Pada teknik dasar biomolekuler, penulis akan menjelaskan beberapa teknik yang dapat digunakan untuk mengisolasi genom dari cairan tubuh. Isolasi genom dari air liur merupakan teknik yang sederhana, tidak berbahaya dan mudah dilakukan. Misalnya saja isolasi DNA genom dari jaringan hati dilakukan dengan cara menggiling jaringan tersebut menggunakan teknik penggilingan pelet.
PCR Kuantitatif, metode ini digunakan untuk menghitung jumlah atau jumlah produk tertentu yang dihasilkan dari PCR, biasa disebut dengan Real-Time PCR (“RT-PCR”).
ISOLASI PROTEIN
Tuangkan campuran air dan isopropanol sekitar separuh permukaan pelat kaca, lihat apakah ada kebocoran atau tidak. Untuk mengetahui apakah sudah memadat, ambil sebagian gel pemisahnya, masukkan ke dalam tabung berukuran 1,5 mL dan diamkan hingga memadat. Tuang gel pengumpul hingga melewati tepi piring kaca, letakkan pelat sisir untuk membuat sampel yang baik.
Letakkan gel dan plate pada kotak elektroforesis, kencangkan agar buffer SDS tidak tumpah saat dituang, tuang buffer SDS (flow buffer) ke dalam bak buffer atas dan bawah. Tambahkan ke dalam sumur (kurang lebih 10 µL) e. https://www.sigmaaldrich.com/technical-documents/articles/biology/sds-page.html). Keluarkan gel dari piring (harap hati-hati), letakkan dan rendam gel dalam larutan Coomassie blue.
Cuci selama 1 – 2 jam, setiap 30 menit, ganti larutan pencuci yang berubah warna. https://ww2.chemistry.gatech.edu/~lw26/course_Information/4581/. teknik/gel_elect/page_protein.html).
ISOLASI DNA GENOM
TUMBUHAN DAN HEWAN)
Bahan yang digunakan antara lain deterjen anionik yaitu SDS (Sodium Deodecyl Sulfate) yang dapat mengganggu membran sel (Sharpe, 2005). Asam nukleat bersifat hidrofilik sehingga mudah larut dalam air, sedangkan protein banyak mengandung residu hidrofobik pada bagian tengah molekulnya sehingga mudah larut dalam pelarut organik (Surzycki, 2003). Namun, asam nukleat (DNA) tidak berdisosiasi dalam air karena gaya intramolekul yang menyatukan nukleotida lebih kuat daripada gaya antarmolekul antara asam nukleat dan air.
Kondisi tersebut mendorong kreativitas para ilmuwan untuk merancang teknik pemurnian DNA dengan menggunakan alat dan bahan yang murah dan sederhana. Bahkan isolasi DNA genom dapat dilakukan dengan alat dan bahan yang umum tersedia di dapur rumah kita. Beberapa bahan yang diperlukan untuk pemurnian DNA sederhana terdiri dari bahan sumber DNA, air, deterjen cair, jus nanas, isopropanol 95% dingin.
Berikut langkah-langkah dan bahan-bahan yang dapat digunakan untuk mengisolasi DNA dari sel buah atau hewan. Bahan yang digunakan untuk sampel sumber DNA adalah buah dan sayur lunak, hati ayam, deterjen cair, jus nanas, isopropanol absolut dingin. Mortal dan alu (dapat digunakan dengan peralatan batu rumah tangga) (gambar b) 3). Bahan-bahan yang dibutuhkan adalah: 1).
ISOLASI DNA BUAH
Saring hasil tumbukan dengan menggunakan kain lemari dan masukkan 10 ml hasil saringan ke dalam tabung reaksi kaca. Tambahkan etanol/alkohol dingin secara perlahan ke dalam tabung reaksi melalui tepi tabung reaksi hingga mencapai 1/3 volume tabung reaksi. Untuk memperoleh DNA murni dari suatu sel pada jaringan makhluk hidup dapat digunakan teknik isolasi DNA.
Oleh karena itu, DNA genom dapat diisolasi dari bahan biologis apa pun yang mengandung sel berinti, seperti darah, air mani, akar rambut, tulang, air liur, dan lainnya. Bahan yang paling umum digunakan untuk isolasi DNA adalah darah dan rambut serta akarnya, karena kedua bahan ini relatif mudah didapat. Folikel rambut merupakan objek terbaik untuk tes DNA ketika ditemukan dalam keadaan segar, yaitu ketika rambut dicabut dari kulit kepala.
