Ainiyah R. 2016. Efektifitas Mikrosatelit Inra – 23 dan Inra – 32 sebagai Penanda Genetik Kerbau Babulus bubalis). Agromix, 7(2): 30 – 38.
Arifin J, Sulasmi S. 2019. Jarak Genetik Sapi Pasundan Melalui Pendekatan Kraniometri Antar Wilayah Pangandaran, Tasikmalaya dan Garut Jawa Barat. Jurnal Ternak, 10(1), 12 – 17.
Ariyanto D. Utami R. 2006. Evaluasi Laju Pertumbuhan, Keragaman Genetik dan Estimasi Heterosis pada Persilangan Antar Spesies Ikan Patin (Pangasius Sp.). Jurnal Perikanan Universitas Gadjah Mada, 8(1): 81 – 86.
Asadatun A, Ari E, Shabrina A, Puji R, Tati N, Agoes MJ. 2020. Autentikasi Produk Olahan Ikan Hiu Komersil Menggunaakan Teknik Species - Specifik DNA Mini- barcodes. Jurnal Pengolahan Hasil Perikanan Indonesia, 23(2)
Ariyanti Y, Sianturi S. 2019. Ekstraksi DNA Total dari Sumber Jaringan Hewan (Ikan Kerapu) Menggunakan Metode Kit For Animal Tissue. Journal of Science and Applicative Technology, 3(1): 40 – 45.
Asy’ari M, Noer AS. 2005. Optimasi konsentrasi MgCl2 dan Suhu Annealing pada Proses Amplifikasi Multifragmens mtDNA dengan Metoda PCR. Jurnal Kimia Sains dan Aplikasi, 8(1), 23 – 27.
Aulia RS, Hafy Z, Subandrate S. 2017. Hubungan Metode Deparafinisasi dengan Kuantitas dan Kualitas Ekstrak DNA Hasil Isolasi dari Sampel Arsip Jaringan dalam Blok Parafin Terfiksasi Formalin.
Jurnal Kedokteran Dan Kesehatan, 4(1): 2 – 38.
Azwari F, Suprapto D. 2018. Pengaruh Limbah Cair Tambang Batubara terhadap Komunitas Makrozoobenthos di Sungai Karang Mumus. Jurnal Nusa Sylva, 16(1), 1 –11.
Bickford D, Lohman Dj, Sodhi Ns, Ng Pk, Meier R, Winker K, Das, I. 2007.
Cryptic Species as a Window on Diversity and Conservation. Trends in Ecology and Evolution, 22(3): 148 – 155.
Darojah Y. 2005. Keanekaragaman Jenis Makrozoobentos di Ekosistem Perairan Rawapening Kabupaten Semarang. Disertasi. Universitas Negeri Semarang. Semarang.
Daryani A, Syaifudin M, Jubaedah D. 2017. DNA Barcoding pada Ikan Baung (Hemibagrus nemurus) Berdasarkan Gen Sitokrom C Oksidase Sub Unit I (Coi). Disertasi. Universitas Sriwijaya. Palembang.
Fabres A, Fibla P, Araya C, Sallaberry M, Méndez MA.2018. Development and Characterization of 22 Polymorphic Mcrosatellites of the Andean Frog Telmatobius chusmisensis (Anura, Telmatobius) and cross amplification in seven Chilean species of the genus. Molecular biology reports, 45(5):
1533 – 1538.
Fitriya RT, Ibrahim M, Lisdiana L. 2015. Keefektifan Metode Isolasi DNA Kit dan CTAB/NaCl yang Dimodifikasi pada Staphylococcus aureus dan Shigella dysentriae, Lenterabio: Berkala Ilmiah Biologi, 4(1): 87 – 93.
Hairuddin R. 2015. Analisis DNA pada Tanaman Gandum (Triticumaestivum l.). Dinamika, 4(2); 41 – 46.
Hamidy R. 2010. Struktur dan Keragaman Komunitas Kepiting di Kawasan Hutan Mangrove Stasiun Kelautan Universitas Riau, Desa Purnama Dumai. Jurnal Ilmu Lingkungan, 4(02) :81 – 91.
