myChemistry

(1)

\begin{rxn}[,.7]

\setatomsep{1.5em}\footnotesize

\reactant[,a]{

\chemfig{C(-[4]*6(=-=-=-))(-[2]*6(=-=-=-))(-[6,,,2]HO)-C(-[2]CH_3) (-[6]OH)-CH_3}

}

\arrow[a.20]{}{}

\reactant[20]{

\chemfig{C(-[4]*6(=-=-=-))(-[2]*6(=-=-=-))(-[@{e1}6,,,2]H_2@{e2}

\chembelow{O}{\oplus})-C(-[2]CH_3)(-[6]OH)-CH_3}\elmove{e1}

{10:4mm}{e2}{-10:4mm}

}

\arrow[,,1.42]{$-\ce{H2O}$}{}

\reactant{

\chemfig{\chembelow{C}{\oplus}(-[4]*6(=-=-=-))(-[2]

*6(=-=-=-))-C(-[2]CH_3)(-[6]OH)-CH_3}

}

\arrow[a.-20,-|>]{}{}

\reactant[-20]{

\chemfig{C(-[4]*6(=-=-=-))(-[2]*6(=-=-=-))(-[6,,,2]HO)-C(-[2]CH_3) (-[@{e3}6]@{e4}\chembelow{O}{\oplus}H_2)-CH_3}\elmove{e3}

{170:4mm}{e4}{-170:4mm}

}

\arrow[,,1.42]{$-\ce{H2O}$}{}

\reactant{

\chemfig{C(-[4]*6(=-=-=-))(-[2]*6(=-=-=-))(-[6,,,2]HO)-

\chembelow{C}{\oplus}(-[2]CH_3)-CH_3}

myChemistry

v1.5.1

27. April 2011

Clemens Niederberger

Reaktionsschemata mit L ^A TEX und ChemFig erstellen

C O H

C CH3

OH CH3

C O⊕ H2

C CH3

OH CH3

−H₂O

C⊕ C CH3

OH CH3

C O H

C CH3

O⊕H2

CH3

−H₂O

C O H

C⊕ CH3

CH3

(2)

myChemistryv1.5.1 Inhaltsverzeichnis Dokumentation

Inhaltsverzeichnis

Abschnitt 1 Über 3

1.1 Änderungen . . . 3

Version 1.2, 3 • Version 1.3, 4 • Version 1.4, 4 • Version 1.5.1, 4 1.2 Lizenz . . . 5

1.3 Voraussetzungen . . . 5

1.4 Die Idee . . . 5

Abschnitt 2 Verwendung 6 2.1 Hintergrund . . . 6

2.2 Das Grundprinzip. . . 7

2.3 Wie funktioniert’s? . . . 8

Basisbefehle, 8 • Positionierung, 10 • Verzweigungen, 11 • Nummerierte Schemata, 14 2.4 Voreinstellungen . . . 15

2.5 Paket-Optionen . . . 17

Abschnitt 3 Fortgeschrittene Anwendung, Verwendung von TikZ 18 3.1 Die Ausrichtungsfrage . . . 18

3.2 Mit TikZ andere Ziele erreichen . . . 22

Abschnitt 4 Alphabetische Befehlsreferenz 24 4.1 anywhere . . . 24

4.2 arrow . . . 25

Optionen, 25 • Ausrichtung, 28 • Aussehen, 29 4.3 branch . . . 29

Positionierung, 31 • Ausrichtungsprobleme, 32 4.4 chemand . . . 33

4.5 dummy . . . 33

4.6 elmove . . . 34

4.7 makeinvisible . . . 34

4.8 makevisible . . . 35

4.9 marrow . . . 35

4.10 mCsetup . . . 35

4.11 merge . . . 36

4.12 mesomeric . . . 40

4.13 reactant . . . 42

4.14 rxn (Umgebung) . . . 43

Optionen, 43

(3)

4.15 rxnscheme (Umgebung) . . . 45

Optionen, 45 • rxnscheme anpassen, 47 4.16 setarrowlabel . . . 49

4.17 setarrowlength . . . 50

4.18 setarrowline . . . 50

4.19 setatomsize . . . 50

4.20 setbondlength . . . 50

4.21 setbondshape . . . 51

4.22 setmergelength . . . 51

4.23 setrcndist . . . 51

4.24 setrxnalign/setschemealign . . . 51

4.25 setschemename . . . 52

4.26 transition . . . 52

Abschnitt 5 Nachwort 53

Abschnitt 6 Dank 53

Stichwortverzeichnis 54

1 Über

1.1 Änderungen

Die neuesten Änderungen sind mit Neugekennzeichnet.

1.1.1 Version 1.2

Neben einigen Bugfixes gibt es in Version v1.2 ein paar Neuerungen. Insbesondere wurde das fehlerhafte Verhalten bei der Ausrichtung von Branches sowie das seltsame Verhalten von Pfeilbeschriftungen, wenn man die Pfeillänge änderte, korrigiert. Diese Verände- rung hat zur Folge, dasmyChemistrynun TikZ oder vielmehr pgf in der Version 2.10 benötigt(sieheAbschnitt 1.3).

Während sich diese Neuerungen im Hintergrund abspielen, gibt es auch ein paar Neue- rungen für die Bedienung. Zum Beispiel gibt es nun einige Paketoptionen, um die automatisch eingebundenen Pakete besser zu handhaben (Abschnitt 2.5). Außerdem haben die Pfeile zwei neue Keys bekommen (sieheAbschnitt 4.2).

Auch die Umgebungen haben nun ein paar Möglichkeiten mehr, den persönlichen Vor- stellungen angepasst zu werden (sieheAbschnitt 4.14.1,Abschnitt 4.15.1undAbschnitt 4.23).

Nicht zuletzt stehtmyChemistryab v1.2 nun unter der LPPL Version 1.3 oder später.

(4)

myChemistryv1.5.1 1 Über Dokumentation

1.1.2 Version 1.3

Die Befehle \branch, \mesomeric, \reactant und \transition können als optionales Argument neben der Ausrichtung auch TikZ-Keys erhalten. Das zweite Argument ist nun ebenfalls als Option einzusetzen. Damit ist das erste optionale Argument immer noch die Ausrichtung, das zweite der Anker und in das dritte können beliebige TikZ- Keys eingesetzt werden.

1 \ b e f e h l [ < pos > , < name > , < tikz >]{}

Bis Version 1.2 musste die Ausrichtung explizit angegeben werden, auch wenn die Default- Einstellung verwendet werden sollte, falls man TikZ-Keys verwenden wollte. Das ist seit v1.3 nicht mehr nötig.

