Terima kasih juga kepada Ibu Epi Supri Wardi, M.Si dan Ibu Apt Diza Sartika, M.Farm selaku pembimbing saya, serta Bapak BA Martinus, M.Si. Saya juga mengucapkan terima kasih kepada seluruh teman-teman Fakultas Farmasi tahun 2016.
PENDAHULUAN
- Latar Belakang
- Rumusan Masalah
- Tujuan Penelitian
- Manfaat Penelitian 1. Bagi peneliti
Bagaimana merancang primer degeneratif yang dapat digunakan untuk mendeteksi gen CHS (chalcone synthase) pada tanaman gambir (Uncaria gambir (Hunter) Roxb.) tipe riau gadang. Untuk mendapatkan primer degeneratif yang dapat digunakan untuk mendeteksi gen CHS (Chalcone synthase) pada gambir (Uncaria gambir (Hunter) Roxb.) tipe riau gadang.
TINJAUAN PUSTAKA
Morfologi tanaman gambir
Terdapat empat jenis gambir di Sumatera Barat, keempat jenis gambir tersebut adalah jenis udang, jenis riau gadang, jenis riau mancik dan jenis cubadak (Hamda, 2009). Karakter warna daun merupakan salah satu ciri yang dapat dilihat secara morfologi untuk membedakan tumbuhan satu dengan tumbuhan lainnya dengan mengelompokkannya ke dalam empat jenis yang ada selama ini (Gambar 2).
Kandungan gambir
Manfaat tanaman gambir
Desain Primer
Desain primer yang benar merupakan salah satu faktor terpenting dalam keberhasilan sekuensing DNA (Maitriani et al., 2014). Komplementasi mandiri dapat menghasilkan struktur jepit rambut yang stabil dengan hanya 4 pasangan basa GC di ujung atau di tengah primer. Primer harus mengandung kurang dari 4 basa komplementer, terutama pada ujung 3'. Pasangan komplementer, terutama pada ujung 3' primer dapat menimbulkan struktur dimer.
DNA dan RNA
- Isolasi DNA dan RNA
Pada dasarnya ada dua kelompok utama RNA penyusun makhluk hidup, yaitu RNA genetik dan RNA non-genetik. Proses isolasi DNA dan RNA secara umum terdiri dari tiga tahapan yaitu lisis sel dan pelarutan membran, isolasi dan pemurnian, serta konsentrasi (Eskundari, 2010). Ketersediaan RNA berkualitas tinggi merupakan persyaratan penting dalam banyak analisis transkriptomik, seperti studi ekspresi gen komparatif [DGE (Differential Gene Expression)] atau pengurutan RNA (Wanqian et al., 2005).
Isolasi RNA merupakan proses penting dengan langkah yang agak panjang dan rumit serta menggunakan bahan kimia khusus seperti fenol dan kloroform (Xiao et al., 2012). Menurut Suehiro dkk. (2005) langkah proses isolasi RNA yang lama juga menyebabkan kemungkinan tingkat kontaminasi yang tinggi, sehingga hasil total RNA yang diperoleh tidak sesuai. Hal ini mendorong banyak peneliti untuk mengembangkan protokol baru untuk mengisolasi RNA dari beberapa jaringan tanaman yang sulit, seperti jaringan yang mengandung polisakarida dan polifenol tingkat tinggi (Gasic et al., 2004).
Reverse Transcriptase- Polymerase Chain Reaction (RT-PCR)
- Komponen PCR
- Tahapan PCR
Proses PCR memerlukan beberapa komponen utama yaitu DNA cetakan, oligonukleotida primer, deoksiribonukleotida trifosfat (dNTP), enzim DNA polimerase, dan komponen pendukung lainnya berupa senyawa buffer (K.Yusuf, 2007). Oligonukleotida primer, yaitu rangkaian oligonukleotida pendek (18-28 basa nukleotida) yang digunakan untuk memulai sintesis untai DNA. Prosedur PCR memerlukan dua jenis oligonukleotida (primer), yang masing-masing berhibridisasi ke salah satu untai DNA yang diamplifikasi di sisi lain, dan empat deoksinukleosida trifosfat (dNTP) dalam jumlah yang cukup serta DNA polimerase tahan panas khusus (Koolman). & Rohm). , 2005).
Ada tiga tahapan penting dalam proses PCR yang selalu berulang dalam 30-40 siklus dan berlangsung cepat. Denaturasi yang tidak sempurna mengakibatkan renaturasi DNA (membentuk kembali DNA untai ganda) dengan cepat dan hal ini mengakibatkan kesalahan pada proses PCR. Biasanya pada akhir siklus PCR, waktu yang digunakan untuk langkah ini diperpanjang menjadi 5 menit, sehingga diharapkan seluruh produk PCR akan membentuk DNA untai ganda (K.Yusuf, 2007).
