LAPORAN PRAKTIKUM GENETIKA MODUL XI
PENGENALAN ALAT-ALAT ELEKTROFORESIS
Disusun oleh:
Dewi Yuliana (11210161000053)
Kelompok 3 :
Siti Haniah (11210161000014) Rihhadatul aisy (11210161000020) An Nabila Nurjannah (11210161000027) Nailatul Hidayah (11210161000047)
PROGRAM STUDI TADRIS BIOLOGI FAKULTAS ILMU TARBIYAH DAN KEGURUAN UNIVERSITAS ISLAM NEGERI SYARIF HIDAYATULLAH
JAKARTA 2021
PENGENALAN ALAT-ALAT ELEKTROFORESIS
A. Tujuan
1. Mengidentifikasi fungsi masing-masing alat dalam elektroforesis 2. Merinci tahapan dasar penggunaan alat elektroforesis
3. Menganalisis peranan dari gel agarose yang digunakan dalam elektroforesis B. Masalah yang ditemukan
1. Kesulitan dalam menentukan hasil pengamatan karena mirip dengan hasil pengamaatan PCR
2. Kesulitan dalam menemukan jurnal rujukan
3. Kesulitan dalam menulis pembahasan karena tidak terdapat indikator pembahasan 4. Kesulitan dalam menemukan link video yang membahas lengkap
5. Memerlukan jaringan internet yang lancar C. Rumusan Masalah
1. Apa fungsi masing-masing alat dalam elektroforesis?
2. Apa saja tahapan dasar penggunaan alat elektroforesis?
3. Bagaimana peranan dari gel agarose yang digunakan dalam elektroforesis D. Alat dan Bahan
Alat :
1. Alat elektroforesis horizontal 2. Sisir pembentuk sumur pada gel 3. Mikropipet ukuran 0,5-10 4. Tip 0,5-10
5. Pemasok daya
6. Transiluminator dan sinar ultra violet
Bahan :
1. Bubuk gel agarose
2. Larutan etidium bromida10mg/mL 3. Penanda DNA/ DNA Ladder 4. Larutan elektroforesis TAE
5. Larutan zat pewarna/Loading buffer
E. Cara Kerja
1. Pembuatan gel agarose 1% 100 ml larutan dapar TAE 1X (50mM Tris-HCl, 20mM Na- asetat, 2 mM EDTA pH 7,2) yang mengandung 1 gram bubuk gel agarose dipanaskan hingga larut.
2. Setelah agak dingin, tuang larutan gel agarose tersebut ke dalam cetakan.
3. Letakkan sisir kedalam cetakan gen berisi larutan gel agarose tersebut.
4. Diamkan beberapa saat hingga larutan gel agarose tersebut dingin dan mengeras.
Elektroforesis Setelah terbentuk gel dan sumur-sumurnya. Masukkan gel agarose tersebut ke dalam eletroforesis.
5. Kemudian isi wadah kiri dan kanan dengan larutan dapar TAE 1x sebagai larutan elektrolit. Masukkan ke dalam sumur sebanyak 5uL sampel DNA dicampur larutan zat pewarna/Loading buffer 1x (2% sukrosa, 0,01% biru bromfenol dalam 10mL dapar TAE 1x pH 7,2).
6. Hubungkan ke pemasok daya dan nyalakan pada tegangan 100 volt selama 25 menit.
7. Setelah selesai, gel agarose direndam dalam larutan etidium bromida 0.5ug/mL selama 15 menit dan rendam sebanyak 2 kali dangan akuades sampai bersih.
8. DNA genom dianalisis di atas transiluminator- sinar ultra violet.
F. Pembahasan
Praktikum yang berjudul Pengenalan Alat-alat Elektroforesis dilakukan dengan melakukan pengamatan terhadap video youtube. Praktikum ini dilakukan secara online dan mandiri. Video youtube yang dipilih oleh praktikan membahas mengenai “Cara Kerja Elektroforesis” yang dapat diakses melalui link youtube berikut (https://www.youtube.com/watch?v=_iwCSMc6Lp4&t=123s). Elektroforesis horizontal digunakan untuk analisis pita DNA dan RNA. Dalam video tersebut digunakan darah babi sebagai sampel pengamatan.
Berdasarkan pengamatan video yang dihasilkan diperoleh informasi terdapat beberapa ala-alat yang berperan dalam proses elektroforesisi diantaranya adalah sisir yang digunakan untuk membentuk sumur pada gel agarose, cetakan gel yang digunakan sebagai tempat dalam peletakan gel agarose yang nantinya akan memberikan hasil berupa band atau garis-garis, tempat untuk melarutkan agarose, TBE dengan konsentrasi 1x, terdapat pula elektroforesis horizontal, mikropipet dan tube ukuran 0,5-10. Menurut Fuad dkk (2016) dalam elektroforesis
ada beberapa larutan yang digunakan salah satunya larutan TBE/TAE yang memiliki fungsi sebagai perendam agar dan juga penghantar aliran lisrik saat running. Selain itu, penggunaan alat elektroforesis horizontal juga sesuai dengan pendapat Santoso (2017) yang menyebutkan bahwa elektroforesis gel dapat dilakukan dengan dua buah model yaitu horizontal dan vertikal.
Metode yang biasa digunakan adalah model horizontal, karena mempunyai beberapa keuntungan yaitu peralatan yang digunakan sangat sederhana, relatif murah dan pemisahan untuk enzim tertentu dapat menghasilkan pemisahan yang lebih baik.