1 % b i s h e r :

2 \r e a c t a n t{\ce{ Br 2 } } { } \a r r o w{$ h \nu$ } { } \r e a c t a n t[ right , draw , i n n e r sep =5 pt ]{\ce{2 \l e w i s{0. , Br } } } { }

3 % j e t z t :

4 \r e a c t a n t{\ce{ Br 2}}\a r r o w{$ h \nu$ } { } \r e a c t a n t[ , , draw , i n n e r sep =5 pt ]{\ce{2 \l e w i s{0. , Br }}}

Die Voreinstellungsbefehle wurden umbenannt und der Befehl \mCsetup hinzugefügt, mit dem die Voreinstellungen mit einer Schnittstelle gehandhabt werden können. Siehe Abschnitt 4.17,Abschnitt 4.19,Abschnitt 4.20,Abschnitt 4.21und Abschnitt 4.10.

Es gibt den neuen Befehl\chemand, der ein+erzeugt, siehe Abschnitt 4.4.

Und auch das ist vielleicht ganz angenehm: alle myChemistry-Befehle in den Listings der Dokumentation sind nun anklickbare Hyperlinks, die auf ihre Beschreibung in der Befehlsreferenz verweisen.

1.1.3 Version 1.4

Der Befehl\mergewurde neu geschrieben, so dass der Pfeil auch beschriftet werden kann.

Der eigentliche Zweck des Befehls \dummy ist obsolet geworden. Der Befehl existiert aber weiterhin.

Bei den beiden Umgebungenrxnundrxnschemehat sich die Verwendung der Optionen geändert, sieheAbschnitt 4.14.1und Abschnitt 4.15.1.

Die Keys von \arrow sind in Optionen verändert worden, um die Syntax des Befehls mit den anderen anzugleichen. Zudem gibt es drei neue Pfeiltypen, sieheAbschnitt 4.2.

Neu ist außerdem das Aussehen der Pfeile und eine Möglichkeit, die Liniendicke der Pfeile anzupassen, sieheAbschnitt 4.18.

Es gibt einen weiteren neuen Befehl: \anywhere (Abschnitt 4.1), mit dem Text oder Formeln außerhalb der Chain gesetzt werden können.

1.1.4 Version 1.5.1

Neu Im Hintergrund ist viel passiert, was einige neue Features bei der Anwendung gebracht hat. Die wichtigste Neuerung ist eine deutlich flexiblere Richtungsangabe bei allen Befeh-

(5)

len (Reaktanden, Pfeile, Zweige . . . ). Anstelle der starren right below u. ä. kann jetzt der Winkel angegeben werden.

Es gibt die neuen Pfeiltypen<=>>und<<=>, mit denen ein verschobenes Gleichgewicht angezeigt werden kann.

Die Default-Platzierung von rxnschemewurde von H inhtpgeändert.

Die konkreten Einsatz-Beispiele wurden aus der Dokumentation ausgelagert und be- finden sich in der Dateiexamples.tex bzw.examples.pdf.

Die Befehle \arrow, \reactant, \mesomeric, \transition, \anywhere, \dummy, \ branchund\chemandsind nur innerhalb der Umgebungenrxnundrxnschemedefiniert.

1.2 Lizenz

myChemistryv1.5.1 steht unter der L^ATEX Project Public License Version 1.3 oder später.

(http://www.latex-project.org/lppl.txt)

1.3 Voraussetzungen

DamitmyChemistry funktionieren kann, müssen ein paar Pakete installiert sein:

ChemFig ohne das ergibt die ganze Sache gar keinen Sinn;

ifthen für interne Abfragen;

calc für interne Berechnungen;

xkeyval Paketoptionen und Befehl-Keys werden damit erstellt;

float damit wird dierxnscheme-Umgebung definiert;

pgf/TikZ pgf ist nicht nur ein Paket sondern eine ganze Reihe von Paketen. Sie stel- len die gesamte Basis für TikZ da. DamitmyChemistry funktionieren kann, muss mindestens die Version vom 08.09.2010¹ installiert sein.

Genauer: der Befehl \pgfpositionnodelater muss verfügbar sein. Noch genauer benötigt die Option both des Befehls\arrow diese Version. Wenn Sie die Option nicht verwenden, solltemyChemistryauch mit pgf v2.00 problemlos funktionieren.

Ältere Versionen wurden nicht getestet.

1.4 Die Idee

Seit August 2010 steht mitChemFigeine wirklich flexible Lösung für organische Struk- turformeln zur Verfügung. So kann man nun durch das Einbinden von ChemFig und

‘mhchem’ mehr oder weniger alle Struktur- und Summenformeln, die man als Chemiker so benötigt, mit L^ATEX setzen. WasChemFig gegenüber ‘ochem’ noch benachteiligt, ist das Erstellen richtiger Reaktionsmechanismen. Hier soll myChemistry Abhilfe schaffen.

myChemistry bindet die Pakete

1http://sourceforge.net/projects/pgf/files/

(6)

myChemistryv1.5.1 2 Verwendung Dokumentation

• ChemFig¹,

• wenn vorhanden ‘mhchem’² in der Version 3,

• wenn vorhanden ‘chemexec’³ und

• wenn vorhanden ‘chemcompounds’⁴ ein.

Zur Funktion der Befehle der oben genannten Pakete siehe deren Dokumentation. Wenn Sie die Pakete separat laden wollen, weil Sie ihnen Optionen mitgeben wollen, dann sollten Sie das machen,bevor SiemyChemistry laden, um Konflikte zu vermeiden. my- Chemistry prüft intern einerseits darauf, ob die Pakete installiert sind und falls ja, ob sie bereits geladen sind. Wenn nicht, werden sie vonmyChemistry aufgerufen.

Befehle, die durch die eingebundenen Pakete zur Verfügung stehen, sind unter anderem

• \ce{} (mhchem)

• \ox{}{},\om[],\op[],\Hyd,\Hpl(chemexec)

• \chemfig[][]{},\chemrel[]{},\chemsign[]{},\lewis{} (ChemFig)

• \declarecompound[]{},\compound{}(chemcompounds).

In den Beispielen in diesem Manual wurden Befehle dieser Pakete verwendet ohne sie speziell als solche zu kennzeichnen.

Vor allem stelltmyChemistry Befehle zum Erstellen von Reaktionsschemata zur Ver- fügung.

2 Verwendung

2.1 Hintergrund

myChemistry stellt zwei Umgebungen zur Verfügung, innerhalb derer die Reaktionsme- chanismen erstellt werden. Beide Umgebungen sind letztlich eine tikzpicture-Umge- bung. Die Frage, die sich aufdrängt, ist natürlich: wozu? ChemFig bringt doch schon einiges an Möglichkeiten mit, Reaktionsgleichungen zu erstellen. Und mit TikZ hat man wirklich alle Möglichkeiten offen. Zugegeben. Allerdings bin ich faul, also habe einige häu- fig verwendete TikZ-Befehle zu Makros zusammengefasst. Die sind immer mehr geworden und haben immer mehr Feinheiten erhalten, so dass dieses Paket dabei herausgekommen ist.

1von Christian Tellechea,http://www.ctan.org/tex-archive/macros/generic/chemfig/

2von Martin Hensel,http://www.ctan.org/tex-archive/macros/latex/contrib/mhchem/

3von mir,http://www.ctan.org/tex-archive/macros/latex/contrib/chemexec/

4von Stephan Schenk, http://www.ctan.org/tex-archive/macros/latex/contrib/

chemcompounds/

(7)

2.2 Das Grundprinzip

In demtikzpicture, das in denmyChemistry-Umgebungen erstellt wird, werden Reak- tanden und Reaktionspfeile mit einzelnen ‘nodes’¹ auf einer ‘chain’² angeordnet.

