Diterima 30 Desember 2016 / Diterima 03 November 2017
Kata kunci: karakterisasi, identifikasi, isolasi, myxobacteria ABSTRAK
* Penulis korespondensi: [email protected]
Myxobacteria adalah bakteri Gram negatif yang biasa ditemukan di tanah, kulit pohon, dan kayu lapuk. Bakteri ini memiliki perilaku sosial yang unik dengan membentuk tubuh buah, bergerak dengan motilitas meluncur dan memangsa mikroorganisme lain.
Penelitian ini dilakukan untuk mengisolasi, mengkarakterisasi, dan mengidentifikasi miksobakteri asli dari Sumba dan Kepulauan Papua Indonesia sebagai langkah awal untuk memanfaatkan potensinya dalam industri farmasi. Myxobacteria diisolasi menggunakan kertas saring dan diberi umpan dengan Escherichia coli untuk mendapatkan myxobacteria selulolitik dan bakteriolitik. Karakterisasi myxobacteria dilakukan dengan pewarnaan Gram, pengamatan pigmentasi, morfologi sel vegetatif, tubuh buah, dan myxospora. Identifikasi molekuler dilakukan berdasarkan analisis sekuens gen 16S rRNA. Sebanyak 10 galur myxobacterial berhasil diisolasi dan dimurnikan. Semua isolat yang diperoleh adalah Gram negatif, berbentuk batang dengan pigmentasi kuning atau jingga. Tubuh buah yang diamati mengandung miksospora berbentuk bola. Identifikasi molekuler dari strain bakteri ini menunjukkan bahwa mereka termasuk myxobacteria dari subordo Cystobacterineae, yaitu Myxococcus fulvus, Myxococcus stipitatus, dan Melittangium lichenicola.
Sepengetahuan kami, ini adalah rekor pertama kemunculannya di Indonesia.
2
2
1
1*
2012). Di antara myxobacteria yang dilaporkan Friederich Link melaporkan pengamatannya pada
tubuh buah myxobacterial Polyangium vitellinum dan menggambarkannya sebagai
"gasteromycete", anggota jamur Basidiomycota (Link 1809).
myxobacteria yang dikelompokkan menjadi 3
dikumpulkan, sampel-sampel dari laut adalah baru, termasuk Haliangium ochraceum, H. tepidum (Fudou et al. 2002), Enhygromyxa salina (Iizuka et al. 2003a), Plesiocystis pacifica (Iizuka et al. 2003b) dan
Pseudenhygromyxa salsuginis (Iizuka et al. .2013) . PENGANTAR
Dua spesies lagi, Stigmatella aurantiaca dan Chondromyces crocatus, dideskripsikan 48 tahun
kemudian (Berkeley 1857). Mereka diklasifikasikan sebagai
Myxobacteria secara umum dicirikan oleh
kemampuannya untuk membentuk tubuh buah dan motilitas meluncur di permukaan padat. Tubuh buah terbentuk setelah persediaan makanan habis dan mengandung miksospora tahan kering. Koloni dapat menyebar ke daerah yang tidak berpenghuni. Ini menyebar subordo, 6 famili, dan 17 genera (Shimkets et al. 2006).
hyphomycetes, jamur tidak sempurna. Mereka terus disalahartikan sebagai jamur sampai seorang ahli botani Amerika Serikat Roland Thaxter memperkenalkan mereka sebagai myxobacteria pada tahun 1892
(Thaxter 1892). Butuh waktu sekitar 20 tahun sebelum
karya Thaxter diterima secara luas. Hingga tahun 2006, terdapat
Pada tahun 1809, seorang ahli botani Jerman Heinrich Myxobacteria adalah bakteri Gram negatif yang terutama ditemukan di habitat terestrial, seperti tanah, bahan tanaman yang membusuk, dan kulit pohon hidup atau mati. Namun, beberapa laporan mengungkapkan bahwa myxobacteria juga dapat
diisolasi dari sampel laut (Zhang et al. 2005; Brinkhoff et al.
sekitar 50 spesies yang diakui
ISOLASI, KARAKTERISASI DAN MOLEKULER IDENTIFIKASI MYXOBACTERIA DARI DUA
PULAU TERLUAR INDONESIA
SITI MELIAH dan PUSPITA LISDIYANTI
Bogor 16911, Indonesia
Pusat Penelitian Bioteknologi, Lembaga Ilmu Pengetahuan Indonesia (LIPI), Pusat Sains Cibinong, Pusat Penelitian Biologi, Lembaga Ilmu Pengetahuan Indonesia (LIPI), Pusat Sains Cibinong, Bogor 16911, Indonesia
2
3
2 4 2
4 2
4
2
2
Metabolit sekunder lain, epothilone yang bekerja pada sel kanker diekstraksi dari myxobacteria selulolitik, Sorangium cellulosum
BAHAN DAN METODE
meluruhkan kayu pada selembar kertas saring Whatman No. 1 berukuran 1 cm pada media agar Stan 21 (campuran
Pulau Sumba dan Papua adalah beberapa pulau terluar Indonesia. Geografi dan ekologi pulau-pulau ini berbeda satu sama lain. Namun, seperti kebanyakan wilayah Indonesia, mereka diasumsikan sebagai habitat yang kaya keanekaragaman hayati, terutama mikroba.
