REAKSI INDONESIA
Pada peringkat awal, pemerintah Indonesia tidak menunjukkan sebarang reaksi terhadap pembentukan Malaysia. Pada akhir tahun 1962 barulaha muncul bantahan terhadap pembentukan Malaysia kerana dikatakan Malaysia sebagai neo kolonialisme(penjajah baru) yang tentunya akan mengancam kedudukan serta kedaulatan negara Republik Indonesia. Keadaan ini berlaku kerana Sukarno dipengaruhi oleh pemimpin Parti Komunis Indonesia yang menggesa dilakukan penentangan bersenjata. Akhirnya Sukarno mengisytiharkan Dasar Konfrontasi ke atas Malaysia.
Dasat Konfrontasi ini dilancarkan dengan menggunakan slogan GANYANG MALAYSIA pada 20 Januari 1963, iaitu:
1. Serangan terhadap kapal-kapal Nelayan di Tanah Melayu yang bermula di kawasan perairan Johor
2. Pencerobohan ruang udara Malaysia di Tanah Melayu dan perbatasan Sarawak & Sabah
3. Menggunakan pentas antarabangsa seperti Persidangan Afro-Asia untuk memburukkan Malaysia
Hubungan tegang antara Malaysia dan Indonesia berpanjangan sehinggalah Jeneral Suharto menjatuhkan regim Sukarno pada Sept 1965 dan menghantar Menteri Luar Indonesia, Adam Malik untuk memulihkan hubungan dengan Malaysia.
Akhirnya Thai menjadi orang tengah dan rundingan diadakan pada tahun 1966 yang diwakili oleh Tun Abdul Razak dan Adam Malik.
TINDAK BALAS MALAYSIA
Akibatnya Malaysia melancarkan tindak balas, iaitu:
1. Mendapat bantuan tentera Komanwel dari Fiji, Australia, Britain, Kanada dan New Zealand
Presiden Diosdado Macapagal menuntut ketuanan Filipina ke atas Sabah yang merupakan sebahagian daripada wilayah Kesultanan Sulu pada bulan Jun 1962.
Pada tahun 1946 SBBU menyerahkan Sabah kepada kerajaan British dan ditamatkan oleh waris Sultan Sulu iatu Sultan Esmail Kiram pada 22 Januari 1958.
Sultan Esmail Kiram (Gambar Terkini) Pada bulan Jun 1966, Kerajaan Filipina telah mengiktiraf penubuhan Malaysia
menerusi usaha memulihkan hubungan dalam keanggotaan MAPHILINDO (Malaysia-Filipina-Indonesia)