PRE-PROPOSAL PROGRAM PENELITIAN KOLABORASI INDONESIA

(1)

PRE-PROPOSAL

PROGRAM PENELITIAN

KOLABORASI INDONESIA

Judul Penelitian

Pemetaan Diversitas dan Potensi Mikroba Simbiotik Spons Air Tawar Eunapius

carteri (Bowerbank, 1863) dari Sungai Porong Mojokerto, Jawa Timur

menggunakan Teknologi Next Generation Sequencing (NGS)

Peneliti Utama

: Dr.rer.nat Edwin Setiawan

(Departemen Biologi FSAD ITS Surabaya)

Peneliti Mitra

: Dr.rer.nat Anto Budiharjo

(Departemen Bioteknologi FSM UNDIP Semarang)

: Dr.rer.nat Catur Riani

(Sekolah Farmasi ITB Bandung)

INSTITUT TEKNOLOGI SEPULUH NOVEMBER

Januari 2020

(2)

DATA PROPOSAL PENELITIAN

PROGRAM PENELITIAN KOLABORASI INDONESIA

Nama Peneliti Dr.rer.nat Edwin Setiawan S. Si M.Sc. NIP/NIDN 197724122008011006 / 0024127702

Judul Riset Pemetaan Diversitas dan Potensi Mikroba Simbiotik Spons Air Tawar Eunapius carteri (Bowerbank, 1863) dari Sungai Porong Mojokerto, Jawa Timur menggunakan Teknologi Next Generation Sequencing (NGS)

Topik Riset Sains Teknologi sesuai dengan Rancangan Roadmap Pusat Penelitian SAINS FUNDAMENTAL Institut Teknologi Sepuluh November yakni uji dan pemanfaatan teknologi dan metode terbaru dengan Next Generation Sequencing dalam pemetaan mikroorganisme yang bersimbiotik dengan biota perairan yang berhabitat di lingkungan konservasi Jawa Timur. Selanjutnya, Jenis mikroba yang bersimbiotik tersebut akan diujikan untuk potensi medis seperti antibakteri, enzim dsbnya.

Desain Riset Tahap Koleksi Sampling

Spons air tawar Eunapius carteri dikoleksi dari bantaran Sungai Porong di kabupaten Mojokerto, Propinsi Jawa Timur. Lokasi titik sampel telah diketahui pada pendahuluan survei awal yang dilakukan tim Biologi ITS pada bulan September 2018 (Gambar 1 dan 2). Spons akan dikoleksi dengan metode preservasi dengan etanol absolut untuk diproses lanjut analisis pemetaan bakteri simbion dengan NGS di Lab Zoologi dan Rekayasa Hewan Departemen Biologi ITS (Host).

Gambar 1. A, B dan C Peta dan lokasi tempat spons air tawar E. carteri ditemukan di bantaran Sungai Porong Desa Kwatu, Kecamatan Mojoanyar, Kabupaten Mojokerto Jawa Timur

(3)

Gambar 2. A, B, C, dan D Tampak Makroskopis dan Mikroskopis spons air tawar E. carteri

Preservasi segar atau fresh collection juga dilakukan dengan cooling box ice untuk mengisolasi bakteri simbion yang dapat dikultur untuk selanjutnya diuji potensinya, seperti uji potensi antibakteri dan trombolitik lab Mitra yakni Departemen Bioteknologi FSM Undip dan Sekolah Farmasi ITB. Cuplikan sampel yang spons air tawar yang dikoleksi secara segar tersebut juga dikultivasi ke media isolasi umum seperti NB (Nutrient broth) dan MHB (Mueler Hinton Broth) dan diinkubasi overnight dalam keadaan di-shaker (untuk mikroba aerob) dan anaerobic chamber/inkubator CO2 (untuk mikroba anaerob). Kultur ON (overnight) ini dapat digunakan untuk isolasi koloni tunggal atau dapat juga dipreserve menjadi stock gliserol (20%) di simpan di -20C atau -70C untuk penelitian lanjutan.

Tahap pemetaan diversitas bakteri dengan NGS

Sampel yang telah dipreservasi ethanol absolut, diproses lanjut untuk diekstrak DNA-nya dengan isolasi secara full metagenomik atau secara kolektif. Selanjutnya adaptor marka bakteri 16 S region V4 dipakai untuk proses amplifikasi dalam piranti NGS Illumina MiSeq. Dari hasil NGS, akan diketahui lengkap jenis bakteri simbion spons air tawar E. carteri yang dapat dikultur maupun tidak terkultur dan dipetakan potensinya. Tahap ini dilakukan di lab Host Departemen Biologi ITS dengan bantuan PT Pandu Biosains Indonesia.

Tahap uji potensi antibakteri isolat simbion E. carteri

Isolat bakteri simbion E. carteri diuji kemampuan antibakterinya melawan bakteri uji Escherichia coli dan Staphylococcus aureus. Isolat bakteri uji diinokulasi dalam lima mL Nutrien Broth dan diinkubasi pada shaker hingga overnight. Medium yang digunakan untuk pengujian adalah NA yang telah diinokulasikan bakteri uji dengan metode pour plate. Kertas cakram diletakkan diatas media lalu ditetesi kultur cair isolat bakteri simbion. Selanjutnya diinkubasi selama 48 jam pada suhu 370 C. Setelah 48 jam kemudian diamati zona bening di sekitar cakram. Jika terdapat zona bening maka bakteri tersebut mempunyai kemampuan daya hambat terhadap bakteri uji. Tahap uji potensi ini dilakukan di laboratorium mitra Departemen Bioteknologi FSM Undip.