Oleh karena itu, penelitian ini dilakukan untuk mengisolasi, mengkarakterisasi, dan mengidentifikasi myxobacteria indigenous untuk dicatat keberadaannya di Indonesia dan merupakan langkah awal untuk memanfaatkan potensinya sebagai penghasil alami
(Dawid 2000). Genus Myxococcus juga dilaporkan memproduksi myxovirescin (Williams & McGill 1990) dan myxalamides (Gerth et al. 1983; Konovalova et al.
2010). Antibiotik thugacin aktif melawan Mycobacterium tuberculosis; itu
myxobacteria diisolasi dengan menempatkan setetes myxobacteria bakteriolitik, Myxococcus fulvus
metode independen mengungkapkan bahwa
myxobacteria mirip jamur (Sorangium dan Haliangium) terdeteksi dalam sampel tanah dan sedikit lebih
melimpah di tanah yang dikelola daripada di tanah hutan hujan (Schneider et al. 2015).
Myxobacteria dikenal memiliki potensi yang sangat besar dalam menghasilkan metabolit sekunder dengan berbagai aktivitas biologis. Untuk alasan tertentu, pemanfaatannya sebagai penghasil metabolit sekunder potensial terbatas. Mereka relatif sulit untuk diisolasi dan dimurnikan. Selain itu, hanya beberapa spesies mereka yang mudah tumbuh dalam kultur cair selama fermentasi.
Dengan demikian, mereka sering diabaikan oleh sektor industri. Namun, karena munculnya resistensi multi obat pada mikroorganisme patogen, kebutuhan untuk menemukan alternatif baru senyawa bioaktif potensial dari sumber daya alam, termasuk myxobacteria tidak dapat dihindari.
Myxococcus xanthus diisolasi dari Sulawesi pada tahun 2010 (Morgan et al. 2010). Namun, studi tentang keanekaragaman dan komposisi prokariotik
Isolasi Selulolitik dan Bakteriolitik
Myxobacteria diisolasi dari berbagai sampel dan tempat, seperti sampel air laut dan sedimen dari Provinsi Shandong di Cina (Li et al. 2002); sedimen laut dari Santa Barbara di AS, Texel di Belanda, dan Bokum di Jerman (Schäberle et al. 2010); dan juga sampel tanah dari Yunnan, Qinghai, Hebei dan Yuenan di Cina (Zhang et al. 2003); India (Singh & Singh 1971); dan Pulau Kiritimati, Republik Kiribati (Mohr et al. 2016). Tidak ada catatan yang cukup tentang ini
Berbeda dengan kebanyakan bakteri, myxobacteria juga mampu melisiskan sel hidup. Untuk alasan ini, mereka disebut predator. Berdasarkan spesialisasi myxobacteria dalam mendegradasi molekul biomakro, mereka dibagi menjadi myxobacteria bakteriolitik yang melisiskan seluruh sel mikroorganisme lain dan myxobacteria selulolitik yang secara efisien menguraikan selulosa alih- alih
Bahan yang digunakan dalam penelitian ini tercantum pada Tabel 1. Sampel ini dikumpulkan dari dua lokasi berbeda di Indonesia pada bulan April 2016.
Bahan dan Metode Pengambilan Sampel
(Gerth dkk. 1996).
gerakan disebut perilaku berkerumun. Bentuk, ukuran, warna, atau susunan sel vegetatif, kawanan, tubuh buah, dan miksospora penting dalam menentukan genus miksobakteri.
Larutan: 1 g K HPO 0,02 g ekstrak ragi, 10 g agar dalam 700 mL air suling; dan larutan B: 1 g KNO 1 g MgSO .7H O, 1 g CaCl .2H O, 0.2 g 0.1 g MnSO .7H O dalam 300 mL FeCl suling sampel tanah, sampel batugamping, dan fragmen agen penyebab tuberkulosis, dilaporkan adalah
Chondromyces crocatus (Buntin et al. 2010).
anti infeksi.
Isolasi myxobacteria selulolitik dan bakteriolitik dilakukan menggunakan metode yang dijelaskan oleh Reichenbach dan Dworkin (1992) dengan beberapa modifikasi. Selulolitik
3 ,
,
masyarakat di Sumatera menggunakan budaya
Myxosporin, myxovalargin, dan myxothiazol adalah beberapa metabolit sekunder yang dihasilkan oleh myxobacteria dengan aktivitas antimikroba. Senyawa ini diekstraksi dari khas
Myxobacteria
,
Tanah diambil sampelnya menggunakan metode komposit.
