Amplifikasi DNA dengan teknik PCR

Teks penuh

(1)

# Ko r esp o n d e nsi: Balai Pe n elit ian d an Pe ng e m b an gan Bu d id aya Air Tawar. Jl. Se m p u r No . 1 , Bo g o r 1 6 1 51 , Ind o n e sia.

Te l.: + (0 2 5 1 ) 8 3 1 3 2 0 0

E-m ail: deni r adona_kkp@ yahoo.com

Tersedia online di: ht t p://ej ournal-balit bang.kkp.go.id/index.php/j ra

RAGAM GENOTIPE IKAN TENGADAK, Barbonymus schwanenfeldii (Bleeker 1854)

PERSILANGAN POPULASI JAWA DAN KALIM ANTAN BERDASARKAN RAPD

Deni Radona*)#, Dinar Tri Soelistyowati**), Rudhy Gustiano*), Odang Carman**), Irin Iriana Kusm ini*), dan Sri Sundari*)

*) Balai Pene litian dan Pe ngemb angan Bu didaya Air Tawar

**) De part emen Bud idaya Perairan, FPIK-Institut Pert anian Bo gor

ABSTRAK

Dalam rangka penge lolaan sum ber genetik unt uk pen gembangan budid aya ikan t engad ak maka pe rlu dilakukan evaluasi sum ber ge netik ikan t engadak asal Jawa d an Kalimantan, serta pro geni h ibridanya. Analisis genetik dilakukan secara molekuler dengan metode RAPD. Jumlah sampel yang digunakan untuk analisis RAPD sebanyak 10 ekor setiap populasi. Spesimen yang digunakan untuk analisis RAPD adalah sirip untuk induk dan whole body untuk hibrida. Hasil menunjukkan polimorfisme (32,43%) dan heterozigositas (0,13) tertinggi terdapat pada ikan tengadak hasil persilangan betina Jawa x jantan Kalimantan, sedangkan yang teren dah dip eroleh pada p ersilangan be tina Kaliman tan x jantan Jawa (p olimorfisme: 21,62% dan heterozigositas: 0,10). Berdasarkan dendrogram hubungan kekerabatan interpopulasi ikan tengadak hasil p e rs ila n g an (b e t in a Kalim a n t a n x jan t an Jawa ) d e n ga n in d u k n ya (p o p u lasi Jawa d an Ka lim an t a n ) menggunakan tiga primer RAPD (OPA-08, OPA-09, dan OPC-02) menunjukkan jarak genetik berkisar 0,48. Ikan tengadak betina asal Jawa dan jantan asal Kalimantan potensial meningkatkan keragaman genetik.

KATA KUNCI: RAPD; heterozigositas; ikan tengadak; polimorfisme

ABSTRACT: Genetic diversity of outbreed tinfoil barb from Java and Kalimantan based on RAPD. By: Deni Radona, Dinar Tri Soelistyowati, Rudhy Gustiano, Odang Carman, Irin Iriana Kusmini, and Sri Sundari

In order t o maint ain t he genet ic sources of t infoil barb for aquacult ure development , it is necessary t o evaluat e t he genet ic diversity crossbred results of tinfoil barb from Java and Kalimant an. The genet ic assessment was conduct ed by genot ype t rails using RAPD met hods. The samples used for t he analysis of RAPD was as much as 10 individuals. Specimens used for RAPD analysis was a fin for broodst ock and whole body for t he hybrid fish. The result showed t hat t he highest polymorphism and het erozygosit y were found 32.43% and 0.13 in populat ion crossbred of female Java x male Kalimant an. While t he lowest polymorphism and het erozygosit y were det ected on populat ion of f Kalimant an

x m Java (21.62% and 0.10, respect ively). Based on t he relat ionship bet ween t infoil barb hybrid (female Kalimant an x male Java) wit h a bot h broodst ock populat ion using t hree RAPD primers (OPA-08, OPA-09, and OPC-02) result ed in genet ic dist ance of 0.48. Females t infoil barb from Kalimant an and males from Java pot ent ial could increase genet ic diversity.

