RESUME JURNAL INTERNASIONAL GENETIKA HEWAN
Unraveling inbreeding patterns and selection signals in Alpine Grey cattle
Sapi Ras Alpen telah berevolusi selama berabad-abad sebagai respons terhadap lingkungan unik mereka, mengembangkan morfologi dan sifat adaptif, khusus untuk setiap ras.
Adaptasi alami mereka terhadap Pegunungan Alpen membuat mereka sangat cocok untuk pertanian pegunungan tradisional, di mana mereka memainkan peran penting dalam pelestarian lanskap, pariwisata, dan layanan ekosistem. Di antara berbagai jenis sapi Alpen di Italia, sapi Alpen Abu-abu memainkan peran penting dalam perekonomian pedesaan di Tyrol Selatan dan provinsi Trento dan Belluno di bagian timur Pegunungan Alpen di Italia. Seleksi yang efektif dalam ras ini sangat penting untuk memastikan kelangsungan ekonominya dan memberikan insentif untuk peternak. Pada sapi Alpine Grey, perkawinan sedarah individu secara konvensional dinilai menggunakan data silsilah (FPED). Pada dasarnya, FPED adalah fungsi langsung dari hubungan yang diharapkan antara orang tua, sama dengan nol ketika orang tua sama sekali tidak berhubungan dalam silsilah (F = 0). Kemajuan dalam teknologi sekuensing DNA dan aksesibilitas data genomik telah menyediakan alat yang menjanjikan untuk meningkatkan proses seleksi, sehingga meningkatkan akurasi seleksi dan estimasi perkawinan sedarah. Beberapa langkah-langkah tersebut antara lain: FDIA T; FTOPI 1;FTOPI 2;
danFTOPI3.
Genomik telah menggambarkan keragaman genetik di luar varian genetik klasik dan perkawinan sedarah sehingga dapat mengidentifikasi daerah kromosom di mana kedua haplotipe yang diwarisi dari orang tua identik, disebut sebagai rangkaian homozigositas ((ROH). Koefisien perkawinan sedarah berdasarkan ROH dihitung dengan membagi panjang total ROH per individu dengan panjang total kromosom autosom yang ditutupi oleh polimorfisme nukleotida tunggal ((SNP). Selain itu, ROH menjembatani kesenjangan pengetahuan mengenai mekanisme rumit dan proses evolusi untuk mengungkap tanda-tanda peristiwa seleksi baru-baru ini dan kuno. Menyelidiki aspek ini pada ras lokal seperti Alpine Grey menawarkan peluang yang menjanjikan untuk mengidentifikasi gen baru dan jalur biologis yang terlibat dalam proses ini.
Dalam penelitian ini, mengidentifikasi hubungan antara perkawinan sedarah berdasarkan silsilah dan informasi genom (misalnya, ROH mengharapkan homozigosis), dan mengidentifikasi kemungkinan gen kandidat dalam pulau ROH pada ras sapi lokal Alpine Grey.
Silsilah sapi Alpine Grey memiliki tingkat kelengkapan yang tinggi (88%), dan, oleh karena itu, estimasi perkawinan sedarah akurat dan tidak bias ke bawah karena kurangnya informasi induk. Tingginya kejadian ROH pada kromosom berpotensi mewakili tanda seleksi, menawarkan wawasan mengenai mekanisme seleksi dan adaptasi sekaligus membantu mengungkap wilayah yang terkait dengan sifat fisiologis, ekonomi, dan adaptif yang penting.
Meskipun kejadian rekombinasi bersifat acak dan heterogenitas yang diharapkan dalam distribusi ROH di seluruh sampel, seleksi dapat meninggalkan puncak genom yang berbeda.
Puncak-puncak ini, yang dicirikan oleh frekuensi ROH yang lebih tinggi, umumnya disebut sebagai hotspot dan merupakan indikasi sapuan selektif. Hasil penelitian ini menunjukkan kontribusi F yang lebih signifikan ROHAdalam populasi sapi Alpine Grey. Pertimbangan ini didukung oleh tingginya prevalensi segmen ROH pendek dalam genom, dengan segmen ROH Nama : Prayudo Erlangga B.
NIM : 161231026 Kelas : A
panjang berkontribusi terhadap FBahasa Indonesia: ROHRhanya mencakup 2% dari keseluruhan genom. Lebih jauh, latar belakang sejarah ras ini menunjukkan bahwa sapi Alpine Grey berasal dari populasi sapi abu-abu yang beradaptasi secara lokal di berbagai lembah Alpen. Populasi ini secara berkala dicampur dan disilangkan. Kekuatan hubungan antara berbagai penduga perkawinan sedarah dalam literatur biasanya dinilai menggunakan koefisien korelasi Pearson.
Studi saat ini menggarisbawahi pentingnya analisis perkawinan sedarah yang akurat pada populasi lokal seperti ras Alpine Grey, yang dikenal karena kualitas adaptif dan relevansi ekologisnya yang luar biasa. Peristiwa aliran gen di antara kelompok individu dari berbagai wilayah geografis telah mencegah peningkatan keparahan dalam perkawinan sedarah.
Penelitian ini menyoroti pentingnya analisis perkawinan sedarah yang tepat dalam memahami sifat genetik dan transformasi historis ras lokal dengan ukuran populasi kecil. Hal ini menginformasikan strategi pembiakan yang efektif dan upaya konservasi untuk melestarikan kemampuan beradaptasi dan kesejahteraan genetik ras dalam menghadapi tantangan lingkungan. Namun, pekerjaan di masa mendatang harus mengeksplorasi depresi perkawinan sedarah dan pembersihan pada tingkat genomik lebih dalam, memanfaatkan informasi genomik dengan kepadatan lebih tinggi dan studi longitudinal.
