Jamur endofit adalah jamur yang hidup dalam sistem jaringan tumbuhan sehat seperti daun, bunga, ranting ataupun akar tumbuhan (Carrol, 1988) dalam (Worang, 2003). Jamur endofit ini di dalam tanaman berada di ruang antar sel. Diduga endofit awalnya di luar tubuh tanaman yang kemudian masuk yaitu jika terjadi luka pada tanaman. Jika sudah berada pada tanaman, endofit akan menetap. Endofit ini berkembang biak di dalam tanaman tanpa menyebabkan penyakit bagi tanaman inangnya (Atmosukarto, 2004).
Mikroba endofit terdiri atas bakteri, fungi/jamur dan aktinomicetes, namun yang paling banyak ditemukan adalah golongan fungi/jamur dan aktinomicetes. Mikroba endofit ini mendapat perhatian besar karena dapat menghasilkan senyawa bioaktif yang dapat berpotensi sebagai antibiotik disebabkan karena aktivitasnya yang besar dalam membunuh mikroba-mikroba patogen. Disamping mampu menghasilkan senyawa-senyawa antimikroba, mikroba endofit juga mampu menghasilkan senyawa-senyawa yang berpotensi sebagai antikanker, antimalaria, anti HIV, antioksidan dan sebagainya (Prihatiningtias, 2006).
Ditinjau dari sisi taksonomi dan ekologi, jamur ini merupakan organisme yang sangat heterogen. Petrini et al., (1992) dalam (Worang, 2003) telah menggolongkan jamur endofit dalam kelompok Ascomycotina dan
Deuteromycotina. Strobell et al., (1996) dalam (Worang, 2003), mengemukakan bahwa jamur endofit meliputi genus Pestalotia, Pestalotiopsis, Monochaetia, dan lain-lain. Sedangkan Clay (1988) dalam (Worang, 2003) melaporkan bahwa jamur endofit dimasukkan dalam famili Balansiae yang terdiri dari lima genus yaitu
Atkinsonella, Balansiae, Balansiopsis, Epichloe dan Myriogenospora.
Mikroba endofit merupakan mikroba yang hidup dalam jaringan tumbuhan tanpa menimbulkan gejala penyakit pada tumbuhan inangnya. Hubungan antara mikroba endofit dan tumbuhan inangnya merupakan suatu bentuk hubungan
simbiosis mutualisma, yaitu sebuah bentuk hubungan yang saling
menguntungkan. Mikroba endofit dapat memperoleh nutrisi untuk melengkapi siklus hidupnya dari tumbuhan inangnya, sebaliknya tumbuhan inang memperoleh proteksi terhadap patogen tumbuhan dari senyawa yang dihasilkan mikroba endofit (Prihatiningtias, 2006).
Asosiasi jamur endofit dengan tumbuhan inangnya, oleh Carrol (1988)
dalam (Worang, 2003) digolongkan dalam dua kelompok, yaitu mutualisme konstitutif dan induktif. Mutualisme konstitutif merupakan asosiasi yang erat
antara fungi dengan tumbuhan terutama rumput-rumputan. Pada kelompok ini fungi endofit menginfeksi ovula (benih) inang, dan penyebarannya melalui benih serta organ penyerbukan inang. Mutualisme induktif adalah asosiasi antara fungi dengan tumbuhan inang, yang penyebarannya terjadi secara bebas melalui air dan udara. Jenis ini hanya menginfeksi bagian vegetatif inang.
Mikroba endofit yang diisolasi dari tumbuhan obat akan memiliki aktivitas yang lebih besar, bahkan dapat memiliki aktivitas yang lebih besar dibandingkan
aktivitas tumbuhan inangnya. Dilihat dari segi efisiensi, hal ini sangat menguntungkan, karena siklus hidup mikroba endofit lebih singkat dibandingkan siklus hidup tumbuhan inangnya, sehingga dapat menghemat waktu yang dibutuhkan untuk mendapatkan senyawa tersebut, dan jumlah senyawa yang diproduksi dapat dibuat dalam skala yang besar dengan menggunakan proses fermentasi. Disamping hal-hal yang sudah disebutkan di atas, ada keuntungan lain yang diperoleh, yaitu menjaga kelestarian tumbuhan-tumbuhan obat, terutama yang termasuk jenis tumbuhan langka, agar tidak dieksploitasi secara terus menerus yang akhirnya akan mengakibatkan kepunahan (Prihatiningtias, 2006).
