6 BAABCC 0,125 N-alele 4 2 1 1 1 1 1 2 Haplotype Diversity 0,3698 0,0700 0 0 0 0 0 0,0365
Nilai tertinggi keragaman haplotipe ikan Malalugis pada penelitian ini terdapat pada populasi Laut Sulawesi, yaitu sebesar 0,3698 (Tabel 3). Tingginya nilai keragaman haplotipe diduga disebabkan oleh adanya pengaruh dari populasi yang berasal dari Samudera Pasifik, atau bisa juga karena spesies ikan Malalugis di Laut Sulawesi mempunyai sifat dapat beradaptasi secara plasticity (kelenturan). Pengaruh dari populasi yang berasal dari Samudera Pasifik diduga disebabkan oleh adanya arus yang mengalir dari Samudera Pasifik menuju Laut Sulawesi melalui percabangan Selatan Mindanao ke arah Baratdaya. Arus tersebut dibelokkan ke selatan kemudian ketika sampai di bagian tengah laut dibelokkan ke Timur dan kembali mengalir ke Timur di sepanjang pantai Utara Sulawesi (Hasanudin, 1998). Walaupun pengaruh arus terhadap ikan dewasa masih diperdebatkan, akan tetapi arus tersebut berpengaruh terhadap larva ikan. Suatu spesies yang mampu beradaptasi secara plasticity akan menghasilkan variasi baik fenotip maupun genotip sebagai respon terhadap kondisi lingkungan tertentu sehingga dapat meningkatkan kemampuan individu untuk tetap bertahan hidup dan berkembang biak (Sultan, 1987; Taylor dan Aarsen, 1989).
7! ! -)/.0.0
'#&)0)-")-Analisis statistika dengan menggunakan AMOVA (Analysis of Moleculer Variances) dalam perangkat lunak TFPGA, analisis berpasangan Fst menunjukkan bahwa terdapat perbedaan genetika yang cukup signifikan antara populasi Laut Sulawesi dengan ketujuh populasi lainnya (Tabel 4). Perbedaan ini menunjukkan bahwa struktur populasi ikan malalugis dari Laut Sulawesi berasal dari sub-spesies yang berbeda, sehingga memperkuat dugaan bahwa populasi ikan malalugis Laut Sulawesi berasal dari populasi Samudera Pasifik, sedangkan ketujuh populasi lainnya diduga mempunyai kecenderungan berasal dari populasi Samudera Hindia. Williams et al. (2002) menyatakan bahwa
secara umum terdapat perbedaan genetika antara spesies Samudera Pasifik dengan Samudera Hindia.
Tabel 4. Hasil analisis antar populais ikan malalugis berdasarkan metode jarak berpasangan (Fst). Populasi Laut Sulawesi Selat Makassar Teluk Bone Laut Flores Laut Banda Teluk Tolo Laut Maluku Teluk Tomini Laut Sulawesi - Selat Makassar 0,0000 s - Teluk Bone 0,0000 s 0,6619ns - Laut Flores 0,0000 s 0,6238ns 1,0000ns - Laut Banda 0,0000 s 0,6222ns 1,0000ns 1,0000ns - Teluk Tolo 0,0000 s 0,7063ns 1,0000ns 1,0000ns 1,0000ns - Laut Maluku 0,0000 s 0,6508ns 1,0000ns 1,0000ns 1,0000ns 1,0000ns - Teluk Tomini 0,0000 s 0,3808ns 0,9717ns 0,9716ns 0,9796ns 0,9991ns 0,9991ns - Keterangan: ns
) tidak beda nyata (P > 0,05)
s
) beda nyata (P < 0,05)
7!4! )#)+ '-'(.+)
Jarak genetika dihitung dengan menggunakan metode dari Nei dan Tajima (1981) berdasarkan situs pemotongan dari enam enzim restriksi. Semakin kecil nilai jarak genetika yang diperoleh, maka semakin dekat pula hubungan kekerabatan antara kedua populasi tersebut, demikian pula sebaliknya. Berdasarkan nilai dari jarak genetika dapat ditentukan pula dendrogram hubungan kekerabatan antar populasi.
