1
یاه بسا داژن هس یکیتنژ راتخاس یسررب زا هدافتسا اب ناریا یموب
هیحان یاه یلاوت
D-LOOP
رمع یفطصم هوکنلاوک ی
1
،*
قیرویا تیاده تمعن ناتسوب هدازآ ،1
یفیرش دیس اضر ،1
یدحاو دیحو ،1
یلاخلخ اضر و1 2
یلیبدرا ققحم هاگشناد ،یعیبط عبانم و یزرواشک هدکشناد ،یماد مولع هورگ1
یراس یعیبط عبانم و یزرواشک هاگشناد ،یماد مولع هورگ2
هدیکچ
داژن ،برع داژن لماش ناریا یموب بسا داژن هس یکیتنژ طابترا و یکیتنژ راتخاس یسررب شهوژپ نیا زا فده یروش هرد داژن و درک (
ییاقشق ) ییایردنکوتیم مونژ زا هدافتسا اب هک دوب
D- loop
یوررب هنومن72
( برع لماش 1۱
)هنومن ( درک، 12 ( یروش هرد و )هنومن ۵
)هنومن رق یسررب دروم .تفرگ را
هنومنهیلک یاه یندرگ گرهایس زا نوخ بسا
هیهت یامد رد جارختسا نامز ات و هدش 2۱
- یتناس هجرد .دش یرادهگن دارگ
یاوتحم لک جارختسا تیک شور زا هدافتسا ابDNA
تکرش نارادناتسپ نوخ زاDNA Exgene
.دش جارختسا جارختسا
هنومن یمامت رد نوخ هنومن زاDNA
ماجنا تیقفوم اب اه
هریجنز شنکاو تلاوصحم زروفورتکلا .دش زراگآ لژ یور رب زارمیلپ یا
۵ /
هب اهرمیارپ هک داد ناشن دصرد۱
تیلاعف یبوخ
هیحان یارب یصاصتخا تاعطق و هدومن
D-LOOP
لوط هب هک یم زاب تفج ۰۳۴
مامت سپس تسا هدش ریثکت دشاب
اه یلاوت اب و دندش یبای یلاوت رگنس شور زا هدافتسا اب ا
ت دروم یکیتاماروفناویب یاه رازفا مرن زا هدافتس ج
لیلحت و هیز
یسررب یاهداژن رد لااب یکیتنژ عونت داد ناشن جیاتن .دنتفرگ رارق عونت و یدیتوئلکون عونت رادقم .دراد دوجو هدش
هنومن لک یارب یپیتولپاه بیترت هب اه
۴7۰ /
و۴ /990
رادقم نیرتمک دمآ تسدهب۴
)یکیتنژ زیامت(Fst (
۱62 / ۴
نیب )
شیب و یکیتنژ هلصاف نیرتمک ،ینژ نایرج نیرت شیب یاراد هک یروش هرد داژن یاه هنومن اب برع داژن یاه هنومن دندوب یکیتنژ تهابش نیرت هدهاشم
نیرتشیب رگید یوس زا .دش
(Fst ۱9۱ / ۴
ومن اب درک داژن یاه هنومن نیب )
داژن هن
دندوب یکیتنژ تهابش نیرتمک و یکیتنژ هلصاف نیرتشیب ،ینژ نایرج نیرت مک یاراد هک یروش هرد دیدرگهدهاشم .
مک نیرت یکیتنژ هلصاف حوطس ای
DXY
( ۴7۰ / ۴
برع داژن ار )
اب ییاقشق ای یروش هرد داژن هک
ناشن کیدزن یکیتنژ هلصافهدنهد ود نیا
داژن مهاب یم شیب و دشاب یکیتنژ هلصاف حوطس نیرت
( 7۳9 / ۴
داژن هب طوبرم )
برع اب دوب درک داژن دهد یم ناشن جیاتن لک رد .
هطبار یروش هرد و برع یاه بسا هعلاطم دروم یاه بسا نیب
دنراد مهاب یکیدزن یکیتنژ .
.دشاب یم رتشیب ناریا بسا یاه تیعمج رد یکیتنژ طلاتخا و ینژ نایرج
لک تاملک
:
یدی،بسا
D-loop
یکیتنژ زیامت ،یکیتنژ عونت ،
.
