a d a la h s it o s in (C) s e b e s a r 1 7 , 7 3 %.
Pe rb an din gan ant ara t ransisi d an t ran sfersi ad alah 1,968 unt uk puri, dan 2,872 unt uk pirimidin, secara keseluruhan perbandingan transisi dan transfersi adalah 1,301.
Ke lo m p o k m o n o p ile t ik s e c a r a t a k s o n o m i t e rb e n t uk jika spe sim en -spe sim en yang d ian alisis memiliki perbedaan genet ik lebih dari 3% (Paul et al., 2 0 0 3 ). Jarak ge n e t ik ant ar gru p b e rd asarkan K2 P (Kimura 2 Paramet er) disajikan pada Lampiran 1. Dari Lamp iran 1 d iket ah ui b ah wa jarak ge ne t ik an t ara kelo mpo k Se luang bint ik dan Seluang t asik se rkap (dikenal dengan sebut an Rasbo ra merah) adalah 0,5%. Pe rbe d aan ge n e t ik yan g re n d ah in i me n ye b ab kan spesimen t ersebut berada pada dalam sat u kelo mpo k mo no pilet ik. Demikian juga dengan Punt ius pet azona dan Punt ius rombochelat us, walaupun secara takso nomi kedua ikan t ersebut adalah dua spesies yang berbeda namu n berdasarkan p erbedaan genet ik yang h anya 0,4%; maka kedua spesimen t ersebut dikelo mpo kkan menjadi menjadi sat u klast er. Rendahnya perbedaan genet ik ant ara Luceocephalus pulcer dan Epalzeorhynchos kalopt erus diduga disebabkan o leh jumlah spesimen yang sangat sedikit (sat u eko r).
Perbedaan genet ik int ra Operat ional Taxonomic Unit (OTU) a t au gru p Punt i us hexazona, Se lu an g gar is me rah, Krypt opt er us impok, Rasbora maculat a le bih rendah dari 3% menyebabkan keempat OTU t ersebut t id a k d ik a t e g o r ik a n s e b a g a i s a t u k e lo m p o k mo no pilet ik. Sement ara it u, 26 OTU lagi merupakan sat u kelo mpo k mono pilet ik karena perbedaan genetik int ragrup (OTU) kurang dari 3%.
Hubungan Kekerabatan Genetik
Analisis kekerabat an dengan menggunakan pro -g r a m Ne i-g h b o u r – Jo in in -g NJ (1 . 0 0 0 b oot st r a p) m e n g in d ik a sik a n 8 7 s p e s ie s h a s il a n a lis is DNA barcoding dapat dikelo mpo kkan menjadi enam famili, yait u Balo nt idae t erdiri at as t iga spesies (12,5%); Cyp-rinid ae 13 sp esies (5 4,17%); Co bit idae sat u sp esies (4,17%); Siluridae dua spesies (8,3%); Dat no idae sat u
Tabel 1. Mat rik subst it usi nukleo t ida berdasarkan met o de HKY+ G+ I Table 1. M at rix nucleot ide subst it ut ions based on met hods HKY+ G+ I
Ke terang an (Not e): Bol d= subt itu si t ransitio nal; i t ali c= sub tit usi transversal
Bold= t ransi t i onal subt i t ut ions; i t alic= t r ansversi onal subst i t ut i ons
Dar
i/ke-From/to A T C G
A - 0 .0 6 8 1 0.0 58 6 0.0778
T 0 .05 6 8 - 0.1684 0 .0 3 9 6
C 0 .05 6 8 0.1958 - 0 .0 3 9 6
-spesies (4,17%); dan Bagridae empat -spesies (16,67%) (Gambar 1).
