• Tidak ada hasil yang ditemukan

Studi Interaksi Molekuler Protein Antivirus Udang, PmAV dengan Domain RING Finger WSSV secara in silico

N/A
N/A
Bulan Mageta

Academic year: 2023

Membagikan "Studi Interaksi Molekuler Protein Antivirus Udang, PmAV dengan Domain RING Finger WSSV secara in silico "

Copied!
12
0
0

Teks penuh

(1)

LIHAT PROFIL

Lihat diskusi, statistik, dan profil penulis untuk publikasi ini di: https://www.researchgate.net/publication/274708921

Studi Interaksi Molekuler Protein Antivirus Udang, PmAV dengan Domain RING Finger WSSV secara in silico

Artikel - Januari 2013

DOI: 10.4172/2329-9533.1000103

KUTIPAN

2

MEMBACA

289

1 penulis:

MNV Prasad Gajula

Institut Penelitian Statistik Pertanian India 53 PUBLIKASI 854 KUTIPAN

Subscribe to DeepL Pro to translate larger documents.

Visit www.DeepL.com/pro for more information.

(2)

Semua konten yang mengikuti halaman ini diunggah oleh MNV Prasad Gajula pada tanggal 09 April 2015.

Pengguna telah meminta peningkatan file yang diunduh.

(3)

Artikel Penelitian

JURNAL S C I T E C H N O L

Abstrak

Latar belakang: Penyakit bintik putih (WSD) adalah sindrom luar biasa pada udang Penaeus monodon di mana protein reseptor P.

monodon berinteraksi dengan protein pembungkus virus, dan menyebabkan timbulnya penyakit. PmAV adalah protein anti-virus pertama dan satu-satunya yang ditemukan pada udang. Protein ini diisolasi dari udang yang tidak terkena virus, P. monodon dan diidentifikasi sebagai protein yang diregulasi pada saat infeksi virus.

Metode: Dalam penelitian ini, kami menerapkan pemodelan molekuler dan penambatan molekuler untuk menentukan pola interaksi residu asam amino antara protein PmAV dan domain jari RING WSSV. Hasil dan kesimpulan: Hasil penelitian kami menunjukkan bahwa PmAV berinteraksi dengan domain RING finger WSSV dan mencegah aktivitasnya sehingga menghambat pembentukan infeksi virus. Penelitian lebih lanjut seperti simulasi dinamika molekuler dari kompleks tersebut dapat diterapkan untuk membuka kemungkinan baru untuk mencegah WSD. Perhitungan yang dapat diukur menawarkan kesempatan untuk analisis eksperimental di masa depan serta memberikan bukti awal untuk memahami mekanisme seluler yang mendasari sindrom ini.

Kata kunci: Docking; Simulasi dinamika molekuler; Udang;

Penyakit bercak putih

Prasad Gajula dkk., J Appl Bioinform Comput Biol 2013, 2:1

http://dx.doi.org/10.4172/2329-9533.1000103

Jurnal Terapan

Bioinformatika &

Biologi Komputasi

Studi Interaksi Molekuler Protein Antivirus Udang, PmAV dengan Domain RING Finger WSSV secara in silico

MNV Prasad Gajula1*, Garima Soni1,2, Babu G3, Rai A1 dan Bharadvaja N2

Pendahuluan

Udang windu hitam, Penaeus monodon adalah salah satu spesies udang yang paling banyak dibudidayakan di dunia. Namun, kemunduran utama industri budidaya udang di seluruh dunia adalah penyakit bintik putih (WSD) yang disebabkan oleh white spot syndrome virus (WSSV). Beberapa upaya telah dilakukan untuk mencegah dan mengendalikan penyakit ini dalam beberapa tahun terakhir [1-4]. Namun, pengembangan terapi yang efektif untuk melawan penyakit mematikan ini telah menjadi tantangan besar karena kurangnya sistem kekebalan tubuh yang spesifik pada udang.

Sistem pertahanan udang diyakini sebagian besar bergantung pada kekebalan bawaan, yang tidak banyak dipahami. Dalam konteks ini, penting untuk memahami interaksi inang-virus pada tingkat molekuler untuk mengembangkan terapi yang efektif. Beberapa penulis telah melaporkan efek WSSV pada profil ekspresi gen inang untuk menentukan perannya dalam patogenesis [5,6].