Tahapan dasar dalam pengunaan alat-alat elektroforesis berdsarkan video terdapat beberapa langkah, diantaranya adalah penimbangan gel agarose sebelum di cetak, setelahnya adalah dengan merendam hasil cetakan gel agarose kedalam larutan TBE yang telah disediakan, setelah diberi beberapa perlakuan lanjutan, gel agarose yang telah dicetak dimasukkan kedalam kamera box sinar ultra violet untuk melihat band atau garis yang terbentuk pada kertas film yang digunakan seperti yang tertera pada tabel hasil pengamatan.
Anam dkk (2021) terdapat beberapa tahapan dalam penggunaan alat dan bahan pada proses elektroforesis diantaranya adalah memperhatikan alat-alat yang dibutuhkan pada saat proses isolasi DNA target yang terbagi menjadi beberapa bagian diantaranya adalah tahap lisis, tahap presipitasi protein, dan tahap pemurnian DNA, serta memperhatikan alat-alat dan bahan yang digunakan dalam proses elektroforesis itu sendiri. Dalam video terlihat bahwa pada saat proses elektoroforesis, Setelah proses ekstrasi DNA selesai, langkah pertama yang dilakukan dalam video tersebut adalah pembuatan media gel Agarose dengan konsentrasi 1,5%. Agarose yang digunakan dalam metode elektroforesis juga merupakan suatu fraksi dari agar-agar yang memiliki polimer netral dan sedikit mengandung sulfat. Konsentrasi agarose sangat berpengaruh dalam elektroforesis karena semakin tinggi konsentrasi maka ruang antar molekul pada agarose lebih kecil sehingga dapat mempersulit pergerakan molekul yang melewatinya.
Hal ini sejalan dengan teori yang dikemukakan oleh Ardhana (2011) bahwa laju migrasi DNA dapat dipengaruhi oleh 2 faktor yakni ukuran molekul DNA dan konsentrasi agarose. TAE buffer berfungsi sebagai penghantar listrik sehingga fragmen DNA dapat bermigrasi di dalam gel agarose.
Berdasarkan pengamatan video juga dioperoleh informasi mengenai peranan dari gel agarose yang digunakan. Salah satu peran dari gel agarose yang terlihat dalam video yakni untuk memberikan hasil akhir berupa garis-garis pada kertas film yang telah dimasukkan kedalam kamera box. Menurut Harahap (2018) Agarose yang digunakan dalam metode
elektroforesis juga merupakan suatu fraksi dari agar-agar yang memiliki polimer netral dan sedikit mengandung sulfat. Konsentrasi agarose sangat berpengaruh dalam elektroforesis karena semakin tinggi konsentrasi maka ruang antar molekul pada agarose lebih kecil sehingga dapat mempersulit pergerakan molekul yang melewatinya.
Hasil dari pengamatan praktikum ini terdapat dua sampel yang digunakan praktikan.
Sampel satu adalah hasil yang terlihat pada DNA target Ikan dan sampel dua adalah samoel yang menunjukkan hasil dari DNA target darah babi. namun pada sampel dua tidak terlalu jelas gambarnya. Untuk sampel yang kelihatan jelas merupakan sampel DNA yang telah diisolasi dari ikan.
G. Kesimpulan
Berdasarkan pengamatan video yang dilakukan, diperoleh kesimpulan sebagai berikut:
1. Terdapat beberapa yang berperan dalam proses elektroforesisi diantaranya adalah sisir yang digunakan untuk membentuk sumur pada gel agarose, cetakan gel yang digunakan sebagai tempat dalam peletakan gel agarose, tempat untuk melarutkan agarose, TBE dengan konsentrasi 1x yang memiliki fungsi sebagai perendam agar dan juga penghantar aliran lisrik saat running, terdapat pula elektroforesis horizontal, mikropipet dan tube ukuran 0,5-10
2. Tahapan dasar dalam pengunaan alat-alat elektroforesis berdsarkan video terdapat beberapa langkah, diantaranya adalah penimbangan gel agarose. Beberapa tahap dalam proses ini yaitu memperhatikan alat-alat yag dibutuhkan pada isolasi DNA, serta memperhatikan alat-alat dan bahan yang digunakan dalam proses elektroforesis itu sendiri.
3. Salah satu peran dari gel agarose yang terlihat dalam video yakni untuk memberikan hasil akhir berupa garis-garis pada kertas film yang telah dimasukkan kedalam kamera box
H. Referensi
Anam dkk. 2021. Analisis Hasil Elektroforesis DNA dengan Image Processing Menggunakan Metode Gaussian Filter. Indonesian Journal of Electronics and Instrumentation Systems, vol 11(1): 37-45
Ardhana. 2011. Biologi Molekuler Sel Edisi Kedua. Jakarta : PT. Gramedia Pustaka Utama Fuad dkk. 2016. Penggunaan Agar-agar Komersial sebagai Media Gel Elektroforesis Pada Zat
Warna Remazol: Pengaruh Komposisi Buffer, pH Buffer dan Konsentrasi Media. Jurnal Sains dan Seni, Vol 5(2): 130-132
Harahap, M. 2018. Elektroforesis: Analisis Elektronika Terhadap Biokimia Genetika. Jurnal Ilmiah Pendidikan Teknik Elektro, vol 2(1); 21-26
Santoso, T. 2017. Buku Ajar Bioteknologi Molekul. Bandung : Universitas Padjajaran