KEYW ORDS: RAPD; heterozygosity; tinfoil barb; polymorphism

PENDAHULUAN

Ke r ag a m a n g e n e t ik m e r u p a k an h ie r a rk i yan g paling rendah dalam tingkat an keragaman hayat i yang menggambarkan keragaman fenot ipe di dalam spesies yang merefleksikan keragaman sampai pada level DNA. Ikan t en gad ak Barbonymus schw anenfeldii (Blee ke r,

(2)

b u d id a ya ik a n t e n g a d a k d a p a t d ila k u k a n d a r i p e n g e lo la a n s u m b e r d aya ge n e t ik p o p u la s i yan g berkelanjut an dan berkualit as. Sumberdaya genet ik t idak t erlepas dengan ragam genet ik.

Ragam genet ik merupakan kunci pent ing bagi suatu spesies unt uk dapat bert ahan hidup dan menjamin ke st ab ilan p o p ulasi d alam wakt u yang lam a, yait u m e n e n t u kan ke m am p u an re sp o n s su at u p o p u lasi t erhad ap seleksi alam. Po pulasi dengan keragaman genet ik yang t inggi memiliki peluang hidup yang lebih t inggi, karena banyaknya alt ernatif gen dan kombinasi gen yang t ersedia untuk merespons perubahan ko ndisi lingkungan yang dihadapi (So ewardi, 2007). Ragam g e n e t ik m e r u p a k an p ar a m e t e r k u n ci k e b u g a ra n p o p u la s i ya n g m e n ja m in k e b e r la n ju t a n n ya d a n ke m am pu an m e re sp o n s se cara pasif se le ksi alam at aupun buat an (Lo renzen et al., 2012). Ident ifikasi k e r ag a m a n g e n e t ik d a lam su at u p o p u la si d a p a t dilakukan dengan pemet aan secara geno t ipe. Salah sat u me t o de karakt erisasi gen o t ipe adalah analisis mo lekuler dengan met o de Random Amplified Polymor-phic DNA (RAPD) menggunakan t eknik PCR (Polymerase Chai n React i on). Pe n a n d a m o le k u le r RAPD ya n g digunakan merupakan sekuen DNA po limo rfik yang dipisahkan o leh gel elekt ro fo resis PCR. Met o de RAPD memiliki beberapa keunggulan di ant aranya mampu me nd et eksi sekue n nukle o t ida h an ya de ngan sat u primer dan dapat digunakan t anpa menget ahui lat ar belakang geno m sebelumnya (Dunham, 2004). Marka RAPD ideal karena po limo rfismenya t inggi (Liu, 2007). RAPD u n t u k m e n ggam b ar kan ke ragam an ge n e t ik int ra- dan int er-po pulasi ikan-ikan spesifik lo kal yang sudah dilakukan meliput i: ikan kancra (Nugro ho et al., 20 06), ikan t o rso ro (Asih et al., 20 08 ), ikan t awes (Kusmini et al., 2009), ikan nilem (Mulyasari, 2010), ikan t am b akan (Su n d ari et al., 2 0 1 2 ), ikan b e t o k (Fayumi, 201 3), ikan gabus (Gust iano et al., 2013 ), dan ikan sepat (Iskandariah et al., 2015).

Tujuan penelit ian ini adalah unt uk mengevaluasi k e r a g a m a n g e n e t ik ik a n t e n g a d a k a s a l Ja w a , Kalimant an, dan pro geni hibrid berdasarkan analisis RAPD unt uk menyediakan dat abase genet ika sebagai acuan dalam pengembangan budidaya. karakt erist ik lingkungan (suhu 24°C-30°C; pH 5-7; dan o ksigen t erlarut 4-5 ,6 mg/L) d an Kalimant an (Balai Bud idaya Ikan Sen t ral, Anju ngan Kalim ant an Barat ) dengan karakt erist ik lingkungan (suhu 29°C-33°C; pH

5 -7 ,4 ; d a n o k s ig e n t e r la r u t 4 ,5 -6 ,6 m g /L). Ik a n t engadak yang digunakan berukuran panjang 15,2 ± 1,1 cm dan bobo t 124,2 ± 28,5 g. Jumlah sampel yang d igu nakan u n t u k an alisis RAPD se ban yak 1 5 e ko r (d elap an jan t an dan t ujuh b et in a) se t iap p o p ulasi. Spesimen yang digunakan unt uk analisis RAPD adalah sampel sirip yang disimpan dalam larut an alko hol 70%.