PmAV adalah protein antivirus pertama dan satu-satunya yang diidentifikasi pada udang. Protein ini dikloning dari udang tahan virus, P. monodon dengan tampilan diferensial (DD) dan ditemukan sebagai respons yang diregulasi

*Penulis yang berkorespondensi: MNV Prasad Gajula, Indian Agricultural Statistics Research Institute, Pusa Road, New Delhi, India-110012, Tel: 011- 25847121-24 extn. 4337; E-mail: [email protected]

Diterima: 24 Juni 2013 Diterima: 15 November 2013 Dipublikasikan: November 20, 2013

terhadap infeksi virus [7]. PmAV adalah lektin yang bergantung pada kalsium (tipe-C) yang mengandung domain pengenalan karbohidrat (CRD) karakteristik tunggal. Lektin tipe-C mengandung lipatan lektin prototipe, yang terdiri dari dua untai β yang antiparalel dan dua heliks α. Lektin tipe-C dianggap sebagai kandidat utama untuk reseptor pengenalan pola (PRR) dalam imunitas bawaan dan memainkan peran penting dalam pembersihan patogen [8-11].

Protein PmAV ditemukan berada terutama di sitoplasma dan tidak menunjukkan interaksi dengan partikel WSSV yang utuh [7].

Hal ini menyiratkan bahwa mekanisme antivirus dari protein PmAV bukan dengan menghambat perlekatan virus pada sel inang target.

Sebaliknya, protein ini dapat menangkal strategi molekuler virus yang membentuk infeksi di dalam sel. Hal ini mengimplikasikan bahwa banyak virus termasuk WSSV telah mengembangkan kemampuan untuk memanfaatkan mesin protease inang untuk mengarahkan degradasi protein seluler demi kelangsungan hidup dan replikasi. Empat protein WSSV, yaitu WSSV199, WSSV222, WSSV249 dan WSSV403 mengandung domain RING-H2, yang terlibat dalam peristiwa ubiquitinasi spesifik dengan bertindak sebagai E3 ubiquitin protein ligase [5].

Oleh karena itu, dalam penelitian ini kami melakukan studi in silico untuk mengeksplorasi kemungkinan interaksi antara protein antivirus udang, PmAV dan protein domain jari RING WSSV. Di sini kami menyajikan pemodelan 3D dan penambatan molekuler PmAV dengan domain jari RING WSSV.

Bahan dan Metode

Protein pengambilan urutan

Sekuens protein Penaeus monodon PmAV (No. Aksesi AAQ75589.1) dan wsv199 dari virus sindrom bintik putih (No.

Aksesi NP_477666.1) diambil dari Pusat Informasi Bioteknologi Nasional (NCBI) (www.ncbi.nlm.nih.gov) dalam format Fasta.

Untuk mendapatkan fragmen domain RING, sekuen wsv199 dilakukan analisis domain menggunakan program EBI-SMART (smart.embl-heidelberg.de).

Pemodelan molekuler protein

Setiap sekuens FASTA dibandingkan dengan database Protein- BLAST (www.blast.ncbi.nlm.nih.gov) terhadap database PDB (www.rcsb.org) untuk memilih templat yang sesuai. Templat terbaik dipilih berdasarkan proporsi kemiripan dan identitas, nilai E, nilai bit, dan wilayah cakupan kueri. Setelah pencarian, pensejajaran sekuen ganda antara template dan sekuen kueri dilakukan dengan menggunakan Clustal X 2.1 [12].

Koordinat tiga dimensi PmAV dibuat menggunakan Modeller 9v10 [13]. Ini menghitung model berdasarkan penyelarasan urutan yang akan dimodelkan dengan struktur 3D terkait yang diketahui.

Model 5-5 untuk kedua protein dihasilkan melalui pemodel dan sebagai hasilnya model 3D yang baik diperoleh. Metode pemodelan lain menggunakan server I-TASSER [14] diterapkan, untuk membandingkan hasil yang diperoleh oleh Modeller 9v10. I- TASSER didasarkan pada pembuatan model menggunakan penyelarasan fragmen beberapa template. Model prediksi yang memiliki fungsi kepadatan probabilitas molekuler minimum (Molpdf) dan skor Dope lebih disukai untuk studi lebih lanjut.