Indriatmoko I, Rahman A, Sembiring SBM, Wijaya D. 2020. Karakteristik Genetik Lobster Mutiara (Panulirus ornatus fabricius, 1798) Berdasarkan Marka Cytochrome Oxydase Subunit I (Coi). Zoo Indonesia, 27(1).
Joko T, Kusumandari N, Hartono S. 2011. Optimasi metode PCR untuk deteksi Pectobacterium carotovorum, penyebab penyakit busuk lunak anggrek. Jurnal Perlindungan Tanaman Indonesia, 17(2): 54 – 59.
Killeen AA. 2001. Molecular Pathology Protocols. Humana Press. New Jersey Kusmini II, Prakoso VA, Kusdiarti K. 2015. Keragaman Fenotipe Truss
Morfometrik dan Genotipe Ikan Gabus (Channa striata) dari Jawa Barat, Sumatera Selatan, Dan Kalimantan Tengah. Jurnal Riset Akuakultur, 10(4), 501 – 509.
Langga IF, Restu M, Kuswinanti T. 2012. Optimalisasi Suhu dan Lama Inkubasi dalam Ekstraksi DNA Tanaman Bitti (Vitex cofassus reinw) Serta Analisis Keragaman Genetik dengan Teknik Rapd-Pcr. J. Sains dan Teknologi, 12(3): 265 – 276.
Lasabuda R. 2013. Pembangunan Wilayah Pesisir dan Lautan Dalam Perspektif Negara Kepulauan Republik Indonesia. Jurnal Ilmiah Platax, 1(2):
92 – 101.
Macintosh D, Ashton E. 2002. A Review of Mangrove Biodiversity Conservation and Management. Centre for Tropical Ecosystems Research, Universitas Aarhus, Denmark .
Marwayana ON. 2015. Ekstraksi Asam Deoksiribonukleat (DNA) dari Sampel Jaringan Otot. Jurnal Oseana, 11(2): 1 – 9.
Maulid DY, Nurilmala M, Nurjanah MH. 2016. Karakteristik Molekuler Cytochrome B Untuk DNA Barcoding Ikan Tenggiri. Jurnal Pengolahan Hasil Perikanan Indonesia, 19(1): 9 –16.
Novitasari DA, Elvyra R, Roslim DI. 2014. Teknik Isolasi dan Elektrophoresis DNA Total pada Kryptopterus Apogon (Bleeker 1851) dari Sungai Kampar Kiri dan Tapung Hilir Kabupaten Kampar Provinsi Riau. Jom Fmipa, 1(2): 258 – 261
Nugroho K, Terryana RT, Lestari P. 2017. Metode Ekstraksi DNA Cabai (Capsicum annuum L.) Menggunakan Modifikasi Buffer Ctab (Cethyl Trimethyl Ammonium Bromide) Tanpa Nitrogen Cair. Scripta Biologica, 4(2): 91 – 94.
Nurianti Y. 2020. Barkode DNA Spirulina yang Dikultur Menggunakan Media Pupuk Teknis dan Limbah Budidaya Ikan Lele Berdasarkan Gen 16s Rrna. Skripsi. Universitas Sriwijaya. Palembang.
Nurtjahtjaningsih ILG, Qiptiyah M, Yudohartono TP, Widyatmoko AYP, Rimbawanto A. 2014. Karakterisasi Keragaman Genetik Populasi Jabon Putih Menggunakan Penanda Random Amplified Polymorphism DNA. Jurnal Pemuliaan Tanaman Hutan, 8(2), 81 – 92.
Onrizal, Simarmata FS, Wahyuningsih H. 2012. Keanekaragaman Makrozoobenthos pada Hutan Mangrove yang Direhabilitasi di Pantai Timur Sumatera Utara. Jurnal Natur Indonesia, 11(2), 94-103.
Pertiwi NPD, Mahardika IG, Watiniasih NL. 2015. Optimasi Amplifikasi DNA Menggunakan Metode PCR (Polymerase Chain Reaction) pada Ikan Karang Anggota Famili Pseudochromidae (Dottyback) untuk Identifikasi Spesies secara Molekular. Jurnal Biologi Udayana, 19(2): 1 – 5.