Progeni Hibrida

Ikan t engadak yang digunakan berupa lar va hasil p e rs ilan ga n se car a re sip r o k al b e ru ku ra n 1 -2 cm (berumur sat u bulan pasca t et as). Jumlah sampel yang digunakan untuk analisis RAPD sebanyak 10 ekor setiap populasi. Spesimen yang digunakan untuk analisis RAPD adalah whole body yang disimpan dalam larutan alko ho l 70%.

RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA)

Ekst raksi DNA

Ekst raksi DNA ikan d ilaku kan d e n gan m e t o d e Phenol-Chloroform (Nugro ho et al., 1997).

Amplifikasi DNA dengan teknik PCR

Amp lifikasi DNA dilakukan den gan me t o de PCR dimulai dengan seleksi 25 primer. Pengujian primer dari OPA-01 sampai OPA-20, dan 01 sampai

OPC-05 dengan komposisi bahan: 1 µL DNA; 0,5 µL primer

10 pmol; satu unit (10 µL) dr y Taq Pro m ega; d an

dist illed wat er (8,5 µL) dengan total volume sebanyak

20 µL. Program PCR yang digunakan, meliputi:

pre-de nat u rasi 94 °C selam a lima menit ; denat urasi suhu 94°C selam a sat u men it ; annealing su hu 3 6°C selama sat u men it ; e lo ngasi suhu 72°C selama 2,5 menit ; elo ngasi akhir 72°C selama t ujuh menit ; dan pro ses penst abilan 4°C selama t iga menit . Pro ses PCR b e r la n g s u n g s e b a n ya k 4 5 s ik lu s . Ha s il PCR memperlihat kan bahwa primer OPA-08, OPA-09, dan OPC-02 memberikan pro duk amplifikasi lebih banyak d ib an d in gkan p rim e r-p rim e r ya n g lain . Has il PCR kemudian dielekt ro fo resis menggunakan gel agaro se 2% dalam Tris-Boric-EDTA (TBE) buffer. Hasilnya diamat i dengan UV illuminat o r dan dido kument asikan dengan kamera Po laro id.

Analisis Ragam Genet ik

(3)

HASIL DAN BAHASAN

Keragam an Genetik Ikan Tengadak

Amplifikasi DNA yang menggunakan t iga primer (OPA-0 8, OPA-0 9, d an OPC-0 2) pada pro ge ni hasil persilangan ikan t engadak asal Jawa dan Kalimant an secara resipro kal memperlihat kan DNA t eramplifikasi p ad a s e t iap lo ku s d an b e r variasi, m asin g-m asin g dit ampilkan pada Gambar 1, 2, 3, dan 4.

Jumlah dan ukuran fragmen t eramplifikasi disajikan pada Tabel 1. Keragaman pro fil RAPD menunjukkan jumlah fragmen pada po pulasi hasil persilangan bet ina Kalimantan x jantan Jawa berkisar 12-15 dengan ukuran fragmen DNA t eramplifikasi berkisar 1 50-2.500 bp. Pad a pe rsilan gan be t ina Jawa x jant an Kalim an t an memiliki jumlah fragmen 14-16 dengan ukuran fragmen DNA t eramplifikasi berkisar 180-3.000 bp.

OPA 08 OPA 09 OPC 02

Gambar 1. Hasil amplifikasi DNA ikan t en gadak asal Jawa dengan PCR-RAPD menggunakan primer OPA-08, OPA-09, dan OPC-02 (Ket erangan: no mo r (1-8)= sampel ikan jant an, (9-15)= sampel ikan bet ina, M= marker (GeneRuler 100 bp Plus DNA Ladder, Thermo scient ific)

Figure 1. DNA amplificat ion result s of t infoil barb from Java wit h PCR-RAPD using OPA-08, OPA-09, and OPC-02 primers (Descript ion: number (1-8)= male fish samples, (9-15)= female fish samples, M = marker (GeneRuler 100 bp Plus DNA Ladder, Thermo scient ific)

