Sensitivitas (Batas Deteksi)
Sensitivitas Analitikal, atau Batas Deteksi (Limit of Detection, LoD), didefinisikan sebagai konsentrasi terendah di mana ≥95% dari sampel yang diuji menghasilkan panggilan positif.
LoD per analit ditentukan menggunakan strain yang dipilih* mewakili patogen individual yang mungkin dapat terdeteksi dengan QIAstat-Dx Respiratory SARS-CoV-2 Panel. Matriks sampel NPS yang disimulasikan (sel manusia yang dikultur dalam Copan UTM) disuntikkan dengan satu (1) atau beberapa patogen dan diuji dalam 20 pengulangan.
Nilai LoD individual untuk setiap target ditampilkan dalam Tabel 7.
Tabel 7. Nilai LoD yang diperoleh untuk strain target respiratori yang berbeda diuji dengan QIAstat-Dx Respiratory SARS-CoV-2 Panel
Patogen Strain Sumber Konsentrasi Tingkat
deteksi A/New Caledonia/20/99 ZeptoMetrix 0810036CFHI 4,6 TCID50/ml 19/20 Influenza A
H3N2 A/Virginia/ATCC6/2012 ATCC VR-1811 0,4 PFU/ml 19/20
A/Wisconsin/67/2005 ZeptoMetrix 0810252CFHI 2,5 TCID50/ml 20/20 A/Port Chalmers/1/73 ATCC VR-810 791,1 CEID50/ml 20/20 Influenza A,
subtipe H1N1/2009
A/Virginia/ATCC1/2009 ATCC VR-1736 2,6 PFU/ml 20/20 A/SwineNY/03/2009 ZeptoMetrix 0810249CFHI 14,1 TCID50/ml 20/20
Influenza B B/Virginia/ATCC5/2012 ATCC VR-1807 0,08 PFU/ml 20/20
B/FL/04/06 ATCC VR-1804 34,8 CEID50/ml 19/20
B/Taiwan/2/62 ATCC VR-295 28,1 CEID50/ml 20/20
(dilanjutkan di halaman berikutnya)
* Karena terbatasnya akses pada virus hasil kultur, bahan sintetis (gBlock) digunakan untuk menentukan LoD yang
(Tabel 7 lanjutan)
Patogen Strain Sumber Konsentrasi Tingkat
deteksi
Koronavirus 229E – ATCC VR-740 0,3 TCID50/ml 20/20
Koronavirus OC43 – ATCC-1558 0,1 TCID50/ml 20/20
Koronavirus NL63 – ZeptoMetrix 0810228CFHI 0,01 TCID50/ml 20/20
Koronavirus HKU1 – ZeptoMetrix NATRVP-IDI 1/300* 19/20
SARS-CoV-2 – IDT (gBlock) 500 salinan/ml 19/20
Manusia Peru6-2003 (tipe B2) ZeptoMetrix 0810159CFHI 1,1 TCID50/ml 19/20 hMPV-16, IA10-2003 ZeptoMetrix 0810161CFHI 3,0 TCID50/ml 20/20
Adenovirus
Bocavirus Sampel klinis – >1,0 salinan/ml 20/20
* Pengenceran relatif dari konsentrasi stok.
(dilanjutkan di halaman berikutnya)
(Tabel 7 lanjutan)
Patogen Strain Sumber Konsentrasi Tingkat
deteksi Enterovirus /US/IL/14-18952
(Enterovirus D68) ATCC VR-1824 50,0 TCID50/ml 19/20 Echovirus 6 (D-1 (Cox)) ATCC VR-241 0,001 TCID50/ml 19/20 Rhinovirus 1059 (Rhinovirus B14) ATCC VR-284 28,1 TCID50/ml 20/20 HGP (Rhinovirus A2) ATCC VR-482 0,3 TCID50/ml 19/20 11757 (Rhinovirus A16) ATCC VR-283 8,9 TCID50/ml 20/20
Tipe 1A ATCC VR-1559 5,0 TCID50/ml 20/20
Mycoplasma
pneumoniae M129-B7 ATCC 29342 0,1 CFU/ml 20/20
Legionella
pneumophila CA1 ATCC 700711 >0,01 CFU/ml 20/20
Bordetella pertussis I028 ATCC BAA-2707 >0,001 CFU/ml 20/20
A639 ZeptoMetrix NATRVP-IDI 1/10000* 19/20
* Pengenceran relatif dari konsentrasi stok.