Perwitasari DA, Faridah IN, Ratnasari YA, Agustina K, Utami IN, Maliza R.
2020. Uji Banding Metode Isolasi DNA Sampel FTA Card Menggunakan Kit Wizard® Genomic DNA Purification, Purelink® Genomic DNA, Dan Chelex-100. Jurnal Ilmu Kefarmasian Indonesia, 18(2): 241 – 245.
Rahardian A, Prasetyo LB, Setiawan, Wikantika K. 2019. Tinjauan Historis Data dan Informasi Luas Mangrove Indonesia. Media Konservasi, 24(2):
163 – 178.
Rahayu SM, Wiryanto W, Sunarto S. 2018. Keanekaragaman Kepiting Biola di Kawasan Mangrove Kabupaten Purworejo, Jawa Tengah. Bioeksperimen:
Jurnal Penelitian Biologi, 4(1), 53 – 63.
Rahayu, Jannah. 2019. Dna Barcode Hewan Dan Tumbuhan Indonesia. Yayasan Inspirasi Ide Berdaya. Jakarta
Rasmussen RS, Morrissey MT, Hebert PDN. 2009. DNA Barcoding Of Commercially Important Salmon and Trout Species (Oncorhynchus and Salmo) from North America. Journal of Agricultural and Food Chemistry, 57: 8379 – 8385.
Sasmito DEK, Kurniawan R, Muhimmah I. 2014. Karakteristik Primer pada Polymerase Chain Reaction (PCR) untuk Sekuensing DNA: Mini Review.
Prosiding in Seminar Nasional Informatika Medis (Snimed). 6 Desember.
Jakarta Pp: 93 – 102.
Savolainen V, Cowan RS, Vogler AP, Roderick GK, Lane R. 2005. Towards Writing the Encyclopaedia of Life: An Introduction To DNA Barcoding. Philosophical Transactions of The Royal Society B: Biological Sciences, 360(1462): 1805 – 1811.
Setiawan H. 2015. Akumulasi dan Distribusi Logam Berat pada Vegetasi Mangrove di Pesisir Sulawesi Selatan. Jurnal Ilmu Kehutanan, 7(1):
12 – 24.
Siringoringo YN, Desrita D, Yunasfi Y. 2017. Kelimpahan dan pola pertumbuhan kepiting bakau (Scylla serrata) di hutan mangrove Kelurahan Belawan Sicanang, Kecamatan Medan Belawan, Provinsi Sumatera Utara. Acta Aquatica: Aquatic Sciences Journal, 4(1), 26-32.
Sulistiowati S, Madduppa H. 2020. Identifikasi Scatophagus Argus yang Dipasarkan di Jakarta Berdasarkan Analisis Morfologi dan DNA Barcoding. Jurnal Kelautan Tropis, 23(3): 373 – 80.
Suprayogi D, Siburian J, Hamidah A. 2014. Keanekaragaman Kepiting Biola (Uca Spp.) di Desa Tungkal I Tanjung Jabung Barat. Biospecies, 7(1):
22 – 28.
Tarigan SM. 2016. Penggunaan Marka Molekuler RAPD Untuk Identifikasi Hibrida F1 Kelapa Sawit (Elaeis Guineensis Jacq). Bernas: Jurnal Penelitian Pertanian, 12(2).
Triandiza T, Madduppa H. 2018. Aplikasi Analisa Morfologi dan DNA Barcoding pada Penentuan Jenis Kepiting Porcelain (Pisidia sp.) yang Berasal dari Pulau Tunda, Banten. Jurnal Sumberdaya Akuatik Indopasifik, 2(2): 81 – 90.
Yusuf ZK. 2010. Polymerase Chain Reaction (Pcr). Saintek, 5(6): 1 – 6.
Zein MSA, Prawiradilaga DM. 2013. DNA Barcode Fauna Indonesia. Prenada Media. Jakarta.
Zedta RR, Jatmiko I, Barata A. 2018. Keragaman Genetik Tuna Mata Besar (Bigeye Tuna, Thunnus obesus) di Samudra Hindia Barat Sumatera dan Selatan Jawa. Jurnal Penelitian Perikanan Indonesia, 24(2): 97 – 104.