Gambar 2. Hasil amplifikasi DNA ikan t engadak asal Kalimant an dengan PCR-RAPD menggunakan prime r OPA-08, OPA-09 , d an OPC-02 (Ket erangan: no mo r (1 -8)= samp el ikan jant an, (9-15)= sampel ikan bet ina, M= marker (GeneRuler 100 bp Plus DNA Ladder, Thermo scie nt ific)

Figure 2. DNA amplificat ion result s of t infoil barb from Kalimant an wit h PCR-RAPD using OPA-08, OPA-09, and OPC-02 primers (Descript ion: number (1-8)= male fish samples, (9-15)= female fish samples, M = marker (GeneRuler 100 bp Plus DNA Ladder, Thermo scient ific)

OPA 08 OPA 09 OPC 02

Gambar 3. Hasil amplifikasi DNA ikan t engadak hibrid (bet ina Jawa x jant an Kalimant an) dengan PCR-RAPD menggunakan primer OPA-08, OPA-09, dan OPC-02 (Ket erangan: no mo r (1-10)= sampel ikan, M= marker (GeneRuler 100 bp Plus DNA Ladder, Thermo scient ific)

Figure 3. DNA amplificat ion result s of t infoil barb hybrid (female of Jawa x male of Kalimant an) wit h PCR-RAPD using OPA-08, OPA-09, and OPC-02 primers (Descript ion: number (1-10)= fish samples, M = marker (GeneRuler 100 bp Plus DNA Ladder, Thermo scient ific)

(4)

Pe rs e n t as e p o lim o r fism e d an h e t e ro zig o s it as secara len gkap d isajikan p ad a Tab e l 2. Pe rse nt ase po limo rfisme dan het ero zigo sit as pada po pulasi hasil persilangan ikan tengadak memperlihat kan bahwa nilai po limo rfisme t ert inggi pada po pulasi bet ina Jawa x jantan Kalimantan (32,43%) dan terendah pada populasi be t ina Kalim an t an x jant an Jawa (21 ,6 2%). Tin gkat hetero zigo sitas yang tert inggi yaitu 0,13 pada po pulasi persilangan bet ina Jawa x jant an Kalimant an.

Perbedaan po limo rfisme pit a DNA yang dihasilkan t ergant ung pada sit us penempelan primer dan dapat digunakan u nt uk memb erikan gambaran m enge nai t ingkat keragaman genet ik suat u po pulasi (Gusmiat i et al., 2012; Gustiano et al., 2013). Populasi persilangan b e t in a Ja w a x ja n t a n Ka lim a n t a n m e m ilik i n ila i

po limo rfisme dan het ero zigo sit as t ert inggi (32,43% dan 0,13) diban dingkan dengan persilangan bet ina Kalimant an x jant an Jawa yang hanya memiliki nilai se be sar 2 1 ,6 2% d an 0 ,1 0 . Me n uru t Ku sm ini et al. (2011), t ingginya t ingkat po limo rfisme pada po pulasi menunjukan efekt ivit as individu dalam pro ses seleksi (random mat ing) dan repro duksi di habit at nya.

Het e ro zigo sit as m e ru p akan u ku ran ke ragaman g e n e t ik b e r d a s a r k a n p r o p o r s i ju m la h in d ivid u het ero zigot po pulasi (So ewardi, 2007). Semakin t inggi h e t e ro zigo s it as m aka s e m akin b a n yak ge n ya n g t e rlibat d alam m enyumb an gkan t ingkat kebu garan suat u po pulasi (Tave, 1993). Secara st at ist ik dengan m e n ggu n a kan u ji p e rb an d in ga n b e r p asa n gan Fst (Tabel 3) menunjukkan perbedaan keragaman genet ik Gambar 4. Hasil amplifikasi DNA ikan t engadak hibrid (bet ina Kalimant an x jant an Jawa dengan

PCR-RAPD me nggu nakan primer OPA-08, OPA-0 9, d an OPC-0 2 (Ke t erangan : no mo r (1 -1 0 )= sam p e l ikan , M= m arke r (Ge n e Ru le r 1 0 0 b p Plu s DNA Lad d er, Th erm o scie nt ific)