(4)

Tahap identifikasi gen pengkode spesifik mikroba simbion spons air tawar yang memiliki potensi untuk dimanfaatkan sebagai senyawa trombolitik baru. Ekstrak total DNA genom dari simbion spons air tawar E. carteri yang telah diekstraksi di Lab Zoologi dan Rekayasa Hewan Departemen Biologi ITS (Host) akan diskrining keberadaan gen pengkode protein trombolitik Nattokinase dan DFE melalui metode PCR menggunakan primer degenerate yang mentarget daerah pengkode pre pro fibrinolitik berukuran 1100 pb. Produk PCR yang positif berukuran tersebut selanjutnya dikloning ke vektor cloning pGEM-T untuk ditentukan urutan DNA nya menggunakan primer universal T7 dan SP6. DNA hasil sekuensing selanjutnya dianalisa secara bioinformatik untuk melihat keunikan urutan dan potensi pemanfaatannya sebagai senyawa trombolitik baru. Target luaran adalah mendeteksi keberadaan DNA pengkode trombolitik dari simbion spons air tawar E. carteri serta urutan DNA dari sampel yang positif. Pendekatan metagenomik seperti ini sudah berhasil dilakukan di laboratorium Bioteknologi Farmasi Sekolah Farmasi ITB untuk mendapatkan gen pengkode nattokinase dan DFE pada sampel makanan fermentasi tradisional Indonesia. Seluruh rangkaian pekerjaan dapat dilakukan secara mandiri di lab mitra Laboratorium Bioteknologi Farmasi, Sekolah Farmasi ITB, kecuali proses sekuensing akan dilakukan sebagai layanan di Macrogen, Inc. Korea Selatan.

Signifikansi Penelitian

Mengenai diversitas hewan spons yang dipilih, peneliti utama ataupun host memiliki rekam jejak yang sesuai dengan Pendidikan pasca sarjana yang ditempuh yakni spesialis dalam taksonomi dan sistematik hewan spons (Phylum Porifera, Grant 1836). Selain itu, peneliti host memilik rekam jejak penelitian yakni publikasi dan joint riset yang berkaitan dengan topik keanekaragaman spons di Indonesia. Pada usulan PPKI 2020 ini peneliti host mengambil inisiatif pertama kali untuk mengeksplore spons yang berhabitat di air tawar karena sampai saat ini, belum ada penelitian yang menggunakan sampel spons air tawar dari Indonesia untuk diteliti. Menurut World Porifera Database (WPD) (van Soest et al. 2018), hanya ada 14 spesies spons air tawar yang tercatat di Indonesia yang dimana secara global, jenis spons air tawar merupakan spons minoritas karena hanya terdiri dari 1% jenis spons yang terdaftar dan teridentifikasi di WPD. Selain kekhususan dan terbatasnya studi mengenai spons air tawar, peneliti host memiliki inisiatif untuk mengkaji lebih dalam organisme simbionnya yakni mikroba. Sebagaimana diketahui bahwa sebagian besar komposisi hewan spons terdiri dari mikroba yang juga diketahui memiliki potensi yang dapat dikembangkan untuk penelitian lanjutan bidang ekologi ataupun medis karena proses sintesis senyawa bioaktif maupun fermentasi di dalam spons dilakukan secara simbiosis antara jaringan hewan spons itu sendiri dan mikrobanya. Sehingga untuk menganalisa dan memetakan keragaman bakteri simbion tersebut dibutuhkan peneliti mitra yang memiliki rekam jejak yang bereputasi tinggi dan mumpuni dalam penelitian biodiversitas mikroorganisme dengan menggunakan piranti terbaru NGS serta memiliki tahap tahap prosedur uji lanjutan awal mengenai potensi mikrobanya.

Peneliti host membutuhkan kontribusi dua orang mitra yakni Dr.rer.nat Anto Budiharjo dari Departemen Bioteknologi FSM Undip karena, yang bersangkutan memiliki rekam jejak yang bereputasi dalam bidang Mikrobiologi dan Biologi Molekuler khususnya memiliki fokus dalam penelitian uji potensi dan pemanfaatan mikroorganisme menggunakan metode biologi molekuler. Selain Anto Budiharjo, peneliti host membutuhkan

(5)

kontribusi peneliti dari Sekolah Farmasi ITB yang berkaitan dengan potensi simbion di bidang farmasi. Mitra yang dipilih Dr. rer. nat. Catur Riani yang memiliki rekam jejak dalam penelitian berbasis metagenomik untuk mendapatkan gen pengkode protein trombolitik di makanan fermentasi tradisional Indonesia. Saat ini beliau juga ketua PERMI (Perhimpunan Mikrobiologi Indonesia) Cabang Bandung. Protein trombolitik masih penting untuk dieksplorasi mengingat angka kejadian penyakit kardiovaskular terutama stroke iskemik di Indonesia masih sangat tinggi.

Jadwal Pelaksanaan

Bulan MAR

2020 APR 2020 2020 MEI 2020 JUN 2020 JUL AGT 2020 SEPT 2020 2020 OKT NOV 2020 Koordinasi Sampling Analisis NGS Analisis potensi mikroba dan analisis gen pengkode senyawa pengkode trombolitik baru Analisa Data Penyususnan draft Submiting paper Pelaporan akhir Target Capaian

Target capaian pada pertengahan tahun (Juli 2020) adalah menyelesaikan hasil analisa dari pemetaan dan jenis jenis bakteri simbion spons air tawar dan hasil uji potensi aktivitas antibakteri ataupun enzim dari spons air tawar di akhir Agustus. Sehingga, setelah itu hasil analisa data selesai, segera dimulai kompilasi analisis data serta penyusunan draft publikasi yang dituju untuk disubmitkan di akhir tahun pelaksaanan.