(4)

Penerbit Internasional Ilmu Pengetahuan, Teknologi dan Kedokteran

Semua artikel yang diterbitkan dalam Journal of Applied Bioinformatics & Computational Biology adalah milik SciTechnol, dan dilindungi oleh undang-undang hak cipta. Hak Cipta © 2013, SciTechnol, Semua Hak Cipta Dilindungi Undang-Undang.

(5)

Kutipan: MNV Prasad Gajula, Soni G, Babu G, Rai A, Bharadvaja N (2013) Studi Interaksi Molekuler Protein Antivirus Udang, PmAV dengan Domain Jari RING WSSV secara in silico. J Appl Bioinform Comput Biol 2:1.

doi:http://dx.doi.org/10.4172/2329-9533.1000103

Volume 2 - Edisi 1 - 1000103 - H a l a m a n 2

dari 5 -

Minimalisasi dan validasi

Minimisasi energi dari kedua model dilakukan dengan menggunakan metode steepest descent oleh SwissPDB Viewer [15].

Model-model diterapkan untuk validasi. Stereo-kimia dari semua model dievaluasi dengan analisis PROCHECK [16] dan ProSA (www.prosa.services.came. sbg.ac.at/prosa.php).

Studi interaksi protein-protein dengan docking

Docking berbasis Prinsip Komplementaritas Bentuk dilakukan dengan menggunakan server PatchDOCK dan FireDock [17-19].

File output dikirim ke server FiberDock untuk penyempurnaan backbone induced-fit yang fleksibel dan penyempurnaan rantai samping kompleks protein [20,21]. Plot interaksi molekuler antara PmAV dan domain RING dari wsv199 dibuat dengan menggunakan Dimplot dalam perangkat lunak LIGPLOT [22,23]. Struktur 3D dan interaksi rinci dari semua kompleks protein divisualisasikan menggunakan perangkat lunak Accelrys Viewerlite.

Hasil dan Pembahasan

Pengetahuan tentang pertahanan udang pada tingkat molekuler telah difokuskan terutama pada faktor antimikroba [24] sementara hanya sedikit yang diketahui tentang kemungkinan faktor antivirus.

Sejauh ini, hanya satu protein antivirus, PmAV yang telah diidentifikasi dari udang [7]. Namun, mekanisme molekuler protein ini dalam mengendalikan infeksi WSSV masih belum diketahui.

Protein domain RING finger WSSV, WSSV199, WSSV222, WSSV249 dan WSSV403 berfungsi sebagai E3 ubiquitin ligase dan memediasi degradasi protein imun inang yang penting untuk manifestasi penyakit [4]. Oleh karena itu, penelitian ini bertujuan untuk mengetahui interaksi molekuler antara PmAV dan domain RING finger protein WSSV dengan pendekatan in silico.

Analisis domain

Protein Wsv199 menjadi sasaran analisis domain. Program SMART telah memprediksi domain jari RING terletak dari 743 hingga 795 residu asam amino di wssv199. Domain RING ditemukan menunjukkan afinitas terhadap protein / kompleks protein secara non-kovalen.

Pemodelan komparatif protein

Untuk menghasilkan koordinat 3 dimensi protein, BLASTp dilakukan. Tabel 2 menunjukkan templat yang dipilih untuk proses pemodelan. Nilai ekspektasi (E-value) mencirikan beberapa penjajaran yang berbeda dengan nilai yang setara dengan, atau lebih tinggi dari nilai yang diperkirakan muncul dalam pencarian basis data secara acak. Biasanya, nilai E yang lebih rendah menunjukkan bahwa keselarasan adalah nyata dan tidak terjadi secara kebetulan.

Langkah yang lebih penting dalam metode pemodelan adalah menemukan keselarasan yang memadai antara target dengan sekuen template. Beberapa penyelarasan sekuens diimplementasikan dan penyelarasan yang diperoleh dengan menggunakan Clustal X 2.1 ditunjukkan pada Gambar 1. Penjajaran menunjukkan identitas dan kesamaan yang signifikan antara sekuens. Tanda bintang menunjukkan identitas dan tanda titik dua menunjukkan kemiripan antara residu asam amino dari sekuen.

