• Tidak ada hasil yang ditemukan

Lampiran 1. Tahap Melakukan Desain Primer3 Bakteri B.subtilis

N/A
N/A
Protected

Academic year: 2022

Membagikan "Lampiran 1. Tahap Melakukan Desain Primer3 Bakteri B.subtilis"

Copied!
52
0
0

Teks penuh

(1)

LAMPIRAN

(2)

Lampiran 1. Tahap Melakukan Desain Primer3 Bakteri B.subtilis

1. Diinput 3 sekuen gen endoglukonase dari bakteri Bacillus subtilis

a. Dibuka program NCBI “http://www.ncbi.nlm.nih.gov/”, pada database dipilih

“Protein”

b. Diinput sekuen “Endoglucanase (Bacillus subtilis)” pada kolom “search”, lalu klik

“search”

(3)

c. Dipilih 3 strain berbeda pada sekuen bakteri Bacillus subtilis dengan ukuran asam amino yang sama

d. Klik sekuen tersebut, lalu pada kolom GenPept dipilih “FASTA (text)”, klik “Apply”

e. Setelah itu, dicopy sekuen tersebut ke dalam aplikasi Notepad, klik “File” lalu klik

“Save as”. Beri nama file tersebut, ex: “Endoglucanase_Bacillus subtilis 1”

f. Lakukan hal yang sama pada poin c-e pada 2 sekuen bakteri lainnya.

(4)

2. Dilakukan alignment pada 3 sekuen endoglukonase menggunakan software BioEdit

a. Dipilih 3 susunan basa protein endoglukonase (Bacillus subtilis) dengan strain berbeda. Klik “File”, lalu “Open”. Setelah itu, cara untuk membuka 2 sekuen bakteri lainnya yaitu klik “File” lalu dipilih “Import”. Kemudian klik “Sequence Alignment”

pilih “Open”

b. Tampilan 3 sekuen basa protein pada software BioEdit

c. Setelah itu, klik menu “Accessory Aplication”, dipilih “ClustalW Multiple Alignment”, klik “Run ClustalW”, klik “OK”.

(5)

d. Klik “Alignment” pada menu bar, lalu klik “Create Consensus Sequence”

untuk membuat consensus

e. Setelah consensus didapatkan, maka kemudian ubah mode dengan cara pilih “Edit”, lalu isi susunan basa protein yang kosong dengan cara diinput kode basa.

f. Kode basa yang diinput, dipilih berdasarkan kesamaan kode basa dari 1 pasangan basa protein.

g. Diisi basa protein yang kosong hingga penuh, kemudian simpan ke “Notepad”.

(6)

h. Klik “Select/Slide” pada kolom “Mode”. Lalu klik basa yang paling pertama. Dipilih

“Edit” pada menu bar, lalu klik “Select to End”

i. Dicopy consensus dengan cara klik “Ctrl+A”, paste di Notepad. Save consensus tersebut. Beri nama file tersebut “Consensus”

3. Ditranslate consensus Bakteri Bacillus subtilis

a. Dibuka program EBI (Emboss) “www.ebi.ac.uk/Tools/st/”

b. Dipilih “Launch Backtranseq”

(7)

c. Diinput sequence dengan cara pilih “Choose File”, klik data “consensus”, lalu klik

“Open”

d. Select Parameters dengan cara ubah codon usage dengan parameter “Bacillus subtilis”, klik “Submit”

e. Disave hasil translate ke dalam aplikasi Notepad dan beri nama file tersebut

“Translation”

3. Didapatkan Primer yang dibutuhkan dengan membuka program NCBI.

a. Dibuka program BLAST “ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/”, pada kolom PCR Templates klik “Choose File’, dipilih data “translation” lalu klik “Open”

b. Disetting PCR product size (Min = 900, Max = 1497)

(8)

c. Diubah Database menjadi “nr”

d. Diubah Organism menjadi “bacteria (taxid:2)

e. Klik “Get Primers”, software akan membaca primer yang dibutuhkan

f. Setelah itu, muncul beberapa primer yang mungkin dapat digunakan.

g. Dilakukan rekap data terlebih dahulu dengan cara dicopy seluruh “Primer Pair” ke dalam Aplikasi Microsoft Words.

4. Primer yang telah direkap lalu dihitung Temperature Melting (Tm).

a. Dibuka link http://www.sigma-genosys.com/calc/DNACalc.asp

b. Diinput “Primer Pair” ke dalam situs tersebut dengan cara : diinput Forward ke dalam kolom Sequence No. 1 dan diinput Reverse ke dalam kolom Sequence No. 2.