Sampel tanah dan batu kapur dikeringkan di udara semalaman untuk mengurangi pertumbuhan organisme mikro yang tidak ditargetkan. Secara total, jumlah sampel yang digunakan dalam penelitian ini adalah 37 orang.
sel hidup (Singh 1947; Hou et al. 2006).
kelompok bakteri yang telah diisolasi di Indonesia meskipun penting secara medis, kecuali laporan analisis komparatif pemangsaan
Tabel 1 Lokasi pengambilan sampel dan bahan yang digunakan untuk mengisolasi myxobacteria
2 .2H2O, agar-agar 15 g/L, 0,5 g/mL
Hai Hai
Hai
2
2
2
Hai
2
Ketinggian (mdpl)
23-36
Kayu lapuk 10
E 120o 16,703' S 10o 03,496'
26,5-32
13 E 120o 15.360'
sampel
443-891
T (C)
S 00o 45' 0.99” –
sampel
Tambraw, Papua Barat
7 983-1164
S 10o 04.696' – 3
Taman Nasional Wanggameti, Sumba, Nusa Tenggara Timur
Tanah
Tanah
E 132o 44' 05.8”
Lokasi pengambilan sampel
Batu kapur 7
6.5 pH
E 132o 15' 05.2”
Kayu lapuk 4 S 00o 52' 0.94”
Jumlah
myxobacteria sehingga teknik pemurnian langsung ini dapat dilakukan. Bakteri kemudian diinkubasi pada suhu 30 C selama 1-3 minggu.
E. coli yang diautoklaf untuk memurnikannya.
Mikroskop bedah digunakan untuk mengenali
sikloheksimid). Di tengah persilangan, sampel tanah dan batugamping seukuran kacang polong diinokulasi.
Sampel dalam media WCX kemudian diinkubasi pada suhu 30 C selama 2-4 minggu.
Myxobacteria yang diperoleh dari kedua metode dipindahkan menggunakan jarum suntik steril ke media WCX segar yang dicoret dengan
Myxobacteria bakteriolitik diisolasi menggunakan teknik umpan dengan Escherichia coli. Sel E. coli dikultur pada media Luria Broth (LB) (10 g/L Tryptone, 10 g/L NaCl, 5 g/L ekstrak ragi yang disuspensikan dalam 1L air suling) selama 24 jam. Suspensi E.coli kemudian disentrifugasi selama 10 menit dengan kecepatan 10.000 rpm. Pelet bakteri disuspensikan kembali dengan larutan sikloheksimida 25 g/mL yang cukup untuk membuat bubur sel bakteri yang kental.
Sel E. coli kemudian dicoret silang pada media agar air (WCX) (1 g/L CaCl .2H O, 15 g/L agar, ditambah dengan 2 5 g/mL
tubuh buah yang muncul beberapa hari setelah inkubasi, sel vegetatif, serta pola dan warna koloni swarm. Tubuh buah dihancurkan untuk memeriksa miksospora. Masing-masing isolat murni dilakukan pewarnaan Gram menggunakan reagen kristal violet, yodium, dan safranin.
Sebanyak 150 L 3M natrium asetat ditambahkan ke dalam suspensi dan diinkubasi selama 10 menit pada suhu kamar. Setelah inkubasi, suspensi disentrifugasi pada 13.000 rpm selama
dihomogenkan menggunakan vortex mixer selama 5 menit.
diperoleh. Kultur murni disimpan dalam larutan stok gycerol 10% yang dilengkapi dengan 0,1% CaCl .2H O pada -80 C.
Beberapa karakter yang diamati termasuk
Isolat yang diperoleh diamati morfologinya dengan bantuan mikroskop diseksi (Olympus SZ) dan
binokular (Olympus BX43).
cyanocobalamin, ditambah dengan 25 g/mL cycloheximide menggunakan jarum suntik yang disterilkan. Proses pemindahan dilakukan beberapa kali sampai kultur murni myxobacteria
Identifikasi molekuler dilakukan berdasarkan analisis gen 16S rRNA. DNA genom diekstraksi menggunakan serangkaian proses yang dimulai dengan membilas sel bakteri dengan 500 L buffer TE pH 8,0. Setelah disentrifugasi pada 13.000 rpm selama 5 menit, pelet yang diperoleh disuspensikan kembali dengan 50 L buffer TE pH 8,0 dan 300 L buffer ekstraksi yang terdiri dari Tris-HCl, EDTA,
natrium dodesil sulfat, dan NaCl. Penangguhan ini adalah Pemurnian Myxobacteria
sikloheksimid. Media ini ditunjuk sebagai ST21CX.
Sampel dalam media ST21CX diinkubasi pada suhu 30 C selama 2-4 minggu.
