See discussions, stats, and author profiles for this publication at: https://www.researchgate.net/publication/318563736
Analisis Filogeni Tarsius tarsier Form Buton dengan Beberapa Spesies Tarsius
dari Sulawesi Tengah, Sumatera-Kalimantan, dan Filipina Atas Dasar Gen
MT-CO2 sebagai Bahan Pengembanga...
Thesis · January 2017
CITATIONS
2 READS24
1 author:
Some of the authors of this publication are also working on these related projects:
Genetics EducationView project
Thinking SkillsView project Ahmad Fauzi
University of Muhammadiyah Malang 29PUBLICATIONS 13CITATIONS
SEE PROFILE
All content following this page was uploaded by Ahmad Fauzi on 23 June 2018.
ABSTRAK
Fauzi, A. 2016. Analisis Filogeni Tarsius tarsier Form Buton dengan Beberapa Spesies Tarsius dari Sulawesi Tengah, Sumatera-Kalimantan, dan Filipina Atas Dasar Gen MT-CO2 sebagai Bahan Pengembangan Buku Panduan Penelitian Mata Kuliah Genetika II Di Universitas Negeri
Malang. Tesis. Program Studi S2 Pendidikan Biologi, Pascasarjana,
Universitas Negeri Malang. Pembimbing: (I) Prof. Dr. Aloysius Duran Corebima, M. Pd., (II) Prof. Dr. Siti Zubaidah, M. Pd.
Keywords: buku panduan penelitian, filogeni, gen MT-CO2, tarsius
Tarsius tarsier form Buton merupakan salah satu spesies tarsius yang
masih hidup hingga saat ini. Habitatnya berada di Pulau Buton, Pulau satelit yang berada di tenggara Sulawesi. Status konservasi spesies ini terancam punah karena penebangan hutan skala besar yang terjadi di Pulau Buton. Belum ada penelitian yang mengkaji posisi T. tarsier form Buton dengan spesies tarsius lain. Oleh karena itu, pada penelitian ini, dilakukan kajian analisis filogeni T. tarsier form Buton dengan beberapa spesies dari Sulawesi Tengah, Sumatera-Kalimantan, dan Filipina atas dasar gen MT-CO2. Proses dan hasil penelitian analisis filogeni tersebut kemudian dijadikan bahan dalam pengembangan buku panduan penelitian klasikal pada mata kuliah Genetika II FMIPA UM. Buku panduan yang dikembangkan tidak hanya berisikan panduan penelitian klasikal, namun juga memuat panduan penelitian proyek pada mata kuliah Genetika II. Dengan demikian, tujuan penelitian ini adalah untuk merekonstruksi pohon filogeni T.
tarsier form Buton dengan beberapa spesies dari Sulawesi Tengah,
Sumatera-Kalimantan, dan Filipina serta mengembangkan buku panduan penelitian untuk mata kuliah Genetika II di FMIPA UM.
Penelitian filogeni T. tarsier form Buton menggunakan metode deskriptif eksploratif. Tahapan penelitiannya terdiri dari survai awal, pengambilan dan perlakuan sampel, ekstraksi dan purifikasi DNA, uji hasil isolasi DNA, amplifikasi gen MT-CO2, analisis hasil amplifikasi gen MT-CO2, sekuensing amplikon gen MT-CO2, dan analisis hasil sekuensing. Metode penelitian pengembangan buku panduan penelitian mengacu pada model pengembangan ADDIE. Empat dari lima tahapan ADDIE dilakukan pada penelitian pengembangan ini, yaitu analysis, design, development, dan evaluation.
REFERENCES
Adkins, R. M. & Honeycutt, R. L. 1994. Evolution of the primate cytochrome C oxidase subunit II gene. J. Mol. Evol. 38, 215–231.
Adkins, R. M., Honeycutt, R. L., and Disotell, T. R. 1996. Evolution of Eutherian Cytochrome c Oxidase Subunit II: Heterogeneous Rates of Protein Evolution and Altered Interaction with Cytochrome c. Mol. Biol. Evol. 13(10):1393-1404.
Akker, J., Branch, R. M., Gustafson, K., Nieveen, N., and Plomp, T. 1999. Design
Approaches and Tools In Education and Training. Dordrecht: Springer
Science+Business Media.
