HASIL DAN PEMBAHASAN 3.1. Karakteristik Molekuler
3.4. Filogenetik Ikan Tuna Sirip Kuning ( Thunnus albacares )
Panjang fragmen hasil amplifikasi PCR dengan primer CRK-CRE pada lokus control region di lokasi mtDNA adalah 517 bp dari total 41 sampel ikan tuna. Hampir semua substitusi nukleotida yang diamati ditemukan antara individu. Total jumlah tipe nukleotida yang ditemukan adalah 80 tipe nukeotida dan urutan
subtitusi nukleotida secara umum dapat di lihat pada (Tabel 9). Hasil ini berbeda dengan yang diperoleh Chow dan Kishino (1995) yakni sebanyak 51 tipe nukeotida dengan 292 panjang basa (bp) yang ditemukan, namun terdapat subtitusi didalam individu pada spesies yang sama. Perbedaan ini disebabkan oleh total sampel yang digunakan tidak sama, dimana Chow dan Kishino (1995) hanya menggunakan tiga individu pada setiap spesies tuna yang terbagi atas satu individu yang sampel yang dikoleksi dan dua sampel dari data DDJB (DNA Data Bank of Japan).
Analisis filogenetik untuk melihat kekerabatan populasi ikan tuna sirip kuning Maluku Utara dan Ambon menggunakan metode neighbor-joining dengan Kimura 2-parameter model menemukan terjadinya pencampuran individu antar populasi yang berbeda (Gambar 8). Hasil yang diperoleh mengindikasikan bahwa kedua populasi ikan ini adalah satu keturunan dan bermigrasi dengan pola migrasi pada lokasi yang sama sehingga mengakibatkan kedua populasi ini menjadi mirip secara genetik. Selain itu juga menjelaskan bahwa meskipun setiap kelompok populasi terpisah antara satu dengan yang lain akan tetapi dua populasi ini memiliki kedekatan secara genetik dan satu nenek moyang asal yang sama. Hasil ini serupa dengan penelitian Kunal et al (2013) yang tidak menunjukan adanya perbedaan secara genetik di perairan India berdasarkan pohon filogenetik ikan tuna sirip kuning. Wijana dan Mahardika (2010) menunjukan pohon filogenetik yang bercampur pada populasi tuna sirip kuning Philipina dan Spanyol. Chow dan Kishino (1995) melakukan penelitian hubungan filogenetik diantara spesies tuna menemukan bahwa terdapat tiga clade yang berbeda namun setiap clade terdapat dua individu yang sama tapi berbeda lokasi. Beberapa penelitian lain di beberapa lokasi memperlihatkan hasil yang sama seperti di perairan Samudera Pasifik (Grewe dan Hampton 1998), perairan Samudera Atlantik (Martinez dan Zardoya, 2005; Martinez et al 2006), Laut Cina, Philipina dan Samudera Pasifik bagian barat (Chiang et al 2006) dan diperairan Samudera Hindia (Chiang et al 2008) pada spesies ikan tuna mata besar (T.obesus).
Pohon filogeni yang dibangun didukung oleh nilai bootstraps yang tinggi pada setiap cabang pada kelompok populasi. Hal ini menunjukan bahwa konstruksi pohon kekerabatan yang dibangun memiliki tingkat keakuratan yang tinggi. Sehingga dapat menjelaskan bahwa meskipun setiap kelompok populasi terpisah antara satu dengan yang lain tetapi kedua populasi ini berasal dari satu nenek moyang asal. Rekonstruksi pohon filogenetik, didukung hasil analisis nilai jarak genetik antara kedua populasi (Tabel 6). Kekerabatan antar kedua populasi ikan tuna sirip kuning di Perairan Maluku Utara dan Ambon selain dipegaruhi oleh kemampuan migrasi, kemungkinan juga diakibatkan kondisi oleh kondisi oseanografi khususnya arus. Oseanografi merupakan salah satu faktor yang membantu dalam proses penyebaran, distribusi populasi dan pertukaran gen antar populasi ikan. Rizal et al (2009) melakukan penelitian oseanografie dan menjelaskan bahwa simulasi sirkulasi arus dasar laut di perairan Indonesia timur bergerak dari Laut Banda bergerak ke barat dan arus dari Samudera Pasifik menuju Selat Makassar.