Karakterisasi Fenotipik
Tubuh buah atau sel swarm yang menghasilkan zona bening di sekitar E. coli yang mati dipindahkan ke media VY/2CX yang dimodifikasi yang terdiri dari 5 g/L Baker's yeast Fermipan, 1 g/L CaCl
terpisah. Larutan A dan B digabung lalu disuplementasi dengan 2 5 g /mL
air). Solusi ini diautoklaf
Analisis Gen
Identifikasi molekuler berdasarkan 16S rRNA
Hai
Hai
Hai Hai
Hai
denaturasi pada 94 C selama 15 detik, anil pada 55
Mereka dicirikan oleh sel-sel berpigmen batang dan kuning, oranye, atau merah. Pada penelitian ini muncul gerombolan dan tubuh buah berpigmen kuning dan jingga pada kertas saring Whatman No.
1 pada ST21CX dan pada guratan E. coli pada media agar WCX, setelah diinkubasi selama 2-3 minggu.
Tampak juga zona bening di sekitar guratan E.coli pada media WCX setelah inkubasi 5-7 hari. Diketahui bahwa miksobakteri bakteriolitik mengkonsumsi bakteri atau khamir hidup lain sebagai sumber
nutrisinya. Oleh karena itu, zona bening ini merupakan indikasi aktivitas predator sel bakteriolitik. Aktivitas predator myxobacteria pada bakteri dan ragi lain didukung oleh produksi enzim litik ekstraseluler dan antibiotik (Xiao et al. 2011). Mekanisme ini juga berperan penting dalam bersaing dengan lawan alaminya di suatu habitat.
acc. No. M34113 yang termasuk dalam delta Proteobacteria, digunakan sebagai out-group dalam
(Korea Selatan) menggunakan primer 27F dan 1492R di ABI 3730xl DNA Analyzer.
(http://www.ezbiocloud.net/eztaxon). Urutan gen 16S rRNA dalam penelitian ini diserahkan ke GenBank NCBI di bawah ini:
Analisis Filogenetik
.
Pohon filogenetik dibangun menggunakan
Collection (InaCC) menggunakan nomor SMDw06.2 (InaCC B1220), SMCv05.1 (InaCC B1221),
Primer eubacterial universal 27F (5'-
C selama 30 detik, pemanjangan pada suhu 72 C selama 1 menit, dan pemanjangan akhir pada suhu 72 C selama 10 menit dalam Mastercycler Gradient (Eppendorf). Produk PCR diperiksa pada gel agarosa 1% yang diwarnai dengan larutan etidium bromida dan diamati di bawah UV transilluminator. DNA ini
(www.ncbi.nlm.niv.gov). Kimura 2-parameter
nomor aksesi; MG561397 (SMDw06.2), MG561394 (SMCv05.1), MG561395 (SMCv05.2), MG561396 (SMCv05.3), MG561388 (PS3.1), MG561389 (PS3.2), MG561390 (PS3.3),
Penjajaran ganda dari semua urutan DNA dilakukan oleh program OTOT (Edgar 2004). Strain jenis dan urutannya dikumpulkan dari daftar nama prokariotik dengan tata nama situs (LPSN)
filotipe (Kim et al. 2012). Tiga puluh urutan teratas dengan skor tertinggi kemudian dipilih untuk perhitungan kesamaan urutan berpasangan menggunakan algoritma penyelarasan global, yang diimplementasikan di server EzTaxon
HASIL DAN DISKUSI
SMCv05.2 (InaCC B1222), SMCv05.3 (InaCC
B1223), PS3.1 (InaCC B1224), PS3.2 (InaCC B1225), PS3.3 (InaCC B1226), SMS05.1 (InaCC B1227), SMS05. 2 (InaCC B1228) dan SMS05.3 (InaCC B1229).
membangun pohon filogenetik.
Urutan isolat yang diperoleh dianalisis
menggunakan program BioEdit (Hall 1999). Identifikasi tetangga filogenetik awalnya dilakukan oleh BLASTN (Altschul et al.
AGAGTTTGATCCTGGCTCAG-3') dan 1492R (5'- GGTTACCTTGTTACGACTT-3') digunakan untuk mengamplifikasi gen 16S rRNA (Lane 1991).
Amplifikasi gen dilakukan dalam kondisi berikut: pra denaturasi pada 94 C selama 2 menit, kemudian diikuti oleh 35 siklus
fragmen diurutkan oleh Macrogen Inc.
metode tetangga-bergabung (Saitou & Nei 1987) dengan 1.000 ulangan bootstrap. Semua program ini diimplementasikan dalam MEGA versi 6 (Tamura et al. 2013). Desulfovibrio desulfuricans
Secara taksonomi, bakteri myxo gliding buah termasuk dalam filum Proteobacteria, subphylum delta-Proteobacteria, ordo Myxoco calles, dan terdiri dari 3 subordo (Cysto bacterineae, Nannocystineae, Sorangiineae).
model dipilih untuk menghitung matriks jarak antara urutan (Kimura 1980).