Alberts, B., Johnson, A., Lewis, J., dkk. 2008. Molecular Biology of the Cell, fifth,
Edition. Garland Science, Taylor & Francis Group.
Albery, I. P. and Munafo, M. 2008. Key Concepts in Health Psychology. London: SAGE Publications, Ltd.
Amin, M. 2003. Characterization and Application of Molecular Markers in the
Peking Duck and Other Waterfowl Species. Gottingen: Cuvillier Verlag.
Amin, M., Suarsini, E., Azmi, I. dan Gofur, A. 2015. Phylogenetic Analysis of Local Endemic Buffalo (Bubalus bubalis) Based on Cytochrome B Gene in Central Indonesia. Jurnal Teknologi, 78(5): 393-397.
Arif, I. A. and Khan, H. A. 2009. Molecular markers for biodiversity analysis of wildlife animals: a brief review. Animal Biodiversity and Conservation, 32(1): 9-17.
Arora, D. K. 2004. Handbook of Fungal Biotechnology. New York: Marcel Dekker, Inc.
Baaka, A. 2013. Kajian Keragaman Genetik Gen Cytochrome Oxidase Subunit 1
(Cox1) Tarsius Sp. sebagai Upaya Penentuan Asal Usul Tarsius sp. Tesis.
Yogyakarta: Program Pascasarja UGM.
Bertrand, J., Caumette, P., Lebaron, P., dkk. (Eds). 2011. Environmental Microbiology: Fundamentals and Applications: Microbial Ecology.
Dordrecht: Springer Science+Business Media.
Bhatnagar, S. M., Kothari, M. L., and Mehta, L. A. 2002. Essentials Of Human
Genetics (Rev). New Delhi: Orient Longman Private Limited.
Bjørnæs, A. M. 2012. The enigmatic Bale monkey: Can new analyses shed light
on the phylogeny of the Chlorocebus genus?. Master of Science Thesis.
Norway: Department of Biology University of Oslo.
Branch, R. M. 2009. Instructional Design: The ADDIE Approach. New York: Springer ScienceþBusiness Media.
Burton, J. A. and Nietsch, A. 2010. Geographical Variation in Duet Songs of Sulawesi Tarsiers: Evidence for New Cryptic Species in South and Southeast Sulawesi. Int. J. Primatol, 31(6): 1123-1146.
Centre Natinal de Ressources Textuelles et Lexicales. 2012. Lexicographie,
(online), (http://www.cnrtl.fr/definition/vade-mecum), diakses 26 Maret
2015.
Chatterjee, H. J., Ho, S. Y. W., Barnes, I. dan Groves, C. 2009. Estimating the phylogeny and divergence times of primates using a supermatrix approach.
BMC Evolutionary Biology, 9(259).
Corebima, A. D. 2010. Pendekatan Baru Genetika: Dari Pendekatan Sejarah ke
Pendekatan Konsep. Makalah disajikan dalam Seminar MIPA 2010,
Universitas Negeri Malang, 2010.
Dewoody, J. A., Bichakm, J. W., Michler, C. H., dkk. 2010. Molecular
Approaches in Natural Resource Conservation and Management. New
York: Cambridge University Press.
Dharmawan, A. Y., Waluyanto, H. D., dan Zacky, A. 2015. Perancangan Buku Ilustrasi Pedoman Berlalu Lintas Bagi Pemohon Surat Izin Mengemudi.
Student Journal Petra, (online),
(https://studentjournal.petra.ac.id/index.php/dkv/article/download/3212/29 02), diakses 8 Desember 2016.
Driller, C., Merker, S., Perwitasari-Farajallah, D., Sinaga, W., Anggraeni, N., dan Zischler, H. 2015. Stop and Go – Waves of Tarsier Dispersal Mirror the Genesis of Sulawesi Island. Plos One. 10: 11(e0141212).
Farias, I. P., Orti,, G., Sampaia, I., Schneider, H., and Meyer, A. 2001. The Cytochrome b Gene as a Phylogenetic Marker: The Limits of Resolution for Analyzing Relationships among Ciclid Fishes. J. Mol. Evol, 53: 89-103.
Fauzi, A. dan Corebima, A. D. 2015. The Effect of EMF Radiation Emitted by Mobile Phone to Insect Population using Drosophila melanogaster as a
Conference on Global Resource Conservation (ICGRC), Universitas Brawijaya, Malang, 30 November 2015.
