2 EVALUASI PARAMETER GENETIK SAPI PO ( Bos indicus ) MELALUI PENDEKATAN FENOTIPIK
5 PEMBAHASAN UMUM
Usaha pembibitan sapi potong lokal (cow calf operation) hampir 99% berada di peternakan rakyat, dengan skala usaha yang relatif kecil yang didominasi oleh pola pemeliharaan tradisional sehingga sulit untuk menghasilkan produktivitas yang tinggi. Sapi PO merupakan salah satu sapi potong lokal yang memiliki kemampuan adaptasi yang tinggi pada lingkungan tropis Indonesia dan merupakan salah satu plasma nutfah yang perlu dipertahankan dan dilestarikan keberadaannya serta diperbaiki mutu genetiknya.
Kebijakan pemerintah yang telah dikeluarkan terkait dengan upaya pelestarian plasma nutfah antara lain kebijakan konservasi dan pengembangan sumber daya genetik yang tertuang dalam Permentan No. 35/Permentan/OT.140/8/2006 dinyatakan bahwa pelestarian sumber daya genetik ternak merupakan semua kegiatan yang dilakukan untuk mempertahankan keanekaragaman sumber daya genetik baik secara in-situ maupun ex-situ. Pelestarian secara in-situ adalah kegiatan untuk mempertahankan keanekaragaman sumber daya genetik ternak di dalam lingkungan tempat ternak tersebut beradaptasi atau dalam lingkungan terbatas yang secara praktis memungkinkan sedangkan pelestarian ex-situ adalah kegiatan untuk mempertahankan keanekaragaman sumber daya genetik ternak di luar lingkungan produksi normalnya atau habitatnya, termasuk pengumpulan dan pengawetan beku sumber daya genetik ternak dalam bentuk gen, DNA, genom, mani, sel telur, embrio atau jaringan yang dapat digunakan untuk merakit menjadi rumpun atau galur baru.
Kegiatan pelestarian sapi PO dinilai belum optimal bila dibandingkan dengan sapi potong lokal lainnya. Bila dilihat pada sapi Madura dan sapi Bali, program pelestarian sudah terkonsentrasi pada wilayah tertentu, yaitu Pulau Madura untuk pemurnian sapi Madura dan Pulau Bali untuk pemurnian sapi Bali. Kemurnian bangsa sapi ini sangat dijaga dengan memproteksi pengeluaran dari daerah pemurnian dan pelarangan pemasukan bangsa sapi lainnya, sedangkan sapi PO masih menyebar di peternakan rakyat dengan kondisi yang sangat beragam sehingga diharapkan kedepannya sapi PO juga mempunyai pulau pelestarian sendiri seperti tetuanya yaitu sapi SO (Sumba Ongole) yang ada di Pulau Sumba.
Sapi PO secara genetik memiliki potensi yang cukup tinggi sebagai penghasil daging dengan jumlah populasi sebesar 4.2 juta ekor (Kementan, 2011) sehingga diharapkan dapat menjadi penyuplai kebutuhan daging sapi nasional. Sistem pemeliharaan tradisional perlu ditingkatkan melalui penerapan konsep usaha yang intensif sehingga keterkaitannya dengan sektor ekonomi menjadi signifikan. Usaha pembibitan sapi PO perlu dukungan inovasi teknologi yang dapat diterapkan dalam pemeliharaan intensif. Dengan sistem peternakan yang masih bersifat tradisional selama ini, usaha pembibitan sapi PO belum memberikan hasil yang sesuai dengan harapan sehingga banyak ditemui permasalahan mulai dari penurunan populasi dan penurunan produktivitas.
Penurunan populasi dan produktivitas ini kemungkinan disebabkan karena terjadinya pengurasan ternak lokal di berbagai daerah sebagai akibat dari kebutuhan daging yang selalu meningkat setiap tahun. Tingginya kasus pemotongan betina produktif, kegiatan penggemukan yang belum mencapai kapasitas optimal dan pemotongan ternak yang belum mencapai pertumbuhan optimal sebagai hewan
potong disinyalir menjadi pemicu terjadinya penurunan populasi dan produktivitas sehingga dibutuhkan strategi dan kebijakan yang tepat antara lain melalui strategi percepatan umur beranak pertama dan perpanjangan umur induk produktif minimal beranak enam kali (Hartati et al. 2015) serta penundaan umur potong dengan kapasitas optimal sapi PO 1.2 kg/ekor/hari.