Untuk luaran utama yaitu

1. Submit atau diusahakan sudah under review di jurnal Applied Microbiology and Biotechnology (AMB)

https://amb-express.springeropen.com/ Q2 dengan topik Diversitas Mikroba Spons Air Tawar Eunapius carteri dari Jawa Timur

Dan luaran tambahan yaitu:

2. Submit atau diusahakan sudah under review di jurnal Hayati Q2 (https://journal.ipb.ac.id/index.php/hayati) dan Biodiversitas Q4 (https://smujo.id/biodiv) dengan topik uji potensi spons atau bakteri simbion sebagai antibakteri dan spons Air Tawar Eunapius carteri dengan dari Jawa Timur

(6)

(https://journal.ipb.ac.id/index.php/hayati) dan Biodiversitas Q4 (https://smujo.id/biodiv) dengan analisis gen pengkode spesifik simbion sebagai antibakteri dan spons Air Tawar Eunapius carteri dengan dari Jawa Timur yang berpotensi sebagai senyawa trombolitik baru

Usulan Biaya Rp 200.000.000 dengan perincian Rp 100.000.000 untuk peneliti host dan Rp. 50.000.000 untuk masing masing peneliti mitra

Lampiran 1

CV HOST

1 Nama Lengkap (dengan gelar) Dr. rer. nat. Edwin Setiawan S.Si, M.Sc.

2 Jenis Kelamin L

3 Jabatan Fungsional Pembina

4 NIP/NIK/Identitas Lainnya 197712242008011006

5 NIDN 0024127702

6 Tempat dan Tanggal Lahir Surakarta, 24 Desember 1977

7 E-mail [email protected]

8 Nomor Telepon/ HP 081216335161

9 Alamat Kantor Departemen Biologi FSAD- ITS Gedung H, Kampus ITS Keputih – Sukolilo Surabaya 60111

10 Nomor Telepon/Faks 031 5963857

11 Lulusan yang Telah Dihasilkan S-1=30 orang (Tahun 2009-2019) S-2=5 orang (Tahun 2016-2019) 12 Mata Kuliah yang Diampu 1. Sistematika Hewan

2. Evolusi 3. Genetika

Riwayat Pendidikan

S-1 S-2 S-3

Nama Perguruan Tinggi Universitas Airlangga

Universitas Utrecht Belanda

LMU Universitas Munich Jerman Bidang Ilmu Biologi Ekologi Serangga Taksonomi dan

sistematika porifera Tahun Masuk-Lulus 1996-2000 2001-2003 2010-2015 Judul Skripsi/Tesis/Disertasi Daun telasih

(Ocimum basilicum) sebagai insektisida alami Foraging behavior of tropical stingless bee Plebeia sp. Genetic diversity of selected Petrosiid sponges.

Nama Pembimbing/Promotor Dra. Nurtitiati. M.S.

Dr. drs Frouke Hofstede

PD. Dr. Dirk Erpenbeck

Pengalaman Penelitian Dalam 5 Tahun Terakhir

No. Tahun Judul Penelitian Pendanaan

(7)

1 2019 Dampak pemanasan global dan pengasaman laut terhadap komposisi fitoplankton guna mendukung

keberhasilan kegiatan budidaya di pesisir kabupaten Tuban

Dana lokal ITS Skema dana Penelitian Kerja Sama Antar Perguruan Tinggi PAKERTI 50

2 2018 Keanekaragaman dan Potensi Hewan Spons (Porifera) yang berhabitat di Padang Lamun Pacitan Propinsi Jawa Timur (Ketua)

Dana lokal ITS Skema dana Penelitian Kerja Sama Antar Perguruan Tinggi PAKERTI 50

3 2018 Aktivitas Antikanker Senyawa Alkaloid Spons Laut Cinachyrella anomala Melalui Induksi Apoptosis Pada Sel Kanker Target (Anggota, Tahun ke 3) RISTEKDIKTI skema Penelitian Terapan Unggulan Perguruan Tinggi 100

4 2018 Peningkatan Kadar Lipid (Triacyglycerols /TAGs) Mikroalga Skletonema costatum Sebagai Bahan Baku Biodiesel Melalui Optimasi Dan Modifikasi Teknik Cekaman Fisiologis Nutrient (Anggota, Tahun ke 3)

RISTEKDIKTI skema Penelitian Terapan Unggulan Perguruan Tinggi 100

5 2018 Sponges diversity in Brunei Muara, Bandar Seri Begawan, Brunai Darussalam (Ketua)

Student Project UBD Brunei

Darussalam

30

6 2017 Aktivitas Antikanker Senyawa Alkaloid Spons Laut Cinachyrella anomala Melalui Induksi Apoptosis Pada Sel Kanker Target (Anggota, Tahun ke 2) RISTEKDIKTI skema Penelitian Terapan Unggulan Perguruan Tinggi 100

8 2017 Pelet Ikan Z-Fosh "Zuper Food Fish Sebagai Produk Olahan Limbah Pengasapan Ikan di Wilayah Kenjeran Surabaya (Anggota)

Penelitian Dana Lokal ITS Skema

Inovasi Lokal

50

9 2017 Diversitas hewan spons (Porifera) yang berasosiasi dengan ekosistem mangrove di kawasan perairan Sepulu, Kabupaten Bangkalan, Provinsi Jawa Timur (Ketua)

Dana lokal ITS Skema dana

penelitian Departemen

10

10 2017 Keanekaragaman spons dangkal pulau Simeulue, Aceh (Ketua)

Ekspedisi Widya Nusantara X P20

LIPI

20

11 2017 Mangrove sponges of Situbondo East Java (Ketua) Naturalis Biodiversity Leiden Belanda skema 60

(8)

TEMMINCK Fellowship 12 2016 Aktivitas Antikanker Senyawa Alkaloid

Spons Laut Cinachyrella anomala Melalui Induksi Apoptosis Pada Sel Kanker Target (Sebagai Anggota, Tahun ke 1)

14 2016 Bioprospek spons mangrove di perairan pecaron situbondo jawa timur sebagai sumber bahan biofarmasi (Ketua)