Mengacu pada nilai boot st rap masing-masing OTU yang berkisar ant ara 87 hingga 99 dapat dikat akan b ahwa p en ge lo m p o kan spe sie s t e rse b u t m e m iliki t ingkat kesamaan yang cukup t inggi. Namun beberapa spe sies dari Cyprin ide sepe rt i Selu ang garis me rah d a n Ra sbor a m acu l at a m e n u n ju k k a n t e r ja d in ya fe n o m e n a cr ypt i c s p e s ie s (s p e s ie s ya n g s a m a r ). Sebagian besar ikan air t awar yang mendiami perairan t ro pis t erut ama lahan gambut memiliki kemampuan adaptasi yang cukup tinggi sehingga t erjadi perubahan-p e r u b a h a n s e ca r a m o r fo lo g i (r a di a t i on of
mor phologycal) yan g m e n g ar ah fe n o m e n a cr ypt i k spe sies. Cyp rin id ae m e ru pakan fam ili yan g san gat ko mple ks d engan p enye baran luas dan keragam an t inggi (Nelso n, 2006).
Hu b e r t et al. (2 0 1 5 ) t e la h m e la k u k a n k a jia n k o m p o s is i ik a n -ik a n ya n g m e n d ia m i t ig a s p o t bio diversit as di Indo nesia yait u paparan Sundaland, Walacea, dan Sahul. Wilayah Sundaland didominasi oleh Famili Cyprinidae yait u 231 spesies dari 241 spesies yang mendiami wilayah Indo nesia (95,8%) diikut i o leh Osp h ro n o mid ae, Go b iid ae, Bagd rid ae, Balo nt id ae , Siluridae, dan Co bit idae. Pada wilayah Walacea dan Sahul masing-masing dido minasi o leh famili Go biidae Tabel 2. Perbedaan genet ik int ragrup dan st andar deviasi
Table 2. Genet ic divergences int ragroup (OTU) and st andard deviat ion
Ke terang an (Not e): OTU= Operat ional Taxonomi c Unit ; *)= p erbed aan gen etik > 3%
Not e: OTU= Operat ional Taxonomi c Unit ; *)= genet i c divergences > 3% Grup/OTU
Perbedaan genet ik int ra grup
M aximum diver gence
within gr oup
Persent ase
Percentage (%)
St andar devi asi
Estimated
standar d err or
Desmopunt ius pentazona 0 .0 0 8 0.8 0 .0 0 6
Desmopunt ius hexazona 0 .0 6 8 6 .8*) 0 .0 1 0
Desmopunt ius rombochelat us n /c n/c n /c
Puntius tetrazona 0 .0 0 2 0.2 0 .0 0 2
Osteocelus 0 .0 0 2 0.2 0 .0 0 4
Rasbora sp .-GKN 0 .0 0 7 0.7 0 .0 0 4
Pect enocypris sp .-BB 0 .0 0 2 0.2 0 .0 0 2
Pect enocypris sp .-TS 0 .0 0 2 0.2 0 .0 0 2
Rasbora sp .-GMR 0 .1 2 0 1 2.0*) 0 .0 1 8
Rasbora doriocellata 0 .0 0 3 0.3 0 .0 0 2
Bett a akademis 0 .0 0 3 0.3 0 .0 0 4
M ystus bimaculatus 0 .0 0 2 0.2 0 .0 0 1
Krypt opterus impok 0 .1 1 7 1 1.7*) 0 .0 1 9
Silichtys phaiosoma 0 .0 0 3 0.3 0 .0 0 2
Crossocheilus siamensis 0 .0 1 3 0.1 0 .0 0 4
Epalzeorhynchos kalopt erus 0 .0 0 3 0.3 0 .0 0 2
Syncrossus hymenophysa 0 .0 0 3 0.3 0 .0 0 2
Pangio kuhlii 0 .0 0 1 0.1 0 .0 0 1
Rasbora harlequin 0 .0 0 3 0.3 0 .0 0 2
Rasbora maculata 0 .2 6 0 2 6.0*) 0 .0 3 8
Pelt robagus 0 .0 0 6 0.6 0 .0 0 3
Halostoma taminski 0 .0 5 2 5 .2*) 0 .0 1 2
Anabas test udineus 0 .0 0 2 0.2 0 .0 0 1
Sphairichtys ospronemodes 0 .0 1 5 1.5 0 .0 0 5
Puntius n /c n/c n /c
Chaka bangkanensis n /c n/c n /c
Luceocephalus pulcer n /c n/c n /c
M ystus Th ailand 0 .0 0 2 0.2 0 .0 0 4
Dat noides microlepis 0 .0 0 1 0.1 0 .0 0 4
Gambar 1. Dendro gram ikan-ikan yang mendiami lahan gambut berdasarkan gen barco ding COI Figure 1. Dendrogram DNA barcoding genes (COI) of t he fish t hat inhabit peat land
(52 spesies) dan Melanit idae (47 spesies). Selanjut nya Huber et al. (2015) juga menjelaskan t ingkat endemis ikan yang mendiami paparan Sunda juga mengikut i po la yang sama, yait u Cyprinidae (135 spesies) dan Ospho no midae (59 spesies).