Pemodelan struktur 3D domain PmAV dan RING finger (Gambar 2) dilakukan dengan pemodel 9v10. Pemodelan beberapa template dilakukan dengan menggunakan pemodel 9v10. Untuk membandingkan hasil pemodelan, digunakan server berbasis threading alignment I-TASSER. Server ini menggunakan 10 template yang paling tepat untuk menghasilkan koordinat 3D.

Akhirnya, model dengan skor MolPdf yang lebih rendah dan yang menunjukkan nilai obat bius yang lebih rendah dipilih untuk analisis komputasi tambahan.

Validasi

Model yang dipilih selanjutnya divalidasi secara stereo-kimia menggunakan PROCHECK. Plot Ramachandran untuk kedua model menunjukkan bahwa sebagian besar residu berada di daerah yang paling disukai dan juga diperbolehkan. Plot Ramachandran untuk model PmAV dan RING Domain digambarkan pada Gambar 3. Hal ini menegaskan keandalan dan keunggulan model yang dihasilkan, dengan mengevaluasi konformasi tulang punggung, sudut, dan panjang ikatan. Parameter statistik yang diperoleh untuk kedua model dirangkum dalam Tabel 1.

Selain itu, kami juga mengkonfirmasi model kami menggunakan ProSA yang memperkirakan energi struktur 3D berdasarkan jarak pasangan potensial.

(6)

Kutipan: MNV Prasad Gajula, Soni G, Babu G, Rai A, Bharadvaja N (2013) Studi Interaksi Molekuler Protein Antivirus Udang, PmAV dengan Domain Jari RING WSSV secara in silico. J Appl Bioinform Comput Biol 2:1.

doi:http://dx.doi.org/10.4172/2329-9533.1000103

Volume 2 - Edisi 1 - 1000103 - H a l a m a n 3

dari 5 -

(a)

(b)

Gambar 1: (a) dan (b) mewakili beberapa penyelarasan urutan antara urutan kueri dan templat.

(7)

Kutipan: MNV Prasad Gajula, Soni G, Babu G, Rai A, Bharadvaja N (2013) Studi Interaksi Molekuler Protein Antivirus Udang, PmAV dengan Domain Jari RING WSSV secara in silico. J Appl Bioinform Comput Biol 2:1.

doi:http://dx.doi.org/10.4172/2329-9533.1000103

Volume 2 - Edisi 1 - 1000103 - H a l a m a n 4

dari 5 - Gambar 3: (a) dan (b) menunjukkan plot Ramachandran untuk domain PmAV dan RING dari wsv199.

Tabel 1: Rincian plot Ramachandran untuk kedua model.

Wilayah inti Diizinkan Wilayah yang diizinkan

dengan murah hati Wilayah yang dilarang

PmAV 75.2 21.6 2.0 1.3

Domain cincin 75.6 17.8 6.7 0.0

Residu dengan nilai ProSA negatif menunjukkan stabilitas model.

Nilai energi ProSA untuk model domain PmAV dan RING ditemukan sebesar -2,68 dan -2,54. Nilai ini menunjukkan kualitas model secara keseluruhan dan mengukur deviasi energi total struktur terhadap distribusi energi yang berasal dari konformasi acak.

Hasil menentukan model yang dipilih memuaskan. Kualitas model yang diprediksi ditandai dengan skor energi ProSA.

Sebaliknya, hasil PROCHECK menunjukkan hasil yang agak memburuk

nilai model, karena tidak ada template yang lebih baik yang tersedia.

Meskipun demikian, dari hasil yang diperoleh, kami dapat menyimpulkan bahwa hampir semua residu berada di daerah yang paling disukai dan juga diizinkan kecuali beberapa. Model-model yang telah disempurnakan ini selanjutnya digunakan untuk analisis docking.

Studi interaksi protein-protein dengan docking

Mekanisme molekuler, perilaku dinamis protein dan interaksinya pada penyakit udang ini masih belum diketahui. Di

Gambar 2: Struktur yang dimodelkan dari (a) PMAV (b) domain RING dari wsv199. Visualisasi oleh Accelrys Viewer Lite: Semua parameter validasi memastikan kualitas dan keandalan model.