Dana lokal ITS Skema dana penelitian Doktor

Baru

25

Pengalaman Pengabdian Kepada Maysarakat dalam 5 Tahun Terakhir

No. Tahun Judul Pengabdian Kepada Masyarakat Pendanaan

Sumber* Jumlah (Juta Rp) 1 2019 Peningkatan Kompetensi Manajemen

Operasi Keramba Jaring Apung bagi

Nelayan Pantai Malang Selatan Abdimas Reguler

25

2 2019 Pelatihan penambahan probiotik (konsorsium mikroba) pada pembuatan pelet ikan dari limbah tangkapan ikan di kelompok nelayan truno djoyo wonorejo, surabaya

Abdimas berbasis Riset

50

3 2019 Pelatihan pembuatan biji plastik dari sampah plastik di pantai tuban dalam upaya pelestarian sumber daya hayati laut dan perikanan serta peningkatan pendapatan masyarakat nelayan Tuban, JAwa Timur

Abdimas berbasis Riset

50

1 2018 WORKSHOP PRAKTISI LAPANGAN DINAS LINGKUNGAN HIDUP KABUPATEN/KOTA SE-JAWA TIMUR; Upaya Pemberdayaan SDM dan SDA dalam Kerangka Peningkatan IPKLHD (Anggota)

Dana Lokal ITS Skema Abdimas Reguler

25

2 2018 Penanaman Karakter Peduli Lingkungan melalui Program Edukasi Konservasi Keanekaragaman Hayati sejak Usia Dini di Desa Boro, Kedungwaru, Tulungagung, Jawa Timur (Anggota)

25

3 2017 Pelatihan pembuatan pelet ikan berbahan baku keong sawah dalam upaya pengelolaan hama pertanian di desa Duyungan, kecamatan Sidoharjo, Kabupaten Sragen Jawa Tengah (Anggota)

(9)

4 2017 Workshop PiTiK Sains SMP sekitar ITS Surabaya dan SMPN 1 Sekar Bojonegoro; tindak lanjut FGD abdimas Departemen Biologi (Anggota)

25

5 2016 Pelatihan Pembuatan Ekstrak Tanaman Mangrove Sebagai Bahan Organik Pencegah Blackspot Pada Hasil Tangkapan Udang di Kampung Nelayan Kelurahan Wonorejo Kota Surabaya (Ketua)

15

6 2016 Pelatihan pembuatan pelet ikan dari limbah tangkapan ikan pada kelompok nelayan trunojoyo di Kampung Nelayan Kelurahan Wonorejo Kota Surabaya (Anggota)

15

7 2016 Strategi meloloskan siswa dalam ajang kompetisi olimpiade sains nasional bidang biologi melalui fgd kepala sekolah di sekitar kampus ITS (Anggota)

15

8 2015 Pelatihan Pembuatan Herbarium Biologi Sebagai Media Pembelajaran Bagi Siswa SMP Di Surabaya (Anggota)

25

9 2015 Sosialisasi pemanfaatan Pelet berbahan dasar Limbah ikan di kelurahan Kejawan Lor kenjeran Surabaya

16

Publikasi Artikel Ilmiah Dalam Jurnal dalam 5 Tahun Terakhir

No. Judul Artikel Ilmiah Nama Jurnal Volume/Nomor /Tahun

1 Record of shallow-water sponges in Simeulue Island, Aceh Province, Indonesia

Biodiversitas Journal of Biological Diversity

20/11/2019

2 Kolaborasi Institusi Pemerintah–Perguruan Tinggi–LSM dalam Pengelolaan Sampah Plastik Melalui Forum Group Discussion

SEWAGATI 3/2/2019

3 The phagocytosis activity of isoeugenol-ester compound on Mus musculus macrophage cell

Nusantara Bioscience 11/2/2019

4 Community structure of Echinoderms in seagrass beds of Pacitan beaches, East Java, Indonesia

Biodiversitas Journal of Biological Diversity

20/07/2019

5 Penggunaan Alat Peraga Kawat Luncur Untuk Meningkatkan Hasil Belajar Peserta Didik Pada Pokok Bahasan Gaya Lorentz

SEWAGATI 2/2/2019

6 Shallow water sponges that associated to mangrove ecosystem at Labuhan

conservation area in Sepulu, Bangkalan, Madura, East Java Province

NICHE Journal of Tropical Biology Nov. 2018. ISSN 2614-8307. Available at: <https://ejournal 2.undip.ac.id/ind ex.php/niche/arti cle/view/3693> 7 Bearing the wrong identity: A case study of Zootaxa 4500(1), 43-58

(10)

an Indo-Pacific common shallowwater sponge of the genus Neopetrosia (Haplosclerida; Petrosiidae)

(2018)

9 Toxicity test of mangrove epibiont sponges in Tampora Situbondo using brine shrimp lethality test (BSLT). AIP Conference Proceedings 2002, 020017 (2018); https://doi.org/1 0.1063/1.505011 3

10 Microalgae Growth and Morphology of Skeletonema costatum On Physiological Stress Nutrient Silicon (Si)

Journal of Physics: Conference Series

1028 /1/ 2018

11 Spicule size variation in Xestospongia testudinaria Lamarck, 1815 at Probolinggo- Situbondo coastal

AIP Conference Proceeding

1854 / 020034 / (2017)

12 Bioaktivitas ekstrak batang Xylocarpus granatum sebagai anti-black spot alternatif pada Litopenaeus vannamei pasca panen

Journal of Tropical Biodiversity and Biotechnology

2/1/2017

13 Bottomless barrel-sponge species in the Indo-Pacific?

Zootaxa 4136/2/2016

14 The lysidyl aminoacyl transfer RNA synthetase intron, a new marker for

demosponge phylogeographics – case study on Neopetrosia

Journal of the Marine Biological Association of the UK

96/2/2016

15 MtDNA diversity of the Indonesian giant barrel sponge Xestospongia testudinaria Xestospongia testudinaria (Porifera: Haplosclerida) – implications from partial cytochrome oxidase 1 sequences

96/2/2016

16 Nothing in (sponge) biology makes sense – except when based on holotypes

96/2/2016

Pemakalah Seminar Ilmiah (Oral Presentation) dalam 5 Tahun Terakhir No. Nama Pertemuan

Ilmiah/Seminar Judul Artikel Ilmiah

Waktu dan Tempat 1 4th IBOC Biologi ITS Shallow water sponges of Simeulue

Island Aceh (Poster)

Surabaya, 13 Oktober 2018 2 Seminar Nasional Biologi

Undip

Diversitas hewan Spons (Phylum Porifera Grant, 1836) yang berasosiasi dengan ekosistem mangrove di kawasan konservasi mangrove Labuhan, Kecamatan Sepulu, Kabupaten Bangkalan, Propinsi Jawa Timur.

