DAFTAR PERTANYAAN DAN JAWABAN PRAKTIKUM BIOKIMIA: ISOLASI DNA
Makalah Ini Disusun Guna Memenuhi Tugas Mata Kuliah Praktikum Biokimia
Disusun oleh:
Adi Muhammad Falah Sutopo K3317002
Alfiana Lutfianingsih K3317006
Anita Dwi Purwanti K3317008
Annisa Safira Fuady Boru M.
Arika Anisa Solihah Cindy Enrica Novitasari Pundung Setia Lesana
K3317010 K3317012 K3317018 K3317058
Dosen Pengampu:
Dr. Sri Retno Dwi Ariani, M.Si.
PENDIDIKAN KIMIA
FAKULTAS KEGURUAN DAN ILMU PENDIDIKAN UNIVERSITAS SEBELAS MARET
SURAKARTA 2020
JAWABAN PERTANYAAN DARI KELOMPOK 1 A. Dari Kelompok 2
1. Diah Ayu Saputri (K3317022)
Fungsi NaCl dalam isolasi DNA strawberry adalah mengendapkan DNA, apakah ada senyawa lain yang bisa mengendapkan DNA selain NaCl, jika ada apa senyawa itu?
Apakah jika kita berganti target/bukan buah strawberry senyawa untuk mengendapkan DNA nya akan berubah? Mengapa?
Jawab:
Adi Muhammad Falah Sutopo (K3317002)
Garam (NaCl) memegang peranan penting yaitu untuk menghilangkan protein dan karbohidrat karena garam dapat mnyebabkan keduanya terpresipitasi, dan bersama-sama dengan detergen, keduanya berfungsi sepertihalnya lysing buffer.
Garam juga digunakan untuk melarutkan DNA, karena ion Na+ yang dikandung oleh garam mampu memblokir (membentuk ikatan) dengan kutub negatif fosfat DNA, yaitu kutub yang bisa menyebabkan molekul-molekul saling tolak mnolak satu sama lain sehinggga pada saat ion Na+ membentuk ikatan denagn kutub negatif fosfat DNA, DNA akan terkumpul. Jadi nampak bahwa selain digunakan untuk menghilangkan protein dan karbohidrat dan menjaga kesetabilan pH lysing buffer, garam juga membantu proses pemekatan DNA.
Berdasarkan pernyataan di atas, senyawa utama yang dapat digunakan sebagai pengendap DNA adalah senyawa garam, maka dapat digunakan garam yang lain selain NaCl.
Tidak perlu berubah, karena NaCl adalah bahan penting yang hasilnya dapat mencakup buah-buahan yang ada. Yang menjadi poin penting adalah, digunakan senyawa garam agar DNA dapat mengendap sehingga mudah untuk dianalisis.
2. Evi Mia Safitri (K3317026)
Pada tahapan dokumentasi digunakan EtBr sebagai penampak warna (orange), selain menggunakan EtBr, larutan apa yang bisa digunakan?
Jawab:
Annisa Safira Fuady Boru M. (K3317010)
EtBr bersifat berbahaya. Bahaya yang ditimbulkan oleh etidium bromida, dapat dihindari dengan menggunakan menggunakan larutan SYBR safe sebagai penggantinya. Menurut Sambrook dan Russel (2001) pewarna SYBR safe membuat DNA berpendar di bawah sinar UV. Pita DNA yang berpendar pada gel agarosa menunjukkan hasil positif bahwa terdapat DNA pada setiap lajur.
B. Dari Kelompok 3
1. Ilham Maulana Sulaeman (K3317038)
Jelaskan kelebihan menggunakan gel agarose? Apakah penggunaan gel agarose bisa digantikan dengan gel lainnya?
Jawab:
Pundung Setia Lesana (K3317058)
Kelebihan elektroforesis gel agarosa diantaranya teknik yang digunakan sederhana, preparasi gel lebih cepat dilakukan karena pembuatan gel agarosa lebih mudah dan bersifat non toksik, laju pemisahan lebih cepat sehingga fragmen DNA pun lebih cepat terbentuk, dan dapat memisahkan campuran potongan DNA sesuai dengan ukurannya. Elektroforesis gel agarosa ini dapat dilakukan pada suhu kamar. Akan tetapi kekurangan dari gel agarosa ini yaitu lebih mudah rusak oleh tangan sehingga membutuhkan kehati-hatian, dan bands yang dihasilkan dapat berkabut dan menyebar agak jauh.
2. Nanda Putri Pertiwi (K3317052)
Mengapa pada percobaan isolasi menggunakan larutan buffer TAE? Apakah bisa diganti debgan yang lain? Apa syarat larutan buffer yang dapat digunakan untuk proses analisis DNA?
Jawab:
Alfiana Lutfianingsih (K3317006)
Buffer TAE adalah larutan buffer yang mengandung campuran basa Tris, asam asetat dan EDTA. Nah biasanya dalam biologi molekuler untuk pemisahan asam nukleat (seperti DNA dan RNA) itu menggunakan buffer TAE dalam elektroforesis agarosa'nya.
Ada buffer lain yang dapat digunakan, antara lain PBS (Phospate Buffered Saline) dalam isolasi DNA metode Siwicki et al., dan bisa juga lysis buffer dalam isolasi DNA metode lysis Buffer. Konsentrasi dan pH dari bufer yang digunakan harus berada dalam rentang pH 5 sampai 12. Dan untuk mengoptimalkan fungsi larutan buffer, dibutuhkan konsentrasi, pH, kekuatan ion, dan penambahan inhibitor DNAase dan detergen.
C. Dari Kelompok 4
1. Anonim (K33170XX)
Kita tahu bahwa teknik elektroforesis daerah membutuhkan media oenunjang yang berisi (diberi) larutan penyangga. Lalu ada media penunjang agarose, gel pati, gel poliakrilamid dsn kertas sellulose poliasetat. Bagaimana cara kita memilih media penunjang yang baik agar dimendapatkan hasil maksimal dan diantara media penunjang ini mana yang lebih efektif dan mengapa?
Jawab:
Annisa Safira Fuady Boru M. (K3317010)
Elektroforesis gel menggunakan gel Agarose yang berfungsi sebagai matriks penyaring molekul. Pemilihan gel bergantung pada ukuran molekul yang akan dielektroforesis. Gel Agarose ditujukan untuk memisahkan molekul lebih dari 100 bp dan gel Poliakrilamida untuk molekul-molekul 1-300 bp, bahkan mampu untuk membedakan molekul-molekul dengan selisih panjang 1 nukeotida. Gel Agarose berasal dari polisakarida alga jenis Rhodophyla yang dimurnikan.
Efektif atau tidaknya tergantung sesuai atau tidak ukuran molekul yg akan dielektroforesis dgn medianya
2. Anonim (K33170XX)
Mengapa bahan yg digunakan stoberi? Apa karena DNA mudah untuk diisolasi?
Apakah ada bahan lain yg lbih mudah, bahan apakah itu?
Jawab:
Pundung Setia Lesana (K3317058)
Pada percobaan ini strawberry digunakan bahan untuk mengekstraksi DNA. Hal ini dikarenakan strawberry adalah octoploid (8n) yang berarti bahwa strawberry memiliki 8 copy dari materi genetiknya (jumlah DNAnya sangat banyak), sehingga walaupun pada percobaan ini tingkat keakurannya sangat rendah, DNA masih dapat di ekstraksi dan hasil ekstraksi DNA strawberry sangat mudah untuk diamati.