BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN
4.2. Isolasi Daun Maja (Aegle marmelos (L.) Corr)
Gambar 4.6. Ujung daun tanaman maja Sumber : Dok. Pribadi, 2020
Daun buah maja termasuk daun tidak lengkap dan bertepi rata, karena daun hanya terdiri dari tangkai dan helaian. Bagian ujung daun (Apex Folii) tumpul obtusus, artinya tepi daun yang semula masih terlalu jauh dari ibu tulang, cepat ke suatu titik pertemuan hingga membentuk sudut yang tumpul ( > dari 90o). Bagian pangkal daun (Basis Folii) runcing acutus (Tjitrosoepomo, 2009).
4.2. Isolasi Daun Maja (Aegle marmelos (L.) Corr.)
Analisis daun maja (Aegle marmelos (L.) Corr.) di laboratorium ini, diawali dengan proses ekstraksi DNA beserta serangkaian proses isolasi DNA. Tujuan dari isolasi ini adalah untuk mendapatkan DNA yang murni (Diredja, 2014). Metode ekstraksi yang digunakan adalah Wizard® Genomic DNA Purification Kit Promega. Dimana metode tersebut dikeluarkan oleh Promega Corporation beserta Kit ekstraksinya yang telah teruji hasil isolasi DNA-nya baik secara kuantitas maupun kualitas. Hasil isolasi DNA ini menghasilkan isolat DNA genom berkualitas baik dan berukuran besar.
Wizard® Genomic DNA Purification Kit Promega dirancang untuk isolasi DNA dari darah utuh segar serta jaringan dan sel lainnya. Artinya Kit ini bersifat universal yang dapat digunakan untuk sampel jaringan baik hewan maupun tumbuhan. Sampel yang dapat diterapkan pada kit Promega meliputi : tanaman jaringan daun, sel kultur jaringan mamalia, jaringan hewan, bakteri gram negatif, bakteri gram positif dan yeast. Kit ini terdiri dari cukup komponen untuk memurnikan DNA genom berdasarkan protokol yang disediakan, antara lain : Cell Lysis Solution, Nucleic Lysis Solution, RNAse A
(Promega, 2013).
Prosedur isolasi DNA umumnya menggunakan nitrogen cair saat penggerusan sampel jaringan tanaman. Fungsi dari nitrogen cair ini untuk membekukan jaringan agar lebih mudah dalam proses penggerusan. Akan tetapi penggunaan nitrogen cair tidak banyak mempengaruhi hasil isolasi DNA, sehingga nitrogen cair tidak mutlak digunakan (Ferniah dan Pujiyanto, 2013). Namun penelitian ini melakukan sampel daun maja secara mekanik, yaitu dengan penggerusan sampel menggunakan alu dan mortar serta penambahan ddH2O sebanyak 200 µl disusul penambahan Nucleic Lysis Solution sebanyak 500 µl ke dalam tube. Permukaan mortar yang cekung dan luas dan terbuat dari porselin dengan permukaan bagian dalam kasar membuat mudah dan lebih dalam penggerusan. Proses tersebut menghasilkan bubur halus sehingga sel lisis dengan baik melalui cara mekanik (Ferniah dan Pujiyanto, 2013).
Isolasi DNA genom merupakan tahap awal dan sangat menentukan dalam bidang genetika molekular suatu spesies. Analisis genom tersebut dilakukan untuk beragam sampel dan setiap sampel dibutuhkan optimasi yang berbeda hingga diperoleh DNA baik berjumlah besar (Ferniah dan Pujiyanto, 2013). Langkah yang tidak mudah untuk dilakukan pada setiap sampel selama isolasi. Menurut Depkes RI (1991), daun buah maja mengandung senyawa tanin dan juga sapoin. Tanin merupakan senyawa metabolit sekunder yang terdapat pada tanaman dengan berat molekul 500-3000. Tanin yang berasal dari leguminosa berbentuk tanin yang terkondensasi (Fahey dan Berger, 1988). Tanin terkondensasi merupakan polimer senyawa flavanoid berikatan dengan karbon cathenic dan gallcothecin (Patra dan Saxena, 2010). Senyawa tersebut dapat menjadi kendala selama isolasi sebagai bahan kontaminan selama proses berlangsung. Terdapat tiga tahap penting dalam ekstraksi DNA yaitu perusakan dinding sel (lisis), memisahkan DNA dari bahan padat seperti protein atau selulosa, dan pemurnian DNA (Surzycki, 2000).