همدقم
2
بسا یناویح اهنت تسا
هدوب هارمه ناسنا اب یخیرات و یلماکت رفس رد هک و
و دشاب یم یناوارف تیمها یاراد زین زونه ن
شق
یساسا تفرشیپرد تسا هتشاد یرشب هعماج
[ 7 ]
نییعت و یلها بسا ییایردنکوتیم مونژ یسررب.
هک داد ناشن ،توافتم هورگ ولپاه۱2
و ناهج فلتخم قطانم رد ،دیماجنا لوط هب )یگنسون هرود یط رد( لاس رازه نیدنچ هک یدنیآرف یط رد ،یشحو بسا ندرک یلها تیزکرم هب ساروا
یای تسا هتفرگ تروص یبرغ
[ ۳ ]
یدودح ات زین یسانش ناتساب دهاوش.
دنک یم دییات ار جیاتن نیا
[ 4 ] .
رب ساسا وئاف رامآ
( )2014
دودح یاراد ناریا،
رازه۱۰۴
سأر بسا م ی دشاب . عمج تی یاه فلتخم یناریا بسا بسحرب
قطانم
ماوقا ای شنکارپ شرورپ
نآهدنهد ماناه راذگ ی م ی دنوش هک بیترت نیدب. بسا
اه ی
، برغ رد درک بسا
اه ی رد ییاقشق ای یروش هرد
و یزکرم شخب بسا
اه ی دنکارپ روشک برغ بونج و برغ رد ناریا برع هدش
[دنا ].6
،بسا زا ناریا رد هزورما
ًلاومعم ،یراکراوس یارب
ینامرد بسا ( ینامرد بسا ،یناتسرهش تاقباسم ،یمرگرس هخاشود
یلصا دراد هک یکی کمک هب ناور ینامرد و یرگید کمک ب ه
هعسوت تراهم یاه تسا یصخش یطابترا [.
1 ] و لمح لقنو ییاتسور قطانم رد هدافتسادروم
رارق یم دریگ . یکیتنژ یاه توافت تخانش
دشاب یم یرورض یشزیمآ متسیس و یداژن حلاصا یاهیژتارتسا دوبهب و داجیا یارب ییایردنکوتیم مونژ
D-Loop
یبسانم رایسب رگناشن
صیخشت یارب نیب
هنوگ هورگیا ییاه یارب هک تسا 1۱۱
ات 1۱۱۱۱ ادج مه زا لاس وب
هد دنا نینچمه . تعرس
یلااب لماکت
mtDNA
رد
اب هسیاقم هتسهDNA
یا یحاون زا یخرب رد اهدیتولکون ینیزگیاج تعرس .ددرگ هدافتسا یلماکت تاعلاطم یارب نآ زا هک هدش ثعاب ،
ینژ
mtDNA
هرهم ناراد یلاع
ًابیرقت ۵ ات 1۱ مونژ زا رتشیب ربارب هتسه
یا
[تسا
2 ]
مونژ یبای یلاوت ،یکیتنژ یاهرگناشن نیب رد.
زا یکی یردنکوتیم یدربراک
شورنیرت اه نیب یکیتنژولیف هطبار نییعت یارب تیعمج
اه و هنوگ یاه بوسحم کیدزن یم
ش
[دو
8 .]
دودحم تاعلاطم هنیمزرد
بسا یردام طخ یسررب یناریا یاه
هب صوصخ نیا ات تشاد نیا رب ار ام ییاقشق ای یروش هرد داژن دروم رد
اب ،قیقحت فده
لرتنک هیحان هسیاقم
( D-loop
یسررب هب ییاقشق ای یروش هرد و درک ،برع داژن هس رد ییایردنکوتیم مونژ)
هاگیاج یاه
یکیتنژ طابترا و یکیتنژ راتخاس و عونت ،ریغتم یدیتوئلکون ماجنا اهداژن نیا
دوش .
داوم و شور نوخ هنومن قیقحت نیا یارجا یارب بسا72
یناریا بسا داژن هس زا دنتشادن مهاب یکیدزن یکیتنژ هطبار هک
برع بسا لماش
( 1۱ )هنومن یروش هرد بسا ، ۵(
) هنومن و درک بسا ۱7(
)هنومن عمج یروآ دیدرگ . هیلک هنومن یاه یندرگ گرهایس زا نوخ بسا
هیهت هدش
یامد رد جارختسا نامز ات و 2۱
- هجرد یتناس دارگ .دش یرادهگن یاوتحم لک
جارختسا تیک شور زا هدافتسا ابDNA
نوخ زاDNA
تکرش نارادناتسپ
Exgene
تیفیک و تیمک .دش جارختسا جارختساDNA
هدش زراگا لژ شور هب 8
/ هاگتسد زا هدافتسا اب دصرد۴
.دش هدیجنس زوف ورتکلا سپس
هیحان
D-Loop
هدافتسا اب شنکاو
هدافتسا یاهرگزاغآ طسوتPCR
هب هدش ۰۳۴لوط
ریثکت زاب تفج
[دش 9 .]