(8)

Kutipan: MNV Prasad Gajula, Soni G, Babu G, Rai A, Bharadvaja N (2013) Studi Interaksi Molekuler Protein Antivirus Udang, PmAV dengan Domain Jari RING WSSV secara in silico. J Appl Bioinform Comput Biol 2:1.

doi:http://dx.doi.org/10.4172/2329-9533.1000103

Volume 2 - Edisi 1 - 1000103 - H a l a m a n 5

dari 5 -

masa sekarang

(9)

Kutipan: MNV Prasad Gajula, Soni G, Babu G, Rai A, Bharadvaja N (2013) Studi Interaksi Molekuler Protein Antivirus Udang, PmAV dengan Domain Jari RING WSSV secara in silico. J Appl Bioinform Comput Biol 2:1.

doi:http://dx.doi.org/10.4172/2329-9533.1000103

Volume 2 - Edisi 1 - 1000103 - H a l a m a n 6

dari 5 - Gambar 4: Tampilan global interaksi antara PmAV (hijau) dan domain RING wsv199 (merah).

Dalam penelitian ini, kami menerapkan pemodelan molekuler dan docking untuk mempelajari sifat dan interaksi antara protein PmAV dan wssv199 (Gambar 4). Studi docking dilakukan dengan menggunakan server online PatchDock (cluster RMSD 4.0).

Diperoleh 20 solusi yang berbeda dengan skor, area dan file transformasinya. File output diterapkan ke server online lain yaitu FireDock. Server ini digunakan untuk menyempurnakan interaksi docking. FireDock memberikan 10 hasil terbaik berdasarkan n i l a i Global, Attractive dan Repulsive van-der Wall, Atomic contact dan Hydrogen bond energies yang paling minimum seperti yang ditunjukkan pada Tabel 3. Untuk menganalisis penyempurnaan backbone yang diinduksi-fit dari interaksi docking, server FiberDock digunakan. Larutan protein-protein tubuh yang kaku, dalam

berupa file protein dan file transformasi, diambil sebagai input dan 1 file solusi yang disempurnakan diperoleh sebagai hasilnya.

File hasil ini digunakan untuk menghasilkan plot interaksi molekuler yang menyatakan interaksi protein-protein antara kompleks protein, menggunakan alat DIMPLOT. Gambar 5 mengilustrasikan interaksi antara dua protein. Residu dengan lingkaran merah adalah milik protein PmAV dan residu dengan lingkaran merah muda adalah milik domain RING.

Sebagai kesimpulan, studi in silico menunjukkan bahwa PmAV dapat berinteraksi dengan protein yang mengandung domain jari RING WSSV dan menghambat aktivitasnya sehingga mencegah pembentukan virus.

Tabel 2: Daftar templat yang dipilih.

Nama protein AA Template_chain Nama templat

1TN3_A Domain pengenalan karbohidrat lektin tipe-c dari tetranektin manusia

PMAV 170

1ZU4_A Struktur kristal FtsY dari Mycoplasma mycoides - kelompok ruang angkasa P21212.

1V87_A Gambar 2. Struktur Larutan Domain Jari Cincin-H2 Protein Deltex Tikus 2.

Domain RING dari wsv199 133

2CT2_A Struktur Solusi dari domain RING dari protein motif Tripartit 32

Tabel 3: Hasil dok kebakaran.

Peringkat Sol. Nomor glob aVdW rVdW ACE HB

1 10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00

2 3 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00

3 4 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00

4 5 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00

5 7 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00

6 8 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00

7 9 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00

8 6 3.41 -9.83 3.15 3.88 0.00

9 1 3.90 -9.26 15.03 1.51 -2.77

10 2 2799.19 -22.64 3558.90 -8.39 -3.16

glob - Energi Global, energi pengikat larutan.

aVdW, rVdW - Energi van der Waals yang menarik dan menolak yang

(10)

Kutipan: MNV Prasad Gajula, Soni G, Babu G, Rai A, Bharadvaja N (2013) Studi Interaksi Molekuler Protein Antivirus Udang, PmAV dengan Domain Jari RING WSSV secara in silico. J Appl Bioinform Comput Biol 2:1.

doi:http://dx.doi.org/10.4172/2329-9533.1000103

Volume 2 - Edisi 1 - 1000103 - H a l a m a n 7

dari 5 - dilunakkan. ACE - Energi kontak atom (ACE).