(9)

c. Klik “Calculate”

(10)

d. Hasil Primer setelah di calculate menunjukkan bahwa pada Forward (Sec. Str. : None, Primer Dimer : No) dan Reverse (Sec. Str. : None, Primer Dimer : No), artinya primer ini dapat digunakan untuk pengaplikasian PCR

(11)

Lampiran 2. Tahap Melakukan Desain Primer Degenerate Bakteri B.thuringiensis

1. Diinput 3 sekuen gen endoglukonase dari bakteri Bacillus thuringiensis

a. Dibuka link “http://www.ncbi.nlm.nih.gov/”, pada database dipilih “Protein”

b. Diinput sekuen “Endoglucanase (Bacillus thuringiensis)” pada kolom “search”, lalu klik “search”.

c. Dipilih 3 strain berbeda pada sekuen bakteri Bacillus thuringiensis dengan ukuran asam amino yang sama.

d. Klik sekuen tersebut, lalu pada kolom GenPept dipilih “FASTA (text)”, klik “Apply”

(12)

e. Setelah itu, copy sekuen tersebut ke dalam aplikasi Notepad, klik “File” lalu klik

“Save as”. Beri nama file tersebut, ex: “Endoglucanase_Bacillus thuringiensis 1”

f. Dilakukan hal yang sama pada poin c-e pada 2 sekuen bakteri lainnya.

(13)

2. Dilakukan alignment pada 3 sekuen endoglukonase menggunakan software ClustalX a. Dibuka program ClustalX, klik “File” lalu dipilih “Load Sequence”

b. Dipilih 3 sekuen bakteri yang telah diinput lalu pilih “Open”

c. Dipilih “Alignment” lalu dipilih “Do Complete Alignment”

Daerah Conserved :

(14)

d. Save hasil alignment sequence pada dengan cara dipilih ‘File” lalu pilih “Save Sequence as”.

e. Save dalam 3 format diantaranya “CLUSTAL”, “FASTA”, dan “NEXUS”. Lalu klik

‘Ok”.

f. Setelah itu, dilakukan desain primer degenerate pada program CODEHOP

“http://blocks.fhcrc.org/blocks/process_blocks.html”.

g. Dipilih “Choose File”, “Open Sequence FASTA”, lalu dipilih “Submit”.

(15)

h. Setelah itu, dipilih “Primers” dan klik “CODEHOP”

i. Diganti codon usage tabel menjadi “Bacillus thuringiensis” lalu dipilih “Look for primers”

(16)

j. Dipilih “Block” yang paling atas untuk mendapatkan primer forward dan dipilih

“Complement of Block” yang paling bawah untuk mendapatkan primer reverse.

(17)

k. Dilakukan rekap data dari primer yang telah didapatkan.

Kode AA Penempelan Sequen Primer Lokasi Tm

Forward IGLASFSNSSFAA 5'-

GAATTGGATTAGCATCTTTTTCTAATTCTwsnttygcngc- 3'

Block x24798xblA

60.8

Reverse WWKPIPDDKKTQ 5'-TGAGTTTTCTTATCATCTGGAACTggyttccacca-3' Complement of Block x24798xblH

61.9

l. Dibuka hasil multiple alignment format “NEXUS”, dicari daerah penempelan primer untuk forward dan reverse lalu ditandai.

Hasil Multiple Sequence Alignment (MSA) Menggunakan Clustal X (tampilan didalam format.NXS) :

(18)

m. Setelah itu, dibuka program “GENEIOUS” untuk melihat ilustrasi penempelan primer.

n. Dibuat file baru pada folder “local” dengan cara klik kanan pada forlder tersebut lalu dipilih “New Folder”.

o. Diberi nama file tersebut dengan format “Endoglukonase (Bacillus thuringiensis)”

p. Diinput “translation” dengan cara dipilih “File”, “Import”, “From File”. Dipilih

“translation” lalu dipilih “Import”.

(19)

q. Setelah itu, diinput primer dengan cara dipilih “Sequence”, “New Sequence”, “Copy Forward” (Type : primer) lalu klik “Ok”.

r. Dibuka program BioEdit untuk reverse complement (menyamakan arah baca dengan sekuen forward).

s. Klik “File” lalu “Open”, dipilih sekuen “reverse primer” lalu klik “Open”.

t. Dipilih “Sequence pada menu bar lalu dipilih “Nucleid Acid”. Setelah itu, dipilih

“Reverse Complement”.