Ketahanan uji kadar
Verifikasi ketahanan kinerja uji kadar dinilai dengan menganalisis kinerja Kontrol Internal dalam sampel apusan nasofaring. Tiga puluh (30) sampel apusan nasofaring individual, negatif untuk semua patogen yang mungkin terdeteksi, dianalisis dengan QIAstat-Dx Respiratory Panel.
Semua sampel yang diuji menunjukkan hasil positif dan kinerja yang valid untuk Kontrol Internal QIAstat-Dx Respiratory Panel.
Eksklusivitas (Spesifitas Analitikal)
Studi eksklusivitas dilakukan dengan analisis silico dan pengujian in vitro guna menilai Spesifitas Analitikal untuk organisme respiratori dan non-respiratori yang tidak tercakup oleh panel. Organisme tersebut termasuk spesimen yang terkait dengan, tetapi berbeda dari, organisme panel respiratori atau yang dapat muncul dalam spesimen yang dikumpulkan dari populasi pengujian yang ditujukan. Organisme yang dipilih relevan secara klinis (berkoloni dalam saluran respiratori atas atau menyebabkan gejala respiratori), adalah flora kulit yang umum atau kontaminan laboratorium, maupun mikroorganisme yang sebagian besar populasinya mungkin telah terinfeksi.
Sampel disiapkan dengan memasukkan organisme reaktif silang potensial ke dalam matriks sampel apusan nasofaring yang disimulasikan pada konsentrasi setinggi mungkin berdasarkan stok organisme, lebih baik 105 TCID50/ml untuk target virus dan 106 CFU/ml untuk target bakteri.
Tingkat reaktivitas silang tertentu dengan spesies Bordetella diprediksi oleh analisis urutan awal dan teramati ketika konsentrasi tinggi Bordetella holmesii diuji. Tidak ada reaktivitas silang yang teramati dengan Bordetella bronchiseptica dan Bordetella parapertussis pada konsentrasi tinggi. Gen target yang digunakan untuk deteksi Bordetella pertussis (elemen penyisipan IS481) adalah transposon yang juga terdapat pada spesies Bordetella lainnya.
Tabel 8 menunjukkan daftar patogen yang diuji.
Tabel 8. Daftar patogen Spesifitas Analitikal yang diuji Virus Herpes Simpleks 1 Virus Herpes Simpleks 2 Virus Measles
Semua patogen yang diuji menunjukkan hasil negatif dan tidak ada reaktivitas silang yang teramati untuk organisme yang diuji di QIAstat-Dx Respiratory SARS-CoV-2 Panel (kecuali untuk Bordetella holmesii seperti yang dijelaskan di atas).
Analisis in silico dilakukan untuk semua desain primer/probe yang termasuk dalam QIAstat-Dx Respiratory SARS-CoV-2 Panel, yang membuktikan amplifikasi spesifik dan deteksi target tanpa reaktivitas silang.
Untuk target SARS-CoV-2, hanya sejumlah organisme yang diuji secara in vitro (Haemophilus influenzae, Streptococcus pyogenes, Chlamydophila pneumoniae, Streptococcus pneumoniae, Mycobacterium tuberculosis, MERS Coronavirus, SARS Coronavirus). Tidak ada reaktivitas silang yang diamati, baik secara in silico maupun in vitro, dengan patogen yang relevan secara klinis (berkoloni dalam saluran pernapasan bagian atas atau menyebabkan gejala respiratori), atau flora kulit umum atau kontaminan laboratorium, atau mikroorganisme.
Inklusivitas (Reaktivitas Analitikal)*
Sebuah studi inklusivitas dilakukan untuk menganalisis deteksi berbagai strain yang mewakili keragaman genetik dari masing-masing organisme target panel respiratori (“strain inklusivitas”). Strain inklusivitas untuk semua analit disertakan dalam studi ini, mewakili spesies/tipe untuk organisme yang berbeda (misalnya, serangkaian strain Influenza A yang diisolasi dari wilayah geografis yang berbeda dan dalam tahun kalender yang berbeda disertakan). Tabel 9 (halaman berikutnya) menunjukkan daftar patogen respiratori yang diuji dalam studi ini.
* Tidak berlaku untuk target SARS-CoV-2 karena adanya strain tunggal pada saat studi.
