Komisi menemukan bahwa:
Ø Invasi militer ke Timor-Leste oleh Indonesia pada tanggal 7 Desember 1975 merupakan pelanggaran salah satu prinsip hukum internasional yang paling fundamental dan diterima secara universal - larangan pemakaian kekerasan oleh satu negara terhadap negara lain. Komisi menyatakan bahwa Negara Indonesia bertanggung jawab atas pelanggaran dan konsekuensinya.
Ø Selama periode pendudukan militer yang tidak sah di Timor-Leste anggota pasukan keamanan Indonesia melakukan pelanggaran hak asasi manusia dalam skala besar, luas dan sistematik terhadap penduduk sipil di wilayah ini. Komisi yakin bahwa pelanggaran ini merupakan kejahatan terhadap kemanusiaan dan kejahatan perang.
Ø Bagian tidak terpisahkan dari operasi militer yang dirancang untuk mengalahkan Resistensi terhadap invasi dan pendudukan Indonesia ialah pengakuan secara resmi tindak pelanggaran berat termasuk pembunuhan, penahanan sewenang-wenang, penyiksaan, dan perkosaan serta perbudakan seksual dalam skala luas dan sistematik.
Ø Komisi menemukan bahwa Pemerintah Indonesia dan pasukan keamanan Indonesia terutama bertanggung jawab atas kematian yang disebabkan oleh kelaparan dan sakit di antara 100,000 sampai 180,000 penduduk sipil Timor yang meninggal sebagai akibat langsung invasi dan pendudukan Indonesia. Komisi menerima bukti tidak terbantahkan bahwa antara tahun 1976-1979 pasukan keamanan Indonesia secara sistematis:
• Tidak membedakan antara penduduk sipil dan sasaran militer dalam melancarkan pemboman skala besar dari darat, laut dan udara dan operasi-operasi militer lainnya yang mengakibatkan banyak penduduk sipil Timor harus melarikan diri dari rumah mereka dan setelah itu harus melarikan diri lagi, sering berkali-kali, yang berakibat kemampuan mereka untuk bertahan hidup sangat terhambat.
• Menghancurkan sumber makanan dengan membakar dan meracuni tanaman pangan serta persediaan pangan, membantai ternak, memaksa puluhan ribu penduduk Timor yang menyerah atau ditangkap pasukan Indonesia untuk menghuni tempat-tempat pemukiman yang telah ditetapkan dimana mereka tidak bebas untuk pergi.
• Tidak memberi penduduk di tempat-tempat pemukiman makanan atau obat-obatan yang memadai untuk menjamin hidup mereka, meskipun kebutuhan tersebut bisa diperkirakan sebelumnya karena kampanye militer pasukan Indonesia secara nyata berupaya mencapai tujuan yang mereka sudah capai - yaitu penyerahan diri secara masal penduduk yang berada di bawah kontrol Fretilin ke daerah-daerah yang berada di bawah kontrol Indonesia.
• Menolak memberikan penduduk yang disekap di tempat-tempat penampungan kebebasan untuk mencari makanan.
• Menolak kehadiran lembaga bantuan internasional yang menawarkan makanan kepada mereka yang berada di tempat-tempat pemukiman.
• Tetap menjalankan kebijakan-kebijakan di atas bahkan setelah ribuan penduduk laki-laki, perempuan dan anak-anak kelaparan sampai meninggal di kamp-kamp dan daerah-daerah tertutup.
Ø Komisi menemukan bahwa satu-satunya kesimpulan yang logis yang bisa diambil dari tindakan-tindakan ini ialah bahwa pasukan keamanan Indonesia secara sadar memakai kelaparan penduduk sipil Timor sebagai senjata perang, sebagai bagian strategi untuk menghancurkan resistensi terhadap pendudukan militer.
Ø Komisi berkesimpulan bahwa pemaksaan kondisi hidup secara sengaja yang tidak bisa mencukupi kebutuhan hidup ribuan penduduk sipil Timor yang mengarah kepada pembinasaan merupakan kejahatan terhadap kemanusiaan yang dilakukan terhadap penduduk sipil Timor.
Ø Komisi berkesimpulan bahwa selama invasi dan pendudukan anggota pasukan keamanan Indonesia membunuh ribuan penduduk Timor yang bukan penempur.
