ISBN- 97W A'6. I)Grir SemPul dan Tata Letak Ar- SYarif HidaYat, S'Si', M'Kes' Eka SukmawatY, S.Si-, M-Si.

(1)

(2)

PROSIIf,NG SEMTNAR1YSIONAL

MIKRoBIoLoGI

rpsngerAN

DAN LINGKUNGAIiI

ISBN-97W2-72245-A'6 Ptreaggung Jawab Dr. Muhammad Halifah Mustami, M'Pd' Redaktur Dr- Mashuri Masri, S'Si', M'Kes' Ketua PenYunting Hafsan" S-Si', M-Pd PenYunting Fatmawati Nur, S-Si., M.Si.

fh- CutMu*riadiq S'Si', M'Si' Baiq Farhatul Wahidah, S'Si', M' Si' Isna Rasdianah Aziz, S'Si', M'Sc'

I)Grir

SemPul dan Tata Letak Ar- SYarif HidaYat, S'Si', M'Kes' Eka SukmawatY, S.Si-, M-Si. Sekretariat Nurlailah MaPPanganro, S'P', M'P' St. Aisyah S, S.Pd., M.Kes' UlfaTriYani A' Latif, S'Si', M'Pd' Penerbit Jurusan Biologi Fakultas Sains Dan Teknologi Universitas Islam Negeri

flln$

Alauddin Makassar Sulawesi Selatan, Indonesia

it

I

Cetakan Pertama, Januari 2015 Hak cipta dilindungi undang-undang

Dilarang memperbanyak karya tulisini dalam bintuk dan dengan cara apapun tanpa ijin tertulis dari penerbit

Alemat

Kampus II: Jl. sultan Alauddin No. 36 samata, Kab. Gowa, sulawesi-selatan' Indonesia

'

Telp. (0411) 5622375424835' Fax 424836

htrp: //www.bio.fsi.uin-alauddin.ac.id. Email: [email protected]'id

(3)

DAFTAR ISI Halaman Judul...

Redaksi.... KataPengantar

Agenda Kegiatan...,

Prosiding Pembicara Utama...

Peran

Makhluk

TersembunYi dan Terebaikan

bagi

Kesehatan dan Lingkungan. LISDAR I. SUDIRMAN

Bakteri dan Kesehatan Manusia. YADI YASIR

Kajian

Mikroorganisme

dan

Keterbelakangfln Sainstek

Umat

Islam

(c"t*t",

Kecil dari a Non-Biotog specialist). HAMDAN JUHANNIS .^-...

Prosiding Presentasi Oral dan Poster

Aktivita; Antibakterial Fungi Endo{it Caulerpo racemosa Terhadap Bakteri Escherichia coli dan Staplrylocaccus oureus. ADRIANI

I

ii

iii

iv vi I

Deteksi Coffirm

Air

PIIAM

Di

Beberapa Kecamatan HASRTA ALANG...

Kajian

Variasi Genetik Ikan Beseng-Beseng (Telmatherina ladigesi) Ilari Sulawesi Selatan Dengan Metode Random Amptilied Polynwrphisnr DNA (RAPD) JAYADI, ANDI TAMSIL, ST. HADIJAH.'.'...

Eksplorasi Fusarium

Spp yang

Berasosiasi Dengan

Aquillaria

Spp

di

'Kabupaten

Nunufan

Kalimanttn

Utara.

NURBAYA,

TUTIK

KUSWINANTI, BAHARUDDIN,

ADE

ROSMANA, SYAMSUDDIN

MILLANG

Upaya Peningkatan Ketahanan Tanaman

_-

Katang Kedelai (Glycine tnax

L')

Terhadaf-

fet*.iogan Melalui

Rekayasa Fisiologis. AMINAH

Respon

fmpit

Ras Ulatsutera Terhadrp Bomfux morj Nuclear Polyhedrosis

vi**

(Bnnpv). SITTI NURAEM, NURAEDAH M, DJAMAL SANUSI...

Uji Efektivitas Satlp Ekstrak Ekstrak I)aur Sirsak (Annona

muricatal)

pada Mencit yang Terinfeksi Bakteri Staphylococcus aureus. ITA HASMILA, AMALIAH, MUHAIvIIT{AD DANIAL, NETTI HERAWATI

_""""""'

Identilikasi dan Isolasi spora Tunggal cendawan Mikoriza Arbuskula Pada

Rhimspheren

TebL

(saccttorum

fficinarum

L.).