Tabel 9. Daftar patogen Reaktivitas Analitikal yang diuji
Patogen Subtipe/serotipe Strain Sumber
A/PR/8/34 ATCC VR-1469
H1N1 A/New Jersey/8/76 ATCC VR-897
A/Brisbane/59/07 ZeptoMetrix 0810244CFHI A/New Caledonia/20/99 ZeptoMetrix 0810036CFHI
Influenza A
A/Virginia/ATCC6/2012 ATCC VR-1811
A/Wisconsin/67/2005 ZeptoMetrix 0810252CFHI
H3N2 A/Port Chalmers/1/73 ATCC VR-810
A/Victoria/3/75 ATCC VR-822 A/Brisbane/10/07 ZeptoMetrix NATRVP-IDI A/Virginia/ATCC2/2009 ATCC VR-1737 A/Virginia/ATCC3/2009 ATCC VR-1738 H1N1 (pandemik) A/Virginia/ATCC1/2009 ATCC VR-1736
A/SwineNY/03/2009 ZeptoMetrix 0810249CFHI H1N1/NY/02/09 ZeptoMetrix NATRVP-IDI
Influenza B Tidak tersedia
B/Virginia/ATCC5/2012 ATCC VR-1807
B/FL/04/06 ATCC VR-1804
B/Taiwan/2/62 ATCC VR-295
B/Panama/45/90 ZeptoMetrix NATFLUB-ERCM B/Florida/02/06 ZeptoMetrix 810037CFHI B/Maryland/1/59 ATCC VR-296
Koronavirus 229E Tidak tersedia Tidak tersedia ATCC VR-740 Tidak tersedia ZeptoMetrix NATRVP-IDI Koronavirus OC43 Tidak tersedia
Tidak tersedia ATCC-1558
Tidak tersedia ZeptoMetrix 0810024CFHI Tidak tersedia ZeptoMetrix NATRVP-IDI Koronavirus NL63 Tidak tersedia Tidak tersedia ZeptoMetrix 0810228CFHI
Tidak tersedia ZeptoMetrix NATRVP-IDI Koronavirus HKU1 Tidak tersedia Tidak tersedia ZeptoMetrix NATRVP-IDI
(Dilanjutkan di halaman berikutnya)
(Tabel 9 lanjutan)
Patogen Subtipe/serotipe Strain Sumber
Parainfluenza 1 Tidak tersedia
C35 ATCC VR-94
t/b ZeptoMetrix NATPARA1-ST
t/b ZeptoMetrix NATRVP-IDI
Parainfluenza 2 Tidak tersedia
Greer ATCC VR-92
Tidak tersedia ZeptoMetrix 0810015CFHI Tidak tersedia ZeptoMetrix NATRVP-IDI Parainfluenza 3 Tidak tersedia
C 243 ATCC VR-93
Tidak tersedia ZeptoMetrix NATPARA3-ST Tidak tersedia ZeptoMetrix NATRVP-IDI
A M-25 ATCC VR-1378
Parainfluenza 4 B CH 19503 ATCC VR-1377
B Tidak tersedia ZeptoMetrix NATRVP-IDI
RSV A Tidak tersedia
A2 ATCC VR-1540
Long ATCC VR-26
Tidak tersedia ZeptoMetrix NATRVP-IDI
RSV B Tidak tersedia
9320 ATCC VR-955
18537 ATCC VR-1580
WV/14617/85 ATCC VR-1400
Tidak tersedia ZeptoMetrix NATRSVB-ST
Metapneumovirus Manusia
B1 Peru2-2002 ZeptoMetrix 0810156CFHI
B1 IA18-2003 ZeptoMetrix 0810162CFH
B1 Peru3-2003 ZeptoMetrix 0810158CFHI
B2 Peru6-2003 ZeptoMetrix 0810159CFHI
B2 Peru1-2002 ZeptoMetrix 0810157CFHI
A1 hMPV-16, IA10-2003 ZeptoMetrix 0810161CFHI
A1 IA3-2002 ZeptoMetrix 0810160CFHI
A2 IA14-2003 ZeptoMetrix 0810163CFH
(Dilanjutkan di halaman berikutnya)
(Tabel 9 lanjutan)
Patogen Subtipe/serotipe Strain Sumber
Adenovirus B
B21 AV-1645 [128] ATCC VR-256
B7 Gomen ATCC VR-7
B3 GB ATCC VR-3
B3 Tidak tersedia ZeptoMetrix NATADV3-ST
Adenovirus C
C1 Adenoid 71 ATCC VR-1
C2 Tidak tersedia ATCC VR-846
C5 Adenoid 75 ATCC VR-5
C6 Tidak tersedia ATCC VR-6
Adenovirus E E4 RI-67 ATCC VR-1572
Bocavirus Tidak tersedia Tidak tersedia ZeptoMetrix 0601178NTS
Tidak tersedia ZeptoMetrix MB-004
Enterovirus A EV-A71 EV-A71 ZeptoMetrix 0810236CFHI
Enterovirus B
E-11 Gregory ATCC VR-41
E-30 Bastianni ATCC VR-1660
CV-A9 Griggs ATCC VR-1311
CV-B1 Conn-5 ATCC VR-28
CV-B2 Ohio-1 ATCC VR-29
CV-B3 Nancy ATCC VR-30
E-17 CHHE-29 ATCC VR-47
Tidak tersedia Echovirus 6 (D-1 (Cox)) ATCC VR-241 Enterovirus C CV-A21 Kuykendall [V-024-001-012] ATCC VR-850
Enterovirus D D68 US/IL/14-18952 ATCC VR-1824
EV-D68 US/MO/14-18947 ATCC VR-1823
(Dilanjutkan di halaman berikutnya)
(Tabel 9 lanjutan)
Patogen Subtipe/serotipe Strain Sumber
Rhinovirus A
A1 Tidak tersedia ZeptoMetrix NATRVP-IDI
1A Tidak tersedia ATCC VR-1559
A2 HGP ATCC VR-482
Tidak tersedia M129 ZeptoMetrix
NATMPN(M129)-ERCM
Tidak tersedia M129-B7 ATCC 29342
Tidak tersedia Strain FH dari Eaton Agent
[NCTC 10119] ATCC 15531
L. pneumophila Tidak tersedia
CA1 ATCC 700711
Legionella pneumophila subsp.