(20)

u. Klik 1 basa paling awal, dipilih “Edit” lalu dipilih “Select to End”.

v. Dicopy sekuen reverse tersebut ke dalam “Notepad”. Diberi nama dengan format

“Reverse Primer Complement”

w. Dilakukan hal yang sama pada poin q tetapi dilakukan untuk sekuen reverse.

x. Setelah itu, klik “ctrl” pada “translation”, “forward, “reverse” lalu klik “Alignment”,

‘Ok”

y. Dibuka “Alignment View” dan ‘Text View” untuk melihat penempelan primer degenerate.

(21)

Visualisasi Penempelan Primer pada “Alignment View” Menggunakan Program Geneious :

Berdasarkan analisis geneious, maka estimasi produk PCR yang akan didapatkan sebesar

±1250 bp

Penempelan Primer pada “View Text” Menggunakan Program Geneious :

1 10 20 30 40 50 60 | | | | | | | EMBOSS_001 ATGAATGGCAAAAGAAAAATTTTTACATGCATTTCAATTGTTGGCATTGGCCTGGCATCA Forward ---GAATTGGATTAGCATCT Reverse --- EMBOSS_001 TTTTCAAATTCATCATTTGCAGCATCAGTTACAGATAATTCAATTCAAAATTCAATTCCG Forward TTTTCTAATTCTWSNTTYGCNGC--- Reverse --- EMBOSS_001 ATTGTTAATCAACAAGTTGCAGCAGCAAAAGAAATGAAACCGTTTCCGCAACAAGTTAAT Forward --- Reverse --- EMBOSS_001 TATGCAGGCGTTATTAAACCGAATCATGTTACACAAGAATCACTGAATGCATCAGTTAGA Forward --- Reverse --- EMBOSS_001 TCATATTATGATAATTGGAAAAAAAAATATCTGAAAAATGATCTGTCATCACTGCCGGGC Forward --- Reverse --- EMBOSS_001 GGCTATTATGTTAAAGGCGAAATTACAGGCGATGCAGATGGCTTTAAACCGCTGGGCACA Forward --- Reverse --- EMBOSS_001 TCAGAAGGCCAAGGCTATGGCATGATTATTACAGTTCTGATGGCAGGCTATGATTCAAAT

(22)

Forward --- Reverse --- EMBOSS_001 GCACAAAAAATTTATGATGGCCTGTTTAAAACAGCAAGAACATTTAAATCATCACAAAAT Forward --- Reverse --- EMBOSS_001 CCGAATCTGATGGGCTGGGTTGTTGCAGATTCAAAAAAAGCACAAGGCCATTTTGATTCA Forward --- Reverse --- EMBOSS_001 GCAACAGATGGCGATCTGGATATTGCATATTCACTGCTGCTGGCACATAAACAATGGGGC Forward --- Reverse --- EMBOSS_001 TCAAATGGCACAGTTAATTATCTGAAAGAAGCACAAGATATGATTACAAAAGGCATTAAA Forward --- Reverse --- EMBOSS_001 GCATCAAATGTTACAAATAATAATAGACTGAATCTGGGCGATTGGGATTCAAAATCATCA Forward --- Reverse --- EMBOSS_001 CTGGATACAAGACCGTCAGATTGGATGATGTCACATCTGAGAGCATTTTATGAATTTACA Forward --- Reverse --- EMBOSS_001 GGCGATAAAACATGGCTGACAGTTATTAATAATCTGTATGATGTTTATACACAATTTTCA Forward --- Reverse --- EMBOSS_001 AATAAATATTCACCGAATACAGGCCTGATTTCAGATTTTGTTGTTAAAAATCCGCCGCAA Forward --- Reverse --- EMBOSS_001 CCGGCACCGAAAGATTTTCTGGATGAATCAGAATATACAAATGCATATTATTATAATGCA Forward --- Reverse --- EMBOSS_001 TCAAGAGTTCCGCTGAGAATTGTTATGGATTATGCAATGTATGGCGAAAAAAGATCAAAA Forward --- Reverse --- EMBOSS_001 GTTATTTCAGATAAAGTTTCATCATGGATTCAAAATAAAACAAATGGCAATCCGTCAAAA Forward --- Reverse --- EMBOSS_001 ATTGTTGATGGCTATCAACTGAATGGCTCAAATATTGGCTCATATCCGACAGCAGTTTTT Forward --- Reverse --- EMBOSS_001 GTTTCACCGTTTATTGCAGCATCAATTACATCATCAAATAATCAAAAATGGGTTAATTCA Forward --- Reverse --- EMBOSS_001 GGCTGGGATTGGATGAAAAATAAAAGAGAATCATATTTTTCAGATTCATATAATCTGCTG

