Parameter kualitas perairan yang penting memengaruhi distribusi dan pertumbuhan padang lamun, yaitu:
2.2.1 Suhu
Walau secara geografis padang lamun dapat tersebar secara luas, hal ini mengindikasikan bahwa adanya kisaran toleransi yang luas terhadap suhu, tetapi pada kenyataannya jenis lamun di daerah tropik mempunyai toleransi yang rendah terhadap perubahan suhu. Menurut Dahuri (2003), suhu optimal yang dibutuhkan lamun berkisar 28oC - 30oC. Bagi lamun suhu dapat memengaruhi proses-proses fisiologis seperti fotosintesis, laju respirasi, pertumbuhan dan reproduksi. Apabila berada di luar kisaran optimal tersebut maka proses fisiologis dapat menurun dengan tajam.
2.2.2 Salinitas
Jenis lamun memiliki toleransi yang berbeda terhadap salinitas, tetapi sebagian besar memiliki kisaran yang lebar, yaitu antara 10 dan 40g/kgdengan nilai optimum 35g/kg(Dahuri 2003). Penurunansalinitas akan menyebabkan laju fotosintesis dan pertumbuhan lamun menurun dan dapat berpengaruh terhadap proses perkecambahan dan pembentukan bunga (McRoy & McMillan 1977, diacu dalam Erina 2006). Menurut Nontji (1987), sebaran salinitas di laut dipengaruhi oleh beberapa faktor, antara lain: pola sirkulasi air, penguapan, curah hujan, dan aliran sungai.
2.2.3 Kecerahan.dan Kekeruhan
Kecerahan perairan ditunjukkan dengan kemampuan cahaya menembus lapisan air sampai pada kedalaman tertentu. Pada perairan alami, kecerahan sangat penting karena erat kaitannya dengan proses fotosintesis. Distribusi dan kelimpahan lamun juga dibatasi oleh ketersediaan cahaya hal ini dapat dilihat dari sebarannya yang terbatas pada daerah yang masih dapat ditembusi cahaya matahari (Berwick 1983, diacu dalam Erina 2006). Den Hartog (1977), diacu dalam Kiswara dan Utomo (1985), menyatakan bahwa Halophila telah ditemukan sampai kedalaman 90 meter, tetapi batas kedalaman sebagian besar jenis lamun adalah 10 sampai 12 meter.
Kekeruhan merupakan gambaran sifat optik dari suatu perairan yang ditentukan berdasarkan banyaknya sinar yang dipancarkan dan diserap oleh partikel-partikel yang ada di dalam perairan tersebut (APHA 1989). Kekeruhan menyebabkan terhalangnya penetrasi cahaya matahari ke dalam kolom air. Kekeruhan dapat disebabkan oleh adanya partikel-partikel tersuspensi, zat-zat koloid, bahan-bahan organik, dan plankton. Semakin tinggi kekeruhan perairan maka penetrasi cahaya ke dalam air semakin dangkal. Lamun dapat menurunkan kekeruhan air karena mampu meredam atau mengurangi kecepatan arus melalui padang lamun, akibatnya partikel tersuspensi di kolom air akan jatuh ke dasar perairan. Fluktuasi kekeruhan berkaitan erat dengan tipe sedimen, kedalaman air dan keadaan cuaca (Hamid 1996).
2.2.4 Kecepatan Arus
Arus laut permukaan merupakan pencerminan langsung dari pola angin (Romimohtarto & Juwana 2001). Kecepatan arus ini dapat memengaruhi produktivitas primer padang lamun. Misalnya Thalassia testudinum mempunyai kemampuan maksimal untuk menghasilkan standing crop pada arus sekitar 0,5 m/detik. Beberapa jenis lamun bahkan mampu hidup dengan kecepatan arus berkisar 0-2,0576 m/detik, misalnya H. spinulosa dan H. uninervis pada kisaran 0-1,0288 m/detik (Dahuri 2003; Walker 1989, diacu dalam Irawan 2003). Aliran air akan meningkatkan pengambilan CO2 dan nutrien ke permukaan melalui modifikasi turbelensi oleh kanopi padang lamun (Hillman et al. 1989).