Figure 4. DNA amplificat ion result s of t infoil barb hybrid (female of Kalimant an x male of Jawa) wit h PCR-RAPD using OPA-08, OPA-09, and OPC-02 primers (Descript ion: number (1-10)= fish samples, M = marker (GeneRuler 100 bp Plus DNA Ladder, Thermo scient ific)

OPA 08 OPA 09 OPC 02

Tabel 1. Jumlah dan ukuran fragmen DNA pro duk PCR-RAPD menggunakan primer OPA-08, OPA-09, dan OPC 02 pada persilangan ikan t engadak asal Jawa dan Kalimant an secara resipro kal

Table 1. The number of fragment s and size of DNA wit h PCR-RAPD using OPA-08, OPA-09, and OPC-02 primers result ing from reciprocal crossing of t infoil barb from Java and Kalimant an

Jum lah fragmen Number of fragments

Ukuran fragm en Size of fragments

Betina Kalimantan x jantan Jawa

Female of Kalimant an x male of Java 12-15 150-2,500

Betina Jawa x jantan Kalimantan

Female of Java x male of Kalimantan 14-16 180-3,000

Jantan Kalimantan (M ale of Kalimantan) 11-15 200-2,000 Betina Kalimantan (Female of Kalimantan) 11-14 200-2,000 Jantan Jawa (M ale of Java) 12-16 180-3,000 Betina Jawa (Female of Java) 11-14 180-2,000

Amplifikasi (Amplification) Populasi

(5)

yang nyat a ant ar po pulasi persilangan (P< 0,05). Hasil uji Fst memberikan indikasi bahwa po pulasi yang ada belum t ereksplo rasi.

Be r d a s a r k a n a n a lis is k e r a g a m a n g e n e t ik a int rapo pulasi, jarak genet ik masing-masing po pulasi (Tabel 4), dipero leh jarak genet ik yang jauh dari hasil p e r silan g an ika n t e n g ad ak (0 ,4 7 6 8 ). Un t u k ja rak ge n e t ik in t e rp o p u la si le b ih lan ju t d isajika n p ad a Gambar 5. Po pulasi ikan t engadak hasil persilangan b e t in a Ja w a x ja n t a n Ka lim a n t a n m e n u n ju k k a n h u b u n g an k e ke r ab at an yan g le b ih d e kat d e n g an po pulasi induk Jawa, baik jant an maupun bet ina.

Berdasarkan dendro gram t erlihat bahwa hubungan kekerab at an ge n et ik p o pu lasi ikan t e ngad ak hasil persilangan betina Jawa x jantan Kalimantan dan betina Kaliman t an x jant an Jawa me mb ent uk sat u clust er. Kekerabatan ikan tengadak hasil persilangan cenderung lebih dekat at au lebih mirip dengan induk asal Jawa (jant an dan bet ina) dibandingkan dengan induk asal Kalimant an. Dendro gram merupakan hasil gabungan analisis dari t iga primer (OPA-08, OPA-09, dan OPC-0 2 ) yan g m e n ge lo m p o kkan p o p u lasi b e rd asarkan t in gkat ke m irip an ge n e t ik (Ku sm in i et al., 2 0 1 5 ). Ke ra ga m a n ge n e t ik m e ru p ak an p ar am e t e r k u n ci Tabel 2. Persent ase po limo rfisme dan het ero zigo sit as hasil persilangan ikan

t engadak asal Jawa dan Kalimant an secara resipro kal

Table 2. Percent age of polymorphism and het erozigosit y result ing from reciprocal crossing of t infoil barb from Java and Kalimant an

Polimorfism e Polymorphism (%)

Heterozigosit as Heterozigosity

Betina Kalimantan x jantan Jawa

Female of Kalimantan x male of Java 21.62 0.10

Betina Jawa x jantan Kalimantan

Female of Java x male of Kalimant an 32.43 0.13

Jantan Kalimantan (Male of Kalimantan) 37.84 0.18 Betina Kalimantan (Female of Kalimantan) 40.54 0.18 Jantan Jawa (M ale of Java) 37.84 0.15 Betina Jawa (Female of Java) 21.62 0.09