Beispiel 1

1 \b e g i n{t i k z p i c t u r e}[ s t a r t c h a i n ]

2 \n o d e [ on c h a i n ] { A };

3 \n o d e [ on c h a i n ] { B };

4 \n o d e [ on c h a i n ] { C };

5 \end{t i k z p i c t u r e}

A B C

Dadurch ergeben sich einige Möglichkeiten, die ‘nodes’ relativ zueinander zu platzieren.

Beispiel 2

1 \b e g i n{t i k z p i c t u r e}[ s t a r t c h a i n = g o i n g right , n o d e d i s t a n c e =5 mm ]

2 \n o d e [ draw , on c h a i n ] { H e l l o };

3 \n o d e [ draw , on c h a i n ] { W o r l d };

4 \n o d e [ draw , c o n t i n u e c h a i n = g o i n g below , on c h a i n ] { ,};

5 \n o d e [ draw , on c h a i n ] { t h i s };

6 \n o d e [ draw , on c h a i n ] { is };

7 \end{t i k z p i c t u r e}

Hello World ,

this is

myChemistrymacht vor allem von der Möglichkeit Gebrauch, ‘branches’ zu erstellen.

1In einem tikzpicture kann man nahezu beliebig sogenannte ‘nodes’ setzen, mit allen möglichen Formen und Inhalten. Das sind „Knotenpunkte“ an bestimmten Koordinaten in einer ‘tikzpicture’- Umgebung.

2Dafür ist die tikzlibrary ‘chains’ nötig.

(8)

Beispiel 3

1 \b e g i n{t i k z p i c t u r e}[ s t a r t c h a i n = g o i n g right , n o d e d i s t a n c e =5 mm ]

2 \n o d e [ draw , on c h a i n ] { A };

3 \n o d e [ draw , on c h a i n ] { B };

4 { [ s t a r t b r a n c h ]

5 \n o d e [ on c h a i n = g o i n g b e l o w ] { 1 } ;

6 \n o d e [ on c h a i n = g o i n g b e l o w ] { 2 } ;

7 }

8 { [ s t a r t b r a n c h ]

9 \n o d e [ on c h a i n = g o i n g a b o v e ] {$\a l p h a$};

10 \n o d e [ on c h a i n = g o i n g a b o v e ] {$\b e t a$};

11}

12 \n o d e [ draw , on c h a i n ] { C };

13\end{t i k z p i c t u r e}

A B

1 2 α β

C

Sie müssen das nicht in allen Konsequenzen nachvollziehen, das Grundprinzip sollte reichen.

2.3 Wie funktioniert’s?

2.3.1 Basisbefehle

Basis bilden folgende drei Befehle:

1 \b e g i n{rxn}[ < a u s r i c h t u n g > , < s k a l i e r u n g >]

2 \r e a c t a n t[ < pos > , < name > , < tikz >]{ < formel >}

3 \a r r o w[ < pos > , < typ > , < l ä n g e n f a k t o r > , < name > , both , < tikz >]{ <

oben >}{ < unten >}

4 \end{rxn}

Die Schemata werden innerhalb der rxn-Umgebung erstellt. Dort werden Reaktanden und Pfeile gesetzt.

Beispiel 4

1 \b e g i n{rxn}

2 \r e a c t a n t{ \c h e m f i g { - [ : : 3 0 ] - [ :: - 6 0 ] OH } }

3 \a r r o w{ Ox . } { }

4 \r e a c t a n t{ \c h e m f i g { - [ : : 3 0 ] = _ [ : : - 6 0 ] O } }

5 \end{rxn}

OH Ox.

O

Ohne Optionen werden Reaktanden und Pfeile immer rechts voneinander gesetzt.

Möchte man das nicht, hat man die Möglichkeit, über<pos>die Positionierung zu ändern.

(9)

Schlüsselwort pos. Winkel neg. Winkel

right 0 ±360

right above 45 −315

above 90 −270

above left 135 −225

left 180 −180

below left 225 −135

below 270 −90

below right 315 −45

Tabelle 1: Schlüsselwörter zur Positionierung

Beispiel 5

1 % A n o r d n u n g mit

S c h l u e s s e l w o e r t e r n :

2 \b e g i n{rxn}

4 \a r r o w[ b e l o w ]{ Ox . } { }

5 \r e a c t a n t[ b e l o w ]{ \c h e m f i g { - [ : : 3 0 ] = _ [ : : - 6 0 ] O } }

6 \end{rxn}

7 % A n o r d n u n g d u r c h A n g a b e des W i n k e l s zur H o r i z o n t a l e n :

8 \b e g i n{rxn}

10 \a r r o w[ 1 8 0 ] { } { Ox .}

11 \r e a c t a n t[ 1 8 0 ] { \c h e m f i g { - [ : : 3 0 ] = _ [ : : - 6 0 ] O } }

12\end{rxn}

OH Ox.

O

Ox. OH O

Sie sehen im letzten Beispiel, dass die Positionierung durch Schlüsselwörter (sieheTa- belle 1) wiebelow oder durch Angabe eines Winkels aus dem Intervall [−360°; 360°]zur Horizontalen.0° entsprichtright, der Voreinstellung.Positive Winkel bedeuten eine Dre- hung imGegenuhrzeigersinn, negative eine im Uhrzeigersinn, ganz in der mathematischen Bedeutung.

(10)

Beispiel 6

1 \b e g i n{rxn}

3 \a r r o w[ 2 0 ] { Ox . } { }

4 \r e a c t a n t[ 2 0 ] { \c h e m f i g { - [ : : 3 0 ] = _ [ : : - 6 0 ] O } }

5 \end{rxn}

6 \b e g i n{rxn}

8 \a r r o w[ -20]{ Ox . } { }

9 \r e a c t a n t[ -20]{ \c h e m f i g { - [ : : 3 0 ] = _ [ : : - 6 0 ] O } }

10\end{rxn}

OH Ox.

O

OH Ox.

O

2.3.2 Positionierung

Die Reaktanden und Pfeile können nicht nur durch Schlüsselwörter und Winkel alleine positioniert werden, sondern auch in Bezug auf einen anderen Reaktanden oder Pfeil.