DNA Barcoding untuk Konservasi Genet ik Ikan Hias Lahan Gam but
Ko n s e r va s i g e n e t ik m e r u p a k a n u p a ya mempert ahankan keragaman genet ik int ra-po pulasi dan intra-spesies, hal ini disebabkan karena dua alasan. Alasa n p e rt am a ya it u ke ra gam an ge n e t ik s an g at dipe rlukan o leh m akhluk hidup u nt uk b eradapt asi, berevo lusi, dan melakukan perubahan sehingga dapat menyesuaikan diri dengan perubahan lingkungan yang t e rjadi secara t eru s-me nerus. Alasan ked ua ad alah h ilan gn ya k e ragam an ge n e t ik akan m e n im b u lkan pot ensi inbreeding dan menurunkan kebugaran (fit ness) repro duksi (Frankham et al., 2002).
Frankham et al. (2002) menjelaskan bahwa bagian yang sangat pent ing dalam ko nser vasi genet ik adalah k e p a s t ia n t a k s o n o m i b a ik m e la lu i p e n d e k a t a n mo rfo lo gi maupun mo lekuler. Kepast ian t akso no mi ini diperlukan untuk beberapa kepentingan di antaranya pe rlin dungan h uku m un t uk spesies yan g t e rancam punah, pet a penyebaran, st at us spesies endemik at au in vasif d an id en t ifikasi spe sie s yan g mem iliki n ilai eko no mis pent ing.
Ke m a m p u a n ge n COI d a la m m e n g id e n t ifika si spesies-spesies ko mpleks t elah diuji pada beberapa penelit ian sepert i ikan-ikan famili Cyprinidae (Co llins et al., 2012), rainbo w (Kadarusman et al., 2012), lar va ikan air gambut (Wibo wo et al., 2015) dan ikan t ro ut , sert a salmo n (Rasmussen et al., 2009). Hebert et al. (2003) mempublikasikan primer unt uk DNA barcoding m en gapit sekue n d en gan krit eria se bagai b erikut ; t ingkat evo lusi mo lekuler yang t inggi, t ingkat mut asi delesi at au insersi relatif rendah dibandingkan dengan ge n 1 6 S rRNA d an 1 2 S rRNA walau p u n m e m iliki kedekat an kekerabat an spesies.
Seiring dengan t ingginya t ingkat keragaman yang mendiami paparan Sunda (Sundaland), maka akt ivit as penangkapan ikan di wilayah ini juga cukup int ensif baik unt uk kebut uhan ko nsumsi maupun ikan hias. Tingkat endemisit as ikan di paparan Sunda dido minasi o leh ikan-ikan yan g me ndiami p erairan gamb ut , di mana salah satu karakter ikan yang mendiami perairan t erse bu t adalah be rsifat en de m ik seh in gga ren t an t erhadap ancaman kepunahan (Hubert et al., 2015; Ng et al., 1 9 9 4 ). Ole h k ar e n a it u , s alah sa t u u p aya ko nser vasi ikan-ikan yang mendiami perairan t ersebut ad ala h d e n gan m e m e t aka n ke b e rad aan ikan -ikan
t e r s e b u t s e c a r a k o m p r e h e n s if. Ko n s o r s iu m int ernasio nal DNA barcoding telah menyiapkan sebuah sist e m yan g d ap a t d iak se s d e n gan m u d ah u n t u k mendapat kan info rmasi t erkait keberadaan ikan-ikan di Indo nesia.