Elektroporesis
Sedangkan teknik elektroforesis permukaan adalah penggunaan bahan padat yang berperan sebagai media pendukung yang mengandung larutan buffer (yang diberikan). Media pendukung yang biasa digunakan adalah gel agarosa, gel pati, gel poliakrilamida dan kertas selulosa poliasetat. Penerapan Metode Elektroforesis Telah disebutkan di atas bahwa sampel protein tertentu dari satu spesies hewan yang berbeda secara elektroforesis akan menunjukkan pola protein yang berbeda pada hewan lain.
Perbedaan pola protein inilah yang sering digunakan karena terkadang tidak mungkin membedakan populasi secara akurat hanya dengan pengamatan melalui morfologi. Fenomena ini pula yang membuat metode elektroforesis banyak digunakan untuk pengamatan taksonomi, sistematis dan genetik serta untuk mengidentifikasi spesies hewan dan tumbuhan (biosistematis). Ini juga dapat digunakan untuk melihat rekonstruksi filogenetik suatu jenis hewan atau tumbuhan.
METODOLOGI PENELITIAN
Tempat dan Waktu
Bahan dan Alat .1 Alat
- Bahan
Metode Penelitian
- Identifikasi sampel
- Desain Primer Degeneratif
- Isolasi DNA Daun Gambir
- Isolasi RNA Daun Gambir
- Elektroforesis
- Sintesis cDNA
- PCR Dan Elektroforesis
Filter kolom dibuang, kemudian supernatan dipindahkan ke tabung 1,5 baru, ditambahkan etanol absolut sebanyak 1/2 x volume filtrat. Kolom RB dimasukkan ke dalam tabung baru berukuran 1,5 ml, kemudian filtrat dimasukkan ke dalam kolom RB dan disentrifugasi dingin (suhu 170C) 14.000 x g selama 1 menit. Supernatan dibuang dan kolom RB dimasukkan kembali ke dalam tabung 1,5 ml, ditambahkan buffer W1 400 µL, disentrifugasi dingin (suhu 170C) 14.000 X g selama 1 menit.
Supernatan dibuang, kolom RB dimasukkan ke dalam tabung 1,5 ml, ditambahkan buffer pencuci 400 µL, disentrifugasi dingin (suhu 170°C) 14.000 x g selama 1 menit. Supernatan dibuang, kolom RB dimasukkan ke dalam tabung 1,5 ml, ditambahkan buffer pencuci 400 µl, disentrifugasi dingin (suhu 170°C) 14.000 x g selama 1 menit. Pindahkan kolom RB ke tabung 1,5 mL baru, tambahkan 50 μL air bebas RNAse, inkubasi selama 4 menit pada suhu kamar, dan sentrifugasi dingin (170C) 14.000 x g selama 1 menit.
HASIL DAN PEMBAHASAN
Hasil
Pembahasan
Metabolit primer dan sekunder (fenol dan polisakarida) pada tumbuhan dapat mengganggu proses isolasi DNA dan RNA. Isolasi DNA dan RNA tumbuhan sulit dilakukan karena tingginya kandungan polisakarida, pigmen dan senyawa lain yang terdapat pada jaringan tumbuhan (Daohong et al., 2004). Isolasi DNA dan RNA dilakukan karena kecilnya konsentrasi yang diperoleh dari hasil isolasi DNA dan juga untuk melihat perbandingan hasil amplifikasi antara hasil isolasi DNA dan RNA, maka mereka mencoba menggunakan isolasi RNA.
Visualisasi kualitas DNA dan RNA dilakukan menggunakan elektroforesis gel agarosa 1% selama 30 menit pada tegangan 100 volt (gambar 8), dan RNA diamati dengan UV transilluminator. Visualisasi gel elektroforesis hasil ekstraksi DNA dan RNA (Gambar 8) terlihat pada hasil isolasi DNA terdapat pita yang sangat tipis, sedangkan pada hasil elektroforesis RNA terdapat dua pita dengan ketebalan (intensitas) fluoresensi. dari kedua band sama, seimbang dan kurang tajam. Nilai rasio kemurnian A280/A260 sampel DNA dan RNA (tabel 8), menunjukkan bahwa kedua sampel tersebut masih mengandung kontaminan protein.