Beispiel 7

1 \b e g i n{rxn}

2 \r e a c t a n t[ , s t a r t ]{ \c h e m f i g{ R - [ : : 3 0 ] ( - [ : : 6 0 ] R | ^ 1 ) ( -[:: -120] R | ^ 2 ) -[:: -60] OH } }

3 \a r r o w[ 4 0 ] { \t i n y$\ t e xt { R } ^ 1 = \ t e x t { H }$} {\t i n y$\ t e x t { R } ^ 2 = \ t ex t { H }$}

4 \r e a c t a n t[ 4 0 ] { \c h e m f i g{ R - [ : : 3 0 ] = _ [ : : - 6 0 ] O } }

5 \a r r o w[ s t a r t . 0 ] { \t i n y$\ t e x t { R } ^ 1 = \ t e x t { A l k y l }$} {\t i n y$\ t e x t { R } ^ 2 = \ t e x t { H }$}

6 \r e a c t a n t{ \c h e m f i g{ R - [ : : 3 0 ] ( - [ : : 6 0 ] R ) = _ [ : : - 6 0 ] O } }

7 \a r r o w[ s t a r t . -40 , -| >]{\t i n y$\ t e x t { R } ^ 1 = \ te x t { A l k y l }$} {\t i n y$\ t e x t { R } ^ 2 = \ t e x t { A l k y l }$}

8 \end{rxn}

R R¹

R² OH

R¹

=H R²

=H

R O

R¹=Alkyl R²=H

R R

R₁ O

= Alkyl R₂

=Alkyl

Im letzten Beispiel wurden dem ersten Reaktanden der <name> start gegeben. Dar-

(11)

auf konnten sich die Pfeile in Zeilen 5 und 7 in der Positionierung beziehen. Der zuvor vergebene Name fungiert als Anker für den nächsten Reaktanden oder Pfeil, wenn die Positionierung nach dem Muster

1 < anker >. < winkel >

angegeben wird. Auch Pfeile können einen Anker bekommen. Der Ankerpunkt eines Pfeils sitzt immer in der Mitte eines Pfeils und hatkeine Ausdehnung.

Beispiel 8

1 \b e g i n{rxn}

2 \r e a c t a n t{\c h e m f i g

{ [ : 6 0 ] - ( - [ : : 6 0 ] ) = [ : : - 6 0 ] ( - [ : : - 6 0 ] ) -}}

3 \a r r o w[ , , , p f e i l ] { } { }

4 \r e a c t a n t[ p f e i l . 9 0 ] { \ce{ H 2 O }}

5 \end{rxn}

H2O

Bei dieser Art der Positionierung wird die Kette, aud der die Reaktanden und Pfeile sitzen, nicht unterbrochen.

1 \b e g i n{rxn}

2 \r e a c t a n t[ , a ]{ A }

3 \a r r o w{}{}

4 \r e a c t a n t{ B }

5 \a r r o w[ a . - 9 0 ] { } { }

6 \r e a c t a n t[ -90]{ C }

7 \a r r o w[ a . 1 8 0 ] { } { }

8 \r e a c t a n t[ 1 8 0 ] { D }

9 \end{rxn}

Alle sieben Objekte dieses Beispiels sitzen logisch gesehen auf einer Kette. Das nächste Objekt wird nun per Default rechts daneben geschrieben, wenn keine andere Positionie- rung angegeben wird.

A B

C

D 1 2 3

4 5 7 6

2.3.3 Verzweigungen

Um die Kette zu unterbrechen, gibt es den folgenden Befehl:

1 \b r a n c h[ < pos > , < name > , < tikz >]{ < formeln >}

(12)

myChemistryv1.5.1 2 Verwendung Dokumentation Bei einem Branch funktioniert die Positionierung ein bisschen anders als bei den bis-

herigen Objekten, auch wenn die Syntax ähnlich ist. Zusätzlich zu den drei bisherigen Positionierungsmöglichkeiten kommen beim Branch noch zwei weitere dazu. Alle Posi- tionierungen, die sich auf einen Anker beziehen, sorgen dafür, dass der Branchnicht auf der Kette sitzt, sondern ein echter Ast ist.

1 < winkel > % auf der K e t t e

2 < s c h l u e s s e l > % auf der K e t t e

3 < anker >. < winkel > % n i c h t auf der K e t t e

4 on c h a i n = g o i n g < s c h l u e s s e l > % auf der K e t t e

5 < s c h l u e s s e l >= of < anker > % n i c h t auf der K e t t e Als<schluessel> können die Werte aus Tabelle 1verwendet werden.

Beispiel 9

1 \b e g i n{rxn}

2 \r e a c t a n t{ \c h e m f i g{ - [ : : 3 0 ] - [ : : - 6 0 ] OH } }

3 \a r r o w{ } { }

4 \r e a c t a n t[ , c a r b o n y l ]{ \c h e m f i g{ - [ : : 3 0 ] = _ [ : : - 6 0 ] O } }

5 \b r a n c h[ c a r b o n y l . -90]{

6 \a r r o w[ -90 , <= >]{\ce{ NH 2 R } } { }

7 \r e a c t a n t[ -90]{ \c h e m f i g{ - [ : : 3 0 ] = _ [ : : - 6 0 ] N ( -[6] H ) -[::60] R } }

8 }

9 \a r r o w{ } { }

10 \r e a c t a n t{ \c h e m f i g{ - [ : : 3 0 ] ( - [ : : 6 0 ] OH ) = _ [ : : - 6 0 ] O } }

11\end{rxn}

OH O

NH2R

N H

R

OH O

Beachten Sie im letzten Beispiel, dass der Pfeil und der Reaktand nach dem Branch die ursprüngliche Kette fortsetzen.

1 \b e g i n{rxn}

2 \r e a c t a n t[ , a ]{ A }

3 \a r r o w{}{}

4 \r e a c t a n t{ B }

5 \b r a n c h[ a . -90]{

6 \a r r o w[ - 9 0 ] { } { }

(13)

7 \r e a c t a n t[ -90]{ C }

8 }

9 \a r r o w[ a . 1 8 0 ] { } { }

10 \r e a c t a n t[ 1 8 0 ] { D }

11 \end{rxn}

Die Kette wird durch den Ast unterbrochen, der seinerseits eine weitere Kette startet.

A B

C a

b

D5 4 1 2 3

Durch\branch sind verzweigtere Schemata möglich:

Beispiel 10

1 \b e g i n{rxn}

2 \r e a c t a n t{ \c h e m f i g{ - [ : : 3 0 ] - [ : : - 6 0 ] OH } }

3 \a r r o w{ } { }

4 \r e a c t a n t[ , c a r b o n y l ]{ \c h e m f i g{ - [ : : 3 0 ] = _ [ : : - 6 0 ] O } }

5 \a r r o w[ - 9 0 ] { } { }

6 \r e a c t a n t[ -90]{ \c h e m f i g{ - [ : : 3 0 ] ( - [ : : 6 0 ] OH ) = _ [ : : - 6 0 ] O } }

7 \b r a n c h[ r i g h t = of c a r b o n y l ]{

8 \a r r o w[ , <= > ,1.12]{\ce{ NH 2 R } } { }

9 \r e a c t a n t{ \c h e m f i g{ - [ : : 3 0 ] = _ [ : : - 6 0 ] N ( -[6] H ) -[::60] R } }

10 }

11 \b r a n c h[ b e l o w r i g h t = of c a r b o n y l ]{

12 \a r r o w[ -45 , <= > ,1.12]{ \c h e m f i g{ [ , . 7 5 ] - [ : : 3 0 ] - [ : : - 6 0 ] OH } }{}

