Mikr obia mer upakan salah sat u f akt or kunci yang ikut menent ukan ber hasil t idaknya suat u pr oses penanganan limbah cair or ganik secar a biologi. Keber adaanya sangat diper lukan unt uk ber bagai t ahapan dalam per ombakan bahan or ganik.
Mar chaim (1992) menyat akan bahwa ef ekt if it as biodegr adasi limbah or ganik menj adi met ana membut uhkan akt if it as met abolik yang t er koor dinasi dar i populasi mikr obia yang ber beda-beda. Populasi mikr oba dalam j umlah dan kondisi f isiologis yang siap diinokulasikan pada media f er ment asi disebut sebagai st ar t er .
Bakt er i, suat u gr up pr okar iot ik, adalah or ganisme yang mendapat per hat ian ut ama baik dalam air maupun dalam penanganan air limbah (J enie dan W iniat i, 1993). J adi, dalam pr oses anaer obik, mikr obia yang digunakan ber asal dar i golongan bakt er i. Bakt er i yang ber sif at f akult at if anaer ob yait u bakt er i yang mampu ber f ungsi dalam kondisi aer obik maupun anaer obik. Bakt er i-bakt er i t er sebut dominan dalam pr oses penanganan limbah cair baik secar a aer obik at aupun anaer obik.
Mar chaim (1992) menyat akan bahwa digest i at au pencer naan bahan or ganik yang ef ekt if membut uhkan kombinasi met abolisme dar i ber bagai j enis bakt er i anaer obik.
Beber apa j amur (f ungi) dan pr ot ozoa dapat dit emukan dalam pengur aian anaer obik, t et api bakt er i mer upakan mikr oor ganisme yang paling dominan beker j a didalam pr oses pengur aian anaer obik. Sej umlah besar bakt er i anaer obik dan f akult at if yang t er libat dalam pr oses hidr olisis dan f er ment asi senyawa or ganik ant ar a lain adalah Bact er oides, Bif idobact er ium, Clost r idium, Lact obacillus, St r ept ococcus. Bakt er i asidogenik (pembent uk asam) seper t i Clost r idium, bakt er i aset ogenik (bakt er i yang mempr oduksi aset at dan H2) seper t i Synt r obact er wolinii dan Synt r ophomonas wolf ei (Said,
2006)
Bakt er i met ana yang t elah ber hasil diident if ikasi t er dir i dar i empat genus (J enie dan Rahayu, 1993) :
1. Bakt er i bent uk bat ang dan t idak membent uk spor a dinamakan Met hanobact er ium.
2. Bakt er i bent uk bat ang dan membent uk spor a adalah Met hanobacillus.
3. Bakt er i bent uk kokus yait u Met hanococcus at au kelompok koki yang membagi dir i.
4. Bakt er i bent uk sar cina pada sudut 90O dan t umbuh dalam kot ak yang t er dir i dar i 8 sel yait u Met hanosar cina.
Bakt er i met anogen melaksanakan per anan pent ing pada digest i anaer ob kar ena mengendalikan t ingkat degr adasi bahan or ganik dan mengat ur alir an kar bon dan elekt r on dengan menghilangkan met abolit per ant ar a yang ber acun dan meningkat kan ef isiensi t er modinamik dar i met abolisme per ant ar a ant ar spesies.
Soet ar t o et all. (1999) menyat akan bahwa bakt er i met anogen mer upakan obligat anaer ob yang t idak bisa t umbuh pada keadaan yang t er dapat oksigennya dan menghasilkan met an dar i oksidasi hidr ogen at au senyawa or ganik seder hana seper t i aset at dan met anol ser t a t idak dapat menggunakan kar bohidr at , pr ot ein, dan subst r at komplek or ganik yang lain. Bakt er i penghasil met an ber sif at gr am var iabel, anaer ob, dapat mengubah CO2 menj adi met an, dinding selnya mengandung pr ot ein
t et api t idak mempunyai pept idoglikan. Bakt er i ini mer upakan mikr obia Ar chaebact er iayang mer upakan j asad r enik pr okar iot ik yang habit at nya sangat ekst r im. Ar chaebact er ia adalah kelompok pr okar iot yang sangat
ber beda dar i eubact er ia. Dinding selnya t idak mengandung pept idoglikan (mur ein), t idak sensit if t er hadap klor amf emikol. Pada Met hanobact er ium sp., dinding selnya mengandung mat er i seper t i pept idoglikan yang disebut pseudopept idoglikan at au pseudomur ein t er susun dar i N aset il glukosamin dan asam N aset il t alosaminur onat (2 gula amino). Asam amino yang ada semuanya bent uk L (pada pept idoglikan bent uk D). Dinding sel Ar chaebact er ia t ahan t er hadap lisosim. Met hanosar cina sp. mengandung dinding sel t ebal galakt osamin, asam glukur onat , dan glukosa. Dinding sel Met hanococcus dan Met hanomicr obium mengandung pr ot ein dan kekur angan kar bohidr at .
Dwidj oseput r o (1998) menyat akan bahwa cir i genus Met hanobact er ium adalah anaer ob, aut ot r of / het er ot r of , dan menghasilkan gas met an. Bakt er i aut ot r of (ser ingkali dibedakan ant ar a kemoaut ot r of dan f ot oaut ot r of ) dapat hidup dar i zat -zat anor ganik. Bakt er i het er ot r of membut uhkan zat or ganik unt uk kehidupannya.
Subst r at yang digunakan oleh bakt er i met anogen ber upa kar bon dengan sumber ener gi ber upa H2/ CO2, f or mat , met anol, met ilamin, CO,
dan aset at . Kebanyakan met anogen dapat t umbuh pada H2/ CO2, akan
yang dibut uhkan oleh met anogen ber var iasi dar i yang seder hana sampai yang kompleks. Ber kait an dengan asimilasi kar bon, ada yang ber upa met anogen aut ot r of dan het er ot r of . Di habit at aslinya, bakt er i met anogen t er ant ung dar i bakt er i lain yang menyuplai nut r ien esensial seper t i sisa miner al, vit amin, aset at , asam amino, at au f akt or -f akt or t umbuh lainnya (Main and Smit h, 1981).
Bakt er i yang ber per an dalam pengur aian limbah or ganik secar a alami t umbuh secar a lambat sehingga diper lukan penambahan inokulasi pengur ai limbah. Salah sat u mer k dagang inokulum yang biasa digunakan adalah Bio2000. Kemasan Bio2000 mendiskr ipsikan bahwa Bio2000 mer upakan ser buk pengur ai limbah or ganik yang didalamnya t er dapat bakt er i dan bahan-bahan alami yang dapat menghasilkan bif ido bact er ia (bakt er i yang mengunt ungkan) sehingga mampu memacu pengur aian limbah or ganik lebih cepat . Komposisi Bio2000 adalah air (3 %), % abu (72,46), pr ot ein kasar (3,57 % ), lemak kasar ( 0,27 %), ser at kasar (9,37), kalsium (19,12 %), f osf or (0,1 %), dan lain-lain (11,33 %). Bakt er i yang diinokulasikan adalah bakt er i amilolit ik (35,43 %), selulot ik ( 26,64 %), pr ot eolit ik (20,84 %), dan lipolit ik (17,13 %).