Pada Tabel 5 dapat diketahui bahwa jarak genetika terdekat adalah antara Teluk Bone, Laut Flores, Laut Banda, Teluk Tolo dengan Laut Maluku (0,0000). Hal ini mengindikasikan bahwa kelima populasi tersebut berasal dari
asal atau stok populasi yang sama, disamping itu secara geografis ketiga populasi tersebut saling berhubungan, sehingga memungkinkan terjadinya gene flow (aliran gen). Arnaud et al. (1999) menyebutkan bahwa pada populasi Laut Banda dengan Laut Maluku terjadi gene flow terhadap spesies ikan malalugis.
Populasi Teluk Tomini, Selat Makassar dan Laut Sulawesi mempunyai nilai jarak genetika dengan populasi lainnya. Akan tetapi populasi Teluk Tomini dan Selat Makassar jarak genetiknya sangat dekat dengan populasi Laut Maluku, Teluk Tolo, Laut Banda, Laut Flores dan Teluk Bone hal ini menunjukkan bahwa populasi dari Teluk Tomini dan Selat Makassar mempunyai kekerabatan yang dekat dengan kelima populasi tersebut. Jarak terjauh diketahui berasal dari populasi Laut Sulawesi dengan ketujuh populasi lainnya (0,1405 – 0,1733), sehingga hal ini semakin memperkuat indikasi bahwa populasi Laut Sulawesi berbeda dengan tujuh populasi yang lain.
Tabel 5. Jarak genetika Nei antar populasi ikan malalugis
Populasi Laut Sulawesi Selat Makassar Teluk Bone Laut Flores Laut Banda Teluk Tolo Laut Maluku Teluk Tomini Laut Sulawesi - Selat Makassar 0,1733 - Teluk Bone 0,1438 0,0150 - Laut Flores 0,1438 0,0150 0,0000 - Laut Banda 0,1438 0,0150 0,0000 0,0000 - Teluk Tolo 0,1438 0,0150 0,0000 0,0000 0,0000 - Laut Maluku 0,1438 0,0150 0,0000 0,0000 0,0000 0,0000 - Teluk Tomini 0,1405 0,0186 0,0025 0,0025 0,0025 0,0025 0,0025 -
7!7! (#%+(%# '-'(.+) $&%/)0. ,)- %9%-")- ./$"'-'(.+
Berdasarkan dendrogram hubungan kekerabatan dari kedelapan populasi ikan malalugis dapat dipisahkan menjadi dua group populasi yang berasal dari dua garis keturunan mtDNA, yaitu "#$%& &'#()*) (clade 1) terdiri dari populasi Selat Makassar, Teluk Bone, Laut Flores, Laut Banda, Teluk Tolo, Laut Maluku dan Teluk Tomini; sedangkan "#$%& +' ,%) (clade 2) terdiri dari populasi Laut Sulawesi (Gambar 9). Diduga populasi group pertama berasal atau terpengaruh dari populasi Samudera Hindia, sedangkan populasi group kedua berasal atau terpengaruh dari populasi Samudera Pasifik. Gordon dan Fine (1996) menyebutkan bahwa sampai saat ini terjadi pertukaran gen antara organisme tropis di Samudera Hindia dengan Samudera Pasifik. Dalam populasi group pertama terbagi menjadi dua sub populasi, yaitu sub populasi Selat Makassar dengan sub populasi Teluk Bone, Laut Flores, Laut Banda, Teluk Tolo, Laut Maluku dan Teluk Tomini. Sub populasi dari Selat Makassar secara statistik (analisis berpasangan) dan jarak genetika termasuk dalam populasi group pertama, akan tetapi ada sedikit perbedaan pada sub populasi Selat Makassar tersebut. Perbedaan tersebut diduga karena masuknya ikan dari populasi group ke-dua (Laut Sulawesi) ke Selat Makassar melalui perantaraan arus permukaan laut yang bergerak dari Laut Sulawesi ke Selat Makassar sepanjang tahun (Gambar 10 dan Gambar 11). Hal tersebut menyebabkan dua kemungkinan, yang pertama adalah ikan dari populasi Laut Sulawesi bercampur dengan ikan berhaplotipe AAAAAA di Selat Makassar, sehingga memunculkan haplotipe baru.
Kemungkinan yang kedua adalah ikan dari populasi Laut Sulawesi masuk ke Selat Makassar dan mengalami adaptasi plasticity, sehingga memunculkan
haplotipe baru. Gaylord dan Gaines (2000) menjelaskan bahwa arus laut dapat mempengaruhi distribusi populasi, perubahan atau perbedaan karakteristik air yang dapat mempengaruhi fisiologi organisme untuk selanjutnya mempengaruhi struktur genetikanya.