Pen elit ian ini t elah berhasil m enambahkan d at a ikan-ikan yan g m en d iami pe rairan Ind o ne sia p ad a perpust akaan DNA barcoding (BOLD SYSTEM). Dengan mengikut i p ersyat at an yan g t elah dikeluarkan o leh Ge n Ba n k , ya it u (1 ) m e m ilik i se k u e n n u k le o t id a sepanjang 500 bp berasal dari sit us barcoding yang t elah disepakat i yait u COI, (2) amplifikasi mengacu pada primer yang t elah dit ent ukan o leh ko nso rsium, (3) rekam jejak file dapat diakses secara t erbuka, dan (4) penamaan spesies t elah mengacu pada do kumen yang t elah disepakat i.
Melalui BOLD SYSTEM, maka salah satu permasalah st at us nama ikanikan yang mendiami perairan Indo -nesia t elah t erselesaikan secara cepat dan o t o mat is. Pad a d e ka d e se b e lu m n ya id e n t ifik as i ika n t e la h menjadi t ant angan t ersendiri bagi bangsa Indo nesia di antaranya (1) Indonesia merupakan negara kepulauan yang t erdiri at as kurang lebih 17.000 pulau dan ini menjadi kendala dalam mengelo la bio diversit asnya, (2 ) t e r k a it d in a m ik a p o lit ik k h u s u s ik a n ya n g d iid e n t ifik a s i s e b e lu m t a h u n 1 9 5 0 s u lit u n t u k m e n d apat kan sp e sim e n d an m eru n u t ke b erad aan ikannya, (3) feno mena “radiat ion of morphological” di m a n a t e rjad i k e ra ga m an m o rfo lo gi n a m u n t id ak berdampak pada peningkat an bio diversit as (Hubert et al., 2015).
KESIM PULAN
Pe n g gu n aa n m a rk a g e n e t ik COI se b ag ai DNA barcoding t elah berhasil mengident ifikasi 26 spesies ikan hias yang mendiami perairan gambut . Keragaman genet ik int ra-spesies yang cukup t inggi menunjukkan kemampuan spesies beradapt asi terhadap lingkungan yang ekstrem. Pengelompo kan OTU berdasarkan DNA barcoding memiliki nilai permut asi yang cukup t inggi yait u 87-99, mengindikasikan DNA barcoding sebagai penanda genet ik hingga t ingkat spesies.
UCAPAN TERIM A KASIH
DAFTAR ACUAN
Blaxt er, M. (2003). Mo lecular syst emat ics: Co unt ing angels wit h DNA, Nat ure, 421, 122-124.
Co llin s, R.A., Arm st ro n g, K.F., Me ie r, R., Yi, Y., & Br o w n , S.D.J. (2 0 1 2 ). Ba r co d in g a n d b o r d e r b io se cu rit y: id e n t ifyin g cyp rin id fish e s in t h e aq u ariu m t rad e . PLoS ONE, 7 (1), e 2 8 3 8 1 . Do i: 10.1371/jo urnal.pone.0028381.
Frankham, R., Ballau , J.D., & Brisco e s, D.A. (200 2). Int ro duct io n t o co nser vat io n genet ic. Cambridge Un ive rsit y Press.
Gia m , X., Ko h , L.P., Ta n , H.H., Mie t t in e n , J., Tan , H.T.W., & Ng, P.K.L. (2012). Glo bal ext inct io ns o f freshwat er fishes fo llo w peat land co nversio n in Sundaland. Front . Ecol. Environ., 10(9), 465–470. Do i:10.1890/110182.
Hebert , P.D.N., Cywinska, A., Ball, S.L., & DeWaard, J.R. (2003). Bio logical ident ificat io ns t hro ugh DNA barco des. Proceedings of t he Royal Societ y of London Series B. Biological Sciences, 270, 313–321.
Hu b e rt , N., Kad arusm an , Wib o wo , A., Bu sso n , F., Caru so , D., Sulandari, S., Nafiqo h, N., Po uyaud, L., Rüb er, L., Avarre , J.C., He rder, F., Hann er, R., Keit h, P., & Hadiat y. R.K. (2015). DNA barco ding Indo nesian freshwat er fishes: challenges and pros-pect s. DNA Barcodes, 3, 144–169. Do i: 10.1515/ dna-2015-0018.