forward: 5′ CTAGCTCCACCATCAACACC-3′
reverse: 5′-ATGGCCCTGAAGAAAGAACC-3′
شنکاو اه ی ردPCR مجح اه 7۵ی م ی لورک ی رت ی یواح هک ۵
/ م۱7 ی لورک ی رت داوم master mix
، ۵ / 1 ،تفر رمیارپ رتیل ورکیم
۵ / 1 م ی لورک ی رت ،تشگرب رمیارپ م2
ی لورک ی رت و هدش لیرتسا رطقم بآ ۵
/ م7 ی لورک ی رت .دندش ماجنا ،دندوبDNA مامت
شنکاو یاه ابPCR
لماش درادناتسا همانرب زا هدافتسا یامد رد نیزاغآ یزاس تشرساو هقیقد۱۴
هجرد9۵ یتناس دارگ ۳۴ ، لماش لکیس تشرساو هیناث۳۴
رد یزاس هجرد9۰
یتناس دارگ ۵۴، لاصتا یامد رد هیناث هجرد6۳
یتناس دارگ ۳۴و رد هیناث هجرد27
یتناس دارگ یلوا طسب تیاهنردو
تدم هب ییاهن ریثکت یامد رد هقیقد۱۴
هجرد27 یتناس دارگ تلاوصحم سپس .تفرگ ماجنا هبPCR
تسد هدمآ اب زراگا لژ رد یسررب
۵ / دصرد۱ داد ناشن تلاوصحم
لکش(دنتسه رادروخرب یبسانم تیفیکPCR هک )۱
رگنس شور زا هدافتسا اب دروم
.دیدرگ یبای یلاوت
3
لکش 1 - ریثکت 034 هیحان یزاب تفج D-loop
تیعمج رد بسا
اه یناریا ی
و یبای یلاوت زا سپ آ
هدام هدادیزاس اه یارب ، مه زارت زا ولیف تخرد مسر و هدش یبای یلاوت تاعطق ندرک مرن
رازفا
MEGA
[5 ۱۴
یارب و]
صخشم ندرک نیا رد دوجوم تاعونت یلاوت
اه زا مرن رازفا
DnaSp
دش هدافتسا
ثحب و جیاتن هعطق یسررب اب هیحان یزاب تفج۰۳۴
D- LOOP
ناریا یموب بسا داژن هس یردنکوتیم مونژ ریغتم یدیتوئلکون هاگیاج35
و فلتخم پیتولپاه22
دمآتسدهب یپیتولپاه عونت و یدیتوئلکون عونت رادقم .
لک یارب هنومن
اه بیترت هب
۴7۰ /
و۴ 99۴ /
هب۴
تسد
هک دمآ ناشن هدنهد رد لااب یکیتنژ عونت تیعمج
یسرربدرومیاه تسا
لودج(
1 ) تخاس فادها زا یکی . تخرد
یاه یکیتنژولیف
یلاوتساسارب یاه
یلماکت هچخیرات یزاسزاب ،یلوکلوم هنوگ
رظندرومیاه .تسا
زا تادوجوم رتشیب رد هداد
یاه طوبرم
هب یلاوت هدافتسا یلماکت طباور نییعت یاربDNA
یم دوش . ییاجنآزا هک نینچ هداد ییاه اب هسیاقم رد(
هداد ییاه دننام هداد یاه
ا جیاتن ریثأت تحت رتمک )یتخانش تخیر رارق باختن
یم دنریگ رتهب ، یم دنناوت .دنهد باتزاب ار یعقاو یکیتنژولیف طباور ن
هیزجت جیات
ینژولیف یاهداژن هک داد ناشن یسررب
هدش ب ا رگیدکی رما نیا دنراد یرتشیب یکیدزن ناشن
مهدنهد ن ءاش هداژن نیا کرتشم ا
یم دشاب اب
هب هجوت رتشیب دادعت دوجو اه نوسکا
ینژولیفی ناشن
هدنهد یکیتنژ عونت ردلااب
بسا هعلاطمدرومیاه تسا
(
7 لکش ) . یکیتنژ هلصاف
لصاح یکیتنژ زیامت و یلاوتزیلانآزا
یاه هب طوبرم بسا
یسرربدرومیاه لودج رد
.تسا هدش هدروآ7
مک نیرت یکیتنژ هلصاف حوطس
ای
DXY
( ۴7۰ / ۴
برع داژن ار)
اب ییاقشق ای یروش هرد داژن هک
ناشن هدنهد کیدزن یکیتنژ هلصاف ود نیا