Semarang, April 2018

3 ICBS 5th Biology UGM Toxicity test of sponges as mangrove epibiont in Tampora situbondo using brine shrimp lethality test (bslt)

15-16 September 2017, Yogyakarta

4 ICOLIB 2/ Departemen Biologi FMIPA

Cytotoxic effect of aaptos suberitoides marine sponges extracts ethanol on hela

7-8 Agustus 2017, Jember

(11)

Universitas Jember cells cancer with in vitro test 5 IBOC 3rd/ Departemen

Biologi FMIPA ITS

Preliminary studies on the diversity of sponges that associated to mangroves in situbondo, east java, indonesia

Surabaya, 15 Oktober 2016

6 Temu Ilmiah Biologi UGM

Pemanfaatan ekstrak xylocarpus sp. Pencegah black spot sebagai upaya peningkatan kualitas hasil tangkapan litopenaeus sp. Petani tambak trunojoyo di wonorejo surabaya

30 Agustus 2016, Yogyakarta

Karya Buku dalm 5 Tahun Terakhir

No. Judul Buku Tahun Jumlah

Halaman Penerbit 1 Buku ajar Bahan alam laut 2019 150 SG GRamedia

Perolehan HKI dalm 5-10 Tahun Terakhir

No. Judul/Tema HKI Tahun Jenis Nomor P/ID

1 - - - -

Pengalaman Merumuskan Kebijakan Publik/Rekayasa Sosial Lainnya dalam 5 Tahun Terakhir

No. Judul/Tema/Jenis Rekayasa Sosial Lainnya

yang Telah Diterapkan Tahun

Tempat Penerapan

Respon Masyarakat 1

Penghargaan dalam 10 Tahun Terakhir (dari pemerintah, asosiasi atau institusi lainnya)

No. Judul Penghargaan Institusi Pemberi

Penghargaan Tahun 1 Satya Lencana 10 Tahun Presiden republic

Indonesia

2019

CV MITRA Identitas Diri

1 Nama Dr. rer. nat. Anto Budiharjo, S.Si., M.Biotech

2 Jenis Kelamin Pria

3 Jabatan Fungsional Penata Muda

4 NIP/NIK 197309161997021001

5 NIDN 0016097301

6 Tempat dan Tanggal Lahir Karanganyar, 16 September 1973

7 e-mail [email protected]

(12)

9 Alamat Kantor Jl. Prof. Sudharto, SH, Tembalang, Semarang-50275

10 No telp/Fax 0247474754

11 Lulusan yang Telah Dihasilkan

S1 > 50 mahasiswa

S2 > 10 mahasiswa

12 Mata Kuliah yg Diampu Biologi Molekuler

Genetika Biokimia Mikrobiologi Rekayasa Genetika Instrumentasi Biologi Radiasi Biologi

Biosafety dan Biosecurity

Teknik Analisa Molekuler

(13)

Riwayat Pendidikan

Perihal S-1 S-2 S-3

Nama Perguruan Tinggi UNDIP Flinders University -Australia

Humboldt

University - German

Bidang Ilmu Biologi Bioteknologi Bioteknologi

Tahun Masuk-Lulus 1991-1996 2001-2003 2006-2011

Judul

Skripsi/Tesis/Disertasi

Isolasi bakteri pengikat logam berat Cd dari sungai banjir kanal timur - Semarang The potency of endophytic actinobacteria isolated from healthy wheat Plant-Bacteria Interactions: Molecular Mechanisms of Phytostimulation by Bacillus amyloliquefaciens FZB42 Nama Pembimbing/Promotor

Dra. Sriani H, SU Prof. Chris Franco Prof. Rainer Borris

Pengalaman Penelitian Dalam 5 Tahun Terakhir

No Tahun Judul Penelitian Pendanaan

Sumber Jml (Juta Rp)

1 2014 Potensi antioksidan dari karotenoid yang dihasilkan oleh khamir indigenous

Rhodosporidium paludigenum DUCC Y-007 dalam upaya mencari sumber alami pewarna makanan, sebagai Anggota

PNBP UNDIP

70

2 2014 Microbial Diversity from Geothermal Sites Fulbright (USA)

$22.000

3 2105 Pembuatan kit deteksi virus DEN melalui pendekatan metode RT-PCR dan GC-MS untuk akurasi diagnose demam berdarah

PNBP UNDIP

(14)

4 2015 Pengembangan kit test pack Den 2 dan Den 3 untuk deteksi dini kejadian Dengue Schock Syndrome (GSS)

RUPT DIKTI

300

5 2016 Bioprospecting of Rhizobacteria Bacillus pumilus : an Environtmentally Friendly Biopesticide against Leaf Blight (Xanthomonas oryzae) Disease in Rice Organic Farming,

PNBP UNDIP

90

6 2016 Identifikasi Molekuler, Jenis Karotenoid dan Potensi Antioksidan Isolat Bakteri Termofil Penghasil Pigmen dari Sumber Air Panas Gedong Songo, Bandungan, Semarang