Fauzi, A. dan Corebima, A. D. 2016a. Fenomena Gagal Berpisah, Epistasis, dan
Nisbah Kelamin pada Drosophila melanogaster. Makalah diseminarkan
pada Seminar Nasional Biologi 2016, Universitas Negeri Surabaya, 20 Februari 2016.
Fauzi, A. dan Corebima, A. D. 2016b. Pemanfataan Drosophila melanogaster sebagai Organisme Model dalam Mempelajarai Hukum Pewarisan
Mendel. Makalah diseminarkan pada Seminar Nasional Biologi 2016,
Universitas Negeri Surabaya, 20 Februari 2016.
Fauzi, A. dan Corebima, A. D. 2016c. Penggunaan Drosophila melanogaster sebagai Organisme Model dalam Mengungkap Berbagai Fenomena
Penyimpangan Rasio Mendel. Makalah diseminarkan pada Seminar
Nasional Biologi 2016, Universitas Negeri Surabaya, 20 Februari 2016. Fauzi, A., Corebima, A. D., dan Zubaidah, S. 2016a. Pentingnya Praktikum
Berbasis Genetika Molekular Di Perkuliahan Genetika FMIPA UM.
Jurnal Pendidikan: Teori, Penelitian, dan Pengembangan, 1(11).
Fauzi, A., Corebima, A. D., dan Zubaidah, S. 2016b. The Utilization of Drosophila melanogaster as a Model Organism in Genetics I and Genetics II Courses in Faculty of Mathematics and Natural Science, State
University of Malang. Makalah diseminarkan pada 2nd International
Conference on Education and Training (ICET), Universitas Negeri Malang (UM), 5 November 2016.
Fauzi, A., Corebima, A. D., dan Zubaidah, S. 2016c. The Utilization of Ferns as a Model Organism for Studying Natural Polyploidization Concept in
Genetics Course. Dipresentasikan pada First International Conference on
Education (ICE), Universitas Negeri Malang (UM), 22-23 November 2016.
Fauzi, A., Corebima, A. D., dan Zubaidah, S. 2016d. The Fluctuation of Adult Filial Number and Eclosion Time of Drosophila melanogaster that
Exposed by Mobile Phone in Multiple Generations. Makalah diseminarkan
pada The 6th Annual Basic Science International Conference. Atria Hotel, Malang, 2-3 Maret 2016.
Galtier, N., Nabholz, B., Glemin, S., and Hurst, G. D. D. 2009. Mitochondrial DNA as a marker of molecular diversity: a reappraisal. Molecular
Gardner, E.J., Simmons, MJ. dan Snustad, DP.,. 1991. Principles of Genetic,
Eight Edition. New York: Chichester-Brisbane-Toronto-Singapore: John
Wiley and Sons Inc.
GHR. 2016. MT-CO1 Gene, (online), (https://ghr.nlm.nih.gov/gene/MT-CO1#location), diakses 8 Desember 2016.
Gil, D. dan Brumm, H. 2014. Avian Urban Ecology. Oxford: Oxford University Press.
Graur, D. dan Li, W. H. 2000. Fundamentals of Molecular Evolution, Second
Edition. Sinauer Associates, Inc.
Gron, K. J. 2010. Primate Factsheets: Tarsier (Tarsius) Taxonomy, Morphology,
& Ecology, (online), (http://pin.primate.wisc.edu/factsheets/entry/tarsier),
diakses 8 November 2015.
Gron, K. J. 2008. Tarsier (Tarsius) Taxonomy, Morphology, & Ecology. Primate
Factsheets, (online), (http://pin.primate.wisc.edu/factsheets/entry/tarsier ),
diakses 7 Desember 2016.
Groves, C. dan Shekelle, M. 2010. The Genera and Species of Tarsiidae. Int. J.
Primatol, 31: 1071-1082.
Gursky, S. 2002. The Behavioral Ecology of the Spectral Tarsier, Tarsius
spectrum. Evolutionary Anthropology, 11: 226-234.
Gursky, S., Shekelle, M., dan Nietsch, A. 2008. The Conservation Status of Indonesia’s Tarsiers. Primates of the Oriental Night, 105-144.
