DAFTAR PUSTAKA
E. Penerapan hasil pengujian
Hasil pengujian benih secara sederhana diatas pada benih F-2 E. pellita dapat digunakan khususnya dalam penentuan kebutuhan benih E. pellita untuk penanaman. Untuk menentukan kebutuhan benih E. pellita dalam rangka penanaman, digunakan rumus sebagai berikut (BPTH, 1999):
dimana :
A = kebutuhan benih;
B = kebutuhan bibit;
C = prosentase daya berkecambah;
D = prosentase kemurnian benih;
E = jumlah benih per kg
Sebagai contoh kebutuhan benih E. pellita F-2 untuk penanaman dengan jarak tanam 2 x 2 m2 adalah sebagai berikut :
Jarak tanam = 2 x 2 m2
Jarak tanam/ha = 10.000 m2/2 x 2 m2 = 2.500 bibit Jumlah sulaman = 20% x 2.500 bibit = 500 bibit Jumlah bibit per ha = 2.500 + 500 = 3.000 bibit
Kebutuhan benih/ha =
= 0,00059kg = 0,6 gram
Jadi, untuk penanaman F-2 E. pellita dengan jarak tanam 2 x 2 m2 hanya memerlukan 0,6 gram per hektarnya.
IV. KESIMPULAN DAN SARAN
Penggunaan metode pengujian benih secara sederhana yang meliputi; berat benih, kemurnian, kadar air dan daya berkecambah atau viabilitas dapat digunakan untuk memenuhi kebutuhan data dalam labelisasi benih unggul hasil panen dari KBSUK BBPPBPTH. Metode uji benih sederhana juga merupakan solusi atas keterbatasan peralatan pada uji mutu benih unggul.
UCAPAN TERIMA KASIH
Ucapan terima kasih disampaikan kepada Tim Pemuliaan Kayu Pulp pada Balai Besar Penelitian dan Pengembangan Bioteknologi dan Pemuliaan Tanaman Hutan (BBPPBPTH) yang telah berperan aktif dalam persiapan materi genetik.
DAFTAR PUSTAKA
Balai Perbenihan Tanaman Hutan. 1999. Tata cara pengujian benih. BPTH Bandung.
Balai Teknologi Perbenihan (BTP). 2000. Pedoman Standarisasi Uji Mutu Fisik & Fisiologis Banih Tanaman Hutan (Buku 1). BIGRAF Publishing Bogor.
Balai Teknologi Perbenihan (BTP). 2000. Pedoman Standarisasi Pengujian Mutu Fisik dan Fisiologis Benih Tanaman Hutan Buku 1. Badan Penelitian dan Pengembangan Kehutanan dan Perkebunan. Bogor.
Elias, S. 2006. Seed Quality Testing. In A. S. Basra (Ed.), Handbook of Seed Science and Technology. New York, USA: Food Product Press.
Leksono, B., Nirsatmanto, A., Setyaji, T., & Surip, S. 2005. General Information of Seed Source (F-2) of A.
mangium, A. crassicarpa and E. pellita Establisment in Wonogiri, Central Java Fiscal Year 2002 - 2005. Yogyakarta.
Mugnisjah, W. Q., Setiawan, A., Suwarto, S., & Santiwa, C. 1994. Panduan praktikum dan penelitian bidang ilmu dan teknologi benih. (M. Chozin, Ed.) (1st ed.). PT RajaGrafindo Persada Jakarta.
Schmidt, L. 2002. Pedoman penanganan benih tanaman hutan tropis dan sub tropis 2000. (F. Harum, Ed.).
PT. Gramedia Jakarta.
Sudrajat, D. J., Nurhasybi, dan Bramasto, Y. 2015. Standar pengujian dan mutu benih tanaman hutan.
(Iriantono, D., Zanzibar, M., Setio, P., Ed.). Forda Press. Bogor.
Wang, B. S. P. 1991. Evaluating, interpreting and reporting seedling test result. In Standar germination test (Training c). ASEAN-Canada Forest Tree Seed Centre Thailand.
Yue-Lan, H. 1993. Seed Testing for Selected Tropical Trees in ASEAN Region. (A. McNicoll, Ed.) (Review Pap). ASEAN-Canada Forest Tree Seed Centre Project Thailand.
Yuniarti, N., Megawati, M., & Leksono, B. 2015. Sortasi benih denganayakanuntukmeningkatkan viabilitasbenihEucalyptus pellita F . Mull (Seeds Sortation by Shieving to Improve Seed Viability of Eucalyptus pellita F . Mull ). Jurnal Penelitian Kehutanan Wallacea, 4(1), 35–40.
ISOLASI RNA SEBAGAI INISIASI PENELITIAN MOLEKULER BERBASIS RNA
RNA isolation as an initials step for molecular study based on RNA Fithry Ardhany dan Purnamila Sulistyawati
Balai Besar Penelitian dan Pengembangan Bioteknologi dan Pemuliaan Tanaman Hutan Jl. Palagan Tentara Pelajar Km. 15, Purwobinangun, Pakem, Sleman, Yogyakarta, Indonesia
email: [email protected]
ABSTRACT
One crucial step to undertake the transcriptomic research is to obtain good quality and sufficient quantity of total RNA. Further, this total RNA must be clean from gDNA and RNase contamination which are able to degrade the obtained total RNA. This study was conducted through experiment using 3 (three) types of total RNA isolation techniques which are: CTAB, RNeasy Plant Mini Kit (Qiagen, Germany) and RNAqueous Phenol-free total RNA Isolation Kit (Ambion, Life Technologies, USA). There was a modification by adding incubation for 1x24 hours at -20oC for each method. The results showed that the modification provides better results on total RNA. However, checking quality of total RNA is required by using electrophoresis gel, in which it also needs further study for more optimation. In addition, measurement of RNA Integrity Number (RIN) also needs more attention since about 80% of total RNA were degraded and cannot be used for further molecular research.