ZAHRAEM

KUMALAWATI, KAFRAWI, ASMAWATI

,Isolasi Cendawan Rhisozfer Penghasil Hormone Indol Acetic Acid (IAA) Pada Padi Aromatik Tanatornia- ABRI

Kutit Buah Manggis Penangkal Radikal Bebas. DAIUVIAWANTSYIH'...-.-...-... IJrban Heat Island dan upaya Penanganannyr, ROSMINI MARU

Potensi

Jamur

Pelapuk Dalnm Mendekomposisi

Limbah

Kulit

Kakao. IRADHATULLAH

RAHIM, TUTIK

KUSWINANTI, LAODE ASRUL, BURHANUDDIN RASYID

Identifikasi

Jenis-Jenis Poaceae

di

Desa

Samata Kabupaten Gowa' MEGAWATI BOHARI, BAIQ FARHATUL WAHIDAH

Ekstraksi dan Purifikasi Antigen Outer Membran Protein (OIVP) Isolat Salmanella _Whi.

fiff

MUTHIADIN-... -

-Kadar Fitat Dedak Fermentasi Oleh Bakteri Penghasil Fitase Termostabil

Ilari

Sumber

Air

Panas

Sulili

Kabupaten Pinrang Sulawesi Selatan. HAFSAN, MUCHLIS RAHMAN, CUT MUTHIADIN

Kota

Makassar. 2 8 9 10

ll

16 37 47 72 79 84 95 101 106 21 l 110

(4)

Pola rlistribusi dan

_{{egelaragaman}

_Jenispohon

_di

_{Kebun Raya Lemor,}

Kabupaten

_Lombok

_{Timur NTB. narq}

-rannann

waHman,

RUS]\{ADI,ZW _JANWAR.

Pengaruh Pemberian

_Bubuk

_Kunyit

_(c"rciio

_domestica)

Terhadap

Pertumbuhan__Mcncit _{(Mus muicutui)}

_{rcR rlari}

_Hasil

_perkawinan .Outbreadinp HARTATI, RUSNY, MASHURI

fr,Ulnf

skrining rs olat Plant Growth Promoting _{Rhizobaeteritpcrnl dari pertaraman}

Bawang

Merah

(Alrium

ascalonicim)

dt 'a;;;"1;:-

-KAFiiwr,

ZAHRAEM KUMALAWATI, _SRI_MULIANI_._....:..

Analisis Pertumhuhan Mencit (Mus musculus) _{rCR Dari}_{Hasil perkawinan}

lybreading nengan pemberian

pakan

Ar)1 dan ADz.

uswATUL

Evaluasi Keberadaan Gen catP terhadap Resistensi Kloramfenikol pada Penderita I)emam _{Tifoid. JAMILAH}_..-...._..

_{.._.-_.-}

_..

.

Tingkat _{Adopsi rnovasi Biosecurity}_Ayam_Ras_{petelur di}

Kabupaten sidrap dan

Faktor-r1|t9r

_{yang Mempengaruhi.}

_RUSN',

MASHLIRI MA*RI,

Morfometrik dan Karakteristik seran gan coptotermes

_sp.

pada _Gedung Pemerintahan di Kabupaten Bantaen g. _{ASTUTI ARIF, IRA}_NURDIANTY ....,...;... Ketahanan Bakteri Asam Laktat ,!3r-Dangke _{Terhadap Garam}_Empedu

sebagai Kandidat probiotik. _SITI

_{RABrirur- anawlyAH, Uarseu,}

FATMAWATT _NU&_{MUHAMMAD HALIFAH Vfl-rsranar}

... . ... ... .. ...

Skrining _{Aktivitas Antimikroba}_Komponen

_Kimia

Ekstrak I)aun

Botto..-lgttort

{c.hramolaena odorata

_L).

_sRIyANrv

_sansyAM,

_ISRIANY ISMAIL, _{GEMY NASTITY}_HANDAYANY_...