HB - Ikatan hidrogen dan disulfida.

Transformasi - Transformasi ligan setelah penyempurnaan.

(11)

Kutipan: MNV Prasad Gajula, Soni G, Babu G, Rai A, Bharadvaja N (2013) Studi Interaksi Molekuler Protein Antivirus Udang, PmAV dengan Domain Jari RING WSSV secara in silico. J Appl Bioinform Comput Biol 2:1.

doi:http://dx.doi.org/10.4172/2329-9533.1000103

infeksi. Hal ini selanjutnya dapat menyebabkan berkurangnya modifikasi jalur ubiquitinasi inang yang mengakibatkan penurunan kondisi penyakit. Studi tambahan yang mirip dengan simulasi dinamika molekuler [25,26] dari kompleks protein-protein mungkin berguna untuk mengungkap aspek-aspek baru untuk pencegahan WSD. Namun, studi in vitro dan in vivo yang terperinci diperlukan untuk menjelaskan aktivitas anti-virus spesifik PmAV.

Ucapan terima kasih

Departemen Ilmu Pengetahuan dan Teknologi, India sangat berterima kasih atas pendanaan melalui penghargaan DST Ramanujan Fellowship no.

SR/S2/RJN-22/2011.

Referensi

1. Lightner DV dan Redman RM (1998) Penyakit udang dan metode diagnostik terkini. Akuakultur 164: 201-220.

2. Lo CF, Ho CH, Peng SE, Chen CH, Hsu HC, dkk. (1996) White spot syndrome baculovirus (WSBV) terdeteksi pada udang, kepiting, dan artropoda lainnya yang dibudidayakan dan ditangkap. Penyakit-penyakit Organisme Perairan. 27: 215-225.

3. van Hulten MC, Witteveldt J, Snippe M, Vlak JM (2001) Protein amplop virus sindrom bintik putih VP28 terlibat dalam infeksi sistemik pada udang.

Virology 285: 228-233.

4. Y ang F, He J, Lin X, Lin Q, Li Q, Pan D, dkk. (2001) Urutan genom lengkap virus basiliform bintik putih udang. J Virol 75: 11811-11820.

5. W ang Z, Chua HK, Gusti AA, He F, Fenner B, dkk. (2005) Protein RING-H2 WSSV249 dari virus sindrom bintik putih menyuplai enzim konjugasi udang ubiquitin, PvUbc, untuk patogenesis virus. Jurnal virologi. 79: 8764-8772.

6. Dia F, Fenner BJ, Godwin AK, Kwang J (2006) Virus sindrom bintik putih bingkai baca terbuka 222 mengkodekan ligase E3 virus dan memediasi degradasi penekan tumor inang melalui ubiquitinasi. J Virol 80: 3884-3892.

7. Luo T, Zhang X, Shao Z, Xu X (2003) PmAV, sebuah gen baru yang terlibat dalam virus

resistensi udang Penaeus monodon. FEBS Lett 551: 53-57.

8. Drickamer K (1993) Domain pengenalan karbohidrat yang bergantung pada Ca2+ dalam protein hewani. Pendapat Saat Ini dalam Biologi Struktural 3:

393-400.

9. Hoffmann JA, Kafatos FC, Janeway CA, Ezekowitz RA (1999) Perspektif filogenetik dalam kekebalan bawaan. Ilmu Pengetahuan 284: 1313-1318.

10. Yu XQ, Kanost MR (2004) Immulectin-2, reseptor pengenalan pola yang merangsang enkapsulasi hemosit dan melanisasi pada ulat tanduk tembakau, Manduca sexta. Developmental Dev Comp Immunol 28: 891- 900.

11. Feizi T (2000) Sistem pengenalan yang dimediasi karbohidrat dalam kekebalan bawaan. Immunol Rev 173: 79-88.

12. Aiyar A (2000) Penggunaan CLUSTAL W dan CLUSTAL X untuk pensejajaran sekuen ganda. Metode Mol Biol 132: 221-241.

13. Eswar N, Eramian D, Webb B, Shen MY dan Sali A (2008) Pemodelan struktur protein dengan MODELLER. Metode dalam Biologi Molekuler 426:

145-159.