Pneumophila/169-MN-H
ATCC 43703
Tidak tersedia ZeptoMetrix 0601645NTS subsp. Pneumophila/
Philadelphia-1 ATCC 33152
B. pertussis Tidak tersedia
I028 ATCC BAA-2707
A639 ZeptoMetrix NATRVP-IDI
18323 [NCTC 10739] ATCC 9797
Semua patogen yang diuji menunjukkan hasil positif pada konsentrasi yang diuji.
Koinfeksi
Studi koinfeksi dilakukan untuk memverifikasi bahwa beberapa analit QIAstat-Dx Respiratory SARS-CoV-2 Panel yang termasuk dalam satu sampel apusan nasofaring dapat terdeteksi.
Konsentrasi tinggi dan rendah dari organisme yang berbeda digabungkan dalam satu sampel. Pemilihan organisme dibuat berdasarkan relevansi, prevalensi, dan tata letak QIAstat-Dx Respiratory SARS-CoV-2 Panel Cartridge (distribusi target di ruang reaksi yang berbeda).
Analisis disuntikkan dengan matriks sampel NPS yang disimulasikan (sel manusia yang dikultur dalam UTM) dalam konsentrasi LoD tinggi (50x LoD) dan konsentrasi rendah (konsentrasi LoD 5x) dan diuji dalam kombinasi yang berbeda. Tabel 10 menunjukkan kombinasi koinfeksi yang diuji dalam studi ini.
Tabel 10. Daftar kombinasi koinfeksi yang diuji
Patogen Strain Konsentrasi
Influenza A/H3N2 Virus Respiratory Syncytial A
Influenza B
A2 B/FL/04/06
50x LoD 5x LoD Virus Respiratory Syncytial A
Influenza B
Rhinovirus B, Tipe HRV-B14
Adenoid 75 1059
50x LoD 5x LoD Adenovirus C5
Rhinovirus B, Tipe HRV-B14
Adenoid 75 1059
5x LoD 50x LoD
(Tabel 10 lanjutan)
Patogen Strain Konsentrasi
Virus Respiratory Syncytial A Rhinovirus B, Tipe HRV-B14
A2 1059
50x LoD 5x LoD Virus Respiratory Syncytial A
Rhinovirus B, Tipe HRV-B14
A2 1059
5x LoD 50x LoD Virus Respiratory Syncytial B
Bocavirus
9320 Tidak tersedia
50x LoD 5x LoD Virus Respiratory Syncytial B
Bocavirus
Rhinovirus B, Tipe HRV-B14
Tidak tersedia 1059
50x LoD 5x LoD Koronavirus OC43
Rhinovirus B, Tipe HRV-B14
Tidak tersedia 1059
5x LoD 50x LoD Metapneumovirus Manusia B2
Parainfluenza 1
Peru6-2003 C-35
50x LoD 5x LoD Metapneumovirus Manusia B2
Parainfluenza 1
Virus Respiratory Syncytial A
Tidak tersedia A2
50x LoD 5x LoD Koronavirus 229E
Virus Respiratory Syncytial A
Tidak tersedia A2
5x LoD 50x LoD Virus Respiratory Syncytial B
Koronavirus NL63
9320 Tidak tersedia
50x LoD 5x LoD Virus Respiratory Syncytial B
Koronavirus NL63
9320 Tidak tersedia
5x LoD 50x LoD
Semua koinfeksi yang diuji memberikan hasil positif untuk dua patogen yang dikombinasikan pada konsentrasi rendah dan tinggi. Tidak ada efek pada hasil yang diamati karena adanya koinfeksi.