13 \r e a c t a n t[ -45]{ \c h e m f i g{ - [ : : 3 0 ] ( - [ : : 6 0 ] O - [ : : - 6 0 ] - [ : : - 6 0 ] ) -[:: -60] OH } }

14 }

15 \a r r o w[ c a r b o n y l . 9 0 ] { \c h e m f i g{ [ , . 7 5 ] - [ : : 3 0 ] = _ [ : : - 6 0 ] O }/\Hpl }{}

16 \r e a c t a n t[ 9 0 ] { \c h e m f i g{ - [ : : 3 0 ] ( - [ : : 6 0 ] OH ) - [ : : - 6 0 ] - [ : : 6 0 ] = [ : : 6 0 ] O } }

17 \a r r o w{$ -\ce{ H 2 O } $ } { }

18 \r e a c t a n t{ \c h e m f i g{ - [ : : 3 0 ] = [ : : - 6 0 ] - [ : : 6 0 ] = [ : : 6 0 ] O } }

19\end{rxn}

(14)

OH O

NH2R N

H R

OH

O OH O/H^⊕

OH O −H₂O O

2.3.4 Nummerierte Schemata

Es gibt noch eine weitere Umgebung, innerhalb derer Schemata erstellt werden können.

1 \b e g i n{r x n s c h e m e}[ < label > , < p l a t z i e r u n g > , < a u s r i c h t u n g > , <

s k a l i e r u n g > , < titel >]{ < caption >}

2 ...

3 \end{r x n s c h e m e}

Diese Umgebung stellt eine Gleitumgebung für Schemata bereit, die eine Beschriftung

<caption>, ein Label <label> und die üblichen Platzierungen <platzierung> wie hpt (Voreinstellung) erhalten kann.

Beispiel 11

1 \b e g i n{r x n s c h e m e}[ , H ]{ Keto - Enol - T a u t o m e r i e }

2 \r e a c t a n t{ \c h e m f i g{ = [ : : 3 0 ] - [ : : - 6 0 ] OH } }

3 \a r r o w[ , <= >]{}{}

4 \r e a c t a n t{ \c h e m f i g{ - [ : : 3 0 ] = [ : : - 6 0 ] O } }

5 \end{r x n s c h e m e}

Reaktionsschema 1 Keto-Enol-Tautomerie

OH O

(15)

2.4 Voreinstellungen

Es gibt einige Voreinstellungen, die zum Teil meinem persönlichen Geschmack geschul- det sind, die Sie aber nach Bedarf ändern können. So gelten für dieChemFig-Formeln innerhalb der myChemistry-Umgebungen folgende Voreinstellungen:

1 \s e t a t o m s e p{1.8 em }

2 \s e t c r a m b o n d{3 pt } { 0 . 5 pt }{1 pt }

Außerhalb der Umgebungen gelten weiterhin die Voreinstellungen vonChemFig.

Beispiel 12

1 \b e g i n{rxn}

2 \r e a c t a n t{\c h e m f i g{**6( - - - -) }}

3 \end{rxn}

4 \c h e m f i g{**6( - - - -) }

Sie können die Voreinstellungen vonmyChemistry über folgende Befehle ändern:

1 \s e t b o n d l e n g t h{ < l ä nge >}

2 \s e t b o n d s h a p e{ < b a s i s l ä nge >}{ < s t r i c h d i c k e >}{ < s t r i c h a b s t a n d

>}

3 \s e t a t o m s i z e{ < s c h r i f t g r ö ß e >}

Damit werden die Einstellungen nachfolgend für alle weiteren myChemistry-Umgebun- gen geändert. Lassen Sie die Argumente leer, werden die Voreinstellungen wiederherge- stellt.\setatomsizehat die Voreinstellung \small.

Beispiel 13

1 \s e t b o n d l e n g t h{ 2 . 1 em }\s e t b o n d s h a p e{5 pt }{1 pt }{2 pt }\s e t a t o m s i z e{\L a r g e}

2 \b e g i n{rxn}

3 \r e a c t a n t{\c h e m f i g{ - [ : : 3 0 ] ( < [ : : 6 0 ] ) -[:: - 60]( <:[:: - 60]) -[::60] A }}

4 \end{rxn}

5 \s e t b o n d l e n g t h{}\s e t b o n d s h a p e{ } { } { } \s e t a t o m s i z e{}

6 \b e g i n{rxn}

8 \end{rxn}

(16)

A

Wollen Sie nur die Parameter einer Umgebung ändern, verwenden Sie innerhalb der Umgebung die Befehle vonChemFig und die L^ATEX-Befehle für die Schriftgröße.

Beispiel 14

1 \b e g i n{rxn}

2 \s e t a t o m s e p{ 2 . 1 em }\s e t c r a m b o n d{5 pt }{1 pt }{2 pt }\L a r g e

4 \end{rxn}

5 \b e g i n{rxn}

7 \end{rxn}

A

Reaktionspfeile haben als Standardwert die Länge4em, die Standarddickesemithick und einen Beschriftungsabstand von 0.2em. Die Voreinstellungen lassen sich mit den Befehlen

1 \s e t a r r o w l e n g t h{ < l ä nge >}

2 \s e t a r r o w l i n e{ < l i n i e n d i c k e >}

3 \s e t a r r o w l a b e l{ < l a b e l abstand >}

(17)

oder

1 \m C s e t u p{ a r r o w l e n g t h = < l ä nge > ,

2 a r r o w l i n e = < l i n i e n d i c k e > ,

3 a r r o w l a b e l = < l a b e l abstand >}

ändern.

2.5 Paket-Optionen

myChemistry verfügt über einige Paket-Optionen.

chemstyle Mit dieser Option kann ‘chemstyle’ automatisch geladen werden, ohne dass Konflikte mitmyChemistry enstehen.

color=<farbe> Mit dieser Option wird die entsprechende Farbe an ‘chemexec’ weiter- gereicht und dessen Optionshade=trueaufgerufen.

english Wird diese Option aufgerufen, dann lädtmyChemistry ‘chemexec’ in der eng- lischen Version, falls das Paket nicht vorher aufgerufen wurde. Außerdem wird der Name der rxnscheme-Umgebung (siehe Abschnitt 4.15) in „Reaction scheme“ ge- ändert.

nochemexec Durch diese Option können Sie verhindern, dass myChemistry ‘chemexec’

lädt.

nocolor Mit dieser Option wird ‘chemexec’ ohne Farbe und mit der Optionshade=false geladen (Default-Verhalten vonmyChemistry).

nocompounds Durch diese Option können Sie verhindern, dassmyChemistry‘chemcompounds’ lädt.

nomhchem Durch diese Option können Sie verhindern, dassmyChemistry‘mhchem’ lädt, vorausgesetzt, dass ‘chemexec’ auch nicht geladen wird.

nopackages Durch diese Option werden (außerChemFig) gar keine Pakete geladen¹. placement=<position> Durch den Aufruf dieser Option kann das Standard-Platzie-

rungsverhalten der rxnscheme-Umgebung (siehe Abschnitt 4.15) in <position>

geändert werden.

shade Mit dieser Option wird ‘chemexec’ mit der Optionshade=truegeladen.