Keywords: RNA, transcriptomic, extraction, RIN, modification ABSTRAK
Salah satu langkah penting untuk pelaksanaan penelitian transkriptomik adalah diperolehnya total RNA dengan kualitas dan kuantitas yang bagus, bersih dari kontaminasi gDNA dan RNAse yang dapat mendegradasi total RNA yang diperoleh. Penelitian ini dilakukan dengan eksperimen isolasi total RNA menggunakan 3 (tiga) macam teknik yaitu metode CTAB, RNEAsy Plant Mini Kit (Qiagen, Jerman) dan RNAqueous Phenol-free total RNA Isolation Kit (Ambion, Life Technologies USA). Setiap prosedur ekstraksi dimodifikasi dengan menambahkan langkah inkubasi selama 1x24 jam pada suhu -20oC. Hasil penelitian menunjukkan bahwa metode modifikasi memberikan hasil yang lebih baik pada perolehan total RNA. Namun demikian, pemeriksaan kualitas RNA menggunakan gel electrophoresis masih perlu untuk dioptimalkan dan dipelajari lebih lanjut. Selain itu, pengukuran RNA Integrity Number (RIN) juga perlu diperhatikan karena sekitar 80% dari sampel total RNA terdegradasi dan tidak dapat digunakan untuk penelitian molekuler lebih lanjut.
Kata kunci: RNA, transkriptomik, ekstraksi, RIN, modifikasi I. PENDAHULUAN
RNA (Ribonucleic acid) merupakan salah satu unsur makromolekul penyusun kehidupan.
Perbedaan struktur RNA dengan DNA(Deoxyribo nucleic acid) adalah pada keberadaan ribosa (satu gugus hidroksil cincin gula pentosa). Basa nitrogen pada RNA adalah adenin, guanin, sitosin dan urasil. RNA cenderung tidak stabil dalam kondisi basa serta lebih mudah terdegradasi oleh enzim. Saat ini, pemahaman tentang struktur, fungsi dan peranan RNA menjadi sangat penting untuk dilakukan, terutama untuk penelitian-penelitian berbasis RNA dan yang berhubungan dengan ekspresi gen. RNA berfungsi sebagai pembawa bahan genetik, penyimpan informasi genetik dan memainkan peran utama dalam ekspresi genetik. RNA menjadi perantara antara informasi yang dibawa DNA dan ekspresi fenotipik yang diwujudkan dalam bentuk protein (Sambrook dan Russell, 2001).
Salah satu syarat untuk mempelajari ekspresi gen, regulasi dan fungsi, adalah dengan cara mendapatkan RNA yang utuh dengan kualitas yang baik (Bustin et. al., 2005). Keberhasilan
konstruksi cDNA library, sangat tergantung pada hasil, kemurnian dan integritas RNA yang diekstraksi (Bustin et.al, 2005; Imbeaud dan Auffray, 2005). Oleh karenanya, ekstraksi RNA sangat menantang pada jaringan kayu dan jaringan tanaman lainnya, yang kaya akan polifenol dan polisakarida. Masalah-masalah yang dihadapi dengan sampel-sampel ini termasuk adanya sejumlah besar polisakarida, berbagai jenis fenolik, termasuk tanin; tingkat enzim pendegradasi RNA (Rnases) yang tinggi; konsentrasi asam nukleat rendah (kadar air tinggi); dan adanya lignin (jaringan kayu) yang sulit untuk dipecah (MacRae, 2007). Oleh karenanya, metode ekstraksi RNA harus mencakup beberapa langkah penting meliputi sebelum, selama dan setelah pemurnian RNA yang didapat. Tulisan ini bertujuan untuk memaparkan metode ekstraksi RNA sebagai langkah awal penelitian molekuler berbasis RNA pada Acacia mangium.
II. BAHAN DAN METODE A. Lokasi penelitian
Lokasi penelitian ini adalah di Laboratorium Genetika Molekuler Balai Besar Litbang Bioteknologi dan Pemuliaan Tanaman Hutan Yogyakarta. Adapun sampel tanaman Acacia mangium, diambil dari Kebun Benih Uji Keturunan F1 di Wonogiri, Jawa Tengah. Sampel yang digunakan sebagai materi untuk diekstraksi adalah bagian daun, kambium dan kayu Acacia mangium.
B. Bahan dan alat
Materi genetik yang digunakan sebagai sampel adalah daun, kambium dan kayu Acacia mangium. Bahan-bahan kimia yang digunakan diantaranya nitrogen cair, CTAB, RNEasy Plant Mini Kit dan RNAqueous Phenol-free Isolation Kit buffer TAE, agarose, gel loading dye, dan RNA ladder. Sedangkan alat-alat yang digunakan antara lain adalah mortar, pestle, tissue lyser, tabung reaksi, pipet, tip dan bak elektroforesis.