PNBP UNDIP

90

7 2016 Industri generator ozon untuk penyimpanan produk pertanian

PPTI DIKTI

800

8 2016 Industri berbasis teknologi plasma untuk pangan TI DIKTI

4000

PNBP UNDIP

80

10 2017 Identifikasi Molekuler, Jenis Karotenoid dan Potensi Antioksidan Isolat Bakteri Termofil Penghasil Pigmen dari Sumber Air Panas Gedong Songo, Bandungan, Semarang

PNBP UNDIP

80

PNBP UNDIP

80

12 2018 Pemanfaatan Teknologi Nanopartikel Berbasis Senyawa Alkaloiddari Kulit Batang Randu (Ceiba pentandra Gaertn) yang Terenkapsulasi Nanokitosan-PEG Sebagai Solusi Pengobatan Diabetes Mellitus Tipe 2

PTUPT DIKTI

200

13 2018 Valorization of microbial diversity in Ina Sua, a traditional fermented fish from Central

Moluccas and its potential as food preservative

PNBP UNDIP

150

14 2019 Pemanfaatan Teknologi Nanopartikel Berbasis Senyawa Alkaloiddari Kulit Batang Randu

PTUPT DIKT

(15)

(Ceiba pentandra Gaertn) yang Terenkapsulasi Nanokitosan-PEG Sebagai Solusi Pengobatan Diabetes Mellitus Tipe 2

15 2019 Valorization of microbial diversity in Ina Sua, a traditional fermented fish from Central

Moluccas and its potential as food preservative

PNBP UNDIP

300

16 2019 Bioformulasi dan identifikasi senyawa antibiotik Bacillus altitudinis sebagai biopestisida penyakit hawar daun padi pada pertanian padi organik

PTUPT DIKTI

300

17 2019 Human milk microbiome of pesticide-contaminated region and its correlation with the health status of infants, a case study in Brebes Regency

Riset Iptekkes Kemenkes

250

18 2019 Culture-independent of microbial community from bledug kuwu mud volcano by metagenomic analysis and its potential as novel enzymes sources

PNBP FSM 50

Pengalaman Pengabdian Kepada Masyarakat dalam 5 Tahun Terakhir

No Tahun Judul Penelitian Pendanaan

Sumber Jml (Juta Rp)

1 2013 Pelatihan keselamatan laboratorium bagi teknisi laboratorium UNDIP

Merck 3,5

2 2013 Pengembangan kawasan Desa Wisata melalui kegiatan pemberdayaan masyarakat di Desa Genting, Kec. Jambu, Kab. Semarang

KKN PPM 50

3 2013 Pengelolaan dan pemanfaatan sumberdaya wilayah pesisi berwawasan lingkungan terpadu melalui kegiatan pemberdayaan masyarakat di Kelurahan Tugurejo, Kec. Tugu, Kotamadia Semarang

(16)

4 2014 Upaya diversifikasi produk olahan ketela pohon di Desa Mendongan, Kec. Sumowono, Kab. Semarang

DIPA Fak Sains dan Matematika

5

5 2016 Pemberdayaan Wanita Tani Desa Mendongan, Kecamatan Sumowono, Kabupaten Semarang, Melalui Inovasi Teknologi Sterilisasi Bag Log Pada Budidaya Jamur Tiram Putih (Pleurotus ostreatus)

IbM 37

6 2018 PKM Kelompok Industri berbasis Nanas Madu Di Desa Sikasur Kecamatan Belik, Kabupaten Pemalang, Provinsi Jawa Tengah.

PKM 50

Publikasi Artikel Ilmiah Dalam Jurnal dalam 5 Tahun Terakhir

No Judul Artikel Ilmiah Nama Jurnal Volume/

Nomor/Tahun

1 Factors Related to Blood Glucose Levels among Type II Diabetes Mellitus Patients (A Cross-Sectional

Study in Kedungmundu Public Health Center, Semarang) Indian Journal of Public Health Research & Development Volume 9, Number 10, Oktober 2018

2. The characterization of Citrus sp. from Parang Island

Karimunjawa based on morphological, DNA barcoding

and nutritional analysis

International Journal of Genetics and Molecular Biology Vol. 10(3), pp. 26-38, September 2018

3. Complete Genome Sequence of Bacillus

altitudinis P-10, a Potential Bioprotectant against Xanthomonas oryzae pv. oryzae, Isolated from Rice Rhizosphere in Java

Genome Announcement

5 (48), 2017

4. Molecular Identification of Endospore-Forming Rhizobacteria from Organic Cabbage Farm Potential as Biocontrol against Phytopathogen Xanthomonas campestris

Microbiology Indonesia

10 (3), 2016

5. Potensi Bakteri Sedimen Mangrove Karimunjawa sebagai Penghasil Senyawa

Proceeding Semnas

(17)

Antifouling Mikrobilogi

6 Transposon mutagenesis of plant associated Bacillus amyloliquefaciens ssp. plantarum FZB42 revealed that the nfrA and RBAM17410 genes are involved in Plant-Microbe-Interaction

PloS ONE 05/2014

7 Potency and Molecular Identification of Endospore-Forming Rhizobacteria From Rice Plant As A Biocontrol Of Phytopathogen Xanthomonas oryzae

Proceeding INSPINSA

09/2014

8 The highly modified microcin peptide plantazolicin is associated with nematicidal activity of Bacillus amyloliquefaciens FZB42

Appl. Microbiol. Biotechno

l. 97(23)

9 Amylocyclicin a novel circular bacteriocin produced by Bacillus amyloliquefaciens FZB42

J Bacteriol 196 (10):1842-52. 10 Bacterial Traits Involved in Colonization of

Arabidopsis thaliana Roots by Bacillus amyloliquefaciens FZB42

Plant Pathol. J. 29(1) : 59-66

11 Efficient colonization of plant roots by the plant growth promoting bacterium Bacillus

amyloliquefaciens FZB42, engineered to express green fluorescent protein

J Biotechnol 151(4): 303-11

Pemakalah Seminar Ilmiah (Oral Presentation) dalam 5 Tahun Terakhir No Nama Pertemuan Ilmiah /