Perbaikan genetik sapi PO di Loka Penelitian Sapi Potong selama ini masih mengandalkan nilai fenotipik untuk mengestimasi nilai genetiknya secara kuantitatif. Perbaikan genetik melalui seleksi dan pengaturan perkawinan diharapkan dapat memberikan hasil yang sesuai dengan harapan, namun yang menjadi kendala adalah ternak sapi memiliki interval generasi panjang. Intensitas seleksi masih mengandalkan keragaman fenotip sehingga melalui metode genetika kuantitatif akan memerlukan waktu relatif lama untuk mencapai tujuan perbaikan genetik. Perbaikan mutu genetik sapi PO ke depan sudah seharusnya menggunakan pendekatan molekuler yang digabungkan dengan pendekatan genetika kuantitatif. Salah satu teknologi molekuler yang mengkaji tentang keterkaitan sifat kuantitatif dengan variasi kode DNA adalah teknologi asosiasi lintas genom (GWAS)
Analisis genetika kuantitatif menunjukkan bahwa hasil estimasi nilai heritabilitas sapi PO untuk bobot lahir, bobot sapih dan bobot setahun termasuk kategori sedang sampai tinggi yaitu berkisar antara 0.28-0.63 dengan korelasi genetik tertinggi ditunjukkan oleh bobot sapih dengan bobot setahun. Seleksi pada kedua sifat tersebut memiliki bobot badan masing-masing sebesar 126.4 + 5.9 kg dan 194.8 + 15.2 kg dengan respon seleksi sebesar 5.01 kg/generasi dan 11.4 kg/generasi sedangkan hasil analisis genetika molekuler menunjukkan asosiasi yang signifikan pada bobot lahir terutama pada kromosom 14 dan juga ditemukan sebanyak 19 SNP yang polimorfik sebagai novelty dari penelitian ini. Meskipun pada analisis genetika kuantitatif bobot lahir memiliki nilai heritabilitas yang rendah dengan respon seleksi sebesar 4.8%/generasi, namun secara genetika molekuler menunjukkan hasil yang signifikan dengan akurasi yang lebih tinggi dibanding hasil analisis genetika kuantitatif. Kedua hasil ini menunjukkan bahwa bobot lahir, bobot sapih dan bobot setahun layak digunakan sebagai kriteria seleksi pada sapi PO.
Hasil analisis genetika molekuler pada penelitian ini sejalan dengan hasil analisis GWAS pada penelitian lainnya dengan nilai heritabilitas yang rendah juga yaitu pada sifat fertilitas baik pada sapi jantan maupun sapi betina (Hawken et al. 2012; Pausch et al. 2011; Reverter et al. 2014). Oleh karena itu seleksi bobot lahir pada sapi PO dapat langsung dideteksi pada umur sehari. Seleksi berbasis genomik ini memiliki kelebihan dibanding seleksi berbasis genetika kuantitatif yaitu dapat meningkatkan akurasi seleksi, menurunkan interval generasi dan meningkatkan intensitas seleksi.
Hasil lain dari analisis molekuler genetik adalah nilai heterozigositas sapi PO ditemukan sebesar 30.9%, ini berarti bahwa sapi PO memiliki keragaman molekuler yang cukup menjanjikan untuk perbaikan genetik. Analisis � dan filogenetik menunjukkan hasil yang saling mendukung satu sama lainnya dimana sapi PO memiliki hubungan genetik yang dekat dengan sapi Nellore, GIR dan BRM. Hasil analisis admixture menunjukkan bahwa sapi Gir dan Nellore memberi kontribusi masing-masing sebesar 20.3% dan 73.7% pada genom sapi PO. Sebagaimana yang telah diinformasikan sebelumnya bahwa sapi PO dibentuk dari persilangan antara sapi SO (Bos indicus) dan sapi Jawa (Bos javanicus) dengan
kandungan darah masing-masing yang belum diketahui. Novelty dari penelitian ini menunjukkan bahwa darah sapi Zebu (Bos indicus) terdeteksi sebesar 94% dan sapi Bali sebesar 6%, hal ini berarti bahwa sapi PO yang ada sekarang terbentuk dari hasil backcross ketiga ke arah sapi SO.
