I.
PENDAHULUAN
Daerah Aliran Sungai (DAS) merupakan suatu kawasan atau sistem sungai
dimana semua aliran (sedimen dan unsur hara) dari kawasan tersebut dikeluarkan
melalui satu outlet. DAS bukan hanya sebagai kawasan bentang alam dengan batas
topografi dan kesatuan hidrologi, namun merupakan satu kesatuan ekosistem
(Linsley et.al., (1980) dalam Purnama (2010). Purnama (2010) menyatakan, bahwa
DAS Serayu merupakan DAS terluas di Provinsi Jawa Tengah, yang mana DAS ini
hampir meliputi sebagian wilayah selatan bagian Provinsi Jawa tengah.
Temanggung, Wonosobo, Banjarnegara, Purbalingga, Banyumas dan Cilacap
merupakan beberapa kabupaten yang berada dalam aliran DAS ini.
DAS Serayu merupakan kawasan terpenting di Karesidenan Banyumas.
Hewan, tumbuhan, dan manusia sangat bergantung hidupnya pada keberadaannya.
Sulistyo dan Setijanto (2002), Rukayah et al. (2003), juga melaporkan, sungai Serayu
dan Klawing merupakan habitat bagi genus Mystus.
Di DAS Serayu ditemukan berbagai spesies ikan, salah satunya adalah Mystus
gulio. Spesies ini hidup di muara sungai, sungai pasang surut, danau, air tawar, dan
sering memasuki laut (Talwar dan Jhingran 1991). Ikan ini tergolong ikan demersal
dan memakan segala jenis makanan (omnivora) dengan makan utamanya
udang-udang kecil. Ikan lundu termasuk euryhaline hidup dikisaran salinitas 3 – 30 %
(Nuraeni, 1995). Spesies M. gulio merupakan ikan konsumsi yang murah karena
dapat didapatkan dari penangkapan liar.
Spesies M.gulio ditemukan di DAS Serayu dengan penyebaran di Sundaland
mencakup Malaya (Semenanjung Malaysia dan juga bagian selatan Thailand yaitu
Tanah Genting Kra), Sumatera, Borneo, dan Jawa. India, Indochina meliputi
Thailand, Vietnam, Kamboja, dan Laos (termasuk daerah aliran sungai Mekong dan
Chao Phraya) (Kottelat et al., 1993).
Penangkapan spesies M. gulio hingga saat ini masih bergantung dari
tangkapan alam. Tidak adanya upaya perlindungan dan penangkapan yang dilakukan
terus menerus dapat menyebabkan keberadaan ikan ini sulit ditemukan, maka harus
dilakukan upaya konservasi genetik populasi maupun jenis. Salah satunya dengan
mengetahui keragaman genetik spesies ini. Studi keragaman genetika dilakukan
2
variasi genetik dapat dilakukan melalui pendekatan molekuler berupa DNA. Marka
DNA yang lazim digunakan untuk menganalisis variasi genetik adalah marka RAPD.
Penentuan variasi genetik ikan menggunakan marka RAPD pada prinsipnya
didasarkan atas perbedaan amplifikasi PCR pada sampel DNA menggunakan
sekuens DNA oligonukleotida pendek, yang secara genetik merupakan kelompok
marka dominan (Williams et al., 1990; Welsh dan McClelland, 1990). Primer RAPD
bersifat acak dengan ukuran panjang sekitar 10 nukleotida. Jumlah produk
amplifikasi PCR berhubungan langsung dengan jumlah dan orientasi sekuens yang
komplementer terhadap primer di dalam genom organisme (Azrai, 2005).
Marka RAPD bersifat lebih sederhana bila dibandingkan dengan marka lainnya
seperti Amplified Fragment Length Polymorphism (AFLP), Random Fragment
Lenght Polymorphism (RFLP), Simple Sequence Repeats (SSRs) maupun protein
(isozyme dan allozyme) (Yunita dan Partomihardjo, 2011). Kelebihan lain
menggunakan marka RAPD kualitas DNA yang dibutuhkan sedikit, hemat biaya,
mudah dipelajari, dan primer yang diperlukan sudah banyak dikomersilkan sehingga
mudah diperoleh (Azrai, 2005). Selain memiliki marka RAPD mempunyai
kekurangan yaitu tingkat reproduksibilitas pola marka dari laboratorium ke
laboratorium berbeda dan antara hasil percobaan dalam laboratorium itu sendiri yang
sama, sangat sensitif terhadap variasi dalam konsentrasi DNA, memerlukan
konsentrasi primer dan kondisi siklus suhu yang optimal pada saat pengujian. Selain
itu, marka RAPD dominan dan tidak mampu menampilkan perbedaan sekuens DNA
yang homolog, di antara fragmen-fragmen yang ukurannya hampir sama (Riedy et
al., 1992).
Penanda atau marka RAPD ini telah banyak digunakan untuk mengidentifikasi
genotif ikan (Poerba, 2007). Analisis RAPD ini telah sukses dilakukan untuk
mengetahui kekerabatan ikan gurami (Osphronemus gouramy Lac.) (Sari, 2012),
keanekaragaman genetik ikan baceman (Hemibagrus nemurus) (Suparwati, 2012),
dan mengetahui variasi genetik ikan senggaringan (Mystus nigriceps) (Destiana,
2011).
Berdasarkan uraian di atas, maka masalah penelitian yang dikaji dapat
dirumuskan sebagai berikut: 1) primer apa saja yang dapat menghasilkan marka
RAPD yang konsisten dan polimorfik pada ikan M. gulio dari DAS Serayu dan 2)
3
Tujuan dari penelitian ini adalah untuk menentukan primer yang dapat
menghasilkan marka RAPD yang konsisten dan memiliki pita polimorfik pada DNA
genom M. gulio serta untuk mempelajari keanekaragaman genetik Mystus gulio dari
DAS Serayu dengan teknik RAPD.
Penelitian ini diharapkan mampu memberikan informasi dasar mengenai
keragaman genetik ikan M. gulio di DAS Serayu sebagai landasan dalam strategi
konservasi.