Ekstraksi sampel umbi akar rambut menggunakan tang steril dan praktisi diwajibkan menggunakan sarung tangan agar DNA yang akan disintesis merupakan DNA murni dari benda tersebut. Untuk memperoleh sampel rambut dan akarnya, rambut diambil dengan posisi tegak lurus dan tidak menimbulkan invasi pada objek yang akan diambil DNAnya.
ISOLASI DNA GENOM DARI BULBUS AKAR
Zat ini disebut cetak biru kehidupan karena mempunyai peranan yang sangat penting, yaitu sebagai pembawa informasi turun-temurun yang menentukan struktur protein dan proses metabolisme lainnya. Ada tiga prinsip utama yang terlibat dalam isolasi DNA, yaitu penghancuran (lisis), ekstraksi atau pemisahan DNA dari bahan padat seperti selulosa dan protein, dan pemurnian DNA. Beberapa hal yang perlu diperhatikan dalam proses isolasi DNA antara lain menghasilkan DNA yang bebas kontaminan seperti protein dan RNA;
Alat yang digunakan untuk mengisolasi DNA genom dari umbi akar berbulu/pegas adalah mikrotube, mikropipet dan ujungnya, mikrosentrifugasi, vorteks, penangas air, spektrofotometer dan kuvet. Bahan-bahan yang dibutuhkan untuk melakukan isolasi DNA rambut adalah umbi/bulu akar rambut, larutan buffer 10x, aquabidestylata. Langkah yang dilakukan adalah dengan memasukkan minimal 6 helai umbi/bulu akar rambut dari asal yang sama dan dipotong sekitar 0,5-1cm dari bawah termasuk akarnya kemudian dimasukkan ke dalam tabung mikro 1,5mL yang berisi 50uL 10x yang berisi buffer. larutan. untuk isolasi DNA.
Konsentrasi DNA dalam larutan dihitung menggunakan spektrofotometer, dengan mengingat bahwa 50 µg/ml DNA untai ganda memiliki kerapatan optik 1,0 pada 260 nm. Misalnya 100-700 µg DNA dapat diperoleh dari 10 ml darah.Konsentrasi DNA dapat ditentukan dengan mengukur nilai serapan cahaya (A) menggunakan spektrofotometer pada panjang gelombang 260 nm. Untuk menentukan kemurnian DNA, nilai serapan cahaya protein harus diukur pada panjang gelombang 280 nm.
DETEKSI DNA
Karena setiap nukleotida dalam molekul DNA mempunyai muatan negatif, panjang molekul DNA dapat ditentukan secara akurat menggunakan teknik elektroforesis yang memisahkan molekul berdasarkan berat molekul. Panjang molekul DNA yang diteliti dapat ditentukan dengan membandingkannya dengan standar berat molekul DNA tertentu. Analisis pemisahan molekul DNA yang berukuran kurang dari 500 nukleotida umumnya dilakukan dengan menggunakan gel poliakrilamida karena pori-pori gel poliakrilamida lebih kecil dibandingkan dengan molekul DNA yang melewatinya.
Sedangkan gel agarosa memiliki pori-pori yang lebih besar sehingga dapat digunakan untuk analisis molekul DNA yang lebih besar. Gel poliakrilamida dibuat dengan mereaksikan monomer akrilamida menjadi rantai panjang dan mengikat silang senyawa bifungsional NN methylenebisacrylamide, yang bereaksi dengan gugus fungsi bebas di ujung rantai. Molekul DNA pada gel agarosa atau gel poliakrilamida tidak terlihat sampai DNA diberi label dengan pewarna.
Seratus mililiter larutan buffer TAE 1X (50 mM Tris-HCl, 20 mM Na asetat, 2 mM EDTA pH 7,2) yang mengandung 1 gram bubuk gel agarosa dipanaskan hingga larut. Tambahkan 5 µL sampel DNA ke dalam sumur yang sudah tercampur dengan 1x larutan pewarna/loading buffer (sukrosa 2%, 0,01% bromofenol biru dalam 10mL 1x buffer TAE pH 7,2). Setelah selesai, rendam gel agarosa dalam larutan etidium bromida 0,5 µg/ml selama 15 menit dan rendam dua kali dalam air suling hingga bersih.
GEN ALAD
Salah satu gen polimorfik yang diduga mampu mengubah distribusi farmakokinetik penyandi Pb adalah gen dengan alel yang mengkode produksi enzim asam amino levulinic dehydratase (ALAD). Sintesis heme terjadi dari molekul suksinil-KoA, produk siklus asam sitrat di mitokondria, dan asam amino glisin. Produk reaksi kombinasi antara suksinil-KoA dan glisin adalah asam α-amino-β-ketoadipat, yang kemudian dideboksilasi oleh enzim ALA sintase membentuk α-aminolevulinat (ALA) (Murray, 2009).