Arus yang terbentuk akibat tiupan angin secara global membantu dalam membawa organism kecil yang belum memiliki kemampuan berenang. Sebagaimana yang dijelaskan Laevastu dan Hayes (1981) bahwa arus dapat memberikan pengaruh yang besar terhadap keberadaan ikan diperairan karena
kelimpahan, penyebaran telur dan larva ikan dari tempat pemijahan ke tempat asuhan. Larva ikan tuna beruaya masuk mengikuti anakan ikan tuna lainnya, sebagaimana Chow et al (2003) menjelasakan bahwa larva dan juvenile besar dari spesies ikan tuna alalunga (T.albacore), tuna mata besar (T.obesus), cakalang (skipjack) dan tuna sirip kuning (Thunnus albacares) tersebar luas disemua perairan sementara spesies tuna sirip biru Pasifik Utara (T.orientalis) dan spesies Thunnini lainnya yang cenderung lebih dekat dengan pulau atau daerah pesisir.
Gambar 8. Pohon filogenetik ikan tuna sirip kuning (Thunnus albacares) menggunakan metode neighbor-joining dengan Kimura 2-parameter dari dua populasi di perairan Maluku, Indonesia (Maluku Utara = Malut, dan Ambon = Ambon).
Ukuran kecil ikan tuna saat larva memberikan peluang akan terbawa arus saat berada di perairan terbuka dengan kekuatan arus yang besar, hal ini tidak lepas dari kemampuan renang larva yang belum optimal. Sebagaimana yang dikatakan. Weersing dan Toonen (2009) mengatakan bahwa konektivitas populasi memainkan peran signifikan pada evolusi dan ekologi skala waktu, namun untuk mengukur besaran dan pola pertukaran antara populasi organisme laut terhalang oleh kesulitan melacak lintasannya dan penyebaran benih. Aguilar dan Lastra (2009) menyebutkan bahwa setelah bertelur tipikal larva ikan tuna sirip biru berukuran 3-4 mm dan dapat ditemukan pada permukaan Laut Mediterranean. Stequert dan Conand (2004) mengatakan bahwa pertumbuhan ikan tuna dalam
M a lu t 1 1 Mal ut 32 96 Mal ut 18 Mal ut 19 98 25 Mal ut 26 Mal ut 23 Mal ut 24 78 33 14 Mal ut 1 Malut 27 100 3 ambon 2 Malut 10 Malut 33 95 31 1 Malut 17 Mal ut 13 M alut 28 87 86 1 am bo n 8 M al ut 21 M al ut 22 90 26 0 M al ut 25 am bo n 5 am bo n 1 M al ut 14 40 36 6 0 Mal ut 7 Mal ut 31 97 am bo n 7 43 Mal ut 2 Mal ut 15 47 43 am bon 6 Mal ut 5 38 53 ambo n 4 Malut 6 Malut 20 38 ambon 3 Malut 4 93 Mal ut 30 61 Mal ut 12 35 M al ut 8 M al ut 9 99 M al ut 16 M al ut 3 M al ut 29 95 24 1 3 1 0 0 0.002
satu tahun mencapai panjang 54 cm dan dalam kurun waktu enam tahun bisa mencapai 147 cm dan Chow et al (2003) menemukan ukuran tuna mata besar pada saat larva sekitar 3 sampai 12 mm sedangkan Matsumoto (l96l) dalam FAO (1963) memperlihatkan ukuran larva tuna sebesar 6 cm serta Miyabe (1995) menyebutkan bahwa total panjang (FL) larva tuna mata besar adalah 2,5 mm dan akan menjadi 3 mm setelah dua puluh empat jam menetas dan Yuen (1955) dalam FAO (1963) menjelaskan telur ikan tuna mata besar ditemukan di perairan Samudera Pasifik dan tercampur dengan telur ikan tuna lainya.