2.2.5 Nilai pH
Nilai pH menyatakan intensitas keasaman atau kebasaan dari suatu cairan yang mewakili konsentrasi ion hidrogen. Air laut mempunyai kemampuan menyangga yang sangat besar untuk mencegah perubahan pH. Perubahan sedikit saja dari pH alami akan memberikan petunjuk terganggunya sistem penyangga. Hal ini dapat menimbulkan perubahan dan ketidak seimbangan kadar CO2 yang dapat membahayakan kehidupan biota laut. Nilai pH air laut permukaan di Indonesia umumnya bervariasi dari lokasi ke lokasi antara 6,0 dan 8,5. Menurut Beer et al. (1977), diacu dalam Phillip dan Menez (1988), lamun dapat tumbuh dengan baik pada saat pH air laut normal yaitu antara 7,8 dan 8,5 karena pada saat
tersebut ion bikarbonat yang dibutuhkan untuk proses fotosintasis oleh lamun berada dalam keadaan melimpah.
2.2.6 Kadar Gas Oksigen terlarut
Gas oksigen terlarut adalah konsentrasi gas oksigen yang terlarut dalam air dan diperlukan oleh hampir semua bentuk kehidupan akuatik untuk proses pembakaran dalam tubuh. Menurut Hutagalung dan Rozak (1997a), sumber utama oksigen dalam air laut adalah udara melalui proses difusi dan hasil fotosintesis tumbuhan air pada siang hari. Selanjutnya dikatakan bahwa menurunnya kadar oksigen dalam air laut dapat diakibatkan oleh kenaikan suhu air, proses respirasi, adanya lapisan minyak di atas permukaan laut, dan masuknya limbah organik yang mudah terurai ke lingkungan laut. Kadar oksigen terlarut di perairan Indonesia berkisar 4,5 - 7,0 ppm.
2.2.7 Unsur Hara
Ketersediaan unsur hara di perairan padang lamun dapat berperan sebagai faktor pembatas bagi pertumbuhannya. Entsch et al. (1983) menyatakan bahwa padang lamun yang tumbuh pada sedimen kapur, unsur hara fosfat dapat bertindak sebagai faktor pembatas pertumbuhannya karena kuatnya terikat oleh partikel-partikel sedimennya. Selain itu ketersediaan nitrogen organik di perairan diduga sebagai pembatas pertumbuhannya (Moriarty & Boon 1989, diacu dalam Kiswara 1995), sehingga efisiensi daur nutrisi dalam sistemnya akan menjadi sangat penting untuk memelihara produktivitas primer lamun dan organisme-organisme autotrofnya (Hillman et al. 1989, Patriquin 1992, diacu dalam Zulkifli & Efriyeldi 2003).
Unsur hara fosfat, nitrat dan amonium diserap oleh lamun melalui daun dan akarnya, namun Short (1987); Erftemeijer (1994); Muchtar (1994 & 1999), diacu dalam Zulkifli dan Efriyeldi (2003), menyatakan bahwa penyerapan unsur hara melalui daun lamun di daerah tropis sangat kecil bila dibandingkan dengan penyerapan melalui akar. Di daerah tropis kadar unsur hara di air poros lebih besar bila dibandingkan dengan di kolom air dan air permukaan.
2.2.8 Sedimen Dasar
Padang lamun umumnya dapat hidup pada berbagai tipe sedimen, mulai dari lumpur sampai sedimen dasar yang terdiri dari endapan lumpur halus sebesar 40% (Dahuri 2003), namun mereka membutuhkan dasar yang lunak agar mudah ditembus oleh akar-akar dan rhizomanya untuk menyokong tumbuhan. Kesesuaian substrat yang paling utama bagi perkembangan dan pertumbuhan lamun ditandai dengan kandungan sedimen yang cukup. Semakin tipis substrat perairan akan menyebabkan lamun tidak stabil, sebaliknya semakin tebal substrat lamun akan tumbuh dengan subur. Peranan kedalaman substrat dalam stabilitas sedimen mencakup 2 hal, yaitu: melindungi tanaman dari arus laut dan tempat mengolah dan memasok nutrien (Berwick 1983, diacu dalam Erina 2006).