Ragam genetik (Genetic diversity) Populasi

Populations

Tabel 3. Uji perbandingan berpasangan Fst pada ikan t engadak hasil persilangan secara resipro kal

Table 3. Pairwise comparison Fst result ing from reciprocal crossing of t infoil barb

Ke terangan: Po p ulasi bet ina (f ), p o p ulasi jant an (m ), KJ= Kalim ant an x Jawa, JK= Jawa

x Kaliman tan , p o p ulasi awal= bet ina, p o p ulasi akh ir= jan tan *) b erbed a nyata

(P< 0 ,0 5)

Descr ipt ion: The femal e populat i on (f ), t he male populat ion (m ), KJ= Kal imant an x Java, JK= Java x Kali mant an, init ial populat i on= female, fi nal populat i on= mal e *) signifi cant ly differ ent (P< 0.0 5)

♂ ♀ ♂ ♀ JK KJ

♂ *****

♀ 1 .0 00 0 *****

♂ 0 .0 00 0 0 .0 00 0 *****

♀ 0 .0 00 0 0 .0 00 0 1 0,00 0 *****

JK 0 .0 00 0 0 .0 00 1 0 .0 00 0 0 .0 00 0 *****

KJ 0 .0 00 0 0 .0 00 0 0 .0 00 0 0 .0 00 0 0.0 000 *****

Silang luar Outbreed

Jawa (Java)

Kalimantan

Silan g lu ar

Out breed Populasi Populations

(6)

kebugaran po pulasi yang menjamin keberlanjut annya dan kemampuan merespo ns secara pasif seleksi alam at au pun bu at an (Lo renzen et al., 2012 ). Pe rbed aan keragaman genet ik dapat meningkat kan jarak genet ik an t ar p o p u la si d a n u m u m n ya d igu n akan se b a gai p e r t im b a n g a n d a la m m e la k u k a n s e le k s i d a n p e rsilan gan . Se cara u m u m , re n d ah n ya ke ragam an genetik intrapo pulasi akan mengakibat kan munculnya s ifa t n e g a t if a n t a r a la in p e r t u m b u h a n la m b a t , repro duksi dan t ingkat adapt asi yang rendah (Lear y et al., 1985).

KESIM PULAN

Keragaman genetik ikan tengadak hasil persilangan b e t in a Ja w a x ja n t a n Ka lim a n t a n m e n u n ju k k a n po limo rfisme dan het ero zigo sit as t ert inggi (32,43% dan 0,13). Analisis keragaman genet ika int erpo pulasi h a s il p e r s ila n g a n ik a n t e n g a d a k a s a l Ja w a d a n Kalimant an dipero leh jarak genet ik yang jauh (0,48). Ika n t e n g ad a k b e t in a as al Ja w a d an ja n t a n a sa l Kalimant an b erpo t ensi sebagai sumber genet ik do -no r untuk pengembangan budidaya ikan tengadak yang berkelanjutan.

Tabel 4. Jarak genet ik ikan tengadak hasil persilangan asal Jawa dan Kalimant an secara resip ro kal

Table 4. Genet ic dist ance result ing from reciprocal crossing of t infoil barb from Java and Kalimant an

Ke terangan: Po p ulasi bet ina (f ), p o p ulasi jant an (m ), KJ= Kalim ant an x Jawa, JK= Jawa

x Kaliman tan, p o p ulasi awal= b etina, p o p ulasi akhir = Jant an

Descr ipt ion: The femal e populat i on (f ), t he male populat ion (m ), KJ= Kalimant an x Java, JK= Java x Kali mant an, i ni t i al popul at i on = female, fi nal popul at ion= mal e

Gambar 5. Dendro gram hubungan kekerabat an ikan t engadak hasil persilangan berdasarkan keragaman OPA-08, OPA-09, dan OPC-02

Figure 5. Genet ic relat ionship dendrogram bet ween crossbred result s based on OPA-08, OPA-09, and OPC-02 diversit y

0.6 00 0 0. 4 500 0.3 00 0 0. 15 00 0. 0 000

♀Kalimantan

Kalimantan

♀Jawa (♀Java)