Penurunan _Kadar_Kolesterol_{oteh Bakteri}_Asam

Laktat Asal Dangke secara rN WtTg. _ANDI_NUR_FADHILAH,_{HAFSAN, TEiTTA,EWI.TI}

NUR

Pengaruh Penambahan

-Air

Kerapa Terhadap pertumbuhan

stek

Mikro Tauam an

Kriym

(c hrysanthrrL* indi cam)

b**., ]n

_{vitro. MUSTAKIM,} BArQ FARHATUL WAHTDAH,

_ADyAr

fauzy

Kandungan Logam.Berlt Timbal (pb)?ada

_Keraog'Ki-a

_Sisik_(Tridacna

,squmosa) _{Di sekitar}pelabuhan _{Feri Bira. r,ama,{warl}

NUR,

ranrrrgrr

uji Antibarrteri

CeiJ

i;r1r;iC'";:i"1r"rg,1ut

Jri

C.t"u

iiiii

tjir',ii,

curcas

L.) Terhadap pertumbuhan

_rrm*"i

_r"tog*"

_pada

_Air

I"]LFA TRIYANI A. LATIF Indeks

Pengarang

_... 115 t32 126 140 r46 t57 164 181 188 193 198 199 153 168 174 Indeks Subjek

(5)

Jurusan Biologi, Fakultas Sains dan Teknologi, UIN Alauddin Makassar ~21~

ISBN 978-602-72245-0-6 Prosiding Seminar Nasional Mikrobiologi Kesehatan dan Lingkungan Makassar, 29 Januari 2015

Kajian Variasi Genetik Ikan Beseng-Beseng (Telmatherina ladigesi) Dari Sulawesi Selatan Dengan Metode Random Amplified Polymorphism DNA (RAPD)

JAYADI1_{, ANDI TAMSIL}2_{, ST HADIJAH}3

1_{Jurusan Budidaya Perairan Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan}

Universitas Muslim Indonesia Jl. Urip Sumoharjo Km 5. Makassar, 90231

email: [email protected]

Universitas Muslim Indonesia Jl. Urip Sumoharjo Km 5. Makassar, 90231

email: [email protected]

Universitas Muslim Indonesia Jl. Urip Sumoharjo Km 5. Makassar, 90231 email: [email protected]/[email protected]

ABSTRAK

Ikan beseng-beseng atau ikan rainbow Sulawesi (Telmatherina ladigesi) merupakan ikan hias asli air tawar di Sulawesi Selatan, termasuk ikan endemik dan mempunyai nilai ekonomis penting di Indonesia. Memiliki tingkat eksploitasi yang tinggi menyebabkan ikan ini sudah termasuk dalam kategori terancam punah dalam sejak IUCN 1996. Menurunnya populasi T.ladigesi akan menyebabkan variasi genetik akan berubah pada masa selanjutnya yang mengarah terjadinya silang dalam. Untuk mengantisipasi hal tersebut maka perlu dilakukan usaha pengelolaan yang bertanggung jawab seperti restoking, domestikasi, dan pembenihan. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengetahui variasi genetik populasi ikan beseng-beseng di Sulawesi Selatan. Pengambilan sampel dilakukan di Kabupaten Maros (Sungai Bantimurung dan S. Abalu), Bone (S. Sawae), Soppeng (S. Asanae) dan Pangkep (S. Gowa Lorong dan S. Jennae). Metode analisis variasi genetik menggunakan Random

Amplified Polymorphism DNA (RAPD). Hasil penelitian yaitu panjang gen ikan beseng-beseng

adalah 600 bp. Panjang fragmen mt-DNA primer F berkisar 581 sampai 593 bp, sedangkan primer R berkisar 582 bp sampai 589 bp. Hasil similaritas sekuan gen ikan Telmatherina ladigesi lebih dekat dengan Marosatherima ladigesi yaitu 99%. Hubungan kekerabatan genetik populasi ikan beseng-beseng di Sulawesi selatan sangat rendah.

Kata Kunci: metode RAPD, Telmatherina ladigesi, variasi genetik

PENDAHULUAN

Ikan beseng-beseng atau ikan rainbow Sulawesi (Telmatherina ladigesi) dengan nama dagang dikenal celebes rainbow, merupakan ikan hias asli air tawar di Sulawesi Selatan, termasuk ikan endemik dan mempunyai nilai ekonomis penting di Indonesia (Kottelat dkk.1993).