(23)

Forward --- Reverse --- EMBOSS_001 ACAATGCTGTTTATTACAGGCAATTGGTGGAAACCGGCACCGGATGATAAAAAAACACAA Forward --- Reverse ---TGGTGGAARCCAGTTCCAGATGATAAGAAAACTCA- EMBOSS_001 AATCAAATTAATGATGCAATTTATGAAGGCTATGATAAT

Forward --- Reverse ---

(24)

Lampiran 3. Datasheet Oligonukleotida Primer Gen Endoglukanase Bakteri B.subtilis dan B.thuringiensis

SynthID Oligo

Name Sequence Len Scale Tm

(0C)

GC

(%) µg pmol To make 100 µM 1303796 F_BS 5’-TCA GCA GCA

GGC ACA AAA AC-3’

20 50 nmole

65.2 50.0 169.

5

27720 add 277 µl of dH2O 1303797 R_BS 5’-TTC GGT TCT

GTG CCC CAA AT-3’

20 50 nmole

66.2 50.0 199.

8

32981 add 330 µl of dH2O 1303798 F_BT 5'-GAA TTG GAT

TAG CAT CTT TTT CTA ATT CTW SNT TYG CNG C-3'

40 50 nmole

65.5 36.3 343.

7

28080 add 281 µl of dH2O

1303799 R_BT 5'-TGA GTT TTC TTA TCA TCT GGA ACT GGY TTC CAC CA-3'

35 50 nmole

67.6 41.4 323.

4

30282 add 303 µl of dH2O

(25)

Lampiran 4. Alat-alat Peremajaan Biakan dan Kultur Padat

Jarum Ose Analytical Balance Autoclave

Bunsen Inkubator Cawan Petri

Hot Plate Spatula Labu Erlenmeyer 250 mL

Magnetic Stirrer Rak Tabung Reaksi Gelas Ukur 25 mL

Tabung Reaksi Corong

(26)

Lampiran 5. Alat-alat Uji Aktivitas Selulolitik

Autoclave Analytical Balance Jarum Ose

Bunsen Inkubator Cawan Petri

Hot Plate Spatula Labu Erlenmeyer 250 mL

Magnetic Stirrer Jangka Sorong Gelas Ukur 25 mL

(27)

Lampiran 6. Alat-alat Kultur Cair dan Isolasi DNA Genom

Rak Microtube Microtube Eppendorf 1,5 mL Sentrifuge

Deep Freezer Waterbath Vortex

Mikropipet Mikrotips Timer

Tabung Reaksi Rak Tabung Reaksi Jarum Ose

Incubator Shaker Bunsen Beaker Glass 250 mL

(28)

Lampiran 7. Alat-alat Amplifikasi

Rak Microtube Microsentrifuge Deep Freezer

Microtube PCR Mikropipet Mikrotips Putih

Thermal Cycler

(29)

Lampiran 8. Alat-alat Elektroforesis

Bejana Elektroforesis yang dilengkapi dengan power supply dan tangki penutup

Analytical balance Botol schott 100 mL

Hot Plate dan Magnetic Stirrer

Ultraviolet Transilluminator Waterpass

Mikropipet Mikrotipst Putih

Rak Microtube

Gelas Ukur 100 mL Sendok Pipih

Digital Camera

(30)

Lampiran 9. Bahan-bahan Peremajaan Biakan dan Kultur Padat

Nutrient Agar Air Laut Steril Isolat Bakteri Bacillus subtilis

Parafilm Alkohol 70%

Isolat Bakteri Bacillus thuringiensis

Kain Kasa Plastik

Kapas

Alumunium Foil Kertas Label

(31)

Lampiran 10. Bahan-bahan Uji Aktivitas Selulolitik

Nutrient Agar CMC (Carboxy Methyl

Celullose) Red congo 0,1%

Deionized water NaCl 1M Kertas Label

Kain Kasa

Plastik Kapas

Alumunium Foil

(32)