Ikan tuna merupakan pelagis besar yang memiliki kemampuan dalam menyebar secara luas hal ini dibuktikan dengan hampir semua hasil tangkapan ikan pelagis di wilayah Indonesia adalah ikan tuna, berbagai kondisi unsur perairan Indonesia seperti salinitas dan suhu optimum yang mendukung kehidupan ikan tuna juga merupakan salah satu faktor ikan tuna memilih wilayah perairan Indonesia sebagai wilayah migrasi.
Tabel 9. Subtitusi nukleotida pada spesies ikan tuna sirip kuning
Ambon1 T A A G A C C T A C C A T A A T A A C T A A A T C G T C T A A G C C A T A C C A A G T A T C C T C A T T C C T A A A A T C G G G T A A A T T T A A G Ambon2 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - C - - - - - - G - - A - - - - - -Ambon3 - - - - - - - - - - C - - C - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - G - - A - - - - - -Ambon4 - - - - - - - - - - - - C - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - G - - A - - - - - -Ambon5 - - - - - - - - - - - - C - - - C - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - A A - C - - - - -Ambon6 - - - - - - - - T - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - G - - A A - C - - - - -Ambon7 - - - - - - - - - - - - C - - - - - - - - - - - - - - - - - C - - - - - - G - - A A - - - - - -Ambon8 - - - - - - - - - - - - C - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - G - - A - - - - - -Malut1 - - - - - - - - - - - - G - - - - - - - T - - - - - - - - C - - - - - - G - - A A - C - - - - -Malut2 - - - T - - - - - C - - C - - - - - - - - - - - C - - - - - - - - - - - - G - - A A - - - - - -Malut3 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - C - - - - - - G - - A A - T -Malut4 - - - - - - - - - - C - - C - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - G - - A - - - - - -Malut5 - - - - - - - - - - - - C - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - A - - - - - -Malut6 - - - - - - - - - - - - C - - - - - - - - - - - C - - - - - - C - - - - - - G - - A - - - - - -Malut7 - - - - - - - - - - - - C - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - G - - A A - C - - - - -Malut8 - - - - - - - - - - - - C - - - - - - - - - - - - - - C - - C - - - C - - - G - - A - - - - - -Malut9 - - - - - - - - - - - - C - - - - - - - - - - - - - - C - - C - - - C - - - G - - A - - - - - -Malut10 - - - - - - - - - - - - C - - - - - - - - - - - - - - - - - G - - - - - - G - - A - - - - - -Malut11 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - G - - A - - - - - -Malut12 - - - - - - - - - - - - C - - - - - - - - - - - - - - - - - C - - - - - - G - - A A - - - - - -Malut13 - - - - - - - - - - - - C - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - G - - A - - - - - -Malut14 - - - - - - - - - - - - C - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - G - - - - - - - -Malut15 - - - - - - - - - - - - C G - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - G - - A A - - - - - -Malut16 - - - - - - - - - - - - C - - - - - - - - - - - - - - - C C G A A C C -Malut17 - - - - - - - - - - - - C - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - G - - A - - - - - -Malut18 - - - - - - - - - - - - C - - - - - - - - - - - - - - - - - C - - - - - - G - - A A - - - - - -Malut19 - - - - - - - - - - - - C - - - - - - - - - - - - - - - - - C - - - - - - G - - A A - - - - - -Malut20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - C - - - G - - A - - - - - -Malut21 - - - - - - - - - - - - C - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - G - - A - - - - - -Malut22 - - - - - - - - - - - - C - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - G - - A - - - - - -Malut23 - - - - - - - - - - - - C - - - - - - - - - - - - - - - - - C - - - - - - G - - A - - - - - -Malut24 - - - - - - - - - - - - C - - - - - - - - - - - - - - - - - C - - - - - - G - - A - - - - - -Malut25 - - - - - - - - - - - - C - - - - - - - - - - - - - - - - - C - - - - - - G - - A - - - - - -Malut26 - - - - - - - - - - - - C - - - - - - - - - - - - - - - - - C - - - - - - G - - A - - - - - -Malut27 - - - - - - - - - - - - G - - - - - - - - - - - - - - - - - C - - - - - - G - - A A - - - - - -Malut28 - - - - - - - - - - - - C - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - G - - A - - - - - -Malut29 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - C - - - - - - G - - A A - C -Malut30 - - - - - - - - - - C - - C - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - G - - A - - - - - -Malut31 - - - - - - - - - - - - C - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - G - - A A - C - - - - -Malut32 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - G - - A - - - - - -Malut33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - G - - A - - - - -
-Ikan tuna merupakan spesies komersil yang bernilai tinggi, sehingga dijadikan sebagai target tangkapan dalam setiap operasi penangkapan. Jenis tuna yang diperdagangkan secara luas adalah yaitu tuna sirip kuning (Thunnus albacares), tuna mata besar (T.obesus), tuna alalunga (T.albacore), cakalang (K.pelamis), tongkol (T.tongol). Collette (2011) dan Bailey et al (2012) melaporkan beberapa status ikan tuna antara lain tuna sirip kuning (Fully exploited), tuna mata besar (Overfihing), tuna sirip biru atlantik (Endangered) dan tuna sirip biru pasifik (Critically endangered).