14. Zhang Y (2008) Server I-TASSER untuk prediksi struktur 3D protein. BMC Bioinformatika 9: 40.

15. Guex N, Peitsch MC (1997) SWISS-MODEL dan Swiss-PdbViewer: sebuah

lingkungan untuk pemodelan protein komparatif. Elektroforesis 18: 2714 - 2723.

16. Laskowski RA, MacArthur MW, Moss DS, Thornton JM (1993) PROCHECK:

sebuah program untuk memeriksa kualitas kimia stereo struktur protein. J Appl Cryst 26: 283-291.

17. Schneidman-Duhovny D, Inbar Y, Nussinov R, Wolfson HJ (2005) PROCHECK: program untuk memeriksa kualitas kimia stereo struktur protein. Penelitian Asam Nukleat 33: W363-W367.

18. Andrusier N, Nussinov R, Wolfson HJ (2007) FireDock: penyempurnaan interaksi cepat dalam penambatan molekuler. Protein 69: 139-159.

19. Mashiach E, Schneidman-Duhovny D, Andrusier N, Nussinov R, Wolfson HJ (2008) FireDock: server web untuk perbaikan interaksi cepat dalam docking molekuler. Asam Nukleat Res 36: W229-W232.

20. Mashiach E, Nussinov R, Wolfson HJ (2010) FiberDock: Penyempurnaan tulang punggung yang diinduksi fleksibel dalam docking molekuler. Protein 78: 1503-1519.

21. Mashiach E, Nussinov R, Wolfson HJ (2010) FiberDock: server web untuk penyempurnaan tulang punggung yang diinduksi fleksibel dalam docking molekuler. Res Asam Nukleat 38: W457-W461.

22. Laskowski RA, Swindells MB (2011) LigPlot +: beberapa diagram interaksi ligan-protein untuk penemuan obat. J Chem Inf Model 51: 2778-2786.

23. Wallace AC, Laskowski RA, Thornton JM (1995) LIGPLOT: sebuah program untuk menghasilkan diagram skematik interaksi protein-ligan. Protein Eng 8:

127-134.

24. Cerenius L, Söderhäll K (2004) Sistem pengaktifan prophenoloxidase pada invertebrata. Imunologi Imunol Rev 198: 116-126.

25. Prasad Gajula MN, Vogel KP, Rai A, Dietrich F, Steinhoff HJ (2013) Sejauh mana komputasi in-silico memenuhi eksperimen nyata. Sebuah studi tentang struktur dan dinamika protein ekor vinculin berlabel spin dengan simulasi dinamika molekuler dan spektroskopi EPR. BMC Genomics 14: S4.

26. Gajula P, Borovykh IV, Beier C, Shkuropatova T, Gast P, dkk. (2007) Pusat reaksi fotosintesis berlabel spin dari Rhodobactersphaeroides dipelajari dengan spektroskopi resonansi paramagnetik elektron dan simulasi dinamika molekuler. Resonansi Magnetik Terapan 31: 167-178.

Afiliasi Penulis

Atas

1Institut Penelitian Statistik Pertanian India, Jalan Pusa, New Delhi, India- 110012

2Departemen Bioteknologi, Universitas Teknologi Delhi, Delhi, India-110042

3Genetika dan Bioteknologi Ikan, CIFE, ICAR, Mumbai, India-400061 Gambar 5: Interaksi antara protein antivirus udang PmAV dengan domain RING finger WSSV.

Volume 2 - Edisi 1 - 1000103 Halaman 5 dari

5 -

(12)

Kutipan: MNV Prasad Gajula, Soni G, Babu G, Rai A, Bharadvaja N (2013) Studi Interaksi Molekuler Protein Antivirus Udang, PmAV dengan Domain Jari RING WSSV secara in silico. J Appl Bioinform Comput Biol 2:1.

doi:http://dx.doi.org/10.4172/2329-9533.1000103

Lihat statistik publikasi

Referensi

Dokumen terkait