Lampiran 11. Bahan-bahan Isolasi DNA Genom dan Kultur Cair

Nuclei Lysis Solution 0,5M EDTA pH 8,0 Protein Precipitation Solution

Isopropanol Ethanol 70% DNA Rehydration Solution

RNase Solution Nutrient Broth Air Laut Steril

(33)

Lampiran 12. Bahan-bahan Amplifikasi

PCR Bakteri Bacillus subtilis

Ket : (a) 2x KAPA2G Fast Ready Mix (b) Nuclease Free Water (NFW) (c) Primer F_BS dan Primer R_BS

PCR Bakteri Bacillus thuringiensis

Ket : (a) 2x KAPA2G Fast Ready Mix (b) Nuclease Free Water (NFW) (c) Primer F_BT dan Primer R_BT

a b c

a b c

(34)

Lampiran 13. Bahan-bahan Elektroforesis

Bubuk Agarose TBE Buffer 10X

NFW Ethidium Bromide

Loading Dye DNA Ladder 1 kb

(35)

Lampiran 14. Proses Peremajaan Biakan dan Kultur Padat

Penimbangan NA Pada Analytical

Balance

Pencampuran NA Pada Erlenmeyer yang Berisi Air Laut

Steril

Medium NA + Air Laut Steril Dididihkan Pada Hot

Plate

Proses Penuangan Medium NA + Air Laut Steril Pada

Cawan Petri Proses Streak Isolat

Bakteri Pada Cawan Petri

Kultur Padat Disimpan Pada

Inkubator

(36)

Lampiran 15. Hasil Peremajaan Biakan dan Kultur Padat a. Agar Miring

b. Agar Cawan

Isolat Bakteri Bacillus subtillis Isolat Bakteri Bacillus thuringiensis

Hasil Streak I Bacillus subtillis

Hasil Streak II Bacillus subtillis

Hasil Streak III Bacillus subtillis

Hasil Streak I Bacillus thuringiensis

Hasil Streak II Bacillus thuringiensis

Hasil Streak III Bacillus thuringiensis

(37)

Lampiran 16. Hasil Pewarnaan Gram Bakteri

a. Bakteri B.subtilis

b. Bakteri B.thuringiensis

(38)

Lampiran 17. Proses Uji Aktivitas Selulolitik

Penimbangan NA dan CMC Pada Analytical

Balance

Pencampuran NA dan CMC Pada Erlenmeyer yang telah terisi Air Laut

Steril

Proses Pendidihan Media NA + CMC + Air Laut

Steril

Congo Red Dimasukkan Ke Dalam Gelas Ukur

Proses Inkubasi Media NA + CMC + Air Laut Steril

Proses Streak Isolat Bakteri Pada Media NA + CMC + Air

Laut Steril

Pencampuran Congo Red dan Aquades

Congo Red + Aquades Pada Dimasukkan Ke Dalam

Botol Film

Congo Red + Aquades Direndam Pada Medium CMC

NaCl 1 M Dimasukkan Ke Dalam Medium CMC NaCl Hasil Perendaman

dibuang Pengukuran Indeks

Selulolitik

(39)

Lampiran 18. Bagan Alir Kultur Cair dan Isolasi DNA Genom a. Kultur Cair

Penimbangan NB Pada Analytical Balance

Pencampuran NB dan Air Laut Steril

Proses Pendidihan Media NB + Air Laut Steril

Pengambilan Koloni Tunggal Isolat Bakteri

Penuangan Medium NB + Air Laut Steril Pada Tabung Reaksi

Sterilisasi Medium NB + Air Laut Steril

Balance

Inkubasi Pada Incubator Shaker Sentrifugasi

Isolat Bakteri Dihomogenkan Pada Medium NB + Air Laut

Steril

(40)

b. Isolasi DNA Genom

Tambahkan Lysozyme 60µl dan lakukan pipet mix

Inkubasi sampel pada suhu 37OC selama 45 menit

Sentrifugasi selama 2 menit pada 13.000 rpm

Tambah 300µl Nuclei Lysis Solution hingga tersuspensi lalu vortex

Sentrifugasi 13.000 rpm selama 3 menit

Transfer supernatan ke tube baru

Tambah 300µl Isopropanol, sentrifugasi 13.000 rpm selama 2 menit

Buang supernatan, tambahkan 300 µl Ethanol 70%, bolak-balik tube

Sentrifugasi 13.000 rpm selama 2 menit

Inkubasi sampel pada suhu 80OC selama 5 menit, tabung dibolak-balik 2-5 kali, lalu dinginkan pada suhu ruang

Buang supernatan dengan hati-hati, keringkan diatas tissue selama 15 menit

Tambah 50µl DNA Rehydration Solution untuk mencuci pellet

Simpan pellet pada suhu 4oC selama satu malam, kemudian DNA hasil isolasi siap digunakan untuk tahap berikutnya

Hasil kultur cair disentrifugasi pada 13.000 rpm selama 2 menit, buang supernatan

Tambah 1,5µl RNase Solution, tabung dibolak-balik hingga tercampur.