International Union for Conservation of Nature and Natural Resources (IUCN 2013) menyebutkan terdapat beberapa kategori status sumberdaya yaitu punah (Extinct), punah di alam (Extinct in the wild), sangat terancam (Critically endangered), terancam (Endangered), rawan (Vulnerable), hampir terancam (Near threatened), tidak mengkhawatirkan (Least concern), minim informasi (Data deficient) dan belum di evaluasi (Not evaluated). Berdasarkan kategori diatas IUCN (2013) melaporkan terdapat beberapa spesies tuna yang masuk dalam kategori status sumberdaya (Tabel 10).
Kategori Spesies Tuna
Punah (Extinct)
Punah di alam (Extinct in the wild)
Sangat terancam (Critically endangered) Sirip biru pasifik (Thunnus orientalis) Terancam (Endangered) Sirip biru atlantik (Thunnus thynnus) Rawan (Vulnerable) Mata besar (Thunnus obesus)
Hampir terancam (Near threatened) Sirip kuning (Thunnus albacares) Mengkhawatirkan (Least concern)
Minim informasi (Data deficient)
Belum di evaluasi (Not evaluated)
Convention on International Trade in Endangered Species of Wild Fauna and Flora (CITES 2013) melaporkan bahwa terdiri dari tiga apendiks yaitu :
1. Apendiks I : daftar seluruh spesies tumbuhan dan satwa liat yang dilarang dalam segala bentuk perdagangan international.
2. Apendiks II : daftar spesies yang tidak terancam kepunahan, tapi mungkin terancam punah bila perdagangan terus berlanjut tanpa adanya pengaturan. 3. Apendiks III : daftar spesies tumbuhan dan satwa liar yang melindungi di
negara tertentu dalam batas-batas kawasan habitatnya dan suatu saat peringkatnya bisa dinaikan ke dalam Apendiks I dan Apendiks II.
Ikan tuna merupakan ikan yang telah lama tereksploitasi dan dilaporkan mengalami penurunan populasi, sehingga ikan tuna masuk dalam daftar CITES dalam upaya menjaga keberlanjutan dan menjelaskan status sumberdaya. Secara umum beberapa spesies ikan tuna berdasarkan laporan CITES (2013) masuk dalam Apendiks (Tabel 11).
Tabel 11. Daftar Apendiks ikan tuna berdasarkan CITES
Kategori Spesies Tuna
Apendiks I Sirip biru atlantik, Sirip biru pasifik Apendiks II
Apendiks III Mata besar, Sirip kuning
Tingginya keragaman genetik ikan tuna sirip kuning yang ditemukan dikawasan perairan Maluku Utara dan Ambon dapat memberikan indikasi bahwa populasi ikan ini masih memiliki kemampuan dalam mengatasi perubahan lingkungan sewaktu-waktu, selain itu tingginya keragaman genetik juga menunjukan bahwa stuktur genetik populasi ikan tuna masih belum terganggu. Penyebaran, pola pemanfaatan dan nilai ekonomis yang tinggi dijadikan sebagai alasan perlunya konservasi genetik terhadap ikan tuna. Hal ini mengingat keanekaragaman genetik penting bagi kelangsungan hidup spesies. Spesies yang memiliki keragaman genetik yang rendah, mungkin lebih rentan terhadap penyakit atau efek dari perubahan lingkungan. Informasi data genetik ikan tuna sirip kuning dapat dijadikan sandaran dalam pengelolaan sumberdaya yang berkelanjutan. Pengetahuan tentang struktur genetik populasi juga merupakan prasyarat yang diperlukan untuk evaluasi efek genetik dan memantau keanekaragaman hayati.