Gambar 10. Pola arus air permukaan laut pada musim barat, a. Rizal et al. (2009) dan b. Wrytki (1961)
Gambar 11. Pola arus air permukaan laut pada musim timur, a. Rizal et al. (2009) dan b. Wrytki (1961)
Populasi Teluk Bone, Laut Flores, Laut Banda, Teluk Tolo, Laut Maluku dan Teluk Tomini berasal dari satu unit stok (mempunyai stok yang sama). Hal ini terjadi karena kelima populasi tersebut diduga merupakan jalur migrasi dari ikan layang biru. Walaupun berasal daru unit stok yang sama, populasi Teluk
Tomini sedikit berbeda dengan lima populasi lainnya (Teluk Bone, Laut Flores, Laut Banda, Teluk Tolo dan Laut Maluku) tapi masih mempunyai kekerabatan yang dekat. Adanya sedikit perbedaan tersebut diduga di perairan Teluk Tomini terdapat populasi ikan malalugis yang bersifat lokal. Populasi di perairan Teluk Tomini yang bersifat lokal tersebut disebabkan perairan Teluk Tomini bersifat semi tertutup (semi enclosed), sehingga memungkinkan spesies dalam perairan tersebut terisolasi. Disamping itu, dalam sejarah geologi Pulau Sulawesi di masa lampau (zaman Pleistosen) tidak pernah bersatu dengan daratan manapun (Hall, 2001), Pulau Sulawesi merupakan pulau yang berdiri sendiri dan bukan merupakan pecahan dari pulau lain, seperti Pulau Kalimantan dan Sumatera.
Kekerabatan yang dekat antara populasi Teluk Tomini dengan populasi dari Laut Maluku, Teluk Tolo, Laut Banda dan Laut Flores dikarenakan stok dari populasi 4 perairan tersebut sebagian masuk ke dalam Teluk Tomini sehingga populasinya mengalami percampuran dengan populasi lokal ikan malalugis di Teluk Tomini. Tingkat keragaman genetika yang rendah merupakan ciri ikan pelagis yang memiliki kebiasaan migrasi jauh. Hasil analisis menunjukkan bahwa Ikan malalugis yang berhaplotipe AAAAAA mempunyai penyebaran yang luas karena terdapat di semua perairan lokasi penelitian. Penyebaran yang luas ini menunjukkan bahwa ikan malalugis dapat bermigrasi secara luas pula. Faktor-faktor yang mempengaruhi ikan untuk bermigrasi ada dua macam, yaitu Faktor-faktor internal dan eksternal. Faktor internal salah satunya adalah karena keseimbangan metabolik, yaitu untuk mencari makan. Penyebaran ikan malalugis berhaplotipe AAAAAA dari perairan timur Sulawesi menuju Selat Makassar sampai Laut Sulawesi diduga karena mencari makan. Proses migrasi ini terjadi sekitar musim barat dan peralihan I, dimana menurut hasil penelitian Realino et al. (2006) mengenai pola kesuburan permukaan air laut Indonesia tahun 2002 – 2006 berdasarkan musim diketahui bahwa pada musim barat dan
peralihan I perairan Selat Makassar cenderung lebih subur dari pada perairan timur Sulawesi (Laut Maluku, Laut Banda dan Laut Flores) (Gambar 12). Faktor eksternal adalah arus laut, terutama arus permukaan laut, karena arus laut mempunyai peranan penting dalam penyebaran larva-larva ikan (Fahmi, 2010). Seperti pada keterangan sebelumnya, masuknya populasi ikan Laut Sulawesi ke Selat Makassar diduga karena arus. Sub populasi Teluk Tomini juga didominasi ikan malalugis berhaplotipe AAAAAA (populasi group pertama), hal ini karena masuknya sub populasi ikan Laut Maluku melalui perantaraan arus yang mengalir menuju Teluk Tomini pada musim timur (Burhanuddin et al., 2004) (Gambar 13), selain itu pada daerah sekitar mulut teluk mempunyai kandungan klorofil yang tinggi pada musim timur (BRPL 2005). Persebaran ikan malalugis berhaplotipe AAAAAA pada perairan Laut Flores dan Laut Maluku juga disebabkan oleh faktor mencari makan (internal) dan juga faktor arus (eksternal). Pada Gambar 12 dapat diketahui bahwa kandungan klorofil-a di perairan timur Pulau Sulawesi lebih besar/subur daripada perairan barat Pulau Sulawesi. Sedangkan pola arus di Laut Flores menurut Gambar 10 dan 11 menunjukkan bahwa pada musim barat dan musim timur arus mengalir menuju ke arah timur (Laut Banda), walaupun pada musim timur arus tersebut melemah karena ada pengaruh arus ke arah barat di selatan Pulau Sulawesi.