Berdasarkan keseluruhan hasil penelitian ini, maka dapat dapat disusun suatu konsep yang memuat tentang strategi dan kebijakan pemuliaan sapi PO sehingga diharapkan dapat menghasilkan program yang lebih inovatif, terarah dan berkelanjutan. Strategi dan kebijakan pemuliaan sapi PO disajikan pada Gambar 5.1 berikut :
Gambar 5.1 Konsep pemuliabiakan sapi PO
Gambar 5.1 menjelaskan tentang konsep pemuliabiakan sapi PO untuk tujuan konservasi dan pengembangan dengan mengacu pada system Open Nucleus Breeding Scheme (ONBS). Pengaturan zonasi atau pewilayahan ternak dibagi menjadi 2 kawasan yaitu kawasan konservasi (pelestarian) dan kawasan pengembangan (persilangan) yang disesuaikan dengan daya dukung wilayah.
Berdasarkan Gambar 5.1 Foundation Stock Sapi PO berperan sebagai inti yang menjalankan fungsi konservasi secara in-situ. Populasi sapi PO yang ada di foundation stock diatur sedemikian rupa dengan dilengkapi catatan produksi (recording). Recording menjadi bagian yang sangat penting dalam kegiatan pemuliaan sapi potong. Recording dibutuhkan untuk mengevaluasi, mengontrol dan memprediksi tingkat keberhasilan usaha pembibitan yang sedang dilakukan.
Program perbaikan mutu genetik sapi PO pada konsep diatas menerapkan hasil penelitian ini baik secara genetika kuantitatif maupun berbasis genetika molekuler. Seleksi difokuskan untuk menghasilkan pejantan unggul berdasarkan bobot lahir dan bobot sapih. Hasil seleksi selanjutnya menjalani uji performan pada Stasiun Uji Performan (SUP) sehingga diperoleh calon pejantan berdasarkan
Pemuliabiakan Sapi PO KONSERVASI (Pelestarian) Foundation Stock Stasiun Uji Performan VBC BIB PENGEMBANGAN (Persilangan)
PETERNAKAN
RAKYAT
Perusahaanperforman terbaik. Calon pejantan terbaik selanjutnya digunakan sebagai pemacek di Balai Inseminasi Buatan (BIB) dan semen yang dihasilkan akan didistribusikan untuk memperbaiki mutu genetik sapi PO yang ada wilayah pengembangan (peternakan rakyat). Calon pejantan terbaik lainnya juga akan digunakan sebagai pejantan pengganti (replacement stock) untuk kelompok foundation stock dan sebagai bibit sebar di kelompok-kelompok peternak (Village Breeding Center/VBC) yang masih fokus mengembangkan sapi PO.
VBC juga berperan sebagai penghasil bibit unggul terutama pejantan sapi PO. Calon pejantan dipilih melalui kegiatan penjaringan dan selanjutnya juga menjalani uji performan di SUP. Sapi PO betina yang dihasilkan di VBC juga dapat digunakan sebagai indukan di peternakan rakyat atau perusahaan pembibitan baik sebagai indukan PO atau materi untuk persilangan. Peternakan Rakyat dalam hal ini berperan sebagai plasma dan wilayah pengembangan yang menerapkan kegiatan persilangan. Sejalan dengan itu maka direkomendasikan untuk kegiatan persilangan sapi PO sebaiknya juga diarahkan ke sapi Brahman karena secara molekuler genetik sapi PO memiliki kekerabatan yang lebih dekat dengan sapi Brahman sehingga diharapkan melalui persilangan ini sapi PO lebih optimal berperan sebagai penghasil daging. Kalaupun minat peternak terhadap Bos taurus masih tinggi, persilangan sapi PO dapat dilakukan dengan Simenthal atau Limousin. Namun disarankan persilangan ini cukup pada generasi kedua backcross kearah Bos taurus untuk bakalan penggemukan sebagai penghasil daging sedangkan sapi betina hasil backcross dapat dilanjutkan dengan interse mating atau sebagai materi untuk membentuk composite breed.