Mempertahankan ukuran populasi dari berbagai komponen penangkapan merupakan pendekatan manajamen guna melestarikan keragaman genetik. Aktivitas penangkapan ikan dan penurunan populasi merupakan hasil setiap aktivitas manusia, hal ini berakibat hilangnya keragaman genetik pada spesies dalam dan antara populasi. Variasi alel yang terbentuk selama puluhan ribu tahun dapat hilang dalam waktu singkat akibat perubahan lingkungan dan aktifitas manusia, sehingga perlu dijaga dan dilestarikan demi kepentingan bersama. Selain itu tanpa disadari sumberdaya genetik dimanfaatkan oleh manusia karena keberadaannya memiliki peran untuk memberdayakan dan memperbaiki produktivitas suatu spesies sehingga bernilai ekonomis untuk mendukung ketahanan pangan (Slamat et al 2012).
Kunci untuk melestarikan keragaman genetik dapat dilakukan dengan cara preventif diantaranya adalah, pertama memberikan regulasi tentang pelaksanaan batas ukuran minimum tangkapan pada setiap operasi penangkapan, dimana ikan yang ditangkap adalah ikan dewasa dengan proporsi ukuran yang telah ditentukan. Hal ini guna memberikan peluang ikan kecil untuk hidup dan berkembang menjadi dewasa, dengan demikian proses regenarasi tetap berjalan dan kemurnian genetik bisa terjaga. Kedua adalah berkaitan dengan penegakan aturan manajemen kisaran waktu pada saat penangkapan berlangsung, dimana operasi penangkapan hanya dilakukan selama enam bulan atau pada musim puncak. Sehingga dapat menghindari terjadinya tangkap lebih (overfishing), dengan demikian sumberdaya ikan tuna dapat dijamin kelestarianya. Ketiga adalah pembuatan suatu kawasan reservasi (reservation region) yang dilindungi otoritas terkait dan melibatkan masyarakat sekitarnya. Kawasan ini penting didalam kegiatan konservasi genetik karena berperan untuk menjaga kelangsungan hidup populasi ikan tuna disuatu perairan. Kehadiran kawasan ini juga dapat meningkatkan reproduksi dan menjaga keseimbangan genetik ikan agar supaya tetap tumbuh dan berkembang dihabitatnya.
penting untuk manajemen perikanan. Hal ini mengingat bahwa pentingnya suatu wilayah pengelolaan mengatur populasi sumberdaya yang tersedia (Stephenson dan Kenchington 2000). Manajemen sumberdaya memerlukan informasi genetik untuk memberikan wawasan biologi dari spesies. Populasi hanya dapat memperoleh gen baru, melalui migrasi individu antar populasi atau melalui proses mutasi, ukuran populasi dan perkawinan silang. Perubahan lingkungan yang terjadi di ekosistem laut memberikan pandangan pentingnya keragaman genetik untuk menanggapi perubahan ini.
Keanekaragaman genetik penting bagi kelangsungan hidup spesies karena spesies-spesies yang memiliki keragaman genetik kecil mungkin lebih rentan terhadap penyakit atau efek dari perubahan lingkungan. Peningkatan keragaman genetik menghasilkan keturunan dengan berbagai karakteristik yang dapat menjamin untuk menahan perubahan lingkungan dan mengurangi kemungkinan kerusakan gen merusak (seperti penyakit) muncul dalam populasi.
BAB IV
KESIMPULAN DAN SARAN
