3
ҚАЗАҚСТАН ТЕРРИТОРИЯСЫНДА ТАРАЛҒАН M. TUBERCULOSIS КЛИНИКАЛЫҚ ИЗОЛЯТТАРЫНЫҢ МОЛЕКУЛАЛЫҚ-ГЕНЕТИКАЛЫҚ СИПАТТАМАСЫ
Ахметова А.Ж 1,2, Ибраева А.Р 1
Л.Н.Гумилев атындағы Еуразия Ұлттық Университеті, Астана, Қазақстан 1 РМК «ҚР Ұлттық Биотехнология Орталығы», Астана, Қазақстан 2
E-mail: [email protected]
Ғылыми жетекшілер – м.ғ.д Ақпарова А.Ю1, м.ғ.к Қожамқұлов Ұ.А2
M.tuberculosis штаммдарын генотиптеу әдістері туберкулездің таралуын бақылауда маңызды рөл атқарады. Бұл әдістер зертханалық қателіктерді анықтауға, рецидив жағдайларын бақылауға, аурудың жалпы таралу жолдарын анықтауға мүмкіндік береді. Сонымен қатар, тұқымдасты анықтауда да қолданылады.
Қазіргі таңда туберкулездің молекулалық эпидемиологиясын зерттеуде бірқатар әдістер қолданылуда. MIRU-VNTR генотиптеу әдісі қарапайым және барлық молекулалық-генетикалық зертханаларда қолжетімді әдіс, әдістің дискриминациялық қабілеті генотиптеудің «алтын стандарты»
болып табылатын IS6110 RFLP әдісінің дискриминациялық қабілетіне өте жақын *1, 2, 3, 4, 5].
Жұмыстың мақсаты: Қазақстанның әр түрлі облыстарынан бөлініп алынған M. tuberculosis клиникалық изоляттарының биологиялық көптүрлілігін 15 MIRU-VNTR локустары негізінде бағалау.
Қазақстанның әр түрлі облыстарында туберкулез бірінші рет анықталған науқастардан және туберкулездің қайталанған жағдайларынан бөлініп алынған 132 M.tuberculosis клиникалық изоляттары зерттеу жұмысының материалы болып табылады. Бақылау ретінде H37Rv референтті штаммы (NC_000962) қолданылды. Амплификация өнімдерін гель-электрофорез әдісі көмегімен бромдық этидиймен боялған 2% агароздық гельде анализдедік. Локустардағы тандемді қайталанулар саны Quantity One v.4.4.0 (BioRad, АҚШ) бағдарламасының көмегімен анықталды.
Нәтижесінде, әрбір изолятқа белгілі бір локустағы тандемді қайталанулар санына сәйкес келетін 15 саннан тұратын сандық паттерн алынды. Филогенетикалық ағаш www.miru-vntrplus.org web- ресурсында UPGMA (Unweighted pair-group method using arithmetic averages) әдісі көмегімен құрылды.
Алынған MIRU-VNTR анализінің мәліметтері бойынша филогенетикалық ағаш құрылды. Барлық қазақстандық M. tuberculosis клиникалық изоляттарының арасында туберкулезге қарсы қолданылатын препараттарға дәрілік төзімділікпен ассоциацияланған Beijing тұқымдасына жататын генотип басымдылық көрсетті. Аталған генотип штаммдары бірінші рет анықталған және рецидивтердің арасында басымдылық көрсетіп, сәйкесінше 65,2% және 89,4% құрады.
Маңыздылығы бойынша Қазақстан территориясында таралған екінші тұқымдас – LAM, жаңа жағдайлар мен рецидивтердің арасында сәйкесінше 7,6% және 4,5% жиілікпен кездесті. Қалған Ural, Haarlem, CAS, NEW-1, Cameroon, S сияқты M. tuberculosis тұқымдастары 4% төмен кездесті.
Генотиптеу нәтижесінде, барлық қазақстандық штаммдар арасында Beijing генотипі (65,2%
және 89,4%) басымдылық көрсетті. Алғаш рет Қытайда табылған бұл генотип өте вирулентті, көптеген жағдайда жас индивидтерді зақымдайды. Қазіргі кезде туберкулездің жоғары көрсеткіштері
4
таралуының негізгі себептерінің бірі. Әсіресе, көптік дәріге төзімді туберкулез (MDR TB) арасында кең таралған. Сондықтан бұл генотиптің эпидемиологиясын анықтау туберкулез мониторингінде маңызды рөл атқарады.
Әдебиеттер тізімі
1. Mazars E., Lesjean S., Banuls A.L., Gilbert M., Vincent V., Gicquel B., Tibayrenc M., Locht C., Supply P. High-resolution minisatellite based typing as a portable approach to global analysis of Mycobacterium tuberculosis molecular epidemiology.//Proc. Natl.Acad.Sci.USA. - 2001. – 98:1901-1906.
2. Allix-Beguec C., Supply P., and Fauville-Dufaux M. Utility of fast mycobacterial interspersed repetitive unit-variable number tandem repeat genotyping in clinical mycobacteriologycal analysis.// Clin.
Infect. Dis. – 2004. – 39:783-789.
3. Takayuki Wada., Shinji Maeda., Atsushi Hase and Kazuo Kobayashi. Evaluation of variable numbers of tandem repeat as molecular epidemiological markers of Mycobacterium tuberculosis in Japan. //
Journal of Medical Microbiology. – 2007. – 56:1052-1057.
4. Krishna K. Gopaul., Timothy J. Brown., Andrea L. Gibson., Malcolm D. Yates., and Francis A.
Drobniewski. Progression Toward an Improved DNA Amplification-Based Typing Technique in the Study of Mycobacterium tuberculosis Epidemiology. // J.Clin. Microbiol. – 2006. – 44:2492-2498.
5. Kremer K., Betty Kam Yan Au., Peter Chi Wai Yip., Robin Skuce., Supply p., Kai Man Kam and Dick van Soolingen. Use of Variable-Number Tandem Repeat typing to differentiate Mycobacterium tuberculosis Beijing family isolates from Hong Kong and comparison with IS6110 Restriction Fragment Length Polymorphism typing and Spoligotyping. // J. Clin. Microbiol. – 2005. – 43:314-320.