Eksekusi termasuk eksekusi masal dan pembantaian, pembunuhan tahanan yang ditangkap atau yang menyerah, hukuman kolektif atau terhadap kerabat atas tindakan yang dilakukan orang lain yang lolos dari penangkapan. Hukuman kolektif merupakan komponen utama dan sistematik strategi militer Indonesia yang dirancang untuk mematahkan resistensi terhadap pendudukan militer.
Pembunuhan tidak sah ini merupakan kejahatan terhadap kemanusiaan dan kejahatan perang.
Ø Komisi berkesimpulan bahwa selama seluruh periode sejak invasi Indonesia pada tahun 1975 sampai kedatangan pasukan penjaga perdamaian internasional pada tahun 1999, anggota pasukan keamanan Indonesia menjalankan program penahanan sewenang-wenang dalam skala luas dan sistematis, yang secara teratur penyiksaan ribuan penduduk Timor yang bukan penempur. Praktek semacam ini bersifat sistematis dan disetujui serta didorong oleh aparat keamanan dan pemerintahan sipil paling atas. Penggunaan penyiksaan merupakan kejahatan terhadap kemanusiaan dan kejahatan perang.
Ø Selama periode konflik anggota pasukan keamanan Indonesia secara sistematis memperkosa dan memaksakan perbudakan seksual terhadap ribuan perempuan Timor, kadang di dalam kompleks militer, kantor polisi dan kantor pemerintah.
Perkosaan kelompok oleh anggota militer di dalam kompleks militer sering terjadi, demikian juga penyiksaan seksual. Komisi berkesimpulan bahwa perkosaan
secara sistematis terhadap perempuan yang kebanyakan masih muda ini yang dilakukan oleh anggota pasukan keamanan Indonesia merupakan kejahatan terhadap kemanusiaan dan kejahatan perang. Komisi mendasarkan temuannya pada kesaksian langsung dari ratusan korban, yang tidak saling mengenal yang dengan berani menceritakan pengalaman mereka meskipun harus berkorban banyak untuk bisa memberikan kesaksian tersebut.
Ø Komisi berkesimpulan bahwa semua kategori utama pelanggaran hak asasi manusia yang dilakukan oleh anggota pasukan keamanan Indonesia terhadap orang dewasa juga dilakukan terhadap anak-anak. Anak-anak (dibawah 18 tahun) secara sistematis dibunuh, ditahan, disiksa, diperkosa dan dilecehkan dalam skala luas oleh anggota pasukan keamanan Indonesia di dalam kompleks militer dan lokasi-lokasi resmi lainnya.
Ø Komisi berkesimpulan bahwa komandan dan personil ABRI/TNI melakukan pelanggaran yang signifikan dalam kaitannya dengan kewajiban mereka sesuai hukum internasional dengan menggunakan cara perang yang tidak sah dalam kampanye mereka di Timor-Leste. Tindakan yang secara teratur dilakukan yang melanggar Konvensi Jenewa termasuk:
• Menjadikan penduduk sipil sebagai sasaran dalam serangan militer
• Tidak membedakan antara sasaran sipil dan militer
• Memberikan hukuman kolektif kepada penduduk sipil atas tindakan yang dilakukan anggota pasukan Resistensi
• Membunuh, menyiksa dan memperlakukan secara buruk penduduk sipil yang menyerah atau ditawan
• Menggunakan senjata yang dilarang termasuk napalm dan senjata kimia
• Perekrutan paksa dalam skala besar, termasuk anak-anak
• Penghancuran secara sengaja sumber makanan penduduk sipil
Ø Komisi berkesimpulan bahwa hakim, penuntut umum, pengacara, polisi, dan intel militer bekerja sama untuk menggelar pengadilan yang tidak benar terhadap ribuan orang Timor setelah penangkapan mereka karena terlibat kegiatan politik pro-kemerdekaan. Pengadilan ini meliputi penggunaan siksaan secara sistematis untuk mendapatkan pengakuan, pemalsuan bukti dan manipulasi proses hukum.
Mereka yang terlibat dalam persiapan dan pelaksanaan pengadilan ini bertanggung jawab atas pemenjaraan yang tidak sah terhadap ratusan pendukung kemerdekaan Timor-Leste.