MG561398 (SMS05.1), MG561399 (SMS05.2) dan MG561400 (SMS05.3). Semua isolat yang
teridentifikasi juga didepositokan di Kultur Indonesia 5 menit lagi. Supernatan yang diperoleh dipindahkan ke tabung mikro baru dan dicampur perlahan dengan isopropanol dalam volume yang sama. Campuran ini disentrifugasi selama 10 menit pada 13.000 rpm.
Pelet yang diperoleh disuspensikan dengan etanol 70% dan disentrifugasi selama 1 menit dengan kecepatan 13.000 rpm. DNA atau pelet dikeringkan di udara dan disuspensikan kembali dengan 50 L buffer TE pH 8,0. Kualitas dan kuantitas DNA genom diperiksa dengan spektrofotometer UV Vis BioSpec- nano mikrovolume (Shimadzu).
1997) program terhadap database yang berisi galur tipe dengan nama prokariotik yang diterbitkan secara sah dan perwakilan dari tidak berbudaya
.
( ww w. bacterionet ) dan G en B ank
Tabel 2 Pengelompokan isolat berdasarkan kenampakan morfologinya
Gambar 1 Penampilan morfologi myxobacterium murni yang dikumpulkan dari Sumba SMS05.1 (a), SMDw06.2 (b), dan Papua PS3.1 (c) pada media agar VY/2CX setelah inkubasi selama 5-10 hari. Tubuh buah muncul sebagai agregat sel kuning/oranye.
Kawanan jeruk, tubuh buah jeruk bertangkai pendek
4 Jumlah isolat
Bulat Kawanan kuning, tubuh buah oranye
3 Miksospora
Bulat Oranye, pola sentrifugal, tubuh buah oranye
Ciri morfologi koloni
Bulat
3
b c
sebuah
dipindahkan ke media WCX baru dengan E. coli yang mati
sel vegetatif, kawanan, tubuh buah, dan myxospores masih berlaku untuk beberapa genus myxobacteria.
Namun, karakter morfologi ini tidak stabil dan dapat berubah atau hilang dalam kondisi pertumbuhan buatan meskipun diekspresikan oleh genotipenya.
Oleh karena itu, identifikasi dan Identifikasi morfologi berdasarkan Di bawah mikroskop bedah, kawanan dan tubuh
buah yang tumbuh pada sampel adalah
tubuh buah yang hancur. Karakteristik ini identik dengan morfologi myxobacteria dijelaskan dalam Manual Bergey (Reichenbach 2005). Berdasarkan morfologinya, isolat ini dikelompokkan menjadi tiga kelompok morfologi (Tabel 2).
Ke-10 isolat bakteri tersebut seluruhnya merupakan bakteri Gram negatif. Mereka berbentuk batang dengan sedikit perbedaan ukuran. Secara morfologi, isolat yang diperoleh bervariasi dalam warna, bentuk dan pola swarming. Isolat ini menunjukkan karakteristik myxobacteria yang mencolok dengan menghasilkan tubuh buah. Miksospora bulat atau bulat diamati di bawah mikroskop dari
teknik pemurnian telah dikembangkan untuk meningkatkan proporsi kultur murni. Metode yang lebih baik, seperti pemurnian dengan kristal violet dan teknik umpan kedua pada tubuh buah dapat
meningkatkan proporsi kultur murni yang diperoleh masing-masing hingga 42,5% dan 69,7% (Zhang et al. 2003).
wilayah Mediterania dan sejauh ini, untuk kami Analisis sekuens gen 16S rRNA dari 10 bakteri hasil isolasi menunjukkan bahwa isolat tersebut merupakan anggota kelompok myxobacteria. Mereka termasuk dalam genus Myxococcus dan Melittangium dengan lebih dari 99% kesamaan (Tabel 3). Genus Myxococcus dan Melittangium banyak ditemukan pada sampel tanah di seluruh dunia, mulai dari hutan hujan tropis, hutan Eropa tengah, hingga
myxobacteria relatif rumit. Mereka dengan mudah membawa kontaminan, seperti jamur, bakteri lain, dan amuba tanah, karena mereka menghasilkan lendir
untuk membantu mereka bergerak di media padat. Sejumlah
Identifikasi molekuler diperlukan untuk mengkonfirmasi identitas isolat.
Dibandingkan dengan bakteri biasa, pemurnian Metode pemurnian ini mampu menghasilkan penampilan koloni yang lebih seragam (Gbr. 1). Dari total 37 sampel yang menggunakan media isolasi ST21CX dan WCX, hanya 10 isolat myxobacterial yang berhasil direcover dan dimurnikan.
menantang untuk sebagian besar genera dan spesies (Garcia et al. 2010). Hal ini juga sebagian disebabkan oleh fakta bahwa beberapa strain myxobacteria yang baru diisolasi biasanya tidak memiliki karakteristik morfologi myxobacteria yang khas. Karena itu, klasifikasi sisa-sisa myxobacteria
sebagai sumber nutrisi dan selanjutnya dipindahkan ke agar VY/2CX menggunakan jarum suntik steril.