KESIMPULAN DAN SARAN
Kesimpulan
Saran
Kajian Hubungan Karakter Morfologi, Anatomi dan Molekuler Terkait Potensi dan Kadar Katekin pada Tanaman Gambir (Uncaria gambir (Hunter) Roxb). Kajian Hubungan Karakter Morfologi, Anatomi, dan Molekuler Terkait Potensi dan Kadar Katekin pada Tanaman Gambir (Uncaria gambir (Hunter) Roxb). Rancangan primer untuk amplifikasi isolasi fragmen gen Inha 134 Multidrug-Resistant Tuberculosis (MDR-TB) menggunakan metode reaksi berantai polimerase.
Desain Primer Sitokrom B (Cyt B) Sebagai Salah Satu Komponenten PCR (Polymerase Chain Reaction) Untuk Deteksi DNA Babi. AF112108.1 AAGTCAATGA TAAGGAAACG TCACATGCAT CTGACGGAGG AGTTTTTGAA AGACAACGCC AJ427536.1 AAGTCGATGA TCCGGAAAAG GCACATGCAT TTGACTGAGG ACTTTCTCAA AGAGAACCCCC AY044331.1 AAGTCGACAA TTCGGAAACG TCACAT GCAT CTGACGGAGG AATTCCTCAA GGAAAACCCA DQ767948.1 AAGTCGACCA TAAGAAAACG CCACATGCAC TTGACCGAGG AGTTCTTGAA AGAGAACCCT EF090266.2 AAGTCGATGA TCGAGAAGCG TTACATGCAC TTGACCGAGG AGATCCTCAA GGAGAACCAG FJ60 1685.1 AAGTCGATGA TCGAGAAGCG TTACATGCAC TTGACCGAGG AGATCCTTAA GGAGAACCAA GQ983006.1 AAGTCGATGA TACGGAAAAG GCACATGCAC CTGACTGAAG AGTTTCTAAA AGAGAACCCC GQ983007.1 AAGTCGATGA TACGGAAGCG ACACATGCAT CTCACGGAGG AGTTCCTAAA AGAGAACCCA GQ 983009.1 AAGTCGATGA TAAGGAAACG CCACATGCAT CTGACCGAAG AGTTCCTAAA GGAAAACCCG GQ983009.1 3011.1 AAGTCGATGA TTCGGAAACG GCACATGCAT CTGACGGAGG ACTTCCTCAA GGAAAACCCG GQ983014.1 AAGTCGATGA TACGGAAACG ACAC ATGCAT CTGACGGAGG AGTTCCTAAA AGAGAACCCG GQ983019. ... AGTTTCTGAA AGAGAACCCG GQ983039.1 AAGTCGATGA TACGGAAAAG GCACATGCAC CTGACTGAAG AGTTTCTAAA AGAGAACCCG GQ983040.1 AAGTCGACGA TAAGGAAACG TCACATGCAC TTGACTGAAG AGTTTCTTAA AGAGAACCCC GQ983045.1 AAGTCGATGA TAAGGAAACG GCACATGCAC CTGACAGAGG AGTTCCTTAA GGAGAACCCG GU169470.1 AAATCACAGA TTGAGAAGCG TTACATGTAC CTAACCGAGG ACATCCTCAA GGAACACCG HM149787.1 AAGTCGATGA TCGAGAAACG TTTCATGCAT TTGACGGAAG AAATCCTCAA GGAGAATCAG XM_0022639 AAGTCTATGA TCAAGAAACG TTACATGCAC TTGACAGAGG AGATCCTGAA AGAGAACCCC F1 --- ---RGAAACG NCACATGCAB BTGACNGARG AG-- -. AF112108.1 AGGACATCGT GGTGGTCGAA GTCCCTAAGC TAGGCAAAGA AGCGGCAGTG AAGGCCATCA AJ427536.1 AGGACATCGT GGTGGTGGAG GTCCCTAAGC TTGGGAAAGA GGCGGCTGTG AGGGCCATCA AY044331.1 AGGACATCGT GGTGGTCGAA GTCCCTAAGC TAGGCAAAGA AGCGGCAGTG AAGGCCATCA DQ767948.1 AAGACCTCGT GGTGGTTGAA GT CCCTAAGC TAGGCAAAGA TGCAGCAGTG AAGGCCATCA