Kad arusman, Hu be rt , N., Had iat y, R.K., Sud art o , & Paradis, E. (2012). Cr ypt ic diversit y in Indo -Aus-t ralian rainbo wfishes revealed by DNA barco ding: Imp licat io n s fo r co n se r vat io n in a b io dive rsit y ho t spo t candidat e. PLoS ONE, 7(7), e40627. Do i: 10.1371/jo urnal.pone.0040627.
Ko t e lla t , M., Wh it t e n , A. J., Ka r t ik a s a r i, S.N., & Wirjo at m o d jo , S. (1 99 3 ). Fre sh wat e r fish e s o f west ern Indo nesia and Sulawesi. Periplus Edit io n. Mar y, R.C.P., Lah iru , S.W., & Rich ard , T.C. (2 0 1 1 ). Bio d ive rsit y an d co n se r vat io n o f t ro p ical p eat swamp fo rest s. BioScience, 61(1), 49–57.
Miet t inen, J., & Liew, S.C. (2010). Degradat io n and develo pment o f peat lands in Peninsular Malaysia
and in t he islands o f Sumat ra and Bo rneo since 1990. Land Degrad. Dev., 21, 285–96.
Nelso n, J.S. (2006). Fishes o f t he Wo rld (4t h ed). Jo hn Wiley & So ns-New Jersey. USA, p. 114-115. Ng, P.K.L., Tay, J.B., & Lim , K.K.P. (1 99 4). Dive rsit y
and co nser vat io n o f blackwat er fishes in Penin-sular Malaysia, part icularly in t he No rt h Selango r peat swamp fo rest . Hydrobiologia, 285, 203–18. Page, S.E., Riele y, J.O., & Banks, C.J. (2011). Glo bal
and regio nal impo rt ance o f t he t ro pical peat land carbo n po o l. Glob. Change Biol., 17, 798–818. Pa u l, D.N.H., Su je e va n , R., & Je re m y, R. (2 0 0 3 ).
Barco ding animal life: cyt o chro me c o xidase sub-unit 1 divergences amo ng clo sely relat ed species. Proc. R Soc., 270, S96–S99.
Rasmu ssen , R.S., Mo rrisse y, M.T., & Heb ert , P.D.N. (2009). DNA barco ding of co mmercially import ant salmo n and t ro ut species (Oncorhynchus and Salmo) fro m No rt h Ame rica. Jour nal of Agr icult ur al and Food Chemist r y, 57, 8379–8385.
Ro b ert , T.R. (19 89). The fresh wat er fishes o f we st -ern Bo rneo . Califo rnia Academy o f Science. Tamura, K., Pe t erso n , D., Pet erso n, N., St echer, G.,
Nei, M., & Kum ar, S. (2 011). MEGA5: Mo le cular Evo lut io nar y Gen et ics Analysis Using Maximum Likeliho o d, Evo lut io nar y Dist ance, and Maximum
Parsimony Methods. Mol Biol Evol. doi: 10.1093/
mo lbev/msr121.
Taylo r, H.R., & Harrist . (201 2). Invit ed t echnical re-view: An emergent science o nt he brink o f irrel-e va n c irrel-e : a r irrel-e viirrel-e w o f t h irrel-e p a s t 8 yirrel-e a r s o f DNA barco ding. M olecular Ecology Resources, 12, 377– 388.
Taut z, D., Arct ander, P., Minelli, A., Tho mas, R.H., & Vo gler, A.P. (2002). DNA po int s t he way ahead in t axo no my. Nat ure, p. 418-479.
o
d
in
g
D
N
A
ik
a
n
h
ia
s l
a
h
a
n
g
a
m
b
u
t
...
..
(M
el
ta
R
in
i F
a
h
m
i)
L
a
m
p
ir
a
n
1
.
L
a
n
ju
ta
n
A
p
p
en
d
ix
1
.
C
o
n
ti
n
u