1Außer denen, diemyChemistrybenötigt, um zu funktionieren (TikZ etc.).

(18)

myChemistryv1.5.1 3 Fortgeschrittene Anwendung, Verwendung von TikZ Dokumentation

3 Fortgeschrittene Anwendung, Verwendung von TikZ

Das größte Problem bei der Verwendung vonmyChemistry ist in der Regel die korrekte Positionierung der einzelnen Reaktanden und Pfeile. DerAbschnitt 3.1geht etwas näher darauf ein.

Einige der Befehle ermöglichen als drittes optionales Argument die Angabe weiteren TikZ-Codes. Genauer gesagt können Sie dort im wesentlichen diejenigen TikZ-Keys ein- setzen, die Sie in einemtikzpicturebei einer\nodeeinsetzen können. Wenn die Syntax einer Node also\node[<tikz>](<platzierung>){<irgendwas>};ist, dann entspricht <

tikz>dem entsprechenden Argument von z. B.\reactant[,,<tikz>]{}. Dadurch lassen sich viele Feinjustierungen vornehmen. Wenn Sie Sich mit TikZ einigermaßen auskennen, können Sie sowieso noch weitaus mehr realisieren, als durchChemFigundmyChemistry vorgegeben.

3.1 Die Ausrichtungsfrage

Da Reaktanden, Pfeile und Zweige mittig zu dem Objekt, auf das sie sich beziehen, ausgerichtet werden, erzeugt die Default-Ausrichtung nicht immer schöne Ergebnisse.

Beispiel 15

1 \m a k e v i s i b l e

2 \b e g i n{rxn}

3 \r e a c t a n t{ \c h e m n a m e{\c h e m f i g{*6( -= -= -=) }}{ B e n z o l \c o m p o u n d{ b e n z o l }} }

4 \a r r o w{ } { }

5 \r e a c t a n t{ \c h e m n a m e{\c h e m f i g{*6( -= -=( - Br ) -=) }}{ B r o m b e n z o l \c o m p o u n d{ b r o m b e n z o l }} }

6 \end{rxn}

Benzol1

Br

Brombenzol2

Wie Sie sehen können, sind die beiden Reaktanden aus Sicht der Benzolringe nicht gleich zu dem Pfeil ausgerichtet. Der erste Reaktand scheint nach oben geschoben zu sein. Der Versuch, das mit TikZ-Code wiexshiftund yshiftzu korrigieren, versagt.

(19)

Beispiel 16

2 \b e g i n{rxn}

3 \r e a c t a n t[ , , y s h i f t = -1 em ]{ \c h e m n a m e{\c h e m f i g{*6( -= -= -=) }}{ B e n z o l \ c o m p o u n d{ b e n z o l }} }

4 \a r r o w{ } { }

6 \end{rxn}

Benzol1

Br

Brombenzol2

Das kommt daher, da der erste Reaktand relativ zu dem Objekt verschoben wird, auf das er sich bezieht. Da er das erste Objekt auf der Chain ist, wird er gar nicht verschoben.

Der nachfolgende Pfeil richtet sich in Bezug auf den ersten Reaktanden aus.

Beispiel 17

2 \b e g i n{rxn}

3 \r e a c t a n t{ A }

4 \c h e m a n d

5 \r e a c t a n t[ , , y s h i f t =1 em ]{ B }

6 \a r r o w{ } { }

7 \end{rxn}

A + B

Da es (noch) keine Möglichkeit gibt, die Ausrichtung des Pfeils selbst zu ändern, könnte man ihn stattdessen in einen Zweig stecken.

Beispiel 18

2 \b e g i n{rxn}

3 \r e a c t a n t{ A }

4 \c h e m a n d

5 \r e a c t a n t[ , , y s h i f t =1 em ]{ B }

6 \b r a n c h[ , , y s h i f t = -1 em ]{\a r r o w{ } { } }

7 \end{rxn}

8 \b e g i n{rxn}

9 \r e a c t a n t{ \c h e m n a m e{\c h e m f i g{*6( -= -= -=) }}{ B e n z o l \c o m p o u n d{ b e n z o l }} }

10 \b r a n c h[ , , y s h i f t =1 em ]{\a r r o w{ } { } }

12\end{rxn}

(20)

A + B

Benzol1

Br

Brombenzol2

Das ist für das letzte Beispiel aber nicht die beste Lösung, da die exakte Ausrichtung auf diese Weise immer eine ganze Reihe von Versuchen benötigt, bis man das gewünschte Ergebnis erzielt. Es gibt eine andere Lösung: ein unsichtbares Brom am ersten Benzol.

Beispiel 19

2 \b e g i n{rxn}

3 \r e a c t a n t{ \c h e m n a m e{\c h e m f i g{*6( -= -=( -[ , , , , d r a w = n o n e ]\p h a n t o m{ Br }) -=) }}{ B e n z o l \c o m p o u n d{ b e n z o l }} }

4 \a r r o w{ } { }

6 \end{rxn}

Benzol1

Br

Brombenzol2

Auch in anderen Fällen ist der unsichtbare Substituent die bessere und einfachere Lösung gegenüber TikZ-Code:

(21)

Beispiel 20

2 d e f a u l t :

3 \b e g i n{rxn}

4 \r e a c t a n t{\c h e m f i g{ - [ : - 3 0 ] - [ : 3 0 ] ( = [ 2 ] O ) -[: -30] OH }}

5 \c h e m a n d

6 \r e a c t a n t{\c h e m f i g{ HO - [ : 3 0 ] - [ : - 3 0 ] - [ : 3 0 ] } }

7 \a r r o w{[\Hpl] } { \SI{ 2 0 0 } { \ c e l s i u s }}

8 \r e a c t a n t{\c h e m f i g{ - [ : - 3 0 ] - [ : 3 0 ] ( = [ 2 ] O ) -[: -30] O - [ : 3 0 ] - [ : - 3 0 ] - [ : 3 0 ] } }

9 \end{rxn}

10Hydroxy - G r u p p e n auf g l e i c h e r H \" ohe mit T i k z :

11\b e g i n{rxn}

13 \c h e m a n d[ , , y s h i f t = -1.2 em ]

14 \r e a c t a n t[ , , y s h i f t = . 12 em ]{\c h e m f i g{ HO - [ : 3 0 ] - [ : - 3 0 ] - [ : 3 0 ] } }

15 \b r a n c h[ , , y s h i f t = 1 . 0 8 em ]{\a r r o w{[\Hpl] } { \SI{ 2 0 0 } { \ c e l s i u s }}}

17\end{rxn}

18Hydroxy - G r u p p e n auf g l e i c h e r H \" ohe d u r c h u n s i c h t b a r e n S u b s t i t u e n t e n :

19\b e g i n{rxn}

21 \c h e m a n d

22 \r e a c t a n t{\c h e m f i g{ HO -[:30](=[2 , , , , d r a w = n on e ]\p h a n t o m{ O }) -[: -30] -[:30]}}

23 \a r r o w{[\Hpl] } { \SI{ 2 0 0 } { \ c e l s i u s }}

25\end{rxn} default:

O OH

+ HO

[H^⊕] 200^◦C

O O Hydroxy-Gruppen auf gleicher Höhe mit Tikz:

O

OH + HO

[H^⊕] 200^◦C

O O Hydroxy-Gruppen auf gleicher Höhe durch unsichtbaren Substituenten:

O OH

+ HO

[H^⊕] 200^◦C

O O

Ich fürchte aber, in vielen Fällen müssen Sie mit xshift und yshiftspielen, bis das Schema aussieht, wie Sie Sich das vorstellen. Vielleicht wird eine zukünftige Version von myChemistry eine benutzerfreundlichere Ausrichtungsmöglichkeit bieten.