Zat yang mengganggu
Pengaruh zat yang berpotensi mengganggu kinerja QIAstat-Dx Respiratory Panel dievaluasi dalam studi ini. Zat yang mengganggu meliputi zat endogen dan eksogen yang biasanya ditemukan dalam nasofaring atau dapat dimasukkan ke dalam masing-masing spesimen NPS selama pengumpulan spesimen.
Set sampel yang dipilih yang mencakup semua patogen respiratori dari panel digunakan untuk pengujian zat yang mengganggu. Zat yang mengganggu disuntikkan ke dalam sampel yang dipilih pada level yang diprediksi berada di atas konsentrasi zat yang kemungkinan ditemukan dalam spesimen apusan nasofaring asli. Sampel yang dipilih diuji dengan dan tanpa penambahan zat penghambat potensial untuk perbandingan sampel-ke-sampel langsung. Selain itu, sampel patogen-negatif disuntikkan dengan zat penghambat potensial.
Tidak satu pun dari zat yang diuji yang menunjukkan gangguan dengan Kontrol Internal atau patogen yang termasuk dalam sampel gabungan.
Tabel 11, 12 dan 13 (di bawah dan halaman berikutnya) menunjukkan konsentrasi zat-zat yang mengganggu yang diuji untuk QIAstat-Dx Respiratory Panel.
Tabel 11. Zat endogen yang diuji
Zat Konsentrasi
DNA genomik manusia 50 ng/µl
Darah lengkap manusia 10% v/v
Musin manusia 0,5% v/v
Tabel 12. Mikroorganisme kompetitif yang diuji
Mikroorganisme (sumber) Konsentrasi
Staphylococcus aureus
Virus Herpes Simpleks 1 (ATCC VR-1789)
1,60E+07 TCID50/ml
Cytomegalovirus Manusia (ATCC NATCMV-0005)
2,0E+04 TCID50/ml
Tabel 13. Zat eksogen yang diuji
Zat Konsentrasi
Utabon®
Semprotan hidung (dekongestan)
10% v/v
Rhinomer®
Semprotan hidung (larutan air garam)
10% v/v
Tobramycin 6 mg/ml
Mupirocin 2,5% w/v
Limpahan
Studi limpahan dilakukan untuk mengevaluasi potensi terjadinya kontaminasi silang antara proses berturut-turut saat menggunakan QIAstat-Dx Respiratory SARS-CoV-2 Panel pada QIAstat-Dx Analyzer 1.0.
Sampel matriks NPS yang disimulasikan, dengan sampel bolak-balik positif dan negatif tinggi, dilakukan pada satu QIAstat-Dx Analyzer 1.0.
Tidak ada limpahan antara sampel yang teramati di QIAstat-Dx Respiratory SARS-CoV-2 Panel.
Reprodusibilitas
Untuk membuktikan kinerja QIAstat-Dx Respiratory Panel pada QIAstat-Dx Analyzer 1.0 yang dapat direproduksi, satu set sampel yang dipilih terdiri dari analit dengan konsentrasi rendah (3x LoD dan 1x LoD) dan sampel negatif diuji. Sampel diuji dalam perulangan menggunakan lot QIAstat-Dx Respiratory Panel Cartridges yang berbeda dan pengujian dieksekusi pada beberapa QIAstat-Dx Analyzers 1.0 oleh operator yang berbeda pada hari yang berbeda.
Reproduksibilitas dan keterulangan akan berdampak pada target SARS-CoV-2 dengan cara yang sama dengan organisme target lainnya yang diverifikasi di QIAstat-Dx Respiratory Panel.