Hillis, D. M. 1987. Molecular Versus Morphological Approaches to Systematics.
Ann. Rev. Ecol. Syst, 18:23-42.
Hirai, H., Imai, H., dan Go, Y. 2012. Post-Genome Biology of Primates. Tokyo:Springer.
Huether, S. & McCance, K. 2008. Understanding Pathophysiology, Fifth Edition. Missouri: Elsevier Mosby.
Kamagi, D. D. W. 2014. Keragaman Genetik Tarsius sp. Sulawesi Utara Berdasarkan Gen Sitokrom B dan Penyusunan Buku Populer tentang
Tarsius. Disertasi tidak diterbitkan. Malang: UM.
Kannan, K. 2006. Biotechnology Class XII : General Ed. New Delhi: Foundation Books, Pvt. Ltd.
Khairil. 2009. Potensi Model Perkuliahan Genetika di Jurusan Biologi FMIPA UM dalam Memberdayakan Kemampuan Metakognisi, Kerja Ilmiah, dan
Hasil Belajar Kognitif Mahasiswa. Disertasi tidak diterbitkan. Malang:
PPs UM.
Klug, W. S., Cummings, M. R., Spencer, C. A., dan Palladino, M. A. 2012.
Concepts of Genetics: Tenth Edition. Boston: Pearson.
Korhonen, P. K., Poziom E., Rosa. G. L., dkk. 2016. Phylogenomic and Biogeographic Reconstruction of the Trichinella complex. Nature
Communications, 7:10513.
Lumente, A. A., Saroyo, Wahyudi, L., dan Papu, A. 2015. Penentuan Ukuran Kelompok dan Densitas Tangkas (Tarsius tarsier) di Cagar Alam Tangkoko Batuangus, Kuta Bitung, Sulawesi Utara. Bioslogos, 5(1): tidak berhalaman.
Manori, O. S. F., de Queljo, E., Saroya, dan Siahaan, P. 2014. Pola Aktivitas Hariang Tangkasi (Tarsius Spectrumi) di Taman Marga Satwa Naemundung Kota Bitung. Jurnal MIPA Unsrat Online, 3(2): 125-128. Md-Zain, B. M., Lee, S. J., Lakim, M., Ampeng, A., dan Mahani, M. C. 2010.
Phylogenetic Position of Tarsius bancanus Based on Partial Cytochrome b
DNA Sequence. Journal of Biological Sciences, 10(4): 348-354.
Menezes, A. N., Bonvicino, C. R., Seuanez, H. N. 2010. Identification, Classification and Evolution of Owl Monkeys. BMC Evolutionary Biology, 10: 248.
Merker, S. and Driller, C., Dahruddin, H., dkk. 2010. Tarsius wallacei: A New Tarsier Species from Central Sulawesi Occupies a Discontinuous Range.
Int. J. Primatol, 31: 1107-1122.
Merker, S. and Groves, P. 2006. Tarsius lariang: A New Primate Species from Western Central Sulawesi. International Journal of Primatology, 27(2): 465-485.
Merker, S. dan Yustian, I. 2008. Habitat Use Analysis of Dian’s Tarsier (Tarsius
dianae) in a Mixed-speiceis Plantation in Sulawesi, Indonesia. Primates,
49:161-164.
Merker, S., Driller, C., Neri-Arboleda, I., dan Zichler, H. 2008. Polymorphic Microsatellite Markers for Philippine Tarsiers (Tarsius syrichta). Conserv.
Merker, S., Driller, C., Peritasari, Farajallah, Zahner, R ., dam Zischler, H. 2007. Isolation and Characterization of 12 Microsatellite Loci for Population Studies of Sulawesi Tarisers (Tarsius spp.). Molecular Ecology Note, 7: 1216-1218.
Merker, S., Driller, C., Peritasari-Farajalla, D., Pamungkas, J., dan Zischler, H. 2009. Elucidating Geological and Biological Processes Underlying the Diversification of Sulawesi Tarsiers. PNAS. 106(21): 8459-8464.
Mukherjee, A. 2004. Computational Biology - The New Frontier of Computer
Science. Paper presented at Distributed Computing - IWDC 2004: 6th
International Workshop, Kolkata, India, December 27-30, 2004.