EF090266.2 AAGACATGGT GGTGAGTGAG GTGCCAAGGC TTGGCAAAGA GGCGGCTCAA AAGGCCATCA FJ601685.1 AAGATATGGT GGTGAGTGAG GTGCCAAGGC TTGGCAAAGA GGCGGCTCAA AAGGCCATCA GQ983006.1 AAGACATCGT GGTGGTGGAG GTCCCTAAGC TAGGGAAAGA GGCGGCGGTG AGGGCCATCA GQ983007.1 AGGACATCGT GGTGGTTGAA GTCCCTAAGC TAGGCA AAGA AGCGGCAGTG AAGGCCATCA GQ983009.1 AAGACATCGT GGTGGTTGAA GTCCCTAAGC TAGGCAAAGA GGCTGCGGTG AAGGCCATCA GQ983011.1 AGGACATCGT GGTGGTTGAA GTCCCTAAGC TAGGCAAAGA GGCGGCAGTG AAGGCCATCA GQ9830 14.1 AGGACATCGT GGTGGTTGAA GTCCCTAAGC TAGGCAAAGA AGCGGCAGTG AAGGCCATCA GQ983019. .1 AAGACATTGT GGTGGTTGAA GTCCCAAAGC TAGGCAAAGA AGCGGCAGTG AAGGCCATCA GQ983021.1 AAGACATTGT GGTGGTTGAA GTCCCTAAGC TAGGCAAAGA AGCTGCAGTG AAGGCCATCA GQ983024.1 AGGACATCGT G GTTGTTGAA GTCCCTAAGC TAGGGAAAGA GGCGGCAGTG AAGGCCATCA GQ983038.1 AAGACATCGT GGTGGTGGAG GTCCCTAAGC TTGGA AAAGA GGCGGCGGTG AGGGCCATCA GQ983039.1 AAGACATCGT GGTGGTGGAG GTCCCTGAGC TAGGGAAAGA G GCGGCGGTG AGGGCCATCA GQ983040.1 AAGACCTCGT GGTGGTTGAG GTCCCTAAGC TTGGGAAAGA GGCGGCCGTG AGGGCCATCA GQ983045.1 AAGACATTGT AGTGGTGGAG GTCCCTAAGC TCGGGAAAGA GGCGGCAATG AGGGCCATCA GU169470.1 AGGACATGGT CGTCACCGAG GTTCCCA AGC TCGGCAAAGA GGCTGCCCAG AAGGCCATCA HM149787.1 AGGACATGGT CGTCACCGAG GTTCCCAAGC TCGGCAAAGA GGCTGCCCAG AAGGCCATCA XM_00226 39 AGGACATGGT GGTGGTGGAG GTACCAAAGC TAGGCAAAGA GGCAGCCGCA AAGGCCATCA F2 --GACATNGT GGTGGTNGAR GTCCCHAAGC.
AF112108.1 TCCAAGATCA CTCATGTCGT CTTCTGCACT ACCTCTGGTG TTGACATGCC TGGTGCTGAC AJ427536.1 TCCAAGATCA CCCATCTTGT CTTCTGCACC ACCTCCGGTG TCGACATGCC TGGCGCCGAC AY04CTTCTGCGCT CCCC AY04CTTCTGCGCT. TCGACATGCC TGGTGCTGAC DQ767948.1 TCCAAGATTA CACACGTTGT CTTCTGCACT ACCTCAGGAG TCGACATGCC TGGTGCTGAC EF090266.2 TCCAAGATCA CCCACGTCAT CATGTGCACC ACCTCTGGTG TTGACATGACCCC JGGCATCAG1 CATGTGCACC ACCTCCGGTG TCGATATGCC CGGTGCAGAC GQ983006.1 TCCAAGATCA CCCATCTTGT CTTTTGCACC ACCTCCGGTG TCGACATGCC TGGAGCTGAC GQ983007.1 TCCAAGATCA CTCATGTCGT CTTCTGCTCGT CTTCTGCCTG9 GCCGACCTG9 GCCTGCCTG9 GCCGACCTG1000000001 TCCAAGATCG CTCACGTCGT CTTCTGCACT ACCTCCGGTG TCGACATGCC TGGTGCTGAC GQ983011.1 TCCAAGATCA CTCACGTCGT TTTCTGCACT ACTTCCGGCG TCGACATGCC TGGTGCTGAC GQ983014.1 TCCAAGTGTCGA CCCCTGTCGATCGA CCCAAGTGTC C GQ983019 .1 tccaagatca ctcatgtcgt cttctgcact acctctggtg ttgacatgcc tggtgccgac gq983021.1 tctaagatca ctcatctcgt cttctgcact acctctggtg ttgacatgcc tggtgctgac gq983024,1 Gt