داژن مهاب یم دشاب و
شیب نیرت یکیتنژ هلصاف حوطس
( 7۳9 / ۴
داژن هب طوبرم)
برع اب درک داژن دوب . هرامآ زا هدافتسا اب یکیتنژ زیامت برع داژن نیبFst
اب درک داژن
( ۴۴7 / ۴ -
دوجو .دش هبساحم یفنم)
FST
یم یفنم للآ یاراد یلکشدنچ هاگیاج هکنیا تسخن دشاب لیلد ود هب دناوت
تیعمج ود رد یکیکفت یسرربدروم
دشاب هدوب یلاحرد
هک للآ یناوارف عیزوت رد تلاح نیا رد دشابن توافتم تیعمج ود نیب اه
یم یکیتنژ زیامت مدع نتفرگ رظن هکنیا مود دشاب هدوب یقطنم دناوت
FST
یم ینامز یفنم دناوت
یناوارف عیزوت هک ددرگ هدهاشم
4
للآ و دهد ناشن یگلوچ یدایز رادقم هب رگناشن هاگیاج رد اه نیا
ینامز یم داجیا هدوب فرومونوم تلاح هب کیدزن هاگیاج هک دوش
یکیتنژ زیامت مدع نتفرگ رظن رد نآ هجیتن هک دوش هدهاشم دارفا زا یمک دادعت طسوت یلکشدنچ و دشاب یم
[دشاب
۱۱
رتمک و]
نی
رادقم
(Fst ۱62 / ۴
نیرت شیب و یکیتنژ هلصاف نیرتمک ،ینژ نایرج نیرت شیب یاراد هک یروش هرد اب برع داژن یاه هنومن نیب)
رثکادح رگید یوس زا .دش هدید دندوب یکیتنژ تهابش
(Fst ۱9۱ / ۴
یاراد هک یروش هرد داژن هنومن اب درک داژن یاه هنومن نیب )
.دش هدید دندوب یکیتنژ تهابش نیرتمک و یکیتنژ هلصاف نیرتشیب ،ینژ نایرج نیرت مک
لودج 1 - یاهرتماراپ یکیتنژ عونت
داژن هس یسرربدروم ناریا یمووب یاه بسا
درک ۴7۰12 / ۴ 98۰12 / ۴ 31
لودج 2 - یکیتنژ زیامت هب طوبرم هسیاقم یکیتنژ هلصاف وFst
DXY
ناریا یموب باه بسا ییلااب ثلثم(
ینییاپ ثلثم وFst DXY
)
تیعمج
درک برع یروش هرد
یروش هرد ۱62
/ ۴۱9۱ / ۴
۴7۰برع / ۴۴۴7 / ۴ -
۴76درک / ۴7۳9 / ۴
داژن هنومن دادعت
یدیتوئلکون عونت پیتولپاه دادعت
یپیتولپاه عونت یلپ هاگیاج دادعت
مسیفروم
ای یروش هرد ییاقشق ۵
۱۴۱ / ۴ 4
1 14
برع ۱۴
۴77 / ۴ 927 9
/ ۴ 22
5
لکش 2 ناریا یموب بسا داژن هس ینژولیف تخرد . برع داژن لماش
،
یروش هرد رک و د ناشن ار یم
.دهد
روطب یکیتنژ هطبار یروش هرد و برع یاه بسا هعلاطم دروم یاه بسا نیب زا هک دهد یم ناشن جیاتن یلک
یکیتنژ صولخ هک دسر یم رظن هب دهد یم ناشن دوخ زا ار رتشیب یکیتنژ یگدنکارپ یدرک داژن بسا ودنراد مهاب یکیدزن دشاب رتمک اه بسا ریاس اب هسیاقم رد یدرک یاه بسا نیب رد
عبانم
1 . . م ، یفجن .م ، ینجورب یعفار .ا ،یدحوم. م ،رف نایمراص (
1۱۳۱ .) شزومآریثأت تراهم بسایاه یراوس یعامتجاتلاماعترب هرامش یتکرح راتفر ،
21 . 2. Zhang, T., Lu, H., Chen, Ch., Jiang. H., & Wu, S.)7۴۱7(.Genetic Diversity of mtDNA D-loop and Maternal
Origin of Three Chinese Native Horse Breeds. Asian-Aust. J. Anim. Sci. 25:921-926.