Nadler, S. A. 1995. Advantages and Disadvantages of Molecular Phylogenetics: A Case Study of Ascaridoid Nematodes. Journal of Nematology, 27(4): 249-422.
Nei, M. dan Kumar, S. 2000. Molecular Evolution and Phylogenetics. New York: Oxford University Press, Inc.
Ngadimun. 2013. Penyusunan Buku Ajar. Disampaikan pada Pelatihan
Penyusunan Buku AjarBagi Dosen FISIP Unila. Bandar Lampung.
Nijman, V. and Nekaris, K. A. I. 2010. Checkerboard Patterns, Interspecific Competition, and Extinction: Lessons from Distribution Patterns of Tarsiers (Tarsius) and Slow Lorises (Nycticebus) in Insular Southeast
Asia. Int. J. Primatol, 31(6): 1147-1160.
Noor, D. 2014. Pengantar Geologi. Yogyakarta: Deepublish.
Osawa, S., Su, Z., dan Umura, Y. 2004. Molecular Phylogeny and Evolution of
Carabid Ground Beetles. Tokyo: Springer.
Ramadhani, S. D. Corebima, A. D., dan Zubaidah, S. 2016. Pemanfaatan
Drosophila melanogaster sebagai Organisme Model untuk Mempelajari
Pengaruh Faktor Lingkungan terhadap Ekspresi Sifat Makhluk Hidup pada Perkuliahan Genetika. Jurnal Pendidikan: Teori, Penelitian, dan
Pengembangan, 1 (5): 806-813.
Read, A. 2017. New Clinical Genetics. Content Technologies, Inc.
Rischkowsky, B. & Pilling, D. (Eds). 2007. The State of the World's Animal
Genetic Resources for Food and Agriculture. Rome: Commission on
Genetic Resources for Food and Agriculture.
RPS Genetika I. 2016. Malang: FMIPA UM.
RPS Genetika II. 2016. Malang: FMIPA UM.
Ruiz-Garcı´a, M., Luengas-Villamil, K., Leguizamon, N., de Thoisy, B., dan Galvez, H. 2014. Molecular phylogenetics and phylogeography of all the Saimiri taxa (Cebidae, Primates) inferred from mt COI and COII gene sequences. Primates, 6(2): 145-161.
Russo, C. A., Takezaki, N., Nei, M. 1996. Efficiencies of Different Genes and Different Tree-building Methods in Recovering a Known Vertebrate Phylogeny. Molecular Biology and Evolution, 13(3): 525-536.
Ruvolo, M., Disotell, T. R., Allard, M. W., Brown, W. M. & Honeycutt, R. L. 1991. Resolution of the African Hominoid Trichotomy by Use of a Mitochondrial Gene Sequence. Proc. Natl Acad. Sci. USA 88, 1570–1574. Saitou, N. & M. Nei. 1987. The Neighbor-joining Method: a New Method for
Reconstructing Phylogenetic Trees, Molecular Biology and Evolution, 4(4): 406-425.
Salemi, M. and Vandamme, A. 2003. The Phylogenetic Handbook: A Practical
Approach to DNA and Protein Phylogeny. Cambridge: Cambridge
University Press.
Salomon, M. 2001. Evolutionary Biogeography and Speciation: Essay on a Synthesis. Journal of Biogeography, 28: 13-27.
Santyasa, I. W. 2007. Landasan Konseptual Media Pembelajaran. Makalah disajikan dalam Workshop Media Pembelajaran bagi Guru-guru SMA Negeri Banjar Angkan, Banjar Angkan Klungkung, 10 Januari 2002.
Sharma, V., Munjal, A. dan Shanker, A. 2008. Bioinformatics. Meerut: Rastogi Publications.
Shekelle, M. & Leksono, S. M. 2004. Strategi Konservasi di Pulau Sulawesi dengan Menggunakan Tarsius sebagai Flagship Spesies. Biota, 9(1):1-10. Shekelle, M. & Salim, A. 2008. Tarsius tarsier. The IUCN Red List of Threatened
Species 2008: e.T21491A9288932.
Shekelle, M. & Yustian, I. 2008. Tarsius bancanus. The IUCN Red List of Threatened Species 2008: e.T21488A9286601.
Shekelle, M. dan Gursky, S. 2010. Why Tarsiers? Why Now? An Introduction to the Special Edition on Tarsiers. Int. J. Primatol, 31: 937-940.