cttctgcact acatccggAg ttgacatgcc tggtgctgac gq983038.1 tccaagatca cccatcttgt cttttgcacc acctcggtg tcgacatgcctgctgcgcgcgcgcgcgcgcgcgcgcgcgcgcgcgccgcgcgccgccgccgccgcgccgccgccgccgccgccgccgccgcccgccgcccgcccgcccccgcccccccccccccct TG TCGACATGCC TGGAGCTGAC GQ983040.1 TCCAAGATCA CCCATCTTGT CTTCTGCACC ACCTCCGGTG TCGACATGCC CGGAGCCGAC GQ983045.1 TCCATAATTA CCCACGTTGT CTTCTGCACA ACCTCCGGAG TCGACATGCC TGGCGCCGAC GU169470.1 TCCAAGATCA CCCACGTCAT CGTCTGCACC ACCTCCGGCACG CGACCTGCATCAG9 CCCACGTCAT CGTCTGCACC ACCTCCGGCG TCGACATGCC CGGAGCGGAC XM_0022639 TCCAAGATCA CTCACCTAGT CTTCTGCACC ACCAGCGGTG TTGACATGCC CGGTGCTGAC F3 --- ---TNGT CTTCTGCACN ACCTCCGGNG. AF112108.1 AGGAGTGGGG TCAGCCCAAG TCCAAGATCA CTCATGTCGT CTTCTGCACT ACCTCTGGTG AJ427536.1 AGGAGTGGGG TCAGCCCAAG TCCAAGATCA CCCATCTTGT CTTCTGCACC ACCTCCGACCGGTG AY0443CAAGGG AY0443CAAGGG AY0443CAGGCT AGCCTCAGTCAGGTCAGT. TCTGCACT ACCTCCGGCG DQ767948.1 AGGAGTGGGG TCAGCCCAAG TCCAAGATTA CACACGTTGT CTTCTGCACT ACCTCAGGAG EF090266.2 AGGAGTGGGG CCAGCCTAAG TCCAAGATCA CCCACGTCAT CATGCCTGCACC ACCTCTGAGTG8G5. TCCAAGATCA CCCACGTCAT CATGTGCACC ACCTCCGGTG GQ983006.1 AGGAGTGGGG TCAGCCCAAG TCCAAGATCA CCCATCTTGT CTTTTGCACC ACCTCCGGTG GQ983007.1 AGGAGTGGGG TCAACCCAAG TCCAAGATCA TCCAAGATCA CTCATG0CGT9 AGCTCCTGCGT1 GGGG TCAGCCTAAG TCCAAGATCG CTCACGTCGT CTTCTGCACT ACCTCCGGTG GQ983011.1 AGGAGTGGGG CCAGCCCAAG TCCAAGATCA CTCACGTCGT TTTCTGCACT ACTTCCGGCG GQ983014.1 AGGAGTGGGGCA TCAAGTCCACT 8 ACTCAGTCGACT 8 019 .1 AGGAGTGGGG TCAGCCCAAG TCCAAGATCA CTCATGTCGT CTTCTGCACT ACCTCTGGTG GQ983021.1 AGGAGTGGGG TCAGCCCAAG TCTAAGATCA CTCATCTCGT CTTCTGCACT ACCTCTGGTG GQ983024.1 AGGAGTCAGGCA GGAG GQ983038.1 AGGAGTGGGG TCAACCCAAG TCCAAGATCA CCCATCTTGT CTTTTGCACC ACCTCCGGTG GQ983039.1 AGGAGTGGGG TCAACCCAAG TCTAAGATCA CTCATGTTGT CTTCTGCACC ACCTCCGGTG GQ18303039.1 AGGAGTGGGG TCAACCCAAG TCTAAGATCA CTCATGTTGT CTTCTGCACC ACCTCCGGTG GQ183030380GCAGTCAGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGAGCAGAGTCAAGTGGA CCCATCTTGT CTTCTGCACC ACCTCCGGTG GQ983045.1 AGGAGTGGGG TCAGCCCAAG TCCATAATTA CCCACGTTGT CTTCTGCACA ACCTCCGGAG GU169470.1 AGGAGTGGGG CCAGCCCAAG TCCAAGATCA CCCACGTCACCAT CCTCTCGGGGCAT CCTCTCGGGGGCC1CCGTCGGGGGGGCC1 CCCAAG TCCAAGATCA CCCACGTCAT CGTCTGCACC ACCTCCGGCG XM_0022639 AGGAGTGGGG TCAGCCCAAA TCCAAGATCA CTCACCTAGT CTTCTGCACC ACCAGCGGTG R1 --- ---CCAN TCCAASCCYT CWCCDGTSGT.