Sampel daun maja digunakan sebanyak 40 mg untuk isolasi. Setelah menghasilkan isolat murni dilakukan uji kuantitatif DNA menggunakan
Biodrop spectrophotometer untuk mengetahui konsentrasi DNA genom hasil isolasi. Biodrop spectrophotometer merupakan suatu alat yang digunakan untuk mengukur kemurnian sampel DNA bervolume rendah dengan pathlenght 0,5 mm yang artinya tanpa perlu melakukan kalibrasi. Konsentrasi dapat diperoleh dengan cepat menggunakan layar sentuh untuk memilih metode yang sudah diprogam dalam perangkat lunak terpasang. Volume sampel minimum yang dapat dipipet ke port sampel bulit-in adalah seanyak 0,5 µl (BioDrop, 2020). Pengukuran awal dilakukan dengan pemberian aquabides (ddH2O) sebagai blanko, kemudian dibersihkan menggunakan tissue setelah bersih dimasukkan sampel DNA hasil isolasi. Kedua larutan tersebut, masing-masing diambil sebanyak 2 µl. Hasil data konsentrasi tiap sampel dapat dilihat pada tabel 4.3.
Tabel 4.3. Hasil Konsentrasi DNA daun Aegle marmelos L. menggunakan Kit Promega
Kode Sampel
Nama sampel Konsentrasi (µg/ml) Å260/Å280 1 Kecamatan Mojosari 4.440 1.858 2 Kecamatan Pungging 2.234 2.061 3 Kecamatan Pacet 5.097 1.795 4 Kecamatan Kutorejo 2.321 1.757 5 Kecamatan Trowulan 1.567 2.043 6 Kecamatan Dawarblandong 5.992 1.938 7 Kecamatan Sooko 4.681 1.814 8 Kecamatan Puri 6.990 1.774 9 Kecamatan Bangsal 5.796 1.732 10 Kecamatan Dlanggu 6.762 1.645 11 Kecamatan Jatirejo 4.957 1.798 12 Kecamatan Kemlagi 1.451 1.932 13 Kecamatan Jetis 3.814 1.648
14 Kecamatan Prajurit Kulon 1.628 1.754 15 Kecamatan Magersari 3.658 2.023
(Dok. Pribadi, 2020)
Tabel tersebut menunjukkan hasil bahwa konsentrasi DNA tertinggi ada pada sampel 8 yaitu 6.990 µg/ml dengan nilai absorbansi Å260/Å280 yaitu 1.774. Sedangkan konsentrasi DNA terendah ada pada sampel 12 yaitu 1.451 µg/ml dengan nilai absorbansi Å260/Å280 yaitu 1.932. Menurut Sambrook dan Russell (1989), menyatakan bahwa kemurnian DNA yang baik mempunyai nilai absorbansi Å260/Å280 sebesar 1.8-2.0. Jika dibandingkan dengan hasil tabel 4.2. rata-rata nilai absorbansi diatas 1.8 yaitu setengah seluruh sampel memiliki kemurnian yang baik, antara lain : sampel 1, sampel 2, sampel 5,
(2010), hal ini terjadi karena penyerapan cahaya UV terjadi oleh pita DNA pada panjang gelombang 260 nm dan protein maupun senyawa lain yang merupakan kontaminan akan menyerap cahaya pada gelombang 280 nm.sehingga kemurnian isolat DNA dapat diukur dari perbandingan nilai antara absorbansi panjang gelombang 260 nm dan panjang gelombang 280 nm. Kerena perbedaan wilayah pengambilan sampel daun maja, membuat hasil konsentrasi isolat DNA juga bervariasi. Akan tetapi ada hal lain yang mempengaruhi tinggi rendahnya konsentrasi DNA. Menurut Suhartini (2014) ada beberapa faktor yang mempengaruhi konsentrasi DNA yaitu Pertama, suhu inkubasi. Suhu inkubasi yang terlalu tinggi dapat merusak DNA, sedangkan apabila suhu terlalu rendah maka membran sel dan jaringannya tidak dapat hancur. Kedua, lama waktu inkubasi. Lama waktu yang diperlukan inkubasi juga menentukan hasil konsentrasi isolat DNA, karena apabila waktu inkubasi terlalu lama dapat merusak DNA dan apabila terlalu sebentar tidak dapat menghancurkan membran atau jaringan lainnya. Larutan lysis buffer yang dicampurkan pada sampel berfungsi sebagai penghancur jaringan dan membran sel bekerja optimal pada suhu yang tidak terlalu rendah. Pada penelitian ini suhu inkubasi yang digunakan adalah 65oC. Sedangkan menurut Ernawati (2009), faktor-faktor yang mempengaruhi kemurnian DNA adalah jenis bahan kimia berupa (fenol, PVP/Polivinilpirolidon dan NaCl), konsentrasi bahan kimia, serta perlakuan kondisi dingin untuk mencegah bekerjanya enzim restriksi endonuklease.