Haplotypes: Evidence for Miocene Origins of Crown Tarsiers and Numerous Species within the Sulawesian Clade. Int. J. Primatol., 31: 1083-1106.
Snustad, D. P. dan Simmons, M. J. 2012. Principles of Genetics: Sixth Edition. New Jersey: John Wiley & Sons, Inc.
Strier, K. B. 2011. Primate Behavioral Ecology. London: Routledge Taylor &
Sukmawati, I., Corebima, A. D., dan Zubaidah, S. 2016. Fekunditas dan Waktu Perkembangan D. melanogaster Strain Wildtype, White, dan Ebony pada Lingkungan Bersuhu Tinggi dan Pemanfaatannya Sebagai Sumber Belajar Perkuliahan Genetika. Jurnal Pendidikan: Teori, Penelitian, dan
Pengembangan, 1 (5): 814-821.
Suparman. 2012. Marka Molekuler dalam Identifikasi dan Analisis Kekerabatan Tumbuhan serta Implikasinya bagi Mata Kuliah Genetika. Jurnal
Bioedukasi, 1(1): 59-68.
Supriatna, J. dan Ramadhan, R. 2016. Pariwisata Primata Indonesia. Jakarta: Yayasan Pustaka Obor Indonesia.
Switzer, W. M., Salemim, M., Shanmugam, V., dkk. 2005. Ancient Co-Speciation of Simian Foamy Viruses and Primates. Nature, 434(7031): 376-380 Tamarin, R. H. 2001. Principles of Genetics, Seventh Edition. McGraw-Hill
Companies.
Tamura, K., G. Stecher, D. Peterson, A. Filipski, & S. Kumar. 2013. MEGA6: Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 6.0. Molecular Biology
and Evolution, Molecular Biology and Evolution, 30: 2725-2729.
Thompson, D., T. J. Gibson, D. G. Higgins. 2002. Multiple Sequence Alignment Using ClustalW and ClustalX. Current Protocols in Bioinformatics. (2003) 2.3.1-2.3.22.
Tim LKKP-UNHAS. 2015. Format: Bahan Ajar, Buku Ajar, Modul, dan Panduan
Tim Penyusun Kamus Pusat Pembinaan dan Pengembangan Bahasa. 1988. Kamus
Besar Bahasa Indonesia. Jakarta: Departemen Pendidikan dan
Kebudayaan Republik Indonesia.
Wang, J. 2003. Maximum-likelihood Estimation of Admixture Proportions from Genetic Data. Genetics, 164(2): 747-765.
Widayanti, R. 2009. Kajian Molekular Tarsius sp pada Gen Penyandi Cytochrome Oxidase Sub-unit 2 (COX2) dan Dehydrogenase Sub-unit 3 (ND3) Mitokondria
Widayanti, R., Solihin, D. D., Sajuthi, D., dan Peritasari, D. 2004. Kajian Penanda Genetik Gen Cytochrome B pada Tarsius sp. Jurnal Sain Veteriner. 24(1): 1-8.
Widiyanto, A. dan Rifa'i, A. 2014. User Manual Augmented Reality untuk Mendukung Packaging Produk Industri Kreatif (Laporan Akhir Penelitian
Dosen Pemula). Magelang: Universitas Muhammadiyah Magelang.
Wilson, K. A., McBride, M. F., Bode, M., Possingham, H. P. 2006. Prioritizing Global Conservation Efforts. Nature, 440: 337-340.
Wirdateti dan Dahrudin, H. 2006. Pengamatan Pakan dan Habitat Tarsius
spectrum (Tarsius) di Kawasan Cagar Alam Tangkoko-Batu Angus,
Sulawesi Utara. Biodiversitas, 7(4): 373-377.
Wright, P. C., Simons, E. L., dan Gursky, S. 2003. Tarsiers: Past, Present, and
Future. New Brunswick: Rutgers University Press.
Yustian, I. 2007. Ecology and Conservation Status of Tarsius bancanus saltator
on Belitung Island, Indonesia. Gottingen: Cuvillier Verlag.
Zardoya, R. dan Meyer, A. 1996. Phylogenetic Performance of Mitochondrial Protein-Coding Genes in Resolving Relationships among Vertebrates.
Molecular Biology and Evolution, 13(7): 933-942.