Gambar 13. Pola arus permukaan laut di Teluk Tomini pada saat musim timur (Burhanuddin et al., 2004).
Berdasarkan sasil analisis DNA dan analisis data dapat diperoleh struktur populasi ikan malalugis di perairan sekitar Pulau Sulawesi seperti pada Gambar 14. Pada gambar tersebut juga ditampilkan hasil dari penelitian Arnaud et al. (1999). Warna yang sama pada gambar tersebut menunjukkan hubungan kekerabatan antar populasi ikan. Hasil penelitian yang dilakukan oleh Arnaud et al. (1999) pada spesies dan metode yang sama menunjukkan bahwa tidak ada perbedaan yang signifikan antara populasi D. macarellus di Laut Maluku dengan Laut Banda. Tidak adanya perbedaan tersebut terjadi karena adanya aliran gen yang terjadi pada Laut Maluku dan Laut Banda. Aliran gen tersebut diduga karena adanya arus yang disebut South Pacific Thermocline mengalir dari Laut Maluku ke Laut Banda. Di Laut Banda arus tersebut bertemu dengan arus North Pacific Thermocline yang bergerak dari Selat Makassar menuju Laut Banda melalui Laut Flores (Gambar 15).
Gambar 14. Struktur genetika populasi ikan malalugis di perairan sekitar Pulau Sulawesi.
Keterangan:
= ikan malalugis haplotipe AAAAAA = ikan malalugis haplotipe BAABAC = ikan malalugis haplotipe BABCAC = ikan malalugis haplotipe BAABCC = ikan malalugis haplotipe AAAABA = ikan malalugis haplotipe AAAAAB = Hasil penelitian Arnaud et al. (1999)
Gambar 15. Pola arus diperairan sekitar Sulawesi dan Maluku (Green et al., 2004)
!
! !
.*&%/)-Terdapat dua kelompok utama pada struktur genetika populasi ikan malalugis di perairan sekitar Pulau Sulawesi, yaitu: kelompok pertama diwakili oleh populasi Selat Makassar, Teluk Bone, Laut Flores, Laut Banda, Teluk Tolo, Laut Maluku dan Teluk Tomini, dan kelompok kedua diwakili oleh populasi Laut Sulawesi. Terdapat perbedaan genetika yang cukup signifikan antara populasi Laut Sulawesi dengan ketujuh populasi lainnya. Keragaman haplotipe (genetika) ikan malalugis di perairan sekitar Pulau Sulawesi termasuk rendah yaitu antara 0 – 0,3698
! !
)#)-1. Teluk Tomini diduga merupakan perairan yang endemik, sehingga diperlukan penelitian lanjutan mengenai konservasi di perairan Teluk Tomini.
2. Ikan malalugis berhaplotipe AAAAAA tersebar luas, sehingga diperlukan penelitian lanjutan mengenai kelimpahan ikan tersebut dan sejauh mana penyebarannya.
Allen GR. 2000. Indo-Pacific coral-reef fishes as indicators of conservation hotspots. Proceedings 9th International Coral Reef Symposium; Bali, Indonesia 23 – 27 October 2000. Vol. 2.
Arnaud S, Bonhomme F, Borsa P. 1999. Mitochondrial DNA analysis of the genetic relationships among population of scad mackerel (Decapterus macarellus, D. macrosoma, and D. russelli) in South-East Asia. Marine Biology 135: 699 – 707.
Avise JC, Bowen BW, Lamb T. 1989. DNA fingerprints from hypervariable mitochondrial genotypes. Molecular Biology Evolution 6:258-269. Beacham TD, Withler RE, Wood CC. 1995. Stock identification of Sockeye
Salmon by means of minisatellite DNA variation. North American J. Fish Management. 15(2): 249 – 265.
Bermingham E. 1990. Mitochondrial DNA and the analysis of fish population structure. In: D. H. Whitmore, Ph.D. (Ed.). Electrophoretic and Isoelectric Focusing Techniques in Fisheries management. CRC Press. Inc. Boca Raton. Florida. 107 – 129.