Seminar

Judul Artikel Ilmiah Waktu dan Tempat

1 5th International Biology Conference

Plasmid construction, cloning and expression of thermophilic xylanase xyn11 gene from bagasse metagenomic into Pichia pastoris KM71

Surabaya, 13 Okt 2018

2 The 8th international seminar on new paradigm and innovation on natural sciences and its

The use of Bacillus altitudinis for biocontrol and plant growth promotion as an environmentally-friendly alternative to

agrochemicals

Semarang, 26 Sept 2018

(18)

application

3 The 9th _{Electrical Power,} Electronics,

Communications,

Controls and Informatics Seminar (EECCIS) 2018

Zetagreen characterization for air room sterilization Malang, 9-10 Okt 2018 4 International Conference on Contemporary Science and Clinical Pharmacy (ICCSCP 2018)

Identification of antibiotic compounds produced by Bacillus altitudinis Padang, 5-6 Juli 2018 5 the 2017 Conference on Health Management in Post Disaster Recovery

Epidemiology and Laboratory Data of Dengue Cases in 2016 in

Semarang city Indonesia

Banda Aceh, 22-23 Mei 2017 6 9th International Seminar Indonesian Society Of Microbiology (ISISM) 2017

Bioprospecting of Bacillus pumilus as a biopesticide against Xanthomonas campestris and its molecular antibiotic

gene identification

Palembang, 14-15 Nov 2017

7 International Workshop and Conference on Inter- professional

Education (IPE)

Molecular Identification and Detection of alkB Gene of Bacteria Potential

as Biodegradable Agent of Polyethylene Plastic Waste Makasar, 23 Sept 2017 8 5th Asian PGPR International Conference for Sustainable Agriculture

Efficacy of Bacillus pumilus as a biopesticide against Xanthomonas campestris and its molecular antibiotic gene identification Bogor, 16-19 Juli 2017 9 The 2nd International Microbial Biotechnology Conference

Metagenomic : Exploring Microbial Diversity and Its Biotechnological Application in Mining New Enzymes

Jakarta, 15-16 Nov 2015-16

10 Seminar Nasional MIPA tahun 2016 (SNMIPA 2016)

Thermophile metagenomic : a resource for novel enzyme

UNNES Semarang, 5 Nov 2016 11 Semnas Mikrobiologi Potensi Bakteri Sedimen Mangrove

Karimunjawa sebagai Penghasil Senyawa Antifouling

UKSW

Maret, 2016 12 ASEAN Microbial

BiotechnologyConference

Molecular Identification of Endospore-Forming Rhizobacteria From Cabbage arming Potential As A Biocontrol Of

Bali, 4 Agustus

(19)

Phytopathogen Xanthomonas campestris 2016

13 The international conference on pharmacy and advanced pharmaceutical sciences

Bioprospecting of Mangrove Sediment Bacteria Potential as a Bioantifouling Agent

Yogyakarta, 7-8

September 2015

Karya Buku dalam 5 Tahun Terakhir

No Judul Buku Tahun Jumlah

Halaman Penerbit 1 Phytostimulation by Bacillus amyloliquefaciens FZB42 2012 200 Suedwestdeutshcer Verlag fuer Hochschulschriften, Germany CV MITRA

1 Nama Lengkap (dengan gelar) Dr.rer.nat. Catur Riani

2 Tempat dan Tanggal Lahir Pulau Sambu, 13 Agustus 2016 3 Jabatan Fungsional Lektor /IIIC

4 NIP/NIK/Identitas lainnya 197608132009122003 5 NIDN 0013087608 6 H-indeks Scopus 5 7 Scopus ID 35082586900 8 ORCID http://orcid.org/0000-0001-7082-0264 9 SINTA ID 5973548

10 E-mail [email protected] / [email protected] 11 Nomor Telepon/HP 081364270120

12 Alamat Kantor Jalan Ganesha 10 Bandung 40132 13 Nomor Telepon/Faks. Kantor 022 2504852

A. Riwayat Pendidikan

S-1 S-2 S-3

Nama Perguruan Tinggi Institut Teknologi Bandung

Institut Teknologi Bandung

Universitas Rostok, Jerman

Bidang Ilmu Farmasi Mikrobiologi Molekular Mikrobiologi Molekular Tahun Masuk – Lulus 1993-1997 1999-2001 2004-2009

Judul

Skripsi/Tesis/Disertasi

Isolasi kurkumin dari ekstrak metanol kunyit (Curcuma domestica Val., Zingiberaceae) Konstruksi dan karakterisasi MgaS119N Streptococcus pyogenes Effects of oral streptococci and selected probiotic bacteria on the pathogen Streptococcus pyogenes: viability, biofilms, molecular functions, and virulence traits Nama Dr. Moesdarsono, Prof. Dr. Goeswin Agus, Prof. Dr. Andreas

(20)

Pembimbing/Promotor Dr. Andreanus A Sumardji Dr. Debbie S Retnoningrum, Dr. Endang Purwantini Podbielski, Dr. Bernd Kreikemeyer

B. Pengalaman Penelitian dalam 5 Tahun Terakhir

No Tahun Judul Penelitian Sumber

1 2015-2016 (Peneliti Utama)

Penentuan urutan gen CGTase untuk Produksi Enzim Siklodekstrin Glukanotransferase Rekombinan dari Bacillus Isolat Indonesia di

Escherichiacoli (Tahun2)

Riset Desentralisasi DIKTI – ITB

2 2015 (Peneliti Utama)

Rekonstruksi Vektor Ekspresi untuk Produksi Bone Morphogenetic Protein-2 Dimer Rekombinan Manusia yang Aktif pada Sistem Escherichia coli

Riset ITB

5 2015-2017 (Anggota Peneliti)