Tabel 3 Identifikasi molekuler dari myxobacteria terisolasi
Secara taksonomi, genus Myxococcus bersama dengan Aggregicoccus, Corallococcus dan Pyxidicoccus
diklasifikasikan ke dalam famili Myxococcaceae dalam subordo Cystobacterineae. Di sisi lain, genus Melittangium bersama dengan Angiococcus, Archangium, Cystobacter, Hyalangium, Stigmatella dan genus Vitiosangium yang
baru dideskripsikan (Awal et al.
Berdasarkan pengamatan morfologi
Analisis filogenetik dari 10 sekuens myxobacteria menunjukkan bahwa semua isolat ditempatkan di subordo Cystobacterineae (Gbr. 2).
pengetahuan ini merupakan rekor pertama kemunculan tiga spesies di Indonesia.
Cystobacterineae.
teknik pemurnian, dan media pengayaan diharapkan dapat meningkatkan kemungkinan diperolehnya myxobacteria yang lebih beragam.
Cystobacteraceae juga dalam subordo 2017) direklasifikasi ke dalam keluarga myxobacteria yang diperoleh dari pekerjaan ini tidak
banyak. Beberapa isolat mungkin tidak membentuk tubuh buah yang khas pada saat pengamatan, sehingga diabaikan selama proses pemindahan. Teknik isolasi, waktu inkubasi, dan media yang digunakan untuk mengisolasi myxobacteria masih belum mampu membiakkan berbagai spesies yang terjadi pada suatu habitat dalam penelitian ini. Setiap metode akan menjadi kompromi, karena spesies myxobacteria yang berbeda akan tumbuh dengan baik pada satu media, yang lain akan tumbuh kurang baik dan menunjukkan sedikit
kecenderungan untuk membentuk tubuh buah (Dawid 2000). Oleh karena itu, variasi teknik isolasi, didukung oleh identifikasi molekuler, keragaman
127
Gambar 2 Pohon filogenetik yang dibangun berdasarkan sekuens gen 16S rRNA dengan menggunakan metode neighbor-joining.
Isolat dari Pulau Sumba (SM) dan Papua (PS) ditempatkan dalam subordo Cystobacterineae di antara spesies myxobacteria. Bar berarti 1 substitusi per 200 nukleotida. Angka pada titik cabang menunjukkan nilai bootstrap sebagai persentase yang diperoleh dari 1000 ulangan. Hanya nilai yang lebih besar dari 60% yang ditampilkan.
Awal RP, Garcia R, Gemperlein K, Wink J, Kunwar B, Parajuli N, Müller R. 2017. Vitiosangium cumulatum
sp. nov.: Myxobacteria halofilik baru yang diisolasi dari lingkungan saline pesisir. J Gen Appl Microbiol 48(2):109-15.
Edgar RC. 2004. OTOT: Multiple sequence aligmant dengan akurasi tinggi dan throughput tinggi. Asam Nukleat Res 32(5):1792-7.
Antibiotik 49(6)::560-563.
24(4):403-27.
Kompleks selulolitik ada di selulolitik Dawid W. 2000. Biologi dan distribusi global
Gerth K, Jansen R, Reifenstahl G, Höfle G, Irschik H, Kunze B, … Thierbach G. 1983. Myxalamids, antibiotik baru dari Myxococcus xanthus
53(1):189-95.
Aula TA. 1999. BioEdit: Sebuah editor penyelarasan urutan biologis dan program analisis yang mudah digunakan untuk Windows 95/98/NT. NuclAcids Symp Ser 41:95-8.
Brinkhoff T, Fischer D, Vollmers J, Voget S, Beardsley C, Thole S, … Simon M. 2012. Biogeografi dan keragaman filogenetik dari sekelompok myxobacteria laut eksklusif.
ISME J 6(6)::1260-72.
Penerbit Bailliere. p. 313-5.
Filogeni yang diperluas dari myxobacteria dan bukti untuk budidaya 'yang tidak dapat dikultur'. mol
Garcia R, Gerth K, Stadler M, Dogma IJ, Muller R. 2010.
Berkeley MJ. 1857. Pengantar botani cryptogamic (pada Stigmatella dan Chondromyces). London (Inggris): H.
gen. November, sp. nov. dan Vitiosangium subalbum sp.
nov., myxobacteria tanah dan deskripsi yang
disempurnakan dari genus Archangium dan Angioscoccus dan keluarga Cystobacteraceae. Int J Syst Evol Microbiol 67:1422-30.
Iizuka T, Jojima Y, Fudou R, Hiraishi A, Ahn JW, Yamanaka S.