(22)

3.2 Mit TikZ andere Ziele erreichen

Man könnte natürlich, nur zum Spaß?, das Aussehen von Molekülen mit TikZ ändern.

Beispiel 21

1 \b e g i n{rxn}

2 \r e a c t a n t[ , , - > , g r e e n ! 4 5 ! b l u e

! 5 5 ] { \c h e m f i g{*6( - - -( -) - - -) } }

3 \end{rxn}

4 \c h e m f i g[ - > , g r e e n ! 4 5 ! bl u e

!55]{*6( - - -( -) - - -) }

Das Beispiel ist natürlich kein gutes, da mitChemFigdasselbe Ergebnis erzielt werden kann. Vielfache andere Anwendungen sind aber denkbar: beispielsweise könnte man sich einen Stil definieren, in dem Reaktanden angezeigt werden sollen:

Beispiel 22

1 \ c o l o r l e t { m C g r e e n }{ g r e e n ! 5 0 ! g r a y }

2 \ c o l o r l e t { m C b l u e }{ c y a n ! 5 0 ! g r a y }

3 \ c o l o r l e t { m C r e d }{ m a g e n t a ! 5 0 ! g r a y }

4 \ c o l o r l e t { m C y e l l o w }{ y e l l o w ! 5 0 ! g r a y }

5 \b e g i n{rxn}

6 \ t i k z s e t { r e a c t a n t /. s t y l e ={ d r a w =#1 , f i l l =#1!10 , i n n e r sep =1 em , m i n i m u m h e i g h t =10 em , m i n i m u m w i d t h =12 em , r o u n d e d c o r n e r s }}

7 \r e a c t a n t[ , cytosin , r e a c t a n t = m C r e d ]{\c h e m f i g{ H - [ : 3 0 ] N *6( -(= O ) - N =( - NH _2) -= -) }}

8 \a n y w h e r e{ c y t o s i n . -90 , , y s h i f t = -2 mm }{ C y t o s i n }

9 \r e a c t a n t[ , thymin , r e a c t a n t = m C y e l l o w ]{\c h e m f i g{ H - [ : 3 0 ] N *6( -(= O ) - N ( - H ) -(= O ) -( - CH _3) = -) }}

10 \a n y w h e r e{ t h y m i n . -90 , , y s h i f t = -2 mm }{ T h y m i n }

11 \r e a c t a n t[ c y t o s i n . -90 , adenin , y s h i f t = -1.5 em , r e a c t a n t = m C b l u e ]{\c h e m f i g {[: -36]*5( - N ( - H ) -*6( - N = - N =( - NH _2) - -) - - N =) }}

12 \a n y w h e r e{ a d e n i n . -90 , Guanin , y s h i f t = -2 mm }{ A d e n i n }

13 \r e a c t a n t[ , guanin , r e a c t a n t = m C g r e e n ]{\c h e m f i g{[: -36]*5( - N ( - H ) -*6( - N =( - NH _2) - N ( - H ) -(= O ) - -) - - N =) }}

14 \a n y w h e r e{ g u a n i n . -90 , , y s h i f t = -2 mm }{ G u a n i n }

15\end{rxn}

(23)

H N O

N NH2

Cytosin

H N

O N

H O CH₃

Thymin

N H

N N NH₂ N

Adenin

N H

N NH₂ N

H O N

Guanin

Auf diese Weise könnten Teile eines Schemas hervorgehoben werden:

Beispiel 23

1 \b e g i n{rxn}

2 \s e t a t o m s e p{ 1 . 5 em }

3 \ c o l o r l e t { m C g r e e n }{ g r e e n ! 5 0 ! g r a y }

4 \ t i k z s e t { e m p h /. s t y l e ={ d r a w = mCgreen , f i l l = m C g r e e n !10 , i n n e r sep =1 em }}

5 \r e a c t a n t[ , l i n e O n e ]{\c h e m f i g{ R ^ 1 - [ : 3 0 ] ( = [ @ { b 1 } 2 ] O ) -[: -30] O - H }}

6 \a r r o w[ , <= >]{\c h e m f i g{ @ { Hpl 1}\Hpl} } { }

7 \b r a n c h[ , , e m p h ]{

8 \r e a c t a n t{\c h e m f i g{ R ^1 - [ : 3 0 ] @ { C 1}( -[2] O - [ : 3 0 ] H ) ( -[6 ,.5 , , , d r a w = n o n e ]\

o p l u s) -[: -30] O - H }}

9 \a r r o w[ , <= > ,2]{\c h e m f i g{ [ : 3 0 ] H - @ { O 1} O -[:: -60] - R ^ 2 } } { }

10 \r e a c t a n t{\c h e m f i g{ R ^ 1 - [ : 3 0 ] ( - [ 2 ] O - [ : 3 0 ] H ) ( -[6] @ { O 2} O - [ : - 1 5 0 ] H ) -[: -30] @ { O 3}\c h e m a b o v e{ O }{\o p l u s}( -[ @ { b 2 } 6 ] H ) -[:30] -[: -30] R ^ 2 } }

11 }

12 \a n y w h e r e{ l i n e O n e . -90 , lineTwo , x s h i f t = -3 em , y s h i f t = -7 em }{}

13 \a r r o w[ l i n e T w o .0 , <= >]{$ -$\Hpl/\c h e m f i g{ @ { Hpl 2}\Hpl} } { }

14 \r e a c t a n t{\c h e m f i g{ R ^1 -[:30]( -[ @ { b 3 } 2 ] O -[ @ { b 4 } : 3 0 ] H ) ( -[ @ { b 5 } 6 ] @ { O 4}\

c h e m b e l o w{ O }{\o p l u s}( -[: -30] H ) -[: -150] H ) -[: -30] O - [ : 3 0 ] - [ : - 3 0 ] R ^ 2 } }

15 \a r r o w[ , <= > ,2]{\ce{ - \Hpl - H 2 O } } { }

16 \r e a c t a n t{\c h e m f i g{ R ^ 1 - [ : 3 0 ] ( = [ 2 ] O ) -[: -30] O - [ : 3 0 ] - [ : - 3 0 ] R ^ 2 } }