Jawa (♂Java)

♀Jawa (♀Java) x Kaliman tan ♀Kalimantan x Jawa (♂Java)

♂ ♀ ♂ ♀ JK KJ

♂ *****

♀ *****

♂ 0 .5 22 0 .5 25 *****

♀ 0 .5 05 0 .5 16 0 .2 04 *****

JK 0 .4 37 0 .4 32 0 .4 61 0.4 68 *****

KJ 0 .4 79 0 .4 68 0 .5 52 0.5 46 0.47 7 ***** Silan g lu ar

Out crossing Populasi Populations

Jawa

Java Kalim ant an

Silang luar

Outcrossing

Jawa Java

(7)

UCAPAN TERIM A KASIH

Ucapan t e rima kasih d isam paikan kep ad a Balai Pen elit ian d an Pe ngem ban gan Bu d id aya Air Tawar, Bo go r karena su dah mendanai kegiat an ini me lalui APBN 2 0 1 5 . Te r im a ka s ih ju g a ke p a d a Sa u d a r a Sudarmaji dan Fera Permat a Put ri at as bant uan yang diberikan selama penelit ian.

DAFTAR ACUAN

Asih, S., Nu gro ho , E., Krist ant o , A.H., & Mulyasari. (2008). Penent uan variasi genet ik ikan bat ak (Tor soro) dari Sumat era Ut ara dan Jawa Barat dengan me t o d e an alisis Random Amplified Polymor phism DNA (RAPD). J. Ris. Akuakult ur, 3(1): 91-97. Dunham, R.A. (2004). Aquacult ure and fisheries bio

-t echno lo gy: Gene-t ic appro ach. CABI Publishing. Cambridge USA, p. 85-99.

Fayumi, U. (2013). Karakt erisasi feno tipe morfo metrik dan geno t ipe RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA) ikan bet o k (Anabas t est udineus Blo ch, 1792). Skripsi. Inst it ut Pert anian Bo go r.

Gusmiat i, Rest u, M., & Po ngt uluran. (2012). Seleksi primer unt uk analisa keragaman genet ik jenis bit t i (Vit es coffassus). Jurnal Perennial, 8, 25-29. Gust ian o , R., Kusm ini, I., & At h-t har, M.F.H. (20 15).

Mengenal sumber daya genet ik ikan spesifik lo kal air tawar Indo nesia untuk pengembangan budidaya. IPB Press. Bo go r, hlm. 1-51.

Gu s t ian o , R., Ok t avia n i, T., So e lis t yo w a t i, D.T., Kusmini, I., Wahyut o mo , & Huwo yo n, G.H. (2013). Analisa ragam geno t ipe RAPD dan feno t ipe t russ m o r p h o m e t ric p ad a t iga p o p u la si ik an ga b u s (Channa st riat a). Berit a Biologi, 12(3), 325-333. Is ka n d a r ia h , So e lis t yo w a t i, D.T., Gu s t ia n o , R.,

Ku sm in i, I.I., & Hu wo yo n, G.H. (20 1 5 ). Ragam genet ik t iga po pulasi sepat siam asal Kalimant an m e n ggu n aka n an alis is RAPD d an p e n g u ku r an morfomet rik t russ. Berit a Biologi, 14(1), 57-68. Ku s m in i, I.I., Gu st ia n o , R., & Mu lyas a ri. (2 0 1 1 ).

Karakt e risasi ge n et ik ikan Ke labau (Ost eochilus kelabau) dari berbagai lo kasi di Kalimant an Barat menggunakan analisis RAPD. Berit a Biologi, 10(4), 449-454.

Ku smin i, I.I., Mulyasari,Widiyat i, A., & Nugro ho , E. (2009). Karakt er genet ik ikan t engadak (Barbodes sp.), ikan tawes albino (Barbodes sp.) dan ikan t awes (Barbodes gonionot us). Prosiding Seminar Nasional Tahunan VI Hasil Penelit ian Perikanan dan Kelaut an. Universit as Gadjah Mada. Yo gyakart a, hlm. 332-338.