2003b. Plesiocystis pacifica gen. November, sp. nov., a ma ri ne my xo bacte ri um yang mengandung
Altschul SF, Madden TL, Schaeffer AA, Zhang J, Zhang Z, Miller W, Lipman DJ. 1997. Gapped BLAST dan PSI-BLAST:
Generasi baru program pencarian database protein. Asam Nukleat Res 25(17):3389-402.
Fudou R, Jojima Y, Iizuka T, Yamanaka S. 2002. Haliangium ochraceum gen. November, sp. nov. dan Haliangium tepidum
Gerth K, Bedorf N, Hofle G, Irschik H. 1996. Epothilon A dan B:
Senyawa antijamur dan sitotoksik dari produksi Sorangium cellulosum (Myxobacteria), sifat fisiko-kimia dan biologi. J
Iizuka T, Jojima Y, Fudou R, Tokura M, Hiraishi A, Yamanaka S.
2003a. Enhygromyxa salina gen. November, sp. nov., myxobacterium sedikit halofilik yang diisolasi dari daerah pesisir Jepang. 2003. Sistem Aplikasi Mikrobiol 26(2):189-96.
myxobacteria di dalam tanah. FEMS Microbiol Rev
(Myxobacteriales) I. Produksi, fisiko-kimia, sifat biologis dan mekanisme aksi. J Antibiotik 36(9):1150-6.
myxobacterium soorangium. Enzim Mikrob Technol 38(1-2):273-8.
menaquinone terhidrogenasi, diisolasi dari pantai Pasifik Jepang. Int J Syst Evol Microbiol
Filogenetik Evol 57(2):878-87.
Buntin K, Irschik H, Weissman KJ, Luxenburger E, Blocker H, Muller R. 2010. Biosintesis thuggacins di myxobacteria:
Analisis cluster komparatif mengungkapkan dasar keragaman struktural produk alami. Kimia Biol 17(4):342-56.
Hou PB, Li YZ, Wu BH, Yan ZC, Yan BX, Gao PJ. 2006.
B1228 dan Melittangium lichenicola InaCC B1229.
Martdiyanti atas bantuannya selama masa penelitian.
Isolat Sumba dan Papua dinyatakan Gram negatif dan berbentuk batang. Koloni mereka berwarna kuning dan oranye dalam pigmentasi, dan menghasilkan tubuh buah. Identifikasi molekuler menunjukkan bahwa mereka adalah anggota spesies myxobacterial Myxococcus fulvus, Myxococcus stipitatus dan Melittangium lichenicola. Sepengetahuan kami, ini merupakan rekor pertama kemunculan ketiga spesies tersebut di Indonesia. Semua isolat tersebut disimpan dalam Koleksi Budaya Indonesia
Sebanyak 10 isolat miksobakteri berhasil diisolasi dari sampel tanah, batugamping dan kayu lapuk yang dikumpulkan dari dua
InaCC B1227, Melittangium lichenicola InaCC pulau terluar Indonesia, Sumba dan Papua. Mereka diisolasi menggunakan kertas saring dan umpan dengan metode E.coli . Karakterisasi dari
KESIMPULAN
Penelitian ini didukung secara finansial oleh DIPA 2016 LIPI. Kami mengucapkan terima kasih kepada Maman Rahmansyah dan semua pihak yang terlibat dalam Ekspedisi Widya Nusantara (E-WIN) dan ekspedisi NKRI selama pengambilan sampel. Kami
juga berterima kasih kepada Tri Ratna Sulistiyani, Rinatu Siswi dan Riesca Myxococcus stipitatus InaCC B1225, Myxococcus
stipitatus InaCC B1226, Melittangium lichenicola
UCAPAN TERIMA KASIH
REFERENSI
(InaCC) dengan nama Myxococcus fulvus InaCC B1220, Myxococcus fulvus InaCC B1221, Myxococcus fulvus InaCC B1222, Myxococcus fulvus InaCC B1223,
Myxococcus stipitatus InaCC B1224,
129
Mikrobiologi terbuka 5 (2):268-78.
2013. MEGA6: Analisis Genetika Evolusioner Molekuler versi 6.0. Mol Biol Evol 30(12):2725-9.
Zhang LP, Wang HY, Fang XM, Stackebrandt E, Ding YB.
DJ jalur. 1991. Pengurutan rRNA 16S/23S. Dalam: Stackebrandt E, Goodfellow M, editor. Teknik Asam Nukleat dalam Sistematika Bakteri. New York (AS): John Wiley & Sons.
p. 115-75.
01339.
Int J Syst Evol Microbiol 63(4):1360-9.
Schäberle TF, Goralskii E, Neu E, Erol O, Hölzl G, Dörmann P,
… König GM. 2010. Kelautan
Analisis Perbandingan Predasi Myxococcus pada Bakteri Tanah. Aplikasi Mikrobiol Lingkungan 76 (20): 6920-7.
Zhang YQ, Li YZ, Wang B, Wu ZH, Zhang CY, Gong X, … Mohr KI, Stechling M, Wink J, Wilharm E, Stadler M. 2016.