Bermingham E, Avise JC. 1986. Molecular zoogeography of freshwater fishes in the Southeastern United States. Genetics. 113: 939 – 965.
Borsa P. 2003. Genetic structure of round scad mackerel Decapterus macrosoma (Carangidae) in the Indo-Malay archipelago. Marine Biology 142: 575 - 581.
[BRPL DKP] Balai Riset Perikanan Laut, Departemen Kelautan dan Perikanan. 2005. Teluk Tomini: Ekologi, Potensi Sumberdaya, Profil Perikanan dan Biologi Beberapa Jenis Ikan Ekonomis Penting. Jakarta: BRPL DKP.
Burhanuddin, Supangat A, Sulistiyo B, Rameyo T, Kepel CR. 2004. Profil sumberdaya kelautan dan perikanan Teluk Tomini. Jakarta. BRKP-DKP.
Cross TF, Mills CPR, Courcy Williams M de. 1992. An intensive studi of allozyme variation in freshwater resident and anadromous trout, Salmo trutta L. in western Ireland. Journal of Fish Biology. 40: 25 – 32. Effenberger S, Suchentrunk F. 1999. RFLP analysis of the mitochondrial DNA of
otters (Lutra lutra) from Europe-implication for conservation of flagship spesies. Biological Conservation. 90: 229 – 234.
Fahmi MR. 2010. Phenotypic plastisity kunci sukses adaptasi ikan migrasi: studi kasus ikan sidat. Prosiding Forum Inovasi Teknologi Akuakultur; Bandar Lampung Indonesia 20 – 23 April 2010.
Gaylord B, Gaines SD. 2000. Temperature or transport? Range limits in marine species mediated solely by flow. American Naturalist 155: 769 - 789
Gillespie JH. 1998. Population Genetics A Concise Guide. The John Hopkins University Press. London.
Gordon AL, Fine RA. 1996. Pathways of water between the Pacific and Indian oceans in the Indonesian seas. Nature 379: 146–149.
Green A, Mous PJ, Barmawi M, Sheppard S. 2004. Delineating the coral triangle, its ecoregions and functional seascapes. Report on an expert workshop Southeast Asia Center for Marine Protected Areas; Bali, Indonesia 30 April – 2 Mei 2003.
Griffiths AJF, Miller JH, Suzuki DT. 2000. Genetics and the Organism: Introduction. An Introduction to Genetic Analysis (7th ed.). New York: W. H. Freeman. ISBN0-7167-3520-2
Hall R. 2001. Cenozoic reconstructions of SE Asia and the SW Pacific: changing patterns of land and sea. In Faunal and Floral Migrations and Evolution in SE Asia-Australia, Metcalf I, Smith J, Morwood M, Davidson I. (eds) pp:35-56. Lisse: Swets and Zeitlinger Publishers.
Hariati T. 2005. Ikan layang biru (Decapterus macarellus), salah satu spesies ikan pelagis kecil di laut dalam Indonesia. Warta Penelitian Perikanan. Edisi Sumberdaya dan Penangkapan. Vol.11 No.5 2005. Hal. 15 – 18.
Hasanudin M. 1998. Arus Lintas Indonesia (Arlindo). Oseana. Vol. XXIII. No. 2: 1 – 9.
Hedrick PW. 2000. Genentics of populations. 2nd ed. Jones and Bartlett Publishers. Sudbury.
Miller MP. 1997. Tools for Population Genetic Analysis (TFPGA). Version 1.3. Department of Biological Sciences, Northern Arizona University, Flagstaff.
Nei M. 1973. Analysis of gene diversity in subdivided populations. Proceedings of the National Academy of Sciences, USA 70: 3321–3323.
Nei M, Tajima F. 1981. DNA polymorphism detectable by restriction endonucleases. Genetics. 97: 145 – 163.
Nesbo CL, Rueness EK, Iversen SA, Skagen DW, Jakobsen KS. 2000. Phylogeography and population history of Atlantic mackerel (Scomber scombrus L.): a genealogical approach reveals genetic structuring among the eastern Atlantic stocks. Proceedings of the
Royal Society of London Series B-Biological Sciences 267: 281-292.
Nugroho E, Ferrel DJ, Smith P, Taniguchi N. 2001. Genetic divergence of Kingfish from Japan, Australia and New Zealand Inferred by microsatellite DNA and mitochondrial DNA control region markers. Journal Fisheries Science 67:843-850.