Populasi ikan ini terdapat di daerah Sulawesi Selatan meliputi sungai di Kabupaten Maros, Pangkep, Bone, Soppeng dan Gowa (Said dkk. 2005). Khusus ikan jantan yang memiliki penampilan menawan sebagai ikan

hias, memiliki permintaan tinggi,

menyebabkan penangkapan yang sangat

intensif dan kerusakan kondisi habitat alaminya (Andriani, 2000), sehingga ikan ini termasuk dalam kategori terancam punah dalam sejak IUCN 1996 (Kottelat, 1996, IUCN, 1996). Menurunnya populasi ikan beseng-beseng akan menyebabkan variasi genetik akan berubah pada masa selanjutnya. Kecilnya populasi ikan beseng-beseng yang tersisa akan mengarah terjadinya silang dalam yang berakibat kepada perubahan keragaman genetik. Dunham (2002) menjelaskan bahwa variasi genetik penting untuk kelangsungan hidup jangka panjang suatu species dan juga dapat menjamin fitness suatu spesies atau populasi dengan memberikan spesies atau

(6)

populasi tersebut kemapuan untuk beradaptasi pada perubahan lingkungan.

Untuk mengantisipasi hal tersebut maka perlu dilakukan usaha pengelolaan yang bertanggung jawab seperti restoking, domestikasi, dan pembenihan. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengetahui variasi genetik populasi ikan beseng-beseng di Sulawesi Selatan dengan menggunakan

Random Amplified Polymorphism DNA

(RAPD).

METODE

Sampel ikan beseng-beseng ditangkap dari sungai di Kabupaten Maros (S. Bantimurung dan S. Abalu), Kabupaten Bone (S. Sawae), Kabupaten Soppeng (S. Asanae) dan Kabupaten Pangkep (S. Jenaedan, S. Gowa Lorong).

Kegiatan analisis ekstraksi DNA dan amplikasi DNA dilakukan di laboratorium

Bioteknologi, Balai Penelitian dan

Pengembangan Budidaya Air Payau,

Kabupaten Maros, provinsi Sulawesi Selatan, Indonesia, sedangkan sekuensing DNA dianalisis ke First BASE Laboratories, The Gemini Singapore Science Park melalui PT.Genetika Science Indonesia, di Jakarta.

Ekstraksi DNA dilakukan metode Asahida dkk, (1996) dengan mengambil sampel 10-15 gram dimasukkan ke dalam efendorf 1,5 ml lalu ditambahkan 3 ml 1 x buffer TNES-UREA (6 M EDTA pH 7,5) dan 1 % SDS (Sodium

Deodecyl Sulfate) pada pH 7,5. Sebanyak 0,8

mg proteinasr K ditambahkan dan di induksi

pada suhu 37O_{C selama 12 jam untuk}

pemecahan jaringan. Selanjutnya

ditambahakan 6 M Na Cl sebanyak 1/3 – ½ dari volume larutan dan disentrifuse pada kecepatan 3500 rpm selama 2 menit pada suhu kamar. Pengendapan DNA dilakukan dengan memindahkan larutan supernatan yang mengandung DNA ke dalam efendof baru yang telah berisi 300 µl isoproponol 100 %. Pengadukan dilakukan dengan membolak-balik tabung efendof sebanyak 50 kali hingga terbentuk benang-benang berwarna putih yang merupakan benang DNA yang terbentuk. Selanjutnya disentrifuse pada 3500 rpm

selama 25 menit dan DNA akan mengendap. Larutan supernatan dibuang dan efendrf diletakkan di atas kertas tissue dengan posisi terbalik hingga kering. Kemudian ditambahkan 300µl etanol 70 % dan dibolak-balik agar DNA tercuci sempurna. Efendorf disentrifuse kembali dengan kecepatan 14000 rpm selama 1 menit. Larutan supernatan dibuang dan alkohol yang tersisa dihilangkan dengan cara meletakkan efendorf pada posisi terbalik pada suhu ruang. DNA dilarutkan dengan buffer TE (10 mM Tris-HCL pH 8, 0,1 mM EDTA) sebanyak 500 µl. Keberadaan DNA genom, dapat diketahui dengan elektroforesis 3 µl DNA hasil ekstraksi ditambahkan dengan 1µl loading buffer pada gel agarosa 1%. Keberadaan DNA pada gel dapat dilihat dengan menggunakan ultraviolet illuminator. Gel agarosa 1% dibuat dengan mencampurkan agarosa sebanyak 0,5 g dengan 50 ml larutan tris borat EDTA (TBE 1%). Larutan dipanaskan hingga berwarna bening, selanjutnya dituangkan ke dalam cetakan dan sisir/comb. Gel yang telah membeku dapat langsung digunakan untuk elektroforesis atau di simpang/stok dengan merendam dalam larutan TBE 1%.