Tabel 14. Daftar patogen respiratori yang diuji untuk reprodusibilitas kinerja
Patogen Strain
Influenza A H1 A/New Jersey/8/76
Influenza A H3 A/Virginia/ATCC6/2012
Influenza A H1N1 pdm A/SwineNY/03/2009
Influenza B B/FL/04/06
Koronavirus 229E Tidak tersedia
Koronavirus OC43 Tidak tersedia
Koronavirus NL63 Tidak tersedia
Koronavirus HKU1 Tidak tersedia
(Dilanjutkan di halaman berikutnya)
(Tabel 14 lanjutan)
Patogen Strain
Virus Parainfluenza 1 C35
Virus Parainfluenza 2 Greer
Virus Parainfluenza 3 C 243
Virus Parainfluenza 4a M-25
Rhinovirus A16
Enterovirus /US/IL/14-18952 (enterovirus D68)
Adenovirus RI-67 (adenovirus E4)
RSV B 9320
hMPV Peru6-2003 (tipe B2)
Bocavirus Sampel klinis
Mycoplasma pneumoniae M129-B7 (tipe 1)
Chlamydophila pneumoniae TW183
Legionella pneumophila CA1
Bordetella pertussis I028
Tabel 15. Ringkasan Kesepakatan Positif/Kesepakatan Negatif untuk pengujian reprodusibilitas
Konsentrasi Patogen Hasil yang
diperkirakan Tingkat deteksi % Kesepakatan dengan Hasil yang Diperkirakan
3x LoD
Influenza A H1* Positif 20/20 100%
Koronavirus HKU1 Positif 20/20 100%
PIV-2 Positif 20/20 100%
RSVB Positif 20/20 100%
1x LoD
Influenza A H1* Positif 20/20 100%
Koronavirus HKU1 Positif 19/20 95%
PIV-2 Positif 19/20 95%
RSVB Positif 20/20 100%
* Tingkat deteksi berlaku untuk kedua target, Influenza A dan H1.
(Dilanjutkan di halaman berikutnya)
(Tabel 15 lanjutan)
Konsentrasi Patogen Hasil yang
diperkirakan Tingkat deteksi % Kesepakatan dengan Hasil yang Diperkirakan
Negatif Bocavirus Negatif 80/80 100%
3x LoD Influenza B
Koronavirus 229E Negatif 80/80 100%
PIV-4a Negatif 80/80 100%
Enterovirus D68 Negatif 80/80 100%
hMPV B2 Negatif 80/80 100%
B. pertussis Negatif 80/80 100%
* Tingkat deteksi berlaku untuk kedua target, Influenza A dan H1.
(Dilanjutkan di halaman berikutnya)
(Tabel 15 lanjutan)
Konsentrasi Patogen Hasil yang
diperkirakan Tingkat deteksi % Kesepakatan dengan Hasil yang Diperkirakan
† Tingkat deteksi berlaku untuk target, Influenza A dan H1/pandemik.
‡ Tingkat deteksi berlaku untuk kedua target, Influenza A dan H3.
Semua sampel yang diuji menghasilkan hasil yang diperkirakan (kesepakatan 95–100%) yang menunjukkan kinerja yang dapat direproduksi dari QIAstat-Dx Respiratory Panel.
Pengujian reprodusibilitas menunjukkan bahwa QIAstat-Dx Respiratory Panel yang berjalan di QIAstat-Dx Analyzer 1.0 memberikan hasil pengujian yang sangat dapat direproduksi ketika sampel yang sama diuji dalam beberapa proses, pada beberapa hari dengan beberapa operator menggunakan QIAstat-Dx Analyzers 1.0 yang berbeda dan beberapa lot QIAstat-Dx Respiratory Panel Cartridge.
Stabilitas sampel
Studi stabilitas sampel dilakukan untuk menganalisis kondisi penyimpanan untuk sampel klinis yang akan diuji dengan QIAstat-Dx Respiratory SARS-CoV-2 Panel. Matriks sampel NPS yang disimulasikan (sel manusia yang dikultur dalam Copan UTM) disuntikkan dengan bahan kultur virus atau bakteri dengan konsentrasi rendah (misalnya, 3x LoD). Sampel disimpan pada kondisi berikut untuk pengujian:
15°C hingga 25°C selama 4 jam
2°C hingga 8°C selama 3 hari
–15°C hingga –25°C selama 30 hari
–70°C hingga –80°C selama 30 hari
Semua patogen berhasil terdeteksi pada suhu dan durasi penyimpanan berbeda, yang menunjukkan bahwa sampel stabil pada kondisi dan durasi penyimpanan yang ditunjukkan.
Stabilitas sampel tidak dilakukan untuk SARS-CoV-2 secara khusus. Namun, pengujian stabilitas spesimen dilakukan dengan Koronavirus 229E, HKU1, OC43 dan NL63, patogen dari subfamili virus yang sama, tanpa dampak pada kinerja yang disebabkan oleh penyimpanan sampel sebelum analisis dalam kondisi yang disebutkan di atas.