Realino B, Wibawa TA, Zahrudin DA, Napitu AM. 2006. Pola Spasial dan Temporal Kesuburan Perairan Permukaan Laut di Indonesia. Balai Riset dan Observasi Kelautan. Departemen Kelautan dan Perikanan. Jembrana. Bali.
Renno JF, Berrebi P, Boujard T, Guyomard R. 1990. Intraspecific genetic differentiation of Leporinus friderici (Anostomidae Pisces) in French Guiana and Brazil: A genetic approach to the refuge theory. J. Fish Biol. 36: 85 – 95.
Saiki RK et al. 1985. Enzymatic Amplification of R-Globin Genomic Sequences and Restriction Site Analysis for Diagnosis of Sickle Cell Anemia. Science 230: 1350- 1354
Saiki RK et al. 1988. Primer-directed Enzymatic Amplification of DNA with a Thermostable DNA Polymerase. Science. 239: 487 – 491.
.
Saunders NC, Kessler LG, Avise JC. 1986. Genetic variation and geographic differentiation in mitochondrial DNA of the horseshoe crab, Limulus polyphemus. Genetics 112: 613 – 627.
Shekelle M, Leksono SM. 2004. Strategi Konservasi di Pulau Sulawesi dengan Menggunakan Tarsius sebagai Flagship Spesies. Biota Vol. IX (1): 1-10.
Solihin DD. 1994. Ulas Balik Peran DNA mitokondria (mt DNA) dalam Studi Keragaman Genetik dan Biologi populasi pada Hewan. Hayati. Vol. 1. No. 1: 1 – 4.
Sultan SE. 1987. Evolutionary implication of phenotypic plasticity in plants. Evol. Bio. 20: 127-178.
Suwarso, Widodo J, Pralampita WA. 1998. Studi Pendahuluan Mengenai Distribusi, Kelimpahan dan Aspek Biologi Malalugis biru, Decapterus macarellus (Carangidae) di Laut Maluku dan Teluk Tomini. Hasil Penelitian yang Disampaikan pada Seminar Nasional Kelautan KTI; Ujung Pandang, 24 – 27 Juni 1998.
Suwarso, Dharmadi, Widodo J. 2000. Biology and fishery of Malalugis biru, Mackerel Scad, Decapterus macarellus, in North Sulawesi waters of Indonesia. In The. JSPS-DGHE International Symposium on Fisheries Science in Tropical Area. Vol 10. P.552 – 557.
Suwarso, Hariati T, Zamroni A, Fauzi M. 2009. Studi Hubungan Filogenetik Ikan Layang (Decapterus spp., Fam. Carangidae) di Indonesia. Balai Riset Perikanan Laut. Jakarta.
Tabata KH, Kishioka M, Takagi A, Mizuta N, Taniguchi. 1997. Genetic diversity of five strains of red sea bream Pagrus major by RFLP analysis of the mtDNA D-Loop region. Journal Fisheries Science, 63(3):344-348. Tarp TG, Kailola PJ. 1985. Trawled fishes of Southern Indonesia and
Northwestern Australia. ADAB. DGF Indonesia and GTZ: 406. Taylor DR, Aarssen LW. 1988. An Interpretation of Phenotypic Plasticity in
Agropyron repens (Gramminae). Amer. J. Bot. 75(3): 401-413. Utter F, Aebersold P, Winas G. 1987. Interpreting genetic variation detected by
electrophoresis. In: N.R.F. Utter (ed.) Population genetics and Fishery management, University of Washinton press, Seattle. Watts RJ, Storey AW, Hebbert DR, Edward DHD. 1995. Genetic and
morphological differences between population of the western minnow, Galaxias occidentails, from two river systems in South-western Australia. Mar. Freshwater Res. 46: 769 – 777.
Whitten A, Mustafa M, Henderson G. 2002. The Ecology of Sulawesi. 2nd ed. Singapore: Periplus.
Williams ST, Jara J, Gomez E, Knowlton N. 2002. The Marine Indo-West Pacific Break: Contrasting the Resolving Power of Mitochondrial anf Nuclea Genes. Integr. Comp. Biol. 42: 941 – 952.
Wilson DS, Clarke AB. 1996. The shy and the bold. Natural History 9/96: 26–28. Windelspecht M. 2007. Genetics 101. Greenwood Press. London. UK.