Amplifikasi sampel menggunakan primer mt-DNA forward F (5’CGC CTG TTT AAC AAA AAC AT-3’) total length=20 dan reversenya menggunakan primer mt-DRA R (5’-CCG GTC TGA ACT CAG ATC ATG T-3) dengan total length =22. Pengamplifikasi dilakukan melalui metode PCR dengan komposisi bahan : 2µl primer tunggal (OPA kits dari OPERON Technologies), 3 µl DNA dan 18 µl air; dengan total volume 23 µl yang dicampur dalam 1 unit dry tag. Sampel dimasukkan ke dalam mesin PCR dengan

cycle, denaturasi, annealing dan elongasi.

Proses terakhir adalah penstabilan suhu elongasi hingga mencapai 4O_{C. Keberadaan}

hasil PCR dicek pada gel agarosa 2 % yang dielektroforesis dan selanjutnya diamati di ultraviolet illuminator. Analisis profil fragmen RAPD menggunakan program Basic Local

Aligment Seaech Toll (Blast-N untuk sekuen

nukleotida). Untuk melihat similaritas sekuen menggunakan program GENETYX versi 7.

(7)

HASIL

Ekstraksi Genon Ikan beseng-beseng.

Hasil ekstraksi DNA genom yang diperoleh memberikan hasil ekstraksi yang dapat diamplikasi lebih lanjut, karena menghasilkan fragmen tunggal dengan berat molekul sekitar 23.130 bp.

DNA yang terekstraksi pada hasil penetian ini adalah DNA total/genom dan

merupakan DNA keseluruhan bagian sel yang ada pada jaringan yang diekstraksi. Marker yang digunakan adalah H Ind III. Keterangan: 1-3 (Sungai Bantimurung), 4-5 (Sungai Aballu), 6-7 (Sungai Goa lorong), 8-9 (Sungai Jenae), 10-11 (Sungai Asanae), dan 12-13 (Sungai Sawae). Hasil ekstraksi genon dapat dilihat pada Gambar 1 dengan standar ukuran molekul 100 bp DNA ledder (M).

Parameter Hasil Pengujian Spesifikasi Metode

genom 23.130 bp Metode fenol kloroform (sampel dipreservasi dalam Buffer TNES-Urea)

Gambar 1. Hasil ekstraksi genom populasi ikan beseng-beseng dengan standar ukuran molekul 100 bp DNA ledder (M).

Amplifikasi mt-DNA Ikan beseng-beseng. Panjang gen ikan beseng-beseng yang

berhasil diamplifikasi (PCR) mt-DNA pada penelitian ini adalah 600 bp. Keberhasilan

amplifikasi (PCR) mt-DNA dapat dilihat pada Gambar dibawah ini (Gambar 2) dengan M = Marker 100 bp.

Parameter Hasil Pengujian Keterangan

mt-DNA

600 500 300

M = Marker 100 bp

Gambar 2. Fragmen tunggal gen ikan beseng-beseng hasil amplifikasi (PCR) mt-DNA

Hasil Sekuensing mt-DNA ikan Beseng-Beseng. Hasil sekuensing dari Amplifikasi

PCR mt-DNA ikan beseng-beseng telah berhasil dilakukan. Hasil sekuen dapat dibaca melalui software sequencing scanner. Analisis sekuensing PCR mt-DNA ini dilakukan bolak balik dengan primer mt-DNA R (Tabel 1).

Panjang fragmen DNA ikan Beseng-beseng yang hidup diperairan Sulawesi Selatan yaitu yang disekuensing dengan primer F berkisar 581 bp sampai 593 bp, sedangkan yang disekuensing dengan primer R berkisar 582 bp sampai 589 bp. Total panjang fragmen DNA ikan Beseng-beseng yaitu 1166-1180 bp.

(8)

ISBN 978-602-72245-0-6 Prosiding Seminar Nasional Mikrobiologi Kesehatan dan Lingkungan Makassar, 29 Januari 2015 Tabel 1. Panjang fragmen DNA hasil sekuensing dari ikan beseng-beseng dengan menggunakan primer mt-DNA F dan

mt-DNA R.