Setiap tanaman tingkat tinggi dapat mengandung beberapa mikroba endofit (bakteri dan jamur) yang mampu menghasilkan senyawa biologi atau metabolit sekunder yang karakteristik dengan inangnya. Hal ini diduga akibat koevolusi atau transfer genetik (genetic recombination) dari tanaman inangnya ke dalam mikroba endofit (Tan et al., 2001) dalam (Radji, 2005).
Radji (2005) menyebutkan bahwa berbagai metabolit sekunder yang diproduksi oleh mikroba endofit tersebut telah berhasil diisolasi dan dimurnikan serta telah dielusidasi struktur molekulnya. Diantaranya adalah sebagai berikut: a. Metabolit sekunder yang berpotensi sebagai antibiotika
Banyak kelompok jamur endofit yang mampu memproduksi senyawa antibiotika yang aktif melawan bakteri maupun jamur patogenik terhadap manusia, hewan dan tumbuhan, terutama dari genus Coniothirum dan
Microsphaeropsis (Petrini et al., 1992) dalam (Worang, 2003). Isolat jamur
industri farmasi maupun pertanian. Suatu strain Xylaria yang diisolasi dari tumbuhan epifit di Amerika Selatan dan Meksiko dilaporkan dapat menghasilkan suatu senyawa antibiotika baru dari kelompok sitokalasin (Dreyfuss et al., 1986)
dalam (Worang, 2003).
Penelitian Brunner dan Petrini (1992) dalam (Worang, 2003) yang melakukan seleksi pada lebih dari 80 spora fungi endofit, hasilnya menunjukkan bahwa 75% fungi endofit mampu menghasilkan antibiotika. Fungi endofit
Xylotropik, suatu kelompok fungi yang berasosiasi dengan tumbuhan berkayu,
juga merupakan penghasil metabolit sekunder.
b. Metabolit sekunder yang perpotensi sebagai antivirus.
Jamur endofit Cytonaema sp. dapat menghasilkan metabolit cytonic acid A dan B, yang struktur molekulnya merupakan isomer p-tridepside, berkhasiat sebagai antivirus (Guo et al., 2000).
c. Metabolit sekunder yang berpotensi sebagai antikanker.
Paclitaxel dan derivatnya merupakan zat yang berkhasiat sebagai
antikanker yang pertama kali ditemukan yang diproduksi oleh mikroba endofit.
Paclitaxel merupakan senyawa diterpenoid yang didapatkan dalam tanaman
Taxus. Senyawa yang dapat mempengaruhi molekul tubulin dalam proses pembelahan sel-sel kanker ini, umumnya diproduksi oleh endofit Pestalotiopsis
microspora, yang diisolasi dari tanaman Taxus andreanae, T. Brevifolia dan T. Wallichiana (Strobel et al., 2002).
d. Metabolit sekunder yang berpotensi sebagai zat antimalaria.
Colletotrichum sp. merupakan endofit yang diisolasi dari tanaman Artemisia annua, menghasilkan metabolit artemisinin yang sangat potensial
sebagai antimalaria (Lu et al., 2000). Disamping itu beberapa mikroba endofit yang diisolasi dari tanaman Cinchona spp., juga mampu menghasilkan alkaloid
cinchona yang dapat dikembangkan sebagai sumber bahan baku obat antimalaria
(Simanjuntak et al., 2002).
e. Metabolit sekunder yang berpotensi sebagai antidiabetes.
Endofit Pseudomassaria sp. yang diisolasi dari hutan lindung menghasilkan metabolit sekunder yang bekerja seperti insulin. Senyawa ini sangat menjanjikan karena tidak sebagaimana insulin, senyawa ini tidak rusak jika diberikan peroral. Dalam uji praklinik terhadap binatang coba membuktikan bahwa aktivitasnya sangat baik dalam menurunkan glukosa darah tikus yang diabetes. Hasil tersebut diperkirakan dapat menjadi awal dari era terapi baru untuk mengatasi diabetes dimasa mendatang (Zhang et al., 1999).
f. Metabolit sekunder yang berpotensi sebagai antioksidan.
Pestacin dan isopestacin merupakan metabolit sekunder yang dihasilkan
oleh endofit P. microspora. Endofit ini berhasil diisolasi dari tanaman Terminalia
morobensis, yang tumbuh di Papua New Guinea. Baik pestacin ataupun isopestacin berkhasiat sebagai antioksidan, dimana aktivitas ini diduga karena