Inkubasi sampel pada suhu 37OC selama 30 menit, dinginkan pada suhu ruang

Tambah 100µl Protein Precipitation Solution, vortex 20 detik. Inkubasi on ice selama 5 menit

Inkubasi pada suhu 65OC selama 60 menit

(41)

Lampiran 19. Penapisan Gen Endoglukanase

Distribusi Mix PCR Pembuatan Mix PCR

Memasukan Template DNA Penapisan Gen

Endoglukanase

Persiapan PCR dan PCR Master Mix

(42)

Lampiran 20. Bagan Alir Elektroforesis a. Pembuatan Gel Agarose

Penimbangan 0,4 gr agarose

Pemasukan agarose ke dalam botol

schott

Pencampuran 50 mL TBE 50X dan agarose didalam

botol schott

Pengukuran 50 mL TBE 50X

Pemanasan agar hingga larut dengan

Hot Plate

Pendinginan agar sampai hangat pada

suhu ruang

Penuangan agar ke dalam cetakan yang telah dipasangi sisir

Agar dibiarkan hingga mengeras

Setelah gel mengeras, sisir dicabut dari gel, dan

meletakkan gel sesuai dengan prosedur penggunaan

bak elektroforesis

Perendaman gel dengan TBE 50X

(43)

b. Loading Hasil Amplifikasi

c. Dokumentasi Gel dengan UV trans-illuminator

Penempatan dan pengurutan hasil amplifikasi pada cooler block dimulai dari marker

dan sampel

Pengambilan dan pemasukkan 4 µl dari

masing-masing tube produk hasil PCR ke dalam setiap sumur

Pengambilan dan pemasukkan 2 µl marker

ke dalam sumur yang lainnya Penutupan tangki dan

kabel dihubungkan pada power supply

Pengaturan tegangan listrik antara 75 volt

Elektroforesis dijalankan sekitar 60 menit sampai migrasi DNA mencapai

3/4 bagian sel

Setelah proses running selesai, power supply dimatikan dan

dicabut kabelnya

Tutup tangki dibuka, dan pengangkatan cetakan gel

Pemasukkan gel kedalam UV trans-illuminator

Pengamatan gel diatas UV trans-

illuminator Pendokumentasian gel

(44)

Lampiran 21. Analisis Hasil Sekuensing Gen Endoglukanase

1. Buka program BioEdit, kemudian buka file/ data yang akan diolah menggunakan perangkat BioEdit

2. Sorot (reverse) dilanjutkan dengan klik sekuen → Nucleic acid → Reverse complement

(45)

3. Sorot (forward dan reverse) → Sequence → Pairwise Alignment → Align two sequence (allow end to slide)

4. Tampilan setelah dilakukan Pairwise Alignment

(46)

5. Sorot (forward dan reverse) → Alignment → Create concensus Sequence

6. Tampilan setelah dilakukan consensus

(47)

7. Klik basa pertama pada concensus → Edit → Select to end

8. Tampilan setelah consensus dilakukan select to end

(48)

9. Consensus di copy ke dalam notepad

10. Buka website http//ncbi.nlm.nih.gov → pilih BLAST → Nucleotide blast → blastx → Masukan urutan sekuen → Pada database pilih non-redundant protein sequences (nr)

→ Klik BLAST

(49)

Lampiran 22. Hasil Sekuensing Sampel B.1.2 Kromatogram Gen Endoglukanase Forward

Kromatogram Gen Endoglukanase Reverse

(50)

Lampiran 23. Hasil BLAST Sampel B.1.2

(51)

Lampiran 24. Hasil Sekuensing Sampel C2 Kromatogram Gen Endoglukanase Forward

Kromatogram Gen Endoglukanase Reverse

(52)

Lampiran 25. Hasil BLAST Sampel C2

Referensi

Dokumen terkait