Konstruksi Escherichia coli Auxotrof melalui Pendekatan Transposisi Menggunakan Transposase Hiperaktif dan Penggunaannya untuk Ekspresi Protein Terapeutik secara Autoinduksi

Hibah Kompetensi DIKTI

6 2017-2019 (Anggota Peneliti)

Sistem seleksi berbasis toksin/anti toksin dalam vektor ekspresi untuk produksi protein terapetik pada Escherichia coli

Penelitian Unggulan Perguruan Tinggi DIKTI

7 2017 (Peneliti Utama)

Pengembangan Escherichia coli untuk Produksi Biosimilar Reteplase sebagai Trombolitik dalam Penanganan Penyakit Kardiovaskular

Riset ITB

8

2018-2019(Peneliti Utama)

Evaluasi Produksi Trombolitik Biosimilar Reteplase Menggunakan Plasmid Ekspresi Bersalinan Rendah Autoinduksi Di Escherichia coli

Hibah Kompetensi Kemenristekdikti

C. Publikasi Artikel Ilmiah dalam Jurnal dalam 5 Tahun Terakhir

1. Rostinawati T, Riani C, Elfahmi, Sumirtapura YC, Retnoningrum DS. (2015). Y93F Substitution of Cyclodextrin Glucanotransferase from Bacillus sp. A2-5a and its Enzyme Characterization. Biotechnology.14(4):181-187.

2. Virginia A, Rachmawati H, Riani C, Retnoningrum DS. (2016). Study of HMG-CoA Reductase Inhibition Activity of the Hydrolyzed Product of Snakehead Fish (Channa striata) Skin Collagen with 50 kDa Collagenase from Bacillus licheniformis F11.4 Scientia Pharmaceutica. 84(1):84-88. 3. Anindyajati, Artarini AA, Riani C, Retnoningrum DS. (2016). Plasmid Copy Number

Determination by Quantitative Polymerase Chain Reaction. Scientia Pharmaceutica. 84(1):89-101. 4. Dewi KS, Retnoningrum DS, Riani C, Fuad AM. (2016). Construction and Periplasmic Expression of the Anti-EGFRvIII ScFv Antibody Gene in Escherichia coli. Scientia Pharmaceutica. 84(1):141-152.

5. Artarini AA, Jessica HG, Kartikasari RR, Riani C, Retnoningrum DS. (2016). Detection Of Hepatitis B Virus X Gene Mutation From Local Clinical Samples. Microbiology Indonesia.

10(1):9-14.

6. Riani C, Hanifa HL, Retnoningrum DS. (2017). In Vitro Nucleotide Sequence Editing Using

Single-Primer Reactions In Parallel PCR. R J Pharm Biol Chem Sci. 8(1S): 55-58.

7. Aboualkasem S, Retnoningrum DS, Refiani A, Riani C. 2017. Separate Toxin-Antidote Stabilization System in Two Plasmids for Recombinant Protein Production. Curr Pharm Biotechnol. 2017;18(14):1159-1166.

8. Purwaeni, C. Riani and DS Retnoningrum, 2018, Bacterial Fibrinolytic Enzyme Coding Sequences from Indonesian Traditional Fermented Foods Isolated Using Metagenomic Approach and Their Expression in Escherichia coli, Food Biotechnol, 32:1, 47-59,

9. Tritama E., Riani C., Rudiansyah I., Hidayat A., Kharisnaeni SA and Retnoningrum DS, 2018,

Evaluation of Alum-Based Adjuvant on the Immunogenicity of Salmonellaenterica serovar Typhi Conjugates Vaccines, Hum Vaccin Immunother, 14(6):1524-1529.

(21)

2019, Xylan from Pineapple Stem Waste: a Potential Biopolymer for Colonic Targeting of Anti-inflammatory Agent Mesalamine, AAPS PharmSciTech, 20(3):112.

11.Retnoningrum DS, Santika IWM, Kesuma S, Ekowati SA, Riani C, 2019, Construction and Characterization of a Medium Copy Number Expression Vector Carrying Auto-Inducible dps Promoter to Overproduce a Bacterial Superoxide Dismutase in Escherichia coli, Mol Biotechnol, 61(4):231-240.

Lampiran 2

(22)

(23)

(24)

DATA USULAN DAN PENGESAHAN PROPOSAL DANA LOKAL ITS 2020

1. Judul Penelitian tes

Skema : PENELITIAN UNGGULAN ITS (DASAR MULTIDISIPLIN)

Bidang Penelitian : Energi Berkelanjutan Topik Penelitian : Bio-based Energy 2. Identitas Pengusul

Ketua Tim

Nama : Fadlilatul Taufany S.T., Ph.D.

NIP : 198107132005011001

No Telp/HP : 082131391690

Laboratorium : Laboratorium Perpindahan Panas dan Massa

Departemen/Unit : Departemen Teknik Kimia

Fakultas : Fakultas Teknologi Industri dan Rekayasa Sistem

Anggota Tim

No Nama

Lengkap Asal Laboratorium Departemen/Unit

Perguruan Tinggi/Instansi 1 Fadlilatul Taufany S.T., Ph.D. Laboratorium Perpindahan Panas dan

Massa

Departemen Teknik

Kimia ITS

3. Jumlah Mahasiswa terlibat : 0

4. Sumber dan jumlah dana penelitian yang diusulkan

a. Dana Lokal ITS 2020 :

b. Sumber Lain : Jumlah : 1,-Tanggal Persetujuan Nama Pimpinan Pemberi Persetujuan Jabatan Pemberi Persetujuan Nama Unit Pemberi Persetujuan QR-Code 04 Maret 2020 Fadlilatul Taufany S.T., Ph.D. Kepala Pusat Penelitian/Kajian/Unggulan Iptek tes 04 Maret 2020 Agus Muhamad Hatta , ST, MSi, Ph.D Direktur Direktorat Riset dan Pengabdian Kepada Masyarakat