Lampiran
Lampiran A: Instalasi File Definisi Uji Kadar
File Definisi Uji Kadar QIAstat-Dx Respiratory SARS-CoV-2 Panel harus diinstal pada QIAstat-Dx Analyzer 1.0 sebelum pengujian dengan QIAstat-Dx Respiratory SARS-CoV-2 Panel Cartridge.
Catatan: Kapan pun versi baru uji kadar QIAstat-Dx Respiratory SARS-CoV-2 Panel dirilis, File Definisi Uji Kadar QIAstat-Dx Respiratory SARS-CoV-2 Panel baru harus diinstal sebelum pengujian.
Catatan: File Definisi Uji Kadar tersedia di www.qiagen.com. File Definisi Uji Kadar (tipe file .asy) harus disimpan ke Drive USB sebelum instalasi pada QIAstat-Dx Analyzer 1.0. Drive USB ini harus diformat dengan sistem file FAT32.
Untuk mengimpor uji kadar baru dari USB ke QIAstat-Dx Analyzer 1.0, lakukan dengan langkah-langkah berikut:
1. Masukkan stik USB yang berisi File Definisi Uji Kadar ke salah satu port USB pada QIAstat-Dx Analyzer 1.0.
2. Tekan tombol Options (Opsi), lalu pilih Assay Management (Manajemen Uji Kadar). Layar Assay Management (Manajemen Uji Kadar) akan muncul di area Isi pada tampilan (Gambar 36, halaman berikutnya).
Gambar 36. Layar Assay Management (Manajemen Uji Kadar).
3. Tekan ikon Import (Impor) di kiri bawah layar.
4. Pilih file yang sesuai dengan uji kadar yang akan diimpor dari drive USB.
5. Dialog akan muncul untuk mengonfirmasi pengunggahan file.
6. Dialog dapat muncul untuk mengganti versi saat ini dengan yang baru. Tekan yes (ya) untuk menggantinya.
7. Uji kadar akan aktif dengan memilih Assay Active (Uji Kadar Aktif) (Gambar 37).
Gambar 37. Mengaktifkan uji kadar.
8. Tetapkan uji kadar aktif ke pengguna dengan menekan tombol Options (Opsi),lalu tombol User Management (Manajemen Pengguna). Pilih pengguna yang harus diizinkan menjalankan uji kadar. Berikutnya, pilih Assign Assays (Tetapkan Uji Kadar) dari “User Options” (Opsi Pengguna). Aktifkan uji kadar dan tekan tombol Save (Simpan) (Gambar 38).
Gambar 38. Menetapkan uji kadar aktif.
Lampiran B: Glosarium
Kurva amplifikasi: Representasi grafis dari data amplifikasi real-time RT-PCR multipleks.
Modul Analitikal (Analytical Module, AM): Modul perangkat keras QIAstat-Dx Analyzer 1.0 utama, yang bertugas mengeksekusi pengujian pada QIAstat-Dx Respiratory SARS-CoV-2 Panel Cartridges. Modul tersebut dikontrol oleh Modul Operasional. Beberapa Modul Analitikal dapat dihubungkan ke satu Modul Operasional.
QIAstat-Dx Analyzer 1.0: QIAstat-Dx Analyzer 1.0 terdiri dari Modul Operasional dan Modul Analitikal. Modul Operasional berisi elemen-elemen yang menyediakan konektivitas ke Modul Analitikal dan memungkinkan interaksi pengguna dengan QIAstat-Dx Analyzer 1.0. Modul Analitikal berisi perangkat keras dan perangkat lunak untuk pengujian dan analisis sampel.
QIAstat-Dx Respiratory SARS-CoV-2 Panel Cartridge: Perangkat plastik sekali pakai yang dapat terisi otomatis dengan semua reagen yang sudah dimuat sebelumnya diperlukan untuk eksekusi lengkap uji kadar molekuler otomatis guna deteksi patogen respiratori.
IFU: Petunjuk Penggunaan.
Port utama: Dalam QIAstat-Dx Respiratory SARS-CoV-2 Panel Cartridge, inlet untuk sampel cairan media transpor.
Asam nukleat: Biopolimer, atau biomolekul kecil yang tersusun dari nukleotida, yang merupakan monomer yang tersusun dari tiga komponen: gula 5 karbon, gugus fosfat, dan basa nitrogen.
Modul Operasional (Operational Module, OM): Perangkat keras QIAstat-Dx Analyzer 1.0 khusus yang menyediakan antarmuka pengguna untuk 1–4 Modul Analitikal (Analytical Module, AM).
PCR: Reaksi Rantai Polimerase RT: Transkripsi Balik
Port apusan: Dalam QIAstat-Dx Respiratory SARS-CoV-2 Panel Cartridge, inlet untuk apusan kering.