Sampel Panjang fragmen DNA (bp) Primer

mt-DNA F Panjang fragmen DNA (bp) Primer mt-DNA R

S.Bantimurung 583-585 583-589 S.Abalu 584-593 585-587 S.Gowa Lorong 582-590 582-587 S.Jenae 583-591 585-589 S.Asanae 582-584 586-587 S.Sawae 581-587 587-588

Similiritas sekuen gen ikan beseng. Analisis BLAST-N gen ikan

beseng-beseng terhadap gen ikan yang ada di Bank gen

memperlihatkan kemiripan dengan sekian banyak gen ikan yang telah dilaporkan dapat dilihat pada Tabel 2.

Tabel 2. Similaritas sekuen gen ikan Telmatherina ladigesi yang terdapat dalam Gen Bank

Description MaximumScore Querycover max IdentitySimilarity

Marosatherina ladigesi 16S ribosoma RNA qene partial sequence,

mitochondrial qene for mithochondrial product 994 92% 99%

Oreochromis niloticus strain America mitochondrion, complete qenome 728 97% 90%

Oreochromis niloticus strain Philippines mitochondrion, complete

qenome 728 97% 90%

Oreochromis niloticus strain Eqypt mitochondrion, complete qenome 728 97% 90%

Iso hawailensis mitochondial DNA complete qenome 725 97% 89%

Oreochromis sp ‘red tilapia’ mitochondrion, complete qenome 723 97% 89%

Hapalogenys nigripinnis, mitochondrion, complete qenome 723 97% 89%

Capros aper mitochondrial DNA complete and partial sequence 723 97% 90%

Oreochromis sp, KM-2005 mitochondrial DNA complete qenome 723 97% 89%

Filogenetik ikan beseng-beseng. Hasil

dari urutan nukleotida yang didapat kedua primer yang digunakan maka diperoleh jarak genetik antara individu ikan beseng-beseng di perairan Sulawesi Selatan dapat dilihat dari Gambar 3. Jarak genetik ikan beseng-beseng dari S. Bantimurung - S. Jenae (0,0022), S.

Abalu - S. Jenae (0,0010, S. Bantimurung - S. Sawae (0,0094), S. Gowa Lorong - S. Sawae (0,0012), S. Gowa Lorong - S. Jenae (0,0031), S. Gowa LorongAsanae (0,0086), S. Abalu -S. Jenae (0,0022), -S. Abalu - Bantimurung (0,0022).

(9)

Gambar 3. Filogenetik gen ikan beseng-beseng di perairan Sulawesi Selatan

PEMBAHASAN

Hasil ekstraksi DNA genom menunjukkan bahwa dengan menggunakan larutan preservasi telah berhasil dilakukan dengan tingkat kemurnian DNA genon yang tingggi, jelas dan jernih. Indikasi tersebut menunjukkan bahwa preservasi TNES urea dan metode Phenol-Chloroform efektif digunakan untuk isolasi DNA genom ikan ikan beseng-beseng seperti yang dilakukan oleh Asahida dkk (1996), Dahlia dkk (2009), Parenrengi (2001), dan Hadijah (2014).

Panjang fragmen DNA ikan beseng-beseng yang hidup diperairan Sulawesi Selatan dari Tabel 1 yaitu diperairan (sungai) Kabupaten Maros (Sungai Bantimurung dan Sungai Abalu Bone (Sungai Sawae), Pangkep (Sungai Jenae dan Sungai Gowa Lorong) dan

Soppeng (Sungai Asanae), yang disekuensing dengan primer F berkisar 581 bp sampai 593 bp, sedangkan yang disekuensing dengan primer R berkisar 582 bp sampai 589 bp. Total panjang fragmen DNA ikan Beseng-beseng yaitu 1166-1180 bp. Hasil ini mennunjukan bahwa variasi ukuran frakgen baik antara primer maupun antara populasi adalah sangat kecil, perbedaan ukuran fragmen tersebut juga didapat pada ikan Butini, Glossogobius

matanensis 200-1450 bp (Hamal, 2006), ikan

beloso, Glossogobius sp 456-607 bp (Hadijah, 2014).