Ku s m in i, I.I., Pr ako so , V.A., & Ku sd ia r t i. (2 0 1 5 ). Ke r a g a m a n fe n o t ip e t r u s s m o r fo m e t r ik d a n ge no t ipe ikan gabu s (Channa st r iat a) dari Jawa Barat , Sumat era Selat an dan Kalimant an Tengah. J. Ris. Akuakult ur, 10(4), 501-509.

Le ar y, R.F., Alle ndro f, F.W., & Knud sen, K.L. (1985 ). Develo pment inst abilit y and high merist ic co unt s in int erspecific hybrid o f salmo nid fishes.

Evolu-Lo renzen, K., Beveridge, M.C.M., & Mangel, M. (2012). Cultured fish: integrative biolo gy and management o f do mest icat io n and int eract io ns wit h wild fish. Biology Review, 87, 639-660.

Miller, M.P. (1997). To o ls fo r po pulat io n genet ic analy-sis (TFPGA) versio n 1.3. Depart ment o f Bio lo gi-cal Science. No rt hern Arizo na Universit y, Arizo na, USA.

Mu lya s a r i. (2 0 1 0 ). Ka r a k t e r is t ik fe n o t ip e m o rfo m e rist ik d an keragam an ge n o t ip e RAPD (Random Amplified Polymorphism DNA) ikan nilem (Ost eochilus hasselt i) di Jawa Barat . Tesis. Inst it ut Pert anian Bo go r.

Nugro ho , E., Takagi, M., & Taniguchi, N. (1997). Prac-t ical manual o n dePrac-t ecPrac-t io n o f DNA po lymo rphism in fish po pulat io n st udy. Bulet in of M arine Sciences and Fisheries. Ko chi Universit y. Japan, 17, 109-129. Nu gro h o , E., Su b agja, J., Asih , S., & Ku rn iasih , T. (2006). Evaluasi keragaman genet ik ikan kancra dengan menggunakan marker mt DNA D-lo o p dan Random Amplified Polymorphism DNA (RAPD). J. Ris. Akuakult ur, 1(2), 211-217.

So ewardi, K. (2007). Pengelo laan keragaman genet ik sumber daya perikanan dan kelaut an. Depart emen Ma n a je m e n Su m b e r d a ya Pe r a ir a n . In s t it u t Pert anian Bo go r. Bo go r. 153 hlm.

Figur

Gambar 3.Hasil amplifikasi DNA ikan tengadak hibrid (betina Jawa x jantan Kalimantan) dengan PCR-RAPD

Gambar 3.Hasil

amplifikasi DNA ikan tengadak hibrid (betina Jawa x jantan Kalimantan) dengan PCR-RAPD p.3
Gambar 4.Hasil amplifikasi DNA ikan tengadak hibrid (betina Kalimantan x jantan Jawa denganPCR-RAPD menggunakan primer OPA-08, OPA-09, dan OPC-02 (Keterangan: nomor(1-10)=  sampel ikan, M=  marker (GeneRuler 100 bp Plus DNA Ladder, Thermoscientific)

Gambar 4.Hasil

amplifikasi DNA ikan tengadak hibrid (betina Kalimantan x jantan Jawa denganPCR-RAPD menggunakan primer OPA-08, OPA-09, dan OPC-02 (Keterangan: nomor(1-10)= sampel ikan, M= marker (GeneRuler 100 bp Plus DNA Ladder, Thermoscientific) p.4
Table 1.The number of fragments and size of DNA with PCR-RAPD using OPA-08,

Table 1.The

number of fragments and size of DNA with PCR-RAPD using OPA-08, p.4
Figure 4.DNA amplification results of tinfoil barb hybrid (female of Kalimantan x male of Jawa) with

Figure 4.DNA

amplification results of tinfoil barb hybrid (female of Kalimantan x male of Jawa) with p.4
Table 2.Percentage of polymorphism and heterozigosity resulting from reciprocal

Table 2.Percentage

of polymorphism and heterozigosity resulting from reciprocal p.5
Table 3.Pairwise comparison Fst resulting from reciprocal crossing of tinfoil barb

Table 3.Pairwise

comparison Fst resulting from reciprocal crossing of tinfoil barb p.5

Referensi

Memperbarui...