Penyebab terjadinya polimorfisme pada protein enzim ALAD disebabkan adanya transversi dari G- ke -C pada nukleotida pada daerah kodon 59 sehingga menyebabkan tergantinya asam amino lisin oleh asparagin (Wetmur, 1991). Minor Research Project, dalam bab ini adalah Analisis Gen ALAD, penelitian dilakukan pada bulan November-Desember 2014 di Laboratorium Biokimia dan Biologi Molekuler - FMIPA Universitas Negeri Jakarta (UNJ), Jakarta Indonesia, oleh Dr. Ekstraksi DNA dari darah utuh 1. 1) Darah utuh (sekitar 2mL) disentrifugasi dengan kecepatan 5000 rpm selama 5 menit pada suhu kamar.
The main purpose of the phenol is to inactivate DNase and RNase remaining in the sample. Add 400 µl Chloroform and mix well (invert) for 5 minutes and centrifuge at 15000 rpm for 5 minutes. Molecular Characterization of the Human 8-Aminovulinate Dehydratase 2 (ALAD2) Allele: Implications for Molecular Screening of Individuals for Genetic Susceptibility to Lead Poisoning cagcttggtttctaacagaggcacacagtgtggtggggtccggaggaccg ttcaccacccgt GGTGTGA A CGGCTGGAAGAGATGCTGAGGCCCTTGGTGGAAGAGGGCCG TACGCTGTGTCTTGATCTTTGCGTCCCCAGCAGAGTTCCCAA ALAD Gen.
If you have only normal allele, you can see the only normal band (tube1), like a Sample 1. If you have ALAD mutant allele in heterozygotes, you can see the bands in both normal (tube 1) and mutant (tube 2) see. lanes.
DAFTAR PUSTAKA
Nucleic acid (DNA, RNA) quantification and RNA/DNA ratio D e t e r m i n a c i n i M a r i n e S e d i m e n s : Comparison of spectrophotometric, fluorometric and high-performance liquid chromatography methods and evaluation of detrital DNA. The severe phenotype of the new -thalassemia mutant complexed with P4.2Nippon may have evolved based on the oxidative state of -thalassemia. Pada tahun 2005, utsandang pendidikan S3 di behang yang same of Biomedik FKUI and Universitas Liverpool Inggris for Program Sandwich like DIKTI tahun 2009.
Karya ilmiahnya yang merupakan hasil penelitian di bidang biokimia dan biologi molekuler telah dipublikasikan di beberapa jurnal ilmiah nasional dan internasional. Pada tahun 2011-2012, beliau mengikuti program Research Postdoc bidang proteomik di JLU Gessen University, Jerman dengan bantuan beasiswa PAR C dari pemerintah Indonesia dan beasiswa DAAD dari pemerintah Jerman.
TENTANG PENULIS
Selain menjabat sebagai staf pengajar di Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam UNJ Jakarta, beliau juga menjabat sebagai Koordinator Pusat Sains dan Teknologi dan Olah Raga Lembaga Penelitian dan Pengabdian kepada Masyarakat (LPPM) UNJ. Keberuntungan kembali menyertainya, karena setelah lulus dari MAN 1, ia diterima di Jurusan Pendidikan Hayati Tarbiyah dan Fakultas Keguruan UIN Jakarta melalui jalur PMDK. Selama masa studi S1, beliau bekerja sebagai asisten laboratorium di hampir semua mata pelajaran biologi, dan juga mengikuti kegiatan UKM di Kropsukarelawan dan Tarbiyah Art Corner (Postar).
Setelah memperoleh gelar Sarjana Pendidikan Biologi, Solihin menghabiskan sebagian besar aktivitasnya mengajar di Madrasah Aliyah Pondok Modern Assalam. Selama proses mengajar di sekolah tersebut, beliau mendapatkan beberapa sertifikat lomba mulai dari Juara 2 Lomba Media Pembelajaran Tingkat Kabupaten, Juara 2 LKS Tingkat Kabupaten dan Juara 2 Kurtilas Pembelajaran Video Kreatif Tingkat Kabupaten, serta aktif pula dalam membimbing dan bertanggung jawab atas Kegiatan KIR di sekolah tersebut, sehingga berhasil meraih penghargaan guru teladan. Saat ini Solihin sedang menempuh pendidikan S2 Biologi di Universitas Negeri Jakarta, dan sedang menempuh studi menjadi asisten dosen bidang kajian biomolekuler dan di LPPM UNJ.