3. Warmuth,V., Eriksson,A.,Bower,MA.,Barker,G.,Barrett,E andHanks,BK.)2012.(Reconstructingtheorigin and spread of horse domestication in the Eurasian steppe . Proc Natl Acad Sci USA,109(21):8202– 6.
4. Outram,AK.,Stear,NA.,Bendrey,R.,Olsen,S.,Kasparov,AandZaibert,V.)2009 (. Theearliesthorseharnessing andmilking.Science,323 (5919):1332–5
5. FAO: FAO-STAT. Food and Agricultural Organisation, Statistical Databases. 2014.
6. Fotovati, A.,)7۴۴۴(.Persian Horse Breeds From Ancient Time to Present and Their Rules in Development of World Horse Breeds.Asian-Aus. J. Anim. Sci.401
7. Naderi, S, H. R. Rezaei, P. Taberlet, S. Zundel, S. A. Rafat, H. R. Naghash, M. A. el-Barody, O. Ertugrul, F. Pompanon, and Econogene Consortium. 2007. Large-Scale Mitochondrial DNA Analysis of the Domestic Goat Reveals Six Haplogroups with High Diversity. Plos one. 10:1-10
6
8. Bruford, M., Bradley, D and Luikart, G. )2003(. DNA markers reveal the complexity of livestock domestication. Nat.
Rev. Genet. 3:900–910.
9. TAKASU, M., ISHIHARA,N., TOZAKI, T., KAKOI,H.,MAEDA,M.,&MUKOYAMA,H.)7۴۱۰(. Genetic Diversity of Maternal Lineage in the Endangered Kiso Horse Based on Polymorphism of the Mitochondrial DNA D-Loop Region. J.
Vet. Med. Sci. 76(11): 1451–1456
10. TAMURA, K., PETERSON, D., PETERSON, N., STECHER, G., NEI, M. & KUMAR, S. 2011. MEGA5: molecular evolutionary genetics analysis using maximum likelihood, evolutionary distance, and maximum parsimony methods.
Molecular biology and evolution, 28, 2731-2739.
11. RoestiM, Salzburger W. Berner D. 2012. Uninformative polymorphisms bias genome scans for signatures of selection. BMC Evolutionary Biology. 12:94.
MaruyamaT, Fuerst PA. 1985. Population Bottlenecks and Non-Equilibrium
7
Investigation of genetic structure in three native Iranian horse breeds using D-LOOP region
Mostafa Omari 1 *, Nemat Hedayat Evrigh 1, Azadeh Boustan, Reza Seyed Sharifi 1, Vahid Vahedi 1, Reza Khalkhali 2
Department of Animal Sciences, Faculty of Agriculture and Natural Resources, University of Mohaghegh Ardabili1 Department of Animal Sciences, Sari University of Agriculture and Natural Resources2
Abstract
The aim of this study was to evaluate the genetic structure and genetic relationship between three breeds of native horses’ native including Arab, Kord, and Dareshori using mitochondrial genome. Genomic DNA was extracted using the kit in 27 blood samples including Arab (10 samples), Kord (12 samples) and Dareshori (5 samples).
Blood samples were collected from jugular vein and stored in -20 C until centrifuged in 14000 rpm. Total DNA was extracted using DNA extraction kit (Exgene Co, Korea). Specific primers were used to amplify 430 bp of D- Loop region and sequenced using Sanger sequencing methods. The sequences were analyzed with bioinformatics software. The results showed that the high genetic diversity in the investigated populations. Genetic and haplotype diversity were 0.024 and 0.990 respectively. The lowest differentiate genetic was observed between Arab and Darehshori (fst=0.167) and the highest was between Kord and Dareh Shouri (Fst= 0.191).
The lowest genetic distance (DXY= 0.024)was observed between Arab and Dareshori breeds that indicates the close genetic relationship between them. Arab with Kordi breed had the highest genetic distance. In conclusion the results indicated that the Arab and Dareshori horses have close genetic relationship and there are more gene fellow and genetic mixture.
Keywords:horse, D-loop, genetic diversity, genetic differentiation.