Hasil dari urutan nukleotida pada filogenetik ikan beseng-beseng dengan menggunakan program Unweighted Pair

Group Arithmatic Average (UPGMA)

(10)

diperoleh, sehingga hubungan kekerabatan semakin kecil, dan genom yang dihasilkan semakin rendah, hal tersebut menunjukkan perkawinan inbreeding pada ikan Beseng-Beseng terjadi secara terus menerus dalam populasi sedikit, dan nantinya akan memungkinkan variasi genetiknya mendekati nol. Indikasi ini menunjukkan ikan Beseng-Beseng terancam populasi, akibat tingkat eksploitasi yang tinggi dan rusaknya habitat ikan tempat berkembangbiak serta migrasi yang sempit dan terisolasi, sehingga perkembangan populasi ikan tertekan dan kemampuan reproduksi menurun. Kejadian ini dapat mengakibatkan terjadi pengurangan fitnes, fiabilitas dan kelangsungan hidup (Dunhan, 2002). Langkah selanjutnya untuk menyelamatkan plasma nutfah ikan Beseng-Beseng adalah melakukan usaha persilangan antara populasi, baik melalui pembenihan maupun domestikasi.

Analisis BLAST-N terhadap gen ikan beseng-beseng yang diperoleh pada penelitian ini, menunujukkan kemiripan sekuen yang sangat tinggi yaitu mencapai 99% dengan gen ikan Marosatherina ladigesi 16S, ini menunjukkan bahwa ikan Telmatherina

ladigesi mirip dengan Marosatherina ladigesi,

sehingga dapat disebut Telmatherina

ladigesi C. G. E. Ahl, 1936 sinomin

Marosatherina ladigesi (Kottelat dkk. 1993).

KESIMPULAN

Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa panjang gen yang berhasil diamplifikasi adalah ± 600 bp. Panjang fregmen mt-DNA primer F berkisar 581 bp sampai 593 bp, dmt-DNA dan primer R berkisar 582 bp sampai 589 bp. Ikan

Telmatherina ladigesi mempunyai similaritas

lebih dekat dengan Marosatherima ladigesi yaitu 99 %. Keanekaragaman genetik ikan beseng-beseng yang terdapat di perairan Sulawesi Selatan sudah sangat rendah.

UCAPAN TERIMA KASIH

Penulis menyampaikan rasa terima kasih kepada DP2M Direktorat Jenderal Pendidikan Tinggi yang telah membiayai penelitian ini. Kami juga mengucapkan terima kasih kepada

kepala Laboratorium Bioteknologi BRP-BAP Maros dan PT Genetika Science Indonesia Jakarta dalam analisis keragaman genetik.

DAFTAR PUSTAKA

Andriani I. 2000. Bioekologi, Morfologi, Karyotip dan Reproduksi Ikan Hia

Rainbow Sulawesi (Telmatherina

ladigesi) di Sungai Maros, Sulawesi

Selatan. [Tesis]. Bogor: Program

Pascasarjana, Institut Pertanian Bogor. Asahida T, Kobayasi T, Saitoch K, Nakayama

I. 1996. Tissue Preservation and Total DNA Extraction from Fish Stored at Ambient Temperature Using Buffers Containing High Cencetration of Urea.

Fisheries Sciences 62(5):772-730.

Dahlia A dan Wahidah. 2009. Kajian Fenotif, Genotif dan Reproduksi Ikan Bungo (Glossogobius giuris) di Danau Tempe.

Lutjanus 14 (2): 133-140.

Dunham RA. 2002. Aquaculture and Fisheries Biotechnology: Genetic Approach. New York: CABI Publishing, Cambridge. pp85-99.

Hadijah ST. 2014. Ekobiologi dan Keragaman Genetik Ikan Beloso (Glossogobius sp) di Danau Tempe Sulawesi Selatan.

[Disertasi]. Makassar: Program

Pascasarjana Universitas Hasanuddin. IUCN. 1996. International Union for

Conservation of Nature (IUCN) Red List of Treatened Animals. IUCN. Gland and Cambridge.

Kottelat M, Whitten AJ, Kartikasari SN and Wirjoatmodjo S. 1993. Freshwater Fishes of Western Indonesia and Sulawesi. Hong Kong: Periplus Editions. pp221.

Kottelat M. 1996. Telmatherina ladigesi. The IUCN Red List of Threatened Species. Version 2014.3. www.iucnredlist.org. Diakses 19 December 2014.

Parenrengi A. 2001. Genetic Variability of Grouper (Epinaphelus spp) from Indo-Malaysian Water. Using PCR/RAPD analysis. [Tesis]. Faculty Sains and Techology, University Putra Malaysia. Said DS, Lukman, Triyanto, Sulaeman dan

(11)

Ekologis Serta Strategi Pengembangan Ikan Pelangi Sulawesi, Telmatherina

ladigesi. Makassar: Konferensi Nasional

Akuakulture (MAI), 23-25 November 2005.