17 \a n y w h e r e{ l i n e T w o . -90}{

18 \e l m o v e{ b 1 } { 1 0 : 5 mm }{ Hpl 1 } { 1 3 5 : 1 cm }\e l m o v e{ O 1 } { 1 3 5 : 1 . 5 cm }{ C 1 } { 3 0 : 5 mm }

19 \e l m o v e{ O 2 } { - 9 0 : 3 cm }{ Hpl 2 } { 9 0 : 2 cm }\e l m o v e{ b 2 } { 0 : 5 mm }{ O 3 } { - 1 0 : 5 mm }

20 \e l m o v e{ b 4 } { - 4 0 : 5 mm }{ b 3 } { 0 : 5 mm }\e l m o v e{ b 5} { - 3 0 : 5 mm }{ O 4 } { - 1 0 : 5 mm }

21 }

22\end{rxn}

(24)

myChemistryv1.5.1 4 Alphabetische Befehlsreferenz Dokumentation

R¹ O

O H

H^⊕

R¹ O H

⊕ O H

H O R²

R¹ O H H O

O

⊕

H R²

−H^⊕/H^⊕ R¹

O H O⊕ H H

O R²

−H^⊕−H2O

R¹ O

O R²

4 Alphabetische Befehlsreferenz

Im folgenden Abschnitt werden alle Befehle vonmyChemistryin alphabetischer Reihen- folge vorgestellt.

4.1 anywhere

Neu Manchmal ist es nützlich, wenn man einen Reaktanden oder irgendetwas anderes außer- halb der Chain platzieren kann.

1 \a n y w h e r e{ < pos > , < name > , < tikz >}{ < i r g e n d w a s >}

Für diesen Fall gibt es den Befehl \anywhere. Er wird über <pos> auf ähnliche Weise wie\branchplatziert:

1 < anker >. < winkel > % n i c h t auf der K e t t e

2 on c h a i n = g o i n g < s c h l u e s s e l > % auf der K e t t e

3 < s c h l u e s s e l >= of < anker > % n i c h t auf der K e t t e Bitte beachten Sie, dass <pos> nicht leer bleiben kann.

Beispiel 24

1 \b e g i n{rxn}

2 \r e a c t a n t[ , c a r b o n y l _ A ]{\c h e m f i g { R _2 C = O }}

3 \a n y w h e r e{ a b o v e = of c a r b o n y l _ A }{\c h e m f i g{ H -[: -30] O - [ : 3 0 ] H }};

4 \end{rxn}

R₂C O H

O H

Der Befehl kann z. B. gut zum Beschriften von Reaktionspartnern eingesetzt werden.

(25)

Beispiel 25

1 \b e g i n{rxn}

2 \r e a c t a n t[ , k e t o n ]{\c h e m f i g{ H -\c h e m a b o v e{ C }{\h s p a c e*{5 mm }\s c r i p t s t y l e\

a l p h a}( -[2] H ) ( -[6 , , ,2]{}|{\t e x t c o l o r{ b l u e } H }) - C ( = [ : 6 0 ] \l e w i s{02 , O }) -[: -60] C | H _ 3 } }

3 \a n y w h e r e{ b e l o w = of k e t o n } { $ + $ \c o l o r{ b l ue }\Hyd}

4 \a r r o w[ , <= >]{\t i n y l a n g s a m }{}

5 \m e s o m e r i c[ , m e s o m e r ]{

6 \r e a c t a n t[ , c a r b a n i o n ]{\c h e m f i g{ H _ 2 | \c h e m a b o v e[3 pt ]{\l e w i s{2 , C }} { \ s c r i p t s t y l e\o m i n u s} - C ( = [ : 6 0 ] \l e w i s{02 , O }) -[: -60] C | H _ 3 } }

7 \m a r r o w

8 \r e a c t a n t[ , e n o l a t ]{\c h e m f i g{ H _2 C = C ( - [ : 6 0 ] \c h e m a b o v e{\l e w i s{024 , O } } { \ h s p a c e*{5 mm }\s c r i p t s t y l e\o m i n u s}) -[: -60] C | H _ 3 } }

9 }

10 \a n y w h e r e{ a b o v e = of e n o l a t }{\t i n y Enolat - Ion }

11 \a n y w h e r e{ a b o v e = of c a r b a n i o n }{\t i n y C a r b a n i o n }

12 \a n y w h e r e{ b e l o w = of m e s o m e r } { $ + $ \c o l o r{ bl u e }\ce{ H 2 O }}

13\end{rxn}

H C

α

H

H C

O CH3

+OH

langsam

H2C C O CH3













Enolat-Ion Carbanion

+H2O

Viele weitere Beispiele für Einsatzmöglichkeiten finden Sie in der Datei examples.tex bzw.examples.pdf.

4.2 arrow

Reaktionspfeile werden mit \arrow erstellt.

1 \a r r o w[ < pos > , < typ > , < l ä n g e n f a k t o r > , < name > , both , < tikz >]{ <

oben >}{ < unten >}

4.2.1 Optionen

Mit mehreren Optionen können die Reaktionspfeile angepasst werden. Die Optionen müs- sen an entsprechender Stelle, durch Kommata separiert, angegeben werden.

1. <pos> – mögliche Einstellungen sind:

(26)

myChemistryv1.5.1 4 Alphabetische Befehlsreferenz Dokumentation

right =0° above right =45° above =90°

above left =135°

left =180° =−180°

below left =225° =−135°

below =270° =−90°

below right =315° =−45°

Neu Außerdem kann jeder beliebige Winkel des Intervalls [−360°; 360°]eingesetzt werden.

Zusätzlich kann der Winkel in Bezug auf ein durch<name>benanntes Objekt angegeben werden:<name>.<winkel>bedeutet im Winkel von<winkel>neben<name>. Im Dokumentexamples.tex bzw.examples.pdf können Sie einige Beispiele dafür finden.

2. <typ> – mögliche Einstellungen sind:

->

<-

<->

<=>

<=>>

<<=>

-|>

-+>

3. <längenfaktor> – mit dem Faktoren, den Sie hier angeben, wird die Pfeillänge (4em bei Faktor =1.0, Standard) multipliziert.

4. <name> – hier können Sie dem Pfeil einen Anker geben, auf den z. B. mit einem Branch referenziert werden kann.

5. both– durch diese Option haben die beiden Nodes, in die die Label geschrieben werden, die gleichen Maße.

6. <tikz> – mit dieser Option können die Pfeile mit TikZ-Keys angepasst werden.

Nicht alle TikZ-Keys zeigen Auswirkungen. So können Pfeile z. B. mit shift=<

coord>nicht verschoben werden.

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v1.5.1

Reaktionsschemata mit L A TEX und ChemFig erstellen

Inhaltsverzeichnis

1 Über

2 Verwendung

A

A

3 Fortgeschrittene Anwendung, Verwendung von TikZ

4 Alphabetische Befehlsreferenz

Reaktionsschemata mit L ^A TEX und ChemFig erstellen