Pengguna: Seseorang yang mengoperasikan QIAstat-Dx Analyzer 1.0/QIAstat-Dx Respiratory SARS-CoV-2 Panel Cartridge dengan cara yang ditujukan.
Lampiran C: Penafian dan jaminan
KECUALI SEBAGAIMANA DISEDIAKAN DALAM SYARAT DAN KETENTUAN PENJUALAN QIAGEN UNTUK QIAstat-Dx Respiratory SARS-CoV-2 Panel Cartridge, QIAGEN TIDAK MENANGGUNG KEWAJIBAN APA PUN DAN MENAFIKAN SEMUA JAMINAN YANG TERTULIS SECARA TEGAS ATAU TERSIRAT TERKAIT PENGGUNAAN QIAstat-Dx Respiratory SARS-CoV-2 Panel Cartridge TERMASUK TANGGUNG JAWAB ATAU JAMINAN TERKAIT KELAYAKAN UNTUK DIPERJUALBELIKAN, KESESUAIAN UNTUK TUJUAN TERTENTU, ATAU PELANGGARAN ATAS PATEN, HAK CIPTA, ATAU HAK KEKAYAAN INTELEKTUAL LAINNYA APA PUN DI MANA PUN DI SELURUH DUNIA.
Referensi
1. Centers for Disease Control and Prevention (CDC). National Center for Immunization and Respiratory Diseases (NCIRD). Division of Viral Diseases (DVD) web site.
2. World Health Organization. WHO Fact Sheet No. 221, November 2016. Influenza (seasonal). www.who.int/mediacentre/factsheets/fs211/en/index.html. Accessed November 2016.
3. Flu.gov web site. About Flu. www.cdc.gov/flu/about/index.html
4. Centers for Disease Control and Prevention (CDC). Diseases & Conditions: Human Parainfluenza Viruses (HPIVs). www.cdc.gov/parainfluenza/index.html
5. Centers for Disease Control and Prevention (CDC). Diseases & Conditions: Respiratory Syncytial Virus Infection (RSV). www.cdc.gov/rsv/
6. Centers for Disease Control and Prevention (CDC). Diseases & Conditions: Adenoviruses.
www.cdc.gov/adenovirus/index.html
7. Centers for Disease Control and Prevention (CDC). Diseases & Conditions: Non-polio Enterovirus. www.cdc.gov/non-polio-enterovirus/about/index.html
8. Centers for Disease Control and Prevention (CDC). Diseases & Conditions: Mycoplasma pneumoniae Infection. www.cdc.gov/pneumonia /atypical/mycoplasma/index.html 9. Centers for Disease Control and Prevention (CDC). Diseases & Conditions: Pertussis
(Whooping Cough). www.cdc.gov/pertussis/
10. Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI) Protection of Laboratory Workers from Occupationally Acquired Infections; Approved Guideline (M29).
11. BLAST: Basic Local Alignment Search Tool. https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi 12. Schreckenberger, P.C. and McAdam, A.J. (2015) Point-counterpoint: large multiplex PCR
panels should be first-line tests for detection of respiratory and intestinal pathogens. J Clin Microbiol 53(10), 3110–3115.
13. Centers for Disease Control and Prevention (CDC). Diseases & Conditions: Coronavirus (COVID-19). www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/index.html
Simbol
Tabel berikut menjelaskan simbol yang mungkin muncul pada label atau dalam dokumen ini.
<N> Berisi reagen yang cukup untuk reaksi <N>
Gunakan sebelum
Perangkat medis diagnostik in vitro Nomor katalog
Nomor lot
Nomor materi (yaitu, pelabelan komponen) Pengaplikasian respiratori atas
Rn R adalah untuk revisi Buku Pegangan dan n adalah nomor revisi Batas suhu
Produsen
Baca petunjuk penggunaan Perhatian
Penandaan CE untuk Persesuaian Eropa Nomor seri
Jangan gunakan kembali Jauhkan dari sinar matahari Jangan gunakan jika kemasan rusak Nomor Item Perdagangan Global
Informasi Pemesanan
Produk Daftar Isi No. kat.
QIAstat-Dx Respiratory SARS-CoV-2 Panel
Untuk 6 pengujian: 6 QIAstat-Dx Respiratory SARS-CoV-2 Panel Cartridge yang dikemas secara individual dan 6 pipet transfer yang
Untuk 6 pengujian: 6 QIAstat-Dx Respiratory SARS-CoV-2 Panel Cartridge yang dikemas secara individual dan 6 pipet transfer yang