Ø Komisi berkesimpulan bahwa Negara Indonesia melanggar hak rakyat Timor untuk memanfaatkan dan menikmati keuntungan yang didapat dari sumber daya mereka sendir. Hak ini dilanggar dengan berbagai cara termasuk; memperbolehkan pasukan keamanan Indonesia dan mitra usaha mereka untuk menguasai tanaman kopi orang Timor dan membawa sumber daya dalam jumlah besar, seperti kayu cendana dan jenis kayu lain, ke luar wilayah ini. Indonesia juga melanggar hak rakyat Timor dengan menandatangani kesepakatan dengan Pemerintah Australlia untuk mengeksploitasi minyak dan gas alam di Laut Timor.
Program pelanggaran sistematis pada tahun 1999 Komisi menemukan bahwa:
Ø Komisi berkesimpulan bahwa pejabat senior militer Indonesia, polisi dan pemerintahan sipil terlibat dalam perencanaan dan pelaksanaan program pelanggaran hak asasi manusia dalam skala besar yang ditujukan untuk mempengaruhi hasil Konsultasi Rakyat PBB di Timor-Leste pada tahun 1999. Salah satu cara utama program ini dilaksanakan ialah dengan membentuk kelompok-kelompok milisi Timor dan memperkuat kelompok-kelompok milisi yang sudah ada.
Ø Komisi berkesimpulan bahwa kelompok-kelompok milisi dibentuk, dilatih, dipersenjatai, didanai, diarahkan dan dikontrol oleh pasukan keamanan Indonesia. Anggota militer Indonesia bertindak sebagai komandan sejumlah kelompok milisi, pejabat senior memberikan persetujuan kepada milisi, mereka beroperasi dari basis-basis militer Indonesia, dan biasanya melakukan kekejaman di hadapan atau dibawah arahan anggota TNI yang memakai seragam.
Ø Program yang dilaksanakan oleh anggota pasukan keamanan Indonesia menggunakan kekerasan dan teror, termasuk pembunuhan, penyiksaan, pemukulan, perkosaan dan penghancuran harta benda dalam upaya memaksa pemilih Timor untuk memilih secara resmi “integrasi” dengan Indonesia. Ketika strategi ini gagal mencapai tujuan, pasukan keamanan dan milisi binaan mereka melakukan tindak kekerasan, dengan sasaran warga dan harta benda, dan secara paksa memindahkan ratusan ribu penduduk Timor ke Timor Barat.
Ø Komisi berkesimpulan bahwa pelanggaran hak asasi manusia dalam skala besar yang dilakukan sepanjang tahun 1999 bukan merupakan akibat dari konflik antara kelompok orang Timor yang mempunyai pandangan politik berbeda. Pelanggaran ini juga bukan akibat dari “oknum gila” di TNI yang bertindak di luar kontrol atasan mereka. Pelanggaran dilakukan karena menuruti rencana sistematis yang disetujui, dilakukan dan dikontrol oleh komandan militer Indonesia sampai tingkat paling atas.
Ø Pelanggaran sistematis yang terjadi pada tahun 1999 dipermudah baik dengan keterlibatan langsung dan tidak bertindaknya anggota polisi Indonesia, yang secara sistematis tidak melakukan apa-apa untuk mencegah agar pelanggaran tidak terjadi dan menghukum pelaku yang melakukan pelanggaran.
Ø Anggota pemerintahan sipil setempat di Timor-Leste dan pejabat pemerintah tingkat nasional, termasuk menteri, tahu tentang strategi yang dilaksanakan di lapangan, dan bukannya melakukan langkah untuk menghentikan pelanggaran, mereka justru mendukung secara langsung pelaksanaannya.
Ø Pelanggaran yang dilakukan oleh anggota pasukan keamanan Indonesia sepanjang tahun 1999 termasuk ribuan insiden terpisah yang merupakan kejahatan terhadap kemanusiaan. Komisi menyatakan bahwa para pemimpin pasukan keamanan Indonesia di tingkat paling atas bertanggung jawab dan harus mempertanggungjawabkan peran mereka dalam perencanaan dan pelaksanaan sebuah strategi dimana pelanggaran hak asasi manusia merupakan bagian tidak terpisahkan, karena tidak mencegah atau menghukum pelaku yang berada di
bawah komando mereka, dan karena menciptakan iklim impunitas dimana personil militer didorong melakukan tindakan kejam terhadap penduduk sipil yang diketahui atau ditengarai menjadi pendukung kemerdekaan Timor.