Zein MSA. 2007. Keragaman Daerah Kontrol DNA Mitokondria Rusa Timor (Cervus timorensis timorensis) di Pulau Timor, Alor dan Pantar. Biota Vol. 12(3): 138-144.
Zyskind JW, Bernstein SI. 1993. Recombinant DNA, Laboratory manual. Academic Press, Inc. San Diego.
Lampiran 1. Contoh vis layang bir
toh visualisasi hasil pemotongan sekuen mtDNA biru (D.macarellus) oleh enzim Alu I dan Hind I
Enzim Alu I
Enzim Hind III
NA D-loop ikan Hind III
Lampiran 2. Contoh visualisa layang biru (D.
sualisasi hasil pemotongan sekuen mtDNA D-loop D.macarellus) oleh enzim Mbo I dan Rsa I
Enzim Mbo I
Enzim Rsa I
Lampiran 3. Contoh layang bir
ntoh visualisasi hasil pemotongan sekuen mtDNA biru (D.macarellus) oleh enzim Taq I dan Xba I
Enzim Taq I
Enzim Xba I
tDNA D-loop ikan Xba I
Lampiran 4. Hasil penghitungan keragaman genetika dengan TFPGA Data set contains genotypes of individuals sampled from populations. Organism Type: Diploid
Marker Type: Codominant DESCRIPTIVE STATISTICS
******************************************************** RESULTS FOR EACH POPULATION.
POPULATION 1
Locus 1 # obs. at locus= 8
allele: # obs: allele freq: # hets: het freq: 1 8 0.5000 0.0000 0.0000 2 8 0.5000 0.0000 0.0000 Heterozygosity: 0.5000
Heterozygosity (unbiased): 0.5333 Heterozygosity (direct count): 0.0000 Locus 2 # obs. at locus= 8
allele: # obs: allele freq: # hets: het freq: 1 16 1.0000 0.0000 0.0000 Heterozygosity: 0.0000
Heterozygosity (unbiased): 0.0000 Heterozygosity (direct count): 0.0000 Locus 3 # obs. at locus= 8
allele: # obs: allele freq: # hets: het freq: 1 12 0.7500 0.0000 0.0000 2 4 0.2500 0.0000 0.0000 Heterozygosity: 0.3750
Heterozygosity (unbiased): 0.4000 Heterozygosity (direct count): 0.0000 Locus 4 # obs. at locus= 8
allele: # obs: allele freq: # hets: het freq: 1 8 0.5000 0.0000 0.0000 2 4 0.2500 0.0000 0.0000 3 4 0.2500 0.0000 0.0000 Heterozygosity: 0.6250
Heterozygosity (unbiased): 0.6667 Heterozygosity (direct count): 0.0000 Locus 5 # obs. at locus= 8
allele: # obs: allele freq: # hets: het freq: 1 14 0.8750 0.0000 0.0000 2 0 0.0000 0.0000 0.0000 3 2 0.1250 0.0000 0.0000 Heterozygosity: 0.2188 Heterozygosity (unbiased): 0.2333 Heterozygosity (direct count): 0.0000 Locus 6 # obs. at locus= 8
allele: # obs: allele freq: # hets: het freq: 1 8 0.5000 0.0000 0.0000 2 0 0.0000 0.0000 0.0000 3 8 0.5000 0.0000 0.0000 Heterozygosity: 0.5000
Heterozygosity (unbiased): 0.5333 Heterozygosity (direct count): 0.0000 --- Results over all loci
Ave. sample size: 8.0000 Ave. heterozygosity: 0.3698
Ave. heterozygosity (unbiased): 0.3944 Ave. heterozygosity (direct count): 0.0000 % polymorphic loci (no criterion): 83.3333 % polymorphic loci (99% criterion): 83.3333 % polymorphic loci (95% criterion): 83.3333 ---
POPULATION 2
Locus 1 # obs. at locus= 10
allele: # obs: allele freq: # hets: het freq: 1 20 1.0000 0.0000 0.0000 2 0 0.0000 0.0000 0.0000 Heterozygosity: 0.0000
Heterozygosity (unbiased): 0.0000 Heterozygosity (direct count): 0.0000 Locus 2 # obs. at locus= 10
allele: # obs: allele freq: # hets: het freq: 1 20 1.0000 0.0000 0.0000 Heterozygosity: 0.0000