Zulfikar M, Saputri M. 2019. Kepadatan Populasi Thalassina scorpionides (Rama-Rama) Di Ekosistem Mangrove Sungai Reuleung Kecamatan Leupung Kabupaten Aceh Besar. Jurnal Biologi Edukasi, 11(2): 39 – 42
LAMPIRAN
Lampiran 1. Dokumentasi Pengambilan Sampel
a. Menuju Lokasi Pengabilan Sampel b.Pengambilan Sampel Lampiran 2. Dokumentasi Sampel
a. Murex sp b. Nassarius reeveanus
c. Melampus castaneus d. Charybdis sp.
e. Varuna litterata f. Ellobium aurisjudae
g. Portunus pelagicus h. Uca annulipes
i. Etisus laevimanus j. Charybdis lucifera
k. Anadara inaequivalvis l. Scylla tranquebarica
m. Tachypleus tridentatus n. Clibanarius symmetricus
o. Clibanarius longitarsus p. Littoraria melanostoma
Lampiran 3. Dokumentasi Penelitiaan
a.Penggerusan sampel b.Proses ekstraksi
mmenggunakan metode KIT
c. Uji Kuantitas f. Elektrophoresis
d. Program elektrophoresis e. Program PCR
f. DNA hasil amplifikasi g. Skoring menggunakan UVITEX
Lampiran 4. Daftar Istilah
ddH2O : Double-distilled water.
Dekomposisi : Proses perubahan menjadi bentuk atau penguraian dari bahan organik menjadi bahan anorganik.
Detrivitor : Organisme yang memperoleh energi dengan cara memakan sisa-sisa makhluk hidup.
DNA : Deoksiribo Nukleat Acid.
Ekstraksi : Pemisahan satu atau beberapa bahan dari suatu padatan atau cairan dengan bantuan pelarut.
Intertidal : Zona pasang surut.
Intrusi : Masuk atau menyusupnya air laut kedalam pori-pori batuan dan mencemari air tanah yang terkandung didalamnya.
PCR : Polymerase Chain Reaction.
RAPD : Random Amplified Polymorphic DNA.
rpm : Revolusi Per Menit, banyaknya putaran yang dilakuakn permenit.
Sentrifuge : Kegiatan memutar dengan kecepatan tinggi yang mengakibatkan pertikel yang lebih berat berkumpul pada dasar tabung.
ul : Mikroliter.
Vortex : Kegiatan menghomogenkan suatu cairan dengan gerakan spiral.
Lampiran 5. Diagram Alur Proses Ekstrasi DNA EKSTRAKSI DNA
DNA stok.
Pemisahan bagian daging sampel dengan cangkang
Haluskan bagian daging sampel menggunakan mortar dengan bantuan Nitrogen cair hingga bebentuk bubuk
Tambahkan Tail Lysis Buffer (TLA) 100 l dan Proitenase K Solution 20 l
Tambahkan Cell Lysis Buffer (CLD) 200 l
Oven pada suhu 56 selama 30 menit
Pindahkan kedalam tabung 15ml dan timbang sebanyak 25mg
Vortex selama 10 detik
Vortex selama 10 detik setiap 10 menit sekali Vortex selama 10 detik
Sentrifuge selama 2 menit dengan kecepatan 10.000 rpm.
Buang seluruh cairan, kemudian tambahkan CWD 500ml. Lakukan kegiatan yang sama sebanyak 3x.
Ganti bagian bawah tabung saring.
Tambahkan Nuclease Free Water 100 l Tambahkan Rnase A Solution 20 l
Tambahkan Binding Buffer (BBA) 250 l
Tambahkan Column Wash Solution (CWD) 500 l
Sentrifuge selama 10 menit dengan kecepatan 10.000 rpm.
Gunakan cairan yang berada dibagian atas tabung, pindahkan ke tabung baru.
Sentrifuge selama 5 menit dengan keceptan 1.000 rpm.
Pindahkan cairan pada bagian atas tabung ke tube saring, sentrifuge selama 2 menit dengan kecepatan10.000 rpm
Sentrifuge selama 1 menit dengan kecepatan 12.000 rpm.
Pindahkan cairan kedalam tube 15 ml.
Simpan didalam freezer