Singh BN, Singh NB. 1971. Distribusi myxobacteria berbuah di tanah India, kulit pohon, dan kotoran hewan herbivora.
Mikrobiol J India 11:47-
Reichenbach H. 2005. Ordo VIII Myxococcales Tchan, Pochon dan Prevot 1948, 398 .
Kimura M. 1980. Metode sederhana untuk memperkirakan laju evolusi substitusi basa melalui studi perbandingan urutan nukleotida. J Mol Evol 16(2):111-20.
Schneider D, Engelhaupt M, Allen K, Kurniawan S, Krashevska V, Heinemann M, … Daniel R. 2015.
predasi. J Bakteriol 193(18):4626-33.
Saitou N, Nei M. 1987. Metode penggabungan tetangga: A
Thaxter R. 1892. Pada Myxobacteriaceae, orde baru dari
2003. Peningkatan metode isolasi dan Li YZ, Hu W, Zhang YQ, Qiu ZJ, Zhang Y, Wu BH. 2002. Metode
sederhana untuk mengisolasi myxobacteria toleran garam dari sampel laut. J Metode Mikrobiol 50 (2):205-9.
Shimkets LJ, Dworkin M, Reichenbach H. 2006. Myxobacteria.
Dalam: Falkow S, Rosenberg E, Schleifer KH,
Stackebrandt E, editor. Prokariota Vol 7 — Proteobacteria:
Subkelas Delta dan Epsilon.
Schleifer KH, editor. Dalam: Prokariota, 2 Kim OS, Cho YJ, Lee K, Yoon SH, KimM, Na H, ...
myxobacteria sebagai sumber antibiotik:
Zhang Y. 2005. Karakteristik dan pola hidup Williams DR, McGill JM. 1990. Sintesis total Perbandingan keragaman myxobacterial dan
92.
Dalam: Brenner DJ, Krieg NR, Staley JT, editor. Panduan Bergey tentang Konovalova A, Petters T, Sogaard-Andersen L. 2010.
Dampak transformasi hutan hujan dataran rendah terhadap keanekaragaman dan komposisi komunitas prokariotik tanah di Sumatera (Indonesia). Depan
Reichenbach H, Dworkin M. 1992. Myxobacteria.
metode baru untuk merekonstruksi pohon filogenetik.
Schizomycetes. Bot Gaz 17(12):389-406.
pemurnian myxobacteria dan pengembangan Tautan HF. 1809. Pengamatan dalam ordines plantarum naturales.
Dissertatio I. [Pengamatan tentang ordo tumbuhan dari alam. Disertasi I]. Ges Naturf
New York (AS): Springer-Verlag. p. 31-115.
Edisi Jil. IV — Buku Pegangan tentang Biologi
Chun J.
Perbandingan fisiologi, gen tipe poliketida dan produksi antibiotik dari tiga isolat baru
myxovirescin B.J Org Chem 55(11):3457-9.
isolat myxobacterial laut. Lingkungan Appl evaluasi keberhasilan isolasi di dua relung: Pulau Kiritimati
dan kompos Jerman.
Tamura K, Stecher G, Peterson D, Filipski A, Kumar S.
Bakteriologi Sistematis, Volume 2 2 Edisi. New York (AS):
Springer.
Biologi ekstraseluler Myxococcus xanthus. FEMS Microbiol Rev 34(2):89-106.
Mikrobiol 6:1339. doi: 10.3389%2Ffmicb.2015.
Balow A, Truper HG, Dworkin M, Lebih Keras W, Iizuka T, Jojima Y, Hayakwa A, Fujii T, Yamanaka S, Fudou R.
2013. Pseudenhygromyxa salsuginis gen. November, sp.
nov., myxobacterium yang diisolasi dari rawa muara. Mol Biol Evol 4(4):406-25.
pembentukan tubuh buah atau dua galur. J Metode Mikrobiol 54(1):21-7.
Morgan AD, MacLean RC, Hillesland KL, Velicer GJ. 2010.
Freunde Berlin Mag 3(1):3-42.
Singh BN. 1947. Myxobacteria dalam tanah dan kompos; distribusi mereka, jumlah dan tindakan litik pada bakteri. Mikrobiol Gen J 1(1): 1-10.
Bakteri: Ekofisiologi, Isolasi, Identifikasi, Aplikasi. New York (AS): Springer-Verlag.
2012. Memperkenalkan EzTaxon: Basis data sekuens gen 16S rRNA prokariotik dengan filotipe yang mewakili spesies yang tidak dikultur. Int J Syst Evol Microbiol
62(3):716–21. Enhygromyxa salina. Mar Narkoba 8(9):2466-79.
Xiao Y, Wei X, Ebright R, Wall D. 2011. Produksi antibiotik oleh myxobacteria berperan dalam
Mikrobiol 71(6):3331-6.
AL
dan
dan