Heterozygosity (unbiased): 0.0000 Heterozygosity (direct count): 0.0000
Locus 3 # obs. at locus= 10
allele: # obs: allele freq: # hets: het freq: 1 20 1.0000 0.0000 0.0000 2 0 0.0000 0.0000 0.0000 Heterozygosity: 0.0000
Heterozygosity (unbiased): 0.0000 Heterozygosity (direct count): 0.0000 Locus 4 # obs. at locus= 10
allele: # obs: allele freq: # hets: het freq: 1 20 1.0000 0.0000 0.0000 2 0 0.0000 0.0000 0.0000 3 0 0.0000 0.0000 0.0000 Heterozygosity: 0.0000
Heterozygosity (unbiased): 0.0000 Heterozygosity (direct count): 0.0000 Locus 5 # obs. at locus= 10
allele: # obs: allele freq: # hets: het freq: 1 14 0.7000 0.0000 0.0000 2 6 0.3000 0.0000 0.0000 3 0 0.0000 0.0000 0.0000 Heterozygosity: 0.4200
Heterozygosity (unbiased): 0.4421 Heterozygosity (direct count): 0.0000 Locus 6 # obs. at locus= 10
allele: # obs: allele freq: # hets: het freq: 1 20 1.0000 0.0000 0.0000 2 0 0.0000 0.0000 0.0000 3 0 0.0000 0.0000 0.0000 Heterozygosity: 0.0000
Heterozygosity (unbiased): 0.0000 Heterozygosity (direct count): 0.0000 --- Results over all loci
Ave. sample size: 10.0000 Ave. heterozygosity: 0.0700
Ave. heterozygosity (unbiased): 0.0737 Ave. heterozygosity (direct count): 0.0000 % polymorphic loci (no criterion): 16.6667 % polymorphic loci (99% criterion): 16.6667 % polymorphic loci (95% criterion): 16.6667 ---
POPULATION 3
Locus 1 # obs. at locus= 10
allele: # obs: allele freq: # hets: het freq: 1 20 1.0000 0.0000 0.0000 2 0 0.0000 0.0000 0.0000 Heterozygosity: 0.0000
Heterozygosity (unbiased): 0.0000 Heterozygosity (direct count): 0.0000 Locus 2 # obs. at locus= 10
allele: # obs: allele freq: # hets: het freq: 1 20 1.0000 0.0000 0.0000 Heterozygosity: 0.0000
Heterozygosity (unbiased): 0.0000 Heterozygosity (direct count): 0.0000 Locus 3 # obs. at locus= 10
allele: # obs: allele freq: # hets: het freq: 1 20 1.0000 0.0000 0.0000 2 0 0.0000 0.0000 0.0000 Heterozygosity: 0.0000
Heterozygosity (unbiased): 0.0000 Heterozygosity (direct count): 0.0000 Locus 4 # obs. at locus= 10
allele: # obs: allele freq: # hets: het freq: 1 20 1.0000 0.0000 0.0000 2 0 0.0000 0.0000 0.0000 3 0 0.0000 0.0000 0.0000 Heterozygosity: 0.0000
Heterozygosity (unbiased): 0.0000 Heterozygosity (direct count): 0.0000 Locus 5 # obs. at locus= 10
allele: # obs: allele freq: # hets: het freq: 1 20 1.0000 0.0000 0.0000 2 0 0.0000 0.0000 0.0000 3 0 0.0000 0.0000 0.0000 Heterozygosity: 0.0000
Heterozygosity (unbiased): 0.0000 Heterozygosity (direct count): 0.0000 Locus 6 # obs. at locus= 10
allele: # obs: allele freq: # hets: het freq: 1 20 1.0000 0.0000 0.0000
2 0 0.0000 0.0000 0.0000 3 0 0.0000 0.0000 0.0000 Heterozygosity: 0.0000
Heterozygosity (unbiased): 0.0000 Heterozygosity (direct count): 0.0000 --- Results over all loci
Ave. sample size: 10.0000 Ave. heterozygosity: 0.0000
Ave. heterozygosity (unbiased): 0.0000 Ave. heterozygosity (direct count): 0.0000 % polymorphic loci (no criterion): 0.0000 % polymorphic loci (99% criterion): 0.0000 % polymorphic loci (95% criterion): 0.0000 --- POPULATION 4
Locus 1 # obs. at locus= 10
allele: # obs: allele freq: # hets: het freq: